Mybayes 构建系统发生树方法
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简单步骤
1 序列的比对，然后将比对好的序列转化成.nex格式
2 运行MrBayes，简单步骤如下：（依次输入命令，完成简单也最常用的分析）：Execute filename.nex，打开待分析文件，文件必须和mrbayes程序在同一目录下。
Lset nst=6 rates=invgamma，该命令设置进化模型为with gamma-distributed rate variation across sites和a proportion of invariable sites的GTR模型。
模型可根据需要更改，不过一般无须更改。
3 mcmc ngen=10000 samplefreq=10，保证在后面的可能性分布中probability distribution至少取到1000个样品。
默认取样频率：every 100th generation。
4 如果分裂频率分支频率split frequencies的标准偏差standard deviation在100,000代generations以后低于0.01，当程序询问：“Continue the analysis?(yes/no)”，回答no；如果高于0.01，yes继续直到该值低于0.01。
5 sump burnin=250（在此为1000个样品，即任何相当于你取样的25％的值），参数总结summarize the parameter，程序会输出一个关于样品（sample）的替代模型参数的总结表，包括mean，mode和95 % credibility interval of each parameter，要保证所有参数PSRF（the potential scale reduction factor）的值接近1.0，如果不接近，分析时间要延长。
6 sumt burnin=250，总结树summarize tree。
程序会输出一个具有每一个分支的posterior probabilities的树以及一个具有平均枝长mean branch lengths的树。
这些树会被保存在一个可以由treeview等读取的树文件中。