知道基因和位点,如何查SNP的rs号码,得到PCR产物序列!丁香园论坛
SNP检测方法汇总
TaqMan SNP基因分型技术方法：此技术是由美国Life technologies公司研发的SNP分型技术，其技术原理如下简介。
PCR 反应时，加入一对两端有不同荧光标记的特异探针来识别不同的等位基因（allele1和allele2），5’端为报告荧光基团（reporter），3’端为淬灭荧光基团(quencher)。
PCR过程中，两个探针能与正向引物和反向引物之间的互补序列特异退火结合。
当探针以完整形式存在时，由于能量共振转移，荧光基团只发出微弱荧光。
特异的探针与相应的等位基因杂合后，DNA聚合酶发挥5’到3’外切酶活性，把报告荧光基团切割下来，脱离了3’端淬灭荧光基团的淬灭作用(quench)，从而发出荧光。
两个探针的5’端标有不同的荧光(FAM或VIC)，3’端标有MGB 淬灭基团结合体。
根据检测到的不同荧光，可以判断相应的样本的SNP 等位基因型。
整个技术的示意图如下：应用领域：本方法适用于多个涉及到SNP分型的遗传研究领域。
尤其适合针对全基因组SNP 关联研究获得的初步阳性位点，以及全基因组测序得到的大量初筛突变位点进行进一步的大样品验证研究。
RFLP (多重荧光)SNP分型技术已知的很多SNP位点正好位于限制性内切酶的识别区域，针对这些SNP位点我们就可以使用此方法进行SNP分型。
尤其是对于大样品量的多个SNP分型来说，此方法的优势较为明显。
技术方法：RFLP技术于1980年由人类遗传学家Bostein提出。
它是第一代DNA分子标记技术。
Donis—Keller利用此技术于1987年构建成第一张人的遗传图谱。
DNA分子水平上的多态性检测技术是进行基因组研究的基础。
已被广泛用于基因组遗传图谱构建、基因定位以及生物进化和分类的研究。
RFLP是根据不同品种（个体）基因组的限制性内切酶的酶切位点碱基发生突变，或酶切位点之间发生了碱基的插入、缺失，导致酶切片段大小发生了变化，通过电泳将其区分。
设计引物原则以及如何查找基因序列
引物设计原则：1.找出这种细胞物种的PTN全长核苷酸序列2.采用primer premier 5.0软件设计引物设计应注意如下要点：● 1. 引物的长度一般为15-30 bp，常用的是18-27 bp，但不应大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于Taq DNA聚合酶进行反应[2]。
● 2. 引物序列在模板内应当没有相似性较高，尤其是3’端相似性较高的序列，否则容易导致错配。
引物3’端出现3个以上的连续碱基，如GGG或CCC，也会使错误引发机率增加[2]。
● 3. 引物3’端的末位碱基对Taq酶的DNA合成效率有较大的影响。
不同的末位碱基在错配位置导致不同的扩增效率，末位碱基为A的错配效率明显高于其他3个碱基，因此应当避免在引物的3’端使用碱基A[3][4]。
另外，引物二聚体或发夹结构也可能导致PCR 反应失败。
5’端序列对PCR影响不太大，因此常用来引进修饰位点或标记物[2]。
● 4. 引物序列的GC含量一般为40-60%，过高或过低都不利于引发反应。
上下游引物的GC含量不能相差太大[2][5]。
● 5. 引物所对应模板位置序列的Tm值在72℃左右可使复性条件最佳。
Tm值的计算有多种方法，如按公式Tm＝4(G+C)＋2(A+T)，在Oligo软件中使用的是最邻近法(the nearest neighbor method) [6][7]。
● 6. ΔG值是指DNA双链形成所需的自由能，该值反映了双链结构内部碱基对的相对稳定性。
应当选用3’端ΔG值较低（绝对值不超过9），而5’端和中间ΔG值相对较高的引物。
引物的3’端的ΔG值过高，容易在错配位点形成双链结构并引发DNA聚合反应[6]。
●7. 引物二聚体及发夹结构的能值过高（超过4.5kcal/mol）易导致产生引物二聚体带，并且降低引物有效浓度而使PCR反应不能正常进行[8]。
●8. 对引物的修饰一般是在5’端增加酶切位点，应根据下一步实验中要插入PCR产物的载体的相应序列而确定。
一步一步教你使用 NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST 序列比对等
一步一步教你使用NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST序列比对等最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对……，这些问题在 NCBI 上都可以方便的找到答案。
现在我就结合我自己使用 NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下 BCBI 的使用。
希望大家都能发表自己的使用心得，让我们共同进步！我分以下几个部分说一下 NCBI 的使用：Part one 如何查找基因序列、mRNA、PromoterPart two 如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列Part three 运用 STS 查找已经公布的引物序列Part four 如何运用 BLAST 进行序列比对、检验引物特异性特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。
关于NCBI 其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充First of all，还是让我们从查找基因序列开始。
第一部分利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）下面以人的 IL6（白细胞介素 6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址为：/mapview/index.html 在 search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。
操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene 前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。
2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。
hapmap 查询 SNP
/index.html.en在IE浏览器中打开页面点解“中文”，刷新页面后，点击“通用基因组浏览器”，在标志或区域里输入“DNMT3A”在保存，查询及其他选择栏里选中“显示SNP genotype data ”后，点击配置，在population 选中CHB或JPT，strand选中rs，output format 选“open directly in haploview”，点击执行，保存文件格式为.hmp. 在haploview 中“hapmap format ”选项打开即可。
从选点开始，到酶切，tagman分型，到SPASS，SAS统计都是一个个的过程，为了学习+复习，分享一下学习到的选点的方法，进宫参考，高手勿笑。
1．需要的东西。
两个网站：PubMed 和hapmap，一个软件：haploview2．在PubMed上搜索目的基因上的所有SNP，（以VHL基因为例），这个我在做。
具体步骤：1）进入PubMed：/pubmed/2） Search栏里选择SNP，搜索框内输入想要的基因，比如VHL，点击Search。
3）如下图选择Human标签4）选择某个SNP示意图中的geneview：5）进入之后选择in gene region，然后点击refresh，就显示出了整个基因上所有的snp，从5’端到3’端。
如下图：1．这里显示的是所有人群中的SNP，而我们需要选择我们目标人群中的SNP，这个就要用的hapmap这个网站了：1）首先打开这个网站， or /2）选择左侧Project Data栏目下的第一个：HapMap Genome Browser ( Phase 3 –genotypes & frequencies )3）进入之后，在“標志或區域”中输入rs号，“數據來源”phaseII那个，“保存，查詢及其它選擇”选SNP genotype date, 如下图：点击执行，会得到该rs号在染色体上的位置，？记录下来。
如何查找基因的序列(带图表)
e-133
gi|728993|sp|P40293|C79A_BOVIN B-cell antigen receptor comp...
312
3e-85
gi|126779|sp|P11911|C79A_MOUSE B-cell antigen receptor comp... 278
5e-75
gi|728994|sp|P40259|C79B_HUMAN B-cell antigen receptor comp... 55
1
2 3
比对结果会在10秒左右后出现， 注意结果很多，一直下拉右侧工具条，会看到很多不同意义的比对结果。
• Search BLAST (/BLAST/) for P11912
Database: All non-redundant（非冗余） sequences 6,507,231 sequences; 2，219，987，828 total letters
如果想找的基因是第一个序列即isoform a, 就可以点击NM_001025366.1， 得到如下界面：
If the gene sequence is known, and you want to find the corresponding GenBank ID, use /BLAST/ Click on the type of nucleotide search you want and enter the sequence. Results will be displayed with the GenBank ID included. To view information about a gene sequence with a given GenBank ID, go to /entrez/query.fcgi? db=Nucleotide
一步一步教你使用 NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST 序列比对等
一步一步教你使用NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST 序列比对等最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对……，这些问题在NCBI 上都可以方便的找到答案。
现在我就结合我自己使用NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下BCBI 的使用。
希望大家都能发表自己的使用心得，让我们共同进步！我分以下几个部分说一下NCBI 的使用：Part one 如何查找基因序列、mRNA、PromoterPart two 如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列Part three 运用STS 查找已经公布的引物序列Part four 如何运用BLAST 进行序列比对、检验引物特异性特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。
关于NCBI 其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充First of all，还是让我们从查找基因序列开始。
第一部分利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）下面以人的IL6（白细胞介素6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址为：/mapview/index.html 在search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。
操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene 前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。
2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。
一步一步教你使用NCBI查找DN...
一步一步教你使用NCBI查找DN...前言很多研究僧在询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对……，这些问题在NCBI 上都可以方便的找到答案。
交流经验的时间到啦！接下来本文将按以下几个部分说一下NCBI 的使用：Part 1：如何查找基因序列、mRNA、PromoterPart 2：如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列Part 3: 运用 STS 查找已经公布的引物序列Part 4:如何运用BLAST进行序列比对、检验引物特异性1、利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）下面以人的IL6（白细胞介素6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址为：/mapview/index.html 在 search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。
操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。
2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。
尽管你分别点击后，序列代码、序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。
现在普遍采用的是最上面的那个序列，这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的一个序列。
我也推荐大家使用这个序列。
4．点击上述三条序列第一条序列（即reference）对应的'Genes seq'，出现新的页面，页面下方为：5．点击上图出现的“Download/View Sequence/Evidence ”，即下载查看序列等功能，结果如图所示：先对上面这张图做点简要的说明，在Sequence Format（序列输出格式）后面是一个下拉式选择菜单，默认的为FASTA 格式，还有一个是 GenBank 格式。
(精编资料推荐)一步一步教你使用 NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST 序列比
一步一步教你使用NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST 序列比对等最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对……，这些问题在NCBI 上都可以方便的找到答案。
现在我就结合我自己使用NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下BCBI 的使用。
希望大家都能发表自己的使用心得，让我们共同进步！我分以下几个部分说一下NCBI 的使用：Part one 如何查找基因序列、mRNA、PromoterPart two 如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列Part three 运用STS 查找已经公布的引物序列Part four 如何运用BLAST 进行序列比对、检验引物特异性特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。
关于NCBI 其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充First of all，还是让我们从查找基因序列开始。
第一部分利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）下面以人的IL6（白细胞介素6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址为：/mapview/index.html 在search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。
操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene 前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。
2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。
已知基因序列的获取策略
可自己找公司合成
小于5 微克
建议用热盖PCR仪 或空气浴孵箱保温
建议选用RNase H消化
高保真DNA 多聚酶的选用
常用高保真DNA 多聚酶：如Pfu、Deep Vent、Vent、
Pwo、KOD、Pyrobest、PrimerStar等
PCR过程中HotStart与Touchdown的使用 高保真DNA 多聚酶与普通rTaq的混合使用 PCR产物加A尾进行T-A克隆：循环即将结束时加入rTaq
Oligo dT引物:真核生物的mRNA适用，建议用 于高质量RNA及全长转录本的逆转录；
随机引物：适合各种RNA的RT，可用于mRNA 片段的逆转录。
RT中提高合成全长cDNA的效率
消除mRNA 二级结构：逆转录之前将RT引物与RNA 模板
进行短暂的热变性, 可破坏mRNA 二级结构, 促进锚定引物与模板 的正确配对。
尽量减少RNAase污染
RNase的危害主要集中在将RNA pellet溶 解在水中之后，防止RNA降解的重点应 当放在组织样本的保存和RNA水溶液的 保存上。
注意实验前的准备工作：各种器材的去 RNAase处理与无RNAase的准备。
长期保存RNA时建议用去离子甲酰胺溶 解总RNA沉淀
在线工具：BLAST等
常用序列拼接软件
DNAstar 的SeqMan模块 VectorNTI程序的Contig Express模块 Sequencher
开始→所有程序→DNAstar →SeqMan
新的拼接任务
添加序列
打开保存序列的文件夹 选择序列
导入
整理一下末端
用鼠标拖动手 动更改末端
5U 72 ℃保温20～30 min
如何查找基因序列
如何查找基因序列？——在Genbank中寻找目的基因的实例1. 根据文献搞reasearch肯定要读文献的，如果你曾经在文献中看到过你感兴趣的基因，而且文中还提到了该基因在Genbank中的ID号，那就好办了，直接打开 ，在Search后的下拉框中选择Nucleotide，把Genbank ID号输入GO前面的文本框中，点“GO”，就可以找到他了。
举例说明，例如：在2003年JBC的文章（Conditional Knock-out of Integrin-linked Kinase Demonstrates an Essential Role in Protein Kinase B/Akt Activation）中出现了“calreticulin (GenBank accession number gi 16151096)”，那么把“16151096”输入GO 前面的文本框中，点“GO”，就可以找到该基因了（当然包括基因序列等相关信息）。
在出现了检索结果界面（下图）后，直接点击红箭头所指的AY047586就可以看到基因的相关信息了...（呵呵，是不是有点太......easy了）这里需要指出一下，在显示基因的页面右侧有一个Link，点击后出现一个小菜单，里面是与该基因相关的链接，很有用的，值得一个一个地去看看，这里我就不多说了。
点击AY047586后出现的界面如下：如果你只想获得序列（例如去设计PCR引物的时候），那就可以选择FASTA，这样就得到了FASTA格式的序列文件，没有其他数字和格式的干扰。
这就是FASTA格式的序列：2. 根据已经获得的基因的相关信息进行查找如果只是知道基因的名字，怎么查序列呢？还是举例说明，比如我想做的基因名称是人的VEGF基因，那么怎么在Genbank中找到它呢？还是一步一步来...打开/在search后面的下拉框中选择Gene，然后在中间的文本框中输入基因名称“VEGF”，点击GO...搜索结果出来了，let me see... 啊，怎么这么多？689条，哪一条是我想要的基因呢？点击箭头所指的Limits我们接着来，在Limits这个界面，先选择查询的限定范围。
一步一步教你使用NCBI查找DNA、mRNA、cDNA
一步一步教你使用 NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、...最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对……，这些问题在 NCBI 上都可以方便的找到答案。
现在我就结合我自己使用 NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下 BCBI 的使用。
希望大家都能发表自己的使用心得，让我们共同进步！我分以下几个部分说一下 NCBI 的使用：Part one 如何查找基因序列、mRNA、PromoterPart two 如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列Part three 运用 STS 查找已经公布的引物序列Part four 如何运用 BLAST 进行序列比对、检验引物特异性特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以与想给我投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。
关于NCBI 其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充First of all，还是让我们从查找基因序列开始。
第一部分利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）下面以人的 IL6（白细胞介素 6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址为：在 search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。
操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。
2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。
尽管你分别点击后，序列代码、序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。
如何查找基因的序列(带图表)
gi|125806|sp|P01658|KV3F_MOUSE IG KAPPA CHAIN V-III REGION ... 33
0.30
gi|125808|sp|P01659|KV3G_MOUSE IG KAPPA CHAIN V-III REGION ... 33
0.30
gi|1172451|sp|Q05793|PGBM_MOUSE Basement membrane-specific ... 33
Query: 181 Sbjct: 175
EYEDENLYEGLNLDDCSMYEDISRGLQGTYQDVGSLNIGDVQLEKP 226 +YEDENLYEGLNLDDCSMYEDISRGLQGTYQDVG+L+IGD QLEKP DYEDENLYEGLNLDDCSMYEDISRGLQGTYQDVGNLHIGDAQLEKP 220
如果想找的基因是第一个序列即isoform a, 就可以点击NM_001025366.1， 得到如下界面：
If the gene sequence is known, and you want to find the corresponding GenBank ID, use /BLAST/ Click on the type of nucleotide search you want and enter the sequence. Results will be displayed with the GenBank ID included. To view information about a gene sequence with a given GenBank ID, go to /entrez/query.fcgi? db=Nucleotide
SNP检索
SNP基因序列的检索（图）点击次数：62 发表于：2008-07-22 10:52转载请注明来自丁香园来源：丁香园以检索NAT2的不同SNP的基因序列为例：1、Genbank里的dbSNP数据库中有详细的信息，方法如下：（1）进入NCBI的主页/，然后，Search下拉菜单中选“ SNP”，搜索for “NAT2”。
（2）搜索了一下，人类的NAT2SNP数据库记录有279条，如下图所示，每一条你都可以点进去看它的具体情况。
（3）以rs36014863为例，你点进去后，出现下图的页面，里面示SNP数据库中关于这个SNP的全部信息，从里面，你大致可以获取SNP的位置，其上下游的核苷酸侧翼序列信息，多群体报道的情况，SN P提交情况，不同群体的杂合度报道参考信息……4）或者你直接进入NCBI的主页/，直接搜索NAT2，出现下图中的界面，选择SNP，然后有相关SNP记录476条，点击进入后，选择HUMAN 279条，然后再逐个观察。
2、但是，从整个基因组的SNP分布和NAT2基因的位置关系上直观的工具，Genbank并不是很理想的，推荐配合Genewindow结合使用，Genewindow是很好的动态平台，十分直观，可以清晰的显示SNP的分布情况和基因内含子、外显子、调控区的关系，可以用于整体选择时使用，个人使用后感觉效果非常满意。
Genewindow的进入方法：/，推荐大家使用！使用前需要安装一个插件，然后后续的界面十分友好。
单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP），主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。
它是人类可遗传的变异中最常见的一种。
占所有已知多态性的90%以上。
SNP 在人类基因组中广泛存在，平均每500～1000个碱基对中就有1个，估计其总数可达300万个甚至更多。
SNP所表现的多态性只涉及到单个碱基的变异，这种变异可由单个碱基的转换（transition）或颠换（transversion）所引起，也可由碱基的插入或缺失所致。
PCR引物不用愁，一个网站全搞定
PCR引物不用愁，一个网站全搞定还在为设计 PCR or qPCR 引物耗损脑细胞吗？还在为 P 不出条带而不断摸索条件费时费力吗？还在为 P 出了条带，but，有 N 条条带而纠结痛苦吗？下面，笔者将介绍一个神奇的网站，只有输入你想研究的基因名，就能找到合适的引物。
PrimerBankPrimerBank 是一个PCR 引物的公共数据库。
其引物可以用于PCR 或 qPCR，共包含超过 306 800 个引物，涵盖大多数已知的人和小鼠基因。
有几种方法可以搜索 PrimerBank 上的引物：GenBank 登录号，NCBI 蛋白质登录号，NCBI 基因 ID，Gene Symbol，PrimerBank ID 或 Keyword。
下面将以 GAPDH 举例说明怎么利用 PrimerBank 来查找引物：1打开网站主界面2在 search for PCR primer 的Search by 下拉菜单中选择想通过所查基因的什么信息来查找引物，一般知道基因名称的话，选择 NCBI gene symbol（如果不知道所查基因的基因名是否为 gene symbol，则选Keyword。
例如大家熟知的β-acting，其gene symbol，也就是官方大名其实是叫 ACTB）；在Species中选择物种 human or mouse；For text中填入想查基因的 gene symbol；之后，Submit；可以看到针对 GAPDH 的不同对引物，具体序列，长度，Tm 值以及在其 cDNA 上位置等一些列信息点击「Click here for cDNA and amplicon sequence」，可以得到这对引物扩增的片段序列及位置：红色标记为上下游引物，蓝色标记为引物之间的扩增序列：。
如何根据报导的snp查找rs号
如何根据报导的snp查找rs号一, SNP根据的是氨基酸变化所命名的(错义突变SNP)基因：血管紧张素原(angiotensinogen, AGT)基因M235T文章：血管紧张素原H"$’I基因多态性与原发性高血压的相关研究;浙江大学学报；2004年33卷，02期。
引物：P1 CCGTTTGTGCAGGGCCTGGCTCTCT P2 CAGGGTGCTGTCCACACTGGACCCC[查找方法]Step1：进入SNPs3d网，网址是/Step2：输入基因名，这里输入AGTStep3：验证自己的rs号是否正确1，将自己查到的rs号在ncbi上的dpsnp上比对。
2，将自己查到的rs号在snpedia网站上比较比如我们查到的M235T对应的rs号是rs699，讲这个rs699在snpedia比对我们会看到这么一句话，证明我们查找的RS还是正确的，当然我们还得具体在相关报导的文献中再具体确认下。
rs699is a SNP in the angiotensin AGT gene that encodes a functional change. In most published literature, the name for this SNP is M235T, or perhaps Met235Thr, however its amino acid 268 (not 235) that varies based on the numbering in todays databases. rs699 is also occasionally known as C4072T.二，SNP的命名是根据cdna的位置或者是根据DNA序列中的位置命名的我们以白介素IL-10-592的突变snp为例。
文献："Polymorphisms of interleukin-1B and interleukin-1 receptor antagonist genes in patients with chronic hepatitis B."[查找方法]第一种方法：利用goolge学术搜索。
一招搞定qPCR引物查找
一招搞定qPCR引物查找如果查文献来查找qPCR 引物，恐怕要找掉头咯~因为实在太多啦，动辄几万篇相关文章，恐怕你没有选择困难症也会给吓出来。
即便你选中了一篇，点进去复制再粘贴，效率也不高。
若再碰上查到的文献不准确，是不是扎心了？！那么问题来了，如何既快速又准确的查找qPCR 引物呢？下面有个方法，既省时又省力，可以说是事半功倍，一起来看看吧！1. 打开 pubmed，选择 gene, 输入基因名 ATG7，点 search。
2. 选择正确的基因名和物种，记住基因名下面的gene ID，也可以直接复制这串数字。
3. 打开 primer bank。
网址是：/primerbank/，在 search by 的地方选择 NCBIGene ID，Species 那里选择相应的物种，将上一步复制的数字放在 For text 里面，然后点 Submit。
4. 然后在 Gene Deion 那里核对一下基因信息，确定后在几对引物中选择合适的拿去合成。
选择标准如下：首先看看Amplicon Size，建议在100~300bp 间比较好扩增；引物长度控制在20~25bp 较好，而且上下游引物间不要相差超过5bp；其次再看 Tm 值，60℃左右，相差不要超过1℃。
最后，将选择好的引物进一步验证（可复制粘贴）。
5. 回到 Pubmed，打开里面的 primerblast。
网址是：/tools/primer-blast/index.cgi?LINK_LOC=BlastHome）。
将选中的引物直接复制到相应的位置。
在 Database 里选 Refseq mRNA，在 Get Primer 后的第一个小方框上也打个勾，再点Get Primer，这样结果就会显示在新的标签页。
接着再在Database 里选Genomes for selected organisms （primary referenceassembly only），点击 Get Primer。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
知道基因和位点，如何查SNP的rs号码，得到PCR 产物序列！ [转自丁香园论坛]
老板让查SNP的东西。
我有如下SNP的信息，但不知道怎么查SNP的rs号码，没rs号，没序列，没法设计引物，请同志们教我两招啊，插三根鸡毛：
基因：血管紧张素原(angiotensinogen, AGT)基因
M235T
文章：血管紧张素原H"$’I基因多态性与原发性高血压的相关研究;浙江大学学报；2004年33卷，02期。
引物： P1 CCGTTTGTGCAGGGCCTGGCTCTCT
P2 CAGGGTGCTGTCCACACTGGACCCC
基因：G蛋白β3亚单位(GNB3)C825T
文章：G蛋白β3亚单位C825T等位基因多态性与原发性高血压的关系陈肖俊; 汪大望; 吴建波; 熊术道;
王春香; 临床内科杂志, Journal of Clinical Internal Medicine, 2007年 05期
基因：E-选择素G98T
E-选择素基因G98T多态性对原发性高血压患者血压及心脏结构功能的影响中国医学影像技术, Chinese Journal of Medical Imaging Technology, 2007年 05
期
基因：β2-BKR基因-58T/C和AGT基因M235T
文章：缓激肽β2受体(β2-bradyk in in receptor,β2-BKR)基因β_2-BKR基因和AGT基因多态性与原发性高血压的相关性研究第三军医大学学报, Acta Academiae Medicinae Militaris Tertiae, 2006
年 11期
基因：化生长因子β1(TGF-β1)基因第1外显子+869T/C
及+915G/C
文章：转化生长因子β_1基因多态性与原发性高血压关系的研究中国老年学杂志, Chinese Journal of Gerontology,2007年 10期
最好是多查些文献，找到位点附件的序列（如测序图谱和TaqMan探针等的序列），然后在到NCBI上作BLAST，这样就可以找到该位点在基因序列中的位置。
有的SNP位点可能没有对应的RS号。
还可以根据该位点的信息直接在NCBI上查出基因序列，在根据该位点在基因中的位置，如mRNA（有的是cDNA）为起始位置，往后计算该位点的位置。
通常这样找到的位点还是需要与文献报道的位点序列进行笔对。
因为，不少SNP位点的命名规律是不同的，也就是说有的是mRNA 中的位置，有的是cDNA中的位置，有的还是蛋白编码的位置，所以比较容易出错，最好要与文献进行笔对。
我用测序法检测。
我得到引物很容易，但是查到位点，不知道怎么查。
用引物BLAST后，查到序列，但还是得到的是一个序列，而不能得到那个点在什么地方啊？
怎么办。
向2楼说的那个办法我开始就用了，一开始就错了，因为很多基因编号是从启动子等其它位子开始计数，郁闷。
把周围的序列拿出来又怎么能找到我的那个点呢。
例如我可以得到血管紧张素原(angiotensinogen, AGT)基因M235T 的引物，得到CDNA全长，得到引物之间的序列。
但是我怎么在引物之间的序列中确定我的那个点(就是M235T)呢。
？？？？？
请教了。
你这个只有上dbsnp上去一个个对了，支队外显子里的
还有你可以去omim里找一下你的这几个基因，都应该是和疾病有关的最好不行就在google里搜看一下外文的又没有列出rs号的
你列举的这几个你感兴趣的位点都已经被研究过了，找到应该是很容易的。
譬如M235T中间的235应该是蛋白质序列的第235位发生了突变，都知道这个信息了就很好确定到底是哪个位点就是你的SNP了吧。
对
了，设计引物的话，应该是用DNA序列，而不是mRNA，当然除非你
的标本是RNA而不是DNA。
知道基因名称，例如血管紧张素原(angiotensinogen, AGT)基因和位点信息，如M235T，及相关的疾病，如原发性高血压，查找RS号码的方法小结：
很多同学估计都遇到过这种情况，就是说知道基因和位点的一些信息，但不知道PCR产物的全长序列和位点的具体位置，当然也没办法设计引物，有些同学采用别人的引物P，效果很不理想。
如果有RS号码，当然序列就有了，但因为很多文章中并不会给出RS 号，所以只有自己查。
下面，我就我的经验，小结一下我这方面的经验。
具体步骤如下：
一，通过PUBMED或者CNKI，万方等数据库总归可以查到P这个位点的引物。
二，得到引物进入BLAST（/BLAST/），进行nucleotide blast 。
注意：正反引物都BLAST。
三，比较两引物的BLAST结果，选取结果相同的项目，得到PCR产物从第一个碱基到最后一个碱基在基因全长上的位置。
例如：313324---313943
四，选取一个正反引物都BLAST到的合适的结果，把PCR产物两头碱基的位点数据输入，点ENTER键，即可得到PCR产物的全长。
（以下仅为举例，不是正确结果）
/entr ... mp;view=gbwithparts
五，得到PCR产物全长后，进行SNP 的BLST。
进入/BLAST/
选Specialized BLAST中的Search for SNPs (snp) 。
得到N个PCR序列中的SNP位点。
六，根据文献信息(1,PCR产物酶切后各段长度信息。
2，所用酶的酶切序列信息。
)确定SNP 位点在PCR产物上的位置，并与SNP BLAST出来的结果比对，确定SNP，得到RS号码。
以上方法，经本人验证，屡使不爽，欢迎指教完善。
知道引物序列后，可以借助UCSC的In-Silico PCR/cgi-b ... &hgsid=97455841，找出该引物扩增序列中包含的snp位点。
下图为具体过程演示。
1. 将从文献中找到的引物输入对应的框内； 2. 单击sunmit；3. 出现扩增后的PCR序列后，单击左侧的链接。
出现你要的结果，从图中可以看出这段序列内包含3个SNP位点。
相应的rs number分别为rs4253299、rs253373和rs278542。
你可以参考其它的有关信息确定究竟那一个是你要的SNP。
好啊，有了这个，就可以把我先前帖的步骤简化好多。
谢谢！
可以试试在中能不能找到对应的RS号码，如果有就很方便了，不然都是可以根据给出的信息来确定的，没有问题，就是要麻烦一些而已。
知道引物序列后，可以借助UCSC的In-Silico PCR/cgi-b ... &hgsid=97455841，找出
该引物扩增序列中包含的snp位点。
下图为具体过程演示。
1. 将从文献中找到的引物输入对应的框内； 2. 单击sunmit；3. 出现扩增后的PCR序列后，单击左侧的链接。
出现你要的结果，从图中可以看出这段序列内包含3个SNP位点。
相应的rs number分别为rs4253299、rs253373和rs278542。
你可以参考其它的有关信息确定究竟那一个是你要的SNP。
从图中怎么看出3个SNP位点？谢谢。