UniProt数据库高级检索及数据条目注释信息
uniprot
uniprot全球蛋白资源数据库UniProt 收藏UniProt 是一个集中收录蛋白质资源并能与其它资源相互联系的数据库，也是目前为止收录蛋白质序列目录最广泛、功能注释最全面的一个数据库。
UniProt 是由欧洲生物信息学研究所（European Bioinformatics Institute）、美国蛋白质信息资源（Prontein Information Resource）以及瑞士生物信息研究所（Swiss Institute of Bioinformatics）等机构共同组成的UniProt协会（UniProt Consortium）编辑、制作的一个信息资源，旨在为从事现代生物研究的科研人员提供一个有关蛋白质序列及其相关功能方面的广泛的、高质量的并可免费使用的共享数据库。
UniProt 是一个向所有使用者免费开放的数据库，全球科研人员都可以登陆网站/doc/3d6064972.html, 浏览并下载这些资料。
借助它，科研人员可以对目的蛋白进行交互式分析或特定的分析。
1 UniProt数据库的构成UniProt 数据库由UniProt 知识库（UniProtKB ）、UniProt 档案（UniParc ）、UniProt 参考资料库（UniRef）以及UniProt元基因组学与环境微生物序列数据库（UniMES）构成。
1.1 UniProt知识库（UniProtKB）UniProt 知识库是一个专家级的数据库，它可以通过与其它资源进行交互查找的方式为用户提供一个有关目的蛋白质的全面的综合信息。
UniProtKB包括两个组成部分：UniProtKB/Swiss-Prot与UniProtKB/TrEMBL。
1.1.1 UniProtKB/Swiss-ProtUniProtKB/Swiss-Prot 主要收录人工注释的序列及其相关文献信息和经过计算机辅助分析的序列。
这些注释都是由专业的生物学家给出的，准确性无需置疑。
uniprot数据库名词解释
uniprot数据库名词解释
uniprot数据库名词解释形式可以采用以下方式进行：
1. 通俗易懂的形式，用简单易懂的语言解释名词的意义。
例如：UniProt数据库是一个全球公认的蛋白质信息库，包括大量蛋白质的序列、结构、功能等信息。
2. 专业术语表达形式，使用专业术语解释名词的含义。
例如：Uniprot数据库是一种生物信息学数据库，为研究人员提供了蛋白质序列、组成、功能及相互作用等信息。
3. 举例说明形式，通过实际案例展示名词所代表的含义。
例如：Uniprot数据库中包括了各种生物物种的蛋白质信息，例如P53蛋白等。
总的来说，uniprot数据库名词解释形式需要简明扼要，准确清晰，便于读者理解。
Uniprot数据库介绍及信息检索下载指南
UniProt数据库一、UniProt数据库简介蛋白质组常用数据库——UniProt数据库，是信息最丰富、资源最广的蛋白质数据库。
它由Swiss-Prot、TrEMBL 和PIR-PSD三大数据库的数据整合而成，数据主要来自于基因组测序项目完成后，后续获得的蛋白质序列，并包含了大量来自文献的蛋白质生物功能的信息。
一般蛋白质组搜库首选数据库也是UniProt，所以对于通过UniProt库搜库的组学数据，可以在此网站中进行蛋白功能查询。
UniProt数据库可以提供的信息包括蛋白功能描述、GO条目、细胞定位、组织特异性表达情况、生理病理情况描述、互作蛋白、Domain、翻译后修饰位点等信息。
蛋白的信息描述段落均会标出引用文章，并且可以跳转到PubMed界面进行浏览。
UniProt 数据库由UniProt 知识库（UniProtKB ）、UniProt 档案（UniParc ）、UniProt 参考资料库（UniRef）以及UniProt元基因组学与环境微生物序列数据库（UniMES）构成。
UniProtKB全称 UniProt Knowledgebase（UniProt知识库）它是经过专家校验的数据集，主要由两部分组成：UniProtKB/Swiss-Prot (包含检查过的、手工注释的条目) 和 UniProtKB/TrEMBL (包含未校验的、自动注释的条目)。
Swiss-Prot 数据库特点高质量的、手工注释的、非冗余的数据集；主要来自文献中的研究成果和E-value校验过计算分析结果。
有质量保证的数据才被加入该数据库！TrEMBL数据集包含高质量的计算分析结果，一般都在自动注释中富集，主要应对基因组项目获得的大量数据流以人工校验在时间上和人力上的不足。
它能注释所有可用的蛋白序列。
在三大核酸数据库（EMBL-Bank/GenBank/DDBJ）中注释的编码序列都被自动翻译并加入该数据库中。
它也有来自PDB数据库的序列，以及Ensembl、Refeq和CCDS基因预测的序列。
uniprot基因组功能注释
文章标题：解读Uniprot基因组功能注释：深度解析和个人观点1. 引言在生物信息学和基因组学领域，Uniprot数据库是一个重要的资源，它包含了大量关于蛋白质序列和功能的信息。
其中，Uniprot基因组功能注释是指对基因组中每个基因所编码蛋白质的功能进行详细描述和注解。
本文将深入解读Uniprot基因组功能注释，并结合个人观点进行探讨。
2. Uniprot基因组功能注释的概念Uniprot是一个综合性的蛋白质数据库，它包括了各种生物种类的蛋白质序列、结构、功能和相关信息。
在Uniprot中，基因组功能注释是通过对基因对应的蛋白质序列进行实验和计算分析，从而确定其功能、结构和相互作用等信息，从而为研究人员提供了重要的生物信息学资源。
3. 深度评估Uniprot基因组功能注释的价值Uniprot基因组功能注释为研究人员提供了丰富的蛋白质功能信息，便于研究人员对基因组中蛋白质的功能进行深入了解和分析。
通过Uniprot的功能注释，研究人员可以更好地理解蛋白质与生物学过程和疾病的关联，为基因功能研究、生物医学研究以及新药研发提供了重要的数据支持。
4. 广度评估Uniprot基因组功能注释的实际应用在生物信息学领域，Uniprot基因组功能注释广泛应用于基因本体学、蛋白质相互作用、基因突变功能预测等研究领域。
研究人员可以通过Uniprot的功能注释数据，结合其他生物信息学工具和数据库，开展蛋白质结构预测、功能预测、基因组比较等研究，从而深入了解基因组中蛋白质的功能和相互关系。
5. 总结与回顾Uniprot基因组功能注释作为生物信息学领域重要的研究资源，对于理解基因组和蛋白质功能具有重要意义。
通过深度和广度的评估，我们可以更好地认识到Uniprot的功能注释对于生物学研究和应用具有深远影响。
在未来的研究中，可以进一步扩展Uniprot功能注释的内容和应用范围，使其成为更加综合和完善的生物信息学资源。
6. 个人观点与理解作为文章写手，我认为Uniprot基因组功能注释是非常重要的生物信息学资源，它为研究人员提供了丰富的蛋白质功能信息，有力推动了基因功能研究和生物学研究的发展。
uniprot使用方法
uniprot使用方法一、什么是UniProt？UniProt（Universal Protein Resource）是一个全球性的蛋白质数据库，致力于提供蛋白质序列、结构、功能和概述相关信息的公共资源。
UniProt 由三个组件组成：UniProtKB、UniRef和UniParc。
其中，UniProtKB是最主要的组件，它包含了三个子数据库：Swiss-Prot、TrEMBL和PROSITE。
1. Swiss-Prot：Swiss-Prot是一个经过人工注释和校正的蛋白质序列数据库，提供了详细的蛋白质功能和注释信息。
2. TrEMBL：TrEMBL是一个基于计算的蛋白质序列数据库，它包含了从未经过详细注释的Swiss-Prot数据集中的序列。
这些序列待进一步注释和校正后会被转移到Swiss-Prot数据库中。
3. PROSITE：PROSITE是一个用于识别蛋白质序列中保守结构域和模体的数据库。
它提供了一系列的蛋白质域和模体的特征模式和描述。
UniRef是一个聚类蛋白质序列数据库，用于提高蛋白质注释效率，减少重复注释。
UniParc是一个蛋白质数据库，用于记录已知和未知蛋白质序列的标识符。
二、使用UniProt的步骤使用UniProt数据库可以帮助研究者快速获取蛋白质信息，查找已知蛋白质、发现新的蛋白质序列和结构等。
以下是使用UniProt的步骤：1. 访问UniProt官方网站，地址为2. 在搜索框中输入要查询的蛋白质名称、序列或标识符等关键词，并选择搜索类型。
3. 点击“搜索”按钮进行搜索。
4. UniProt将会显示与搜索关键词相关的蛋白质信息列表。
用户可以根据需求筛选蛋白质数据库（如Swiss-Prot或TrEMBL）或其他过滤条件，以缩小搜索范围。
5. 点击感兴趣的蛋白质条目，将显示该蛋白质的详细信息页面。
用户可以阅读蛋白质的注释信息、功能描述、序列特征、结构域、文献引用等内容。
6. 若需要进一步了解蛋白质的结构、亚细胞定位等信息，用户可以点击相关链接或标签，以跳转到其他相关数据库或工具。
联合目录数据库检索指南
联合目录数据库检索指南联合目录数据库检索的目的主要解决依据文摘记录中提供的文献出处索取全文问题。
通过联合目录数据库查询我们可以知道某条文摘所在期刊的收藏单位，以便向其提取全（原文）。
同时也可做文献检索。
一．CALIS联合书目数据库（中、外文期刊、图书及会议文献收藏单位均可查询）CALIS(China Academic Library & Information System：中国高等教育文献保障体系)联合书目数据库是全国“211工程”100所高校图书馆馆藏联合目录数据库，是CALIS在“九五”期间重点建设的数据库之一。
它的主要任务是建立多语种书刊联合目录数据库和联机合作编目、资源共享系统，为全国高校的教学科研提供书刊文献资源网络公共查询。
(opac：online public access catalogue) 1．登录网站：/advanceSearch.do检索中文期刊或其它出版物馆藏信息检索外文期刊或其它出版物馆藏信息2．选择字段：如果查询期刊文献馆藏信息，选择“题名”或“ISSN”字段，在对话框内输入期刊名称（中、英文均可）或ISSN（国际标准刊号）；如果查询会议文献馆藏信息，可选择“会议名称”字段；如果查询图书文献馆藏信息，可选择“题名”在对话框内输入会议题名（中、英文均可）。
3．选择检索词匹配程度：英文期刊通常选择“包含”，中文期刊通常选择“精确匹配”。
4．选择语种：在“数据库”后的选项内选择所查期刊或会议出版物的语种。
系统提供：全部、中文、西文、日文、俄文5个选项。
5．输入检索词：如果查询期刊文献馆藏信息，选择“期刊题名”或“ISSN”字段，在对话框内输入期刊名称（中、英文均可）或ISSN（国际标准刊号）；如果查询会议文献馆藏信息，可选择“会议名称”字段，在对话框内输入会议题名（中、英文均可）。
尽量输入检索词全称，常用缩写词也可以识别。
例如：输入的中文期刊名称为：《机械制造》，语种选择：“中文”；输入的英文期刊名称为：international journal, manufacturing, technology，语种选择：“西文”6．检索词逻辑组配关系：通常选择“AND”。
Uniprot蛋白数据库
Uniprot蛋白数据库
e Columns: 这个可以让您定制蛋白数据列信息，就是自己定制显示哪些列信息，这个内容非常多，包括名称和分类学 信息，序列信息（氨基酸长度，分子量，SNP等），功能信息（EC number, 信号通路，活性位点，各种结合位点等）， 相互作用信息，表达信息，亚细胞定位信息， 翻译后修饰，结构，家族及结构域信息， 序列信息.........太多了，感兴趣 的自己进去看吧！ b Add to basket: 这个按钮的功能是可以随时将你感兴趣的蛋白质条目加入购物篮以备后期使用，最多可以加400条数 据，呵呵，这个不是超市的购物篮，是不收费的
1、在PDB数据库。 2、通过直接蛋白质测序实验获得的序列，通过Edman降解或MS / MS实验并提交给 UniProtKB / Swiss-Prot。只有约5％的UniProtKB / Swiss-Prot条目包含通过直接蛋 白质测序获得的序列数据（具有关键字的条目列表'Direct protein sequencing'）。 3、从文献（ig PRF或其他期刊扫描项目）扫描的序列。 4、从基因预测，没有提交的序列EMBL-Bank / GenBank登录/ DDBJ。 5、序列来源于内部基因预测，在非常特殊的情况下。
首先sp表示，Swiss-Prot数据库是注释精炼的蛋白序列库，它的所有序列都经过了科学家的查阅文献核实(reviewed, manually annotated) 。 P02769是蛋白在uniprot上的ID号，即蛋白的身份证号。 ALBU_BOVIN是蛋白在uniprot上的登录名，跟P02769是一个作用。 Serum albumin是蛋白名称，即蛋白的姓名啦。 OS表示Organism，也就是物种名称，数据库中的物种名称一般为拉丁名称，牛血清白蛋白Bostaurus当然是牛的拉丁。 GN表示gene name,即基因名称 PE表示ProteinExistence，即蛋白的可靠性，PE=1、2、3、4、5分别对应如下，可以看出数字越小可靠性越高： 1. Experimental evidence at protein level 蛋白质水平实验证据 2. Experimental evidence at tran level 转录水平实验证据 3. Protein inferred from homology 从同源蛋白质推断 4. Protein predicted 蛋白质预测 5. Protein uncertain 蛋白质不确定 SV表示SequenceVersion，即序列版本，即蛋白的身份证第二代，第三代…… 这里需要指出的是，除了sp，有时还会出现TR。
UniProt数据库检索方法及其应用
实用生物信息技术课程第2次作业UniProt数据库检索方法及其应用姓名________ 学号______________ 组号_____ 座位号_____________年___月___日1.UniProt蛋白质序列数据库由哪几部分组成？各有什么特点？2.认真阅读UniProt数据库SwissProt和TrEMBL统计报表（Release Statistics）1)列表说明这两个子库的总数据量，以及不同蛋白质证据（Protein Existence）的数据条目数。
2)列表说明这两个子库中数据条目数列前10位的物种。
3)说明这两个子库中序列长度分布特征。
3.以人血红蛋白alpha亚基（HBA_HUMAN）为例，说明SwissProt注释信息主要包括哪几部分4.以人血红蛋白alpha亚基（HBA_HUMAN）为例，说明SwissProt一般注释信息（GeneralAnnotation）主要包括哪些内容。
5.以人血红蛋白alpha亚基（HBA_HUMAN）为例，说明SwissProt序列注释信息（SequenceAnnotation）主要包括哪些内容。
6.以人血红蛋白alpha亚基（HBA_HUMAN）为例，说明SwissProt数据库交叉链接（CrossReference）主要包括哪些数据库。
7.简述如何利用高级检索（Advanced Search）功能，从SwissProt数据库中检索人珠蛋白家族12个亚基，进行多序列比对，说明其序列相似性异同。
8.简述如何利用高级检索（Advanced Search）功能，从SwissProt数据库中检索你课题相关蛋白质家族，进行多序列比对，说明其序列相似性异同。
1。
uniprotid和go条目的对应
UniProt ID和GO（Gene Ontology）条目之间的对应关系通常是通过生物信息学数据库的注释来实现的。
UniProt（Universal Protein Resource）是一个全面的、高质量的、经过手工校对的蛋白质序列和功能的数据库。
GO则是一个用于描述基因和基因产物属性的标准词汇表，它提供了三个主要的本体论：分子功能（Molecular Function）、生物过程（Biological Process）和细胞组分（Cellular Component）。
当研究人员对蛋白质进行功能分析时，他们通常会将UniProt ID与GO条目进行匹配。
这种匹配通常基于实验数据、文献报道以及计算预测等。
在UniProt 数据库中，每个蛋白质条目都可能关联有一个或多个GO条目，这些GO条目描述了该蛋白质的功能和参与的生物过程。
要实现UniProt ID和GO条目之间的对应，可以使用多种生物信息学工具和资源，如UniProt网站、Bioconductor包中的函数等。
通过输入UniProt ID，可以检索到与该蛋白质相关的所有GO条目，从而了解其在生物体中的功能和作用。
总之，UniProt ID和GO条目之间的对应关系是通过生物信息学数据库的注释和实验数据等实现的。
这种对应关系有助于研究人员了解蛋白质的功能和参与的生物过程，为生物医学研究提供重要的参考信息。
UniProt：蛋白质的全信息数据库
Nucleic Acids Research, 2004, Vol. 32, Database issue D115-D119© 2004 Oxford University PressUniProt：蛋白质的全信息数据库摘要为了给科学界提供一个专门，集中，权威的蛋白质序列和功能的信息资源，瑞士－Prot，TrEMBL 和PIR蛋白质数据库已经合作组成了蛋白质的全信息数据库 (UniProt)。
我们的目的是用广泛的对照和询问接口来提供一个全面的，分类完全的，丰富并且准确的蛋白质序列信息。
中心数据库将有两个部分：符合熟悉的瑞士－Prot(完全手工操作入口)和TrEMBL(使用丰富的自动化的分类，注释和广泛的对照)。
为方便序列查寻，UniProt也提供几个无冗余的序列数据库。
UniProt NREF(UniRef)数据库为高效率的搜寻提供适当的蛋白质的全信息数据库的代表性的子集。
全面的UniProt 档案(UniParc)每天从很多公共来源数据库更新。
数据库那些UniProt接口可在线访问()或者以几个形式下载(ftp：///pub)。
我们鼓励科学界人士向UniProt 提供数据。
介绍近来，瑞士-Prot + TrEMBL和PIR-PSD如同蛋白质数据库不同的序列信息覆盖面和注释优势共存。
2002年，在生物信息科学(SIB)的瑞士研究所和欧洲生物信息科学研究所的瑞士-Prot + TrEMBL 组 (EBI)和蛋白质信息资源(PIR)组织在乔治敦大学医学中心和国家生物医学的研究基金会联合协作。
新联合的组织的主要任务是通过建立一个综合，详细分类，丰富并且准确注释蛋白质序列的优质的数据库和广泛序列对比和询问服务的到科学团体免费接口—knowledgebase来支持生物学的研究。
UniProt 将在组织成员多年合作的坚实基础上建立起来。
UniProt 数据库包括3 个数据库层：1、UniProt 档案(UniParc)，通过储存全部可公开得到的蛋白质序列数据供一个稳定，综合，无冗余的序列收集。
UNIPROT蛋白数据库概论
INDUCTION INTERACTION MASS SPECTROMETRY MISCELLANEOUS PATHWAY PHARMACEUTICAL POLYMORPHISM PTM RNA EDITING SIMILARITY SUBCELLULAR LOCATION SUBUNIT TISSUE SPECIFICITY TOXIC DOSE
UniProt相关网上工具列表
InterProScan： InterPro是个合作的方案， 目的是基于大多数普通的数据库之上，对蛋白 质家簇，区域、功能位点的进行独特的、无冗 余的描述。InterPro库结合了PROSITE、 PRINTS、P fam、ProDom、SMART和 TIGRFAMs这些数据库以及一些预置的数据 库。是一个用XML格式的、分布式的并且可以 在InterPro协会版权允范围下自由使用的。主 页地址是： /InterProScan。
描述刺激蛋白合成的成分或者环境 描述蛋白－蛋白相互作用的信息 报告通过质谱方法测定的蛋白或者其部分的分子重量 不属于其他已经定义的专题内容 描述蛋白的代谢通路 描述蛋白在制药学上的作用 描述蛋白多态性 描述翻译后的调节 描述RNA编辑是否引起一个或者多个的氨基酸改变 描述蛋白和其他蛋白序列是否有同源性 描述成熟蛋白的亚细胞定位 描述蛋白四级结构的一个亚单位信息 描述蛋白的组织特异性 描述蛋白的致命和致病剂量
InterPro相关数据库和算法
Pfam 收集了大量的多序列比对和Hmm，覆盖了几乎所有蛋白结 构域 PROSITE 关于蛋白质家族和结构域的数据库 ProDom 根据PSI-BLAST程序来查找同源蛋白结构域的数据库 SMART 用于发现和注释可移动蛋白多肽中得结构域 PRINTS 蛋白质指纹图谱数据库 Gene3D 通过HMMs预测蛋白结构，是CATH结构数据库得补充 TIGRFAMs 基于序列鉴定相关蛋白功能的工具 PANTHER 根据家族功能的特异性区分蛋白家族和亚家族 SUPERFAMILY 超家族和已知结构蛋白数据库
UniProt数据库检索及数据条目注释信息
UniProt 数据库检索及数据条目注释信息姓名 陈耿佳 学号 1301214752 组号 G01C1. UniProt 蛋白质序列数据库1) 参阅Swiss-Prot 和TrEMBL 统计报表（Release Statistics ），列表说明这两个子库的总数据量，以及不同蛋白质证据（Protein Existence ）的数据条目数。
数据库 Swiss-Prot TrEMBL 总数据量 545388100%56010222100% 蛋白水平证据 8270215.2%267700.05% 转录水平证据 6249011.5%854251 1.53% 同源预测 38243670.1%1432210025.57% 其他预测 158712.9%4080710172.86% 不确定 18890.3%00.00%2) 列表说明Swiss-Prot 和TrEMBL 中数据条目数列前10位的物种，包括中文名、英文名和拉丁文学名。
Swiss-Prot ：排名 条目数 中文名 英文名 拉丁文学名1 20264 人类 Human Homo sapiens2 16669 小鼠 Mouse Mus musculus3 12851 拟南芥 Mouse-ear cress Arabidopsis thaliana4 7897 大鼠 RatRattus norvegicus 5 6621 酿酒酵母 Baker's yeast Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)6 5984 家牛 Bovine Bos taurus7 5103 裂殖酵母 Fission yeast Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)8 4431 大肠杆菌Colibacillus Escherichia coli (strain K12) 9 4185 枯草杆菌 hay bacillus Bacillus subtilis (strain 168)10 4127 盘基网柄菌 Slime moldDictyostelium discoideumTrEMBL ：排名 条目数 中文名英文名 拉丁文学名1 590031 人类免疫缺陷病毒 Human immunodeficiency virus 1 --2 352018 海洋沉积物宏基因组marine sediment metagenome --3 217903 非培养细菌 uncultured bacterium --4 115939人类 Human Homo sapiens 5 105994 小麦 Wheat Triticum aestivum6 96773 粳稻 Rice Oryza sativa subsp. japonica7 92711 丙型肝炎病毒 Hepatitis C virus --8 81523 乙型肝炎病毒Hepatitis B virus -- 9 73928 大豆Soybean Glycine max 10 73055 矿山排水宏基因组 mine drainage metagenome --3) 列表说明以下已基本完成基因组测序的重要模式生物数据条目数总数N 、已审阅序列条目数Nr 、具有蛋白质证据的序列条目数Np 、在参考序列数据库RefSeq 中具有mRNA 序列的序列条目数Nm 、在蛋白质结构数据库PDB 中具有结构的序列条目数Nb 。
uniprot查属种的蛋白数目方法
uniprot查属种的蛋白数目方法在生物学研究中，了解特定属种的蛋白质数量是很重要的。
Uniprot是一个广泛使用的蛋白质数据库，提供了大量关于蛋白质的信息。
下面将介绍使用Uniprot查找特定属种的蛋白质数量的方法。
首先，打开Uniprot网站，并点击页面顶部的"搜索"选项卡。
在搜索框内输入你想要查找的属种名称，例如"人类"。
在下拉菜单中选择"Organism"作为搜索字段。
按下"搜索"按钮后，Uniprot将会显示与该属种相关的蛋白质信息列表。
在此列表中，你可以获得关于每种蛋白质的详细信息，包括蛋白质名称、序列、功能等。
要获取该属种的蛋白数目，可以在页面顶部的搜索结果摘要中查找包含"Reviewed (Swiss-Prot)"或"Unreviewed (TrEMBL)"标签的条目。
这些标签表示经过评审的蛋白质（Reviewed）或未经评审的蛋白质（Unreviewed）。
计算蛋白数目时，只需注意这些评审状态并统计相应标签下的条目数即可。
可以使用浏览器的查找功能（通常是按下键盘上的"Ctrl+F"键）来找到包含这些标签的条目数。
总结来说，使用Uniprot查找特定属种的蛋白数目方法为：在Uniprot网站上搜索该属种名称并选择"Organism"作为搜索字段，找到评审状态为"Reviewed"和"Unreviewed"的蛋白质条目，并统计它们的数量。
这样，你就能获取特定属种的蛋白数目信息了。
UniProt数据库高级检索及数据条目注释信息
数据库高级检索及数据条目注释信息姓名学号编号日期1.人珠蛋白家族检索1)写出从数据库中检索已审阅的人珠蛋白（）家族个亚基的步骤。
2)列表说明这个珠蛋白的登录号、蛋白质名称、和序列长度。
3)与血红蛋白亚基差异最大的序列是哪个？相同位点百分比？4)与血红蛋白亚基差异最小的序列是哪个？差异位点共多少个？3.列表说明从数据库中检索以下序列条目的步骤和结果：1)所有拟南芥序列2)已审阅拟南芥序列3)已审阅拟南芥序列中具有蛋白质证据的序列4)已审阅拟南芥序列中具有蛋白质证据、且具有跨膜螺旋的序列5)已审阅拟南芥序列中具有蛋白质证据、具有跨膜螺旋和信号肽的序列6)已审阅拟南芥序列中具有蛋白质证据、具有跨膜螺旋和信号肽、并具有二硫键的序列7)已审阅拟南芥序列中具有蛋白质证据、具有跨膜螺旋、信号肽、二硫键，且已经测定三维结构的序列3.课题相关蛋白检索1)数据库中与你研究课题相关的物种共有多少序列条目2)其中已审阅的序列条目有多少3)上述已审阅的序列条目中具有蛋白质证据的有多少4)上述具有蛋白质证据的条目中与你们实验室研究方向相关的有多少5)上述具有与你们实验室研究方向相关的序列中与你课题相关的有多少4.血红蛋白注释信息（请在认真查看注释信息基础上用中文总结，不要用屏幕拷贝）1)以人血红蛋白亚基为例，说明该序列条目包括几类相关文献。
2)以人血红蛋白亚基为例，说明该序列条目包括几类注释信息。
3)以人血红蛋白亚基为例，说明该序列条目包括哪些特征位点信息。
4)以人血红蛋白亚基为例，说明该序列条目包括哪几类数据库交叉链接，其中你最感兴趣的有哪些数据库。
5.豌豆内膜蛋白注释信息（请在认真查看注释信息基础上用中文总结，不要用屏幕拷贝）1)以豌豆内膜蛋白为例，说明该序列条目包括哪些注释信息。
2)通过注释信息或高级检索，查找拟南芥中与属于同一家族的内膜蛋白。
3)通过查看注释信息和多序列比对，找出拟南芥中的直系同源蛋白。
4)查看的注释信息，特别是拟南芥专门数据库和，并与的注释信息进行比较，说明如何将模式生物研究结果用于非模式生物。
UniProt数据库高级检索及数据条目注释信息
UniProt数据库高级检索及数据条目注释信息姓名________ 学号______________ 编号_____ 日期________1.人珠蛋白家族检索1)写出从UniProt数据库中检索已审阅的人珠蛋白（globin）家族12个亚基的步骤。
2)列表说明这12个珠蛋白的登录号、蛋白质名称、和序列长度。
3)与血红蛋白alpha亚基差异最大的序列是哪个？相同位点百分比？4)与血红蛋白beta亚基差异最小的序列是哪个？差异位点共多少个？3.列表说明从UniProt数据库中检索以下序列条目的步骤和结果：1)所有拟南芥序列2)已审阅拟南芥序列3)已审阅拟南芥序列中具有蛋白质证据的序列4)已审阅拟南芥序列中具有蛋白质证据、且具有跨膜螺旋的序列5)已审阅拟南芥序列中具有蛋白质证据、具有跨膜螺旋和信号肽的序列6)已审阅拟南芥序列中具有蛋白质证据、具有跨膜螺旋和信号肽、并具有二硫键的序列7)已审阅拟南芥序列中具有蛋白质证据、具有跨膜螺旋、信号肽、二硫键，且已经测定三维结构的序列3.课题相关蛋白检索1)UniProt数据库中与你研究课题相关的物种共有多少序列条目2)其中已审阅的序列条目有多少3)上述已审阅的序列条目中具有蛋白质证据的有多少4)上述具有蛋白质证据的条目中与你们实验室研究方向相关的有多少5)上述具有与你们实验室研究方向相关的序列中与你课题相关的有多少4.血红蛋白注释信息（请在认真查看注释信息基础上用中文总结，不要用屏幕拷贝）1)以人血红蛋白alpha亚基为例，说明该序列条目包括几类相关文献。
2)以人血红蛋白alpha亚基为例，说明该序列条目包括几类注释信息。
3)以人血红蛋白alpha亚基为例，说明该序列条目包括哪些特征位点信息。
4)以人血红蛋白alpha亚基为例，说明该序列条目包括哪几类数据库交叉链接，其中你最感兴趣的有哪些数据库。
5.豌豆内膜蛋白注释信息（请在认真查看注释信息基础上用中文总结，不要用屏幕拷贝）1)以豌豆内膜蛋白PPF1_PEA为例，说明该序列条目包括哪些注释信息。
UniProt数据库高级检索及数据条目注释信息
实用生物信息技术课程第3次作业1序列比对姓名________ 学号______________ 编号_________ 日期__________1. 从UniProt 数据库中提取人、小鼠、大鼠血红蛋白alpha 亚基蛋白质序列，进行全局比对，选择默认计分矩阵BLOSUM62和空位罚分，将比对结果填入表1。
分析比对结果，说明得到上述结果的原因和进一步分析思路。
表1 人、小鼠、大鼠血红蛋白alpha 亚基蛋白质序列比对结果 物种 Species 登录号 Accession得分 Score 相同氨基酸 Identity相同和相似氨基酸Similarity空位 Gaps 人/小鼠 / 人/大鼠 / 小鼠/大鼠/2. 从RefSeq 数据库中提取人、小鼠、大鼠血红蛋白alpha 亚基编码区序列，进行全局比对，将结果填入表2。
选择不同计分矩阵和空位罚分，分析比对结果。
表2 人、小鼠、大鼠血红蛋白alpha 亚基mRNA 编码区序列比对结果 物种 Species 登录号 Accession得分 Score 相同核苷酸 Identity相同和相似核苷酸Similarity空位 Gaps 人/小鼠 / 人/大鼠 / 小鼠/大鼠/3. 从UniProt 数据库中检索并提取人血红蛋白alpha 亚基和胞红蛋白（Cytoglobin ）序列，分别进行全局比对和局部比对，将比对结果填入表3。
分析比对结果，说明全局比对和局部比对的差别。
表3 人血红蛋白alpha 亚基和beta 亚基蛋白质序列比对结果比对方法 长度 得分 相同氨基酸 相同和相似氨基酸 空位 Needle Water 4. 将上述数据库检索、序列比对、结果分析的方法、思路、策略用于和你研究课题相关或你熟悉的蛋白质及其编码序列，分析比对结果，说明原因。
uniport使用方法
uniport使用方法
好的，以下是重新生成的UniProt使用方法：
1. 打开UniProt官方网站，您可以使用搜索引擎输入UniProt进行搜索，或者直接在网址栏输入UniProt官方网址。
2. 进入UniProt首页后，您可以选择浏览数据库中的内容，也可以使用搜索功能查找特定蛋白质或基因相关信息。
3. 在搜索框中输入您要查询的蛋白质名称、序列或标识符等关键词，选择搜索类型，然后点击“搜索”按钮。
4. UniProt将显示与搜索关键词相关的蛋白质信息列表。
您可以根据需要筛选结果，例如选择特定的蛋白质数据库或应用其他过滤条件。
5. 点击感兴趣的蛋白质条目，将进入该蛋白质的详细信息页面。
这里您可以查看该蛋白质的描述、结构域、修饰、相互作用等信息。
6. UniProt还提供了多种工具和资源，例如UniProtKB、UniRef、UniGene等，您可以根据自己的需求选择使用。
需要注意的是，为了能够使用UniProt的所有功能，您需要在UniProt上注册并登录。
注册时需要填写常用的邮箱地址，并设置一个强密码，包括数字、字母和字符，且长度达到6-8位以上，以保护账户安全。
如何用NCBI和uniprot数据库查找目的蛋白的氨基酸序列或目的基因的碱基序列
运用NCBI数据库查找目的蛋白序列或目的碱基序列第1种方法1•打开NCBI官网，并选择Gene菜单，如下图。
3.在搜索结果中查找目的蛋白，注意Description栏会标明物种信息，以human为例，Aliases 栏会列出目的蛋白的各种别名。
Search results1 to 20 or 203O See nlsc 1 cis匚ontinued DT Fgclaced items.Manre.iGene D Local bn Aliases MiM厂RPS6KA3 D 0197ri totcrrai oraisin St kin話pA3[H E: -^5 (hur ；m|Ch f crriownr# >.NC OOOC23 11■：207i99H 20267514^crriplenrfln：)CLS HU-3 ISPK-1.MAPKAPK1B F/RX19 RSKRSK2 S6K-al3hs3 p^^RSKZ.pc90RS<23C0D752•在搜索栏内输入想要查找的蛋白名称或基因名称，此处以基因RSK2为例，如图。
Page [l― nT 114.在Searchresult 页面中点击你要找的蛋白名称 (Name/Gene ID ),进入页面并在页面找到“ NCBI Refere nee Seque nces (RefSeq) ”条目，并在其子条目中找到" mRNA and Protei n(s) ”，查找mRNA 碱基序列点击 NM ，查找蛋白氨基酸序列点击 NP ,以下以查找 mRNA 碱基序列为例如 下 ：亠 NCBi Reference Sequences (RefSeq)S RefSeqs maintained i ndependently of Annotated GenomesThese reference sequences exist independ&ntl .■ of genome builds ExolminGenomic1 MG_0074S8.1 RefSeqGeneRange 5001.121722Download £亡n 日已nk. FAST 扎Viewer IGr 日ahiu 討iftNA andPrpteiniSj1. 一 ribosomal protein S6 kinase alpha-3identical proteins 己nd their aniiot^teci locmtions for NP D045『人 1GenBanlk +Homo sapiens ribosomal protein S6 kinase A3 (RPS6KA3), mRNANCBI Refe r encSequence" nM_00-1586.2申囂TAG I M ILSG J tn ti)在页面下方会列出 mRNA 的序列:LOCUSDEFINiriOIT ACCESSIONVEEEIONEE1TO4D3lffl_034535 7723 bf .tiEJlA linear PRI 33-JU L E-2015 Hemo m 呦idiif ribscdiiaJ. protein SS kin&et 卫3 (RPS6EA3)j mSJTi.HM_DO4.E86 ＜丄_8»3抽 HM_M41L2 冊_0噩嶺筑 2 GL;5624c4D4 ErfCtq, litjnu C UAIA ) H E 口 saiuz ：I ukaxyol a ¥ot ma. Oiordata Ciariati. Vectebrai d , Lutcl ooftuu , X 胡imMlii Eutheria Euaichonto^H^^- rriiTiates, Kaplcrthini.. Qataxrhe”，Honinidae, Hono,点击NM-004586.2进入页面后如下:NCBI ig phas rg oiA steuanep Gl nL Tibers in SsptemDDi 2Dlt Plsass ugm sccaesian ^rsion!皿吕匸［preORIGIN1 91 121 131 241 301 3S1 421 481 541 601 eai 721 731 841 901 961 1021 1081 1141 1201 1261 1321atguugctgg ugu耳gutggc gg耳GGUgtgg u包gaagatg百etgt百gagag uGcgtucgacmaMtEdaE aagtuaEtat caaagaaatt Ecaatuacac atu或[Emrigg 匚3g Tt 匚「t t 匚CTd ttNSNNEtNt F十ryl■十十jjra scatatfttggt筑邑aggttaatu也tucttttatt 亘tc汪3电ttgu attatguttt tuaa肚utg丑aazagagg~tga ~t g~t t cau：aga agwa^atgtc t ut ?c~t t ggc~t gaact tgcacttgc~teft gat二1：芋5 W丸一[二Nta+七 r -■!■-十-g-__q 耳：七芝十^丁三^- …「t 匚 r g 33 .[ + 3 ；_一十辽atertcEaE gtuatau~tua_gartgut£au tggtEEtett t±gE~tuttEa^Euua aacttggaat &匚cauagttt ttg?沪uutg aa吕ugca普ag tcttttau普a ggtgeamgautagat邑电mgttgaa园丑玄attcattttt ctca鱼u倉玄七也g宜etg电a注ta aaut毘tatag aagagaaalt~t~tt tg~t~tgctatt acbtuagMt^ atg呂/agcu呂age七為±gu已低ca寸tgEtg 丈呂匚呂tt u呂垃caigCEg Qc：agltattu力gtttautgHt第2中方法1•进入Uniplot数据库，在搜索栏中直接输入要查找的基因或蛋白名称，如下图:UniPnj,BLAST Align Retneve/ro im^pfwg■^h *- m ."litjn of uniPmr ig. to provide tfw acienti斤c ccwnmunity mi th 心conipr电hen西屮匕highrqinalitv and fir&eiy accessible re source Q F pUniRef•电qu电內亡E ekjfCe^r*'*UniParc5电!qu电『i亡电3『亡hiveProteomes换1他Swiss* Proi (551,705) fBfcs 3 Manuady annotatEcimnd revie wed. TrEMBL (65.370749)AutornsticdHy帚nriQt^t甯d «nd 仃口treviewed.Cross r#F,Supporting dataITaxyR^rrryrH1Di«ed!5@¥mSutK^llul^r I兀mgrtsKeywords國Uafrtirin] 口+ arl*&H I 11 niPrifiit Hst^3i2•进入以下页面:3.在搜索结果Entry name 栏中会列出不同物种选项，且会有 Protein names 及Genenames ，点击所要选择物种蛋白，进入以下页面。
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UniProt数据库高级检索及数据条目注释信息
姓名________ 学号______________ 编号_____ 日期________
1.人珠蛋白家族检索
1)写出从UniProt数据库中检索已审阅的人珠蛋白（globin）家族12个亚基的步骤。
2)列表说明这12个珠蛋白的登录号、蛋白质名称、和序列长度。
3)与血红蛋白alpha亚基差异最大的序列是哪个？相同位点百分比？
4)与血红蛋白beta亚基差异最小的序列是哪个？差异位点共多少个？
3.列表说明从UniProt数据库中检索以下序列条目的步骤和结果：
1)所有拟南芥序列
2)已审阅拟南芥序列
3)已审阅拟南芥序列中具有蛋白质证据的序列
4)已审阅拟南芥序列中具有蛋白质证据、且具有跨膜螺旋的序列
5)已审阅拟南芥序列中具有蛋白质证据、具有跨膜螺旋和信号肽的序列
6)已审阅拟南芥序列中具有蛋白质证据、具有跨膜螺旋和信号肽、并具有二硫键的序
列
7)已审阅拟南芥序列中具有蛋白质证据、具有跨膜螺旋、信号肽、二硫键，且已经测
定三维结构的序列
3.课题相关蛋白检索
1)UniProt数据库中与你研究课题相关的物种共有多少序列条目
2)其中已审阅的序列条目有多少
3)上述已审阅的序列条目中具有蛋白质证据的有多少
4)上述具有蛋白质证据的条目中与你们实验室研究方向相关的有多少
5)上述具有与你们实验室研究方向相关的序列中与你课题相关的有多少
4.血红蛋白注释信息（请在认真查看注释信息基础上用中文总结，不要用屏幕拷贝）
1)以人血红蛋白alpha亚基为例，说明该序列条目包括几类相关文献。
2)以人血红蛋白alpha亚基为例，说明该序列条目包括几类注释信息。
3)以人血红蛋白alpha亚基为例，说明该序列条目包括哪些特征位点信息。
4)以人血红蛋白alpha亚基为例，说明该序列条目包括哪几类数据库交叉链接，其中
你最感兴趣的有哪些数据库。
5.豌豆内膜蛋白注释信息（请在认真查看注释信息基础上用中文总结，不要用屏幕拷贝）
1)以豌豆内膜蛋白PPF1_PEA为例，说明该序列条目包括哪些注释信息。
2)通过注释信息或高级检索，查找拟南芥中与PPF1_PEA属于同一家族的内膜蛋白。
3)通过查看注释信息和多序列比对，找出拟南芥中PPF1_PEA的直系同源蛋白
ALB3_ARA TH。
4)查看ALB3_ARATH的注释信息，特别是拟南芥专门数据库AraPort和TAIR，并与
PPF1_PEA的注释信息进行比较，说明如何将模式生物研究结果用于非模式生物。
6.课题相关蛋白注释信息（请在认真查看注释信息基础上用中文总结，不要用屏幕拷贝）
1)以研究课题相关或你感兴趣的蛋白质为例，说明该序列条目包括几类相关文献。
2)以研究课题相关或你感兴趣的蛋白质为例，说明该序列条目包括几类注释信息。
3)以研究课题相关或你感兴趣的蛋白质为例，说明该序列条目包括哪些特征位点信
息。
4)以研究课题相关或你感兴趣的蛋白质为例，说明该序列条目包括哪几类数据库交叉
链接，其中你最感兴趣的有哪些数据库。
5)。