生物信息学分析方法介绍
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• 如果翻译序列中一端缺少起始或终止密码，则在葡萄网站中向 前或向后扩展，常扩展数为300，然后继续翻译和可行性分析。
可行性分析
在此贴入
分析结果处理
• 如果有功能区，则留用该基因，并且删除无用的葡萄基因序列 ，复制删后的基因片段属于葡萄基因网站确定基因准确位置
• 整理葡萄基因位置，具体区段碱基序列，翻译的蛋白质序列和 可行性分析图于文档中保存。
生物信息学分析方法介绍
葡萄基因查询与分析
引言
20世纪后叶现代生物科学尤其是分子生物学取得了一系列 突破性成就，使得生命科学在自然科学体系中的位置发生了革 命性的变化，成为21世纪的带头学科。
葡萄作为世界第二大水果，葡萄不仅有许多优良的生产特 点，而且独具很多生产发展优势。一旦数据库中拥有了葡萄全 基因组参考序列信息，再对其不同种的重测序就将变得十分便 捷和廉价。这将为生物科学家揭示各种生物体遗传、发育、疾 病、进化的机制打开科学之门。
• 翻译工具
http://web.expasy.org/translate/
• 功能分析工具
http://prosite.expasy.org/scanprosite/
在NCBI中搜索目标基因
在此输入
如搜索CO基因
选取目标功能区
1. 在筛选结果根据该物种于目标物种（如葡萄）亲缘关系（如同 界，同科）
2. 直接选取CDS区，复制于word文档下待用
a) 或在Analyze this sequence下，点击Run BLAST对比寻找，然后选 取CDS区，复制于word文档下待用
b) 如仍未找到合适的目标区段，则重复第1步
3. 多次筛选找到合适的目标CDS区，复制于Word下，去除数计， 标明物种来源和发布机构
最后根据翻译方式和起始和终止密码，在开始或末尾删除 多余的一个或两个碱基，得到准确的基因序列。
翻译区段处理
• 翻译方式
• 5'3' Frame 1 5'3' Frame 2 5'3' Frame 3 • 3'5' Frame 1 3'5' Frame 2 3'5' Frame 3
• 寻找起始密码Met和终止密码Stop，如在任意翻译方式中同时存 在起始和终止密码，且翻译区段有一定长度。则原网页返回改 用第二种翻译方式，然后选取翻译区段复制于功能分析网站， 进行可行性分析。
• 常用氨基酸密码
• 5'到3' ：
• 起始密码ATG • 终止密码TGA TAA TAG
• 3'到5' ：
• 起始密码CAT • 终止密码TCA TTA CTA
基础知识
反向互补
工具网站
• 葡萄基因检索对比网站
http://www.genoscope.cns.fr/cgi-bin/blast_server/projet_ML/blast.pl
翻译
• 筛选依据
• 选择右上方mRNA • 物种 • 核酸或核苷酸长度 • 提交机构
筛选
翻译结果
• 采用反复翻译法
起始与终止密码获取技巧
ห้องสมุดไป่ตู้
将基因片段直接贴入翻译工具中翻译，三个碱基翻译一个 蛋白质，需要注意的是明确翻译方向和翻译起始位。先跟据翻 译结果粗略的剪切（Ctrl+X）,此处不能直接删除，运用剪切如 果剪切过多可以复制（Ctrl+V）恢复原序列。如此重复剪切 1—3次，此时翻译结果中距离起始或终止密码只剩个数位的蛋 白质，数清蛋白质个数然后乘以三，进行精确删除。
在葡萄基因网站下贴入基因片段进行比对分析
对比分析
• 根据我们筛选的基因区段于葡萄基因库对比分析结果 • 一般似度大于200至少在80以上 • 如果存在，记录基因号以及具体区段号码 • 然后在葡萄基因网站下的Browser中检索出对比过的葡萄基因片
段，复制语翻译工具中翻译
基因扩增
点击扩增
在此贴入 （基因序列）
可行性分析
在此贴入
分析结果处理
• 如果有功能区，则留用该基因，并且删除无用的葡萄基因序列 ，复制删后的基因片段属于葡萄基因网站确定基因准确位置
• 整理葡萄基因位置，具体区段碱基序列，翻译的蛋白质序列和 可行性分析图于文档中保存。
生物信息学分析方法介绍
葡萄基因查询与分析
引言
20世纪后叶现代生物科学尤其是分子生物学取得了一系列 突破性成就，使得生命科学在自然科学体系中的位置发生了革 命性的变化，成为21世纪的带头学科。
葡萄作为世界第二大水果，葡萄不仅有许多优良的生产特 点，而且独具很多生产发展优势。一旦数据库中拥有了葡萄全 基因组参考序列信息，再对其不同种的重测序就将变得十分便 捷和廉价。这将为生物科学家揭示各种生物体遗传、发育、疾 病、进化的机制打开科学之门。
• 翻译工具
http://web.expasy.org/translate/
• 功能分析工具
http://prosite.expasy.org/scanprosite/
在NCBI中搜索目标基因
在此输入
如搜索CO基因
选取目标功能区
1. 在筛选结果根据该物种于目标物种（如葡萄）亲缘关系（如同 界，同科）
2. 直接选取CDS区，复制于word文档下待用
a) 或在Analyze this sequence下，点击Run BLAST对比寻找，然后选 取CDS区，复制于word文档下待用
b) 如仍未找到合适的目标区段，则重复第1步
3. 多次筛选找到合适的目标CDS区，复制于Word下，去除数计， 标明物种来源和发布机构
最后根据翻译方式和起始和终止密码，在开始或末尾删除 多余的一个或两个碱基，得到准确的基因序列。
翻译区段处理
• 翻译方式
• 5'3' Frame 1 5'3' Frame 2 5'3' Frame 3 • 3'5' Frame 1 3'5' Frame 2 3'5' Frame 3
• 寻找起始密码Met和终止密码Stop，如在任意翻译方式中同时存 在起始和终止密码，且翻译区段有一定长度。则原网页返回改 用第二种翻译方式，然后选取翻译区段复制于功能分析网站， 进行可行性分析。
• 常用氨基酸密码
• 5'到3' ：
• 起始密码ATG • 终止密码TGA TAA TAG
• 3'到5' ：
• 起始密码CAT • 终止密码TCA TTA CTA
基础知识
反向互补
工具网站
• 葡萄基因检索对比网站
http://www.genoscope.cns.fr/cgi-bin/blast_server/projet_ML/blast.pl
翻译
• 筛选依据
• 选择右上方mRNA • 物种 • 核酸或核苷酸长度 • 提交机构
筛选
翻译结果
• 采用反复翻译法
起始与终止密码获取技巧
ห้องสมุดไป่ตู้
将基因片段直接贴入翻译工具中翻译，三个碱基翻译一个 蛋白质，需要注意的是明确翻译方向和翻译起始位。先跟据翻 译结果粗略的剪切（Ctrl+X）,此处不能直接删除，运用剪切如 果剪切过多可以复制（Ctrl+V）恢复原序列。如此重复剪切 1—3次，此时翻译结果中距离起始或终止密码只剩个数位的蛋 白质，数清蛋白质个数然后乘以三，进行精确删除。
在葡萄基因网站下贴入基因片段进行比对分析
对比分析
• 根据我们筛选的基因区段于葡萄基因库对比分析结果 • 一般似度大于200至少在80以上 • 如果存在，记录基因号以及具体区段号码 • 然后在葡萄基因网站下的Browser中检索出对比过的葡萄基因片
段，复制语翻译工具中翻译
基因扩增
点击扩增
在此贴入 （基因序列）