常用化学化工互联网数据库简介
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化 学 世 界
2007 年
常用化学化工互联网数据库简介
李嘉轩 , 阎爱侠
( 北京化工大学 ,生命科学与技术学院 北京 100029)
3
摘 : 化合物各种常见性质的检索对化学化工工作者十分重要 。介绍了几个重要的化学化工互 要 联网数据库 ,包括 Chemfinder ,NCI ,SRC ,ZINC ,ChemBlink 五个数据库 ,并对其站点 、 内容和功能以及 使用技巧作了简要的阐述 。 关键词 : 化学 ; 数据库 中图分类号 : Z 89 文献标识码 :B 文章编号 :036726358 ( 2007) 052312202
Introduction of Several Chemical Databases on Internet
LI Jia2xuan , Y Ai2xia AN
( College of life science and technology , Beijing University of Chemical Technology , Beijing 100029 , China)
Abstract : It is important for chemical researchers to search various physiochemical properties of compounds in their work. Five important chemical databases on internet are introduced , including Chemfinder , NCI , SRC , ZINC , ChemBlink. Websites , content , function and using technique of these databases are also expounded. Key words : chemical ; database
随着化学化工以及制药领域的发展 , 人们对化 合物的结构和各种物化性质以及生物活性的检索也 越来越频繁 。伴随着生物和化学信息学的出现以及 网络技术的发展 , 一些重要的基于国际互联网服务
的化学化工数据库已经逐渐引起了人们的重视 , 它 们在使用方面比通常的书籍检索更方便 、 快捷 。现 对这些数据库做一个简单的介绍 。 1 Chemfinder 数据库 Chemfinder 是由英国 CambridgeSoft 公司提供的 ,
物一般都是最为常见的 。这个数据库的最大优点就 是查询方便 ,快捷 , 而且部分功能免费 , 相对价格低 廉。 Chemfinder. com 的检索途径包括 : 化学名称 ( 或 俗名) 、 ( Chemical Abstracts Service) 编码 、 CAS 分子式 、 相对分子质量 。注意 ,在输入化学名称时 ,如果名称 不完整 ,可以用 3 代替进行模糊检索 。通过检索可 以得到包括分子式 ,CAS 编码 ,相对分子质量 ,密度 , 熔点 , 沸点 , 闪点 , 溶解度 , 蒸汽压 , 蒸汽密度等化合
主要通过其网站为用户提供查询服务 , 多数数据库 是需要收费的 ,但是对于化合物基本性质和结构的 查询是免费的 。在首次使用这个数据库之前 , 用户 需要进行一下简单的注册 , 获取 chemfinder 的用户 名和密码就可以进行检索服务了 。该数据库的网址
物的基本性质 。此外 , 人们可以直接看到化合物的 二维结构图 , 并且通过点击 VIEW CHEM3D MODEL 看到三维结构图 。 2 NCI Database Browser 数据库检索 NCI 数据库是一个重要的化合物及药物结构和
是 http :Πchemfinder ,cambridgesoft . comΠ, 在这个网站 Π 上一共收集了大约 75 ,000 个化合物 ,而且这些化合
性质检索的数据库 , 一共有 250 ,251 个化合物结构 可以 进 行 检 索 。NCI Database Browser 的 网 址 是
收稿日期 :2007201201 基金项目 : 国家自然科学基金 (20605003) ; 国家 863 计划 (2006AA02Z337) ; 教育部留学回国人员基金 (20605003) 3 联系人 : Email :yanax @mail . buct . edu. cn
第5期
化 学 世 界
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互联网进行免费检索 , 而且整个数据库可以免费下 [1 、] 2 载 。 NCI 数据库的检索途径包括 : CAS 编码 ,NSC 编 码 ,分子式 , 相对分子质量 , 名称 , 化合物的结构 , 复 杂度 ,原子数目的范围 ,氢键接受体和给予体的数目 等选项 。此外 ,人们可以同时规定多个检索要求 ,从 而得到所需特定化合物的信息 。通过 NCI 数据库检 索可以得到化合物的以下信息 : 分子式 ,CAS 编码 , 相对分子质量 ,复杂度 ,抗 HIV 活性 , 氢键接受体和 给予体的数目 , 可旋转键的数目 ,logP , 有关生物活 性的预测值以及化合物结构的分子文件 ( SMILES , sdf 文件等) 。 此外 ,NCI 数据库还可以进行化合物的子结构 检索 ,相似性检索和三维药效团检索 ,通过检索可以 得到符合检索要求的一系列相似化合物 , 并且可以 下载它们的分子文件 ,这对药物设计有很大的帮助 。 需要指出的是 ,NCI 数据库中给出的分子的三维结 构不是通过实验测定的 , 而是通过 CORINA 软件根 [122 ] 据分子的二维结构计算而得到的 。
SRC 物理化学性质数据库是由 Syracuse 公司免
3 SRC 物理化学性质数据库
授实验室提供的一个可以直接用于进行虚拟筛选的 免费三维数据库 , 它的网址是 http :Πblaster. docking. Π orgΠ Π zinc choose. shtml ,其中包括 4 ,600 ,000 个化合物 。
ZINC 数据库的检索途径是化合物的 SMIELS 格式 ,
费提供的 ,一共包括 25 ,000 个化合物的基本物理化 学 性 质 , 它 的 网 址 是 http :Πwww. syrres. comΠ Π Π esc physdemo. htm 。这个数据库只有通过化合物的 CAS 编码才能进行检索 。如果检索者并不知道确切的 CAS 编码 ,在这个数据库的检索界面提供了一个可 以在线查询 CAS 编码的链接 。检索者只需要知道 化合物的名称或分子式就可以检索到相关化合物的 CAS 编码 ,然后就可以进一步检索化合物的物理化 学性质了 。通过检索可以得到化合物的名称 , 分子 式 ,相对分子质量 ,熔点 ,沸点 ,logP , 水溶解度 , 蒸汽 压 ,Pka ( acid dissociaon constant) ,Henry 常数等 。这个 数据库的优点就是方便 ,快捷 ,对于有些没有实验值 的性质提供了估计值作为参考 。
ZINC 是由美国加州大学旧金山分校 Shoichet 教 4 ZINC 数据库
同时还可以规定其它性质的范围 ,比如 : 静电荷的范
http :Π129. 43. 27. 140Π Π ncidb2Π,NCI 数据库可以通过
围 ,xlogP 的范围 ,可旋转键数目的范围 ,相对分子质 量的范围 ,氢键接受体和给予体的数目范围 ,极性表 面积的范围等等 。而且 ZINC 数据库还可以进行官 能团检索 。 ZINC 数据库的检索结果是与输入结构相类似 的一系列化合物 , 这对于药物的虚拟筛选及药物设 计很有帮助 。此外 ,ZINC 数据库的检索结果还给出 了一些化合物的重要性质 ,包括 xlogP ,溶解度 ,氢键 [3 ] 接受体数目 , 氢键给予体数目 , 电荷等 。通过检 索 ,人们可以看到化合物的二维结构和三维结构 ,而 且可 以 下 载 所 有 化 合 物 结 构 的 分 子 文 件 , 包 括 SMILES ,SDF ,MOL2 和 F1exibase 四种格式 。此外 ,在 检索到所需化合物相关信息后 , 还可以以表格的形 式下载化合物的相关信息 , 下载格式为 Excel 文件 , 以方便检索者的使用 。
5 ChemBlink 数据库 index. htm ,它最大的优点就是提供了中英文两个界 ChemBlink 的网址是 http :Πwww. chemblink. comΠ Π
2005 ,45 (1) :1772182. Comput Sci [J ] , 2002 ,41 (1) :46257. Sci [J ] , 2001 ,41 (3) :7022712.
面供查询者使用 , 检索界面下提供了中英文切换的 链接 。人们可以通过 CAS 编码 , 分子式 , 化合物名
称 ,供应商等进行检索 , 以得到相关的化合物的信 息。 通过检索人们可以看到化合物的结构 , 中英文 名称 , 相对分子质量 , 熔点 , 沸点 , 闪点 , 溶解度等性 质 。此外 ,该数据库还提供了该化合物供应商的信 息 ,方便人们购买 。 总之 , 通过利用以上互联网资源进行数据库的 检索 ,人们可以方便的得到所需化合物的结构 、 性质 以及购买信息 。 参考文献 :
[1 ] Voigt J H , Bienfait B , Wang S , et al . J Chem Inf Comput [