常用化学化工互联网数据库简介

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３１２　？

化　学　世　界

２００７　年

常用化学化工互联网数据库简介

李嘉轩　， 阎爱侠

（　北京化工大学　，生命科学与技术学院　北京　１０００２９）

３

摘 ：　化合物各种常见性质的检索对化学化工工作者十分重要　。介绍了几个重要的化学化工互　要　联网数据库　，包括　Ｃｈｅｍｆｉｎｄｅｒ　，ＮＣＩ　，ＳＲＣ　，ＺＩＮＣ　，ＣｈｅｍＢｌｉｎｋ　五个数据库　，并对其站点　、　内容和功能以及　使用技巧作了简要的阐述　。　关键词　：　化学　；　数据库　中图分类号　：　Ｚ　８９ 文献标识码　：Ｂ　文章编号　：０３６７２６３５８　（　２００７）　０５２３１２２０２

Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ　ｏｆ　Ｓｅｖｅｒａｌ　Ｃｈｅｍｉｃａｌ　Ｄａｔａｂａｓｅｓ　ｏｎ　Ｉｎｔｅｒｎｅｔ

ＬＩ　Ｊｉａ２ｘｕａｎ　， Ｙ　Ａｉ２ｘｉａ　ＡＮ

（　Ｃｏｌｌｅｇｅ　ｏｆ　ｌｉｆｅ　ｓｃｉｅｎｃｅ　ａｎｄ　ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ　，　Ｂｅｉｊｉｎｇ　Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ　ｏｆ　Ｃｈｅｍｉｃａｌ　Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ　，　Ｂｅｉｊｉｎｇ　１０００２９　，　Ｃｈｉｎａ）

Ａｂｓｔｒａｃｔ　：　Ｉｔ　ｉｓ　ｉｍｐｏｒｔａｎｔ　ｆｏｒ　ｃｈｅｍｉｃａｌ　ｒｅｓｅａｒｃｈｅｒｓ　ｔｏ　ｓｅａｒｃｈ　ｖａｒｉｏｕｓ　ｐｈｙｓｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ　ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ　ｏｆ　ｃｏｍｐｏｕｎｄｓ　ｉｎ　ｔｈｅｉｒ　ｗｏｒｋ．　Ｆｉｖｅ　ｉｍｐｏｒｔａｎｔ　ｃｈｅｍｉｃａｌ　ｄａｔａｂａｓｅｓ　ｏｎ　ｉｎｔｅｒｎｅｔ　ａｒｅ　ｉｎｔｒｏｄｕｃｅｄ　，　ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ　Ｃｈｅｍｆｉｎｄｅｒ　，　ＮＣＩ　，　ＳＲＣ　，　ＺＩＮＣ　，　ＣｈｅｍＢｌｉｎｋ．　Ｗｅｂｓｉｔｅｓ　，　ｃｏｎｔｅｎｔ　，　ｆｕｎｃｔｉｏｎ　ａｎｄ　ｕｓｉｎｇ　ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ　ｏｆ　ｔｈｅｓｅ　ｄａｔａｂａｓｅｓ　ａｒｅ　ａｌｓｏ　ｅｘｐｏｕｎｄｅｄ．　Ｋｅｙ　ｗｏｒｄｓ　：　ｃｈｅｍｉｃａｌ　；　ｄａｔａｂａｓｅ

随着化学化工以及制药领域的发展　，　人们对化　合物的结构和各种物化性质以及生物活性的检索也　越来越频繁　。伴随着生物和化学信息学的出现以及　网络技术的发展　，　一些重要的基于国际互联网服务

的化学化工数据库已经逐渐引起了人们的重视　，　它　们在使用方面比通常的书籍检索更方便　、　快捷　。现　对这些数据库做一个简单的介绍　。　１ Ｃｈｅｍｆｉｎｄｅｒ　数据库　Ｃｈｅｍｆｉｎｄｅｒ　是由英国　ＣａｍｂｒｉｄｇｅＳｏｆｔ　公司提供的　，

物一般都是最为常见的　。这个数据库的最大优点就　是查询方便　，快捷　，　而且部分功能免费　，　相对价格低　廉。　Ｃｈｅｍｆｉｎｄｅｒ．　ｃｏｍ　的检索途径包括　：　化学名称　（　或　俗名）　、　（　Ｃｈｅｍｉｃａｌ　Ａｂｓｔｒａｃｔｓ　Ｓｅｒｖｉｃｅ）　编码　、　ＣＡＳ　分子式　、　相对分子质量　。注意　，在输入化学名称时　，如果名称　不完整　，可以用　３　代替进行模糊检索　。通过检索可　以得到包括分子式　，ＣＡＳ　编码　，相对分子质量　，密度　，　熔点　，　沸点　，　闪点　，　溶解度　，　蒸汽压　，　蒸汽密度等化合

主要通过其网站为用户提供查询服务　，　多数数据库　是需要收费的　，但是对于化合物基本性质和结构的　查询是免费的　。在首次使用这个数据库之前　，　用户　需要进行一下简单的注册　，　获取　ｃｈｅｍｆｉｎｄｅｒ　的用户　名和密码就可以进行检索服务了　。该数据库的网址

物的基本性质　。此外　，　人们可以直接看到化合物的　二维结构图　，　并且通过点击　ＶＩＥＷ　ＣＨＥＭ３Ｄ　ＭＯＤＥＬ　看到三维结构图　。　２ ＮＣＩ　Ｄａｔａｂａｓｅ　Ｂｒｏｗｓｅｒ　数据库检索　ＮＣＩ　数据库是一个重要的化合物及药物结构和

是　ｈｔｔｐ　：Πｃｈｅｍｆｉｎｄｅｒ　，ｃａｍｂｒｉｄｇｅｓｏｆｔ　．　ｃｏｍΠ，　在这个网站　Π　上一共收集了大约　７５　，０００　个化合物　，而且这些化合

性质检索的数据库　，　一共有　２５０　，２５１　个化合物结构　可以　进　行　检　索　。ＮＣＩ　Ｄａｔａｂａｓｅ　Ｂｒｏｗｓｅｒ　的　网　址　是

收稿日期　：２００７２０１２０１　基金项目　：　国家自然科学基金　（２０６０５００３）　；　国家　８６３　计划　（２００６ＡＡ０２Ｚ３３７）　；　教育部留学回国人员基金　（２０６０５００３）　３　联系人　：　Ｅｍａｉｌ　：ｙａｎａｘ　＠ｍａｉｌ　．　ｂｕｃｔ　．　ｅｄｕ．　ｃｎ

第５期

化 学　世　界

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互联网进行免费检索　，　而且整个数据库可以免费下　［１　、］　２　载　。　ＮＣＩ　数据库的检索途径包括　：　ＣＡＳ　编码　，ＮＳＣ　编　码　，分子式　，　相对分子质量　，　名称　，　化合物的结构　，　复　杂度　，原子数目的范围　，氢键接受体和给予体的数目　等选项　。此外　，人们可以同时规定多个检索要求　，从　而得到所需特定化合物的信息　。通过　ＮＣＩ　数据库检　索可以得到化合物的以下信息　：　分子式　，ＣＡＳ　编码　，　相对分子质量　，复杂度　，抗　ＨＩＶ　活性　，　氢键接受体和　给予体的数目　，　可旋转键的数目　，ｌｏｇＰ　，　有关生物活　性的预测值以及化合物结构的分子文件　（　ＳＭＩＬＥＳ　，　ｓｄｆ　文件等）　。　此外　，ＮＣＩ　数据库还可以进行化合物的子结构　检索　，相似性检索和三维药效团检索　，通过检索可以　得到符合检索要求的一系列相似化合物　，　并且可以　下载它们的分子文件　，这对药物设计有很大的帮助　。　需要指出的是　，ＮＣＩ　数据库中给出的分子的三维结　构不是通过实验测定的　，　而是通过　ＣＯＲＩＮＡ　软件根　［１２２　］　据分子的二维结构计算而得到的　。

ＳＲＣ　物理化学性质数据库是由　Ｓｙｒａｃｕｓｅ　公司免

３ ＳＲＣ　物理化学性质数据库

授实验室提供的一个可以直接用于进行虚拟筛选的　免费三维数据库　，　它的网址是　ｈｔｔｐ　：Πｂｌａｓｔｅｒ．　ｄｏｃｋｉｎｇ．　Π　ｏｒｇΠ　Π　ｚｉｎｃ　ｃｈｏｏｓｅ．　ｓｈｔｍｌ　，其中包括　４　，６００　，０００　个化合物　。

ＺＩＮＣ　数据库的检索途径是化合物的　ＳＭＩＥＬＳ　格式　，

费提供的　，一共包括　２５　，０００　个化合物的基本物理化　学　性　质　，　它　的　网　址　是　ｈｔｔｐ　：Πｗｗｗ．　ｓｙｒｒｅｓ．　ｃｏｍΠ　Π　Π　ｅｓｃ　ｐｈｙｓｄｅｍｏ．　ｈｔｍ　。这个数据库只有通过化合物的　ＣＡＳ　编码才能进行检索　。如果检索者并不知道确切的　ＣＡＳ　编码　，在这个数据库的检索界面提供了一个可　以在线查询　ＣＡＳ　编码的链接　。检索者只需要知道　化合物的名称或分子式就可以检索到相关化合物的　ＣＡＳ　编码　，然后就可以进一步检索化合物的物理化　学性质了　。通过检索可以得到化合物的名称　，　分子　式　，相对分子质量　，熔点　，沸点　，ｌｏｇＰ　，　水溶解度　，　蒸汽　压　，Ｐｋａ　（　ａｃｉｄ　ｄｉｓｓｏｃｉａｏｎ　ｃｏｎｓｔａｎｔ）　，Ｈｅｎｒｙ　常数等　。这个　数据库的优点就是方便　，快捷　，对于有些没有实验值　的性质提供了估计值作为参考　。

ＺＩＮＣ　是由美国加州大学旧金山分校　Ｓｈｏｉｃｈｅｔ　教　４ ＺＩＮＣ　数据库

同时还可以规定其它性质的范围　，比如　：　静电荷的范

ｈｔｔｐ　：Π１２９．　４３．　２７．　１４０Π　Π　ｎｃｉｄｂ２Π，ＮＣＩ　数据库可以通过

围　，ｘｌｏｇＰ　的范围　，可旋转键数目的范围　，相对分子质　量的范围　，氢键接受体和给予体的数目范围　，极性表　面积的范围等等　。而且　ＺＩＮＣ　数据库还可以进行官　能团检索　。　ＺＩＮＣ　数据库的检索结果是与输入结构相类似　的一系列化合物　，　这对于药物的虚拟筛选及药物设　计很有帮助　。此外　，ＺＩＮＣ　数据库的检索结果还给出　了一些化合物的重要性质　，包括　ｘｌｏｇＰ　，溶解度　，氢键　［３　］　接受体数目　，　氢键给予体数目　，　电荷等　。通过检　索　，人们可以看到化合物的二维结构和三维结构　，而　且可　以　下　载　所　有　化　合　物　结　构　的　分　子　文　件　，　包　括　ＳＭＩＬＥＳ　，ＳＤＦ　，ＭＯＬ２　和　Ｆ１ｅｘｉｂａｓｅ　四种格式　。此外　，在　检索到所需化合物相关信息后　，　还可以以表格的形　式下载化合物的相关信息　，　下载格式为　Ｅｘｃｅｌ　文件　，　以方便检索者的使用　。

５ ＣｈｅｍＢｌｉｎｋ　数据库　ｉｎｄｅｘ．　ｈｔｍ　，它最大的优点就是提供了中英文两个界　ＣｈｅｍＢｌｉｎｋ　的网址是　ｈｔｔｐ　：Πｗｗｗ．　ｃｈｅｍｂｌｉｎｋ．　ｃｏｍΠ　Π

２００５　，４５　（１）　：１７７２１８２．　Ｃｏｍｐｕｔ　Ｓｃｉ　［Ｊ　］　，　２００２　，４１　（１）　：４６２５７．　Ｓｃｉ　［Ｊ　］　，　２００１　，４１　（３）　：７０２２７１２．

面供查询者使用　，　检索界面下提供了中英文切换的　链接　。人们可以通过　ＣＡＳ　编码　，　分子式　，　化合物名

称　，供应商等进行检索　，　以得到相关的化合物的信　息。　通过检索人们可以看到化合物的结构　，　中英文　名称　，　相对分子质量　，　熔点　，　沸点　，　闪点　，　溶解度等性　质　。此外　，该数据库还提供了该化合物供应商的信　息　，方便人们购买　。　总之　，　通过利用以上互联网资源进行数据库的　检索　，人们可以方便的得到所需化合物的结构　、　性质　以及购买信息　。　参考文献　：

［１　］ Ｖｏｉｇｔ　Ｊ　Ｈ　，　Ｂｉｅｎｆａｉｔ　Ｂ　，　Ｗａｎｇ　Ｓ　，　ｅｔ　ａｌ　．　Ｊ　Ｃｈｅｍ　Ｉｎｆ　Ｃｏｍｐｕｔ　［

２　］ Ｉｈｌｅｎｆｅｌｄｔ　Ｗ　Ｄ　，　Ｖｏｉｇｔ　Ｊ　Ｈ　，　Ｂｉｅｎｆａｉｔ　Ｂ　，　ｅｔ　ａｌ　．　Ｊ　Ｃｈｅｍ　Ｉｎｆ

［３　］ Ｊｏｈｎ　Ｊ　，　Ｉｒｗｉｎ　，　Ｂｒｉａｎ　Ｋ，　Ｓｈｏｉｃｈｅｔ．　Ｊ　Ｃｈｅｍ　Ｉｎｆ　Ｍｏｄｅｌ　［Ｊ　］　，　［４　］ ：　Πｃｈｅｍｆｉｎｄｅｒ．　ｃａｍｂｒｉｄｇｅｓｏｆｔ．　ｃｏｍ　ｈｔｔｐ　Π　Π　［５　］ ：　Π１２９．　４３．　２７．　１４０Π　ｈｔｔｐ　Π　ｎｃｉｄｂ２Π

［６　］ ：　Πｗｗｗ．　ｓｙｒｒｅｓ．　ｃｏｍΠ　Π　ｈｔｔｐ　Π　ｅｓｃ　ｐｈｙｓｄｅｍｏ．　ｈｔｍ　［８　］ ：　Πｗｗｗ．　ｃｈｅｍｂｌｉｎｋ．　ｃｏｍΠ　ｈｔｔｐ　Π　ｉｎｄｅｘ．　ｈｔｍ

［７　］ ：　Πｂｌａｓｔｅｒ．　ｄｏｋｉｎｇ．　ｏｒｇΠ　Π　ｈｔｔｐ　Π　ｚｉｎｃ　ｃｈｏｏｓｅ．　ｓｈｔｍｌ

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