序列分析软件DNAMAN的使用方法
序列分析软件DNAMAN 的使用方法简介
序列分析软件DNAMAN 的使用方法简介DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。
由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。
本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version 为例，简单介绍其使用方法。
打开DNAMAN，可以看到如下界面：第一栏为主菜单栏。
除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，第二栏为工具栏：第三栏为浏览器栏：在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提供20 个Channel，(如左所示：)点击Channel 工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。
每个Channel 可以装入一个序列。
将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel 中可以节约存取序列时间，加快分析速度。
此版本DNAMAN 提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel 中。
本文以具体使用DNAMAN 的过程为例来说明如何使用DNAMAN 分析序列。
1．将待分析序列装入Channel（１）通过File Open 命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。
（初始为channel1）可以通过激活不同的channel (例如：channel5)来改变序列装入的Channel。
（２）通过Sequence/Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel 。
通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。
2．以不同形式显示序列通过Sequence//Display Sequence 命令打开对话框，如下图所示：根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。
对话框选项说明如下：Sequence &Composition 显示序列和成分Reverse Complement Sequence 显示待分析序列的反向互补序列Reverse Sequence 显示待分析序列的反向序列Complement Sequence 显示待分析序列的互补序列Double Stranded Sequence 显示待分析序列的双链序列RNA Sequence 显示待分析序列的对应RNA 序列3．DNA 序列的限制性酶切位点分析将待分析的序列装入Channel，点击要分析的Channel，然后通过Restriction/Analysis 命令打开对话框，如下所示：参数说明如下：Results 分析结果显示其中包括：Show summary（显示概要） Show sites on sequence（在结果中显示酶切位点）Draw restriction map（显示限制性酶切图）Draw restriction pattern（显示限制性酶切模式图）Ignore enzymes with more than（忽略大于某设定值的酶切位点）Ignore enzymes with less than（忽略小于某设定值的酶切位点）Target DNA （目标DNA 特性）circular（环型DNA），dam/dcm methylation（dam/dcm 甲基化）all DNA in Sequence Channel（选择此项，在Sequence Channel 中的所有序列将被分析，如果选择了Draw restriction pattern，那么当所有的channel 中共有两条DNA 时，则只能选择两个酶分析，如果共有三个以上DNA 时，则只能用一个酶分析。
DNAman使用说明
查看文章DNAMAN使用说明书（中文）2008年04月16日星期三下午10:50DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。
由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。
本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version 为例，简单介绍其使用方法。
打开DNAMAN，可以看到如下界面：第一栏为主菜单栏。
除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，第二栏为工具栏：第三栏为浏览器栏：在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提供20 个Channel，(如左所示：)点击Channel 工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。
每个Channel 可以装入一个序列。
将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel 中可以节约存取序列时间，加快分析速度。
此版本DNAMAN 提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel 中。
本文以具体使用DNAMAN 的过程为例来说明如何使用DNAMAN 分析序列。
1．将待分析序列装入Channel（１）通过File Open 命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。
（初始为channel1）可以通过激活不同的channel (例如：channel5)来改变序列装入的Channel。
（２）通过Sequence/Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel 。
通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。
2．以不同形式显示序列通过Sequence//Display Sequence 命令打开对话框，如下图所示：根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。
序列分析软件DNAMAN的使用方法
序列分析软件DNAMAN的使用方法
2． 以不同形式显示序列
通过Sequence//Display Sequence 命令打开对话框，
根据不同的需要，可以选择显示不同的 序列转换形式。
菜单说明如下： Position 当前位置 Add Site 添加酶切位点 Add Element 添加要素 Add Text 添加文字 Insert Fragment 插入片断 Copy Fragment 复制片断 Cut Fragment 剪切片断 Remove Fragment 清除片断 Frame Thickness序边列框分析线软粗件细DNA调MA节N的使用方法
序列分析软件DNAMAN的使用方法
Annotations 是否显示注释 Comparision 比对参数， 其中Window 代表Window size（单位比对长度）， Mismatch 代表Mismatch size（单位比对长度中许
可的错配值）要快速比对，需将此项设为0。 Both stran 代表Both strand（双链比对）选择此项，
参数说明如下： Results 分析结果显示 其中包括： Show summary（显示概要） Show sites on sequence（在结果中显示酶切位点） Draw restriction map（显示限制性酶切图） Draw restriction pattern（显示限制性酶切模式图）
是指用Sequence 2 中的序列的正链和负链分别和 Sequence 1 比较。 Sequence 2 正链与Sequence 1 比较结果用黑色点 表示，Sequence 2 负链比对结果用红色点表示。
DNAMAN中文使用说明
DNAMAN中文使用说明好不容易找到了一个中文说明，希望可以帮助初学使用DNAMAN的朋友，更快的进入状态，当然现在网上也有汉化版的软件了，但是这个说明还是可以起到很好的帮助作用，与大家分享！DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。
由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。
本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version 为例，简单介绍其使用方法。
打开DNAMAN，可以看到如下界面：第一栏为主菜单栏。
除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，第二栏为工具栏：第三栏为浏览器栏：在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提供20 个Channel，(如左所示：)点击Channel 工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。
每个Channel 可以装入一个序列。
将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel 中可以节约存取序列时间，加快分析速度。
此版本DNAMAN 提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel 中。
本文以具体使用DNAMAN 的过程为例来说明如何使用DNAMAN 分析序列。
1．将待分析序列装入Channel（１）通过File Open 命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。
（初始为channel1）可以通过激活不同的channel (例如：channel5)来改变序列装入的Channel。
（２）通过Sequence/Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel 。
通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。
2．以不同形式显示序列通过Sequence//Display Sequence 命令打开对话框，如下图所示：根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。
序列分析软件DNAMAN的使用方法中文演示文稿
序列分析软件DNAMAN的使用方法中文演示文稿第一部分：软件介绍1.DNAMAN是什么？-DNAMAN是一款用于DNA和蛋白质序列分析的软件。
-它提供多种功能，包括序列比对、引物设计、限制酶分析和进化树构建等。
2.DNAMAN的应用领域-DNAMAN广泛应用于生物学、生物技术和医药领域。
-它可以帮助研究人员进行序列分析、设计实验方案和解读实验结果。
第二部分：基本序列比对1.创建新项目-打开DNAMAN软件，点击“新建”按钮创建新项目。
-输入项目名称和序列信息，保存并打开该项目。
2.导入序列-点击“导入”按钮，选择需要比对的序列文件，点击“确定”导入。
-系统会自动将序列导入到项目中。
3.序列比对-选择需要比对的序列，点击“比对”按钮进行序列比对。
-系统会自动比对序列并生成比对结果。
4.结果解读-比对结果以图形和文本形式展示。
-可以通过选择不同的比对算法和调整参数来优化比对结果。
第三部分：引物设计1.创建新项目-打开DNAMAN软件，点击“新建”按钮创建新项目。
-输入项目名称和序列信息，保存并打开该项目。
2.导入标记序列-点击“导入”按钮，选择需要设计引物的标记序列文件，点击“确定”导入。
-系统会自动将标记序列导入到项目中。
3.引物设计-点击“引物设计”按钮，选择设计引物的参数和算法。
-系统会根据所选参数和算法自动生成引物设计结果。
4.结果解读-引物设计结果以图形和文本形式展示。
-可以通过选择不同的参数和算法来优化引物设计结果。
第四部分：限制酶分析1.创建新项目-打开DNAMAN软件，点击“新建”按钮创建新项目。
-输入项目名称和序列信息，保存并打开该项目。
2.导入限制酶序列-点击“导入”按钮，选择需要分析的限制酶序列文件，点击“确定”导入。
-系统会自动将限制酶序列导入到项目中。
3.限制酶分析-点击“限制酶分析”按钮，选择分析参数和算法。
-系统会根据所选参数和算法自动进行限制酶分析。
4.结果解读-限制酶分析结果以图形和文本形式展示。
DNAMAN的使用方法
文件菜单中选择“打开”或通过快捷键Ctrl+O，打开存储在计算机中的DNA序列文件。
保存文件
文件菜单中选择“保存”或通过快捷键Ctrl+S，将更改后的DNA序列存储到硬盘或其他存储设 备中。
文件格式要求
只支持常见的序列文件格式如FASTA、GenBank等，可以选择单个文件或批量导入。
D N A 序列的导入和编辑
分析序列统计学
序列长度分布
序列特征统计图
DNAMAN可以为所有序列生成序 列长度分布图，从而确定序列长 度最常见的地方，并且甚至可以 根据自己的喜好来更改分布参数。
这是用于比较DNA序列中各类特 征的常用工具。统计图通常是以 直方图的形式出现，幸运的是 DNAMAN可以自动生成这种统计 图并轻松进行定位和分析。
D N A 序列编辑
D N A 序列导入
D N A 序列统计信息
DNAMAN提供多种序列编辑工具， 例如添加碱基、删除碱基、反转 序列和互补序列等。
DNAMAN支持多种序列格式导入， 例如FASTA、GenBank等。
在编辑界面右侧的信息面板中， DNAMAN会自动生成序列的碱基 组成、止旋镇性能力等信息。
多样性分析
发现多样性和图形化分组模型对 于了解疾病的分布和传播至关重 要，DNAMAN通过比对分析大量 的DNA序列，可以进行多样性分 析并演示图形化分组模型。
D N A M A N 在植物和动物遗传学中的应用
BA C分析
通过资料库查询和选择BAC、 BIBAC、Cosmid等载体中的 DNA，进行序列分析和匹配 以获得目标DNA序列。
常见问题解答
1 D N A M A N 支持哪些文件格式？
便携式数据格式（PDF）、HTML网页、Microsoft Word和图像文件（PNG、JPEG、GIF）等。
序列分析软件DNAMAN_的使用方法中文
饶志明
博士/教授／ 博士生导师
江南大学生物工程学院工业微生物中心 江南大学工业生物技术教育部重点实验室
E-mail: raozhm@
DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析 软件。由于它功能强大，使用方便，已 成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。
oligoprimerprimergeneratordnaman如何使用primerpremier50引物设计多重pcr引物设计探针设计引物评析引物同源性分析用blastn软件进行同源性比较选择两个引物3端与同一非目的基因不同源的序列作为引物设计题目一xx微生物xx酶基因的克隆及其在大肠杆菌中的表达目的基因编码如耐高温淀粉酶生淀粉酶普鲁兰酶植酸酶碱性甘露聚糖酶脂肪酶碱性蛋白酶谷氨酰胺转移酶木聚糖酶纤维素降解酶甘油脱氢酶甘油脱水酶荧光素酶葡萄糖苷酶过氧化物酶过氧化氢酶已糖激酶葡萄6磷酸脱氢酶乳酸脱氢酶苹果酸脱氢酶尿酸酶胆红素氧化酶吡喃葡萄糖激酶单宁酶表达载体
（2）多序列同源性分析
通过打开Sequence/Multiple Sequence Alignment 命令打开对话框， 参数说明如下： File 从文件中选择参加比对的序列 Folder 从文件夹中选择参加比对的序列 Channel 从channel 中选择参加比对的序列 Dbase 从数据库中选择参加比对的序列 Remove 清除选择的序列（鼠标点击左边显示框中的 序列名选择） Clear 清除全部序列
2． 以不同形式显示序列
通过Sequence//Display Sequence 命令打开对话框， 根据不同的需要，可以选择显示不同的 序列转换形式。 对话框选项说明如下： Sequence &Composition 显示序列和 成分
DNAman使用方法
7．画质粒模式图
参数说明如下： Name : 要添加的酶切位点 的名称(例如HindIII) Position:位置（以碱基数表 示） 点击 Add Element选项，出 现如下对话框：
• Type :要素类型（共有三种类型， 鼠标点击即可切换） • （c）olor/Pattern: 填充色（共有 16种颜色供选择） • Name: 要素名称 • Start /End/Size:要素起点/终点/粗 细度 • 点击Add Text选项，出现如下对 话框：
6.PCR引物设计
点击 按钮，出现下列对话框： 选择选项，点击 按钮，出现:
7．画质粒模式图
• 我们常常要用到各种质粒图，无论是制作幻灯片，还是发 表文章，常常需要质粒图。DNAMAN 提供强大的绘质粒 图功能，能满足我们的需要。通过Restriction/Draw map 命令打开质粒绘图界面：
DNAMAN 使用方法
• 1．将待分析序列装入Channel
• • • • • •
2．以不同形式显示序列 3．DNA序列的限制性酶切位点分析 4．DNA序列比对分析 5．序列同源性分析 6. PCR引物设计 7．质粒模式图绘制
DNAMAN 使用方法
• DNAMAN是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能 强大，使用方便，已成为普遍使用的DNA序列分析工具。 以DNAMAN 5.2.9 Demo version为例，简单介绍其使用 方法。打开DNAMAN，可以看到如下界面：
• 输入要保存酶列表的文件名，点击 按钮即可保存。 自制酶列表可以方便分析特定的酶切位点。 • • Cutter 酶切识别序列长度；End 酶切产生的末端，其中 包括，Blunt（平头末端），5’Overhang（5’突出粘性末 端）,3’Overhang(3’突出粘性末端)，系统根据cutter和 end的设定情况,在左边酶列表中显示符合条件的酶。最后， 点击 按钮执行操作。
序列分析软件DNAMAN的使用方法简介
序列分析软件DNAMAN的使用方法简介吕惠平(新疆大学生命科学与技术学院；新疆生物资源基因工程重点实验室，乌鲁木齐，830046) DNAMAN是一种常用的核酸序列分析软件。
由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA序列分析工具。
本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version为例，简单介绍其使用方法。
打开DNAMAN，可以看到如下界面：第一栏为主菜单栏。
除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，第二栏为工具栏：第三栏为浏览器栏：在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel工具条，DNAMAN提供20个Channel，(如左所示：)点击Channel工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。
每个Channel可以装入一个序列。
将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel中可以节约存取序列时间，加快分析速度。
此版本DNAMAN提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的 Channel中。
本文以具体使用DNAMAN的过程为例来说明如何使用DNAMAN分析序列。
1．将待分析序列装入Channel（１）通过File Open命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。
（初始为channel1）可以通过激活不同的channel (例如：channel5)来改变序列装入的Channel。
（２）通过Sequence/Load Sequence菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。
通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。
2．以不同形式显示序列通过Sequence//Display Sequence命令打开对话框，如下图所示：根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。
序列分析软件DNAMAN的使用
序列分析软件DNAMAN的使用序列分析软件DNAMAN是一款功能强大的生物信息学工具，主要用于DNA和蛋白质序列的分析和处理。
它提供了许多常用的生物计算方法和算法，可以帮助研究人员进行序列比对、物种进化分析、序列重组等研究工作。
下面我将为您详细介绍DNAMAN软件的使用方法。
-如果您已经有一个序列文件，可以直接选择"导入序列"，弹出一个文件选择对话框，选择要导入的序列文件。
2.序列比对-在菜单栏中选择"工具"，点击"比对分析"选项，即可进入序列比对界面。
- 在“比对分析”界面，选择要进行比对的序列，可以是单一序列或者多个序列，然后选择合适的比对算法，例如Smith-Waterman或Needleman-Wunsch。
-点击"比对"按钮，软件将自动对序列进行比对，并输出比对结果。
-您可以通过比对结果窗口中的工具对比结果进行进一步分析和处理。
3.进化分析-在菜单栏中选择"工具"，点击"进化分析"选项，即可进入进化分析界面。
-在“进化树构建”界面，选择要进行进化分析的序列，可以是多个物种的序列。
- 选择合适的进化树构建方法，常用的有最大似然法（Maximum Likelihood）和邻接法（Neighbor-Joining）。
-点击"构建"按钮，软件将自动对序列进行进化分析，并输出进化树结果。
-您可以通过进化树窗口中的工具对进化树进行可视化和进一步分析。
4.序列重组-在菜单栏中选择"工具"，点击"序列分割"选项，即可进入序列重组界面。
-在“序列分割”界面，选择要进行序列重组的参考序列和待重组序列。
-配置合适的参数，例如重组窗口大小、重组窗口滑动步长等。
-点击"分割"按钮，软件将自动对待重组序列进行重组，并输出重组结果。
DNAMAN使用说明
DNAMAN使用说明书DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。
由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。
本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version 为例，简单介绍其使用方法。
打开DNAMAN，可以看到如下界面：第一栏为主菜单栏。
除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，第二栏为工具栏：第三栏为浏览器栏：在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提供20 个Channel，(如左所示：)点击Channel 工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。
每个Channel 可以装入一个序列。
将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel 中可以节约存取序列时间，加快分析速度。
此版本DNAMAN 提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel 中。
本文以具体使用DNAMAN 的过程为例来说明如何使用DNAMAN 分析序列。
1．将待分析序列装入Channel（１）通过File Open 命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。
（初始为channel1）可以通过激活不同的channel (例如：channel5)来改变序列装入的Channel。
（２）通过Sequence/Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel 。
通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。
2．以不同形式显示序列通过Sequence//Display Sequence 命令打开对话框，如下图所示：根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。
对话框选项说明如下：Sequence &Composition 显示序列和成分Reverse Complement Sequence 显示待分析序列的反向互补序列Reverse Sequence 显示待分析序列的反向序列Complement Sequence 显示待分析序列的互补序列Double Stranded Sequence 显示待分析序列的双链序列RNA Sequence 显示待分析序列的对应RNA 序列3．DNA 序列的限制性酶切位点分析将待分析的序列装入Channel，点击要分析的Channel，然后通过Restriction/Analysis 命令打开对话框，如下所示：参数说明如下：Results 分析结果显示其中包括：Show summary（显示概要） Show sites on sequence（在结果中显示酶切位点）Draw restriction map（显示限制性酶切图）Draw restriction pattern （显示限制性酶切模式图）Ignore enzymes with more than（忽略大于某设定值的酶切位点）Ignore enzymes with less than（忽略小于某设定值的酶切位点）Target DNA （目标DNA 特性）circular（环型DNA），dam/dcm methylation（dam/dcm 甲基化）all DNA in Sequence Channel（选择此项，在Sequence Channel 中的所有序列将被分析，如果选择了Draw restriction pattern，那么当所有的channel 中共有两条DNA 时，则只能选择两个酶分析，如果共有三个以上DNA 时，则只能用一个酶分析。
DNAMAN使用说明
序列分析软件DNAMAN的使用方法简介DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。
由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA序列分析工具。
本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version为例，简单介绍其使用方法。
打开DNAMAN，可以看到如下界面：第一栏为主菜单栏。
除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，第二栏为工具栏：第三栏为浏览器栏：在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel工具条，DNAMAN提供20个Channel，(如左所示：)点击Channel工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。
每个Channel可以装入一个序列。
将要分析的序列（DNA序列或氨基酸序列）放入Channel中可以节约存取序列时间，加快分析速度。
只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel 中。
本文以具体使用DNAMAN的过程为例来说明如何使用DNAMAN分析序列。
1．将待分析序列装入 Channel（１）通过File Open命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。
（初始为channel1）可以通过激活不同的 channel (例如：channel5)来改变序列装入的 Channel。
（２）通过Sequence/Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入 Channel 。
通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。
2．以不同形式显示序列通过Sequence//Display Sequence命令打开对话框，如下图所示：根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。
对话框选项说明如下：Sequence &Composition显示序列和成分Reverse Complement Sequence显示待分析序列的反向互补序列Reverse Sequence显示待分析序列的反向序列Complement Sequence显示待分析序列的互补序列Double Stranded Sequence显示待分析序列的双链序列RNA Sequence显示待分析序列的对应RNA序列3．DNA 序列的限制性酶切位点分析将待分析的序列装入Channel，点击要分析的Channel，然后通过Restriction/Analysis命令打开对话框，如下所示：参数说明如下：Results 分析结果显示其中包括：Show summary（显示概要）Show sites on sequence（在结果中显示酶切位点）Draw restriction map（显示限制性酶切图）Draw restriction pattern（显示限制性酶切模式图）Ignore enzymes with more than（忽略大于某设定值的酶切位点）Ignore enzymes with less than（忽略小于某设定值的酶切位点）Target DNA （目标 DNA 特性）circular（环型 DNA），dam/dcm methylation（dam/dcm 甲基化）all DNA in Sequence Channel（选择此项，在 Sequence Channel 中的所有序列将被分析，如果选择了Draw restriction pattern，那么当所有的channel中共有两条DNA时，则只能选择两个酶分析，如果共有三个以上DNA时，则只能用一个酶分析。
DNAman使用方法
按扭， 按扭，出现
Enzyme ：代表 代表enzyme data file，点击旁边的下拉按钮，出现两个默认选项 ，点击旁边的下拉按钮， ，restrict.enz和dnamane.enz，如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制 和 ，如果添加过自制的酶列表， 酶列表文件名。其中restrict.enz数据文件包含 种限制酶，dnamane.enz 数据文件包含180种限制酶 种限制酶， 酶列表文件名。其中 数据文件包含 数据文件包含2524种限制酶。选择其中一个数据文件，相应的酶在左边的 种限制酶。 数据文件包含 种限制酶 选择其中一个数据文件， 显示框中列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称， ），鼠标双击酶名称 显示框中列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称，则对应的酶被 选中，在右边空白框中列出。要自制酶切列表， 选中，在右边空白框中列出。要自制酶切列表，可以从左边酶列表中双击 鼠标选择多种酶（例如puc18 multiple cloning sites），然后点击 ），然后点击 鼠标选择多种酶（例如 ）， 按 钮出现下列对话框： 钮出现下列对话框：
5．序列同源性分析 ．
（1）两序列同源性分析 ） 通过Sequence/Two Sequence Alignment命令打开对话框，如 命令打开对话框， 通过 命令打开对话框 下所示： 下所示： 参数说明如下： Alignment method ：比对方法， 通常可选Quick(快速比对)或 Smith&Waterman(最佳比对)，当 选择快速比对时，设置较小的ktuple值，可以提高精确度，当序 列较长时，一般要设置较大的ktuple值（DNA序列：k-tuple值可选范 序列： 序列 值可选范
[应用]DNAMAN使用说明
![[应用]DNAMAN使用说明](https://img.taocdn.com/s3/m/1b5ad8c93c1ec5da50e270f5.png)
DNAMAN使用说明书DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。
由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。
本文以DNAMAN Demo version 为例，简单介绍其使用方法。
打开DNAMAN，可以看到如下界面：第一栏为主菜单栏。
除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，第二栏为工具栏：第三栏为浏览器栏：在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提供20 个Channel，(如左所示：)点击Channel 工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。
每个Channel 可以装入一个序列。
将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel 中可以节约存取序列时间，加快分析速度。
此版本DNAMAN 提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel 中。
本文以具体使用DNAMAN 的过程为例来说明如何使用DNAMAN 分析序列。
1．将待分析序列装入Channel（１）通过File Open 命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。
（初始为channel1）可以通过激活不同的channel (例如：channel5)来改变序列装入的Channel。
（２）通过Sequence/Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel 。
通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。
2．以不同形式显示序列通过Sequence择需要的选项，点击按钮，出现：点击按钮，完成操作。
7．画质粒模式图我们常常要用到各种质粒图，无论是制作幻灯片，还是发表文章，常常需要质粒图。
DNAMAN提供强大的绘质粒图功能，能满足我们的需要。
DNAMAN使用方法
序列分析软件DNAMAN的使用方法简介吕惠平(新疆大学生命科学与技术学院；新疆生物资源基因工程重点实验室，乌鲁木齐，830046) DNAMAN是一种常用的核酸序列分析软件。
由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA序列分析工具。
本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version为例，简单介绍其使用方法。
打开DNAMAN，可以看到如下界面：第一栏为主菜单栏。
除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，第二栏为工具栏：第三栏为浏览器栏：在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel工具条，DNAMAN提供20个Channel，(如左所示：)点击Channel工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。
每个Channel可以装入一个序列。
将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel中可以节约存取序列时间，加快分析速度。
此版本DNAMAN提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的 Channel中。
本文以具体使用DNAMAN的过程为例来说明如何使用DNAMAN分析序列。
1．将待分析序列装入Channel（１）通过File Open命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。
（初始为channel1）可以通过激活不同的channel (例如：channel5)来改变序列装入的Channel。
（２）通过Sequence/Load Sequence菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。
通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。
2．以不同形式显示序列通过Sequence//Display Sequence命令打开对话框，如下图所示：根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。
DNAMAN的使用演讲用
DNAMAN 是美国 Lynnon Biosoft 公司开发的高度 集成化的分子生物学应用软件,可以用于多重序列比 对、PCR 引物设计、限制性酶切分析、质粒绘图、 蛋白质分析等,几乎囊括了所有日常核酸、蛋白质序 列的分析工作。 该软件功能强大、操作简单,是所有 生物信息学研究人员、分子生物学工作者所必备
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输入要保存酶列表的文件名，点击 按钮即可 保存。段序列是否含有特定的酶切位点群。 Cutter 酶切识别序列长度 End 酶切产生的末端类型 其中包括，Blunt（平头 末端），5’Overhang（5’突出粘性末端） ,3’Overhang(3’突出粘性末端) 系统根据cutter和end的设定情况,在左边酶列表中显 示符合全部设定条件的酶。
最后，点击
按钮执行操作。显示容下图
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限制性酶切模式图
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限制性酶切图
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6bp
U nknow n
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其中包括： Summary in text window（ 在text 文件中显示概要） sequence（在结果中显示酶切位点） restriction sites on
restriction map（显示限制性酶切图） Ignore enzymes with more than（忽略切点 多于设定的切点个数的酶） Ignore enzymes with less than（忽略切点少于设定的切点个数的酶） restriction pattern in graphic window（显示限制性酶切模式图Target DNA （目 标DNA特性）
序列分析软件DNAMAN的使用方法中文演示文稿
1.2.1 基于NCBI/Blast软件的核酸序列同源性分析 /blast/blast.cgi
1.2.2 核酸序列的两两比较
名选择）
Clear 清除全部序列
第十七页，共52页。
点击按钮，出现方法选择对话框：
选择其中一种方法，点击按钮，出现下列对话框： 如果在前一对话框选择的是Fast alignment,则在此对话框中选择
Quick alignment,否则选择 Dynamic alignment 即可。其它参数不必
Sequence 2 正链与Sequence 1 比较结果用黑色点表示， Sequence 2 负链比对结果用红色点表示。
第十四页，共52页。
Plot box 点阵图表显示参数， Position（起点坐标）
Width（宽度值） Height（高度值）
Frame size（边框线粗度值）
第八页，共52页。
3．DNA 序列的限制性酶切位点分析
Ignore enzymes with more than（忽略大于某设定 值的酶切位点）
Ignore enzymes with less than（忽略小于某设定值 的酶切位点）
Target DNA （目标DNA 特性） Circular（环型DNA）， dam/dcm methylation（dam/dcm 甲基化）
通常可选Quick(快速比对)或Smith&Waterman(最佳比 对)，
当选择快速比对时，设置较小的k-tuple 值，可以提高精确
度，
当序列较长时，一般要设置较大的k-tuple 值。k-tuple
值可选范围2—6；
蛋白质序列：k-tuple 值可选范围1—3。
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DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析 软件。由于它功能强大，使用方便，已 成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。
打开DNAMAN，可以看到如下界面：
第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外，有十个 常用主菜单， 第二栏为工具栏： 第三栏为浏览器栏： 在浏览器栏下方的工作 区左侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提 供20 个Channel，点击Channel 工具条上相 应的数字，即可击活相应的Channel。 每个Channel 可以装入一个序列。将要分析 的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入 Channel 中可以节约存取序列时间，加快分 析速度。
Annotations 是否显示注释 Comparision 比对参数， 其中Window 代表Window size（单位比对长度）， Mismatch 代表Mismatch size（单位比对长度中许 可的错配值）要快速比对，需将此项设为0。 Both stran 代表Both strand（双链比对）选择此项， 是指用Sequence 2 中的序列的正链和负链分别和 Sequence 1 比较。 Sequence 2 正链与Sequence 1 比较结果用黑色点 表示，Sequence 2 负链比对结果用红色点表示。
ห้องสมุดไป่ตู้
选择所需的项目，然后按提示操作点击按扭，出现下 列对话框： 参数说明如下： Enzyme 代表（enzyme data file），点击旁边的下拉按钮， 出现两个默认选项，restrict.enz 和dnamane.enz， 如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制酶列表文 件名。 其中restrict.enz 数据文件包含180 种限制酶， dnamane.enz 数据文件包含2524 种限制酶。 选择其中一个数据文件，相应的酶在左边的显示框中 列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称，则 对应的酶被选中，在右边空白框中列出。
4．DNA 序列比对分析 （Dot Matrix Comparision）
要比较两个序列，可以使用DNAMAN 提供的序列比对工具Dot Matrix Comparision （点矩阵比较）通过 Sequense/Dot matrix comparision 命令打开比对界面， 点击对比界面左上角的按钮，出现下列 对话框：
3．DNA 序列的限制性酶切位点分析
Ignore enzymes with more than（忽略大于某设 定值的酶切位点） Ignore enzymes with less than（忽略小于某设定 值的酶切位点） Target DNA （目标DNA 特性） Circular（环型DNA）， dam/dcm methylation（dam/dcm 甲基化） all DNA in Sequence Channel（选择此项，在 Sequence Channel 中的所有序列将被分析，如果选 择了Draw restriction pattern，那么当所有的 channel 中共有两条DNA 时，则只能选择两个酶分 析，如果共有三个以上DNA 时，则只能用一个酶分 析。）
要自制酶切列表，可以从左边酶列表中双击鼠标选择多种酶（例 如puc18 multiple cloning sites）， 然后点击按钮出现下列对话框： 输入要保存酶列表的文件名，点击按钮即可保存。自制酶列表可 以方便分析特定的酶切位点。 Cutter 酶切识别序列长度； End 酶切产生的末端，其中包括， Blunt（平头末端）， 5’Overhang（5’突出粘性末端）, 3’Overhang(3’突出粘性末端)， 系统根据cutter 和end 的设定情况,在左边酶列表中显示符合条 件的酶。最后，点击按钮执行操作。
如何使用DNAMAN 分析序列
1．将待分析序列装入Channel 通过File Open 命令打开待分析序列文件，则 打开的序列自动装入默认Channel。 通过Sequence/Load Sequence 菜单的子菜 单打开文件或将选定的部分序列装入 Channel 。 通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination 命令打开 一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性 质（DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段 等参数。
3．DNA 序列的限制性酶切位点分析
将待分析的序列装入Channel，点击要分析的 Channel，然后通过Restriction/Analysis 命令打开 对话框， 参数说明如下： Results 分析结果显示 其中包括： Show summary（显示概要） Show sites on sequence（在结果中显示酶切位点） Draw restriction map（显示限制性酶切图） Draw restriction pattern（显示限制性酶切模式图）
参数说明如下：
Sequence type 序列类型 Sequence 1 参加比对的第一序列选择框，框内选项 说明如下： 如果要比对的序列在Channel 中，点击下拉箭头，选 择相应的Channel，则被选中的Channel 中的序列作 为参加比对的第一序列； 也可以从文件夹中选择参加比对的序列，在File 选择 框上点击即可。通过Length 选择参加比对的序列片 段。 Sequence 2 参加比对的第二序列选择框；选项说明 同上 Show Sequence 选择此项，当同源性大于设定值时， 将显示同源性；
2． 以不同形式显示序列
通过Sequence//Display Sequence 命令打开对话框， 根据不同的需要，可以选择显示不同的 序列转换形式。 对话框选项说明如下： Sequence &Composition 显示序列和 成分
2． 以不同形式显示序列
Reverse Complement Sequence 显示待分 析序列的反向互补序列 Reverse Sequence 显示待分析序列的反向 序列 Complement Sequence 显示待分析序列的 互补序列 Double Stranded Sequence 显示待分析序 列的双链序列 RNA Sequence 显示待分析序列的对应RNA 序列