内参基因选择相关软件

参考文献： Accurate normalization of real-time quantitative RT-PCR data by
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geometric averaging of multiple internal control genes， 2002， Genome Biology
例如：
参考文献：Determination of stable housekeeping genes, differentially
regulated target genes and sample integrity: BestKeeper–Excel-based tool
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using pair-wise correlations， 2004， Biotechnology Letters
参考文献：Normalization of Real-Time Quantitative Reverse Transcription-
PCR Data: A Model-Based Variance Estimation Approach to Identify Genes
Suited for NormaFra Baidu bibliotekization, Applied to Bladder and Colon Cancer Data Sets，
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2004， cancer research
内参基因选择相关软件
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相关软件
GeNorm程序 NormFinder 程序 BestKeeper 程序
获得最稳定的内参基因
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GeNorm程序是Jo Vandesompele于 2002年编写的专门用qPCR方法选择内参基 因的程序。geNorm程序核心原理是：不同 实验条件或不同组织细胞中，2个理想看家 基因表达水平的比值在所有样本中应当一 致，表达水平比值变异度的增加意味着看 家基因表达稳定性的下降。该程序将某一 看家基因与其他看家基因表达水平的两两 比值经对数变换后，计算其平均标准差作 为基因表达稳定度的平均值M。对所有候 选看家基因的表达稳定度进行排序，看家 基因的M值越小，表示该看家基因的表达 越稳定。GeNorm程序可以用于筛选任何组 细胞的任意数量内参基因，选择出2个以上， 而不是传统地使用单一内参基因，有利于 系统偏差的校正，得到更可靠的相对定量 结果。另外geNorm程序可以利用对标准化 因子进行差异分析确定所需看家基因的最 适数目。
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GeNorm计算公式
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BestKeeper是Michael等(2004)编写的针对 内参基因和目标基因进行选择的程序。 BestKeeper软件可以比较100个样品中10个内 参基因和10个目标基因的表达水平。具体操 作是把原始数据输入BestKeeper 软件的Excel 表格中，内参基因和目标基因进行单独分析。 BestKeeper程序在每个基因之间产生配对的 相关系数和BestKeeper指数（每个候选基因 Ct值的几何平均数），根据其值的大小进行 比较。其优点是不但可以分析内参基因的稳 定性，而且可以比较目标基因的表达水平。
NormFinder 程序是用于选择合适内参基 因的工具，由 Claus 等 2004 年编写其运行 原理与 geNorm 程序类似，产生基因表达稳 定值,然后根据稳定值排序，最终将表达稳 定值最小的基因作为最稳定的基因。其缺点 是只能选择一适的内参基因作标准。而 geNorm 程序通过基因配对的形式,筛选出最 不稳定基因，然后将剩下基因重新排序重新 配对进行筛选，最终选出适当数目的合适基 因。