DNA序列分析方法汇总

盘丽鱼属鱼类线粒体DNA细胞色素b基因序列和亲缘关系分析:
测序结果用DNA序列分析软件Vector8．0进行同源性分析，并进行人工核对校正。用M。ga3． 0软件(Kimura 2一parameter)统计序列的碱基组成、转换颠换值和遗传距离，并构建N．J(Neighbor．J。ining)系统进化树和UW．MA(unweighted pair group method using arithmetic．dVe )系统进化树。

沙鳅亚科鱼类线粒体DNA 控制区结构分析及系统发育关系的研究
DNA 序列的排列(Align2ment) 使用Clustal X软件[11 ] ,并在SEAVIEW程序[12 ]中对序列进行手工调整。对比GenBank 中缨口鳅线粒体DNA 全序列,找到控制区的起点和终点。并以CSB2F 和CSB1 的起点分别作为终止序列区、中央保守区和保守序列区的分界线。

日本杂色鲍线粒体DNA基因克隆和序列分析
用DNAStar软件包中的Seqman进行DNA序列比对，用MegaBASE附带软件进行核对。用DNAsp软件计算变异位点、简约性信息位点，个体间平均核苷酸差异数，单倍型多样性指数及核苷酸多样性指数.通过MEGA3.0统计序列组成，根据Kimura 双参数模型计算遗传距离，并做出COI及16S rRNA基因片段聚类图。

几种蛏mtDNA基因克隆与序列分析
用DNAStar软件包中的Seqman进行DNA序列的核对和比对。用DNAMAN软件计算变异位点、个体间平均核苷酸差异数、单倍型多样性指数。通过MAGA3.0统计序列组成，根据Kimura双参数模型计算遗传距离，并做出16S rRNA基因片段NJ（neighbor-joining）和UPGMA树。
序列中各碱基的含量及变异情况应用Mega2. 1 软件进行统计。
分子系统发育关系的重建采用Mega2. 1 中的邻接法(Neighbor2joining , NJ ) ,PAUP中的最大简约法(Maximum parsimony , MP ) , 以及TREE2PUZZLE510[14 ]软件中的最大似然法(Maximum likelihoo ,
ML) 。其中NJ 树的构建采用Kimura 双参数法,MP树采用启发式搜索(Heuristic search) ,树二等分再连
接选项( Tree2bisection2reconnection , TBR) 。NJ 树和MP 树分支的置信度以1000 次自展分析(Bootstrap
analysis) 进行重复检验。ML 法采用HKY85 替代模型,采用Quartet puzzling 搜索,重复10 000 次估计各
分支的支持率。

新疆3种雅罗鱼线粒体DNA控制区序列的差异和系统进化关系
用Chromas、DNAman4．0软件对所有样品的正、反向序列进行重叠区拼接并辅以人工核对。3种雅罗鱼24条序列同源排列并剪除非确定序列后得到667～669 bp的同源基因序列。
用MEGA1．02软件确定所有序列的单倍用Tamura＆Nei的方法分析个体和种间的遗传距离，从遗传距离得出群体内和群体间的序列差异和同源性选择真鳊的同源序列作外群(登录号：AJ388404)，用Tamura＆Nei的方法分析个体和种间的遗传距离，NJ法和UPGMA法构建分子系统进化树。