微生物分类鉴定
微生物分类鉴定方法
微生物分类鉴定方法
微生物分类鉴定方法是指利用生物学和化学原理,对微生物进行分类和鉴定的方法。
随着微生物学的不断发展,微生物分类鉴定方法也在不断更新和完善。
下面将介绍几种常见的微生物分类鉴定方法。
1. 双盲分离法
双盲分离法是指将待分类的微生物样本随机分成两组,一组用于实验,一组用于对照。
实验组和对照组分别使用不同的培养基进行培养,然后通过分离技术将两种培养基中的微生物进行分离。
通过双盲分离法可以消除实验者的主观因素,提高分类的准确性。
2. 形态学鉴定法
形态学鉴定法是指通过观察微生物的形态结构,对其分类进行鉴定的方法。
常见的形态学鉴定方法包括细胞壁结构、细胞骨架、鞭毛、伪足等特征。
通过比较不同微生物的形态结构,可以初步确定其分类方向。
3. 基因组学鉴定法
基因组学鉴定法是指通过分析微生物的基因组序列,对其分类进行鉴定的方法。
基因组学鉴定法可以通过比对微生物基因组序列,确定其属于同一类微生物的不同亚种。
该方法对于复杂微生物的鉴定和分析非常有用。
4. 代谢谱鉴定法
代谢谱鉴定法是指通过分析微生物代谢物的结构、组成和功能,对其分类进行鉴定的方法。
代谢谱鉴定法可以确定微生物的代谢途径和代谢物,从而确定其分类方向。
除了上述方法外,还有其他许多微生物分类鉴定方法,如免疫学鉴定法、荧光
法、PCR法等。
不同的分类方法有不同的优缺点,选择合适的分类方法,可以有效提高微生物分类鉴定的精度和效率。
第二章 微生物的分类鉴定
细菌常用固相杂交法：
（参照菌株）A菌 B菌（待测） ↓ ↓ DNA DNA ↓ ↓ （ 同位素标记、酶切并解链）单链 单链（固定于滤膜上，未标记） ↓ 最适温度复性杂交 ↓ 洗涤 ↓ 测定放射强度 ↓ 杂交率（以参照菌株自身复性的放射性值为百分之百 ） ﹥60%同一个种；﹥70%同一亚种；20～60%同属不同种
对于许多有争议的种的界定和建立新种起了重要作用
② DNA-rRNA杂交 rRNA是DNA转录的产物，在生物进化过程中， 其碱基序列的变化比基因组要慢得多，保守得多， 它甚至保留了古老祖先的一些碱基序列。因此， 当两个菌株的DNA-DNA杂交率很低或不能杂交 时，用DNA-rRNA杂交仍可能出现较高的杂交 率，因而可以用来进一步比较关系更远的菌株之 间的关系，进行属和属以上等级分类单元的分类。 DNA-DNA杂交和DNA-rRNA杂交的原理和方法 基本相同，只是在技术细节上有些差异，如 DNA-rRNA杂交中，用同位素标记的是rRNA而 不是DNA等等。
（5）对氧的要求 好氧、微好氧、厌氧及兼性厌氧 （6）对温度的适应性 最低温、最适温、最高温、产物积累温度、 致死温度 （7）对PH的适应性 在一定PH条件下的生长能力及生长的PH范围 生长的PH范围：肠道细菌较宽；血液寄生微生 物较窄，因循环系统PH一般稳定在7.3
微生物分类鉴定
第三节微生物的分类鉴定方法一、微生物鉴定的依据获得纯化的微生物分离菌株后，首先判定是原核微生物还是真核微生物,这实际上在分离过程中所使用的方法和选择性培养基已经决定了分离菌株的大类的归属，从平板菌落的特征和液体培养的性状都可加以判定.然后，如是原核微生物，便可根据表14—3 所示的经典分类鉴定指标进行鉴定，如条件允许,可做碳源利用的BIOLOG-GN 分析和16S rDNA 序列分析。
多项结果结合起来确定分离菌株的属和种。
表14—3 微生物经典分类鉴定方法的指标依据二、微生物鉴定的技术与方法根据目前微生物分类学中使用的技术和方法，可把它们分成四个不同的水平：①细胞形态和行为水平,②细胞组分水平，③蛋白质水平，④基因组水平；在微生物分类学发展的早期,主要的分类鉴定指标是以在细胞形态和习性为主，可称为经典的分类鉴定法。
其他三种实验技术主要是60 年代以后采用的，称为化学分类和遗传学分类法，这些方法再加上数值分类鉴定法，可称为现代的分类鉴定方法。
（一）、经典分类鉴定法经典分类法是一百多年来进行微生物分类的传统方法.其特点是人为地选择几种形态生理生化特征进行分类,并在分类中将表型特征分为主、次。
一般在科以上分类单位以形态特征、科以下分类单位以形态结合生理生化特征加以区分。
最后,采用双歧法整理实验结果，排列一个个的分类单元，形成双歧检索表（图14—4 ）。
A。
能在60 o C 以上生长B。
细胞大，宽度1.3～1.8mm ……………………………………… 1。
热微菌属（Thermomicrobium )BB。
细胞小，宽度0。
4～0。
8mmC. 能以葡萄糖为碳源生长D。
能在pH4.5 生长…………………………………………… 2. 热酸菌属（Acidothermus )DD. 不能在pH4.5 生长………………………………………………… 3。
栖热菌属（Thermus ）CC. 不能以葡萄糖为唯一碳源……………………… 4. 栖热嗜油菌属（栖热嗜狮菌属Thermoleophilum )AA。
微生物的分类与鉴定
高通量鉴定技术的展望
01 基因测序技术
高通量测序技术能够快速获取微生物全基因组信 息，为微生物分类与鉴定提供了新的手段。
02 自动化鉴定系统
开发自动化鉴定系统，能够快速、准确地鉴定大 量微生物样本，提高鉴定效率。
03 标准化与数据库建设
建立标准化的微生物分类与鉴定数据库，为高通 量鉴定技术的广泛应用提供支持。
THANKS
感谢观看
微生物的分类与鉴定
汇报人：
202X-12-24
目录
• 微生物的分类 • 微生物的鉴定方法 • 微生物的鉴定技术 • 微生物鉴定的应用 • 微生物分类与鉴定的挑战与展望
01
微生物的分类
细菌
革兰氏阳性菌
具有厚重的细胞壁，对青霉素敏感。
厌氧菌
在缺氧环境中生长繁殖。
革兰氏阴性菌
具有较薄的细胞壁，对青霉素不敏感。
详细描述
分子生物学鉴定是通过分析微生物的基因序列、蛋白质表达等分子特征来进行分类和鉴定的方法。这种方法具有 很高的准确性和灵敏度，可以用于鉴定难以通过形态和生理生化特征鉴别的微生物。例如，PCR技术和基因测序 技术可以用于检测和鉴定特定的微生物。
03
微生物的鉴定技术
基因测序技术
基因测序技术是利用现代生物技术对微生物基因组进行 测序，通过比对已知基因库，确定微生物的种属和基因 型。
微生物分类与鉴定的挑战与
05
展望
微生物多样性的挑战
微生物种类繁多
微生物种类数量庞大，形态多样，给分类与鉴定带来很大挑战。
鉴定方法有限
传统的微生物鉴定方法依赖于形态、生理生化特征等，对于某些特 殊或稀有微生物可能难以准确鉴定。
微生物生态学研究需求
微生物的分类与鉴定
23
➢ 《伯杰氏系统细菌学手册》1984-1989（第一版） ➢ 1986年第一卷 :一般医学上或工业的重要的革兰
氏阴性菌 ➢ 1988年第二卷:除了放线菌之外的革兰氏阳性菌 ➢ 1989年第三卷:古细菌、蓝细菌和第一卷以外的
其余的G-菌 ➢ 1989年第四卷:放线菌
生物分类的传统指标
形态学特征、 生理学特征、 生态学特征
从不同层次(细胞的、分子的)，用不同学科(化学、物理学、遗传 学、免疫学、分子生物学等)的技术方法来研究和比较不同微生 物的细胞、细胞组分或代谢产物，从中发现的反映微生物类群特征 的资料。
在现代微生物分类中，任何能稳定地反映微生物种类特征的资料， 都有分类学意义，都可以作为分类鉴定的依据。
生物分类学上种以下的分类单位。但其基本特征仍未超脱原种范 围的一群个体。
种内某一个体可能由于突变而发生变异，在自然选择和人工选择 下，这种变异会在种内不断扩散，最后形成某些遗传性不同于原 种的一个群体。
变种仍能和原种进行基因交流。 变种和亚种没有本质差别，有时常混用。
指某一明显而稳定的特征与模式种不同的种，有时称 小种。
一、分类单元及其等级
界 （Kingdom） (Regnum) 门 （Phylum） (Phylum) 纲（Class） (Classis) 目（Order） (Ordo) 科（Family） (Familia)
属（Genus） (Genus) 种（Species） (Species)
微生物的分类单位
种和亚种指定模式菌株（type strain）； 亚属和属指定模式种（type species）； 属以上至目级分类单元指定模式属（type genus）； 模式菌株应送交菌种保藏机构保藏，以便备查考和索取。
微生物分类鉴定方法
和多样性。
微生物生态学研究
02
探究微生物在生态系统中的作用和相互关系，揭示微生物生态
学规律。
微生物进化研究
03
通过比较不同种类的微生物基因序列，研究微生物的进化历程
和演化规律。
06
微生物分类鉴定展望
新技术与新方法的开发与应用
基因组学技术
利用全基因组测序技术， 对微生物进行更精确的分 类鉴定，同时揭示其进化 关系和功能特性。
标准操作程序
制定统一的微生物分类鉴定标准 操作程序，提高全球范围内分类 鉴定的准确性和可靠性。
标准化数据库
建立标准化的微生物分类鉴定数 据库，整合不同来源的数据，为 研究者提供全面的参考信息。
人工智能在微生物分类鉴定中的应用
图像识别
利用人工智能技术对微生物形态进行自动识 别和分析，提高分类鉴定的效率和准确性。
详细描述
通过分析微生物的基因组序列信息，如16S rRNA基因序列、DNA指纹图谱等，与已知的微生物基因组序列信息 进行比对，从而对微生物进行分类鉴定。该方法准确度高，能够更精确地区分不同种类的微生物，但实验操作较 为复杂，需要较高的技术要求。
免疫学鉴定法
总结词
基于微生物的抗原特异性进行分类鉴定的方法。
SILVA数据库
专门针对核糖体小亚基RNA序列进行整理和校对，为细菌和古菌的分 类鉴定提供参考。
RDP数据库
基于核糖体大亚基的数据库，主要用于真核微生物的分类鉴定。
EzBioCloud数据库
包含了各种生物信息学工具和微生物物种信息，为微生物分类鉴定提 供全面的数据支持。
微生物分类鉴定软件
01
RDP Classifier：基于核糖体大亚基序列的分类软件，适用于真核微 生物的分类鉴定。
微生物的分类学和鉴定技术
微生物的分类学和鉴定技术微生物是指体形微小而能自主繁殖的生物体，包括细菌、真菌、病毒等多种类型。
微生物是生命的基础单元之一，广泛存在于自然界和人类体内，既有益于人类，也可能对人类健康构成威胁。
因此，了解微生物的分类学和鉴定技术对于生命科学和医疗保健等领域具有重要意义。
一、微生物分类学微生物分类学是指对微生物进行分类和鉴定的学科，其目的是建立一套科学的分类体系，以方便研究、鉴定和应用。
微生物分类学的基础是形态学、生理学和生化学等，通过对微生物形态、生长特性、代谢产物等进行研究，进而归纳出微生物的分类系统。
目前，主要的微生物分类方法包括形态学、生理学、生化学、分子生物学等。
1. 形态学分类法形态学分类法是最早的微生物分类法之一，通过对微生物的形态特征进行分类和鉴定。
该方法主要适用于细菌和真菌等多细胞体生物，通过观察细胞形态、胞壁、胞膜、菌落等特征，将其划分为不同的种类。
例如，细菌可以根据形态、大小、染色性质、运动方式等特征进行分类，如革兰氏染色可以将细菌分为革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌，形态特征可以将细菌分为球菌、杆菌、弧菌、螺旋杆菌等。
2. 生理学分类法生理学分类法是根据微生物的代谢特性进行分类和鉴定。
通过研究微生物的营养需求、代谢能力、乳酸发酵等特征，将其划分为不同的种类。
该方法适用于细菌和真菌等多细胞体生物。
例如，乳酸杆菌可以通过研究其乳酸代谢能力进行分类，如以乳酸杆菌为主发酵的食品，可根据不同的发酵条件来控制菌群的比例，进而产生不同种类的发酵食品。
3. 生化学分类法生化学分类法是根据微生物代谢产物和生化反应特征进行分类和鉴定，通过研究微生物代谢物质的产生和分解途径等，将其划分为不同的种类。
该方法适用于细菌和真菌等多细胞体生物。
例如，黄色链霉菌通过对黄色素的合成和代谢进行研究，可以发现其对糖类、氨基酸和核苷类物质的利用能力较为广泛，从而对其进行分类鉴定。
4. 分子生物学分类法分子生物学分类法是将微生物的分类鉴定从形态、生理、生化等方面转向生物分子水平的一种分类鉴定方法。
第十一章微生物的分类和鉴定ppt课件
例1：苏云金芽孢杆菌蜡螟亚种 Bacillus thuringiensis （subsp）galleria 例2：椭圆酿酒酵母（或酿酒酵母椭圆变种） Saccharomyces cerevisiae （var）ellipsoideus
由于细菌分类单元的划分缺乏一个易于操作的统一标准， 为了减少因采用不同标准界定分类单元所造成的混乱， 细菌系统分类也像其他生物分类一样采用“模式概念”
学名（scientific name）
指一个菌种的科学名称，它是按照《国际 细菌命名法规》命名的、国际学术界公认并通 用的正式名字。
一、双名法（binominal nomenclature）
双名法指一个物种的学名由前面一个属名（generic name）和后面一个种名加词（specific epithet）两部分
Ainsworth从1966年起，就把真菌界分为两大门 （粘菌门和真菌门），并把真菌门再分成五个亚门。 目前，该系统已为各国广大真菌分类学者所普遍采 用，影响较大。
三、酵母菌的分类
酵母菌的分类普遍采用荷兰的Loddov在1970 年提出的分类系统。
在这个分类系统中，以是否形成各类有性孢子 作为分类的起点，
细致的观察和测试，参照一定的，用对比的方法来 确定该微生物的分类地位。
第一节 通用分类单元
三、种以下的分类单元
亚种（subspecies，subsp.，ssp.） 变种（variety，var.） 型（form） 类群（group） 菌株（strain） 小种（race） 相（phase） 态（state）
一般指自然存在的微生物交互变异中的一定阶段。
（八）态（state）
通常指微生物的菌落变异状态，如粗糙、光 滑或粘液状等。
微生物分类鉴定的方法
微生物分类鉴定的方法1.形态学分类：这是最基本也是最传统的微生物分类方法。
通过观察微生物的形态特征，如细胞形状、大小、颜色、胞壁结构等，来进行分类鉴定。
典型的形态学分类方法包括显微镜观察、染色法、显微观察等。
2.生理学分类：通过对微生物的生理特征进行观察和测定，来进行分类鉴定。
生理学分类侧重于微生物的生长环境、生长要求、生长曲线等特征，能够揭示微生物与环境的相互关系。
常见的生理学分类方法包括生物化学试验、生长条件试验等。
3.生化学分类：通过观察和测定微生物的生化特征，如碳源利用能力、氮源利用能力、氧需求量等，来进行分类鉴定。
这种分类方法可通过对微生物的代谢产物分析，从而更直接地鉴定微生物的分类位置。
4.分子生物学分类：这是一种相对新兴的分类方法，通过对微生物的遗传物质进行分析，来进行分类鉴定。
分子生物学技术如DNA序列分析、PCR等，能够更精确地鉴定微生物的分类位置，并且具有高度的重复性和可靠性。
除了以上几种常用的分类方法，还有一些特殊的分类鉴定方法，如：5.免疫学分类：通过对微生物的免疫特征进行观察和测定，来进行分类鉴定。
常用的免疫学分类方法包括酶联免疫吸附试验(ELISA)、流式细胞术等。
6.基因组学分类：利用整个基因组序列和基因组结构等信息对微生物进行分类鉴定。
这种分类方法可以揭示微生物间的亲缘关系，为微生物分类提供了更深入的信息。
需要注意的是，用于微生物分类鉴定的方法往往需要多种方法的综合应用。
使用不同的分类方法，可以得到更全面和准确的鉴定结果。
此外，随着技术的不断发展和创新，还会出现更多精确和快速的微生物分类鉴定方法。
能用于微生物分类鉴定的常用指标
能用于微生物分类鉴定的常用指标
1 微生物分类鉴定
微生物分类鉴定是在微生物学相关领域中非常重要的一个方面，
主要是对人们所使用的微生物（包括古菌类、细菌类、真菌类和病毒类）进行分类鉴定，以弄清它们的种属，为进一步的研究奠定实验的
基础。
鉴定阶段，研究者会使用一系列的常用指标来进行判断，这些
指标将为微生物的特征提供有力的证据。
2 常用指标
（1）形态、结构和生长特征：可以根据形状、长度、直径、外观、菌体团粒大小、杆菌体分离情况、孢子样式等等来进行微生物分类鉴定。
（2）生理生化性状：可以根据耐受性（如温度、压力、化学物质等）、营养需要性（碳源、氮源、磷源、镁源等）、能力（如酶CD 等）、活跃性（活菌数目等）等参数，进行微生物分类鉴定。
（3）分子生物学检测：该指标无需制备切片，操作方便，可以准确、灵敏、快速地检测微生物丰度，如16S rRNA、18S rRNA 等技术，HPLC 技术等。
3 结论
微生物分类鉴定一般会根据微生物形态、结构和生长特征、生理
生化性状、分子生物学技术等指标，将微生物划分为若干不同的类别，
以辨别它们的种属。
这是为微生物研究的进一步研究奠定基础的重要过程之一。
微生物的分类和鉴定
微生物的分类和鉴定微生物是指一些无法被肉眼看见的微小生物体，包括细菌、真菌、病毒、藻类等。
它们分布在自然界的各个角落中，有些可以帮助人类完成一些任务，有些则可以危害人类的健康和生命。
要想深入了解微生物，就需要对其进行分类和鉴定。
微生物分类的基础是形态学和生理学。
根据形态、结构和特征可将微生物分为单细胞和多细胞两种。
单细胞微生物主要包括细菌、放线菌和蓝藻等，而多细胞微生物主要包括真菌和藻类等。
细菌是最常见的一种微生物，其主要形态有球形、杆状、螺旋形等。
细菌能够利用无机、有机物质进行代谢活动，并能把这些物质转化为能量和新生物体。
细菌可以被广泛应用于药品、食品、饮料、纺织品等领域。
放线菌是一种具有菌丝体的微生物，外形上有别于细菌，也被称为“菌丝菌”。
放线菌的代谢活动非常活跃，能产生多种抗生素等物质，因此在药品生产中具有很大的应用价值。
蓝藻是一种原生光合细菌，通常生长在水中。
蓝藻利用光合作用可以把二氧化碳和水转化为能量和有机化合物，并释放氧气。
蓝藻对环境保护具有很大的作用，可以修复受污染的水体。
真菌是指一类生活在土壤、树木、植物和动物体表面的生物，通常是由菌丝组成的。
真菌可以分为支链菌、酵母菌和担子菌等多种类型。
真菌能够分解有机物质，促进土壤的肥力，同时也可以用于食品和药品生产。
藻类是一类生活在水中或潮湿环境中的微生物，可以分为绿藻、褐藻、红藻等多种类型。
藻类具有光合作用能力，可以产生氧气，同时也是食物链中的重要组成部分。
微生物鉴定主要包括生化鉴定、形态学鉴定和分子生物学鉴定等方法。
生化鉴定主要针对细菌的代谢能力进行检测，可以通过菌液反应、酶活性测试等方式进行鉴定。
形态学鉴定则是通过显微镜观察微生物的形态、大小、结构等特征，从而鉴定其分类和属种。
分子生物学鉴定利用DNA分析技术进行微生物的鉴定，可以更加准确和快速地确定微生物的种类和属种。
总的来说，微生物分类和鉴定是对微生物进行科学研究和应用的基础。
了解微生物的分类、特征和生态环境，有助于人们更好地利用和控制微生物，从而创造出更好的生产生活环境。
10 微生物的分类鉴定
2.1 微生物分类鉴定中的经典方法
2.1.1 经典鉴定指标：
• 形态学特征
• 生理学特征
• 生态学特征
• 生活史，有性生殖情况
• 血清学反应
• 对噬菌体的敏感性
• 其他
2.1.2 微生物的微型、简便、快速或自动化鉴定技术
API细菌数值鉴定系统（API系统） “Enterotube”系统
“Biolog”全自动和手动细菌鉴定系统
种名加词：种名词首小写，表次种的次要特征；使用时写 例 1：苏云金芽孢杆菌
出属名及种名未定时用 sp . （一种）或 spp . （几种）代替。 B. thuringiensis 例1：苏云金芽孢杆菌 学名的发音：按规定应按拉丁发音规则，实际以英文发音 例2：酿酒酵母 Bacillus sp. “一种芽孢杆菌” 居多。 S. cerevisiae 或 Sac. cerevisiae Bacillus spp. “若干种芽孢杆菌”或“一批芽孢杆菌”
例2：酿酒酵母椭圆变种（椭圆酿酒酵母） Bacillus subtilis （Ehrenberg） Cohn 1872 Saccharomyces cerevisiae （var）ellipsoideus
1.2.3 有关学名的其他知识
属名：属名词词首大写，表示种的主要特征；文中首次使 用属名时不能缩写，重复出现的可用词首大写的一或几字 母加点表示，如Bacillus可缩写为B. 或Bac.
的方法。
Ⅳ.
微生物全基因组序列的测定
第一个古菌：詹氏甲烷杆菌
第一个细菌：流感嗜血杆菌 第一个真菌：酿酒酵母
2.2.2 细胞化学成分用作鉴定指标 Ⅰ. 细胞壁的化学成分 原核生物细胞壁成分的分析。 Ⅱ. 全细胞水解液的糖型 放线菌全细胞水解液糖型的分析。
微生物分类鉴定方法
微生物分类鉴定方法微生物分类鉴定是微生物学中的一项重要研究内容，通过对微生物进行分类鉴定可以了解其在生物学、生态学和医学等领域中的作用和功能，并为相关领域的研究和应用提供基础支持。
本文将介绍微生物分类鉴定的方法，主要包括形态学鉴定、生理生化鉴定、分子生物学鉴定和新兴技术鉴定。
形态学鉴定是微生物分类鉴定的传统方法之一，其主要依据是微生物在形态、结构和色素等方面的差异。
对于细菌和真菌，形态学鉴定一般包括观察其形态特征（如大小、形状和结构）、胞内结构（如细胞壁、胞质和核）以及不同的染色反应（如革兰氏染色、酸忍受染色和花青素染色等）。
这些观察结果可以帮助确定微生物的分类和种属的归属。
生理生化鉴定是通过微生物在生理和生化特征上的差异进行分类鉴定。
这包括微生物的生长特性（如生长速度、菌株形态、气体需求等）、代谢特征（如碳源利用、氮源利用和溶血等）以及产生的酶和毒素等特征。
这些生理生化特征可以通过传统的试管实验和培养基选择实验来检测和分析。
分子生物学鉴定是近年来发展起来的一种微生物分类鉴定方法，利用微生物的基因序列信息来进行分类和鉴定。
其中，16SrRNA基因序列是最常用的用于分析细菌系统发育和种属鉴定的标记基因。
通过PCR扩增、序列测定和比对分析，可以将微生物的16SrRNA基因序列与数据库中的参考序列进行比对和匹配，进而确定其分类归属。
除了16SrRNA基因外，还可以利用其他基因序列如ITS（内转录间隔序列）等进行微生物分类鉴定。
此外，也可以基于微生物的基因组序列和蛋白质序列进行鉴定，如整个基因组的测序，通过比对不同基因组的相似性来进行分类鉴定。
另外，近年来，一些新兴技术也逐渐应用于微生物分类鉴定中。
例如，质谱技术（MALDI-TOFMS）可以通过对微生物的代谢产物进行质谱分析，从而快速鉴定微生物的种属和菌株。
此外，还可以利用核磁共振波谱学（NMR）和荧光光谱学等技术进行微生物的分类鉴定。
综上所述，微生物分类鉴定方法包括形态学鉴定、生理生化鉴定、分子生物学鉴定和新兴技术鉴定。
微生物的分类和鉴定方法
微生物的分类和鉴定方法微生物是一类微小的生物体，包括细菌、真菌、病毒等。
它们广泛存在于地球上的各个角落，对环境、人类健康以及生物系统的平衡具有重要影响。
准确的微生物分类和鉴定方法对于研究微生物、开展微生物相关工作具有重要意义。
本文将从微生物的分类和鉴定方法两个方面进行探讨。
一、微生物的分类微生物的分类是根据它们在形态、结构、生理特征、遗传信息等方面的差异而进行的。
目前，微生物主要被分为以下几类：1. 细菌：细菌是一类单细胞、无细胞核的微生物，形态多样，包括球菌、杆菌、螺旋菌等。
根据细菌的生理特性、代谢途径和环境需求等，可以将其细分为革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌。
2. 真菌：真菌是一类多细胞或单细胞的真核生物。
它们通过孢子繁殖，主要包括酵母菌、霉菌等。
真菌可以根据生殖方式和菌丝结构的特点进行分类。
3. 病毒：病毒是一种非细胞的微生物，只能通过感染宿主生物来进行繁殖。
病毒可以根据核酸类型、外壳结构和感染宿主范围等进行分类。
二、微生物的鉴定方法微生物的鉴定方法是指通过一系列实验和技术手段来确定微生物的分类和鉴别微生物的种类。
常用的微生物鉴定方法有：1. 形态学鉴定：通过观察微生物的形态特征，如大小、形状、颜色等，来确定其分类。
例如，细菌的形态鉴定可以通过显微镜观察细菌的形态结构，真菌的鉴定可以通过观察菌落和菌丝结构。
2. 生理生化特性鉴定：通过测定微生物的生理生化特性，如生长适宜温度、代谢产物等，来判断其分类。
例如，酸碱度试验可用于区分细菌的鉴定。
3. 分子生物学鉴定：利用分子生物学技术，如PCR、DNA测序等，对微生物的核酸序列进行分析，从而确定微生物的分类和鉴定。
这种方法通常具有高度准确性和可靠性。
4. 免疫学鉴定：通过检测微生物与抗体的相互作用，例如免疫沉淀试验、免疫荧光染色等，来鉴定微生物的种类。
综上所述，微生物的分类和鉴定方法是通过对微生物的形态、结构、生理特征、遗传信息等方面进行观察和实验，来确定其分类和鉴定。
第十章 微生物的分类与鉴定
第一节
通用分类系统
一、种以上的系统分类单元
（一）7 级分类单元
界 门
纲
目
科
种是最基本分类单元
属 种
各级分类单元及其词尾
二、学名
微生物的种名采用林奈(1753年)所创立的双名法命名。 双名法：就是用属名和种名两个部分作为一种生物的学名。 命名规则：属名在前，一般用拉丁字名词表示，字首字母大写 种名在后，常用拉丁文形容词表示，全部小写 学名=属名+种名加词+(首次定名人)+现名定名人+现名定名年份
第二节
微生物在生物界的地位
一、生物的界级分类学学说
图8-1 生物界级的学说发展（阴影部分表示微生物）
植物界 动物界
原生生物界
原核生物界 真菌界
真细菌界 古细菌界
细菌域 古生菌域
病毒界？ 真核生物域
二、三域学说及其发展
20世纪70年代以前，生物类群间的亲缘关系 判断的主要根据：
表型特征： 形态结构——形体微小、结构简单
比较生物大分子序列差异的数值构建了系统树(分子系统树)。 特点:用一种树状分枝的图型来概括各种(类)生物之间的亲缘 关系。 真核生物域 细菌域 古生菌域
图8-2 三域学说及其 生物进化谱系树
利用16S rRNA建立分子进化树的美国科学家伍 斯 (C.R Woese )
二、三域学说及其发展
三域学说观点： 现在的一切生物均由一个共同的原始祖先，一种小细胞慢慢 进化而来。首先分化出细菌和古生菌两个分枝，而后在古生 菌的基础上吞噬了一些其他生物如蓝细菌、α朊细菌(相当于 G―细菌)等，经过长期的内共生后，两者逐渐进化形成一种 新的生物——真核生物。 发展中新的挑战： ①认为16S rRNA和18S rRNA分子的进化难以代表整个基因 组的分子进化； ②许多真核生物的基因组和它们所表达的功能蛋白与细菌 更为接近，而不是古生菌。
微生物的鉴定与分类技术
微生物的鉴定与分类技术微生物是指肉眼无法看到的微小生物，包括细菌、真菌、病毒、藻类等。
微生物是地球上最古老的生命形式之一，在自然界中扮演着非常重要的角色。
因为它们太过微小，我们无法从肉眼识别它们，因此需要鉴定与分类技术来帮助我们更好地了解它们。
微生物的鉴定是指确定某个微生物是否存在，以及确定它的身份，即属于哪一个物种。
分类是指将微生物按照一定的标准进行分组，也可以说是将微生物分成不同的类别。
微生物的鉴定和分类技术是微生物学研究中非常关键的一环，不同的技术有其优缺点和适用范围。
下面我将介绍一些常用的鉴定与分类技术。
1. 形态学鉴定形态学鉴定是指通过观察微生物的形态和结构来确定其身份。
这种方法适用于某些微生物，比如细菌和真菌。
在形态学鉴定中，通常会用光学显微镜或电镜观察微生物的外形、大小、颜色等特征，并通过染色方法来帮助观察微生物的细节结构。
这种方法的缺点是只能确定一些较为分化的物种，对于那些形态相近的微生物，很难区分。
2. 生物化学鉴定生物化学鉴定是通过检测微生物的生化活性和代谢产物来确定其身份。
这种方法需要对微生物的生化特性进行了解，通过对不同的生化试剂产生的反应来确定微生物。
常见的生化试剂包括简单糖、氨基酸、酸碱指示剂等。
这种鉴定方法非常精确，但需要一定的实验操作技能和专业知识。
3. 分子生物学鉴定分子生物学鉴定是利用微生物的DNA和RNA序列来确定微生物的身份。
这种方法的优点是可以对所有的微生物进行鉴定，并且非常精确。
常用的分子生物学技术包括PCR扩增、DNA序列分析、去氧核糖核酸（RNA）测序等。
这种技术可以帮助我们更好地了解微生物的进化关系和种群结构，是微生物学研究中重要的工具之一。
4. 培养基鉴定培养基鉴定是通过培养微生物在不同的培养基上的生长行为来确定其身份。
不同的微生物对不同的营养物质的需求不同，可以利用这一特点来区分微生物。
培养基鉴定需要一定的微生物学实验技能和经验，但是可以帮助我们快速鉴定微生物。
微生物的鉴定与分类方法
微生物的鉴定与分类方法微生物是指在肉眼下无法看到的微小生物，包括细菌、真菌、病毒等多种类型。
微生物在人类社会中具有非常重要的作用，既有益处也有危害。
因此，对微生物进行鉴定和分类是十分必要的，本文将介绍一些微生物的鉴定与分类方法。
一、细菌的鉴定与分类方法1. 形态学方法细菌的形态学特征包括菌体的大小、形状、颜色、质地等。
通过显微镜观察细菌的形态特征，可以初步判断细菌的类别。
2. 染色法常用的染色法有革兰氏染色法、酸杆菌染色法等。
这些染色方法可以通过染色后的颜色反映出不同细菌的内部构造和化学成分。
3. 生化试验法利用不同细菌对同一物质的不同反应进行分类。
比如利用MM测试葡萄糖在酵母菌中的代谢反应情况，初步判断出酵母菌的种类。
二、真菌的鉴定与分类方法1. 形态学方法真菌的形态学特征与细菌相似，包括菌体的大小、形状、颜色、质地等。
通过显微镜观察真菌子实体的形态，可以初步判断真菌的类别。
2. 细胞壁化学成分分析法真菌的细胞壁主要由多糖、蛋白质和小分子化合物组成，通过分析细胞壁中的化合物种类和含量，可以对真菌进行分类。
3. 分子生物学方法利用PCR扩增真菌的特定基因或DNA序列，然后对扩增产物进行分析，可以快速准确地对真菌进行鉴定和分类。
三、病毒的鉴定与分类方法1. 组织培养法通过利用感染病毒的细胞进行培养，观察细胞的病变情况并检测病毒复制情况，确定病毒类型。
2. 免疫学方法利用病毒所携带的特异抗原，通过免疫学试验检测血清中的抗体和抗原，对病毒进行鉴定和分类。
3. 分子生物学方法利用PCR扩增病毒的特定基因或DNA序列，然后对扩增产物进行分析，可以快速准确地对病毒进行鉴定和分类。
总之，微生物的鉴定与分类方法有多种，需要根据不同微生物类型采用不同方法。
除了以上三类微生物外，还有其他微生物如真菌的一种子类物质被称作酵母菌,氧化器类蛋白與乙白酒酵母等微生物也需要进行分类和鉴定，才能最大程度地了解其性质和应用前景。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
第三节微生物的分类鉴定方法一、微生物鉴定的依据获得纯化的微生物分离菌株后，首先判定是原核微生物还是真核微生物，这实际上在分离过程中所使用的方法和选择性培养基已经决定了分离菌株的大类的归属，从平板菌落的特征和液体培养的性状都可加以判定。
然后，如是原核微生物，便可根据表14-3 所示的经典分类鉴定指标进行鉴定，如条件允许，可做碳源利用的BIOLOG-GN 分析和16S rDNA 序列分析。
多项结果结合起来确定分离菌株的属和种。
表14-3 微生物经典分类鉴定方法的指标依据二、微生物鉴定的技术与方法根据目前微生物分类学中使用的技术和方法，可把它们分成四个不同的水平：①细胞形态和行为水平，②细胞组分水平，③蛋白质水平，④基因组水平；在微生物分类学发展的早期，主要的分类鉴定指标是以在细胞形态和习性为主，可称为经典的分类鉴定法。
其他三种实验技术主要是60 年代以后采用的，称为化学分类和遗传学分类法，这些方法再加上数值分类鉴定法，可称为现代的分类鉴定方法。
（一）、经典分类鉴定法经典分类法是一百多年来进行微生物分类的传统方法。
其特点是人为地选择几种形态生理生化特征进行分类，并在分类中将表型特征分为主、次。
一般在科以上分类单位以形态特征、科以下分类单位以形态结合生理生化特征加以区分。
最后，采用双歧法整理实验结果，排列一个个的分类单元，形成双歧检索表（图14-4 ）。
A. 能在60 o C 以上生长B. 细胞大，宽度1.3~1.8mm ……………………………………… 1. 热微菌属( Thermomicrobium )BB. 细胞小，宽度0.4~0.8mmC. 能以葡萄糖为碳源生长D. 能在pH4.5 生长…………………………………………… 2. 热酸菌属( Acidothermus )DD. 不能在pH4.5 生长………………………………………………… 3. 栖热菌属( Thermus )CC. 不能以葡萄糖为唯一碳源……………………… 4. 栖热嗜油菌属( 栖热嗜狮菌属Thermoleophilum )AA. 不能在60 o C 以上生长图14-4 双歧法检索表例样应用BIOLOG-GN 仪检测分离菌株对众多碳源的利用情况判断分离菌株的分类地位，近年来也时有应用。
在BIOLOG-GN 仪上有96 个小孔，其中95 孔内分装有95 种不同碳源的缓冲液，1 孔为无碳源的缓冲液对照，各孔接入适宜菌浓度和液量的分离菌株培养物，定温培养，每日定时读取BIOLOG-GN 仪计算机上各碳源利用情况，一般为时1 周，BIOLOG-GN 仪可显示出该鉴定菌株的最可能归属。
（二）、数值分类法又称阿德逊氏分类法() 。
它的特点是根据较多的特征进行分类，一般为50 ～60 个，多者可达100 个以上，在分类上，每一个特性的地位都是均等重要。
通常是以形态、生理生化特征，对环境的反应和忍受性以及生态特性为依据。
最后，将所测菌株两两进行比较，并借用电子计算机计算出菌株间的总相似值，列出相似值矩阵( 图14-5) 。
为便于观察，应将矩阵重新安排，使相似度高的菌株列在一起，然后将矩阵图转换成树状谱(dendrogram)( 图14-6) ，再结合主观上的判断( 如划分类似程度大于85 ％者为同种，大于65 ％者为同属等) ，排列出—个个分类群。
图14-5 显示 6 个细菌菌株的遗传相似矩阵图图14-6 根据相似矩阵图转换的相似关系树状谱数值分类法的优越性在于它是以分析大量分类特征为基础，对于类群的划分比较客观和稳定；而且促进对细菌类群的全面考查和观察，为细菌的分类鉴定积累大量资料。
但在使用数值分类法对细菌菌株分群归类定种或定属时，还应做有关菌株的DNA 碱基的G + Cmol% 和DNA 杂交，以进一步加以确证。
（三）、化学分类法微生物分类中，根据微生物细胞的特征性化学组分对微生物进行分类的方法称化学分类法(chemotaxonomy) 。
在近二十多年中，采用化学和物理技术采研究细菌细胞的化学组成，已获得很有价值的分类和鉴定资料，各种化学组分在原核微生物分类中的意义见表14-4 。
表14-4 细菌的化学组分分析及其在分类水平上的应用随着分子生物学的发展，细胞化学组分分析用于微生物分类日趋显示出重要性。
细胞壁的氨基酸种类和数量现己被接受为细菌属的水平的重要分类学标准。
在放线菌分类中，细胞壁成分和细胞特征性糖的分析作为分属的依据，已被广泛应用。
脂质是区别细菌还是古菌的标准之一，细菌具有酰基脂( 脂键) ，而古菌具有醚键脂，因此醚键脂的存在可用以区分古菌。
霉菌酸的分析测定己成为诺卡氏菌形放线菌分类鉴定中的常规方法之一。
鞘氨醇单胞菌和鞘氨醇杆菌等细胞膜都含有鞘氨醇，因此鞘氨醇的有无可作为此类细菌的一个重要标志。
此外某些细菌原生质膜中的异戊间二烯醌，细胞色素，以及红外光谱等分析对于细菌、放线菌中某些科、属、种的鉴定也都十分有价值。
（四）、遗传学分类法分子遗传学分类法是以微生物的遗传型( 基因型) 特征为依据，判断微生物问的亲缘关系，排列出一个个的分类群。
目前较常使用的方法有：1 、DNA 中G+C mol% 分析每一个微生物种的DNA 中GC mol% 的数值是恒定的，不会随着环境条件、培养条件等的变化而变化，而且在同一个属不同种之间，DNA 中GCmol% 的数值不会差异太大，可以某个数值为中心成簇分布，显示同属微生物种的GC mol% 范围。
DNA 中GC mol% 分析主要用于区分细菌的属和种，因为细菌DNA 中GC 含量的变化范围一般在25 ％～75 ％；而放线菌DNA 中的GC 比例范围非常窄(37 ％～51%) 。
一般认为任何两种微生物在GC 含量上的差别超过了10 ％，这两种微生物就肯定不是同一个种。
因此可利用G+C mol ％来鉴别各种微生物种属间的亲缘关系及其远近程度。
值得注意的是，亲缘关系相近的菌，其G+C mol ％含量相同或者近似，但G+C mol ％相同或近似的细菌，其亲缘关系并不一定相似，这是因为这一数据还不能反映出碱基对的排列序列，而且如放线菌的DNA 的GC mol% 在37 ～51 之间，企图在这么小的范围内区分放线菌的几十个属显然是不现实的。
要比较两种细菌的DNA 碱基对排列序列是否相同，以及相同的程度如何，就需做核酸杂交试验。
2 、DNA-DNA 杂交DNA 杂交法的基本原理是用DNA 解链的可逆性和碱基配对的专一性，将不同来源的DNA 在体外加热解链，并在合适的条件下，使互补的碱基重新配对结合成双链DNA ，然后根据能生成双链的情况，检测杂合百分数。
如果两条单链DNA 的碱基顺序全部相同，则它们能生成完整的双链，即杂合率为100% 。
如果两条单链DNA 的碱基序列只有部分相同，则它们能生成的“双链”仅含有局部单链，其杂合率小于100% 。
由此；杂合率越高，表示两个DNA 之间碱基序列的相似性越高，它们之间的亲缘关系也就越近。
如两株大肠埃希氏菌的DNA 杂合率可高达100 ％，而大肠埃希氏菌与沙门氏菌的DNA 杂合率较低，约有70 ％。
G+Cmol ％的测定和DNA 杂交实验为细菌种和属的分类研究开辟了新的途径，解决了以表观特征为依据所无法解决的一些疑难问题，但对于许多属以上分类单元间的亲缘关系及细菌的进化问题仍不能解决。
3 、DNA — rRNA 杂交目前研究RNA 碱基序列的方法有两种。
一是DNA 与rRNA 杂交，二是16S rRNA 寡核苷酸的序列分析。
DNA 与rRNA 杂交的基本原理、实验方法同DNA 杂交一样，不同的是①是DNA 杂交中同位素标记的部分是DNA ，而DNA 与rRNA 杂交中同位素标记的部分是rRNA 。
②DNA 杂交结果用同源性百分数表示，而DNA 与rRNA 杂交结果用Tm(e) 和RNA 结合数表示。
Tm(e) 值是DNA 与rRNA 杂交物解链一半时所需要的温度。
RNA 结合数是100 m gDNA 所结合的rRNA 的m g 数。
根据这个参数可以作出RNA 相似性图。
在rRNA 相似性图上，关系较近的菌就集中到一起。
关系较远的菌在图上占据不同的位置。
用rRNA 同性试验和16SrRNA 寡核苷酸编目的相似性比较rRNA 顺反子的实验数据可得到属以上细菌分类单元的较一致的系统发育概念，并导致了古细菌的建立。
4 、16S rRNA(16S rDNA) 寡核苷酸的序列分析首先，16S rRNA 普遍存在于原核生物（真核生物中其同源分子是18S rRNA ）中。
rRNA 参与生物蛋白质的合成过程，其功能是任何生物都必不可少的，而且在生物进化的漫长历程中保持不变，可看作为生物演变的时间钟。
其次，在16S rRNA 分子中，既含有高度保守的序列区域，又有中度保守和高度变化的序列区域，因而它适用于进化距离不同的各类生物亲缘关系的研究。
第三，16S rRNA 的相对分子量大小适中，约1 540 个核苷酸，便于序列分析。
因此，它可以作为测量各类生物进化和亲缘关系的良好工具。
分离菌株16S rRNA 基因的分离较为简单。
从平板中直接挑取一环分离菌株细胞, 加入100μL 无菌重蒸H 2 O 中, 旋涡混匀后, 沸水浴2min, 12 000r min -1 离心5min, 上清液中即含16S rRNA 基因，可直接用于PCR 扩增。
分离菌株16S rRNA 基因的PCR 扩增和序列测定的一般步骤为：16S rRNA 基因的PCR 引物：5'-AGAGT TTGAT CCTGG CTCAG-3' ；5'-AAGGA GGTGA TCCAG CCGCA-3' 。
扩增反应体积50 m L ，反应条件为95 ℃预变性5min ，94 ℃变性1min ，55 ℃退火1min ，72 ℃延伸2min ，共进行29 个循环，PCR 反应在PTC-200 型热循环仪上进行。
取 5 m L 反应液在10g L -1 的琼脂糖凝胶上进行电泳检测。
PCR 产物测序可由专门技术公司完成。
测序得到分离菌株16S rDNA 部分序列，此序列一般以*.f.seq 形式保存，可以用写字板或Editsequence 软件打开，将所得序列通过Blast 程序与GenBank 中核酸数据进行比对分析( /blast ) ，具体步骤如下：点击网站中Nucleotide BLAST 下Nucleotide-nucleotide BLAST [blastn] 选项，将测序所得序列粘贴在“ search ”网页空白处，或输入测序结果所在文件夹目录，点击核酸比对选项，即“ blast ”，然后点击“ format ”，计算机自动开始搜索核苷酸数据库中序列并进行序列比较，根据同源性高低列出相近序列及其所属种或属，以及菌株相关信息，从而初步判断16S rDNA 鉴定结果。