第十章 微生物的分类与鉴定(4学时)

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11第十章微生物分类14年

11第十章微生物分类14年

2.《伯杰氏系统细菌学手册》
(Bergey’s Manual of systematic Bocteriology, 1984)
放线菌: 1. 中国科学院微生物研究所编著的放线菌目分科、分属检索表。 2. 克拉西里尼可夫(前苏联)“细菌放线菌分类手册”。 3. 瓦克斯曼(美)“放线菌分类”
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二、真菌的分类系统
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菌株(strain)或品系,从自然界分离得到的任何一种
微生物的纯培养物都可以称为微生物的一个菌株;用 实验方法(如通过诱变)所获得的某一菌株的变异型, 也可以称为一个新的菌株,以便与原来的菌株相区别。
模式菌株:一个被指定为能代表一个种群的菌株,是
活体标本
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第二节 微生物在自然界的地位
科学家估计有分类纪录的各类物种大约 有150万,其中微生物超过10万种,而且其数 目还在不断增加。微生物学工作者要认识、 研究和利用微生物或控制有害微生物,必须 对它们进行分类(classification)。
与微生物的酶和调节蛋白质的本质和活性直接相关; 酶及蛋白质都是基因产物;
对微生物生理生化特征的比较也是对微生物基因组的间接比较;
测定生理生化特征比直接分析基因组要容易得多;
营养类型; 与氧的关系;
对温度的适应性;
对渗透压的适应性;对pH的适应性; 代谢产物等
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微型、简便、快速或自动化鉴定技术
样, 具有既不同其他细菌也不同于其核生物的序列特征,
而它们之间则具有许多共同的序列特征。
三界(域)为:
Bacteria(细菌)、Archaea(古生菌)和Eukarya(真核生物)。
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第三节 各大类微生物的分类系统纲要

章十 微生物的分类和鉴定

章十 微生物的分类和鉴定
1. 2. 3. 4. rRNA普遍存在,易于提取; rRNA重要恒定的生理功能; 在细胞中含量大,易于提取; 编码rRNA的基因在细胞中不像质粒DNA那样会转移,而是十 分稳定的 ; 5. rRNA的非常保守性--进化尺度; 6. 16S/18S rRNA 核苷酸数量适中, 信息量大,易于分析。在原 核生物核糖体所含的三种rRNA(23S,16S和5S,见图11-11) 中,其核苷酸数分别约为2900、1540和120个,其中的 16SrRNA不但核苷酸数适中,而且信息量较大且易于分析, 故是理想的研究材料。
亚种以下的分类单元
亚种(subspeciers):种的进一步细分,一般指其某 一民而稳定的特征与模式中不同的种常在种名、署名 的加词后写上subsp.然后再写具体亚种的加词; 变种( variety):容易引起混乱; 型 form:使用中用型作为后缀;表示细菌菌株,现已 作废; 类群(group):没有分类地位非正式地指定一组具有 某些共同性状的生物; 菌株(strain):表示任何由一个独立分离的单细胞繁 殖而成的纯种群体极其一切后代;实际上是一个微生 物达到遗传性纯的标志。 小种(race):涵义较乱,在不同分支学科中由不同 涵义; 相(phase):自然界存在的微生物交互变异的一定阶 段; 态(state):通常指微生物的菌落变异状态。
《伯杰氏系统细菌学手册》
1st ed, 1984-1989, 分为4卷;是在《伯杰氏鉴定细菌 手册》 8th ed 的基础之上增加了大量的分子生物学资料。 但由于当时细菌系统发育的资料仍较零碎,所以有相当一 部分类群未能科目级别分类,从实际需要出发,主要根据 表型特征将整个原核生物分为33组,33个组的划分见表。 国际上最为流行的版本。微生物分类技术和学术理论的发 展促进了生物科学的进步。 2ed ed, 2000开始出版,分为5卷,提出完整的系统分类, 将原核生物分为:古细菌界(2门、5组、8纲、11目、17科、 63属、208种);细菌界:(16门、26组、27纲、62目、 163科、814属、4727种);反映了人们对生物系统发育的 深刻认识。

微生物的分类和鉴定方法

微生物的分类和鉴定方法

定义:单细胞或多细胞, 无细胞壁,有细胞核和细
胞器
特点:形态多样,结构简 单,繁殖迅速
分类:纤毛虫、鞭毛虫、 孢子虫、肉足虫等
应用:环境监测、污水处 理、生物制药等领域
显微镜观察:观察微生物的形状、 大小、颜色等特征
培养特性:观察微生物在不同培 养基上的生长情况
生理生化反应:检测微生物的酶 活性、代谢产物等生理生化特性

蛋白质组学:通 过分析微生物的 蛋白质组成和功 能来鉴定其种类
和特性
添加标题
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汇报人:XX
补体结合试验等
优点:快速、简 便、灵敏度高
Hale Waihona Puke 局限性:需要已 知的抗原或抗体,
且可能受到其他 因素的影响
添加标题
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DNA序列分析: 通过比较DNA序 列来确定微生物 的种类和亲缘关

基因测序:通过 测序微生物的基 因来鉴定其种类
和特性
基因芯片技术: 利用基因芯片技 术快速检测微生 物的基因表达情
定义:具有细 胞壁、细胞膜、 细胞核等细胞 结构的微生物
分类:分为酵 母菌、霉菌和 蕈菌三大类
特征:生长缓 慢,形态多样, 可产生孢子进 行繁殖
应用:在食品、 医药、环保等 领域有广泛应 用
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定义:一类能进行光合作用的微生物,包括蓝藻、绿藻、红藻等 特点:具有叶绿素,能进行光合作用,产生氧气 分类:根据形态、结构、生理特性等进行分类 应用:可用于污水处理、生物燃料、食品添加剂等领域
血清学鉴定:利用抗原抗体反应 进行微生物的鉴定

微生物的分类与鉴定

微生物的分类与鉴定
因此1980年起开始编《伯杰氏系统细菌学手 册》简称《系统手册》
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➢ 《伯杰氏系统细菌学手册》1984-1989(第一版) ➢ 1986年第一卷 :一般医学上或工业的重要的革兰
氏阴性菌 ➢ 1988年第二卷:除了放线菌之外的革兰氏阳性菌 ➢ 1989年第三卷:古细菌、蓝细菌和第一卷以外的
其余的G-菌 ➢ 1989年第四卷:放线菌
生物分类的传统指标
形态学特征、 生理学特征、 生态学特征
从不同层次(细胞的、分子的),用不同学科(化学、物理学、遗传 学、免疫学、分子生物学等)的技术方法来研究和比较不同微生 物的细胞、细胞组分或代谢产物,从中发现的反映微生物类群特征 的资料。
在现代微生物分类中,任何能稳定地反映微生物种类特征的资料, 都有分类学意义,都可以作为分类鉴定的依据。
生物分类学上种以下的分类单位。但其基本特征仍未超脱原种范 围的一群个体。
种内某一个体可能由于突变而发生变异,在自然选择和人工选择 下,这种变异会在种内不断扩散,最后形成某些遗传性不同于原 种的一个群体。
变种仍能和原种进行基因交流。 变种和亚种没有本质差别,有时常混用。
指某一明显而稳定的特征与模式种不同的种,有时称 小种。
一、分类单元及其等级
界 (Kingdom) (Regnum) 门 (Phylum) (Phylum) 纲(Class) (Classis) 目(Order) (Ordo) 科(Family) (Familia)
属(Genus) (Genus) 种(Species) (Species)
微生物的分类单位
种和亚种指定模式菌株(type strain); 亚属和属指定模式种(type species); 属以上至目级分类单元指定模式属(type genus); 模式菌株应送交菌种保藏机构保藏,以便备查考和索取。

第十章 微生物的分类和鉴定

第十章  微生物的分类和鉴定

第十章微生物的分类和鉴定种:一个基本分类单位,是一大群表型特征高度相似、亲缘关系极其接近、与同属内其他种有着明显差异的菌株的总称。

学名学名:一个菌种的科学名称,是按照《国际细菌命名法则》命名的,国际学术界公认并通用的正式名字。

前后有两个或数个学名排在一起时,在属名相同的情况下,后一学名中的属名可缩写成一个大写字母加一句号的形式。

例1:Bacillus(芽孢杆菌属)可缩写成B.例2:若可能产生混淆,也可写成二至三个字母,如:Bac.属名:表示微生物的主要形态特征、生理特征或以研究者的人名表示。

单数,字首大写。

例1 :根霉属、毛霉属——形态特征例2 :丙酸杆菌属、乳酸杆菌属——生理特征+ 形态特征例3 :沙门氏杆菌属——研究者的人名 + 形态特征种名:说明微生物的颜色、形状、用途,有时用人名、地名、微生物寄生的宿主名称和致病的性质来表示。

字母小写。

例1 :黑曲霉——颜色例2 :巴斯德酵母——人名例3 :北京棒杆菌——地名例4 :猪霍乱沙门氏菌——寄生的宿主名称和致病性质例5 :种名未确定:属名加 sp. (单数)或 spp. (复数)表示。

如:Bacillus sp. 表示一种芽孢杆菌;Bacillus spp.表示若干芽孢杆菌亚种、变种的命名:亚种:subspecies,简称“subsp.”变种:variety,简称“var.”命名:三名法属名 + 种名 + (subsp.或var.)+亚种(或变种)可省略例1:Saccharomyces cerevisiae var. ellipsoideus 酿酒酵母椭圆变种例2:Bacteroides fragilis subsp. Ovatus 脆弱拟杆菌卵形亚种新种的命名:新种:属名 + 种名 + sp.nov.例:Corymebacterium pekinense sp. Nov. AS 1.229北京棒杆菌AS1.229 新种菌株菌株(在病毒中称毒株):表示任何由一个独立分离的单细胞(或单个病毒粒子)繁殖而成的纯种群体及其一切后代。

微生物的分类和鉴定

微生物的分类和鉴定





界(Kindom):真菌界 门(Phyllum):真菌门 纲(Class):子囊菌纲 目(Order):内孢霉目 科(Family):内孢霉科 属(Genus):酵母属 种(Species):啤酒酵母
(二)种的概念
在微生物中,种的定义是很难下的。至今还找不 到一个公认的、明确的种的定义。 种的定义:是一个基本分类单元,是一大群表型 特征高度相似、亲缘关系极其接近、与同属内的 其他物种有着明显差异的一大群菌株的总称。 新种(species nova,sp. nov或nov sp.):是指权 威性的分类、鉴定手册中从未记载过的一种新分 离并鉴定过的微生物。 如北京棒杆菌AS 1.299,新种(Corynebacterium pekinense sp.nov AS 1.299)
“subsp”)或变种(variety,简称“var”,) 时,学名应三名法拼写。
学名 = 属名+种名加词 + 符号subsp或var + 亚种和变种的加词
排斜体 排正体(可省略) 排斜体(不可省略)
例:苏云金芽孢杆菌蜡螟亚种
Bacillus thuringiensis subsp galleria
禽流感病毒
照片中的蓝色部分就是H5N1禽流感病毒, 下面的红色部分则是健康人体细胞,照片 显示H5N1正在攻击健康的细胞。
• H和N都是指病毒的糖蛋白(蛋白质),一种糖蛋白 叫血凝素(HA),另一种叫神经氨酸酶(NA)。 这两种糖蛋白容易发生变异。 • 根据糖蛋白变异的情况,HA分为H1—H15十五个不 同的型别,NA分为N1—N9九个不同的型别。 • 其中H5与H7为高致病亚型。
4.菌株(strain)
菌株:又称品系,表示由一个独立分离的单细胞 (或单个病毒粒)繁殖而成的纯遗传型群体及其 一切后代。 菌株===纯培养物===纯分离物 菌株===克隆 菌株的名称,可随意确定,一般可用字母加编号 表示,字母多表示实验室、产地或特征等的名称, 编号表示序号等数字。 例如:大肠埃希氏菌的两个菌株 E.coli K12 基因组已于1997年发表 E.coli O-157:H7 基因组已于2001年发表

微生物的分类和鉴定

微生物的分类和鉴定

微生物的分类和鉴定第十章微生物的分类和鉴定一、名词解释:01.系统学(systematics):是研究生物多样性及其分类和演化关系的科学。

分子系统学是检测、描述并揭示生物在分子水平上的多样性及其演化规律的科学。

研究内容包括了群体遗传结构、分类学、系统发育和分子进化等领域。

02.系统树:在研究生物进化和系统分类中,常用一种树状分支的图型来概括各种(类)生物之间的亲缘关系,这种树状分支的图型也称为发育树(phylogenetic tree)。

03.分子系统树:通过比较生物大分子序列差异的数值构建的系统树称为分子系统树。

04.微生物分类学(microbial taxonomy):是一门按微生物的亲缘关系把它们安排成条例清楚的各种分类单元或分类群的科学,其具体任务有三,即分类、鉴定和命名。

05.分类(classification):根据文献资料,经过科学的归纳和理性的思考,整理成一个科学的分类系统。

即解决从个别到一般或从具体到抽象的问题。

06.鉴定(identification):通过详细观察和描述一个未知名称纯种微生物的各种性状特征,然后查找现成的分类系统,以达到对其知类、辨名的目的。

即解决从一般到特殊或从抽象到具体的问题07.命名(nomenclature):为一个新发现的微生物确定一个新学名的过程。

08.培养物(culture):是指一定时间一定空间内微生物的细胞群或生长物。

如微生物的斜面培养物、摇瓶培养物等。

如果某一培养物是由单一微生物细胞繁殖产生的,就称之为该微生物的纯培养物(pure culture)。

09.菌株(strain):从自然界分离得到的任何一种微生物的纯培养物,都可以称为微生物的一个菌株;用实验方法(如通过诱变)所获得的某一菌株的变异型,也可以称为一个新的菌株,以便与原来的菌株相区别。

菌株是微生物分类和研究工作中最基础的操作实体。

10.标准菌株:指能代表这个种的各典型性状的一个被指定的菌株。

微生物的分类和鉴定

微生物的分类和鉴定

微生物的分类和鉴定微生物是指一些无法被肉眼看见的微小生物体,包括细菌、真菌、病毒、藻类等。

它们分布在自然界的各个角落中,有些可以帮助人类完成一些任务,有些则可以危害人类的健康和生命。

要想深入了解微生物,就需要对其进行分类和鉴定。

微生物分类的基础是形态学和生理学。

根据形态、结构和特征可将微生物分为单细胞和多细胞两种。

单细胞微生物主要包括细菌、放线菌和蓝藻等,而多细胞微生物主要包括真菌和藻类等。

细菌是最常见的一种微生物,其主要形态有球形、杆状、螺旋形等。

细菌能够利用无机、有机物质进行代谢活动,并能把这些物质转化为能量和新生物体。

细菌可以被广泛应用于药品、食品、饮料、纺织品等领域。

放线菌是一种具有菌丝体的微生物,外形上有别于细菌,也被称为“菌丝菌”。

放线菌的代谢活动非常活跃,能产生多种抗生素等物质,因此在药品生产中具有很大的应用价值。

蓝藻是一种原生光合细菌,通常生长在水中。

蓝藻利用光合作用可以把二氧化碳和水转化为能量和有机化合物,并释放氧气。

蓝藻对环境保护具有很大的作用,可以修复受污染的水体。

真菌是指一类生活在土壤、树木、植物和动物体表面的生物,通常是由菌丝组成的。

真菌可以分为支链菌、酵母菌和担子菌等多种类型。

真菌能够分解有机物质,促进土壤的肥力,同时也可以用于食品和药品生产。

藻类是一类生活在水中或潮湿环境中的微生物,可以分为绿藻、褐藻、红藻等多种类型。

藻类具有光合作用能力,可以产生氧气,同时也是食物链中的重要组成部分。

微生物鉴定主要包括生化鉴定、形态学鉴定和分子生物学鉴定等方法。

生化鉴定主要针对细菌的代谢能力进行检测,可以通过菌液反应、酶活性测试等方式进行鉴定。

形态学鉴定则是通过显微镜观察微生物的形态、大小、结构等特征,从而鉴定其分类和属种。

分子生物学鉴定利用DNA分析技术进行微生物的鉴定,可以更加准确和快速地确定微生物的种类和属种。

总的来说,微生物分类和鉴定是对微生物进行科学研究和应用的基础。

了解微生物的分类、特征和生态环境,有助于人们更好地利用和控制微生物,从而创造出更好的生产生活环境。

10 微生物的分类鉴定

10 微生物的分类鉴定

2.1 微生物分类鉴定中的经典方法
2.1.1 经典鉴定指标:
• 形态学特征
• 生理学特征
• 生态学特征
• 生活史,有性生殖情况
• 血清学反应
• 对噬菌体的敏感性
• 其他
2.1.2 微生物的微型、简便、快速或自动化鉴定技术

API细菌数值鉴定系统(API系统) “Enterotube”系统


“Biolog”全自动和手动细菌鉴定系统
种名加词:种名词首小写,表次种的次要特征;使用时写 例 1:苏云金芽孢杆菌
出属名及种名未定时用 sp . (一种)或 spp . (几种)代替。 B. thuringiensis 例1:苏云金芽孢杆菌 学名的发音:按规定应按拉丁发音规则,实际以英文发音 例2:酿酒酵母 Bacillus sp. “一种芽孢杆菌” 居多。 S. cerevisiae 或 Sac. cerevisiae Bacillus spp. “若干种芽孢杆菌”或“一批芽孢杆菌”
例2:酿酒酵母椭圆变种(椭圆酿酒酵母) Bacillus subtilis (Ehrenberg) Cohn 1872 Saccharomyces cerevisiae (var)ellipsoideus
1.2.3 有关学名的其他知识

属名:属名词词首大写,表示种的主要特征;文中首次使 用属名时不能缩写,重复出现的可用词首大写的一或几字 母加点表示,如Bacillus可缩写为B. 或Bac.
的方法。
Ⅳ.
微生物全基因组序列的测定
第一个古菌:詹氏甲烷杆菌
第一个细菌:流感嗜血杆菌 第一个真菌:酿酒酵母
2.2.2 细胞化学成分用作鉴定指标 Ⅰ. 细胞壁的化学成分 原核生物细胞壁成分的分析。 Ⅱ. 全细胞水解液的糖型 放线菌全细胞水解液糖型的分析。

微生物学1010微生物的分类和鉴定

微生物学1010微生物的分类和鉴定

第二节 微生物在生物界的地位
一、生物的界级分类学说
动物界 植物界 林奈
动物界 植物界 原生生 物界
Haeckel
植物界 动物界 原始生 物界 菌界
Copeland
植物界 动物界 原核生物界 原生生物界 真菌界
Whittaker
五界上 加上病 毒界
细菌域 古生菌域 真核生物域 美国
Woese
R.H.Whittaker (1969) proposed a five kingdom classification. The kingdoms defined by him were named Monera, Protista, Fungi, Plantae & Animalia.
Type strain: ATCC 6051
=DSM 10
保藏机构 及其保藏号
=CCTCC AB 92068
当微生物名称是一个亚种(subspecies,简称 “subsp.”,排正体字)或变种(variety,简称 “var.”,排正体字)时,学名就应按“三名法” 构成,即:
例1:苏云金芽孢杆菌蜡螟亚种 Bacillus thuringiensis subsp.galleria 例2:酿酒酵母椭圆变种 Saccharomyces cerevisiae var.ellipsoideus
( 二) 三名法 当某种微生物是一个亚种或变种时,学名就按三名法拼写。 学名=属名+种名加词+符号subsp或var+亚种或变种的加词
属的模式
该属中一个具有代表性的种, 即模式种
属名
种的加词 Specific epithet
种名
定种人
年代
Bacillus

第十章微生物分类与鉴定精选精品PPT

第十章微生物分类与鉴定精选精品PPT

若种相是差 最>基1本0%的微为分不类生同单属位物。, 的主要特点,由微生物构造,形状或由科学家命名
种名:为 0% ;若相差< 2%为同种。
5.菌株(strain):




容词







特征

字首



为微生物色素、形状、来源或科学家姓名等。 种名:为拉丁文形容词,为微生物次要特征,字首小写, 为微生物色素、形状、来源或科学家姓名等。
(一)分类单位:
• 界、门、纲、目、科、属、种
• 种是最基本的分类单位, • 每一分类单位之后可有亚门、亚纲、亚目、亚科.....
1. 种:
种是一个基本分类单位,是一大群表型特 征高度相似、亲缘关系极其接近,与同属内其 他种有明显差别的菌株的总称。
这里的种仅仅是指种的模式种或典型种
微生物的命名法
2.新种:
学名都依属与种而命名 不同种相差5%以上;
当文章中前面已出现学名时,后面可将属名缩写成一至三个字母。
(属十名):16拉Sr丁RN文A的属名词名或用+作种名词名的形+容(词,首字首次大写定,表名示 人)+现定名人+定名年份
微生物的主要特点,由微生物构造,形状或由科学家命名
属若名同+源种性属名70+%(名以首上次:为定种名拉的人水)丁平+现,文定20名%的以人上+定名可名能年词是份属或的水用平。作名词的形容词,字首大写,表示
微生物的命名法
4. 型(form): 同种微生物的各种类型。
如:血清型、抗原型
5.菌株(strain): 又称品系:一种微生名法

第十章微生物的分类与鉴定共39页文档

第十章微生物的分类与鉴定共39页文档
Chap.10 微生物的分类和鉴定
§.1 通用分类单元 §.2 微生物在生物界的地位 §.3 各大类微生物的分类系统纲要
§.4 微生物的鉴定
Chap.11 微生物的分类和鉴定
●微生物分类学(microbial taxonomy)
●分类:在研究微生物相似性的基础上,把每一微生物编 排在一定的分类单元中,制定出检索表。
Bacteriods & Fusobacteria ( 2019)
3.真菌(Fungi)的分类系统
●Ainsworth系统
《 The fungi 》,
Ainsworth, 1973
《 Ainsworth and Bisby’s Dictionary of the Fungi》 ----7版,1983年,Hawksworth ----8版,2019年, Hawksworth
书355
一、经典分类鉴定方法(生理生化为主,形态为辅)
●通常指长期以来,在常规鉴定中普遍采用的(形态、 生理、生化、生态、生活史、血清学反应等指标)
◆传统分类的细菌鉴定程序
●细菌自动鉴定系统
API数值鉴定系统 BBL鉴定系统 Biolog鉴定系统
程序: 1、辅助特征 2、培养菌悬液加入生化反应板培养自动扫描
DNA-DNA杂交(固相杂交法)
单链DNA(待测菌株) ↓
转硝酸纤维素膜 ↓
加入放射性标志参照菌DNA(单链) ↓
洗去未杂交DNA ↓
闪烁计数器计数测定放射强度
结论: 1. DNA同源性≥ 60% (同种) 2. DNA同源性≥ 70% (同亚种) 3. DNA同源性60~ 70% (不同亚种) 4. DNA同源性20~ 60% (同属)
16s rRNA作为细菌进化的 计时器

第十章 微生物的分类与鉴定

第十章  微生物的分类与鉴定

第一节
通用分类系统
一、种以上的系统分类单元
(一)7 级分类单元
界 门



种是最基本分类单元
属 种
各级分类单元及其词尾
二、学名
微生物的种名采用林奈(1753年)所创立的双名法命名。 双名法:就是用属名和种名两个部分作为一种生物的学名。 命名规则:属名在前,一般用拉丁字名词表示,字首字母大写 种名在后,常用拉丁文形容词表示,全部小写 学名=属名+种名加词+(首次定名人)+现名定名人+现名定名年份
第二节
微生物在生物界的地位
一、生物的界级分类学学说
图8-1 生物界级的学说发展(阴影部分表示微生物)
植物界 动物界
原生生物界
原核生物界 真菌界
真细菌界 古细菌界
细菌域 古生菌域
病毒界? 真核生物域
二、三域学说及其发展
20世纪70年代以前,生物类群间的亲缘关系 判断的主要根据:
表型特征: 形态结构——形体微小、结构简单
比较生物大分子序列差异的数值构建了系统树(分子系统树)。 特点:用一种树状分枝的图型来概括各种(类)生物之间的亲缘 关系。 真核生物域 细菌域 古生菌域
图8-2 三域学说及其 生物进化谱系树
利用16S rRNA建立分子进化树的美国科学家伍 斯 (C.R Woese )
二、三域学说及其发展
三域学说观点: 现在的一切生物均由一个共同的原始祖先,一种小细胞慢慢 进化而来。首先分化出细菌和古生菌两个分枝,而后在古生 菌的基础上吞噬了一些其他生物如蓝细菌、α朊细菌(相当于 G―细菌)等,经过长期的内共生后,两者逐渐进化形成一种 新的生物——真核生物。 发展中新的挑战: ①认为16S rRNA和18S rRNA分子的进化难以代表整个基因 组的分子进化; ②许多真核生物的基因组和它们所表达的功能蛋白与细菌 更为接近,而不是古生菌。

微生物的分类与鉴定 答案

微生物的分类与鉴定  答案

第十章微生物的分类与鉴定(参考答案)一、填空:1.微生物菌种的命名采用"双名法",即由属名和种名加词构成。

2.来源于一个细胞在固体平板培养基上形成的群体称菌株。

3.1969年将生物界分成了五界,分别是动物界、植物界、原生生物界、真菌界、原核生物界。

4.细菌的分类单元分为七个基本的分类等级,由上而下依次为_界、_门__、纲、目、科、属、种。

5.生物分类的传统指标为形态特征、生理生化反应、和生态特性。

6.形态学特征始终被用作微生物分类和鉴定的重要依据之一,其主要原因为具有相对稳定性_和易观察。

7.分类学的内容包括_细菌分类_、放线菌分类和真菌分类_三部分,目前进行细菌分类和鉴定的重要参考书目是_《伯杰氏细菌鉴定手册》。

8.微生物分类和鉴定的特征包括_形态特征_和_生理生化反应_,其中__形态特征_对鉴定微生物的系统发育有决定性作用,而_生理生化反应_可作为判断亲缘关系的参考而且对以实用为目的的分类鉴定仍有重要价值。

9.核酸分子杂交_和_rRNA寡核苷酸编目分析__是目前通过直接比较基因组进行生物分类最常用的两种方法。

10.1978年,Woese等提出新的生物分类概念,根据16SrRNA的碱基序列将生物清晰地划分为三原界,即细菌域、古生菌域和真核生物域。

11.对微生物命定学名的表示方法分双名与三名两种。

12.在生物的界级分类学说研究中,1978年由R.H.whittake和“提出了一个崭新的三域学说。

13.填写以下10个数据:(1) 对牛奶等进行巴氏消毒时常用 63 ℃的温度;(2)用液氮保藏微生物的温度为 -196 ℃;(3)通常细菌的最适培养温度为 37 ℃:(4)用烘箱进行的干热灭菌温度一般为 150~170 ℃;(5)的代时一般为 17 min;(6)典型的酵母菌S.cerevisiae的代时一般为 120 min,其大小一般为~10 X ~21um 。

(7)至今已记载的微生物约 20万种(1995);(8)我国卫生部门规定自来水中所含的大肠菌群数不得超过 3个/L ;(9)细菌总数不得超过 100个/ml 。

第十章微生物的分类

第十章微生物的分类

即种的学名由属名和种名加词两部分组合而成。
⑶ 亚种名:亚种名为三元式组合,即由属名、种名
加词和亚种名加词构成。 26
by YJ Kang
二、微生物的命名
2、命名模式及其指定 如前所述,由于细菌分类单元的划分缺乏一个易于
操作的统一标准,为了减少因采用不同标准界定分 类单元所造成的混乱, 细菌系统分类也像其他生物 分类一样采用“模式概念”。即根据命名法规要求, 正式命名的分类单元应指定一个命名模式(简称模式) 作为该分类单元命名的依据。
代表生物类群,分枝末端的结代表仍生存的种类。
系统树可能有时间比例,或者用两个结之间的分枝长度
变化来表示分子序列的差异数值。 17
by YJ Kang
五、三界生物的主要特征
根据形态和生理特征把地球上的生物分为动物界和 植物界的理论,统治了生物学100多年,20世纪60 年代主要根据细胞核的结构把生物分为原核生物和 真核生物两大类。
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by YJ Kang
二、微生物的命名
3、新名称的发表 根据细菌命名法规的规定,有效发表新的细菌名称应在
公开发行的刊物上进行,在菌种目录、会议记录、会议 论文摘要的均不能视为有效发表。此外,若新名称是在 国际系统细菌学杂志(IJSB)以外的其他杂志上发表 的,还必须经过新名称的合格化发表,被认为合格后, 在该杂志上定期公布,命名日期即从公布之日算起,否 则不算合格发表,也不能取得国际上的承认。发表新名 称时,应在新名称之后加上所属新分类等级的缩写词, 如新目“ord.nov.”、新属“gen.nov.”、新种“sp.nov.”等。
直到60~70年代,有识之士才清醒地认识到:仅依靠 表型特征无法解决微生物的系统发育问题,必须寻 找新的特征作为生物进化的指征。

《微生物学教学课件》第十章微生物分类和鉴定

《微生物学教学课件》第十章微生物分类和鉴定

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4)电子杂交
随着微生物基因信息,特别是全基因组完全测 序的不断增加,我们可以通过各种计算机软件对不同 物种的遗传信息进行直接比较,从而分析不同微生物 间的亲缘关系。
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3 rRNA寡核苷酸编目(oligonucleotide catalog) 分析
一种通过分析原核或是真核细胞中最稳定的 rRNA寡核苷酸序列同源性程度,以确定不同 生物间的亲缘关系和进化谱系的方法。
变种(Variety) : 发生变化了的种称为变种, 具有典型的不同特征,且可以稳定遗传。
如Bacillus Subtilis Var asporous
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二、学名
(一) 微生物通常采用双命名法。
学名有属名和种名加词构成,用斜体表示。 属名在前,而且第一个字母大写,种名在后, 全部小写。学名可以附上首个命名者的名字、 现名定名人和现名的定名时间。
三总界五界系统
ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ
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五界系统:包括动物界、植物界、原生生物界 (原生动物、单细胞藻类及粘菌等)、真菌界 和原核生物界。
纵向显示从原核 生物向真核单细 胞生物再向真核 多细胞生物的三 个近化阶段; 横向则显示光合 式营养、吸收营 养和摄食营养三 大进化方向。
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❖ 六界系统
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三、亚种以下的几个分类名词
亚种:指除某一明显稳定的特征外,其余鉴定特 征都与模式种相同的种。
变种:亚种的同义词。 型:曾用做菌株的同义词,仅用做若干型的后缀,
如生物变异型、形态变异型、致病变异型及血 清变异型等
菌株:又称品系,表示任何由一个独立分离的 单细胞繁殖而成的纯遗传型群体及其一切后 代。

第十章 微生物的分类鉴定

第十章 微生物的分类鉴定

2.任务: 任务: 任务 分类,鉴定, 分类,鉴定,命名 3.定义: 定义: 定义 现代分类学基本上有两派 一派强调形态特征 一 现代分类学基本上有两派,一派强调形态特征 一派强调形态特征,一 派强调亲缘关系. 派强调亲缘关系. 形态特征————表现型 形态特征 表现型 亲缘关系————基因型 亲缘关系 基因型 按微生物的亲缘把它们安排成条理清楚的各种 分类单元或分类群的科学. 分类单元或分类群的科学.
其它术语: 其它术语
克隆:是从单个亲本细胞得来的细胞群体. 克隆 是从单个亲本细胞得来的细胞群体. 是从单个亲本细胞得来的细胞群体 菌株:是由纯培养的单个分离物的后代组成的 是由纯培养的单个分离物的后代组成的,菌 菌株 是由纯培养的单个分离物的后代组成的 菌 株通常是由单菌落衍生而来, 株通常是由单菌落衍生而来 而产生原始菌落的 菌数是未知的,故大多数菌株不被认为是克隆 故大多数菌株不被认为是克隆. 菌数是未知的 故大多数菌株不被认为是克隆. 菌株编号: 菌株编号 : 从自然界分离到的微生物尽管属于同 一个种,但由于它们来源不一样 但由于它们来源不一样,它们之间总会有 一个种 但由于它们来源不一样 它们之间总会有 些细微差异,这些同种但来源不同的纯培养体就是 些细微差异 这些同种但来源不同的纯培养体就是 不同的菌株. 通常用编号表示如7216,140等. 不同的菌株. 通常用编号表示如 , 等 群 :在自然界中有些微生物的种类其特征介于两 在自然界中有些微生物的种类其特征介于两 个种之间,彼此不易严格区分 彼此不易严格区分,于是我们就把这两 个种之间 彼此不易严格区分 于是我们就把这两 个种和介于它们中间的一些微生物统称为一个 "群".
(二)培养特征 二 培养特征 培养特征:
培养特征主要指 菌落特征: 菌落特征 1. 菌落大小 一般量直径 菌落大小,一般量直径 2. 形状 圆,扩展,不规则,变形虫状等. 形状:圆 扩展,不规则,变形虫状等. 3. 边缘 踞齿状 波形 放射状. 边缘: 放射状. 4. 隆起度 隆起度: 5. 透明度 半透明 透明 不透明. 透明度:半透明 透明,不透明 半透明,透明 不透明. 6. 质地 粘稠,疏松,紧密. 质地:粘稠 疏松,紧密. 粘稠, 7. 颜色 正面颜色 反面颜色. 颜色:正面颜色 反面颜色. 正面颜色,反面颜色 液体培养特征: 液体培养特征 1.混浊度 混浊度 2.有无沉淀 有无沉淀 3.有无浮膜及浮膜厚度 有无浮膜及浮膜厚度 4.半固体穿刺培养的生长及运动性 半固体穿刺培养的生长及运动性
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一、微生物的分离

(一)稀释平皿分离法 (二)平皿划线分离法 (三)稀释摇管法 (四)单孢挑取法 (五)选择性培养基分离法
(五)选择性培养基分离法
选择性培养基分离法:采用适宜的选择性培养 基能自微生物混杂的基质内分离和鉴定某种微 生物的方法 不同微生物对营养物质和环境因素的要求不同 :如在不含氮素的Ashby培养基可用于筛选固 氮细菌 不同微生物对不同的化学试剂如消毒剂、染料 、抗生素等具有不同程度的抵抗能力:如加入 青霉素的培养基能抑制大多数革兰氏阳性细菌 的生长

二、微生物的保藏技术
(一)菌种保藏的目的与原理 (二)菌种的保藏方法

(一)菌种保藏的目的与原理
菌种保藏:就是根据微生物菌种特性及保藏目 的的不同,给菌种以特定的条件,使其存活而 得以延续 目的:收集各种研究、教学和生产性菌种;高 质量保藏;可提供交换和使用 基本原理:将菌种保存于不良环境中,如干燥 、低温、缺氧、黑暗、营养饥饿等而使其代谢 速率极为缓慢或处于休眠状态;或将菌种不断 在新鲜培养基上转接传代

一、微生物的分离

(一)稀释平皿分离法 (二)平皿划线分离法 (三)稀释摇管法 (四)单孢挑取法 (五)选择性培养基分离法
(二)平皿划线分离法
平皿划线分离法:倒置琼脂平皿,用无菌接种 环挑取一定量的待分离材料,在培养基表面通 过各种方式的划线而达到分离的目的 这种方法是将微生物样品在固体培养基表面多 次作“由点到面”逐渐稀释,划到最后,常可 以形成单菌落 挑取该单菌落,便可得到纯培养
1~2 年
简便、中期 简便、 中长期
1~10 年
各大类微生物
5~15 年以 繁琐、长期 上
1、国内部分菌种保藏中心
普通微生物菌种保藏管理中心 (CCGMC):中 科院微生物所,北京 (AS),真菌、细菌;中科 院武汉病毒研究所,武汉 (AS-IV) ,病毒 工业微生物菌种保藏管理中心 (CICC):轻工 业部食品发酵工业科学研究所,南京 (ID) ,真 菌 ;卫生部药品生物制品检定所,北京 (NICPBP) ,细菌;中国医学科学院病毒研究 所,北京 (IV) ,病毒
1、种的概念
种(species):微生物分类的基本单位;是 指以某个“标准菌株”为代表的具有高度特征 相似性的菌株群 菌株(strain):是单个微生物细胞在人工培 养基上繁殖而来的纯培养物;它是微生物分类 和研究工作中最基本的操作实体 分离物(isolate):是指已分离到但尚未鉴定 的纯培养物

2、变型的概念


变型( variety,var.):是指微生物种以下, 用某些特殊的特征加以区别的类群
血清变型(serovar):表示抗原结构不同 生物变型(biovar):表示特殊的生化或生理特征 致病变型(pathovar):表示某专一致病性 噬菌体变型(phagovar):表示对噬菌体的特异性反应 形态变型(morphovar):表示特殊的形态特征

一、微生物的分离

(一)稀释平皿分离法 (二)平皿划线分离法 (三)稀释摇管法 (四)单孢挑取法 (五)选择性培养基分离法
(三)稀释摇管法
稀释摇管法 :对氧气敏感的厌氧性微生物所采 用的分离方法;将一系列盛无菌琼脂培养基的 试管加热使琼脂熔化后,冷却并保持在50℃左 右,用这些试管进行梯度稀释待分离材料,试 管均匀,冷凝,倾注一层灭菌液体石蜡和固体 石蜡的混合物,将培养基和空气隔开 培养后,菌落形成在琼脂柱的中间,挑取和移 植单菌落
微生物的纯培养
自然环境如土壤和水中,通常栖息着的是许多 不同微生物混杂在一起的群体 要研究微生物生长,首先必须把它从混杂的微 生物类群中分离出来 纯培养(pure culture):微生物学中将在实验 条件下从一个单细胞繁殖得到的后代

(一)稀释平皿分离法
稀释平皿分离法:将分离样品作一系列的稀释 ,使样品中微生物细胞充分分散,并培养于琼 脂平皿上(内)长出微生物菌落的方法 如果稀释度合适,就可出现分散的单菌落,它 可能就是由一个微生物细胞或同源细胞组成的 微菌落繁殖形成的 挑取该单菌落,便可得到纯培养

4、分子遗传学分类法
分子遗传学分类法:根据遗传学指标(即遗传 机制和生物大分子,如DNA、蛋白质等的组成 )对微生物进行分类 项目:DNA的G+Cmol%分析、DNA-DNA杂交 、DNA-rRNA杂交、16srRNA或18srRNA碱基 序列分析等

一、微生物的分类
(一)微生物的分类单元 (二)微生物的命名 (三)微生物的分类方法 (四)微生物的分类系统

二、微生物的保藏技术
(一)菌种保藏的目的与原理 (二)菌种的保藏方法

(二)菌种的保藏方法
方法
斜面冰箱 保藏 石蜡油 封藏 砂土管 保藏 冻干管 保藏
原理
低温、 传代 低温、 缺氧 干燥、 无营养 干燥、 无氧 、 无营养
适宜菌种
各大类微生物
保藏时间
3~6 月
特点
短期、简便
各大类微生物 产芽孢或产孢 的微生物
古细菌域
三域六界系统
1978年,美国 C.R.Woese等: 对生物进行16S和 真细菌域 三域学说 18SrRNA的碱基测 真核生物域 序并比较其同源 性,提出了三域六界系统,即古细菌域 (Archaebacteria),仅有古细菌界;真细菌域 (Eubacteria),仅有真细菌界;真核生物域 (Eucaryotes),包括原生生物界、真菌界、植物界 和动物界

2、化学分类法
化学分类法(chemotaxonomy):根据微生物 细胞结构或其代谢产物的化学组分分析结果, 对微生物进行分类的方法,可作为微生物分类 的辅助手段 分析方法:血清学检测、气相或液相色谱分析 、质谱分析、凝胶电泳等

3、数值分类法
数值分类法(numerical taxonomy):根据被 鉴定的微生物与某类群之间的相似性而进行归 类 程序:选择菌株和待测性状→ 性状编码(+为 1,-为0)→ 菌株间相似性计算→ 聚类分析 (大于85%为同种,大于65%为同属) → 树 状图或矩形图
1753年,瑞典学者Carolus Linnaeus:根据 是具运动性和吞食性还是行固着生活和自养, 提出把生物分为动物界(Animalis)和植物界 (Plantas)
动物界 植物界
原生生物界 三界系统
1860年,德国动物学家Haeckel:建议在动物 界和植物界之外,增加一个由低等生物构成的第 三界---原生生物界(Protista),包括菌类、低等藻 类、原生动物等
斜体字
正体字(一般省略)
例1.金黄色葡萄球菌 Streptococcus aureus Rosenhach 1884 例2.枯草芽孢杆菌 Bacillu subtilis(Ehrenberg) Cohn 1872
2、三名法
学名=属名+种加词+符号subsp.或var.+亚种或变种加词
斜体字
正体字(一般省略)
斜体字
例1.苏云金芽孢杆菌腊螟亚种 Bacillus thuringiensis subsp. galleria 例2.丁香假单胞烟草致病变种 Pseudomonas syringae pv. tabaci
一、微生物的分类
(一)微生物的分类单元 (二)微生物的命名 (三)微生物的分类方法 (四)微生物的分类系统
第十章 微生物的分类与鉴定 (4学时)
第一节 微生物的纯培养和显微技术(2 学时) 第二节 微生物的分类与鉴定(2学时)
第一节 微生物的纯培养和显微技术
一、微生物的分离 二、微生物的保藏技术 三、微生物的显微技术

一、微生物的分离

(一)稀释平皿分离法 (二)平皿划线分离法 (三)稀释摇管法 (四)单孢挑取法 (五)选择性培养基分离法
动物界 植物界
四界系统
1956年,Copeland:动 物界、植物界、原生生 物界(包括原生动物、 真菌、部分藻类)和原 核生物界(Prokaryota) (包括细菌和蓝细菌)
原生生物界 原核生物界
五界系统 动物界 植物界真菌界 原生生物界 原核生物界 病毒界
1969年,Whittaker:根据 营养方式的不同,认为应 将真菌独立出,而把生物 重新划分为动物界、植物 界、原生生物界、真菌界 (Fungi)和原核生物界 1977年,中国学者陈世骧: 建议在五界系统的基础上, 将病毒(Virus)和类病毒 (Viroids)另立为病毒界, 从而形成了六界系统

(四)微生物的分类系统
惠特克(Whittaker,1969)五界系统:动物界,植 物界,原生生物界,真菌界,原核生物界 沃斯(Woese,1978)三域六界系统:古细菌域 ,仅有古细菌界;真细菌域 ,仅有真细菌界;真 核生物域 ,包括原生生物界、真菌界、植物界和 动物界

动物界 植物界
二界系统

一、微生物的分离

(一)稀释平皿分离法 (二)平皿划线分离法 (三)稀释摇管法 (四)单孢挑取法 (五)选择性培养基分离法
(四)单孢挑取法
单孢挑取法:首先对样品进行充分稀释,用单 孢操作器在解剖显微镜下将一个单独的细胞或 孢子直接挑选而出,接种在培养基上培养,使 之形成单菌落 此法常用于真菌单孢子的分离,需要熟练的技 术

1、普通光学显微镜 2、暗视野显微镜 3、相差显微镜 4、荧光显微镜 5、透射电子显微镜 6、扫描电子显微镜
三、微生物的显微技术
(一)显微镜的种类及原理 (二)微生物的显微技术

(二)微生物的显微技术

1、活体观察 2、染色观察
1、活体观察
活体观察:可采用压滴法、悬滴法及菌丝埋片 法等在明视野、暗视野或相差显微镜下对微生 物活体进行直接观察 应用:可用于专门研究微生物的运动能力、摄 食特性及生长过程中的形态变化,如细胞分裂 、芽孢萌发等动态过程 优点:可以避免一般染色制样时的固定作用对 微生物细胞结构的破坏
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