go功能注释
gene ontology(GO基因注释)
GO(gene ontology)是基因本体联合会(Gene Onotology Consortium)所建立的数据库，旨在建立一个适用于各种物种的，堆积因和蛋白质功能进行限定和描述的，并能随着研究不断深入而更新的语言词汇标准．GO是多种生物本体语言中的一种，提供了三层结构的系统定义方式，用于描述基因产物的功能．基因本体论（gene ontology）的建立现今的生物学家们浪费了太多的时间和精力在搜寻生物信息上。
这种情况归结为生物学上定义混乱的原因：不光是精确的计算机难以搜寻到这些随时间和人为多重因素而随机改变的定义，即使是完全由人手动处理也无法完成。
举个例子来说，如果需要找到一个用于制抗生素的药物靶点，你可能想找到所有的和细菌蛋白质合成相关的基因产物，特别是那些和人中蛋白质合成组分显著不同的。
但如果一个数据库描述这些基因产物为“翻译类”，而另一个描述其为“蛋白质合成类”，那么这无疑对于计算机来说是难以区分这两个在字面上相差甚远却在功能上相一致的定义。
Gene Ontology (GO)项目正是为了能够使对各种数据库中基因产物功能描述相一致的努力结果。
这个项目最初是由1988年对三个模式生物数据库的整合开始：: FlyBase (果蝇数据库Drosophila),t Saccharomyces Genome Database (酵母基因组数据库SGD) and the Mouse Genome Database(小鼠基因组数据库MGD)。
从那开始，GO不断发展扩大，现在已包含数十个动物、植物、微生物的数据库。
GO的定义法则已经在多个合作的数据库中使用，这使在这些数据库中的查询具有极高的一致性。
这种定义语言具有多重结构，因此在各种程度上都能进行查询。
举例来说，GO可以被用来在小鼠基因组中查询和信号转导相关的基因产物，也可以进一步找到各种生物地受体酪氨酸激酶。
这种结构允许在各种水平添加对此基因产物特性的认识。
基因本体论(go)功能注释 gene ontology annotation
基因本体论（Gene Ontology，简称GO）是一个标准化的功能分类体系，用于描述基因和基因产物的属性。
GO注释是将基因或基因产物的功能与GO术语相关联的过程。
在GO注释中，基因或基因产物的功能被归类到三个主要的本体论分支中：生物过程（Biological Process）、细胞组分（Cellular Component）和分子功能（Molecular Function）。
每个分支都包含一系列定义明确的术语，这些术语描述了基因或基因产物在细胞中的不同角色和活动。
生物过程分支涵盖了基因或基因产物参与的生物学过程，例如代谢、细胞周期、信号传导等。
细胞组分分支描述了基因或基因产物在细胞内的位置，如细胞核、细胞膜、细胞器等。
分子功能分支则描述了基因或基因产物在分子水平上的活动，如催化活性、结合活性等。
GO注释是基于实验证据和计算预测进行的。
实验方法包括基因突变分析、基因表达研究、蛋白质互作分析等，而计算预测则利用生物信息学工具和算法对基因或基因产物的功能进行预测。
通过GO注释，我们可以更深入地理解基因和基因产物的功能，以及它们在生物体中的相互作用和调控机制。
这些信息对于研究疾病的发病机理、药物设计和基因治疗等领域具有重要意义。
idea go的注释模板live template
idea go的注释模板live template在IntelliJ IDEA 中，你可以为Go 语言创建自定义的注释模板（Live Templates）。
以下是如何为Go 语言创建注释模板的步骤：1.打开IntelliJ IDEA并确保你已经安装了Go 插件。
2.进入设置：选择File -> Settings（或IntelliJ IDEA -> Preferences在macOS 上）。
3.导航到Live Templates：在设置窗口的左侧，选择Editor -> Live Templates。
4.选择或创建模板组：在右侧，你可以看到现有的模板组。
选择一个适合你的模板组，或者点击+按钮创建一个新的模板组。
5.创建新的Live Template：o在你选择的模板组下，点击+按钮。
o选择Live Template。
o为你的模板命名，例如"Go Function Comment"。
o在Abbreviation字段中输入一个缩写，例如gofunc。
o在Template text字段中，输入你的注释模板。
例如：go`// {{funcName}} - {{description}}//// Parameters:// - {{params}}//// Returns:// - {{returns}}`o在Context部分，选择Go和Function。
o在Define部分，你可以定义模板中的变量，例如funcName、description、params和returns。
6.设置模板的扩展：点击Edit variables按钮，为每个变量设置扩展。
例如，对于funcName，你可以设置其扩展为groovyScript("def result = \"\"; def elements = functionName().split(''); for (element : elements) {result += element.capitalize()};return result", functionName())。
GO功能注释
GO功能注释⽂章转载于 Original 2017-06-12 liuhui ⽣信百科相似的基因在不同物种中，其功能往往保守的。
显然，需要⼀个统⼀的术语⽤于描述这些跨物种的同源基因及其基因产物的功能，否则，不同的实验室对相同的基因的功能的描述不同，将极⼤限制学术的交流。
⽽ Gene Ontology (GO) 项⽬正是为了能够使对各种数据库中基因获基因产物功能描述相⼀致的努⼒结果。
所谓的 GO，是⽣物学功能注释的⼀个标准词汇表术语（GO term），将基因的功能分为三部分：基因执⾏的分⼦功能（Molecular Function）基因所处的细胞组分（Cellular Component）基因以及参与的⽣物学过程（Biological Process）不同的 GO term 通过有向⽆环图关联起来，如下图所⽰：可以看出，不同的 GO term 间的关系由三类：is_a、part_of和regulates。
如regulation of cell projection assembly是⼀种⽣物学过程，是regulation of cell projection organization中的⼀类（is_a），还调节（regulates）cell projection assembly；⼜如cellular component assembly是celluar component biogenesis的⼀部分（part_of）。
值得注意的是，这些关系都是有⽅向的，即反过来不成⽴，因⽽叫做有向⽆环图。
⽬前，GO 注释主要有两种⽅法：（1）序列相似性⽐对（BLAST）（2）结构域相似性⽐对（InterProScan）这⾥以序列相似性⽐对为例，简单介绍 GO 注释的步骤：将基因序列与 swiss-prot 蛋⽩质数据库进⾏ BLAST （blastp 或者 blastx，这篇⽂章介绍了如何做 BLAST 分析：）⽐对，得到如下结果：c49_g1_i1 RNF13_MOUSE 52.00 50 23 1 17 166 240 288 2e-11 65.5c72_g1_i1 RS25_NEUCR 78.72 94 20 0 375 94 1 94 1e-32 116c75_g1_i1 POLX_TOBAC 45.28 53 29 0 162 4 457 509 1e-08 55.1c86_g2_i1 POLX_TOBAC 46.43 112 60 0 339 4 879 990 2e-30 120c91_g1_i1 BUB1_ARATH 55.71 70 28 2 61 264 289 357 1e-14 73.6c143_g1_i1 STL1_YEAST 31.98 172 85 4 6 518 407 547 6e-17 82.8c150_g1_i1 CST26_YEAST 37.63 93 38 3 223 5 142 234 6e-10 58.2c150_g2_i1 YHOE_SCHPO 42.67 75 41 1 227 3 54 126 5e-16 74.7c156_g2_i1 EXOL2_ARATH 47.17 53 28 0 299 141 229 281 6e-06 47.0c169_g1_i1 SPT5_ASPFU 60.98 82 31 1 20 262 725 806 2e-18 84.0其中，第⼆列 swiss-prot 蛋⽩质数据库序列的 ID（UniProtKB ID）。
生物信息学中的转录组分析与功能注释
生物信息学中的转录组分析与功能注释转录组分析与功能注释是生物信息学中非常重要的研究方向。
通过对转录组数据进行分析，可以深入了解基因表达调控的机制，以及基因参与的生理和病理过程。
在基因功能注释方面，可以通过不同的方法对基因的功能进行推断，帮助我们更深入地理解生命的本质。
1. 转录组分析转录组分析指的是对某一组织或者细胞内的所有基因进行全面的表达水平研究。
对于转录组数据的分析，有很多方法，如聚类分析、差异分析、基因组注释等。
这些分析都有助于我们更深入地了解基因参与的生理和病理过程。
1.1 聚类分析聚类分析是一种无监督学习的分析方法，通过对基因表达数据进行聚类，可以将相似的基因分为一组，进而推断出它们在某些方面的相似性，如参与的生物过程、功能等。
聚类分析的结果可以为研究者提供直观的结果，同时可以帮助研究者发现新的基因调控网络。
1.2 差异分析差异分析是一种常用的转录组分析方法，在分析不同样本间的差异表达时非常有用。
差异分析可以识别差异表达的基因，并且对这些基因进行进一步的研究，发掘它们的生物学功能以及参与的生理和病理过程。
1.3 基因组注释转录组数据中包含大量的序列信息，需要经过注释才能得出它们的功能和参与的生物过程。
基因组注释需要涉及到各种基因数据库，如基因组数据库、蛋白质序列数据库、通路数据库等，同时需要各种生物学分析工具的支持，如BLAST、InterProScan、KEGG等。
基因组注释可以进一步帮助我们理解基因和蛋白质的功能、通路和其他生物学信息。
2. 功能注释对某个基因的功能进行推断是生物信息学研究的重要内容之一。
在生物信息学中，有很多方法可以帮助我们进行功能注释，如基于同源序列的注释、基于结构域的注释、GO注释等。
2.1 基于同源序列的注释基于同源序列的注释是指通过寻找与某个基因序列或蛋白质序列相似的其他序列，来推断这个基因或蛋白质的功能。
这种方法的基本假设是：同源序列通常具有相似的生物学功能。
差异基因go注释
差异基因go注释差异基因是指在不同生物体或者同一生物体不同组织、不同发育时期以及在不同条件下表达水平发生明显变化的基因。
这些差异基因的研究对于深入理解生物体的发生发展、适应环境变化以及疾病的发生机制具有重要意义。
为了更好地理解差异基因的功能，科研人员常常对差异基因进行GO（Gene Ontology）注释。
GO注释是一种常见的功能注释方法，它根据基因的功能特征将其分类并进行注释。
GO注释基于GO数据库，该数据库将基因功能划分为三个主要方面：生物学过程（Biological Process）、分子功能（Molecular Function）和细胞组分（Cellular Component）。
通过GO注释，可以为差异基因的功能特征提供详细的描述和分类，从而为后续的生物信息分析和研究提供基础。
在进行差异基因GO注释之前，首先需要进行差异分析。
差异分析是通过比较不同样本间基因表达水平的差异，筛选出差异显著的基因。
差异分析常用的方法包括t检验、方差分析和基因表达差异倍数筛选等。
这些方法可以帮助我们确定哪些基因是差异表达的，为后续的功能注释提供基础。
差异基因GO注释的流程通常包括以下几个步骤：1. 数据准备：准备进行差异基因GO注释所需的数据，包括差异基因表达矩阵和差异基因列表。
2. GO数据库下载：从相应的数据库中下载最新的GO注释文件，常用的数据库包括Gene Ontology Consortium、UniProt和NCBI等。
3. 数据筛选和预处理：根据差异基因列表，筛选出在GO数据库中存在注释信息的基因。
4. GO注释：将差异基因与GO数据库中的功能项进行匹配，得到差异基因的功能注释信息。
5. GO富集分析：对差异基因的功能注释信息进行统计分析，找出在某个功能项上显著富集的基因集合。
6. 结果展示：将GO注释和GO富集分析的结果进行整理和可视化展示，方便研究人员进行进一步的分析和解读。
当然，差异基因GO注释的具体方法和流程还需要根据实际研究的需求和数据情况进行调整和优化。
go注释标准
go注释标准
Go语言作为一种现代编程语言，其注释功能在编写高质量代码中起到了至关重要的作用。
本文将详细介绍Go语言注释的用法、分类以及编写技巧，帮助读者更好地利用注释提高代码的可读性和可维护性。
一、Go语言注释的作用和基本语法
Go语言注释的主要作用是为代码提供解释和说明，使得其他开发者更容易理解和维护。
Go语言的注释语法与许多其他编程语言类似，使用双斜杠（//）来表示单行注释，使用/* */包裹的多行注释可以跨越多行。
二、Go语言注释的分类及其特点
1.单行注释：主要用于对代码某一行进行解释，提高代码可读性。
2.多行注释：主要用于对一段代码块进行描述，通常用于函数、方法或类的定义。
Go语言注释的特点如下：
1.注释不会影响代码的执行，仅用于解释说明。
2.注释可以跨越多行，但不可以换行。
3.注释不能嵌套，即在一个注释内不能包含另一个注释。
三、编写高质量Go注释的技巧和建议
1.保持简洁明了：注释应当简洁明了地解释代码的功能和原理，避免冗长和复杂的句子。
2.使用清晰的逻辑结构：注释应当遵循清晰的逻辑结构，方便读者理解代码的思路。
3.遵循规范：Go语言官方推荐使用英文编写注释，同时保持语法和拼写的正确性。
4.及时更新：随着代码的修改，及时更新注释，确保注释与代码保持一致。
5.注释关键部分：对代码中的关键部分，如复杂算法、优化技巧等添加注释，帮助他人理解代码实现。
四、结论
Go语言注释对于提高代码的可读性和可维护性具有重要意义。
通过编写清晰、简洁、及时更新的注释，可以降低其他开发者阅读和理解代码的难度，从而提高代码的质量。
GO注释和富集分析概念介绍
GO注释和富集分析概念介绍GO（Gene Ontology）注释是一种对基因和蛋白质功能进行分类的方法，它是基因组学和蛋白质组学研究中的一种重要工具。
GO注释提供的是一个用于描述基因和蛋白质功能的统一的术语系统，使得研究人员能够对大规模基因组和蛋白质组中的各个基因和蛋白质进行功能上的分析和比较。
GO注释基于Gene Ontology，即基因本体论，它是由一系列相互关联的术语组成的，这些术语被定义为描述基因和蛋白质功能、分子过程和细胞组分的术语。
GO注释通过将基因和蛋白质与这些术语进行关联，从而使得研究人员能够了解到基因和蛋白质在细胞中所扮演的角色以及所参与的生物学过程。
在进行GO注释时，通常需要使用到一些数据库和工具。
例如，常用的GO注释数据库有UniProt、NCBI的Gene数据库和Ensembl数据库等。
这些数据库中存储了大量的基因和蛋白质信息，并且提供了相应的GO注释结果。
另外，还有一些专门用于GO注释的软件工具，如DAVID、GOATOOLS和DAVID等，它们能够帮助研究人员进行GO注释的分析和可视化。
富集分析是一种用于分析基因或蛋白质功能富集情况的方法。
它主要用于确定基因集或蛋白质集中存在的生物学上重要的功能项，并对其进行统计分析。
富集分析可以帮助研究人员揭示基因或蛋白质集合在特定生物学过程或疾病发生机制中的潜在作用。
常用的功能项富集分析方法主要有超几何分布、卡方检验和Fisher 精确检验等。
这些方法能够计算出功能项与基因集之间的关联程度，并给出统计显著性。
此外，还可以利用一些学习算法，如机器学习和聚类分析等，来进行更加深入的功能项富集分析。
富集分析的结果通常以富集图、路径图和功能网络图等形式进行展示。
富集图能够直观地显示不同功能项在基因集中的富集程度；路径图则能够展示功能项之间的关联关系和组织形式；功能网络图则能够帮助研究人员更好地理解基因和蛋白质在特定功能模块中的相互作用。
总之，GO注释和富集分析是基因组学和蛋白质组学研究中的重要组成部分。
功能注释和功能富集的关系_解释说明以及概述
功能注释和功能富集的关系解释说明以及概述1. 引言1.1 概述功能注释和功能富集是生物信息学领域中非常重要的研究方向，它们都与基因或蛋白质的功能及其在生物过程中的作用相关。
功能注释指对基因或蛋白质进行功能预测和描述的过程，通过分析它们的序列特征、结构特征以及进化关系等信息来推断出可能的功能。
而功能富集则是对一组基因或蛋白质在某个生物学过程或细胞组分中显著富集的特定功能进行统计学分析，以揭示这一组分子在该过程中可能扮演的重要角色。
1.2 文章结构本文主要围绕着功能注释与功能富集之间的关系展开讨论。
首先，我们会详细介绍功能注释及其作用，并解释为什么需要进行功能注释。
接着，我们会阐述功能富集的概念和意义，包括寻找与特定生物过程相关联的重要基因或蛋白质。
然后，我们将探讨功能注释和功能富集之间的关系并解释它们相互之间可能存在的影响。
此外，我们还会介绍几种常见的功能注释和功能富集分析方法与工具，包括基于序列相似性、结构特征、基因组学和系统生物学的方法。
最后，我们将总结功能注释与功能富集之间的密切关系，并对未来研究方向和发展趋势进行展望。
1.3 目的本文旨在帮助读者全面了解功能注释和功能富集之间的关系以及它们在生物信息学领域中的重要性。
通过介绍不同方法和工具的原理，读者可以更好地理解如何进行功能注释和功能富集分析。
同时，我们也希望为未来相关研究提供启示，并促进更多关于功能注释及其与功能富集之间关系的深入探讨。
2. 功能注释和功能富集的关系:2.1 功能注释的定义和作用:功能注释是指对生物学实体（如基因、蛋白质等）的功能进行描述和预测的过程。
它通过分析实体的结构、序列、同源性以及相关生物学信息，为其赋予功能标签或描述，帮助科研人员理解和推断其在细胞过程和生物系统中所扮演的角色。
功能注释有助于揭示基因和蛋白质的特定功能，帮助解析它们在信号传导、代谢途径、遗传调控等方面所起作用。
同时，它也提供了预测基因家族成员功能一致性、比较不同物种间蛋白质功能异同以及建立相似性网络等方法。
GO注释——精选推荐
GO注释1、GO资源简介由于⽣物系统的惊⼈复杂性和需要分析的数据集的不断增加，⽣物医学研究越来越依赖于以可计算的形式存储的知识。
基因本体论(GO)项⽬为基因功能和基因产物的可计算知识提供了⽬前最全⾯的资源。
GO知识库由两个主要部分组成:基因本体论,提供了⽣物功能(“术语”)及其相互关系的逻辑结构，表现为有向⽆环图。
GO注释（）的语料库，将特定的基因产物(蛋⽩质、⾮编码RNA或⼤分⼦复合物，为简单起见，我们通常将其称为“基因”)与特定的本体术语关联起来的基于证据的陈述。
本体论和注释⼀起旨在描述⼀个全⾯的⽣物系统模型。
⽬前，GO知识库包含了14万多篇已发表论⽂的实验结果，其中包括60多万篇实验⽀持的GO注释。
这些数据集为跨越⽣命之树的不同⽣物体提供了超过600万个功能注释的额外推断提供了核⼼数据集。
除了这个核⼼知识库之外，GOC资源还包括对本体进⾏编辑和逻辑推理的软件、对本体和注释的web访问以及使⽤GO知识库⽀持⽣物医学研究的分析⼯具。
基因本体论和注释的使⽤：基因本体论注释最常⽤来解释⼤规模的分⼦⽣物学实验，有时也称为“组学”实验。
这些实验测量的要么是基因产物(RNA和蛋⽩质)，要么是基因DNA序列的变异，要么是蛋⽩质代谢的⼩分⼦。
因此，它们都与基因功能有关。
⼀个典型的组学实验测量数千个分⼦的⽔平，使其难以解释潜在的分⼦变化(例如癌细胞和正常细胞之间的变化)。
“基因本体论富集分析”识别共同作⽤的相关基因群，将数千个分⼦变化减少到更少的⽣物功能，从⽽有可能理解分⼦变化的含义。
基因本体论也是⼀项以可计算的形式表达⼤量⽣物医学知识的重⼤努⼒的中⼼。
它与许多其他⽣物医学本体相联系，是研究将计算机科学应⽤于⽣物学和医学的基础。
2、Ontology Documentation基因本体论定义了⼀系列与基因功能相关的概念(“GO terms”)，以及这些功能之间是如何相互关联的(“关系”)。
随着⽣物知识的积累，它不断地被修订和扩充。
go注释原理
go注释原理基因本体论（Gene Ontology, GO）是一种用于描述基因功能的分类系统，其原理主要包括以下几个方面：1. 共享蛋白质的生物作用：基因组测序结果表明，大部分指定核心生物学功能的基因是所有真核生物共有的。
这种共享蛋白质在一个有机体中的生物作用的知识，往往可以转移到其他有机体。
2. 产生动态、可控的词汇表：基因本体论联盟的目标是产生一个动态的、可控的词汇表，可以应用于所有真核生物，即使基因和蛋白质在细胞中作用的知识正在积累和变化。
3. 基因功能注释：当拿到一个非模式生物或者无参考基因组的项目时，经常需要进行基因的功能注释，才能够进行生物信息学的数据分析工作。
4. 统一术语：由于序列相似的基因在不同物种中，其功能往往是保守的，但以前往往会存在不同的实验室对相同的基因的功能描述因为自然语言的模糊性而不尽相同的问题。
因此，需要一个统一的术语用于描述这些跨物种的同源基因及其基因产物的功能，否则这种模糊性将会极大限制不同的科研人员间的学术交流。
5. 分类系统间的直译问题：随着生物信息学数据的积累，出现了不同的应用于描述基因功能的分类数据库。
这些分类系统的目标都是希望能够用于阐述这些跨物种的同源基因的生物学功能。
但是因为分类系统之间的基因功能注释结果可能在自然语言描述上都不尽相同，存在都相互为各自的方言的情况，大部分分类结果都几乎无法在分类系统之间直译。
6. GO注释的定义与分类：GO定义了用于描述基因功能的概念/类以及这些概念之间的关系。
它从三个方面对功能进行分类：细胞组分（cellular component）：细胞的每个部分和细胞外环境；分子功能（molecular function）：可以描述为分子水平的活性（activity），如催化（catalytic）或结合（binding）活性；生物过程（biological process）：生物学过程系指由一个或多个分子功能有序组合而产生的系列事件。
gene_ontology(GO基因注释)
GO(gene ontology)是基因本体联合会(Gene Onotology Consortium)所建立的数据库，旨在建立一个适用于各种物种的，堆积因和蛋白质功能进行限定和描述的，并能随着研究不断深入而更新的语言词汇标准．GO是多种生物本体语言中的一种，提供了三层结构的系统定义方式，用于描述基因产物的功能．基因本体论（gene ontology）的建立现今的生物学家们浪费了太多的时间和精力在搜寻生物信息上。
这种情况归结为生物学上定义混乱的原因：不光是精确的计算机难以搜寻到这些随时间和人为多重因素而随机改变的定义，即使是完全由人手动处理也无法完成。
举个例子来说，如果需要找到一个用于制抗生素的药物靶点，你可能想找到所有的和细菌蛋白质合成相关的基因产物，特别是那些和人中蛋白质合成组分显著不同的。
但如果一个数据库描述这些基因产物为“翻译类”，而另一个描述其为“蛋白质合成类”，那么这无疑对于计算机来说是难以区分这两个在字面上相差甚远却在功能上相一致的定义。
Gene Ontology (GO)项目正是为了能够使对各种数据库中基因产物功能描述相一致的努力结果。
这个项目最初是由1988年对三个模式生物数据库的整合开始：: FlyBase (果蝇数据库Drosophila),t Saccharomyces Genome Database (酵母基因组数据库SGD) and the Mouse Genome Database(小鼠基因组数据库MGD)。
从那开始，GO不断发展扩大，现在已包含数十个动物、植物、微生物的数据库。
GO的定义法则已经在多个合作的数据库中使用，这使在这些数据库中的查询具有极高的一致性。
这种定义语言具有多重结构，因此在各种程度上都能进行查询。
举例来说，GO可以被用来在小鼠基因组中查询和信号转导相关的基因产物，也可以进一步找到各种生物地受体酪氨酸激酶。
这种结构允许在各种水平添加对此基因产物特性的认识。
golang swagger注释
在Go语言中使用Swagger注释可以帮助您生成Swagger文档。
Swagger是一种用于描述和定义RESTful API的规范，它提供了一种自动生成API文档的方法。
在Go中使用Swagger注释，您需要使用`go-swagger`库。
以下是一个简单的示例，演示了如何使用Swagger注释生成API文档：```gopackage mainimport ("log""net/http""go-swagger""go-swagger/spec")func main() {// 定义Swagger规范文档doc, err := swagger.BuildSwagger(nil, "/api", []byte(nil), nil,"Your API documentation")if err != nil {log.Fatal(err)}// 注册Swagger中间件handler := swagger.NewServer(doc)handler.Serve(nil)}```在上面的示例中，`swagger.BuildSwagger`函数用于生成Swagger 规范文档。
它需要传入以下参数：* `nil`：表示使用默认的Swagger选项。
* `/api`：表示Swagger文档的根路径。
* `[]byte(nil)`：表示Swagger文档的JSON输入。
您可以提供一个包含Swagger注释的JSON字符串或文件内容。
* `nil`：表示不使用任何认证令牌。
您可以在此处设置令牌，以限制对Swagger文档的访问。
* `"Your API documentation"`：表示Swagger文档的标题。
然后，您可以使用`swagger.NewServer`函数创建一个基于Swagger规范文档的HTTP服务器。
go注释标准
在Go语言中，注释主要有以下几种：单行注释：以//开头，用于解释代码中一行的作用。
多行注释：以/*开头和结尾，用于注释一组代码的作用。
函数注释：用于描述函数的参数和返回值，以及函数的作用等信息，放在函数声明的前面。
此外，每个包都应该有一个包注释，一个位于package 子句之前的块注释或行注释。
包如果有多个go 文件，只需要出现在一个go 文件中即可。
包注释应该包含以下基本信息.结构体注释主要用来解释结构体的作用和成员变量的作用。
每个自定义的结构体或者接口都应该有注释说明，该注释对结构进行简要介绍，放在结构体定义的前一行，格式为：结构体名，结构体说明。
同时结构体内的每个成员变量都要有说明，该说明放在成员变量的后面（注意对齐）。
golang 函数注释
golang 函数注释Golang 的函数注释是非常重要的，因为它可以帮助其他开发者理解你的函数是做什么的，如何使用它，以及输入和输出参数的详细信息。
以下是一些指导原则和示例，帮助你编写明确、易于理解的 Golang 函数注释。
1. 函数的目的示例：```// GetByID 获取特定 ID 的用户信息func GetByID(id int) (User, error) {...}```2. 函数的输入在文档注释里，定义函数的输入参数和类型。
不要忘记为每个参数添加描述。
示例：```// GetByID 根据给定的 ID 获取用户信息// id: 用户在用户表中的唯一标识符，是一个整型变量func GetByID(id int) (User, error) {...}```3. 函数的输出描述函数的结果。
如果函数有返回值、错误或其他输出参数，请确保这些参数的类型和含义都得到了详细的解释。
示例：```// GetByID 根据给定的 ID 获取用户信息// id: 用户在用户表中的唯一标识符，是一个整型变量// 返回值: 如果找到匹配的用户，返回一个 User 结构体，否则返回 nil；错误将始终为 nilfunc GetByID(id int) (User, error) {...}```4. 错误处理当有可能返回错误值时，必须使用注释描述该错误的类型，以及当出现错误时函数的行为。
示例：```// GetByID 根据给定的 ID 获取用户信息// id: 用户在用户表中的唯一标识符，是一个整型变量// 返回值: 如果找到匹配的用户，返回一个 User 结构体，否则返回 nil；错误如果有错误发生，返回 error 接口func GetByID(id int) (User, error) {...}```5. 使用示例为了使其他人能够使用你的函数，请编写示例并显示如何使用它。
使用不同的情况来测试你的函数，并确保你的示例尽可能地详细说明了你的函数的特点。
golang yaml注解
golang yaml注解在Go中使用YAML注释时，可以使用`yaml`标签来指定结构体字段的元数据。
YAML注释的一种常用方式是指定字段的键应该是YAML文件中的哪个元素。
以下是一个示例：```gopackage mainimport ("fmt""log""gopkg.in/yaml.v2")type Config struct {// `yaml:"key"` 将键`key`映射到字段Name上Name string `yaml:"key"`// `yaml:"otherKey,omitempty"` 将键`otherKey`映射到字段Age上，并指定它是可选的Age int `yaml:"otherKey,omitempty"`}func main() {data := `key: JohnotherKey: 30`var config Configerr := yaml.Unmarshal([]byte(data), &config)if err != nil {log.Fatalf("error: %v", err)}fmt.Printf("Name: %s\n", )fmt.Printf("Age: %d\n", config.Age)}```在这个示例中，我们定义了一个名为`Config`的结构体，它有两个字段`Name`和`Age`。
我们使用`yaml`标签来指定这些字段的注释。
在`main`函数中，我们使用`yaml.Unmarshal`函数将YAML数据解析为`Config`结构体的实例。
然后，我们可以访问解析后的字段的值。
在这个例子中，输出将是：```Name: JohnAge: 30```这是因为YAML中的`key`元素与结构体字段`Name`匹配，因此它的值被分配给了`Name`字段。
golang struct注释
golang struct注释Golang Struct注释详解在Golang（Go语言）中，struct是一种用户自定义的数据类型，用于封装不同类型的数据项。
与其他编程语言的类（class）相似，struct可以定义属性（字段）和方法。
在使用struct时，为了增加代码的可读性和可维护性，通常需要为每个字段添加注释。
本文将详细介绍如何为Golang的struct添加注释，并解释为什么注释对于代码的理解和维护非常重要。
1. 注释的基本语法在Golang中，注释可以使用两种方式进行，分别是单行注释和多行注释。
单行注释以"//"开头，多行注释以"/*"开头，以"*/"结尾。
注释可以放置在struct定义之前或字段名之前。
下面是一个示例：```go// Person 结构体表示一个人的基本信息type Person struct {Name string // 姓名Age int // 年龄}```2. 注释的作用注释是为了帮助开发人员理解代码的意图和功能，使代码更易读、易懂。
在使用struct时，注释可以起到以下几个方面的作用：2.1 说明字段的含义在struct中，字段通常具有特定的含义。
通过注释，我们可以清楚地知道每个字段表示什么含义，从而更好地理解代码逻辑。
例如，在上面的示例中，通过注释我们可以知道Name字段表示人的姓名，Age字段表示人的年龄。
2.2 提供字段的数据类型信息在Golang中，struct的字段必须指定数据类型。
通过注释，我们可以了解每个字段的具体数据类型，从而更好地理解字段的使用方式和限制。
例如，通过注释我们可以知道Name字段的数据类型是string，Age字段的数据类型是int。
2.3 解释字段的使用限制有时，struct的字段可能有一些限制或约束条件。
通过注释，我们可以清楚地了解这些限制条件，从而更好地使用字段。
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GO 功能注释简明教程相似的基因在不同物种中，其功能往往保守的。
显然，需要一个统一的术语用于描述这些跨物种的同源基因及其基因产物的功能，否则，不同的实验室对相同的基因的功能的描述不同，将
极大限制学术的交流。
而 Gene Ontology (GO) 项目正是为了能够使对各种数据库中基因获基因产物功能描述相一致的努力结果。
所谓的 GO，是生物学功能注释的一个标准词汇表术语（GO term），将基因的功能分为三部
分：基因执行的分子功能（Molecular Function）基因所处的细胞组分（Cellular Component）基因以及参与的生物学过程（Biological Process）
不同的 GO term 通过有向无环图关联起来，如下图所示：
可以看出，不同的 GO term 间的关系由三类：is_a 、part_of 和 regulates 。
如 regulation of cell projection assembly 是一种生物学过程，是 regulation of cell
原创2017-06-12liuhui 生信百科
projection organization 中的一类（is_a），还调节（regulates）cell projection
assembly；又如 cellular component assembly 是 celluar component biogenesis 的一部分（part_of）。
值得注意的是，这些关系都是有方向的，即反过来不成立，因而叫做有向无环图。
目前，GO 注释主要有两种方法：
（1）序列相似性比对（BLAST）
（2）结构域相似性比对（InterProScan）
这里以序列相似性比对为例，简单介绍 GO 注释的步骤：
将基因序列与 swiss-prot 蛋白质数据库进行 BLAST （blastp 或者 blastx，这篇文章介绍了如何做 BLAST 分析：BLAST 知多少？）比对，得到如下结果：
c49_g1_i1 RNF13_MOUSE 52.00 50 23 1 17 166
c72_g1_i1 RS25_NEUCR 78.72 94 20 0 375 94
c75_g1_i1 POLX_TOBAC 45.28 53 29 0 162 4
c86_g2_i1 POLX_TOBAC 46.43 112 60 0 339 4
c91_g1_i1 BUB1_ARATH 55.71 70 28 2 61 264
c143_g1_i1 STL1_YEAST 31.98 172 85 4 6 518
c150_g1_i1 CST26_YEAST 37.63 93 38 3 223 5
c150_g2_i1 YHOE_SCHPO 42.67 75 41 1 227 3
c156_g2_i1 EXOL2_ARATH 47.17 53 28 0 299 141
c169_g1_i1 SPT5_ASPFU 60.98 82 31 1 20 262 其中，第二列 swiss-prot 蛋白质数据库序列的 ID（UniProtKB ID）。
从 ftp:///databases/idmapping 下载 idmapping.tb.gz，该文件共有 22 列（tab 键分割）：
Q6GZX4 001R_FRG3G 2947773 YP_031579.1 81941549; 49237298 PF04947每一列的含义分别为 （可以看出，许多数据库已经和GO关联了）：
1. UniProtKB accession
2. UniProtKB ID
3. EntrezGene
4. RefSeq
5. NCBI GI number
6. PDB
7. Pfam
8. GO
9. PIRSF
10. IPI
11. UniRef100
12. UniRef90
13. UniRef50
14. UniParc
15. PIR-PSD accession
16. NCBI taxonomy
17. MIM
18. UniGene
19. Ensembl
20. PubMed ID
21. EMBL/GenBank/DDBJ
22. EMBL protein_id
根据文件 idmapping.tb.gz，将 blast 的结果，通过 UniProtKB ID，将第八列的 GO 号注释到对应的基因上。
python UniProt2GO_annotate.py idmapping.tb.gz blastout outputfile
结果如下：
c93619_g2_i1 GO:0005506,GO:0016705,GO:0016021,GO:0004497,GO:0020037
c93619_g2_i3 GO:0009733,GO:0020037,GO:0044550,GO:0016021,GO:0016020,GO:0016711,GO:0009813,GO:000 c70056_g1_i1 GO:0005737,GO:0019722,GO:0071889,GO:0005829,GO:0001077,GO:0006357,GO:0097720,GO:000 c93748_g1_i1 GO:0006729,GO:0008124
c107639_g1_i1 GO:0009737,GO:0009738,GO:0005623,GO:0006970,GO:0009651,GO:0045454,GO:0009789
c106424_g1_i1 GO:0043565,GO:0009555,GO:0003700,GO:0005634,GO:0009793,GO:0006351
c66585_g1_i1 GO:0005737,GO:0003746,GO:0003924,GO:0005525
c110618_g1_i8 GO:0015297,GO:0016021,GO:0015238
c105249_g1_i5 GO:0046872,GO:0043161,GO:0005829,GO:0006915,GO:0032648,GO:0050691,GO:0005654,GO:0070 c134727_g1_i1 GO:0072546,GO:0030246,GO:0005783
拓展阅读：
Ontology Relations:/page/ontology-relations#basics Frequently Asked Questions (FAQ):/faq-page
脚本 UniProt2GO_annotate.py 下载：
链接：/s/1kVjzJYv 密码：vigu
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