生物信息学分析方法

三级结构预测 Phyre
http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~phyre/
16-464 replication
643-747 protein binding
信号肽预测 SignalP
http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
AT5G52910 AT1G01070
系统发育树 MEGA
http://www.megasoftware.net/
保守基序分析 MEME
http://meme-suite.org/tools/meme
基因结构 GSDS
http://gsds.cbi.pku.edu.cn/
启动子分析 PlantCARE
基序名称 位置 序列特征 功能
http://bioinformatics.psb.ugent.be/webt ools/plantcare/html/
TATA-box
CAAT-box 3-AF1 binding site CCAAT-box CGTCA-motif GA-motif HSE
254
260 50 1051 1294 1252 28
End
Strand 28+
12.57 0.901 12.5169 1
335+ 359+ 335+
Predicted sequence acaaaaatgaa at aattaatt
taatgatt aattaatt GCCGACAG AGATCCGC atttaatt
12.2423 0.964 12.006 0.979 11.8449 0.974 11.8132 0.965 11.8126 0.984
转录因子结合位点分析
表达模式分析
结构分析
亚细胞定位 蛋白分析 信号肽预测 跨膜结构预测
bar---- http://bar.utoronto.ca/ 二级 PredictProtein---- https://www.predictprotein.org/ PSIPRED----http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred 三级 Phyre----http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~phyre/ SWISS-MODEL----http://swissmodel.expasy.org/ PSORT----http://www.psort.org SUBA---- http://suba.live
启动子分析 基因分析
MEGA----http://www.megasoftware.net/ Bioedit----http://www.mbio.ncsu.edu/bioedit/bioedit.html NCBI/GenBank----http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/ MEME----http://meme-suite.org/tools/meme NBCI---- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/ GSDS----http://gsds.cbi.pku.edu.cn/ PlantCARE---http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/ PLACE----https://sogo.dna.affrc.go.jp/cgibin/sogo.cgi?sid=&lang=en&pj=640&action=page&page=newplace TFSEARCH----http://diyhpl.us/~bryan/irc/protocol-online/protocolcache/TFSEARCH.html JASPAR----http://jaspar.genereg.net/
节律基因Timeless
数据库 MGI
http://www.informatics.jax.org/
数据库 NCBI
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
ຫໍສະໝຸດ Baidu
数据库 TAIR
http://www.arabidopsis.org/
多序列比对 MEGA
http://www.megasoftware.net/
SignalP----http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
TMHMM----http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/
STRING----http://string.embl.de genemania ----http://genemania.org/ BIND----http://bind.ca/ IntAct----http://www.ebi.ac.uk/intact/ DIP----http://dip.doe-mbi.ucla.edu/
常用的生物信息学 分析方法
第十组
生物信息学Bioinformatics
生物信息学是一门在生命科学的研究中，以计算机为工具 对生物信息进行储存、检索和分析的科学。 生物信息学基本上是分子生物 学与信息技术的结合体。
研究材料和结果是各种各样
的生物学数据 研究工具是计算机 研究方法包括对生物学数据的 搜索（收集和筛选）、处理 （编辑、整理、管理和显示） 及利用（计算、模拟）
Matrix ID Name MA0940.1 AP1 MA0934.1 AHL25 MA0951.1 ATHB-16 MA0933.1 AHL20 MA0943.1 ARF5 MA0947.1 ARR14 MA0934.1 AHL25
Score
Relativ Start e score
16 328 352 328
1017 1024+ 707 333 714+ 340+
可视化基因组学 BAR
http://bar.utoronto.ca/
亚细胞定位 SUBA
http://suba.live
AGI AT5G52910.1
SUBAcon nucleus
Predictions nucleus cytosol mitochondrion
TATAA
CCAAT AAGAGATATTT CAACGG CGTCA ATAGATAA AAAAAATTTC
core promoter element
common cis-acting element in promoter and enhancer regions light responsive element MYBHv1 binding site MeJA-responsiveness light responsive element heat stress responsiveness
跨膜结构域预测 TMHMM
http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHM M-2.0/
蛋白互作网络 STRING
http://string.embl.de
polymerase
DNA repair
helicase
双序列比对 序列分析 多序列比对（系统进化树、保守基序） ORF(Open Reading Frame)分析 基因结构分析（外显子、内含子）
蛋白互作及功能分析
LTR
MSA-like TGA-element
414
568 289
CCGAAA
CCCAACGGT AACGAC
low-temperature responsiveness
cell cycle regulation auxin-responsive element
转录因子结合位点分析 JASPAR
http://jaspar.genereg.net/