PPT-微生物资源的收集和保藏

微生物资源的收集和保藏

张道锋

上海交通大学农业与生物学院

食品安全与微生物实验室

2015.1

内容提要

1.微生物资源分布

2.样品收集和处理

3.预处理和选择性培养基

4.获得纯培养和初步鉴定

5.新物种的识别和鉴定

6.菌种保藏和编号

7.相关机构和网站

8.系统分类学简介

微生物资源分布

普通环境, 33, 21%植物, 5,

3%临床样本,

85, 55%

动物, 27, 18%不详, 5, 3%

矿地水池, 1, 1%有机污染土壤, 5, 3%河流, 5, 3%土壤, 20, 13%尘埃, 2, 1%

牛, 5, 3%

鱼, 8, 5%

猴, 2, 1%

其他, 12, 8%水苔,

5, 3%痰, 28, 19%组织洗液, 9, 6%

组织, 31, 21%伤口感染,

6, 4%

排泄物, 4, 3%

其他, 7, 5%分枝杆菌160多个物种的来源分布

样品收集和运输原则：避免外源污染；避免长途运输

造成目标群体的消亡

样品

收集样品运输

预处理和选择性培养基

•分离目的：定向分离，分离未知菌，分离“混合菌”•基本原则：获得目的菌，排除非目的菌

•预处理：富集，减少非目的菌，促进萌发，促进释放；干热，湿热，增菌，噬菌体，表面活性剂，机械破碎，震荡均质……

•选择性培养基：针对分离目的选择，pH，盐浓度，特殊营养物质，抑制剂

•其他因素：氧气、温度、培养时间

获得纯培养和初步鉴定

•纯培养：只有一种微生物的培养物，都由一个细胞产生（狭义）；广义？

•初步鉴定：生理生化反应，分子标记（16S rRNA，特异靶点）

新物种的识别和鉴定•可能的新物种：独特的属性（生理生化，分子）

•证据：16S rRNA similarity

≤97%；DDH ≤ 70%；ANI ≤ 95%•鉴定：生理生化，细胞化学，分子特征：多相分类

EZbioCloud

菌种保藏和编号

•菌株定义：待选，初入选，入选，模式菌株，专利或生产菌株

•编号：

自己可读：123，a12，a1-2-b ，M2-4-5

实验室可读：ABC001-ABC999

国际可读：DSM 45643T ，ATCC 25923T ，CCTCC AA 209045，SJTUF10781

菌种保藏

•

悬液保存（常温）•

液体石腊保存（常温）•

沙土管保存（有孢子或芽胞）•

甘油保存（-70℃、-20℃）•

冻干保存（5℃）•液氮保存（甘油管）

普通冰箱，超低温冰箱，冷库，组合式冷柜，液氮柜

相关机构和网站菌种保藏中心---《布达佩斯条约》•

中国典型培养物保藏中心（CCTCC ）•

中国普通微生物菌种保藏管理中心(CGMCC)•

美国典型微生物菌种保藏中心（ATCC)•

德国微生物菌种保藏中心（DSMZ ）•

台湾生物资源保存及研究中心（BCRC ）•

韩国典型菌种保藏中心(KCTC)•

法国巴斯德菌种保藏中心(CIP)•日本微生物菌种保藏中心(JCM)

国内其它保藏中心

•中国医学细菌保藏管理中心：CMCC

•中国工业微生物菌种保藏管理中心：CICC •中国农业微生物菌种保藏管理中心：ACCC •中国海洋微生物菌种保藏管理中心：MCCC •YIM，SCSIO，及其它地方单位保藏中心

DSMZ

Straininfo

Biosafety Level

•一级低个体危害，低群体危害对人体、动植物或环境危害较低，不具有对健康成人、动植物致病的致病因子。•二级中等个体危害，有限群体危害对人体、动植物或环境具有中等危害或具有潜在危险的致病因子，对健康成人、动物和环境不会造成严重危害。有有效的预防和治疗措施。

•三级高个体危害，低群体危害对人体、动植物或环境具有高度危害性，通过直接接触或气溶胶使人传染上严重的甚至是致命疾病，或对动植物和环境具有高度危害的致病因子。通常有预防和治疗措施。

•四级高个体危害，高群体危害对人体、动植物或环境具有高度危险性，通过气溶胶途径传播或传播途径不明，或未知的、高度危险的致病因子。没有预防和治疗措施。

系统分类学简介

Domain "Bacteria"

Phylum "Proteobacteria Class Gammaproteobacteria

Order Enterobacteriales

Family Enterobacteriaceae

Escherichia Proteus Salmonella Shigella

Order "Vibrionales" Family Vibrionaceae Vibrio Phylum "Firmicutes"

Class Bacilli Order Bacillales Family Listeriaceae Listeria Family Staphylococcaceae Macrococcu s Staphylococcus

分类学的依据和意义

•依据：生物在生物学特性的上共性和差异•意义：以弄清各个类群之间的亲缘关系和进化关系；有利

于人们了解习性和模样也就方便了研究；是了解生物多样性基础，是保护生物多样性基础；为了区别生物种类。

对微生物来说：

1.便于交流和描述

2.便于理解和归纳生物多样性，对未知类群的预示作用。