关于lammps学习的一点汇总
(完整版)LAMMPS手册学习.doc
LAMMPS手册学习一、简介本部分大至介绍了LAMMPS的一些功能和缺陷。
1．什么时LAMMPS?LAMMPS是一个经典的分子动力学代码，他可以模拟液体中的粒子，固体和汽体的系综。
他可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子，聚合物，生物，金属，粒状和粗料化体系。
LAMMPS可以计算的体系小至几个粒子，大到上百万甚至是上亿个粒子。
LAMMPS可以在单个处理器的台式机和笔记本本上运行且有较高的计算效率，但是它是专门为并行计算机设计的。
他可以在任何一个按装了C++编译器和MPI的平台上运算，这其中当然包括分布式和共享式并行机和Beowulf型的集群机。
LAMMPS是一可以修改和扩展的计算程序，比如，可以加上一些新的力场，原子模型，边界条件和诊断功能等。
通常意义上来讲，LAMMPS是根据不同的边界条件和初始条件对通过短程和长程力相互作用的分子，原子和宏观粒子集合对它们的牛顿运动方程进行积分。
高效率计算的LAMMPS通过采用相邻清单来跟踪他们邻近的粒子。
这些清单是根据粒子间的短程互拆力的大小进行优化过的，目的是防止局部粒子密度过高。
在并行机上，LAMMPS采用的是空间分解技术来分配模拟的区域，把整个模拟空间分成较小的三维小空间，其中每一个小空间可以分配在一个处理器上。
各个处理器之间相互通信并且存储每一个小空间边界上的”ghost”原子的信息。
LAMMPS(并行情况)在模拟3维矩行盒子并且具有近均一密度的体系时效率最高。
2．LAMMPS的功能总体功能：可以串行和并行计算分布式MPI策略模拟空间的分解并行机制开源高移植性C++语言编写MPI和单处理器串行FFT的可选性（自定义）可以方便的为之扩展上新特征和功能只需一个输入脚本就可运行有定义和使用变量和方程完备语法规则在运行过程中循环的控制都有严格的规则只要一个输入脚本试就可以同时实现一个或多个模拟任务粒子和模拟的类型：（atom style命令）原子粗粒化粒子全原子聚合物，有机分子，蛋白质，DNA联合原子聚合物或有机分子金属粒子材料粗粒化介观模型延伸球形与椭圆形粒子点偶极粒子刚性粒子所有上面的杂化类型力场：（命令：pair style, bond style, angle style, dihedral style, improper style, kspace style）对相互作用势：L-J, Buckingham, Morse, Yukawa, soft, class2(COMPASS), tabulated.带点对相互作用势：Coulombic, point-dipole.多体作用势：EAM, Finnis/Sinclair EAM, modified EAM(MEAM), Stillinger-Weber, Tersoff, AIREBO, ReaxFF粗粒化作用势：DPD, GayBerne, Resquared, Colloidal, DLVO介观作用势：granular, Peridynamics键势能：harmonic, FENE, Morse, nonlinear, class2, quartic键角势能：harmonic, CHARMM, cosine, cosine/squared, class2(COMPASS)二面角势能：harmonic, CHARMM, multi-harmonic, helix, OPLS, class2(COMPASS) 不合理势能：harmonic, CVFF, class2(COMPASS)聚合物势能：all-atom, united-atom, bead-spring, breakable水势能：TIP3P，TIP4P，SPC隐式溶剂势能：hydrodynamic lubrication, Debye长程库伦与分散：Ewald, PPPM, Ewald/N(针对长程L-J作用)可以有与普适化力场如CHARMM，AMBER，OPLS，GROMACS相兼容的力场可以采用GPU加速的成对类型杂化势能函数：multiple pair, bond, angle, dihedral, improper potentials(多对势能处于更高的优先级)原子创建：（命令：read_data, lattice, create-atoms, delete-atoms, displace-atoms, replicate）从文件中读入各个原子的坐标在一个或多个晶格中创建原子删除几何或逻辑原子基团复制已存在的原子多次替换原子系综，约束条件，边界条件：（命令：fix）二维和三维体系正角或非正角模拟空间常NVE，NVT，NPT，NPH积分器原子基团与几何区域可选择不同的温度控制器有Nose/Hoover和Berendsen压力控制器来控制体系的压力（任一维度上）模拟合子的变形（扭曲与剪切）简谐（unbrella）束缚力刚体约束摇摆键与键角约束各种边界环境非平行太分子动力学NEMD各种附加边界条件和约束积分器：Velocity-verlet积分器Brown积分器rRESPA继承时间延化积分器刚体积分器共轭梯度或最束下降算法能量最小化器输出：（命令：dump, restart）热力学信息日志原子坐标，速度和其它原子量信息的文本dump文件二进制重启文件各原子量包括：能量，压力，中心对称参数，CAN等用户自定义系统宽度或各原子的计算信息每个原子的时间与空间平均系统宽量的时间平均原子图像，XYZ，XTC，DCD，CFG格式数据的前处理与后处理：包里提供了一系列的前处理与后处理工具另外，可以使用独立发行的工具组pizza.py, 它可以进行LAMMPS模拟的设置，分析，作图和可视化工作。
LAMMPS 分子动力学在科研中有哪些重要作用
LAMMPS 分子动力学在科研中有哪些重要作用
1.研究材料结构与性能：通过模拟材料内部原子分子的运动，可以探究材料的结构与性能，比如研究金属材料的塑性变形、高分子材料的分子构象等。
2.研究物理化学过程：分子动力学模拟可以模拟一系列物理化学过程，如膜分离、电化学反应、催化反应等，用于探讨化学反应机理和研究参数对反应速率和产物选择性的影响等。
3.研究生物分子和生物材料：分子动力学模拟可模拟水分子与生物分子相互作用、蛋白质折叠等生物学过程，用于探究生物分子的结构和功能，研究生物材料的力学性能和稳定性等。
4.优化材料设计：LAMMPS能够进行大规模的计算，对于优化材料设计或者发现新的材料具有一定的优势。
通过LAMMPS计算获得材料的物理性质、结构可以为新材料制备提供指导。
总之，LAMMPS 分子动力学在尝试研究材料、化学和生物系统时，具有模拟、计算和分析的优势，可以在理论和实验中形成很好的桥梁。
vasp与lammps学习资料2020年
LAMMPS分子动力学模拟技术与应用课程内容一、LAMMPS基础1分子动力学模拟入门理论——掌握lammps的in文件中各命令的意义1.1系综理论1.2主要算法介绍1.3积分步长的选取1.4温度和压力控制1.5周期性边界条件1.6分子动力学模拟流程二、LAMMPS入门学习2LAMMPS入门操作基础2.1Linux命令入门基础——熟练掌握LAMMPS所用的Linux命令2.2LAMMPS中一些安装包的介绍——为以后创建自己体系进行选择性安装2.3LAMMPS的linux版串行和并行及GPU版编译安装——掌握LAMMPS的编译方法，针对自己体系编译可执行文件。
2.4LAMMPS的in文件结构格式、基本语法及常用命令讲解、data文件格式。
2.5LAMMPS实例讲解。
实例操作：在linux系统编译安装自己的LAMMPS可执行程序。
三、LAMMPS进阶学习MMPS各种参数计算3.1颗粒模拟3.2可视化快照3.3弹性常数模拟3.4计算热导率3.5计算粘度3.6计算均方位移3.7计算径向分布函数3.8计算扩散系数3.9计算能量数据3.10Lammps常见错误及解决途径实例操作：学员结合自己的科研方向，选择运行契合自己研究方向的例子四、Lammps的建模4LAMMPS建模——掌握基本操作流程4.1掌握lattice命令建立晶体模型4.2Packmol建模语法学习及实操4.3Material Studio建模学习及实操4.4VMD建模学习及实操实例操作：把上述实操模型转换成lammps的data文件五、从examples的简单例子，到完成自己的科研课题5通过examples中的例子，理解要模拟对象的物理意义5.1运行examples\flow到建立水分子在石墨烯片层(碳纳米管)内的流动模拟5.2运行examples\shear到石墨烯力学性质模拟5.3运行examples\friction到金属/合金的摩擦模拟5.4特殊结构的模拟建模（C60系列模型）实例操作：学员探索由简单例子到自己科研课题的模拟过程六、环氧树脂在二氧化硅表面吸附建模(CVFF力场)6环氧树脂在二氧化硅表面吸附吸能的影响模拟过程6.1创建构型文件6.2建立输入脚本6.3运行能量最小化及体系的预松弛6.4压缩盒子达到指定的密度（针对不同研究体系掌握压缩方法的不同，并掌握判断方法和依据）6.5模拟步骤：包括能量最小化-NVT 平衡-NPT 平衡-对研究目标的性质进行长时间轨迹平衡-输出研究所关心的性质。
lammps学习指南（可编辑修改word版）
lammps学习指南（可编辑修改word版）温馨提示：(1)点击标题可直接到相关的“章节”。
(2)为避免混淆，上面的各“章”，在本文中用“步骤2”、“步骤5”这样的词代指；而文中其它地方出现的“章节”是指lammps 手册中的章节。
(3)文中跟某些名词相关的网页已加注超链接，直接点击可浏览该页面以获得更详尽的信息。
0. 写在最开始的话从2007 年5 月初开始接触和学习lammps，时至今日，依然对lammps 存有很多疑惑。
如同一个刚入门的工匠面对着一台功能强大的复杂机器，不知所措。
虽然还有好多好多的东西要学习，但是也已经了解了一些最最基本的东西了。
我可以去帮助那些刚刚入门的人，正如我刚刚开始学习lammps 时诸位热心网友对我的帮助。
现在，我写一写自己知道的东西，希望对lammps 的新手有所帮助，不当之处，真诚地希望各位读者多多指正。
我写的这点儿东西，使用者仅限于使用lammps 的新手，而且里面只讲到了ubuntu 下编译lammps 的单机版，没有涉及并行版的编译。
我希望这个“指南”会帮他们更快地了解和学习lammps。
如果你已经在使用lammps 了，我觉得这个“指南”是不会对你有什么帮助的。
不过，对于高手来说，如果你有时间，我还是希望你能看完这篇，因为我接触lammps 和MD 的时间都不长，我怕我的某些错误会误导新手。
所以，希望大家一起努力，完善这个指南。
对这个“指南”有任何的建议，请联系我，联系方式如下：QQ: 365449075Email: wfc@/doc/8815552588.html,另外，我只把这篇文章放在这个由学校提供的个人网页空间。
之前QQ 空间的那篇文章，因为对其内容改动较大，故我已将其删除。
我并不反对转载，（先自我陶醉一下下，可是会有吗？呵呵）但是转载之前，请注意：(1)文章中的一些表述我尚不肯定正确与否。
所以转载之前，请你负责任地认真读完这篇文章并确认你是否认可我的表述。
lammps分子动力学 能量 平衡
lammps分子动力学能量平衡
摘要：
MMPS 分子动力学简介
MMPS 的应用范围
MMPS 能能量平衡计算
MMPS 与其他软件的结合使用
MMPS 的培训与学习资源
正文：
LAMMPS 分子动力学是一种经典的分子动力学软件，免费开源，广泛应用于模拟液态、固态或气态的粒子的系综。
它采用不同的力场和边界条件来模拟全原子，聚合物，生物，固态（金属、陶瓷，氧化物），粒状和粗料化体系。
LAMMPS 可以计算的体系小至几个粒子，大到上百万甚至是上亿。
LAMMPS 的应用范围非常广泛，它可以用于研究材料的力学性能、热力学性质、分子动力学过程等。
此外，LAMMPS 还可以进行能量平衡计算，为研究体系的稳定性和反应途径提供重要依据。
在实际应用中，LAMMPS 可以与其他软件（如Gaussian 量子化学软件）结合使用，以提高计算的准确性和可靠性。
通过与这些软件的结合，LAMMPS 能够更好地模拟化学反应过程，并预测材料的性质。
对于有兴趣学习和使用LAMMPS 的用户，可以通过参加培训课程或查阅相关学习资源来提高自己的技能。
一些专业的培训机构会定期举办LAMMPS 分子动力学计算、Gaussian 量子化学计算、REAXFF 反应力场开发等系列专
题培训，为广大用户提供学习机会。
总之，LAMMPS 分子动力学软件在材料科学、化学反应等领域具有广泛的应用前景。
lammps化学反应
lammps化学反应摘要：MMPS 简介MMPS 在化学反应中的应用MMPS 化学反应的优点MMPS 化学反应的局限性5.总结正文：【MMPS 简介】LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一款功能强大的原子/分子大规模并行模拟器，广泛应用于材料科学、化学反应、生物物理等领域的研究。
LAMMPS 使用消息传递接口（MPI）实现并行计算，可以高效地处理大量原子/分子系统。
【MMPS 在化学反应中的应用】在化学反应领域，LAMMPS 主要应用于分子动力学模拟、蒙特卡洛模拟以及量子化学计算等。
通过LAMMPS，研究人员可以研究化学反应的微观机制、反应速率、反应路径等重要信息。
此外，LAMMPS 还可以模拟溶液中的化学反应，以及固体和表面反应。
【MMPS 化学反应的优点】LAMMPS 在化学反应模拟方面具有以下优点：（1）并行计算能力：LAMMPS 使用MPI 实现并行计算，能够高效地处理大量原子/分子系统，缩短计算时间。
（2）模拟精度：LAMMPS 支持多种力场和算法，可以根据研究目标选择合适的模拟精度。
（3）灵活性：LAMMPS 提供了丰富的功能和模块，可以根据研究需求进行定制。
（4）开源：LAMMPS 是开源软件，可以在GitHub 上获取源代码并进行二次开发，方便研究人员进行功能拓展。
【MMPS 化学反应的局限性】尽管LAMMPS 在化学反应模拟方面具有很多优点，但仍存在以下局限性：（1）计算资源需求：LAMMPS 模拟需要较高的计算资源，对硬件设备有一定要求。
（2）模拟时间：即使是并行计算，模拟时间依然较长，对于一些复杂反应体系，可能需要数小时甚至数天的计算时间。
（3）模拟结果解读：LAMMPS 模拟结果需要专业技能进行分析和解读，对研究人员有一定的技术要求。
【5.总结】LAMMPS是一款功能强大的原子/分子大规模并行模拟器，在化学反应领域具有广泛的应用。
学习lammps 对in文件的一个概述性心得
写在开头：1.尽量列举了大部分（几乎）的命令2.带星号命令非常重要，大家在看mannual中命令的解释的时候可以重点先看带星号的3.非斜命令是运行一个常用模拟所必备的4.命令顺序为一个基本的脚本文件命令顺序，骨架如此5.我主要是做金属的，所以其他方向的希望有一个借鉴作用，大同小异6.对于初学者切不可认为in文件就是这个固定顺序，其实正常模拟过程中做平衡、以及随后的运行在某些阶段都会重复使用某一段命令，比如fix 1 …run；fix 2 …run ………，以及作循环，等等等7.本文的目的旨在让初学者对in文件有一个总体的把握，希望对新手入门有帮助8.括号里为这个命令的默认值，我列举的是在使用过程中比较关心的默认值9.纯属个人学习心得，希望大家多多指点讨论10.复制的时候希望能留下足迹，如果觉得哪里有问题，随时回来讨论！方便其他人学习！11.对in文件通俗点的理解就像洗衣服，洗衣机就是lammps的主程序，这个in文件就是在设定怎么洗衣服----------------------------------Initialization基本模拟系统设置-------------------------units (lj) ** 单位系统boundary (ppp) ** 边界条件atom_style (atomic) ** 粒子类型atom_modify * 粒子类型调整，，，凡是后面带一个modify的，都是对头命令的补充修改newton (on)processorsdimension (3) * 维数------------------------------Atom definition---这一组命令主要用来构建模拟模型的---------------lattice ** 晶格参数region ** 选择一个区域create_box ** 创建一个盒子create_atoms ** 创建原子group, ** 给原子分组delete_atoms,** 删除某些原子delete_bonds,displace_atoms,* 移动某些原子replicate* 将已经构建的模型在三维重复复制放大read_data***这个命令就是用来读取其他软件建的模型的read_restart* 以之前运行的结果作为这次计算的初始构型---------------------------------------Potencial---定义粒子相互作用势------------------------------ pair_style** 势函数类型pair_coeff,** 势函数文件名（一般这个文件放在与此in文件的同一个目录下）pair_modify**此后的13命令对做高分子及无机非的模拟的需要额外关注pair_writebond_stylebond_coeff,angle_styleangle_coeff,dihedral_styledihedral_coeff,improper_styleimproper_coeff,kspace_style,kspace_modifydielectric,special_bonds----------------------------------------Seting--------------------------------------------- neighbor, ** 截断半径相关的设置neigh_modify, **timestep,** 模拟的步长compute, *** ！定义计算，一般我们需要的输出数据就需要这个命令来定义uncompute * 取消某个compute设置variable**这个命令可以多次使用，定义一个变量reset_timestep, ** 步长计数器清零，有多个run命令的需注意这个run_style, 配套run的，不一定需要compute_modify *配套compute的---------------------------------------- Minimize------------------------------------------- 结构优化，注意和热力学平衡区分开来minimize,**min_style, **min_modify **---------------------------------------------Fix------------------------------------------- fix*** 这个命令相当重要多的不说，看手册unfix 取消某个fix设置fix_modify,------------------------------------------Output------------------------------------------ dump, ** 输出数据，输出的为单个原子的信息，可视化就用它undump,* 取消某个dump设置thermo, ** 输出全局数据，比如温度，压强，长度，总能量等thermo_style,* 配套thermo的thermo_modify,*（后面的都是输出一些数据类型，我一般没怎么用，具体需要的可以单独自己了解）dump image,dump_modify,dump movie,restart, *输出restart文件，对应前面read-restart，data文件只有原子坐标，restart含有部分计算信息write_data, *将当前模型输出为一个data文件，对应之前的read-data，write_dump,write_restart*------------------------------------------Run a simulation---------------------------------------- run, ***这个命令出现之后，模拟才开始进行计算，前面的都是在设置计算过程change_box, *neb prd,rerun,temper-------------------------------------------Others--------------------------------------------这些命令主要可以实现循环以及逻辑判断，通过他们，可以向更复杂的模拟过程前进clear,*log, *echo,if, *include,jump, *label, *next, *print, *shell,。
lammps 算例 -回复
lammps 算例-回复题目：LAMMPS算例：从入门到精通LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一款用于分子动力学模拟的开源软件，广泛应用于材料科学、生物化学和凝聚态物理等领域。
本文将介绍LAMMPS算例的基本知识和使用方法，以帮助读者从入门到精通掌握LAMMPS。
第一步：了解LAMMPS的基本概念和原理首先，我们需要了解LAMMPS的基本概念和原理。
LAMMPS基于分子动力学方法，通过模拟粒子之间的相互作用，揭示物质的宏观性质。
它通过数值积分牛顿运动方程来模拟粒子运动，并通过Lennard-Jones势、弹性势、电磁势等相互作用势能来描述粒子之间的相互作用。
了解这些基本概念和原理是使用LAMMPS的首要步骤。
第二步：安装和配置LAMMPS接下来，我们需要安装和配置LAMMPS。
LAMMPS可以在不同的操作系统上运行，如Linux、Windows和MacOS。
你可以从LAMMPS官方网站（第三步：选择合适的计算模型和算例有了基本的LAMMPS知识和安装配置，我们可以开始选择合适的计算模型和算例了。
LAMMPS提供了丰富的计算模型和算例，涵盖了多个研究领域。
你可以从官方网站上的帮助文档中寻找与你研究课题相关的模型和算例，并根据自己的需要进行适当的修改和调整。
第四步：准备输入文件和参数设置在进行模拟之前，我们需要准备好输入文件和参数设置。
输入文件是描述系统结构和模拟参数的文本文件，类似于配置文件。
它包含了原子或分子的位置、速度、力场参数等信息。
你可以使用文本编辑器创建输入文件，并按照LAMMPS的语法规则进行编写。
另外，你还需要设置一些模拟参数，如时间步长、温度、压力等，以控制模拟的进行方式和结果。
第五步：运行模拟并分析结果当输入文件和参数设置准备好后，我们就可以运行模拟了。
在命令行窗口中输入"LAMMPS <输入文件名"命令，LAMMPS将自动读取输入文件并进行模拟计算。
固液界面传热,lammps
固液界面传热,lammps【原创版】目录1.固液界面传热简介MMPS 的基本概念MMPS 在固液界面传热模拟中的应用MMPS 的优势与局限性正文1.固液界面传热简介固液界面传热是一种重要的热传递方式，广泛应用于工业生产和科学研究中。
在固液界面传热过程中，固体和液体之间的热传导机制和热传递特性会对整个系统的热效率产生重要影响。
因此，研究固液界面传热对于优化工业过程和提高能源利用率具有重要意义。
MMPS 的基本概念LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulation）是一种大规模原子/分子并行模拟程序，主要用于研究物质的微观结构和性质。
LAMMPS 可以模拟各种晶体、非晶体和生物材料，适用于固体、液体和气体等多种物态。
同时，LAMMPS 支持并行计算，能够高效地处理大规模模拟数据。
MMPS 在固液界面传热模拟中的应用LAMMPS 在固液界面传热模拟中的应用主要体现在以下几个方面：（1）模拟固液界面的热传导过程，研究不同材料、温度和界面条件下的热传递特性；（2）模拟固液界面的热扩散过程，研究热扩散对固液界面传热性能的影响；（3）模拟固液界面的热交换过程，研究热交换器等设备的性能优化。
MMPS 的优势与局限性LAMMPS 在固液界面传热模拟中的优势主要体现在以下几个方面：（1）可以模拟不同物态和材料的固液界面传热过程，适用于多种应用场景；（2）支持并行计算，能够高效地处理大规模模拟数据；（3）可以研究微观结构和性质对固液界面传热的影响，为优化工业过程提供理论指导。
然而，LAMMPS 在固液界面传热模拟中也存在一定的局限性，例如：（1）模拟的精度和效率受到计算机性能和算法的限制；（2）对于某些复杂体系，模拟结果可能受到模型和参数选择的影响。
综上所述，LAMMPS 作为一种强大的模拟工具，在固液界面传热研究中具有广泛的应用前景。
LAMMPS手册-中文版讲解
LAMMPS手册-中文解析之阿布丰王创作一、简介本部分大至介绍了LAMMPS的一些功能和缺陷。
1．什么是LAMMPS?LAMMPS是一个经典的分子动力学代码，他可以模拟液体中的粒子，固体和汽体的系综。
他可以采取分歧的力场和鸿沟条件来模拟全原子，聚合物，生物，金属，粒状和粗料化体系。
LAMMPS可以计算的体系小至几个粒子，大到上百万甚至是上亿个粒子。
LAMMPS可以在单个处理器的台式机和笔记本本上运行且有较高的计算效率，但是它是专门为并行计算机设计的。
他可以在任何一个按装了C++编译器和MPI的平台上运算，这其中当然包含分布式和共享式并行机和Beowulf型的集群机。
LAMMPS是一可以修改和扩展的计算程序，比方，可以加上一些新的力场，原子模型，鸿沟条件和诊断功能等。
通常意义上来讲，LAMMPS是根据分歧的鸿沟条件和初始条件对通过短程和长程力相互作用的分子，原子和宏观粒子集合对它们的牛顿运动方程进行积分。
高效率计算的LAMMPS通过采取相邻清单来跟踪他们邻近的粒子。
这些清单是根据粒子间的短程互拆力的大小进行优化过的，目的是防止局部粒子密度过高。
在并行机上，LAMMPS采取的是空间分解技术来分配模拟的区域，把整个模拟空间分成较小的三维小空间，其中每一个小空间可以分配在一个处理器上。
各个处理器之间相互通信而且存储每一个小空间鸿沟上的”ghost”原子的信息。
LAMMPS(并行情况)在模拟3维矩行盒子而且具有近均一密度的体系时效率最高。
2．LAMMPS的功能总体功能：可以串行和并行计算分布式MPI战略模拟空间的分解并行机制开源高移植性C++语言编写MPI和单处理器串行FFT的可选性（自定义）可以方便的为之扩展上新特征和功能只需一个输入脚本就可运行有定义和使用变量和方程完备语法规则在运行过程中循环的控制都有严格的规则只要一个输入脚本试就可以同时实现一个或多个模拟任务粒子和模拟的类型：（atom style命令）原子粗粒化粒子全原子聚合物，有机分子，蛋白质，DNA联合原子聚合物或有机分子金属粒子资料粗粒化介观模型延伸球形与椭圆形粒子点偶极粒子刚性粒子所有上面的杂化类型力场：（命令：pair style, bond style, angle style, dihedral style, improper style, kspace style）对相互作用势：L-J, Buckingham, Morse, Yukawa, soft, class2(COMPASS), tabulated.带点对相互作用势：Coulombic, point-dipole.多体作用势：EAM, Finnis/Sinclair EAM, modified EAM(MEAM), Stillinger-Weber, Tersoff, AIREBO, ReaxFF粗粒化作用势：DPD, GayBerne, Resquared, Colloidal, DLVO介观作用势：granular, Peridynamics键势能：harmonic, FENE, Morse, nonlinear, class2, quartic键角势能：harmonic, CHARMM, cosine, cosine/squared, class2(COMPASS)二面角势能：harmonic, CHARMM, multi-harmonic, helix, OPLS, class2(COMPASS)分歧理势能：harmonic, CVFF, class2(COMPASS)聚合物势能：all-atom, united-atom, bead-spring, breakable水势能：TIP3P，TIP4P，SPC隐式溶剂势能：hydrodynamic lubrication, Debye长程库伦与分散：Ewald, PPPM, Ewald/N(针对长程L-J作用)可以有与普适化力场如CHARMM，AMBER，OPLS，GROMACS相兼容的力场可以采取GPU加速的成对类型杂化势能函数：multiple pair, bond, angle, dihedral, improper potentials(多对势能处于更高的优先级)原子创建：（命令：read_data, lattice, create-atoms, delete-atoms, displace-atoms, replicate）从文件中读入各个原子的坐标在一个或多个晶格中创建原子删除几何或逻辑原子基团复制已存在的原子多次替换原子系综，约束条件，鸿沟条件：（命令：fix）二维和三维体系正角或非正角模拟空间常NVE，NVT，NPT，NPH积分器原子基团与几何区域可选择分歧的温度控制器有Nose/Hoover和Berendsen压力控制器来控制体系的压力（任一维度上）模拟合子的变形（扭曲与剪切）简谐（unbrella）束缚力刚体约束摇摆键与键角约束各种鸿沟环境非平行太分子动力学NEMD各种附加鸿沟条件和约束积分器：Velocity-verlet积分器Brown积分器rRESPA继承时间延化积分器刚体积分器共轭梯度或最束下降算法能量最小化器输出：（命令：dump, restart）热力学信息日志原子坐标，速度和其它原子量信息的文本dump文件二进制重启文件各原子量包含：能量，压力，中心对称参数，CAN等用户自定义系统宽度或各原子的计算信息每个原子的时间与空间平均系统宽量的时间平均原子图像，XYZ，XTC，DCD，CFG格式数据的前处理与后处理：包里提供了一系列的前处理与后处理工具另外，可以使用独立发行的工具组pizza.py, 它可以进行LAMMPS 模拟的设置，分析，作图和可视化工作。
LAMMPS手册-中文版讲解
LAMMPS手册-中文解析一、简介本部分大至介绍了LAMMPS的一些功能和缺陷。
1．什么是LAMMPS?LAMMPS是一个经典的分子动力学代码，他可以模拟液体中的粒子，固体和汽体的系综。
他可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子，聚合物，生物，金属，粒状和粗料化体系。
LAMMPS可以计算的体系小至几个粒子，大到上百万甚至是上亿个粒子。
LAMMPS可以在单个处理器的台式机和笔记本本上运行且有较高的计算效率，但是它是专门为并行计算机设计的。
他可以在任何一个按装了C++编译器和MPI的平台上运算，这其中当然包括分布式和共享式并行机和Beowulf型的集群机。
LAMMPS是一可以修改和扩展的计算程序，比如，可以加上一些新的力场，原子模型，边界条件和诊断功能等。
通常意义上来讲，LAMMPS是根据不同的边界条件和初始条件对通过短程和长程力相互作用的分子，原子和宏观粒子集合对它们的牛顿运动方程进行积分。
高效率计算的LAMMPS通过采用相邻清单来跟踪他们邻近的粒子。
这些清单是根据粒子间的短程互拆力的大小进行优化过的，目的是防止局部粒子密度过高。
在并行机上，LAMMPS采用的是空间分解技术来分配模拟的区域，把整个模拟空间分成较小的三维小空间，其中每一个小空间可以分配在一个处理器上。
各个处理器之间相互通信并且存储每一个小空间边界上的”ghost”原子的信息。
LAMMPS(并行情况)在模拟3维矩行盒子并且具有近均一密度的体系时效率最高。
2．LAMMPS的功能总体功能：可以串行和并行计算分布式MPI策略模拟空间的分解并行机制开源高移植性C++语言编写MPI和单处理器串行FFT的可选性（自定义）可以方便的为之扩展上新特征和功能只需一个输入脚本就可运行有定义和使用变量和方程完备语法规则在运行过程中循环的控制都有严格的规则只要一个输入脚本试就可以同时实现一个或多个模拟任务粒子和模拟的类型：（atom style命令）原子粗粒化粒子全原子聚合物，有机分子，蛋白质，DNA联合原子聚合物或有机分子金属粒子材料粗粒化介观模型延伸球形与椭圆形粒子点偶极粒子刚性粒子所有上面的杂化类型力场：（命令：pair style, bond style, angle style, dihedral style, improper style, kspace style）对相互作用势：L-J, Buckingham, Morse, Yukawa, soft, class2(COMPASS), tabulated.带点对相互作用势：Coulombic, point-dipole.多体作用势：EAM, Finnis/Sinclair EAM, modified EAM(MEAM), Stillinger-Weber, Tersoff, AIREBO, ReaxFF粗粒化作用势：DPD, GayBerne, Resquared, Colloidal, DLVO介观作用势：granular, Peridynamics键势能：harmonic, FENE, Morse, nonlinear, class2, quartic键角势能：harmonic, CHARMM, cosine, cosine/squared, class2(COMPASS)二面角势能：harmonic, CHARMM, multi-harmonic, helix, OPLS, class2(COMPASS) 不合理势能：harmonic, CVFF, class2(COMPASS)聚合物势能：all-atom, united-atom, bead-spring, breakable水势能：TIP3P，TIP4P，SPC隐式溶剂势能：hydrodynamic lubrication, Debye长程库伦与分散：Ewald, PPPM, Ewald/N(针对长程L-J作用)可以有与普适化力场如CHARMM，AMBER，OPLS，GROMACS相兼容的力场可以采用GPU加速的成对类型杂化势能函数：multiple pair, bond, angle, dihedral, improper potentials(多对势能处于更高的优先级)原子创建：（命令：read_data, lattice, create-atoms, delete-atoms, displace-atoms, replicate）从文件中读入各个原子的坐标在一个或多个晶格中创建原子删除几何或逻辑原子基团复制已存在的原子多次替换原子系综，约束条件，边界条件：（命令：fix）二维和三维体系正角或非正角模拟空间常NVE，NVT，NPT，NPH积分器原子基团与几何区域可选择不同的温度控制器有Nose/Hoover和Berendsen压力控制器来控制体系的压力（任一维度上）模拟合子的变形（扭曲与剪切）简谐（unbrella）束缚力刚体约束摇摆键与键角约束各种边界环境非平行太分子动力学NEMD各种附加边界条件和约束积分器：Velocity-verlet积分器Brown积分器rRESPA继承时间延化积分器刚体积分器共轭梯度或最束下降算法能量最小化器输出：（命令：dump, restart）热力学信息日志原子坐标，速度和其它原子量信息的文本dump文件二进制重启文件各原子量包括：能量，压力，中心对称参数，CAN等用户自定义系统宽度或各原子的计算信息每个原子的时间与空间平均系统宽量的时间平均原子图像，XYZ，XTC，DCD，CFG格式数据的前处理与后处理：包里提供了一系列的前处理与后处理工具另外，可以使用独立发行的工具组pizza.py, 它可以进行LAMMPS模拟的设置，分析，作图和可视化工作。
LAMMPS手册-中文版讲解
LAMMPS手册—中文解析一、简介本部分大至介绍了LAMMPS的一些功能和缺陷.1．什么是LAMMPS?LAMMPS是一个经典的分子动力学代码，他可以模拟液体中的粒子，固体和汽体的系综。
他可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子,聚合物，生物，金属，粒状和粗料化体系。
LAMMPS可以计算的体系小至几个粒子，大到上百万甚至是上亿个粒子。
LAMMPS可以在单个处理器的台式机和笔记本本上运行且有较高的计算效率,但是它是专门为并行计算机设计的.他可以在任何一个按装了C++编译器和MPI的平台上运算，这其中当然包括分布式和共享式并行机和Beowulf型的集群机.LAMMPS是一可以修改和扩展的计算程序，比如，可以加上一些新的力场，原子模型，边界条件和诊断功能等。
通常意义上来讲，LAMMPS是根据不同的边界条件和初始条件对通过短程和长程力相互作用的分子,原子和宏观粒子集合对它们的牛顿运动方程进行积分.高效率计算的LAMMPS通过采用相邻清单来跟踪他们邻近的粒子。
这些清单是根据粒子间的短程互拆力的大小进行优化过的,目的是防止局部粒子密度过高。
在并行机上,LAMMPS采用的是空间分解技术来分配模拟的区域，把整个模拟空间分成较小的三维小空间，其中每一个小空间可以分配在一个处理器上。
各个处理器之间相互通信并且存储每一个小空间边界上的”ghost”原子的信息。
LAMMPS（并行情况）在模拟3维矩行盒子并且具有近均一密度的体系时效率最高。
2．LAMMPS的功能总体功能：可以串行和并行计算分布式MPI策略模拟空间的分解并行机制开源高移植性C++语言编写MPI和单处理器串行FFT的可选性(自定义）可以方便的为之扩展上新特征和功能只需一个输入脚本就可运行有定义和使用变量和方程完备语法规则在运行过程中循环的控制都有严格的规则只要一个输入脚本试就可以同时实现一个或多个模拟任务粒子和模拟的类型：（atom style命令）原子粗粒化粒子全原子聚合物，有机分子，蛋白质，DNA联合原子聚合物或有机分子金属粒子材料粗粒化介观模型延伸球形与椭圆形粒子点偶极粒子刚性粒子所有上面的杂化类型力场：（命令：pair style，bond style，angle style，dihedral style，improper style, kspace style）对相互作用势：L-J, Buckingham, Morse，Yukawa, soft, class2（COMPASS), tabulated.带点对相互作用势：Coulombic，point-dipole。
win位下安装lammps学习总结
win位下安装lammps学习总结8特别注意，⼀定要以管理员账户登录系统，⽽且必须有密码，没有密码并⾏不能计算。
（⼀）⾸先win下Lammps串⾏安装⽅法：串⾏安装很简单，按照下⾯帖⼦的⽅法即可，⼀些dos命令见帖⼦中的dos屏幕截图；1LAMMPS在Windows下的安装及使⽤2017年9⽉30⽇村长村长技术专栏评论: 0为庆祝⽯家庄朗普斯科技有限公司官⽹正式运营，公司针对超算⽤户推出超算机时充值优惠，更享LAMMPS培训优惠福利，欢迎试⽤。
联系⼈：李⽼师，⼿机：135-5202-2471，QQ：2692514595。
随着LAMMPS功能越来越强⼤，越来越多的⼈开始使⽤LAMMPS。
然⽽，由于LAMMPS是以命令⾏的⽅式来运⾏，令很多⼊门者望⽽⽣畏。
本⽂详细讲解了Windows下LAMMPS的安装及使⽤，希望能使⼤家快速上⼿。
1.访问LAMMPS Windows Installer Repository，查看安装说明，选择合适的软件包下载。
在这⾥，我选择的是64位的版本（LAMMPS-64bit-latest-MPI.exe)。
（如果你安装的是32位的系统，请选择32-bit版本下载）。
2.双击LAMMPS的可执⾏程序并安装，LAMMPS就安装好了。
安装过程中注意LAMMPS的安装路径。
我的安装路径为C:\Program Files\LAMMPS 64-bit 20160512。
3.调⽤LAMMPS串⾏版本（lmp_serial.exe)。
点击搜索，输⼊cmd，选择“命令提⽰符”并打开。
在cmd窗⼝输⼊lmp_serial 回车通常会返回LAMMPS版本号，这样就可以进⾏简单调试了。
4.Ctrl+C 中断已经运⾏lmp，然后通过cd命令进⼊examples⽬录进⾏测试运⾏。
UPDATE：如果输⼊lmp_serial提⽰命令找不到，请将lmp_serial.exe的路径添加到环境变量PATH中。
LAMMPS手册-中文版讲解
LAMMPS手册-中文解析一、简介本部分大至介绍了LAMMPS的一些功能和缺陷。
1．什么是LAMMPS?LAMMPS是一个经典的分子动力学代码，他可以模拟液体中的粒子，固体和汽体的系综。
他可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子,聚合物，生物，金属，粒状和粗料化体系。
LAMMPS可以计算的体系小至几个粒子,大到上百万甚至是上亿个粒子。
LAMMPS可以在单个处理器的台式机和笔记本本上运行且有较高的计算效率，但是它是专门为并行计算机设计的.他可以在任何一个按装了C++编译器和MPI的平台上运算，这其中当然包括分布式和共享式并行机和Beowulf型的集群机。
LAMMPS是一可以修改和扩展的计算程序，比如，可以加上一些新的力场,原子模型，边界条件和诊断功能等。
通常意义上来讲,LAMMPS是根据不同的边界条件和初始条件对通过短程和长程力相互作用的分子，原子和宏观粒子集合对它们的牛顿运动方程进行积分.高效率计算的LAMMPS通过采用相邻清单来跟踪他们邻近的粒子.这些清单是根据粒子间的短程互拆力的大小进行优化过的，目的是防止局部粒子密度过高。
在并行机上，LAMMPS采用的是空间分解技术来分配模拟的区域，把整个模拟空间分成较小的三维小空间,其中每一个小空间可以分配在一个处理器上。
各个处理器之间相互通信并且存储每一个小空间边界上的”ghost”原子的信息.LAMMPS（并行情况)在模拟3维矩行盒子并且具有近均一密度的体系时效率最高。
2．LAMMPS的功能总体功能：可以串行和并行计算分布式MPI策略模拟空间的分解并行机制开源高移植性C++语言编写MPI和单处理器串行FFT的可选性（自定义）可以方便的为之扩展上新特征和功能只需一个输入脚本就可运行有定义和使用变量和方程完备语法规则在运行过程中循环的控制都有严格的规则只要一个输入脚本试就可以同时实现一个或多个模拟任务粒子和模拟的类型：（atom style命令)原子粗粒化粒子全原子聚合物,有机分子，蛋白质，DNA联合原子聚合物或有机分子金属粒子材料粗粒化介观模型延伸球形与椭圆形粒子点偶极粒子刚性粒子所有上面的杂化类型力场:（命令：pair style，bond style，angle style，dihedral style，improper style，kspace style）对相互作用势：L—J，Buckingham, Morse，Yukawa，soft，class2(COMPASS）, tabulated.带点对相互作用势：Coulombic，point-dipole。
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LAMMPS手册-中文解析一、简介本部分大至介绍了LAMMPS的一些功能和缺陷。
1．什么是LAMMPS？LAMMPS是一个经典的分子动力学代码,他可以模拟液体中的粒子，固体和汽体的系综。
他可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子，聚合物，生物，金属,粒状和粗料化体系。
LAMMPS可以计算的体系小至几个粒子，大到上百万甚至是上亿个粒子。
LAMMPS可以在单个处理器的台式机和笔记本本上运行且有较高的计算效率,但是它是专门为并行计算机设计的。
他可以在任何一个按装了C++编译器和MPI的平台上运算,这其中当然包括分布式和共享式并行机和Beowulf型的集群机.LAMMPS是一可以修改和扩展的计算程序,比如，可以加上一些新的力场，原子模型,边界条件和诊断功能等。
通常意义上来讲，LAMMPS是根据不同的边界条件和初始条件对通过短程和长程力相互作用的分子,原子和宏观粒子集合对它们的牛顿运动方程进行积分。
高效率计算的LAMMPS通过采用相邻清单来跟踪他们邻近的粒子。
这些清单是根据粒子间的短程互拆力的大小进行优化过的，目的是防止局部粒子密度过高。
在并行机上，LAMMPS采用的是空间分解技术来分配模拟的区域,把整个模拟空间分成较小的三维小空间,其中每一个小空间可以分配在一个处理器上。
各个处理器之间相互通信并且存储每一个小空间边界上的”ghost”原子的信息.LAMMPS（并行情况）在模拟3维矩行盒子并且具有近均一密度的体系时效率最高。
2．LAMMPS的功能总体功能：可以串行和并行计算分布式MPI策略模拟空间的分解并行机制开源高移植性C++语言编写MPI和单处理器串行FFT的可选性（自定义）可以方便的为之扩展上新特征和功能只需一个输入脚本就可运行有定义和使用变量和方程完备语法规则在运行过程中循环的控制都有严格的规则只要一个输入脚本试就可以同时实现一个或多个模拟任务粒子和模拟的类型:（atom style命令)原子粗粒化粒子全原子聚合物,有机分子，蛋白质，DNA联合原子聚合物或有机分子金属粒子材料粗粒化介观模型延伸球形与椭圆形粒子点偶极粒子刚性粒子所有上面的杂化类型力场：（命令：pair style，bond style, angle style, dihedral style, improper style，kspace style）对相互作用势:L—J，Buckingham，Morse，Yukawa, soft，class2（COMPASS）, tabulated。
LAMMPS系统入门
迹，从而判断台球是否能够进袋。
三维：考虑宇宙中只存在太阳和太阳系的八大行星。我们是否能够通过万有引力去预测所
有行星的轨迹。只是此时我们知道某个行星除了来自太阳的引力，还有来自其他行星的应
力。计算某个行星的受力时，要考虑该行星与其余所有天体之间的受力。
高分子势: all-atom, united-atom, bead-spring, breakable
水分子势: TIP3P, TIP4P, SPC, SPC/E and variants
石墨烯和同类物的层间势
金属有机框架势 (QuickFF, MO-FF)
隐式溶剂势: hydrodynamic lubrication, Debye
分子动力学基本原理
分子动力学实际上就是一只拉普拉斯兽。分子动力学的基本任务就是获取物体在任意时刻
组成原子的所有位置和动量然后利用统计力学知识理解物体的性质和行为。
掌握组成物体内部原子的行为就可解释和理解物体的性
质和行为。大量原子在一起表现出来的整体特性，而不
我将分子动力学研究科学问题分为三个部分：软件使用，分子动力学理论，科学问题发现。
只有用深厚的内功催动精妙的招式，才能打败可敬的对手，受到江湖传颂。
分子动力学基本原理
分子动力学的基础是牛顿力学，也即经典力学。经典力学中有三个主要内容：质点、力和
运动。牛顿第二定律是经典力学的核心。
有两个质点放置在光滑的地面上，我们要问的问题是在后续的时间中两个质点是怎么运动
极化模型: QEq, core/shell model, Drude dipole model
电荷平衡：QEq via dynamic, point, shielded, Slater methods
LAMMPS学习记录
LAMMPS学习记录1、时间单位1s=103ms=106μs=109ns=1012ps=1015fs2、如何运行开始-运行-cmd-输入“e:”回车，输入“cd lammps”直至找到可执行文件的位置，输入“lmp_win_no-mpi –in in.colloid”就可以计算了（新版本可能可执行文件的名称不一样了）。
MMPS的程序可以分为4个部分Input script structureA LAMMPS input script typically has 4 parts:1. Initialization2. Atom definition3. Settings4. Run a simulation后面的两个根据需要可以重复多次.4.系综的分类NVE，微正则系综，具有相同的化学组成、体积、总能量的热力学体系的集合。
粒子数N，温度T，体积V都相同的孤立热力学体系组成的系综称为微正则系综。
微正则系综必须是孤立的，与外界没有任何物质和能量的交换，其容器也必须刚性，没有任何体积变化。
NVT，正则系综，具有相同化学组成、体积、温度的热力学体系的集合。
粒子数N，温度T，体积V都相同的热力学体系组成的系综称为正则系综。
正则系综必须处在刚性容器之中，没有任何体积变化，与环境之间也没有物质交换。
正则系综热力学体系的总能量是变化的，不是固定的。
NPT，具有相同化学组成、压力、温度的热力学体系的集合。
体系的压力固定或几乎固定，体系的体积却可以自由变化。
是化学中最常用的系综。
巨正则系综是温度T，体积V，化学势μ都相同的热力学体系的集合。
巨正则系综体系也可理解为一个巨大的孤立体系中的一小部分，这一小部分与其他部分之间存在充分的物质和能量交换。
5.对一些命令的学习记录LAMMPS中的许多操作都是基于group的。
在建立group的基础上，进行各种操作。
利用VMD生成石墨烯:使用VMD的Extensions->Modeling->Nanostructure Builder->generate Sheet(s)就可以生成石墨烯，中间还可以修改各项参数，长，宽，层数都可以控制。
Lammps程序
• Settings: communicate, dipole, group, mass, min_modify, min_style, neigh_modify, neighbor, reset_timestep, run_style, set, shape, timestep, velocity; • Fixes: fix, fix_modify, unfix; • Computes: compute, compute_modify, uncompute; • Output: dump, dump_modify, restart, thermo, thermo_modify, thermo_style, undump, write_restart; • Actions: delete_atoms, delete_bonds, displace_atoms, displace_box, minimize, run, temper; • Miscellaneous: clear, echo, if, include, jump, label, log, next, print, shell, variable.
• temperature = degrees K 温度 • pressure = bars 压力 • dynamic viscosity = Poise 动力学粘性系数： 泊 • charge = multiple of electron charge (+1.0 is a proton) 电荷：电荷整数倍 • dipole = charge*Angstroms 偶极矩 • electric field = volts/Angstrom • density = gram/cm^dim • torque = eV 力矩
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bonds = # of bonds in system angles = # of angles in system dihedrals = # of dihedrals in system impropers = # of impropers in system bond types = # of bond types in system angle types = # of angle types in system dihedral types = # of dihedral types in system improper types = # of improper types in system
模拟流程：
三、Lammps模拟的相关命令
一般而言,一个Lammps工作目录需要包含以下几个文件;
Lammps执行程序
脚本文件（in文件）
势函数文件（…eam.alloy ， …tersoff， …sw)
data文件（体系的初始构型）
MPI并行文件（多核运行计算）
脚本文件的内容及书写格式
的位置及速度；由新的位置计算系统的势能，得到各原子的受力及
加速度。反复循环，就可以得到系统中原子的运动轨迹并输出相关
的热力学数据。
优势: 把整个原子作为一个质点进行模拟，减少了自由度的计算， 加大了可计算的体系的空间和时间尺度，简化数据处理和 分析。
二、Lammps软件的基本介绍
Lammps？
Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator
大规模原子/分子并行模拟器 简单的来说，Lammps就是一个可根植于Windows和Linux系统 的经典分子动力学代码；根据不同的边界条件和初始条件对相互 作用的分子，原子，宏观粒子集合进行牛顿运动方程积分，并输 出相关的热力学数据。
优点： 免费开源的代码；可以根据需要修改、扩展计算程序（C++） 可对固、液、气三种状态的物质进行模拟 能模拟多种模型体系（原子，聚合物，有机分子，粒子材料） 模拟体系可达上百万个粒子（计算资源） 方便的并行计算
#关键字：定义原子质量 #定义第一种原子质量 #定义第二种原子质量 #关键字：定义原子坐标
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
1 1 1 1 1 2 2 2 2 2
0.000000000 0.000000000 2.022364706 2.022364706 0.000000000 2.022364706 0.000000000 2.022364706 0.000000000 2.022364706
直接export保存为*.car *.cor类型 将保存的两个文件**.car和**.mdf 复制到msi2lmp的工作路径 在msi2lmp路径下执行 ./msi2lmp.exe ** -class I -frc cvff > data.**
settings
力场参数（势函数的调用） pair_style pair_coeff Examples: pair_style eam/alloy pair_coeff * * AlCu.eam.alloy Al Cu pair_style eam/alloy pair_coeff * * AlCu.eam.alloy Al Al Al Cu pair_style pair_coeff pair_style pair_coeff eam 1 1 Al.eam eam 2 2 Cu.eam pair_style eam/alloy pair_coeff * * AlCu.eam.alloy 25999948 #原子坐标:原子编号 原子类型 x坐标 y坐标 z坐标 0.000000000 102.667499948 2.022364706 33.825999948 2.022364706 102.667499948 2.022364706 35.850749948 0.000000000 35.850749948 0.000000000 37.875499948 2.022364706 37.875499948 2.022364706 39.900249948 0.000000000 39.900249948
In文件结构 一般分为4个部分：Initialization, Atom definition, Settings, Run a simulation
（1） Initialization
模拟体系之前, 一些参数必须要被设置. 相关的命令有:units, dimension, boundary, atom_style 等.
Atom definition lammps内部搭建模型 Al块体结构 lattice fcc 4.0495 #定义晶格类型 region box block 0 10 0 10 0 10 #定义模拟盒子的大小 create_box 1 box #创建模拟盒子 create_atoms 1 box #在模拟盒子中创建原子 NaCl结构 lattice custom $x a1 1.0 0.0 0.0 a2 0.0 1.0 0.0 a3 0.0 0.0 1.0 & basis 0.0 0.0 0.0 basis 0.5 0.5 0.0 basis 0.5 0.0 0.5 basis 0.0 0.5 0.5 & basis 0.5 0.5 0.5 basis 0.0 0.0 0.5 basis 0.0 0.5 0.0 basis 0.5 0.0 0.0 region box block 0 5 0 5 0 5 create_box 2 box create_atoms 2 box basis 1 1 basis 2 1 basis 3 1 basis 4 1 & basis 5 2 basis 6 2 basis 7 2 basis 8 2
（3）settings 原子信息定义好后, 要定义一系列的设置: 力场系数、模拟参数、输出选项 等. 力场系数可以通过这些命令定义: pair_style , pair_coeff , bond_coeff , angle_coeff 等。 各种模拟参数由这些命令设置: neighbor, group, timestep, reset_timestep , run_style , min_style. fix命令是lammps中很重要的一个命令, 它包括很多子命令, 对体系施加 一系列的约束条件，选择系综等等. 设定 lammps进行各种计算: compute, variable. 输出选项由thermo, dump, restart命令设置.
（2） Atom definition
lammps提供3种方式定义原子: ① 按照晶格的方式创建原子, 相关命令: lattice, region, create_box , create_atoms . ② 通过read_data 或 read_restart 命令从data或restart文件读入（可包含 出原子坐标之外的一些信息） ③ 已经设置好的原子可以用replicate命令复制以生成一个更大规模的 模拟体系.
pair_style eam/alloy pair_coeff * * AlCu.eam.alloy Cu
neighbor neighbor cutoff distance = force cutoff + skin distance Syntax: neighbor skin style skin = extra distance beyond force cutoff (distance units) style = bin or nsq or multi Examples: neighbor 0.3 bin neighbor 2.0 nsq 三种算法(处理器分配的原子数） bin: N/P nsq: (N/P)^2 默认值 2.0 bin for units = real or metal, skin = 2.0 Angstroms
不同的atom_style, data文件格式不尽相同
定义原子坐标的格式
atomic charge full hybrid atom-ID atom-type x y z atom-ID atom-type q x y z atom-ID molecule-ID atom-type q x y z atom-ID atom-type x y z sub-style1 sub-style2 ….
atom_style Syntax: atom_style style args style = atomic or body or charge or dipole or electron or full or molecular or peri or sphere or tri or hybrid Examples: atom_style atomic atom_style full
boundary Fixed boundary (f)
Free boundary (s)
柔性边界 (m): 允许边界上的粒子有微小 移动以反映内层粒子的作用力施加到它 们身上的情况
Periodic boundary (p)
Syntax: boundary x y z x, y, z = p or s or f or m, one or two letters Examples: boundary p p f boundary p fs p boundary s f fm 边界条件不同，模拟所得到的结果会有所不同，应根据实际模拟的 问题和选用的系综来选取合适的边界条件
(4)Run a simulation 使用run命令开始一个分子动力学模拟; 用minimize命令来实施能量最小化(molecular statics)
Initialization units Syntax: units style style = lj or real or metal or si or cgs or electron Examples: units lj units metal dimension Syntax: dimension N N = 2 or 3 Examples: dimension 3