学习lammps 对in文件的一个概述性心得

写在开头：

1.尽量列举了大部分（几乎）的命令

2.带星号命令非常重要，大家在看mannual中命令的解释的时候可以重点先看带星号的

3.非斜命令是运行一个常用模拟所必备的

4.命令顺序为一个基本的脚本文件命令顺序，骨架如此

5.我主要是做金属的，所以其他方向的希望有一个借鉴作用，大同小异

6.对于初学者切不可认为in文件就是这个固定顺序，其实正常模拟过程中做平衡、以及随后的运行在某些阶段都会重复使用某一段命令，比如fix 1 …run；fix 2 …run ………，以及作循环，等等等

7.本文的目的旨在让初学者对in文件有一个总体的把握，希望对新手入门有帮助

8.括号里为这个命令的默认值，我列举的是在使用过程中比较关心的默认值

9.纯属个人学习心得，希望大家多多指点讨论

10.复制的时候希望能留下足迹，如果觉得哪里有问题，随时回来讨论！方便其他人学习！

11.对in文件通俗点的理解就像洗衣服，洗衣机就是lammps的主程序，这个in文件就是在设定怎么洗衣服

----------------------------------Initialization基本模拟系统设置-------------------------

units (lj) ** 单位系统

boundary (ppp) ** 边界条件

atom_style (atomic) ** 粒子类型

atom_modify * 粒子类型调整，，，凡是后面带一个modify的，都是对头命令的补充修改newton (on)

processors

dimension (3) * 维数

------------------------------Atom definition---这一组命令主要用来构建模拟模型的---------------

lattice ** 晶格参数

region ** 选择一个区域

create_box ** 创建一个盒子

create_atoms ** 创建原子

group, ** 给原子分组

delete_atoms,** 删除某些原子

delete_bonds,

displace_atoms,* 移动某些原子

replicate* 将已经构建的模型在三维重复复制放大

read_data***这个命令就是用来读取其他软件建的模型的

read_restart* 以之前运行的结果作为这次计算的初始构型

---------------------------------------Potencial---定义粒子相互作用势------------------------------ pair_style** 势函数类型

pair_coeff,** 势函数文件名（一般这个文件放在与此in文件的同一个目录下）

pair_modify**

此后的13命令对做高分子及无机非的模拟的需要额外关注

pair_write

bond_style

bond_coeff,

angle_style

angle_coeff,

dihedral_style

dihedral_coeff,

improper_style

improper_coeff,

kspace_style,

kspace_modify

dielectric,

special_bonds

----------------------------------------Seting--------------------------------------------- neighbor, ** 截断半径相关的设置

neigh_modify, **

timestep,** 模拟的步长

compute, *** ！定义计算，一般我们需要的输出数据就需要这个命令来定义uncompute * 取消某个compute设置

variable**这个命令可以多次使用，定义一个变量

reset_timestep, ** 步长计数器清零，有多个run命令的需注意这个

run_style, 配套run的，不一定需要

compute_modify *配套compute的

---------------------------------------- Minimize------------------------------------------- 结构优化，注意和热力学平衡区分开来

minimize,**

min_style, **

min_modify **

---------------------------------------------Fix------------------------------------------- fix*** 这个命令相当重要多的不说，看手册

unfix 取消某个fix设置

fix_modify,

------------------------------------------Output------------------------------------------ dump, ** 输出数据，输出的为单个原子的信息，可视化就用它

undump,* 取消某个dump设置

thermo, ** 输出全局数据，比如温度，压强，长度，总能量等

thermo_style,* 配套thermo的

thermo_modify,*