CMap使用
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13
即为生成的图谱
14
选择比对图谱的类型 显示对应的数量 点击插入 新的比对图谱
点击redraw，显示比对结果
15
图示即为Sequence:Oryza Sativa Gramene IRGSP.aSSM 2005（1号染色体） 与QTL:Barley-Tadmor/Er Apm RI RF LP/AFLP/SSR [1](ALL 1H[2,2])的比对图谱。
点击AQZ007，可获取详细信息。
6
map detail
• 点击map detail，即 可看到性状用高亮标出。
点击查看不同类型位点
7
option
• 图谱下面是想关选项，点击改变选项的设置可 显示出不同的特征信息。+号扩展菜单。
8
在左侧或右测添加 图谱类型
如果显示多重图谱，点击可由上至下显示。
23
•点击后显示的详细对应图谱位置。 点击数字可查看图谱。
24
•此即为详细比对 图谱结果。
25
Map set
• map set 是根据自己所需的物种和图谱类别挑 选所需要的图谱信息。
26
feature type
• feature type可选择所需特征（供46个）对单个 进行详细显示，点击“search for all feature of this type”可查看这一类的所有特征图谱。
•输入特征名称 选择物种（任选） 选择特征类型 搜索名称或seccssion ID
20
•特征名称 特征类型 物种 图谱数据库 位置 查看细节
21
Matrix
通过先选择参考数据库的类型和物种名称进行比对，然后点击submit。
22
表示这两个图谱数据库的16个图谱中有14个对应。 点击图谱对应的数字，可查看详细相应结果
12
确定图像是根据各自的大小情况显示（NO），还 是都画同样长度（YES）
比对图谱显示的顺序， 根据输入比对图谱显示 的顺序，根据输入顺序 还是对应数量排序。 图像是否可点击，USE ALL：所有都可点击；Omit Features： 特征和特征标签不可点击，使图像显示更快速；Omit all Buttons：生成可供发表的最终图像。 如果特征太多将会造成浏览障碍，如果选择check将使其全部 可选。
27
Map type
• 这一选项可查看此类图谱的所有图谱数据库信息。
28
evidence type
• 这一选项为每一对应的数据库找到相应的证据。
29
species
目前Gramene有32个物种的图谱，点击可查看物种对应的图谱等信息。
30
31
点击此处生成新的比对图谱。 如果知道所处染色体的具体位置，可以输入，此处
可以自定义根据需要调节长度。
9
点击增加其他选项
输入一种特征名称，使其在图谱中高亮显示。
通过选择合适的选项确定 显示何种类型的特征。
选择是否将特征在一张图上 重叠显示，推荐使用YES
10
限制其对应的类型。
11
图片大小 字体大小 图片格式 点击增加选项
16
•点击改变图谱类型 •点击可增添所需显示的feature
17
Map Search
选项按顺序依次为： 选择比对的物种 选择比对的数据库（根据你所选择物种会自动更换） 必须与数据库中的名称相匹配 相关图谱的最小值。
18
图示即为所得结果，点击蓝色超链接，可以按顺序排列相应图谱。
19
Feature Search
CMap详细使用说明
1
2
• 点击Map选项卡，根据需要选择查阅的物种和 数据库（序列、基因组、QTL等）
3
选择多重比较图谱， 点击Draw Selected Maps
4
Βιβλιοθήκη Baidu
点击箭头可查看其他 位置图
鼠标悬于此处可 查看名称和位置， 点击此处获取详 细信息。
5
Feature detail
1查看AQZ007图谱 2别名及其详细信息 3查看性状类型的相关信息 4查看详细图谱
即为生成的图谱
14
选择比对图谱的类型 显示对应的数量 点击插入 新的比对图谱
点击redraw，显示比对结果
15
图示即为Sequence:Oryza Sativa Gramene IRGSP.aSSM 2005（1号染色体） 与QTL:Barley-Tadmor/Er Apm RI RF LP/AFLP/SSR [1](ALL 1H[2,2])的比对图谱。
点击AQZ007，可获取详细信息。
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map detail
• 点击map detail，即 可看到性状用高亮标出。
点击查看不同类型位点
7
option
• 图谱下面是想关选项，点击改变选项的设置可 显示出不同的特征信息。+号扩展菜单。
8
在左侧或右测添加 图谱类型
如果显示多重图谱，点击可由上至下显示。
23
•点击后显示的详细对应图谱位置。 点击数字可查看图谱。
24
•此即为详细比对 图谱结果。
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Map set
• map set 是根据自己所需的物种和图谱类别挑 选所需要的图谱信息。
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feature type
• feature type可选择所需特征（供46个）对单个 进行详细显示，点击“search for all feature of this type”可查看这一类的所有特征图谱。
•输入特征名称 选择物种（任选） 选择特征类型 搜索名称或seccssion ID
20
•特征名称 特征类型 物种 图谱数据库 位置 查看细节
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Matrix
通过先选择参考数据库的类型和物种名称进行比对，然后点击submit。
22
表示这两个图谱数据库的16个图谱中有14个对应。 点击图谱对应的数字，可查看详细相应结果
12
确定图像是根据各自的大小情况显示（NO），还 是都画同样长度（YES）
比对图谱显示的顺序， 根据输入比对图谱显示 的顺序，根据输入顺序 还是对应数量排序。 图像是否可点击，USE ALL：所有都可点击；Omit Features： 特征和特征标签不可点击，使图像显示更快速；Omit all Buttons：生成可供发表的最终图像。 如果特征太多将会造成浏览障碍，如果选择check将使其全部 可选。
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Map type
• 这一选项可查看此类图谱的所有图谱数据库信息。
28
evidence type
• 这一选项为每一对应的数据库找到相应的证据。
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species
目前Gramene有32个物种的图谱，点击可查看物种对应的图谱等信息。
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31
点击此处生成新的比对图谱。 如果知道所处染色体的具体位置，可以输入，此处
可以自定义根据需要调节长度。
9
点击增加其他选项
输入一种特征名称，使其在图谱中高亮显示。
通过选择合适的选项确定 显示何种类型的特征。
选择是否将特征在一张图上 重叠显示，推荐使用YES
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限制其对应的类型。
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图片大小 字体大小 图片格式 点击增加选项
16
•点击改变图谱类型 •点击可增添所需显示的feature
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Map Search
选项按顺序依次为： 选择比对的物种 选择比对的数据库（根据你所选择物种会自动更换） 必须与数据库中的名称相匹配 相关图谱的最小值。
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图示即为所得结果，点击蓝色超链接，可以按顺序排列相应图谱。
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Feature Search
CMap详细使用说明
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2
• 点击Map选项卡，根据需要选择查阅的物种和 数据库（序列、基因组、QTL等）
3
选择多重比较图谱， 点击Draw Selected Maps
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Βιβλιοθήκη Baidu
点击箭头可查看其他 位置图
鼠标悬于此处可 查看名称和位置， 点击此处获取详 细信息。
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Feature detail
1查看AQZ007图谱 2别名及其详细信息 3查看性状类型的相关信息 4查看详细图谱