pymol作图的一个实例

Pymol作图的实例

这是一个只是用鼠标操作的初步教程

Pdb文件3ODU.pdb

打开文件

pymol右侧

All指所有的对象，2ODU指刚才打开的文件，(sele)是选择的对象

按钮A:代表对这个对象的各种action，

S：显示这个对象的某种样式，

H：隐藏某种样式，

L：显示某种label，

C：显示的颜色

下面是操作过程：

点击all中的H，选择everything，隐藏所有

点击3ODU中的S，选择cartoon，以cartoon形式显示蛋白质

点击3ODU中的C，选择by ss，以二级结构分配颜色，选择

点击右下角的S，窗口上面出现蛋白质氨基酸序列，找到1164位ITD，是配体

点击选择ITD ，此时sele中就包含ITD这个残基，点击（sele）行的A，选

择rename selection，窗口中出现，更改

sele为IDT，点击（IDT）行的S选择sticks，点击C，选择by element，选择

，，调整窗口使此分子清楚显示。

寻找IDT与蛋白质相互作用的氢键：

IDT行点击A 选择find，选择polar contacts，再根据需要选择，这里选择to other atoms in object ,分子显示窗口中出现几个黄色的虚线，IDT行下面出现了新

的一行，这就是氢键的对象，点击这一行的C，选择

red red，把氢键显示为红色。

接着再显示跟IDT形成氢键的残基

点击3ODU行的S，选择lines，显示出所有残基的侧链，使用鼠标转动蛋白质寻找与IDT 以红色虚线相连的残基，分别点击选择这些残基。注意此时selecting要是residures

。选择的时候要细心。取消选择可以再次点击已选择的残基。使

用上述的方法把选择的残基（sele）改名为s1。点击S1行的S选择sticks，C选择by elements,点击L选择residures显示出残基名称.在这个例子中发现其中有一个N含有3个氢键有两个可以找到与其连接的氨基酸残基，另一个找不到，这是因为这个氢键可能是与水分子形成的，水分子在pdb文件中只用一个O表示，sticks显示方式没有显示出来水分子，点击all行S选择nonbonded，此时就看到一个水与N形成氢键

，点击分子空白处，然后点击选择这个水分子，更改它的名字为w。在all

行点击H，选择lines，在选择nonbonded，把这些显示方式去掉只留下cartoon。点击w行s 选择nb-spheres.

到目前为止已经差不多了

下面是一些细节的调整

残基名称位置的调整：点击右下角是3-button viewing

转变为3-button viewing editing，这样就可以编辑修改

pdb文件了，咱们修改的是label的位置。按住ctrl键点击窗口中的残基名称label，鼠标拖拽到适合的部位，是显示更清晰。

然后调整视角方向直到显示满意为止，这时就可以保存图片了，file>>save image as>>png

这样的图片勉强能用，为了得到更高质量和更漂亮得图片在作如下处理

Setting >> cartoon>>highlight color

Setting >> cartoon>>fancy helix

Setting >> transperency>>cartoon>>50% 调节透明度

Setting >>label>>size 可以调节label字体大小

Display>>background color>>white 背景设置为白色

此时窗口中的图像应该不怎么好看，点击右上角的ray

，等待一会，完成后就发现图片好多了，这时千万不要再在图片上点击了，赶快保存图片。

最后再介绍几个命令，还是命令更厉害

set label_size,28 设置字体大小

在最后一步ray的时候，可以输入命令ray，要得到其他分辨率的图片可以打命令ray x,y

如ray 2000,1400就生成2000*1400分辨率的图片。

打包的文件包括3ODU.pdb 3ODU.pse 1.png 2.png打开pse文件可以直接看到制作完成时的样子

飞毛腿2011-4-18