Linux简介与vasp_初步

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vasp介绍

vasp介绍(转帖)V ASP (V AMP)主页：http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/简介：V ASP是使用赝势和平面波基组，进行从头量子力学分子动力学计算的软件包，它基于CASTEP 1989版开发。

V AMP/V ASP中的方法基于有限温度下的局域密度近似（用自由能作为变量）以及对每一MD步骤用有效矩阵对角方案和有效Pulay混合求解瞬时电子基态。

这些技术可以避免原始的Car-Parrinello方法存在的一切问题，而后者是基于电子、离子运动方程同时积分的方法。

离子和电子的相互作用超缓V anderbilt赝势(US-PP)或投影扩充波(PA W)方法描述。

两种技术都可以相当程度地减少过渡金属或第一行元素的每个原子所必需的平面波数量。

力与张量可以用V AMP/V ASP很容易地计算，用于把原子衰减到其瞬时基态中。

功能：FeaturesSelf-consistent density functional method with plane wave basisAll-electron projector-augmented-wave (PA W) potentials covering all atoms of the periodic table Local density approximation (LDA) and generalized gradient approximation (GGA)Spin restricted and spin-polarizedSemi-relativistic and full spin-orbit relativisticNon-collinear magnetismLDA (GGA)+U for correlated systemsApplicable to bulk systems, surfaces, interfaces, and molecules (in supercell geometry)Total energies, forces, and the full stress tensorConcurrent relaxation of lattice parameters and atomic positionsAb initio molecular dynamicsGeneration of Monkhorst-Pack special k-pointsIntegration in k-space with smearing or tetrahedron method (with Blöchl correction)Band structure (spin restricted and spin polarized)Site, spin and partial-wave projected densities of statesPartial densities of states at Fermi levelCharge densities Spin densitiesUltra-soft pseudopotentials are offered for comparison平台：UNIX/LINUX相关软件：1. p4vasp主页：http://cms.mpi.univie.ac.at/odubay/p4vasp_site/news.php说明：处理V ASP xml格式输出文件的免费图形环境工具。

Linux操作系统基础教程

Linux操作系统基础教程Linux操作系统基础教程1.简介：1.1 什么是Linux操作系统1.2 Linux的历史1.3 Linux操作系统的优势2.安装Linux操作系统：2.1 准备安装环境2.2 Linux发行版2.3 制作启动盘2.4 安装Linux操作系统2.5 安装后的配置3.Linux基本命令：3.1 文件和目录操作：3.1.1 ls - 列出文件和目录3.1.2 cd - 切换目录3.1.3 mkdir - 创建目录3.1.4 cp - 复制文件和目录3.1.5 rm - 删除文件和目录3.1.6 mv - 移动文件和目录3.1.7 pwd - 显示当前目录3.2 文件内容查看和编辑：3.2.1 cat - 查看文件内容3.2.2 less - 分页查看文件内容3.2.3 vim - 文本编辑器的使用3.3 系统操作和管理：3.3.1 shutdown - 关机3.3.2 reboot - 重启3.3.3 ps - 查看进程信息3.3.4 top - 动态监控运行中的进程 3.3.5 su - 切换用户3.4 网络相关命令：3.4.1 ping - 测试网络连接3.4.2 ifconfig - 配置和显示网络接口信息3.4.3 netstat - 显示网络连接、路由表和接口统计4.Linux文件系统：4.1 文件系统简介4.2 Linux文件系统结构4.3 常见的文件系统类型4.4 文件权限和所有权4.5 文件系统相关命令5.Linux用户和权限管理：5.1 用户和组5.2 创建和管理用户5.3 用户组管理5.4 文件权限管理5.5 特殊权限和文件属性6.Shell脚本编程：6.1 Shell脚本语言简介6.2 运行Shell脚本6.3 Shell脚本的基本语法6.4 Shell脚本编程示例7.系统安全和日志管理：7.1 用户账户安全7.2 防火墙配置7.3 SELinux安全策略7.4 安全更新和漏洞修复7.5 日志管理8.常用服务器搭建：8.1 HTTP服务器搭建8.2 FTP服务器搭建8.3 SSH服务器搭建8.4 DNS服务器搭建8.5 邮件服务器搭建9.常见的故障处理：9.1 硬件故障处理9.2 网络故障处理9.3 系统崩溃和故障排查9.4 应用程序故障排查10.附件：附件1：Linux常用命令表附件2：Linux文件系统类型列表附件3：Shell脚本编程示例法律名词及注释：- GPL（General Public License）：通用公共许可协议，是自由软件基金会（FSF）发布的一种自由软件协议。

《linux概述》课件

软件仓库
APT使用软件仓库来存储和管理软件包。用户可以通过配置软件仓库来添加或删除软件源，以便获取最新的软件包版本。
安全性和稳定性
APT软件源经过严格审查，确保安全性和稳定性。同时， APT会自动处理软件包的数字签名，验证软件包的完整性和来源。
Red Hat系列的YUM/DNF软件包管理
YUM/DNF简介
和自动补全功能，提高命
令行效率。
命令行基本操作
介绍如何在命令行中输入命令、查看命令帮助、执行命令等。
Linux的常用命令
01 文件操作命令
介绍如`ls`、`cp`、`mv`、 `rm`等常用文件操作命令及其参数。
03 系统信息命令
介绍如`uname`、`df`、
`du`等获取系统信息的命
令。
06
Linux网络配置与管理
网络基础知识
IP地址
IP地址是网络中计算机的唯一标识，分为IPv4和IPv6两种。
01
子网掩码
用于划分IP地址的网络部分和主机部分。
02
03
默认网关
指明数据包应发送到的下一个路由器。
常用网络命令
ping
测试与目标主机的连接状态。
ifconfig
查看和配置网络接口信息。
桌面领域
Linux桌面操作系统如Ubuntu、 Fedora等，为用户提供了一个稳定、安全和个性化的使用环境。
物联网与嵌入式系统
Linux的小型化和定制化特性使其在物联网设备和嵌入式系统中得到广泛应用。
02
Linux系统基础
Linux的文件系统
01
文件类型
详细解释Linux中的文件类型，如普通文件、目录、符号链接、设备文件等。

个人非常好的VASP学习与总结

精析V ASP目录第一章LINUX命令11.1 常用命令11.1.1 浏览目录11.1.2 浏览文件11.1.3 目录操作11.1.4 文件操作11.1.5 系统信息1第二章SSH软件使用22.1 软件界面22.2 SSH transfer的应用32.2.1 文件传输32.2.2 简单应用3第三章VASP的四个输入文件33.1 INCAR 33.2 KPOINTS 43.3 POSCAR 43.4 POTCAR 5第四章实例54.1 模型的构建54.2 VASP计算84.2.1 参数测试（VASP）参数设置这里给出了赝势、ENCUF、K点、SIMGA一共四个参数。

是都要验证吗？还是只要验证其中一些？84.2.2 晶胞优化(Cu) 134.2.3 Cu(100)表面的能量144.2.4 吸附分子CO、H、CHO的结构优化154.2.5 CO吸附于Cu100表面H位174.2.6 H吸附于Cu100表面H位184.2.7 CHO吸附于Cu100表面B位194.2.8 CO和H共吸附于Cu100表面204.2.9 过渡态计算21第一章Linux命令1.1 常用命令1.1.1 浏览目录cd: 进入某个目录。

如：cd /home/songluzhi/vasp/CH4 cd .. 上一层目录；cd / 根目录；ls: 显示目录下的文件。

注：输入目录名时，可只输入前3个字母，按Tab键补全。

1.1.2 浏览文件cat：显示文件内容。

如：cat INCAR如果文件较大，可用：cat INCAR | more (可以按上下键查看) 合并文件：cat A B > C (A和B的内容合并，A在前，B在后) 1.1.3 目录操作mkdir：建立目录；rmdir：删除目录。

如：mkdir T-CH3-Rh1111.1.4 文件操作rm：删除文件；vi：编辑文件；cp：拷贝文件mv：移动文件；pwd：显示当前路径。

如：rm INCAR rm a* (删除以a开头的所有文件)rm -rf abc (强制删除文件abc)tar：解压缩文件。

VASP软件介绍解读

0S.0I0G0M00A00=000.010000000 0.5000000000000000 0.4589585899816485
0#.5I0S0I0F00=02000000000 0.0000000000000000 0.9589585899816486
0I.5A0L0G00O00=04080000000 0.0000000000000000 0.5410414100183514
POTCAR输入文件: 赝势文件
Si 的一种势函数的部分内容
US Si 4.00000000000000000 parameters from PSCTR are: VRHFIN =Si: s2p2 LEXCH = CA EATOM = 115.7612 eV, 8.5082 Ry GGA = -1.4125 -1.4408 .0293 -.9884 eV
First-principles electronic structure calculations
• 简介 • 基本任务 • 输入文件 • 输出文件 • 程序举例 • 操作界面
简介—VASP是什么
• 全称Vienna Ab-inito Simulation Package • 是一个采用平面波赝势(或缀加投影波)方法进行
0.5000000000000000 0.0000000000000000 0.7500000000000000
(2). 优化晶格参数
• 运行VASP，从输出文件CONTCAR中查看优化之后的晶格常数。
（3）固定晶格常数静态计算，得到后面计算要用到的电荷密度。
TiO2
1S.0Y0S0T0E00M00=0T00iO0020
# ISIF = 3 IALGO = 48 NELMDL = -5

太原理工大学--VASP--讲解

V ASP 学习教程太原理工大学量子化学课题组2012/5/25 太原目录第一章LINUX命令 (1)1.1 常用命令 (1)1.1.1 浏览目录 (1)1.1.2 浏览文件 (1)1.1.3 目录操作 (1)1.1.4 文件操作 (1)1.1.5 系统信息 (1)第二章SSH软件使用 (2)2.1 软件界面 (2)2.2 SSH transfer的应用 (3)2.2.1 文件传输 (3)2.2.2 简单应用 (3)第三章VASP的四个输入文件 (3)3.1 INCAR (3)3.2 KPOINTS (4)3.3 POSCAR (4)3.4 POTCAR (5)第四章实例 (5)4.1 模型的构建 (5)4.2 VASP计算 (8)4.2.1 参数测试 (8)4.2.2 晶胞优化(Cu) (13)4.2.3 Cu(100)表面的能量 (2)4.2.4 吸附分子CO、H、CHO的结构优化 (2)4.2.5 CO吸附于Cu100表面H位 (4)4.2.6 H吸附于Cu100表面H位 (5)4.2.7 CHO吸附于Cu100表面B位 (6)4.2.8 CO和H共吸附于Cu100表面 (7)4.2.9 过渡态计算 (8)第一章Linux命令1.1 常用命令1.1.1 浏览目录cd: 进入某个目录。

如：cd /home/songluzhi/vasp/CH4 cd .. 上一层目录；cd / 跟目录；ls: 显示目录下的文件。

注：输入目录名时，可只输入前3个字母，按Tab键补全。

1.1.2 浏览文件cat：显示文件内容。

如：mkdir T-CH3-Rh1111.1.4 文件操作rm：删除文件；vi：编辑文件；cp：拷贝文件mv：移动文件；pwd：显示当前路径。

简单组建linux集群及并行编译vasp过程

简单组建linux集群及并行编译vasp过程我们现在主要是用做高性能计算，下面就是我的集群的组建过程。

集群的硬件环境：做一个集群，节点机器的硬件最好相同，这样计算的效率就会高很多，同时组建集群也相对容易。

以下是我的机器的配置情况（全新，组装）另外要说的是，我们的节点机没有配置显示器，全部工作由服务器完成。

连接就是通过交换机连接，和一般局域网连接相同。

服务器：P4 3.2，内存2 G ，硬盘：160G ，显示器，网卡：2个千兆网卡（money：8千多）节点（10台）： P4 3.2，内存：2 G，硬盘：80G ，网卡：千兆网卡（5千多每台）华为24口千兆交换机（4千多）集群软件环境：建一个简单的集群，其实并不难，主要配置nis，nfs，rsh，mpi 就好了。

推荐大家看一本书《微机集群组建、优化和管理》车静光著，机械工业出版社。

我的集群，采用suse9.3，操作系统其实也很重要，这次试了很多操作系统，redhat9，rhas4无法识别网卡，rocks无法安装，如果硬件没有什么问题，建议大家可以试下rocks cluster这个集群系统，rocks集操作系统和集群于一体，安装完成并行环境就已经建立，而且还配备了pbs管理软件，非常简单，容易上手，只是我的硬件不太兼容，本来是想装rocks的，无奈，只有自己动手了。

Suse配置nis，nfs非常简单，因为suse强大的yast，就像window一样方便，只要鼠标轻点几下就ok。

1．Linux系统的安装，suse安装也非常简单，在此不想详细讲太多，主要是在分区的时候要注意，最要自己手动分区，对于服务器来说，最好能分一个独立的分区/home，因为节点机器要通过nfs共享服务器的/home。

注意的是一下几个软件包一定要安装nfs（nfs－utils），nis（ypbind），rsh（rsh－server）。

2．基本的网络配置（通过yast的网卡配置）服务器的：192.168.1.253 hostname：node0 域名：node0.cluster节点机器：192.168.1－192.168.1.10 hostname：node1－node10 域名：node*.cluser掩码：255.255.255.03.服务器的配置3.1．Nfs设置NFS（NetWork File System）是一种使用比较多的网络文件系统，它以它的安装容易，使用方便得到很多Linux爱好者的使用。

Linux入门基础教程

Linux⼊门基础教程转载⾃：1. 1 Linux操作系统简介Linux是⼀套免费使⽤和⾃由传播的类Unix操作系统，是⼀个基于POSIX和UNIX的多⽤户、多任务、⽀持多线程和多CPU的操作系统。

它能运⾏主要的UNIX⼯具软件、应⽤程序和⽹络协议。

它⽀持32位和64位硬件。

Linux继承了Unix以⽹络为核⼼的设计思想，是⼀个性能稳定的多⽤户⽹络操作系统。

1991年的10⽉5⽇，Linux创始⼈林纳斯·托⽡兹（Linus Torvalds）在comp.os.minix新闻组上发布消息，正式向外宣布Linux内核的诞⽣，1994年3⽉，Linux 1.0发布，代码量17万⾏，当时是按照完全⾃由免费的协议发布，随后正式采⽤GPL（General Public License的缩写，是⼀份GNU通⽤公共授权）协议。

Linux具有如下优点：Ø 稳定、免费或者花费少Ø 安全性⾼Ø 多任务，多⽤户Ø 耗资源少Ø 由于内核⼩，所以它可以⽀持多种电⼦产品，如：Android⼿机、PDA等。

1. 2 Linux发展趋势随着IT产业的不断发展，⽤户对⽹站体验要求也越来越⾼，⽽⽬前主流⽹站后端承载系统都是Linux系统，⽬前Android⼿机全部基于Linux内核研发。

企业⼤数据、云存储、虚拟化等先进技术都是基于Linux系统。

2010年据有关权威部门统计：将来⼏年内我国软件⾏业的从业机会⼗分庞⼤，中国每年对软件⼈才的需求将达到50万⼈左右。

⽽对于Linux 专业⼈才的就业前景，更是⼴阔；据悉在未来5-10年内 Linux 专业⼈才的需求将达到 120 万+！尤其是有经验的资深的Linux⼯程师⽬前⾮常的缺乏，薪资也是⾮常诱⼈，平均⽉薪都是15-20K，能⼒强的薪资更⾼。

所以机会对每个⼈都是公平的，关键是我们每个⼈如何去⾏动，选择⼤于努⼒。

1. 3 Linux系统安装在安装Linux系统之前，先来了解windows系统结构，windows系统⼀般是安装在C盘系统盘，同样Linux也有类似的系统盘（/根分区），Linux通常分区为（根分区/、swap分区），Linux系统以⽂件的存储⽅式，所有的⽂件都是存储在某个⽬录下的，类似于windows的⽂件夹。

VASP软件介绍ppt课件

0.00000000000000000 9.518838639V6A3S40P2提63供的
Monkhorst Pack
各种POTCAR
444
0I.0B0R0I0O0N00=00-01000000 0.0000000000000000000 0.2089585899816485
0I.5S0M00E0A0R00=000000000 0.5000000000000000 0.7089585899816486
First-principles electronic structure calculations
• 简介 • 基本任务 • 输入文件 • 输出文件 • 程序举例 • 操作界面
1
简介—VASP是什么
• 全称Vienna Ab-inito Simulation Package • 是一个采用平面波赝势(或缀加投影波)方法进行
5
POSCAR输入文件：描述体系结构
例:SiC体系的POSCAR文件
Cubic SiC 3.57 0.0 0.5 0.5 0.5 0.0 0.5 0.5 0.5 0.0 11 Direct 0.00 0.00 0.00 0.25 0.25 0.25
设置体系的名称晶格常数或缩放系数
原胞(或晶胞)的基矢
0.0000000000000000 0.5000000000000000 0.0410414100183514
0.5000000000000000 0.5000000000000000 0.2910414100183515 将CONTCAR
0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.7910414100183514 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.5000000000000000 0.5000000000000000 0.5000000000000000 0.0000000000000000 0.5000000000000000 0.2500000000000000

Linux简介与vasp_初步

ps –aux #查看进程
kill 进程编号 #结束进程
Sh脚本的写法详细请参见 /viewarticle.php?id=20338
Linux压缩与减压
数据传输
1.与windows主机的数据传输 sz：下载linux数据到windows主机下，默认目录
Linux简介与vasp 初步
王锐重庆大学物理学院物理系
2011.05.09
目录
• Linux 简介
/special/linuxcom/
• Vasp 初步 • 1. 概述
• • • • 2. 单个原子的计算（H原子） 3. 晶格常数的优化 4. 计算前的验证 5. 能带计算(单层石墨graphen)
INCAR
SYSTEM = Fe ENCUT = 450 ISTART = 0; ICHARG = 2 ISMEAR = -5 NSW = 0; IBRION = -1 ISIF = 2 ISPIN = 2 EDIFF = 1.0E-5; PREC = Accurate LWAVE =.FALSE. LCHARG =.FALES.
POSCAR文件
C 2.45944 # 晶格常数 1.000 0.000 0.000 0.500 0.866 0.000 0.000 0.000 15.000 #层间距取得大 2 #表示复式格子 Cartesian 0.000000 0.000000 0.000000 0.500000 0.288667 0.000000 #第二个原子位置

KPOINTS 文件
Atuo #注释行 0 #0表示自动产生 Monk #产生方法 1 1 1 #1*1*1,网络尺寸 0.0 0.0 0.0 #k点相对于原点平移

vasp介绍

V AMP/V ASP中的方法基于有限温度下的局域密度近似（用自由能作为变量）以及对每一MD步骤用有效矩阵对角方案和有效Pulay混合求解瞬时电子基态。

这些技术可以避免原始的Car-Parrinello方法存在的一切问题，而后者是基于电子、离子运动方程同时积分的方法。

离子和电子的相互作用超缓V anderbilt赝势(US-PP)或投影扩充波(PA W)方法描述。

两种技术都可以相当程度地减少过渡金属或第一行元素的每个原子所必需的平面波数量。

力与张量可以用V AMP/V ASP很容易地计算，用于把原子衰减到其瞬时基态中。

VASP软件包介绍---精品资料

VASP软件包介绍
Outlines
1. VASP 介绍 2. 关键词详解 3. 输入和输出文件 4. 基础性质计算
1.VASP介绍
• 1.1 VASP是什么？ • 1.2 VASP的组成部分 • 1.3 VASP的计算功能
1.1 VASP是什么？
采用平面波赝势(或缀加投影波)方法进行从头的分子动力学模拟的软件包。
基于(有限温度下的，对电子气而言)局域密度近似，自由能作为电子气密度的泛函在每个MD时间步长内精确求解电子气的瞬时基态
1.2 VASP 的组成部分
• Fortran语言编写的主要代码vasp.4.x.tar.gz 和数学库文件vasp.4.lib.tar.gz • 元素周期表中绝大部分元素的超软赝势 (LDA和GGA)和缀加投影波势(LDA, GGA和 PBE) • 一些用来处理计算数据的script和tools • 另外还有VASP组自己开发的p4vasp(图形界面的软件专门用来处理计算数据 vasprun.xml，可以免费下载)和 vaspview(图形界面的软件，可视化ELF函数和电荷密度)
1.原子如何移动以及步长和步数
• IBRION: 决定了原子如何移动或迟豫。如果NSW=0或1，则默认值为－1，否则为0。可赋予值为－1| 0 | 1 | 2 | 3 | 5。 IBRION=0表示进行分子动力学模拟。为-1表示原子不移动。为其他值设置结构优化的方法。 -1：原子位置不移动 0: 标准的分子动力学模拟。采用Verlet算法来积分原子的牛顿运动方程。通过POTIM来控制时间步长(单位是fs)。SMASS控制系综的设置 1: 采用准牛顿算法来优化原子的位置 2: 采用共轭梯度算法来优化原子的位置 3: 采用最速下降算法来优化原子的位置 5: 用来计算Hessian矩阵和体系的振动频率 • NFREE: 相当于设置的自由度。当IBRION=5，NFREE=2 或4决定了原子的移动，推荐设置为2。该参数在计算频率和进行选择性原子弛豫时需要设置。

vasp软件包使用入门指南

vasp软件包使用入门指南VASP软件包使用入门指南本文档旨在为用户提供VASP软件包的使用入门指南。

以下是本文档的内容概要：1.简介1.1 VASP软件包概述1.2 VASP的功能和应用领域1.3 VASP的系统要求和安装方法2.输入文件准备2.1 结构文件的准备2.2 参数文件的设置2.3 能带计算的准备3.输入文件编辑和提交3.1 INCAR文件的编辑3.2 KPOINTS文件的编辑3.3 POTCAR文件的选择和拼接3.4 批量计算的脚本编写和提交4.输出文件解读4.1 OUTCAR文件解读4.2 VASP计算输出的主要结果解析5.常见问题和错误分析5.1 VASP计算中的常见错误和警告5.2 错误日志文件的解读和分析5.3 VASP计算结果的正确性判断6.进阶使用技巧6.1 计算参数优化方法6.2 并行计算和性能优化6.3 嵌入VASP到自己的代码中7.示例和案例分析7.1 基础输入文件示例7.2 常见VASP计算任务案例分析8.扩展资料和学习资源8.1 VASP官方文档和论坛8.2 相关书籍和资料推荐8.3 其他学习资源和机构推荐附件：1.VASP软件包安装包2.示例输入文件和脚本3.相关代码和案例法律名词及注释：1.VASP - Vienna Ab initio Simulation Package，维也纳从头模拟软件包。

2.INCAR - Input CARd（输入卡）的缩写，VASP输入文件之一，用于设置计算参数。

3.KPOINTS - VASP输入文件之一，用于设置k点和布点方案。

4.POTCAR - VASP输入文件之一，包含了计算所需的原子赝势和波函数。

本文档涵盖了VASP软件包的基本用法和高级技巧，并提供了示例和案例分析帮助用户更好地理解和应用该软件包。

如需进一步了解VASP的详细信息，请参阅附件中的相关资料和学习资源。

Linux教程基础知识大全

Linux教程基础知识大全Linu__操作系统在短短的几年之内得到了非常迅猛的发展，这与linu__具有的良好特性是分不开的。

Linu__包含了UNI__的全部功能和特性。

简单来说，linu__具有以下主要特性：遵循GNU GPL，开放性，多任务，多用户，设备独立性，提供了丰富的网络功能，可靠的系统安全，良好的可移植性。

下面就让小编带你去看看Linu__教程基础知识大全，希望对你有所帮助吧!Linu__运维学习路线，实用Linu__教程，推荐学习收藏1、掌握Linu__基础俗话说“思则有备，有备无患”，学习之前你先要搭建好学习环境(红帽RHEL7)然后在虚拟机安装它，开始使用它。

学习Linu__，命令使用是学习的前提，就像你和外国人说话就得说英语不然别人怎么知道你说的是什么。

例如：命令名，选项，各个参数都作为命令的输入项，都是独立的项，他们之间必须用空格隔开。

Linu__中命令格式如下：命令名【选项】【参数1】【参数2】……学习Linu__，要熟练掌握命令的使用，虽然命令多，但是熟能生巧，在以后的学习运用中能大大节约你的时间。

还有学习linu__切不可粗心大意，往往一个小小的空格也会报错，当然在linu__中，大小写是很敏感的，切记!2、从基础入手，切勿眼高手低linu__如果一旦学习一段时间之后你会发现其实也没想象中那么难，甚至比windows更简单已操作，通常认为GLI没有GUL那么方面用户操作。

因为命令行界面的软件通常需要用户记忆操作来完成命令，但是，由于其本身的特点，命令行界面要较图形用户界面节约计算机系统的资源。

所以，熟记命令的前提下，使用命令行界面往往要较使用图形用户界面的操作速度要快，这也是你以后玩转Linu__的基本条件之一。

3、多总结，勤思考，多记笔记如果想学好Linu__系统知识，不是一天两天就能学会的，也是经过一朝一夕，慢慢积累的，这个过程中要学会去总结，多思考，多动手去练，去实践，在理解的基础上去记忆，把原理搞懂，把重要的知识点积累下来，以便在以后的工作中方便查找，当做查询手册，同时也能锻炼我们编写文档的能力，对以后都是有很大帮助的。

《Linux培训》PPT课件

04
性能监控工具
介绍常用的Linux系统性能监控工具，如top、htop、sar
等。
性能瓶颈识别
通过分析系统资源使用情况，识别性能瓶颈，如CPU、内
存、磁盘I/O等。
优化方法
针对不同的性能瓶颈，提供相应的优化方法，如调整系统参
数、优化软件配置等。
实践案例
分享一些成功的系统性能优化案例，帮助学员更好地理解和
《Linux培训》PPT课件
汇报人： 2023-12-31
目录
• Linux基础知识 • Linux常用命令 • Linux文件系统与磁盘管理 • Linux网络配置与服务管理 • Linux Shell编程基础 • Linux系统安全与优化
Linux基础知识
01
Linux简介
Linux的起源
Linux Shell编程基
05
础
Shell脚本概述
01
02
03
脚本定义
Shell脚本是一种命令行脚本语言，用于自动化 Linux/Unix系统上的任务。
脚本执行
Shell脚本可以通过Shell 解释器执行，例如Bash、 sh等。
脚本组成
Shell脚本由命令、控制结构、变量和注释等组成。
不同的操作。
循环控制
Shell脚本支持循环控制语句，如 for、while等，用于重复执行一
段代码。
流程控制
Shell脚本还支持其他流程控制语句，如break、continue等，用
于控制循环的执行流程。
Linux系统安全与优
06
化
防火墙配置与安全策略制定
防火墙基本概念
介绍防火墙的定义、作用及常见类型。

VASP使用手册手册使用VASP使用

VASP使用手册手册使用VASP使用VASP使用手册(完善中)基础(前提)知识Linux系统文字界面的基础操作*会进一个特定的目录下，学会建立，删除，移动，复制目录和文件，掌握vim 文字处理程序(可以理解成Windows下的文本文档(*.txt)，但是功能更强，可以在里面编辑脚本程序，fortran或者C语言程序)建议参见网页里面的内容非常详尽还有很多例子，看时建议抓住重点看关于origin(用来画DOS图)和VESTA(用来显示几何结构和电子结构)都非常容易学，会基本操作就可，遇到问题可以上网查查或与同学交流在Linux系统下计算软件VASP的使用一、建好5个输入文件(POSCAR, INCAR, POTCAR, KPOINTS, 一个提交文件)1， POSCAR手动建立，vi POSCAR…..还可以在MS的帮助下建立2， INCAR咱们组有公用标准的INCAR文件，进行不同的计算只需改其中的几个参数就可以了3， POTCAR从cluster上的某个目录下面拷贝过来，放到要计算的目录里如果要算多个元素的体系，使用命令Eg: cat POTCAR-Ni POTCAR-Pt > POTCAR4, KPOINTS文件，从别处拷贝一个，修改里面的参数即可5，提交文件都可以用现成的，在老节点上(node1~node21)使用lsf.sub 新节点上使用yzx8vasp (记不清了，用绿衬底标出)二、在服务器上编译vasp，一般管理员或别的用户以及编译过了，本平台编译好的目录在/public/home/zslu/my-soft/vasp.5.2或/public/baoer/vasp.5.2，编译使用的mpi可能不同。

将上面目录下的可执行文件vasp拷贝到用户工作目录下或者在作业提交脚本里通过目录找到可执行文件vasp。

三、提交任务使用命令qsub lsf.sub 或者 qsub yzx8vasp之后会自动产生例如的字样，这个8026表示的就是你提交的这个任务的任务号码四、查看任务qstat –a 或qstat -n一般只需要看3列第一列:任务序号第二列:使用者账户最后一列:计算消耗的时间五、杀某一个任务由于任务提错了或别的原因，不想要算某一个任务了。

VASP 初学者必读

初学VASP(一)what's it?VASP=Vienna Ab-initio Simulation PackageVASP is a complex package for performing ab-initio quantum-mechanical molecular dynamics(MD)simulations using pseudopotentials(如超软赝势US-PP)or the projector-augmented wave(PAW)method and a plane wave basis set.The approach implemented in VASP is based on the(finite-temperature)local-density approximation with the free energy as variational quantity and an exact evaluation of the instantaneous electronic ground state at each MD time step.它的好处主要包括基组小适于第一行元素和过渡金属，大体系计算快(<4000价电子)，适于平行计算(Unix/Linux)其他特性还包括自动对称性分析、加速收敛算法另文涉及。

一个简单的VASP作业主要涉及四个输入文件：INCAR(作业细节)POSCAR(体系坐标)POTCAR(赝势)KPONITS(k空间描述)初学VASP(二)布里赫定理本文简单介绍点能带理论的基础知识以利于后文讨论布里赫(F.Bloch)参考书：《固体能带理论》谢希德陆栋主编Bloch定理周期性势场的单电子薛定谔方程的非简并解和适当选择组合系数的简并解同时是平移算符T(Rl)的属于本征值exp(ik•Rl)的本征函数数学表示：T(Rl)ψn(k，r)=ψn(k，r+Rl)=exp(ik•Rl)•ψn(k，r)ψn(k，r)称为Bloch函数，用它描写的电子也称为布里赫电子推论一：晶格电子可用通过晶格周期性调幅的平面波表示。

Linux入门学习大全(超详细)

定期进行安全漏洞扫描
使用漏洞扫描工具检测毒软件，定期更新病毒库，及时查杀恶意软件和病毒。
限制网络访问
通过防火墙配置限制网络访问，避免未授权用户通过网络进行恶意攻击。
THANKS
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iptables用于配置和管理Linux系统的防火墙规则，可以实现网络访问控制和安全策略。
04
Linux系统管理与维护
系统更新与升级
更新系统软件包
定期检查并更新系统软件包，以确保系统安全性和功能完善。
配置软件源
通过配置软件源，可以更方便地获取系统更新和软件包。
升级系统内核
随着系统版本的升级，可能需要升级内核以确保系统的稳定性和安全性。
Emacs
Emacs是一个功能强大的文本编辑器，具有丰富的扩展性和定制性，适合高级用户使用。
文件传输工具
总结词
用于文件传输和管理的重要工具
SCP
SCP（Secure Copy）是一种基于SSH的文件传输协议，可以在Linux 系统之间安全地传输文件。
rsync
rsync是一个快速、灵活的文件同步和传输工具，可以在本地和远程系统之间同步文件。
wget
wget是一个命令行下载工具，可以从互联网上下载文件并保存到本地。
系统监控工具
总结词
用于监控系统性能和资源使用情况的重要工具
top
top是一个实时系统监控工具，可以显示系统进程、CPU使用率、内存使用情况等信息。
htop
htop是一个增强版的top工具，具有更丰富的信息和更直观的界面。
目录结构
Linux系统中常见的目录结构包括 “/bin”、“/etc”、“/home”、 “/usr”等，每个目录都有其特定的用途。

Linux操作系统简介

2.5 Linux旳内核体系构造
与UNIX系统相同，Linux系统大致可分为3层：接近硬件旳底层是内核，即Linux操作系统旳常驻内存部分；中间层是内核之外旳Shell层，亦即操作系统旳系统程序部分；最高层是应用层，即顾客程序部分，涉及多种文本处理程序、语言编译程序及游戏程序等。Linux旳系统构造如图2.1所示。
（4）Mail 服务器： Qmail、sendmail、 XMail；
（5）E-Mail客户端：pine、Kmail；
（6）浏览器： Netscape、Mozilla、 Phoenix、lynx；
（7）虚拟终端： rxvt、xterm、gnometerminal、mlterm；
Linux常用旳网络应用软件有下列几类。
（ 1 ） WWW 服务器： Apache、Caudium、 CERN HTTPD Server、Netscape Fast Track Server、Zeus Server；
（2）FTP 服务器： Wu-ftp、proftpd、 vsftpd；
（3）FTP客户端：gFTP、lftp；
（8）聊天工具：gaim、Licq。
（9）网络共享服务：samba。
(10)远程登陆：telnet、ssh1、ssh2
2.4.5 X Window
X窗口系统是Linux上旳原则图形界面，它是一种有效旳支持多种应用旳环境。在XWindow 基础上实现不同旳桌面系统，如：KDE, gnome桌面系统。
Linux操作系统简介
1 Linux旳发展 2 Linux旳版本 3 Linux旳特征和功能 4 Linux旳常用软件 5 Linux旳内核体系构造 6 Linux旳现状及前景