DNA微阵列(或芯片)技术原理及应用演示教学
DNA芯片的原理和应用
DNA芯片的原理和应用概述DNA芯片是一种用于分析和检测DNA序列的微芯片技术。
它采用高密度排列的DNA探针，能够迅速、准确地监测和识别DNA序列。
DNA芯片技术在生物学、医学和农业等领域具有广泛的应用前景。
原理DNA芯片的工作原理基于DNA的互补配对规则。
DNA芯片上存在着大量以已知DNA序列为基础的探针，这些探针能够与待检测样品中的DNA序列发生互补配对。
通过检测探针与样品中的DNA序列的结合情况，DNA芯片可以快速、准确地分析样品中的DNA信息。
具体的操作步骤如下：1.探针设计：首先需要设计合适的DNA探针，使其能够与待检测的DNA序列发生互补配对。
探针设计时需要考虑到探针的长度、碱基组成和互补配对的特异性。
2.样品处理：将待检测样品中的DNA提取、扩增、标记等处理，以便于与DNA芯片上的探针发生特异性的结合。
3.样品加工：将样品与DNA芯片上的探针进行反应。
通常采用液相杂交、固相杂交等方式使样品中的DNA序列与探针发生互补配对。
4.信号检测：通过光学、电化学等方式检测样品与探针结合的信号。
常见的检测方法有荧光检测、显色反应等。
5.数据分析：根据检测到的信号，分析样品中的DNA序列。
可以通过计算机技术对数据进行处理，进行DNA序列的测定、比对和注释。
应用DNA芯片技术在许多领域都有着广泛的应用。
以下列举了一些常见的应用领域：1.基因组学研究：DNA芯片可以用于对基因组的全面分析和研究。
通过检测样品中的DNA序列，可以分析基因的表达水平、变异情况等。
2.个性化医学：DNA芯片可以用于预测个体对药物的反应、预测疾病的风险等。
通过检测特定的DNA序列，可以为医生提供个性化治疗方案的依据。
3.人类遗传学研究：DNA芯片可以用于分析人类基因组中的遗传变异，探索基因与疾病之间的关联。
这对于研究复杂疾病的发病机制和治疗方法具有重要意义。
4.农业与植物育种：DNA芯片可以用于农作物的基因组分析和育种工作。
dna芯片的原理与应用
DNA芯片的原理与应用1. 什么是DNA芯片？DNA芯片是一种微阵列技术，它是一种实验室工具，用于检测和分析DNA分子的序列。
DNA芯片通过将数千或数百万个DNA片段固定在芯片表面上，提供了一种高通量、高效率的方法来研究DNA序列。
2. DNA芯片的原理DNA芯片主要包含了两部分：探针和检测芯片。
2.1 探针探针是DNA芯片上固定的DNA片段，它可以与待测样本中的DNA片段进行杂交反应。
探针的设计通常基于已知的基因序列或特定基因的已知变异情况。
探针的选择和设计是DNA芯片分析的关键步骤，它直接影响着芯片的灵敏度和特异性。
2.2 检测芯片检测芯片是DNA芯片上的芯片表面，它可以固定探针，并通过光学或电化学方法来检测杂交事件。
常见的检测方法包括荧光染料标记、射频标记等。
当待测样本中的DNA片段与探针杂交后，可以通过检测芯片上的信号来判断杂交事件的发生。
3. DNA芯片的应用DNA芯片在生物学和医学领域有着广泛的应用，主要包括以下几个方面。
3.1 基因表达分析DNA芯片可以用于研究基因的表达模式。
通过将不同组织或条件下的RNA提取出来，转化成cDNA，并标记上荧光标记物，然后与DNA芯片进行杂交反应。
通过检测芯片上的信号强度，可以确定不同基因的表达水平，从而了解基因在不同组织或条件下的活动情况。
3.2 基因突变检测DNA芯片可以用于检测基因的突变情况。
通过设计与突变位点相互匹配的探针，可以快速、高通量地检测基因的突变情况。
这对于研究遗传病的发生机制、个体基因信息的筛查等具有重要意义。
3.3 疾病诊断和预后DNA芯片可以用于疾病的早期诊断和预后评估。
通过检测芯片上与特定疾病相关的基因或基因组区域，可以提供疾病的分子诊断指标。
例如，在肿瘤领域，通过检测肿瘤相关基因的表达水平，可以为患者提供个体化的治疗方案。
3.4 药物研发DNA芯片在药物研发中也起到了重要的作用。
通过将不同药物作用下的基因表达模式与DNA芯片进行比较，可以筛选出与药物治疗反应相关的基因。
基因芯片的操作流程及步骤 ppt课件
目前美国Affymetrix公司已有同时检测6,500个已知人类基 因的DNA芯片，并且正在制备含500,000-1,000,000个寡核苷酸 探针的人类基因检测芯片。该公司每月投入基因芯片研究的经 费约100万美元。该产品不仅可用于基因表达分析和基因诊断 等，而且在大规模药物开发方面也具有诱人的前景。
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4.我国主要研究单位
• 中科院遗传所人类基因组中心 • 北京大学 • 联合基因集团有限公司
我国第一家批量生产基因 芯片 拥有近2千条基因药物发明专利
• 东南大学吴健雄实验室 • 中科院计算所生物信息学实验室 • 上海生科院
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我国基因芯片的研究现状
• 目前，我国尚未有较成型的基因芯片问世，但据 悉已有几家单位组织人力物力从事该技术的研制 工作，并取得了一些可喜的进展。标志着我国相 关学科与技术正在走向成熟。
• 涉及领域：生命科学、计算机科学、精密机械科 学
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生物芯片分类
• 根据用途还可以把生物芯片分为两类：信息生物芯片 （information-biochip）和功能生物芯片（functionbiochip）。
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6400点的基因芯片
（面积 12X14 mm)
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基因芯片（gene chip）的原理
25ppt课件原理通过杂交检测信息一组寡核苷酸探针tatgcaatctagcgttagatacgttagaatacgttagatctacgttag由杂交位置确定的一组核酸探针序列gttagatc杂交探针组tatgcaatctag重组的互补序列靶序列tacgttagacgttagaatacgttacgttagatgttagatcatacgtta26ppt课件基因芯片荧光标记的样品共聚焦显微镜获取荧光图象杂交结果分析探探针设计杂交27ppt课件提出问题芯片设计芯片制作点样方法在片合成试样处理芯片杂交杂交检测数据分析实际应用pcr扩增靶基因标记表达差异分析多态性分析再测序生物信息学数学优化数据库基因芯片的相关技术示意图28ppt课件二基因芯片基本操作流程?制备总rnamrna经rtpcr用cy3正常对照组和cy5实验组荧光标记目的基因得到cdna探针混合标记探针与表达谱芯片上核苷酸片段或基因杂交扫描分析杂交结果结论?载体寡核苷酸探针分子荧光染料点样仪扫描仪计算机专业软件29ppt课件基基因芯片流程样品制备芯片制备杂交杂交信号检测数据分析30ppt课件基因芯片的操作流程31ppt课件基因芯片流程一1
DNA芯片技术的原理与应用
基因测序：大规模、高通量基因 测序推动基因组学研究
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药物研发：加速药物筛选和研发 降低研发成本
个性化医疗：根据个体基因信息 制定个性化治疗方案提高治疗效 果
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汇报人：
阵列
化学合成技术： 通过化学合成 方法制造DN
片段
生物合成技术： 利用生物合成 方法制造DN
片段
芯片检测技术： 利用荧光标记 技术检测DN 芯片上的DN
片段
DN芯片上的分子识别机制
原理：利用DN分子与互补DN 分子之间的特异性结合
过程：将待测DN分子与芯片上 的DN探针进行杂交形成双链 DN
检测：通过荧光标记或电化学 方法检测杂交信号
技术挑战：DN芯片技术需要高精度、高灵敏度的检测设备以及复杂的数据 处理和分析方法。
成本挑战：DN芯片技术的研发和生产成本较高需要投入大量的资金和人力 资源。
应用挑战：DN芯片技术在临床诊断、药物研发等领域的应用还需要进一步 推广和普及。
解决方案：通过技术创新降低成本提高检测精度和灵敏度；加强与医疗机 构、制药企业的合作推动DN芯片技术的应用和普及。
基因组测序
原理：利用DN芯片技术对基因组进行测序 应用：用于研究基因突变、遗传病、肿瘤等 优势：快速、准确、成本低 挑战：数据量大需要强大的数据处理能力
药物筛选与个性化医疗
DN芯片技术在药物筛选中的应用：通过检测基因表达水平筛选出有效的药物 个性化医疗：根据患者的基因信息制定个性化的治疗方案 药物基因组学：研究基因与药物反应之间的关系为个性化医疗提供科学依据 药物研发：通过DN芯片技术加速药物研发进程降低研发成本
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DN芯片技术的优势与挑战
dna芯片基本原理
dna芯片基本原理
DNA芯片，也被称为基因芯片或微阵列，是基于DNA碱基配对和互补的
基本原理，通过将DNA或RNA分解为一系列碱基数固定交错且重叠的寡
核苷酸并进行测序，然后进行序列拼接。
具体来说，其基本原理和步骤如下：
1. 待测基因的酶切：将待测基因切割成不同长度的片段。
2. 荧光标记：对切割后的基因片段进行荧光定位标记。
3. 杂交：标记的基因片段与DNA芯片上的寡核苷酸探针进行杂交。
4. 扫描和检测：应用激光共聚焦荧光显微镜扫描芯片，由于生物标记受激光激发后发出荧光，并且其强度与杂交程度有关，可以获得杂交的程度和分布。
5. 结果分析：根据探针的位置和序列，可以确定靶序列相应基因的序列或表达及突变情况。
以上步骤完成后，就可以通过分析杂交结果来反映样品中基因表达的情况，并根据探针的样品量进行计算。
在一张DNA芯片上，探针的数量与芯片的设计和制作方法有很大的关系，一般都是采取在一张芯片上杂交两种样本，这样可以避免不同芯片产生的误差。
以上信息仅供参考，如需更多信息，建议查阅相关文献或咨询生物学家。
DNA芯片的原理及应用
DNA芯片的原理及应用1. DNA芯片的基本原理DNA芯片（DNA microarray chip）是一种用于检测DNA序列的高通量技术。
它利用固定在芯片表面的DNA探针与样品中的DNA序列发生特异性的杂交反应，从而实现对目标DNA序列的检测和分析。
DNA芯片的基本原理如下：1.芯片制备：首先，将DNA探针序列固定在玻璃片或芯片表面。
DNA探针可以是特定基因的特异性序列或全基因组的代表性序列。
2.样品制备：将待检测的DNA样品进行提取和纯化，获得纯化后的DNA。
3.DNA杂交：将经纯化的DNA样品与固定在芯片表面的DNA探针进行杂交反应。
通过互补配对，目标DNA序列与探针DNA序列发生特异性的结合。
4.信号检测：利用荧光或其他标记物，检测芯片表面的杂交信号。
杂交信号的强弱可以反映目标DNA序列在样品中的相对含量。
5.数据分析：对芯片上的信号进行图像分析和数据处理，得出目标DNA序列在样品中的相对含量和相关的生物信息。
DNA芯片的基本原理简单明了，其优势在于能够在一个实验中快速、高通量地检测大量的DNA序列。
2. DNA芯片的应用DNA芯片具有广泛的应用领域，下面将从生物医学、农业和环境等方面进行介绍。
2.1 生物医学领域在生物医学领域，DNA芯片可以用于以下方面：•基因表达分析：通过检测不同组织、不同状态下的基因表达谱，揭示细胞功能和疾病发生机制。
•突变检测：对特定基因进行突变检测，用于遗传性疾病的筛查和诊断。
•药物筛选：通过检测药物对基因表达的影响，评估药物的疗效和副作用。
•肿瘤分类和预后评估：通过检测肿瘤组织的基因表达谱，对肿瘤进行分类和评估预后。
2.2 农业领域在农业领域，DNA芯片可以用于以下方面：•育种优化：通过检测不同基因型植物品种的基因表达谱，优化育种方案，提高农作物的产量和品质。
•种子质量评估：通过检测种子中的基因表达谱，评估种子的质量和发芽能力。
•病原体检测：通过检测病原体的DNA序列，快速准确地检测和鉴定农作物病害。
教学课件第十三章DNA芯片技术
第三节 DNA芯片技术的应用
DNA测序；杂交测序（SBH） 基因表达分析：
基因组研究：作图、测序、和检测与疾病相关的基因 及在RNA水平上检测致病基因的表达
药物研究与开发：
cDNA microarray expression patterns of small (S) and large (L) neurons
2.压电打印法
压电毛细管喷射器 产率较高
喷墨打印技术
Syringe Pump
Reservoir
Switching Valve
Connecting Tubing
High-Speed MicroSolenoid Valve
Removable Tip Orifice
Controller
（三）DNA微集阵列的制备 方式：预先合成DNA或制备基因探针然后
产率较低
原位合成(In Situ Synthesis)
Light directed oligonucleotide synthesis.
A solid support is derivatized with a covalent linker molecule terminated with a photolabile protecting group. Light is directed through a mask to deprotect and activate selected sites, and protected nucleotides couple to the activated sites. The process is repeated, activating different sets of sites and coupling different bases allowing arbitrary DNA probes to be constructed at each site.
DNA芯片技术及其应用
DNA芯片技术及其应用DNA芯片（又称基因芯片）技术是指通过微矩阵技术将高密度DNA片段阵列采用特殊的手段, 将D N A 分子以一定的顺序或排列方式使其附着在如玻璃片固相表面，以荧光标记的DNA探针，借助碱基互补杂交原理，进行大量的基因表达及监测等方面研究的最新革命性技术。
DNA芯片技术的特点是自动化程度高, 灵敏度高, 效率高, 能同时进行大规模的搜索式研究, 而且成本低, 污染小, 操作空间小【1】。
本文阐述了DNA 芯片技术及其广泛应用。
1.DNA芯片技术的原理DNA芯片技术的基本原理是：将大量探针分子固定于固相支持物上，然后与标记的样品进行杂交，通过检测杂交信号的强弱来判断样品中靶分子的数量。
它基于荧光标记的靶序列与多重限定的探针杂交，而探针在固相支持物上有指定的位点。
荧光标记的片段结合于它们的配体上，发射光的强度可通过氩离子激光估计【2】。
DNA芯片操作的简单步骤为:支持物的处理；探针的制备；点样；样品的制备；样品的标记；样品的杂交；杂交结果的检测【3】。
2.DNA芯片技术的应用1）基因表达中的应用DNA芯片已经被许多研究团体用来解决各种与基因表达相关的研究问题。
Benedetti报道了DNA芯片技术不仅用于人类疾病发展过程中基因点突变、缺失和插入突变的检测，还可确定肿瘤组织中基因表达模式【4】。
2) 基因表达谱的研究的应用DNA芯片技术的快速发展极大地推动了病原微生物相关研究的进展。
Helmann 等研究了热休克状态下枯草芽孢杆菌的表达谱，发现100 多个上调基因，大部分是一个由sigma B 因子控制的通用压力反应调控子的成员，其他则受HrcB 或CstB 热休克调控子控制；同时通过对受控基因相邻基因的序列分析，预测了70 个新的Sigma B 因子调控子成员【5】。
3）微生物检测的应用利用DNA芯片进行疾病的诊断是目前芯片在医学中的主要应用之一。
针对各种病原体制作的诊断DNA芯片已开始商品化。
dna芯片的基本方法和原理
dna芯片的基本方法和原理DNA芯片是一种高通量分析工具，用于检测和分析DNA序列信息。
它是一种微阵列技术，将大量的DNA片段固定在芯片上，通过对DNA的杂交反应，可以同时检测并分析多个DNA序列。
DNA芯片的基本方法包括：芯片制备、DNA样品制备、杂交反应和检测分析。
首先，制备DNA芯片需要在玻璃片或硅片上固定DNA片段。
制备芯片的方法有两种主要技术：光刻技术和喷墨技术。
光刻技术利用光刻胶和紫外光刻系统，通过光刻胶的相位态变化，在玻璃片或硅片表面形成具有特定空间结构的区域。
而喷墨技术则是利用墨水喷墨机将DNA片段直接打印在芯片表面。
其次，为了进行杂交反应，需要对样品中的DNA进行制备。
这包括DNA提取、PCR扩增和标记化。
DNA提取是从待测样品中提取DNA分子，并将其纯化。
PCR扩增可以通过复制DNA片段来增加数量，以满足芯片上的检测需求。
标记化是将DNA片段与标记物（通常是荧光染料）结合，以实现检测和分析。
在杂交反应中，待测样品中的DNA与固定在芯片上的DNA片段进行互补配对，形成DNA双链。
通过加热和冷却过程，使DNA样品中的DNA和芯片上固定的DNA杂交，形成稳定的DNA双链。
最后，通过光信号检测和分析来确定杂交反应的结果。
利用荧光染料标记的DNA分子可以通过激光和光电检测系统来检测和记录荧光信号。
通过分析光信号的亮度和强度，可以确定待测样品中的DNA序列信息。
DNA芯片的原理是基于互补配对原则。
DNA是由四种碱基（腺嘌呤、胸腺嘧啶、鸟嘌呤和胞嘧啶）组成的，这些碱基可以通过氢键形成稳定的双链结构。
在杂交反应中，待测样品中的DNA与芯片上固定的DNA片段进行互补配对，形成DNA双链结构。
因为碱基之间的互补性很高，任何与芯片上的DNA片段互补的DNA序列都可以与之杂交，从而实现DNA的检测和分析。
DNA芯片具有高通量、高灵敏度和高特异性的优点，在基因组学、遗传学、疾病诊断和药物研发等领域具有广泛的应用。
dna微阵列原理
dna微阵列原理DNA微阵列原理：揭开基因密码的奥秘引言：DNA微阵列技术是一种高通量的基因分析方法，它通过在玻璃片或芯片上固定大量的DNA探针，实现对数千个基因的同时检测。
本文将介绍DNA微阵列的原理及其在基因研究和临床应用中的重要性。
一、DNA微阵列的原理DNA微阵列是基于互补配对原理的。
首先，将DNA样本提取并标记，然后将其加到微阵列芯片上。
芯片上的每个探针都与特定的基因序列互补配对。
当样本中的DNA与芯片上的探针互补配对时，形成了DNA探针-目标DNA的复合物。
接下来，通过检测标记物的信号强度，可以确定目标DNA在样本中的存在与否以及其相对丰度。
二、DNA微阵列的应用1. 基因表达分析：DNA微阵列可以同时检测数千个基因的表达水平，帮助研究人员了解基因在不同条件下的表达变化，揭示基因调控网络的复杂性。
2. 基因突变检测：DNA微阵列可以用于检测基因中的突变，帮助诊断遗传性疾病和肿瘤等疾病，并指导个体化治疗方案的制定。
3. 药物筛选：DNA微阵列可以评估药物对基因表达的影响，加速新药的开发过程，为个体化药物治疗提供依据。
4. 遗传多态性研究：DNA微阵列可以检测个体之间的遗传差异，帮助研究人员了解遗传多态性与疾病易感性之间的关系。
三、DNA微阵列的优势与挑战1. 优势：a. 高通量：DNA微阵列可以同时检测数千个基因，大大提高了研究效率。
b. 灵敏度高：微阵列技术可以检测到低丰度的基因表达变化或突变。
c. 数据量大：DNA微阵列生成的数据量庞大，为基因研究提供了更全面的信息。
2. 挑战：a. 数据分析复杂：DNA微阵列数据的处理和分析需要专业的生物信息学技术支持。
b. 校正与标准化：芯片制备和实验操作的标准化对结果的准确性和可重复性至关重要。
c. 芯片设计限制：芯片上的探针设计需要考虑基因组的覆盖度和特异性，这对芯片制造商提出了挑战。
结论：DNA微阵列技术以其高通量、高灵敏度和广泛的应用领域成为基因研究和临床诊断的重要工具。
DNA微阵列芯片技术
DNA微阵列芯片技术DNA微阵列（DNA microarray）又称DNA阵列或DNA芯片，比较常用的名字是基因芯片（gene chip）。
是一块带有DNA微阵列（microarray）的特殊玻璃片或硅芯片片，在数平方厘米之面积上布放数千或数万个核酸探针；检体中的DNA、cDNA、RNA等与探针结合后，借由荧光或电流等方式侦测。
经由一次测验，即可提供大量基因序列相关信息。
它是基因组学和遗传学研究的工具。
研究人员应用基因芯片就可以在同一时间定量的分析大量（成千上万个）的基因表达，具有快速、精确、低成本之生物分析检验能力。
基因芯片的制作方式基本可分为以下几型：1.Stanford型由美国斯坦福大学开发的cDNA array的制作方法，将预先合成好的核酸探针布放于玻片载体上。
优点：设计较长的探针长度可增加专一性。
缺点：芯片密度较光罩法低，并须有良好的保存设计。
这种方法又可分为点制法与印制法。
点制法是小规模生产或实验室自制的低密度芯片，以机械手臂上带有毛细作用的细微刻痕的钢针，将核酸探针溶液点放于玻片或聚酯纤维膜上。
成本低廉，适合探针数少或制造需求量不大的状况。
印制法是从喷墨打印机的方式变化而来，用加热气泡的方式将核酸探针印于玻片上。
使用制作良好的喷头可同时实现高密度、长探针的基因芯片，例如PhalanxJet。
2.原位合成法原位合成（in situ synthesised），是原来用于电子芯片制作的光刻法（Photolithography），转为核酸序列的合成技术。
利用光罩控制反应位置，将核苷酸分子依序列一个一个接上去；可大量生产超高密度的芯片。
由于制程与光罩成本等因素，这种方法做出的探针长度约在25-mer以下，因此同一个基因需要多个探针对应，以避免误判。
主要生产厂有Affymetrix、Roche NimbleGen 等。
3.微珠布放法Illumina公司有其独特的微珠阵列，将核酸探针制作于微小颗粒上，再将其布放于特制玻片。
基因芯片实验原理及方法
基因芯片(Gene Chip,DNA Chip)，又称DNA微阵列(DNA Micorarray)，是指按照预定位置固定在固相载体上很小面积内的千万个核酸分子所组成的微点阵阵列。
在一定条件下，载体上的核酸分子可以与来自样品的序列互补的核酸片段杂交。
如果把样品中的核酸片段进行标记，在专用的芯片阅读仪上就可以检测到杂交信号。
详细实验方法∙基因芯片实验原理与方法实验材料∙组织或细胞样本试剂、试剂盒∙Oligo-dT (T15) - Roche∙dNTPs∙RNasin∙Superscript II∙Cot-1 DNA∙EDTA∙NaOH∙Tris仪器、耗材∙扫描仪：ScanArray 3000∙图像处理软件：Genepix 3.0∙Cartesian 7500点样仪∙硅烷化玻片∙PCR仪器∙Scan Microarray一、目的本实验的目的是学会cDNA芯片的使用方法。
了解各种基因芯片的基本原理和优缺点。
基因芯片这一技术方法在1991年的Science杂志上被首次提出，其高通量、并行检测的特点适应了分析人类基因组计划所提供的海量的基因序列信息的需要，可以说，人类基因组计划是基因芯片技术发展的原因，而对深人研究基因突变和基因表达的有效方法的需求又是促进基因芯片技术发展的动力。
由于基因芯片高速度、高通量、集约化和低成本的特点，基诞生以来就受到科学界的广泛关注，正如晶体管电路向集成电路发展的经历一样，分子生物学技术的集成化正在使生命科学的研究和应用发生一场革命。
根据固定在芯片载体上的核酸分子的不同，基因芯片可以分为cDNA芯片和寡核昔酸芯片等。
寡核昔酸芯片主要基于光引导聚合技术，该技术是Affymetrix公司开发的专利技术，由于其突出的优点，正得到越来越广泛的应用。
二、原理基因芯片(Gene Chip,DNA Chip)，又称DNA微阵列(DNA Micorarray)，是指按照预定位置固定在固相载体上很小面积内的千万个核酸分子所组成的微点阵阵列。
DNA微阵列技术介绍及其应用
DNA微阵列技术介绍及其应用DNA微阵列技术（microarray）指在固体表面（玻璃片或尼龙膜）上固定成千上万DNA克隆片段，人工合成的寡核苷酸片段，用荧光或其他标记的mRNA,cDNA或基因组DNA探针进行杂交，从而同时快速检测多个基因表达状况或发现新基因，快速检测DNA序列突变，绘制SNP遗传连锁图，进行DNA序列分析等的一种新技术，其基本原理是基于Southern杂交或斑点杂交技术。
将DNA 微阵列称为基因芯片实际上是不确切的。
生物芯片(bioship) 属于分子生物电子学范畴，只采用DNA或蛋白质等生物高分子为骨架制成大规模集成电路，用于研制第六代智能计算机。
DNA 微阵列有两种基本形式，即点样型DNA 微阵列和原位合成型DNA 微阵列。
点样型DNA 微阵列，通过PCR扩增的上万个DNA克隆，或常规合成的寡合苷酸被点样固定在一定固体表面（玻璃片，尼龙膜），用一组标记探针单独或混合处理检测。
制备方法：采用常规技术制备DNA，用点样仪自动点样在玻璃片上。
1.制备DNA片段：采用特异引物从各个克隆进行PCR扩增或将基因组DNA克隆到通用载体，然后纯化后重悬浮于3*SSC，使终浓度为0.5ug/ul. 2.微阵列制作：玻璃片清洗，包被多聚赖氨酸（35ml 多聚赖氨酸，35ml PBS,280ml ddH2O)，双蒸水冲洗，干燥。
用微阵列仪点样，每种样品放5nl，用介层连接确定其互补序列。
制备方法：可改装一台半导体光印刷仪，采用光导向结合化学原理合成各种寡核苷酸探针。
1.玻璃片清洗后包被一层多聚赖氨酸。
2.在玻璃片上每个一定间距连接上带有光不稳定保护基的羟基。
3.UV照射，通过光印刷仪的遮盖膜使UV只穿过特定微孔射向玻璃片，将孔下的光不稳定保护基除去，产生自由羟基。
4.加入5’端带光不稳定保护基的磷酰胺碱基与自由羟基连接。
5.使遮盖膜微孔对准邻侧另一光不稳定保护基，重复4.5.依次有序进行，第一层碱基连接完毕后再进行第二层第三层.......。
浅谈DNA芯片的基本原理及技术
浅谈DNA芯片的基本原理及技术DNA芯片是一种微阵列生物芯片，通过固定在芯片表面上特定的DNA序列来实现对DNA的检测。
其基本原理是利用DNA的互补配对特性，将待检测的DNA与芯片上固定的DNA序列进行杂交反应，通过检测杂交信号来确定样本中的DNA序列种类和数量。
DNA芯片的制备技术主要包括探针设计、芯片表面处理和样品准备等步骤。
首先，根据目标基因的序列确定设计适当长度的DNA探针，探针一般为20至30个碱基，具有与目标序列互补的碱基序列。
接着，将设计好的DNA探针固定在芯片表面上，一般采用光刻法或打印法将DNA探针阵列化，并在芯片上形成一个个微小的反应腔室。
最后，对待测样品进行基因提取和标记，通常使用荧光染料或放射性标记物标记待测DNA片段，将标记的DNA样品与芯片上固定的探针进行杂交，再经过洗涤和扫描等步骤，最终通过计算机分析采集到的信号来确认目标DNA序列。
DNA芯片的技术方法主要有两种，即杂交法和扩增法。
杂交法是通过DNA样品与芯片上的探针进行互补杂交反应来检测DNA的序列和数量。
扩增法是先对DNA样品进行扩增反应，使得目标DNA序列得以放大，再将扩增产物与芯片上的探针进行杂交反应来进行检测。
杂交法可以直接检测待测DNA序列，而扩增法可以对DNA进行扩增放大，提高检测灵敏度和特异性。
DNA芯片的应用范围十分广泛，主要应用于基因表达分析、基因突变检测、单核苷酸多态性分析和单基因疾病检测等领域。
在基因表达分析中，可以通过比较不同条件下基因的表达水平来研究基因的功能和调控网络。
在基因突变检测中，可以通过检测样品中的基因突变来分析与疾病发生相关的基因变异。
在单核苷酸多态性分析中，可以通过检测不同个体之间的核苷酸差异来研究与个体特征相关的基因变异。
在单基因疾病检测中，可以通过检测患者的DNA样品来确定与疾病相关的基因突变。
总之，DNA芯片是一种重要的生物芯片技术，利用DNA互补配对特性实现对DNA的检测。
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DNA微阵列(或芯片)技术原理及 应用
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LOGO 1 概念理论
DNA微阵列或芯片是指在大规模集成电路所控制的 机器人在尼龙膜或硅片固相支持物表面，有规律 地合成成千上万个代表不同基因的寡核苷酸“探 针”，或液相合成探针后由阵列器（arrayer）或 机器人点样于固相支持物表面.这些“探针”可与 用放射标记物如32P或荧光物如荧光素、丽丝胺等 标记的目的材料中的DNA或cDNA互补核酸序列相结 合，通过放射自显影或激光共聚焦显微镜扫描后 ，对杂交结果进行计算机软件处理分析，获得杂 交信号的强度及分布模式图，以此反映目的材料 中有关基因表达强弱的表达谱.
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LOGO 3.4 DNA序列测定
❖ 虽然Sanger、Maxan、Gilbert均有其标准的 DNA测序方法，但对HGP这类大范围的测序 工作已显过时，而用DNA微阵列或芯片快速测 定待测DNA序列则具有十分诱人的前景 .Pease等阐述了该方法的原理并指出它是在人 类遗传学、诊断学、病理检测及DNA分子识别 等方面发挥作用的强有力工具.Hacia等用含有 48 000个寡核苷酸的高密度微阵列分析了黑 猩猩和人BRCA1基因序列差异，结果发现在 外显子11约3.4kb长度范围内的核酸序列同源 性在98.2%至83.5 %之间,高度提示了二者 在进化上的相似性.
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2.2 液相探针的合成及在固相表面的 排列
由已知基因序列在液相中化学合成寡核苷酸链 探针，或通过PCR技术扩增已知基因的编码区 部分序列，或克隆的基因组片段，均需通过纯 化产物后再定量分析.再由具有多个微细加样 孔的阵列复制器（arraying and replicating device,ARD）或阵列机（arrayer）及由电脑 控制的机器人，准确、快速地将不同探针样品 定量点样于带正电荷的尼龙膜或预处理好的硅 片相应位置上，再由紫外线胶联固定后即得到 DNA微阵列或芯片
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而每次所添加的脱氧核酸是由“面具”上的顺 序所决定的,而后者又是由计算机根据设计者 需要所控制的,因此一个限定长度的寡核苷酸 则排列在预定位置上.对于N个碱基的探针，需 4N个化学合成循环步骤可达到4n个探针数，如 探针长度为4个碱基，化学合成循环步骤为16 次,探针数为256个；如探针长度为8个碱基， 则合成循环需32步即可达到65 536个探针.这 些探针在不同的照相平板印刷分辨率作用下, 可在单位面积上合成不同的位点数.如分辨率 为200 μm，合成密度为2 500个位点/cm2 ， 如分辨率为20 μm，合成密度为250 000个位 点/cm2等，由此构成高密度寡核苷酸微阵列
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LOGO 2.3 探针的杂交和检测
DNA微阵列或芯片用于检测基因表达、多态性 或突变等实际上是一种反向斑点杂交技术.代 表不同待检测基因的“探针”被固定于微阵列 或芯片上，而被检测核酸DNA或由mRNA逆转录 而来的cDNA群体用放射性32P/33P或荧光物标 记后与固相阵列杂交.如被检测核酸中有与阵 列上“探针”互补的序列存在，则二者以氢键 结合.在被检测核酸浓度、温度、缓冲液及盐 浓度等相同条件下,结合在“探针”上的被检 测核酸量与其碱基构成和靶-探针匹配的量所 决定.对于一个相同长度的探针, GC含量较高
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LOGO 2 DNA微阵列或芯片的制作和原理
2.1 固相表面高密度寡核苷酸探针的合成 及排列
采用光导化学合成和照相平板印刷技术可在硅 片表面合成寡核苷酸探针，如图1.当光通过照 相平板印刷的“面具”到达固相合成特定区域 时,则激活这些区域内的酶底物（如α-甲基-6氮胡椒酮甲羰基）,而产生自由羟基和使受光 保护的基团去除,继而脱氧核酸盐通过化学连 接键添加于去保护位点上;当光通过另一个新 的“面具”到达酶底物的另一个区域发生同样 反应,如此循环直到所需要的核酸全部被合成.
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LOGO 2.3 探针的杂交和检测
的与靶结合的强度高于AT含量较高者,靶-探针 完全匹配者结合强度远高于二者间存在不匹配、 插入或缺失.结合在“探针”上的被检测核酸 可通过放射自显影或激光共焦显微镜检测杂交 信号强弱和分布,再通过计算机软件处理分析, 得到有关基因的表达谱.
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LOGO 3.2 寻找可能致病基因或疾病相关基 因
❖ 用cDNA微阵列技术通过比较组织细胞基因的 表达谱差异，可以发现新的可能致病基因或疾 病相关基因
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LOGO 3.3 基因点突变及多态性检测
❖ 根据已知基因的序列信息可设计出含有成千上 万个不同寡核苷酸探针的DNA芯片，再用荧光 标记待测DNA，如二者完全匹配则杂交后结合 牢固荧光强度高，如不全匹配则荧光强度弱或 无.由此可判断点突变的存在与否及部位和个 数.根据这一原理如对N个碱基长度序列的每个 碱基进行筛查，则需4×N个探针即可.
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LOGO 3 应用 3.1 基因表达水平的检测
❖ DNA微阵列或芯片应用于基因表达水平检测的 最大优越性是可自动、快速检测目的材料中成 千上万个基因的表达情况. DNA微阵列或芯片 技术已在某些植物、细菌、真菌的整个基因组 范围内对各基因表达水平进行快速的检测.而 在HGP完成之后，用于检测在不同生理、病理 条件下的人类所有基因表达变化的基因组芯片 为期定不会遥远。
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LOGO 4 展望
❖ DNA微阵列或芯片几乎可用于所有核酸杂交技 术的各个方面,而在同时比较各组织或同一组 织在不同状态下上成千上万个基因的表达状况、 DNA序列分析等方面具有更大的优越性.有人誉 赞“微阵列技术铺平了通往21世纪的医学之 路”，美国在该技术的方法与应用上召开过两 次会议，并得到克林顿总统在国会演讲上的赞 赏与肯定, 目前全美已有25家公司投身于该技 术的研制与开发.相信在不久的将来，DNA芯片 或微阵列技术将会广泛应用于基础及临床医学 各个方面，而发挥出巨大的经济、社会效益.