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生物学软件大全1.三维分子类RASMOL:观看生物分子3D微观立体结构RasTop:为RasMol 2.7.1的图形用户界面软件CHIME:直接在浏览器中观看3D分子MolMol:将pdb等格式的蛋白文件通过微调,存成普通的图形文件raswin.exe.gz:rasmol(win)2.7.0.1 rasmol新版本及汉化版本CrystInfo:用来快速、容易地构建、观察与检查晶体3D结构PDViewer:PDB格式文件的查看程序Weblab Viewlite:三维分子浏览工具及大量分子文件例子Weblab ViewerPro:三维分子浏览工具ICMLite:三维分子浏览工具,有一些其他软件没有的功能VMD:三维分子浏览工具,可以进行动态显示CN3D:3D分子结构观察软件WPDB:PDB文件检索显示分析软件DTMM:三维分子模型显示、编辑与构建程序Mole:高性能的大分子三维图形显示计算工具gopenmol:显示并分析分子结构及其特性POV-Rayv:生成三维图像工具软件MolPOV:将PDB文件转化为POV格式文件的软件Mol2Mol:分子文件格式转换软件PovChem:将PDB文件转化为POV格式的文件Ortep-3 for Windows:生成分子的热椭圆形点图PLATON:通用结晶学软件工具Mage:读取并演示Kinemage格式文件的专用软件Prekin :将PDB格式文件转换为Kinemage格式文件Swiss-Pdb Viewer:PDB文件显示与分析软件DINAMO:蛋白序列排队比较编辑与三维模型构建工具PCMoleeule2 Lite:查看PDB格式文件的免费软件StrukEd :化学分子编辑与三维模型生成软件JMVC:使用JA V A技术编写的三维分子查看器ReView:读取及分析XYZ格式三维分子文件Oscail:用来处理、定义与检查小分子单晶的软件包Moilin:分子构建与观察软件Tinker:与Moilin配套的DOS下的分子设计建模Biodesigner:免费的分子建模与显示软件MoluCAD:全功能的分子建模与显示工具软件Viewer Activex Control:三维分子显示控件MarvinView:JA V A语言编写的化学分子二维与三维显示程序ACD/3D Viewer for ISIS:免费的ISISDraw三维显示插件Amira:高等三维显示建模系统AmiraMol:Amira 2.3 相应的显示三维分子的增强工具Visualize:分子建模和研究软件包ScientificGL:C++OpenGLAPI三维分子开发工具Sojourner:找出小蛋白的最小能量构形并实时演示的软件2.DNA分析DNAClub:DNA处理软件JaMBW:分子生物学软件包DNATool:功能很全面的DNA序列分析工具包pDRAW:DNA分析与绘图软件,可绘制线性或环形DNA图ANNHYB:用来帮助进行PCR引物设计与基因探针设计的软件RESTRICTION ANALYSIS:限制酶消化工具ABIView:ABI格式文件显示与编辑软件Chromas:ABI格式文件显示与编辑软件Sequence viewer:获取与观察从GSDB获取的DNA序列数据及其关联特性的工具DNAssist:DNA序列分析工具DNAProbe:核苷酸序列设计工具DnaSP:DNA序列种群遗传学分析软件DFW:DNA分析软件Artemis R4:以Java语言写成的序列查看工具’ACT R1:以Java语言写成的序列比较查看器GDA:主要用来进行不连续基因数据的统计分析RDP:从一组排队比较(Align)的核酸序列中查找潜在的重组体软件Sequencher:装配DNA小片段为大的连续序列或毗连(序列)群"Contig"软件MehCalc:自动计算DNA序列热力学数据的Excel电子表格宏软件基因探索者:中文界面的功能集成、高效、快捷的基因分析软件ConsInspector:DNA蛋白结合位点预测识别软件MatInd与Matlnspector:快速匹配DNA序列与已知共有序列的软件工具GBuilder:JA V A语言编制的用来分析与显示DNA序列的软件GenomePixelizer:帮助理解基因组中的簇基因(C1ustermggene)之间的相互关系的软件LabBook Genomic XML Viewer:图形化显示并处理GenBank序列数据的免费软件Gene Construetion Kit 2 :管理并显示克隆策略中的分子构建过程软件Genalysis:比较基因组或大量基因序列的工具软件3.RNA分析RNAdraw:RNA二级结构分析软件RNAstructure:预测RNA 级结构图RnaViz:RNA二级结构图绘制程序4.蛋白质分析ANTHEPROT:蛋白序列分析软件包pSAAM:蛋白序列分析软件包VHMPT:螺旋状膜蛋白拓扑结构观察与编辑软件aminoXpress:免费的多功能蛋白分析软件包5.生化教学mmp.zip:将生化代谢中的各种途径用图表的形式表示出来linpath.zip:线性酶反应模拟软件protlab:蛋白质纯化仿真软件MOLMED.ZIP:生化基础概念演示教学程序Biochem:生化教学文件photo:光合作用教学程序Adrenalin:肾上腺素在肝糖原代谢中的作用演示Virtual Cell Lab:多媒体细胞生物学教学程序6.生化工程brd.zip:生物反应器(发酵罐)设计软件BioStat:BioStatB发酵罐控制程序PenSimv:青霉素发酵模拟软件BioProSim:发酵实时模拟软件7.序列格式转换vised:序列输入分析和格式转换软件ForCon:多序列文件格式转换软件SeqVerter:序列格式转换软件GeneStudio LE Version:序列格式显示、编辑与转换工具软件FASTA/BLAST SCAN:FASTA与BLAST查询输出文件的处理软件RevComp:序列格式转换软件8.引物分析primer Premier 5.0:引物设计工具Oligo:引物分析著名软件Primer Designer:专门用 pASK-IBA~pPR-IBA表达载体免费的引物设计辅助软件Array Designer:批量设计DNA和寡核苷酸引物工具Beacon Designer:PCR定量分析分子信标(Molecularbeacon)设计软件NetPrimer:基于WEB界面的引物设计程序9.序列综合分析pcgene:分子生物应用软件MACAW:多序列构建与分析软件Clustal W:用来对核酸与蛋白序列进行多序列比较的软件Clustal X:ClustalWWindows界面程序FASTA:数据库中查找同源序列软件GeneDoc:对序列进行相关分析等操作BLAST与Blastcl3:数据库中查找类似序列的软件及客户端软件SeqPup 0.9:生物分子序列编辑与分析软件K-Estimator 5.5:进化基因学研究软件,评估两条核酸序列核苷酸替代数BioEdit:序列编辑器与分析工具软件DAMBE:综合性序列工具软件LaserGene:综合性序列工具软件SeaView:图形化多序列队列编辑器Jalview:用Java语言写的多序列队列编辑器DNASIS:序列综合分析工具Genamics Expression:是一个DNA与蛋白序列分析工具Vector NTIViewer:载体查看软件Jellyfish:多功能序列分析软件ProSeq:核酸序列编辑与种群遗传学分析软件Gap4 database viewer:Gap4基因装配数据库读取显示软件SMS:DNA与蛋白序列分析与格式化在线工具集合Omiga:核酸与蛋白序列综合性分析软件Staden:综合序列分析工具软件包Vector NTISuite:综合性蛋白核酸分析工具包INCA:Java脚本语言写成的BLAST服务器客户端程序ISYS:NCGR开发的用JA V A语言写成的数个不同类生物信息软件与数据库的软件集合平台DNA Scriptor:DNA与蛋白序列综合分析软件Sequence Quickie-Calc:非常紧凑的分子生物学工具软件PhyloGrapher:用来显示与研究相类似的基因与蛋白序列之间的进化关系的软件10.进化树分析phylip:进化树分析软件,并可绘制进化树TreeView:进化树处理软件GeneTree:比较基因与种系进化树的程序NDE:用来编辑NEXUS格式文件的程序TreeMap:用来可视化地比较主、从进化树的程序Spectrum:分析进化信息而不用将之转化为进化树的软件Phyltools:计算与处理进化树数据的软件tree-puzzle:核酸序列、蛋白序列相似性分析及进化树构建工具ATV:JA V A语言编写的显示"New Hampshire"与NHX格式的进化树文件软件TREECON:构建和绘制进化树的软件包ProBiosys比较表现型分类法数据和分析计算核酸序列数据距离值的软件11.质粒绘图Plasmid Processor:绘制质粒图软件Plasmid ProcessorPro:绘制质粒图软件,与Plasmid Processor是同一个作者WinPlas:质粒绘图软件商业版DMUP:环状质粒绘图软件测试版Plasmid Toolkit:质粒绘制软件pDRAW:DNA分析与绘图软件,可绘制线性或环形DNA图Redasoft Visual Cloning:是有名的绘制质粒图Redasoft Plasmid 1.1软件的升级版SimVector:质粒图绘制软件12.图像处理Image Tool:科学用途的处理图像软件Image J:用Java语言写成的科学用途的处理图像软件Cross Checker:基因指纹图分析软件ALFmap:ALF(Amersham Pharmacia)图像格式转换软件Band Leader:凝胶图像处理软件Scion lmage:图像处理与分析工具OSIRIS:通用医学图像处理与分析软件Melanie 3 Viewer:免费Melanie图像查看器Smart Draw:流程图绘制软件演示版GIMPWin:图像处理自由软件ChromoZoom:比较两个图像的相同与不同之处软件bandscan:蛋白凝胶电泳图像分析软件SigmaScanPro:图像分析软件30天全功能演示版SigmaGel:凝胶图像分析软件TotalLab:图像分析软件Lablmage:凝胶图像分析软件GelDiff:定量比较两个2D凝胶图像的不同之处的JA V A软件Timediff:分析蛋白/基因表达图谱时间序列的JA V A软件QuantiScan:使用简单功能专一的凝胶扫描、分析软件PDQuest:分析2维凝胶并生成数据库的标准软件13.数据处理CurveExpert:用于ELISA标准曲线拟合的软件Cliekh Graph:实验数据作图软件Statistica:专业统计软件GraphPad PRISM:著名的数据处理软件NoSA:中文非典型数据统计分析系统CrossGraphs:多变量数据库图形显示软件SigmaPlot:绘图和数据分析软件包30天全功能评估版SYSTAT:数据统计分析与作图的利器30天全功能演示版SigmaStat:智能统计软件30天全功能演示版PeakFit:自动分离、拟合与分析非线性数据软件TableCurve:自动两维曲线拟合与经验公式查找软件TableCurve :自动三维曲面拟合与经验公式查找软件SPSS:非常权威且有名的数据统计处理软件30天全功能演示版Origin:易于使用的科学用途数据绘图与数据分析处理工具软件DATb:进行生物曲线拟合与数据分析的免费软件数据作图助手:对实验结果进行数据分析和作图的专业软件14.检索与阅读PatentIn:用于将序列专利提交给美国国家专利与商标局的辅助软件Checker:用于将序列专利提交给美国国家专利与商标局的辅助软件ica32t.exe:中国生物学文献数据库检索客户端软件PathDB检索程序:(代谢途径数据库)检索程序PubCrawler:Medline文献库与GenBank核酸序列库检索软件NetRoseBrowser:PDG格式浏览器Book Express:专门用于超星数字图书下载的工具软件EndNote:专业参考文献查询软件Reference Manager:专业参考文献查询软件Procite:参考资料检索管理软件Sequin:数据库GenBank,EMBL,DDBJ查询软件MiniViewer:数图阅览器Compresslt:JBG(NLC)”JPG转换功能软件Refs:参考文献管理软件Scholars Aid:文献参考资料等日常资料的整理软件paperworks:免费的参考文献管理软件KD:知识仓库建库管理系统15.基因芯片AMADA:用来组织、研究、显示、分析微数组(Microarray)数据软件ScanAlyze:进行微矩阵荧光图像分析软件Cluster:对大量微矩阵数据组进行分析处理的软件TreeView:用图形来显示Cluster软件分析的结果软件AMAD:微数组数据库ArrayMakerv:Stanford大学Brown实验室提供的基因芯片研究全套设备相配套的软件与文档J-Express:分析微矩阵(Microarray)实验获得的基因表达数据的软件16.其他功能软件digitizer:图形数字化软件,可以将曲线图转化为数据与等式Graph Paper:坐标纸打印软件DynaFit:酶动力学数据或配体—受体结合数据处理软件Migrate:从遗传学角度,估算人口移民率程序arlequin:人口遗传学软件正交设计助手:正交实验设计辅助工具软件FBAT:家族遗传相联检验的统计程序GGT32:图形化基因型表示软件CERVUS:使用共显性标记数据推断亲缘关系的软件Jarnac:代谢过程模拟软件包Gepasi:化学与生物化学反应动力学仿真与优化软件BCT:微生物趋向性模拟程序StochSim:随机生物化学反应模拟软件Bio_MW:生物化学分子量计算软件MatchCode:将蛋白和核酸序列进行简单匹配和格式化输出的中文软件Map Manager:回交、杂交与重组自交系分析遗传作图实验结果的软件MolEco:以遗传学方法评估杂乱交配频率的软件Canvas:绘图软件免疫室管理系统:中文免疫室综合软件Cyrillic:家谱绘图软件Frozen Cell Stock Monitor:用来管理储存在液氮容器中的生物样品(例如细胞系、血清等等)的程序MICE:虚拟动物饲养设施,用来帮助管理饲养设施中的实验动物软件DBsolve:代谢及酶—受体结合模拟软件boxit:管理生物样品的数据库系统GRR:检测系谱误差(pedigreeerrors)的应用软件健康药霸:药典类的软件AceDB:基因组数据库软件MAPL98、DIAL98与GEST98:El本学者编制的几个统计基因学(StatisticalGenetics)软件PED:系谱(Pedigree)绘制软件PEDRAW:系谱(Pedigree)绘制软件quantiRT:内置宏程序,用来辅助定量RT-PCR实验的Excel文件BateView:管理与追踪小型的实验鼠生殖群体的Excel文件MassXpert:帮助科学家预测与分析从蛋白组学研究中获得的蛋白质质谱数据的软件MestRe-C与MestRe-CnD:分析、显示与仿真1D与2D磁共振图谱的软件ACD/SpecViewer:免费光谱数据显示软件ACD/CNMR Viewer:ACD/HNMR用来显示ACD/NMR Predictors预测的所绘化学结构式Viewer:磁共振图谱文件的免费软件WinMDIver:分析流式细胞仪数据文件的免费软件TestDNA:根据已知成分值生成细胞周期FCS文件的免费工具软件Cylchred:细胞周期分析(CELLCYCLEANALYSIS)软件gX-Path Vision:生成、编辑与显示生物代谢途径的工具软件生物五笔:生物医学专业输入法17.化学绘图ACD/CHEMSKETCH:绘制分子结构的免费软件及其汉化版ACD/ChemSketch及ChemBasic:绘制分子结构的免费软件5.0版本及其汉化版Chemfont:化学符号与TureType字体,可以在Word中直接插入文章中clip.zip:化学图片集,含有近400幅与化学有关的GIF图片ISIS DRAW:绘制化学结构式的免费软件AutoNom:ISIS/Draw软件的插件(自动生成符合IUPAC命名规则的化合物名称) ChemWindows:绘制化学结构式的免费软件MarvinSketch:JA V A语言编写的小巧好用的化学结构式绘制程序ACD/Structure Drawing Applet:绘制化学结构式免费JA V A小程序ChemPen:绘制化学结构式软件ChemPen+:绘制化学结构式软件ChemPen:绘制化学结构式软件18.化学应用mmcalc.exe:分子量计算器hxfc.zip:化学方程式配平软件cmcalc10.exe:化学试剂制备计算器alkne.exe:有机化学命名练习程序chembl32.zip:Windows95下的免费化学方程式配平程序periodic.zip:小巧的元素周期表ptab32.zip:高级元素周期表CAF:计算机辅助配方软件CFT:化学式教师元素屋:查询112种元素的各个信息的中文软件化学反应方程式编辑器:制作化学反应方程式、离子方程式、分子式、离子式等CRS:化学反应方程式配平器Model ChemLabv:化学实验教育软件及其汉化版periodic.exe:免费的元素周期表化学品电子手册:一个综合性的化学品手册19.在线综合工具Biology Workbench:基于WEB的生物学综合工具sewer:网上常用在线工具集合,本地版20.在线蛋白工具BCM Search Launcher:蛋白序列二级结构预测综合站点DAS:蛋白跨膜预测服务器、输入蛋白序列,预测跨膜区域TopPred:蛋白预测服务器提供的膜蛋白拓扑学预测在线工具SOSUI:膜蛋白分类和二级结构预测在线工具PSIpred-MEMSAT:进行二级结构预测与跨膜拓朴结构预测HMMTOP:预测蛋白序列的跨膜螺旋与拓扑结构服务器SMART:提供蛋白序列,在结构域数据库中查询/显示出其结构域及跨膜区等TMpred:预测蛋白序列跨膜区TMHMM:预测蛋白的跨膜螺旋The PredictProtein server:提供蛋白数据库查询,预测蛋白各种结构的服务SPLIT:膜蛋白二级结构预测服务器PRED-TMR:提供基于SwissProt数据库统计分析的预测蛋白跨膜片段的服务CoPreThi:基于INTERNET的JA V A程序,预测蛋白的跨膜区TMAP:提供预测蛋白跨膜片段的服务21.RNA analysisPattern Search and Discovery:巴斯德研究所提供的常用RNA在线分析工具DNA sequence analysis:巴斯德研究所提供的常用特征序列查询工具Search Genes and Coding Regions:巴斯德研究所提供的常用DNA在线分析工具Oligonucleotide Calculator:巴斯德研究所提供的基因与编码区查找工具解链温度计算器:JA V A语言写的寡核苷酸计算器,给出核酸序列,计算GC百分比、解链温度、长度、分子量。

各类生物软件汇总

各类生物软件汇总

三维分子类RASMOL 2.7.2.1 观看生物分子3D微观立体结构的软件。

非常有名,巨棒!RasTop 2.03 为RasMol 2.7.1的图形用户界面软件CHIME 2.6 SP5 直接在浏览器中观看3D分子。

MolMol 2k.2 将pdb等格式的蛋白文件通过微调,存成普通的图形文件。

CrystInfo 1.0 用来快速、容易地构建、观察与检查晶体3d结构。

PDViewer PDB格式文件的查看程序。

DS ViewerPro 5.0 trail 3维分子浏览工具。

ICMLite 2.8 3维分子浏览工具,有一些其他软件没有的功能。

VMD 1.82 3维分子浏览工具,可以进行动态显示。

CN3D 4.1 3D分子结构观察软件。

WPDB 2.2 PDB文件检索显示分析软件。

DTMM 4.1 Demo 3维分子模型显示、编辑与构建程序。

gopenmol2.32 显示并分析分子结构及其特性的软件。

POV-Ray 3.6b3 生成三维图像工具软件。

WinMegaPov 1.0 3D渲染软件POV-Ray非官方编译软件。

MolPOV 2.0.8 将PDB文件转化为POV格式文件的软件。

Mol2Mol 5.2.1Demo 分子文件格式转换软件。

PovChem 2.1.1 将PDB文件转化为POV格式文件的软件。

Ortep-3 for Windows 1.076 生成分子的热椭圆形点图软件。

PLATON1.07 通用结晶学软件工具。

Mage 6.35 读取并演示Kinemage格式文件的专用软件。

Prekin 6.35 将PDB格式文件转换为Kinemage格式文件的软件。

Swiss-PdbViewer 3.7 sp5 PDB文件显示与分析软件。

DINAMO 蛋白序列排队比较编辑与三维模型构建工具软件。

PCMolecule2 Lite 查看PDB格式文件的免费软件。

StrukEd Demo 化学分子编辑与三维模型生成软件。

常用生物数据分析软件

常用生物数据分析软件

常用生物数据分析软件生物数据分析软件是用于处理、分析和解释生物学实验中产生的大规模数据的工具。

这些软件通常具有统计分析、数据可视化和生物信息学工具等功能,它们在生物学研究、医学诊断和药物开发等领域都有广泛的应用。

本文将介绍一些常用的生物数据分析软件。

1.R:R是一种免费且开源的编程语言,它提供了丰富的生物数据分析和可视化工具,如统计分析、机器学习、生物信息学和图形绘制等。

R 语言拥有庞大的用户社区和丰富的包资源,适用于各种生物学数据分析任务。

2. Python:Python是另一种常用的编程语言,它也具备强大的生物数据分析能力。

Python拥有多个生物学数据处理和分析库,如NumPy、Pandas和BioPython等。

Python的易学性、可扩展性和广泛的应用领域使其成为生物学数据分析的首选工具之一3.MATLAB:MATLAB是一种专业的科学计算和数据可视化软件,在生物学数据分析领域有广泛的应用。

它提供了丰富的统计分析和机器学习工具包,可用于生物数据的处理、分析和建模等任务。

4.SPSS:SPSS是一种常用的统计分析软件,它具有直观的用户界面和广泛的统计分析功能。

SPSS可以对生物学数据进行描述性统计、方差分析、回归分析和聚类分析等,并生成相应的报告和图表。

5.SAS:SAS是一种专业的统计分析软件,也被广泛用于生物学数据分析。

SAS拥有强大的数据管理和数据分析功能,可用于处理和分析大规模的生物学数据集。

6. Partek Genomics Suite:Partek Genomics Suite是一种专门用于基因组学和转录组学数据分析的软件。

它提供了丰富的生物学数据分析工具和流程,可用于差异表达分析、通路分析和功能注释等任务。

7. Ingenuity Pathway Analysis (IPA):IPA是一个用于通路分析和功能注释的软件。

它能够对基因表达数据进行通路分析和功能注释,并提供生物学上下游调控网络的图形可视化。

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/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=55356/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=71216/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=77035SPSS教程/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=15195/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=17993/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=17994/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=17995/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=18223/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=48549/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=25584中文医学统计教程/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=24766SPSS10教程/biology/spss/Index.shtmlSAS6.12统计教程/biology/sas/Index.shtml统计软件SAS 8.2教程/biology/sas82/Index.shtmlStata统计学教程入门/biology/stata/Index.shtml Eviews3.1使用入门教程1/biology/eview/Index.shtml软件中文使用说明书大全/service/softwares/Index.shtml ·NoteExpress初级教程(step by step)·常用生物软件简介汇总(window 版)·STATISTICA/w 5.0及其在医学中的应用·利用Excel处理统计数据·数据分析、科技绘图的必备工具-Microcal O()·Band Leader中文使用说明书·BioEdit中文使用说明书下载)·Cn3D中文说明书下载·Gel-PRO ANALYZER凝胶定量分析软件演示操作)·Gene Construction Kit中文使用手册)·aminoXpress中文使用说明书)·DNAtools中文说明书下载·综合性序列分析软件DNAStar中文使用说明书)·Reference Manager 10中文使用说明书·Genamics中文使用说明书)·Vector NTI9.0中文使用说明书)·Winplas中文使用说明书·RNA Structure 3中文使用说明书)·Primer Premier中文使用说明)·进化树分析及相关软件使用说明)·观察生物分子的窗口——RasMol 2.6)·RNAdraw1.1b2功能介绍)·SEQUIN3使用中文说明书·JELLYFISH 1.3 使用手册)·Omiga使用中文说明书·Excel 提速12招·修复受伤的Excel文件·用好Word 2003的比较功能·抓图高手:SnagIt使用技巧3例·DNASTAR-MAPDRAW软件使用教程[图解]·DNASTAR-EDITSEQ软件使用教程[图解]·核酸序列分析软件DNAssist1.0教程[图解]·BandScan使用教程[图解]·蛋白序列分析软件包ANTHEPROT 4.3中文说明书·antheprot中文使用说明书-1·BioJava In Anger快速指南·进化树相关软件中文说明书·Primer Premier 5.0中文说明书·RNAdraw1.1b2功能介绍·RNA Structure 3.2·观察生物分子的窗口——RasMol 2.6·分子生物学免费软件与Internet·文献管理工具——Biblioscape详解·化学中的常用计算机软件与资源·三***文献工具的特征比较表·Reference manager 9.5中文说明书·GCG软件使用简介·Reference Manager 9.0使用介绍()·Array-Pro基因芯片分析软件·美国Image-Pro Plus专业图像分析软件生物学常用软件中文使用说明集锦/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=29720 DNASTAR(BIOEDIT)软件及中文使用说明书下载/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=34553 Vector NII 的中文使用说明/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=29295讲解非常全面的Premier 5.0中文说明书/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=50396rasmol中文使用说明/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=72785ENDnote中文说明书/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=49857 Reference manager 9.5中文说明书/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=7966 Sequencher 4.05使用简要说明(推荐)/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=14199 paup 4.0的说明书/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=57387 sas教程/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=22674 /dispbbs.asp?BoardID=25&ID=25585 /dispbbs.asp?BoardID=25&ID=55356 /dispbbs.asp?BoardID=25&ID=71216 /dispbbs.asp?BoardID=25&ID=77035 SPSS教程/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=15195 /dispbbs.asp?BoardID=25&ID=17993 /dispbbs.asp?BoardID=25&ID=17994 /dispbbs.asp?BoardID=25&ID=17995 /dispbbs.asp?BoardID=25&ID=18223 /dispbbs.asp?BoardID=25&ID=48549 /dispbbs.asp?BoardID=25&ID=25584中文医学统计教程/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=24766。

常用生物数据分析软件

常用生物数据分析软件

常用生物数据分析软件在生物科学领域中,数据分析是一项重要的任务。

随着技术的进步,生物学研究的数据规模不断扩大,例如基因组测序数据、蛋白质互作数据、表达谱数据等。

为了处理和分析这些大规模的生物学数据,许多生物数据分析软件被开发出来。

本文将介绍一些常用的生物数据分析软件。

1.R:R是一个流行的统计分析和图形化软件,也是生物学家常用的数据分析工具之一、R具有强大的数据分析功能和广泛的统计工具包,适用于各种生物学数据分析任务,例如基因表达分析、蛋白质结构预测、基因组测序等。

2. Python:Python是一种通用的编程语言,也被广泛用于生物数据分析。

Python拥有丰富的生物信息学工具包,例如Biopython,可用于处理和分析蛋白质序列和结构、基因组测序数据等。

Python还具有强大的数据处理和可视化能力,适用于各种生物学数据分析任务。

3. NCBI工具:NCBI(美国国家生物技术信息中心)提供一系列在线工具用于生物数据分析。

NCBI提供的工具包括BLAST用于序列比对、Entrez用于文献检索、GenBank用于基因组测序数据等。

这些工具对于进行一些常见的生物数据分析任务非常有用。

4. Bioconductor:Bioconductor是一个用于生物数据分析的开源软件包集合。

Bioconductor提供了许多R语言工具包,包括用于基因表达分析、蛋白质互作网络分析等。

这些工具包提供了丰富的生物学统计学和机器学习算法,可以帮助研究人员进行高质量的生物数据分析。

5. Cytoscape:Cytoscape是一个用于生物网络分析和可视化的软件。

它可以用来分析和可视化蛋白质互作网络、基因调控网络等。

Cytoscape提供了许多插件和工具,使得生物网络分析更加方便和高效。

6. Galaxy:Galaxy是一个用于生物数据分析的在线平台。

它提供了许多常用的生物数据分析工具,并提供了一个用户友好的界面,使得生物学家可以无需编程就能进行复杂的生物数据分析任务。

生物软件汇总

生物软件汇总

生物软件汇总,强烈推荐!质粒绘图Plasmid Processor 1.02 绘制质粒图软件。

Plasmid Processor Pro 绘制质粒图软件,与Plasmid Processor是同一个作者。

WinPlas 2.7 demo 质粒绘图软件商业版。

DMUP beta 环状质粒绘图软件测试版。

Plasmid Toolkit 1.4s 质粒绘制软件。

pDRAW 1.1.60 DNA分析与绘图软件,可绘制线性或环形DNA图。

Redasoft Visual Cloning 2000 Demo 是有名的绘制质粒图Redasoft Plasmid 1.1软件的升级版。

SimVector 2.01 Demo 质粒图绘制软件。

CloneMap 2.11 Demo 质粒作图软件演示版。

pCIRCLE 2nd Flash MX 2004 制作的用于绘制环状质粒的软件图像处理Image Tool 3.0 科学用途的处理图像软件。

Image J 1.31 用Java语言写成的科学用途的处理图像软件。

Cross Checker 2.91 基因指纹图分析软件。

ALFmap 1.22 ALF (Amersham Pharmacia) 图像格式转换软件。

Band Leader 3.0 凝胶图像处理软件。

Scion Image 4.12 图像处理与分析工具。

OSIRIS 4.18 通用医学图像处理与分析软件。

Melanie 4 Viewer 免费Melanie图像查看器。

ChromoZoom 1.1 比较两个图像的相同与不同之处软件。

bandscan 5.0 Demo 蛋白凝胶电泳图像分析软件。

SigmaScan Pro 5.0 Demo 图像分析软件30天全功能演示版。

SigmaGel 1.0 Demo 凝胶图像分析软件。

TotalLab 2.0 评估版图像分析软件。

LabImage 2.71 评估版凝胶图像分析软件。

figtreea下载教程(一)

figtreea下载教程(一)

figtreea下载教程(一)figtreea下载教程什么是figtreeafigtreea是一款专业的数据可视化工具,适用于生物信息学、系统发育学和生态学等领域。

它提供了直观的界面和多种图形化显示方式,帮助用户更好地理解和分析数据。

下载figtreea1.打开figtreea官方网站。

2.寻找下载页面。

3.点击下载按钮。

4.选择合适的版本下载(根据操作系统和需求选择)。

5.等待下载完成。

安装figtreea1.找到已下载的安装文件。

2.双击打开安装文件。

3.根据安装向导的指示进行安装。

4.选择安装路径和其他选项。

5.点击“安装”按钮开始安装过程。

6.等待安装完成。

配置figtreea1.打开已安装的figtreea软件。

2.进入程序设置。

–在菜单栏中找到并点击“设置”选项。

–或者在界面中找到“设置”按钮并点击。

3.配置显示选项。

–根据个人喜好选择合适的主题和字体。

4.配置数据选项(可选)。

–添加或移除默认数据源。

–配置数据导入和导出格式。

5.保存设置。

–点击“保存”按钮或关闭设置窗口。

使用figtreea1.导入数据。

–点击菜单栏中的“导入”选项。

–选择合适的文件格式和文件路径。

–点击“打开”按钮导入数据。

2.创建图形。

–在工具栏中选择合适的图形类型。

–配置图形参数,如颜色、形状等。

3.编辑图形。

–选择图形中的节点或分支。

–修改节点或分支的属性。

4.导出图形。

–点击菜单栏中的“保存为”选项。

–选择合适的文件格式和保存路径。

–点击“保存”按钮导出图形。

5.其他功能。

–figtreea还提供了其他功能,如比较分析、标注、数据筛选等,根据实际需求进行使用。

总结figtreea是一款功能强大的数据可视化工具,通过本教程的完整流程,您可以轻松地下载、安装、配置和使用figtreea。

希望这个教程能帮助到您!常见问题解答1. 我找不到figtreea官方网站在哪里?您可以在搜索引擎中搜索”figtreea官方网站”,然后选择可靠的链接访问官方网站。

免费分子生物学软件

免费分子生物学软件
(二)蛋白质分析软件(AnTheProt)
AnTheProt包括蛋白质研究领域的大多数内容,功能非常强大。应用此软件包,使用个人电脑,便能进行各种蛋白质序列分析与特性预测,包括:进行蛋白质序列二级结构预测;在蛋白质序列中查找符合PROSITES数据库的特征序列;绘制出蛋白质序列的所有理化特性曲线;在互联网或本地蛋白质序列数据库中查找类似序列;计算蛋白质序列相对分子质量,计算蛋白质序列滴定曲线与等电点及计算信号肽潜在的断裂位点等许多功能。网址为:http://www.ibcp.fro
免费分子生物学软件
互联网上有许多免费分子生物学软件,一些是在线使用的,也有一些可以下载在PC机上使用。
(一)质粒作图软件(P1asmidProcessor)
PlasmidProcessor是一种免费绘制质粒图软件,可以绘制线状或环状DNA。用户定义限制位点、基因段与多克隆位点,还可插入或删除DNA片段,支持剪贴板、打印和存盘功能。下载站点:http://u.fi/_kiviraum/plasmid/plasmid.html。
(九)进化树生成与分析软件(PHYLIP)
PHYLIP用来进行进化树分析。它可以分析DNA与蛋白质序列,并可绘制进化树。
程序含有许多选项可以精确控制与分析。下载网站地址为:http:///phylip.html。
(十)进化树打印软件(TreeView)
(五)序列格式转换软件(Forቤተ መጻሕፍቲ ባይዱon)
ForCon是核酸与蛋白质不同序列格式文件的转换软件,可双向转换各种常见的多序列格式文件。下载站点为:http://bioc-www.Uia.ac.be/u/jraes。
(六)序列格式转换软件(SeqVerter)

5款生物医学作图神器,立马做出高大上配图!

5款生物医学作图神器,立马做出高大上配图!

5款生物医学作图神器,立马做出高大上配图!给大家推荐四款生物医学作图神器,让你分分钟搞定高逼格的信号通路图、各种模型图、流程图。

Scienceslide首先第一个就是Scienceslide,这是一款专门做医学图片的ppt插件。

安装后,会在PPT界面出现一个工作条(如下图所示),包括了常用元件、信号通路、方法学、生物化学、分子生物学等几千种素材。

它做出来的信号通路图可以是这样的:想要什么图,只需要选择相应的模板,就可以在此基础上进行文字及分子形状的修改,而后可以做成精致无比、赏心悦目的示意图。

有了这个PPT插件,足以满足你任何信号通路图的要求。

pathwaytool另一个软件pathwaytool,也是一款作图神器哦。

它几乎自带了分子生物学会用到的所有元素,如不同的细胞、细胞器、分子、老鼠模型、器官模型以及经典的信号通路图。

安装该软件后,它的界面是这样的:在选择一个理想的模型后,可直接进行修饰和改动,非常的简单方便,3分钟内既能上手,做出来的通路图是这样的!GraphPad Prismgraphpad prism是一款非常棒的医学绘图软件,他基于生物统计,曲线拟合和科学绘图于一体,可以制作出非常专业的医学表,如果你是医学相关专业的人士,一定不要错过!看到下面的数据图,是不是顿时感觉文章的质量上了一个档次呢?SmartDrawSmartDraw 是一款非常专业的绘图软件,可以用来快速建立流程图、组织图、柱形统计图和馅饼图、表格和其他更多图表。

在绘图、图表制作领域,SmartDraw绝对是行业的佼佼者,它的出现让图表制作变得如此简单。

SmartDraw 最大的特点就是支持多种图形,采用模板的方式在线扩充,它可以预测你的需求,从而给你预先制定的模板,自动设计,并且可以很容易的快速把你的信息变成鲜明的插图。

想知道用它画出来的流程图是什么样的吗?IBSIBS(Illustrator for Biological Sequences)是一个简单又强大的绘图软件,它可以几分钟内完成核酸/蛋白质结构域示意图的绘制。

ChemDraw各版本介绍以及在相关领域应用

ChemDraw各版本介绍以及在相关领域应用

ChemDraw化学结构绘制工具全球最好的生物化学绘图软件一、产品简介:1.全球领先科学绘图工具有机材料、有机金属、聚合材料和生物聚合物(包括氨基酸、肽、DNA 及 RNA 序列等),以及处理立体化学等高级形式。

2.完美的绘图解决方案包括绘制化学结构及反应式,并且可以获得相应的属性数据、系统命名及光谱数据。

3.学术期刊检索可变附着点、R 基团、环/链大小、原子/键/环类型和通用原子),无论化合物在商用、公共或内部数据库中以何种方式进行存储,均可实现快速检索。

4.完美融合Office和许多第三方产品使用简便、输出质量高,并且结合了强大的化学智能技术,受到成千上万用户的喜爱。

二、相关产品及产品介绍:2.1 ChemOffice Professional 15高级版:集众人智慧的智能工具,使科学家和研究人员能够捕捉,存储,检索,分析和共享化合物,化学反应,材料及其性能等当面的数据和信息操作模式:一次性付费使用(一码一机)1.产品定义:ChemOffice Professional15能够提供ChemDraw Professional 15和ChemDraw Prime 15的功能组件,并且融合ChemBio3D Ultra和ChemBioOffice Ultra全部功能,堪称化学绘图工具的终极版能够更加完美地结合化学和生物学。

2.产品介绍:在ChemDraw Professional 15的功能基础上,ChemOffice Professional 15功能全面升级,包含ChemDraw Professional的所有功能并融合Chem3D 和ChemFinder Ultra。

ChemOffice Professional15可以预测化合物属性、光谱数据、IUPAC命名以及计算反应计量,可以为结构增加热点进行链接,提供丰富的化学结构分析工具,ActiveX插件允许在线查询化学数据库和出版在线的结构。

新增手写工具,文本工具以及质粒映射工具,Chemscript功能允许科学家在批量处理多个化学结构的计算或其他操作,融合桌面分子模型和最先进的蛋白质可视化效果,显示详细的3D蛋白质配体配合物与DNA结构。

常用生物软件大汇总

常用生物软件大汇总

常用生物软件大汇总生物软件在现代生命科学研究和应用领域具有重要的作用。

它们可以用来处理和分析基因组数据、蛋白质结构数据、生物图像数据等,以帮助研究人员理解生物学问题。

以下是一些常用的生物软件的大致分类和简要说明。

1.序列分析软件序列分析软件主要用于处理和分析DNA、RNA和蛋白质序列数据。

常见的软件包括BLAST、Clustal Omega、MAFFT、MUSCLE等。

这些软件可以用于序列比对、物种演化分析、构建系统发育树等。

2.基因组分析软件基因组分析软件用于处理和分析整个基因组的数据。

例如,基因组装软件如SOAPdenovo、Velvet等,可以将高通量测序数据拼接成完整的基因组序列。

此外,基因注释软件如GATK、Ensembl Genome Browser等可以帮助鉴定基因的功能和变异。

3.蛋白质结构预测软件蛋白质结构预测软件可以通过蛋白质序列预测其三维结构。

常见的软件包括I-TASSER、SWISS-MODEL、ROSETTA等。

这些软件可以通过模拟和比对已知的蛋白质结构来预测目标蛋白质的结构,有助于理解蛋白质功能和相互作用。

4.生物图像分析软件生物图像分析软件用于处理和分析生物图像数据,如细胞、组织或生物标记物的图像。

常见的软件包括ImageJ、CellProfiler、FIJI等。

这些软件可以用于定量分析细胞形态、计算数量和测量各种生物学参数。

5.生物网络分析软件生物网络分析软件用于分析和可视化基因、蛋白质或代谢产物的相互作用网络。

常见的软件包括Cytoscape、STRING、GeneMANIA等。

这些软件可以帮助研究人员识别关键基因或蛋白质,理解生物网络的结构和功能。

6.转录组分析软件转录组分析软件用于处理和分析高通量转录组数据,如RNA-Seq数据。

常见的软件包括DESeq2、edgeR、Cufflinks等。

这些软件可以帮助鉴定差异表达基因、富集通路和功能,以及理解基因调控网络。

生物学软件_大全

生物学软件_大全

生物学软件_大全在当今数字化的时代,生物学领域也受益于各种软件工具的发展。

这些软件为生物学家、研究人员以及对生物学感兴趣的人们提供了极大的帮助,从数据分析到模型构建,从基因序列分析到生物图像处理,涵盖了生物学研究的各个方面。

下面就让我们一起来探索一下生物学中一些常用且重要的软件。

一、基因序列分析软件1、 DNASTAR Lasergene:这是一款功能强大的综合性软件,包括了序列编辑、比对、引物设计等功能。

它的操作界面相对友好,适合初学者和经验丰富的研究人员使用。

2、 MEGA:用于分子进化和系统发育分析的软件。

可以对基因序列进行比对,并构建进化树,以了解物种之间的亲缘关系。

3、 BLAST:由美国国家生物技术信息中心(NCBI)开发的序列比对工具。

能够快速在大量的数据库中搜索相似的基因序列,对于确定新测序的基因的功能和同源性非常有用。

二、蛋白质结构与功能分析软件1、 PyMOL:一款强大的分子可视化软件,可以将蛋白质的三维结构以清晰直观的方式展示出来,并进行各种操作和分析,帮助研究人员理解蛋白质的结构与功能关系。

2、 SwissPdbViewer:除了具备基本的蛋白质结构显示功能外,还能进行一些简单的结构编辑和分析,如氢键分析、疏水相互作用分析等。

3、 PROSITE:用于蛋白质序列模式和功能位点识别的数据库和搜索工具,有助于预测蛋白质的功能和结构域。

三、生物图像分析软件1、 ImageJ:这是一款开源的图像分析软件,广泛应用于生物学领域。

可以对显微镜图像进行测量、计数、荧光强度分析等操作。

2、 CellProfiler:专门为细胞图像分析设计的软件,能够自动识别和分析细胞的特征,如大小、形状、荧光强度等,大大提高了数据分析的效率。

3、 Fiji:基于 ImageJ 开发的扩展版本,增加了许多实用的插件和功能,使其在生物图像分析方面更加便捷和强大。

四、数据分析与统计软件1、 R:一种免费的开源编程语言和环境,拥有丰富的用于生物学数据分析的包,如Bioconductor 库。

常用生物信息学软件介绍

常用生物信息学软件介绍

常用生物学软件简介1. Oligo 6是目前使用最为广泛的一款引物设计软件,除了可以简单快捷地完成各种引物和探针的设计与分析外,还具有很多其他同类软件所不具有的高级功能: a) 已知一个PCR引物的序列,搜寻和设计另一个引物的序列。

b) 按照不同的物种对MM子的偏好性设计简并引物。

c) 对环型DNA片段,设计反向PCR引物。

d) 设计多重PCR引物。

e) 为LCR反应设计探针,以检测某个突变是否出现。

f) 分析和评价用其他途径设计的引物是否合理。

g) 同源序列查找,并根据同源区设计引物。

h) 增强了的引物/探针搜寻手段。

设计引物过程中,可以“Lock”每个参数,如Tm 值范围和引物3’端的稳定性等。

i) 以多种形式存储结果;支持多用户,每个用户可保存自己的特殊设置。

网址:/2. Vector NTI Suite是一套功能最全,而且界面最美观,最友好的分子生物学应用软件包。

主要包括四个大型软件,它们分别可以对DNA、RNA、蛋白质分子进行各种分析和操作。

Vector⑴ NTI:作为Vector NTI Suite的核心组成部分,它可以在生物研究的全过程中提供数据组织和序列编辑的软件支持。

Vector NTI 是以一种窗口形式,且支持项目组织的数据库来完成这一功能的;通过这个数据库,可以保存和组织大部分的实验数据,比如:基因结构、载体、序列片断、引物、蛋白质、多肽、电泳Markers和限制性内切酶等。

实际上,该数据库还支持对Vector NTI Suite 中各种小型的绘图和结果展示工具的管理。

Vector NTI 可以按照用户要求设计克隆策略。

用户只需提供克隆载体,外源片断序列,明确载体克隆的大致位置或酶切位点,其它工作由软件完成。

设计结果以图文形式输出到屏幕;最后根据客户定制的条件进行模拟电泳。

Vector NTI 还具有强大的设计和评估PCR引物、测序引物和杂交探针功能。

BioPlot⑵:BioPlot是一个对蛋白质和核酸序列进行各种理化特性分析的综合性工具,它是一种方便的桌面程序。

biorender用法

biorender用法

biorender用法
Biorender是一款专业的生物学画图软件,广泛应用于临床、教学、学术研究等多个领域,能够帮助用户快速、高效的绘制出专业精美的生物图。

一、Biorender常用工具
1.绘图工具:为用户提供精细的线条、圆圈、折线等绘图工具,便于用户快速、高效的绘制出精美的生物图形。

2.图形库:Biorender提供对专业生物学术语的支持,便于用户快速绘制出各种生物图形。

3.标注工具:Biorender提供标注工具,便于将文字、标志和箭头等各种标注添加到图形上,使其更美观。

4.文本框:Biorender提供文本框,便于用户添加图形简介或者相关信息,使其更加明确可见。

5.导出功能:Biorender支持导出多种格式的文件,方便用户在不同的场合使用。

二、Biorender的使用步骤
1.首先,打开Biorender,根据需要选择绘图工具和图形库,分别绘制和添加图形。

2.然后,使用标注工具对图形进行编辑,例如添加文字、标志、箭头等等,使其明确可见。

3.最后,使用文本框添加相关图形简介或者信息,完成图形的制作。

4.最后,使用Biorender的导出功能,将图形导出为指定格式的文件,以便在普通文档中使用。

常用的生物学软件有哪些?

常用的生物学软件有哪些?

常用的生物学软件有哪些?生物学在医学科研中的作用非常重要。

如下是几个方面的举例:●细胞生物学:细胞是身体的基本单位,在医学领域中研究细胞生物学可以更好地了解疾病的发生机制和治疗方法。

●微生物学:微生物是疾病传播的主要来源,了解微生物的形态、结构以及与人类和自然界的关系等可以帮助医生做出正确的治疗方案。

●分子生物学:分子生物学是在分子水平研究生命现象、生命本质、生命活动及其规律的一门生命学科,广泛应用于医学领域。

例如,分子生物学技术已经逐步成为医学领域不可或缺的诊疗工具,如PCR、基因测序等。

●生物医学应用:生物科技的发展也给医学研究提供了更多的可能性。

例如,基于水凝胶递送RNA的生物医学应用已经成为当前研究的热点。

总之,生物学在医学科研中扮演着至关重要的角色,进一步拓展了我们对疾病的理解和治疗方法的可能性。

以下是常用的生物学软件:BLAST - 生物信息学中用于DNA或蛋白质序列比对的工具ClustalW - 用于多序列比对的工具PyMOL - 分子模拟软件,用于生成、编辑、可视化小分子和大分子R - 统计学软件,用于数据分析、绘图、建模等ImageJ - 数字图像处理软件,用于生物学实验数据的分析和图像处理UCSF Chimera - 分子可视化软件,用于生物分子的可视化和分析Cytoscape - 生物网络结构分析和可视化软件GROMACS - 生物分子动力学模拟软件,用于分析分子的运动和相互作用GeneSpring - 基因芯片分析软件,用于基因表达数据分析这仅仅是常用的生物学软件中的一小部分,不同的生物学研究领域可能需要不同的软件。

(生物类研究生必学)DNAMAN、DNAstar、primer5.0、Endnote常用功能介绍

(生物类研究生必学)DNAMAN、DNAstar、primer5.0、Endnote常用功能介绍

Primer
Primer是由加拿大的Premier公司开发的专业用于 PCR或测序引物以及杂交探针的设计,评估的软件。
其主要界面同样也是分为序列编辑窗口 (Genetank),引物设计窗口(Primer Design), 酶切分析窗口(Restriction Sites)和纹基分析窗 口(Motif)。
点击OK,出现搜索结果,选择其中一条
发夹结构 引物二聚体 错误引发
一对理想的引物应当不存在任何一种上述结构, 但是,实际操作中我们常常遇到:
选择要修改的引物,点击Edit Primers,对引物进 行修改,修改完成后点击OK。
引物设计完之后我们再来看一下引物内部的稳定性: 主菜单栏⇒Report ⇒Internal Stability
我们双击一篇文献,可 以看见其信息比较完整
选中所有文件,右键,Find Full Text,下载文献
再讲如何导入中文文献。
一般我们下载中文文献都是从一下3个网站下载: 中国期刊网、万方、维普,下面就讲讲如何用 endnote导入这三个网站上的文献。
点击存盘,选择Endnote格式输出
运行EndNote后,出现的第一个界面如下:
我们可以新建一个数据库:
如何将文献导入数据库
1. 电脑里的本地文献 选择Import File出现以下界面:
选择一个文件导入
双击该文献的标题
由于导入本地文献要编辑文件信息比较繁琐,
所以一般选择通过网络导入。这里,英文和中文 文献又有所区别,首先讲一下如何通过网络导入 英文文献:
点击输出到本地文件并保存。打开Endnote,选择Import File出现以下界面:
点击输入,则将该文献信息导入到了Endnote里

常用生物软件大汇总(精)

常用生物软件大汇总(精)

常用生物软件大汇总(精)生物软件是生物信息学领域的重要支撑,在研究生物学的相关问题时,我们可以借助生物软件来辅助我们完成分析、解析数据。

在生物信息学研究中,许多问题都需要使用相应的生物软件来解决。

为此,我们汇总了一些常用的生物软件,从基础的序列分析、序列比对、结构分析到系统进化学等多个方面,供广大生物学者参考。

基础序列分析1. BLASTBLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是由美国国立卫生研究院(National Institutes of Health,NIH)开发的一种基于比对的序列搜索程序,可用于比对、搜索和分析生物序列数据库。

可以通过输入一个序列,自动在数据库中快速搜索与之相似的序列。

BLAST广泛应用于基因注释、功能预测、系统进化等领域。

2. Clustal OmegaClustal Omega是一款用于多序列比对的开源软件,它采用了无穷大距离算法和HMM(Hidden Markov Models)对齐技术,能够同时比对多个序列。

该软件具有高效性、准确性、易用性等特点。

序列比对1. MAFFTMAFFT(Multiple Alignment using Fast Fourier Transform)是一款用于序列比对的软件,它为几个序列比对提供一致性方法,具有很高的速度和准确性。

2. MUSCLEMUSCLE(Multiple Sequence Comparison by Log-Expectation)是一种用于多序列比对的软件,具有高效、快速和准确的特点。

它通常比其他常用比对软件比对效果更好。

序列分析1. BiopythonBiopython是一款广泛使用的开源软件,它提供了一系列功能模块,用于生物学序列分析、序列搜索、序列比对等任务,支持多种文件格式,包括FASTA、GenBank、SwissProt等。

同时,Biopython还支持常用的生物信息学操作,比如生物序列翻译、基因组注释、进化分析等。

常用分子生物学软件(一)2024

常用分子生物学软件(一)2024

常用分子生物学软件(一)引言概述:分子生物学软件在当今生物学研究中发挥着重要的作用。

它们以其功能强大和易用性而受到科研人员的青睐。

本文将介绍常用的分子生物学软件,并对它们的主要功能和特点进行详细说明。

正文:一、序列分析软件1. 序列比对软件- BLAST: 用于快速比对蛋白质或核酸序列与已知数据库中的相似序列。

- ClustalW: 对多个序列进行比对,并生成多序列比对结果。

2. DNA/RNA序列分析软件- Primer3: 用于设计引物序列。

- M-fold: 对RNA序列进行二级结构预测。

3. 蛋白质序列分析软件- GRAVY: 计算蛋白质氨基酸序列的相对水溶性。

- ProtParam: 提供氨基酸序列的各种生化性质分析。

4. 基因表达软件- ExPASy Translate: 用于将DNA序列翻译成蛋白质序列。

- Primer-BLAST: 用于设计引物并进行特异性检验。

5. 组学数据分析软件- Galaxy: 提供了一个高度集成的平台,用于处理和分析基因组学数据。

- Cytoscape: 用于可视化和分析分子和基因网络。

二、结构生物学软件1. 分子建模软件- Swiss-PdbViewer: 用于分子可视化和蛋白质模型构建。

- Autodock: 用于模拟蛋白质与小分子之间的相互作用。

2. 蛋白质结构预测软件- Rosetta: 提供了一种高效精确的蛋白质结构预测方法。

- I-TASSER: 通过蛋白质比对和拓扑结构模板识别,预测蛋白质三维结构。

3. 蛋白质结构比对软件- Dali: 用于比对两个或多个蛋白质结构,分析它们之间的结构和功能相似性。

- TM-align: 使用局部结构比对算法,对两个蛋白质的结构进行全局比对。

4. 蛋白质模拟软件- GROMACS: 用于分子动力学模拟和能量最小化。

- NAMD: 适用于分子动力学和分子模拟的高性能软件。

5. 蛋白质结构可视化软件- PyMOL: 用于可视化和分析蛋白质结构。

常用生物软件大汇总

常用生物软件大汇总

常用生物软件大汇总生物软件是指由计算机技术应用于生物学研究的软件工具。

随着生物学研究的深入,生物软件层出不穷,涵盖了生物信息学、分子建模、基因组学、蛋白质研究、系统生物学等多个领域。

下面是一份常用生物软件的大汇总。

1.生物信息学软件:-BLAST:用于比对核酸或蛋白质序列的工具,常用于序列相似性分析和序列注释。

- ClustalW:用于多序列比对的软件,可以研究序列间的保守性和变异性。

-MEGA:用于分子进化分析的软件,可以构建进化树和进行序列比对。

-EMBOSS:一个开源的生物信息学软件套件,提供了一系列分析工具,如序列比对、序列注释、基因预测等。

-GROMACS:广泛应用于分子动力学模拟的软件,用于研究蛋白质和其他生物大分子的结构和动力学性质。

2.基因组学软件:- UCSC Genome Browser:用于浏览和分析基因组数据的工具,提供了丰富的基因组注释信息和功能预测。

- Ensembl:一个集成了多个物种基因组数据和功能注释的数据库,针对多物种基因组比对和注释提供了丰富的工具。

- TopHat和Cufflinks:用于RNA-Seq数据分析的工具,可以进行基因表达量估计和剪接变异分析。

- NCBI GenBank和EMBL:两个常用的基因序列数据库,包含了大量基因组和蛋白质序列数据。

3.蛋白质研究软件:-PyMOL:一个用于可视化蛋白质结构的工具,可以进行蛋白质结构的可视化、分析和交互式操作。

- Rosetta:用于蛋白质结构预测和蛋白质折叠研究的软件,可以通过模拟和优化预测蛋白质的三维结构。

- Swiss-model:一个用于模拟蛋白质结构的工具,可以根据已知的蛋白质结构进行模拟和预测。

-PDB:以蛋白质结构为基础的数据库,提供了大量已知的蛋白质结构数据。

4.系统生物学软件:- Cytoscape:用于生物网络分析的工具,可以可视化和分析蛋白质-蛋白质相互作用网络、基因调控网络等。

-MATLAB和R:两个常用的统计和计算工具,可以用于生物网络建模、模拟和数据分析。

figtreea下载教程

figtreea下载教程

figtreea下载教程FigTree是一个用于可视化和注释进化树的软件工具。

它是一款开源软件,可以帮助研究人员在进化生物学领域中对进化树进行分析和解释。

本文将介绍如何使用FigTree进行下载和安装,并提供一些基本的使用指南。

我们需要下载FigTree的安装文件。

我们可以在FigTree的官方网站上找到最新版本的安装文件。

请注意,为了遵守本文的要求,我们不会在此提供任何网络地址。

您可以使用搜索引擎来找到FigTree 的官方网站。

一旦您找到了FigTree的官方网站,您可以在网站上找到下载按钮或链接。

点击下载按钮,选择适用于您操作系统的版本。

FigTree支持Windows、Mac和Linux系统,您可以根据自己的需要选择合适的版本。

下载完成后,您可以找到安装文件并运行它。

根据系统的不同,安装程序可能会有所不同。

请按照安装向导的指示完成安装过程。

在安装过程中,您可能需要选择安装位置和其他一些选项,根据需要进行选择即可。

安装完成后,您可以在计算机的应用程序菜单中找到FigTree的图标。

单击图标即可启动FigTree。

一旦FigTree启动,您将看到一个简单的用户界面。

在界面的顶部,有一些菜单和工具栏,用于操作和控制进化树的显示和注释。

要加载进化树文件,您可以使用菜单中的“文件”选项,然后选择“打开”。

在弹出的对话框中,浏览您的计算机以找到进化树文件,并选择打开。

一旦进化树文件加载完成,您将看到进化树在FigTree的主窗口中显示出来。

您可以使用工具栏上的按钮来缩放、平移和旋转进化树的显示。

除了显示进化树外,FigTree还提供了一些注释和分析功能。

您可以使用菜单中的“注释”选项来添加标签、颜色和形状等注释。

您还可以使用“分支长度”选项来调整进化树中分支的长度。

除了基本的注释和分析功能,FigTree还提供了一些高级功能,如分支支持值的计算和显示、比较不同进化树的功能等。

您可以在菜单中的“工具”选项中找到这些功能。

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常用生物绘图软件下载
导语:
在很多生物教材中的插图大多采用了彩色图片,使教材显得更丰富多彩。

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那这些生动的示意图是怎么绘制的呢?
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系统要求
Windows 2000, Windows XP, Windows 2003, Windows Vista, Windows 7,Windows 8, Windows 10
Mac OS X 10.10 +
Linux Debian, Ubuntu, Fedora, CentOS, OpenSUSE, Mint, Knoppix, RedHat, Gentoo及更多
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1.时尚的主题:亿图图示为用户提供多样的背景模板,挑选喜欢的模板类型,
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2.用户体验:拖拽式操作,自动对齐功能,让你的操作体验更加流畅。

3.云存储服务:绘制完成的模型图,可以保存在云端,再也不担心重要的数据
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