医学一体化语言系统(UMLS)

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网上医学搜索引擎与网上医学数据库简介

网上医学搜索引擎与网上医学数据库简介
网上医学搜索引擎与网上医学数据库简介
一、医学医学搜索引擎
由于不同通用搜索引擎的专业及检索机制不同,对搜索页面数量的限制不同,对于每个提问的检索时间或搜索用词也有不同要求,这就使得不同搜索引擎之间的检索会有不同的结果。虽然国外一些大型搜索引擎致力于扩大搜索网页的数量,但没有任何一个可以搜索超过16%的网上资源。此外,无效链接和更新周期的限制,网络存在过时信息。这使得通过搜索引擎查找医学专业所需信息相当困难。因此,广大网络用户、教学、医疗科研人员如能以医学搜索引擎和WEB医学权威数据库为检索起点,就可以获得较高质量的因特网医学信息。现简要介绍一些主要国外医学搜索引擎,供大家参考,具体检索方法可在使用中摸索提高。
In Process Citations是一个临时性医学文献数据库。它每天都在不断地接受新数据,为用户提供基本的文献条目和文摘。其文献条目在标引和加工后每周向MEDLINE提供一次更新。
Publisher Suppled Citations是由期刊出版商将电子版期刊直接发送给PubMed形成的数据库。每条记录均标有[Record as supplied by publisher]的标识,这些记录每天都在不停地向In Process Citations数据库中传送。一旦被追加至In Process Citations数据库中,将被赋予一个MEDLINEUI号和[MEDLINE record in process]标识,原来的[Record as supplied by publisher]被取消。
(八)CliniWeb International(/cliniweb)
由美国Oregon Health Sciences(OHSU)1995年研制开发,是一个基于一体化医学语言系统(UMLS)――医学主题词树状结构表疾病分类体系的临床医学引擎,收录1万多个临床医学网站和网页。内含的Saphire International98是一个用于查找UMLS超级叙词表的搜索引擎,可以用英语、法语、德语、西班牙语、葡萄牙语和俄语进行检索,为从主题分类途径检索提供了较合适的入口。

文献检索复习题

文献检索复习题

一、名词解释(20分,每题4分)1、标准文献:是标准化工作的产物,是一种具有约束力的法律文献,同时也是生产和科研的共同依据。

2、科技期刊属于周期性出版物,具有品种多、数量大、报道速度快、内容新颖、能及时反映当前科技水平的特点。

科技期刊是人们传递科技信息,交流学术思想使用的最基本、最广泛的手段。

是一类重要的文献源。

3、信息的存储就是将搜集到的一次信息,经过着录其特征而形成的款目,并将这些款目组织起来成为二次信息的过程。

4、:中国法是一部等级体系分类法,按照从一般到具体、从简单到复杂的原则,进行划分和概括,形成了一个秩序井然、层层展开的概论等级体系。

5、文献工整理将大量分散的、无序的原文文献加以帅选,加工整理,按文献特征进行提炼、浓缩、简化、编译成系统的工具性文献。

如文摘、索引、书目。

填空(30分,每空1分)二、1. 获取原文的途径有以下四种:通过期刊主办机构或出版机构网站获取原文、通过搜索引擎获取原文、通过全文数据库获取原文和通过免费电子期刊网站获取原文。

2. 科研论文文题的构成要素有: 明确研究对象、突出研究目的、标明研究方法和阐述主要贡献3. 论文的正文包括五大部分:前言、方法、参考文献、结果和讨论。

4. 文献按载体可划分为:印刷型文献、缩微型文献、机读型文献、实物型文献、声像型文献。

5.期刊的文献特征有:刊名和编辑单位不变、定期出版,多为双月刊、有连续编号、一般不再版和重印6. CNKI数字图书馆提供多种检索途径:导航检索、主题词检索、二次检索、检索途径、高级检索。

7. 存储信息的主要形式为文献。

8. 记录知识或信息的物质载体叫文献。

三、单项选择题(请将正确答案的序号填在括号内,每题2分,共20分)BADCC CBCCB ACCCA1. 广义的信息检索包含两个过程()A 检索与利用B 存储与检索C 存储与利用D 检索与报道2. 下列哪种文献属于一次文献( )A 科技报告B 百科全书C 综述D 文摘3. 下列哪种文献属于二次文献( )A 专利文献B 学位论文C 会议文献D 索引4. 下列哪种文献属于三次文献( )A 标准文献B 学位论文C 数据手册D 文摘5. 少量载有某一学科大量有关文献的叫()A 科技图书B 科技期刊C 核心期刊D 科技报告6. 以下作为检索工具的是()A 零次文献B 一次文献C 二次文献D 三次文献7. 系统化了的信息叫()A 情报B 知识C 载体D 文献8. 以下作为检索对象的是()A 零次文献B 一次文献C 二次文献D 三次文献9. 以下作为情报研究成果的是()A 零次文献B 一次文献C 二次文献D 三次文献10. 广义的信息检索包含两个过程()A 检索与利用B 存储与检索C 存储与利用D 检索与报道11. 国际标准书号定长为()位数字A 10B 12C 8D 912. 期刊论文记录中的“文献出处”字段是指:()A 论文的整理B 论文整理的工作单位C 刊载论文的期刊名称及年卷期、起止页码D 收录论文的数据库13. 按执行功能分,下列不属于标准文献的是:()A 强制性标准文献B 一般性标准文献C 基础标准文献D 推荐标准文献14. 以下检索出文献最少的检索式是()A a and bB a and b or cC a and b and cD (a or b) and c15. 《中国图书分类法》(简称《中图法》)是我国常用的分类法,要检索数理科学方面的图书,需要在()类目下查找。

一体化医学语言系统 (UNIFIED MEDICAL LANGUAGE SYSTEM, UMLS)

一体化医学语言系统 (UNIFIED MEDICAL LANGUAGE SYSTEM, UMLS)
自然现象或过程自然现象或过程影响影响自然现象或过程自然现象或过程解剖学异常解剖学异常影响影响生理功能生理功能生物学功能生物学功能影响影响生物体生物体relatedconceptsfilemrrelrelatedconceptsfile概述概述专家词典是为满足专家词典是为满足专家专家自然语言处理系统自然语言处理系统对词汇对词汇信息的需求而开发的信息的需求而开发的每条词或术语包括专家自然语言处理系统所必须的句每条词或术语包括专家自然语言处理系统所必须的句法法形态及字型信息形态及字型信息
《中图法》 《MeSH》 《ICD》
第三节:语义网络
语义类型:
语义网络为超级词表中的每个概念至少提供一 种语义类型
通过134种语义类型,为在超级词表中的所有概 念提供一种目录组织结构。
Macroaggregated Albumin
第三节:语义网络
语义类型
语义类型的结构是等级制的,其顶层分为“物”和“事” 两大类,由此层层展开。
由于术语Atrial Fibrillaion 和 术语Auricular Fibrillation 是
同义词,因此都连接到同一 个CUI。
CUI
C0004238
LUI L0004238
Atrial Fibrillation Atrial fibrillations
Atrial Fibrillation Atrial Fibrillations Auricular fibrillation
每一个语义类型有一个等级号。如“诊断过程”的等级 号是B1·3·1·2。
此外,每一个语义类型还赋予一个语义类型代码,这些 码并无实质意义。
第三节:语义网络
第三节:语义网络
A 物 (T107) 1.实质性物(T072) 1.生物体 (T001) 1.植物 (T002) 1. 海藻(T003) 2.真菌(T004) 3.病毒(T005) 4.立克次氏体或衣原体(T006) 5.细菌(T007) 6.动物(T008) 1.无脊椎动物(T009) 2.有脊椎动物(T010) 1.两栖类(T011) 2.鸟类(T012) 3.鱼类(T013) 4.爬行动物(T014) 5. 哺乳动物(T015)

医疗知识库概念架构

医疗知识库概念架构

医疗知识库1 知识库1.1概念知识库是知识工程中结构化,易操作,易利用,全面有组织的知识集群,是针对某一(或某些)领域问题求解的需要,采用某种(或若干)知识表示方式在计算机存储器中存储、组织、管理和使用的互相联系的知识片集合。

这些知识片包括与领域相关的理论知识、事实数据,由专家经验得到的启发式知识,如某领域内有关的定义、定理和运算法则以及常识性知识等。

1.2特点1)知识库中的知识根据它们的应用领域特征、背景特征(获取时的背景信息)、使用特征、属性特征等而被构成便于利用的、有结构的组织形式。

知识片一般是模块化的。

2)知识库的知识是有层次的。

最低层是“事实知识”,中间层是用来控制“事实”的知识(通常用规则、过程等表示);最高层次是“策略”,它以中间层知识为控制对象。

策略也常常被认为是规则的规则。

因此知识库的基本结构是层次结构,是由其知识本身的特性所确定的。

在知识库中,知识片间通常都存在相互依赖关系。

规则是最典型、最常用的一种知识片。

3)知识库中可有一种不只属于某一层次(或者说在任一层次都存在)的特殊形式的知识——可信度(或称信任度,置信测度等)。

对某一问题,有关事实、规则和策略都可标以可信度。

这样,就形成了增广知识库。

在数据库中不存在不确定性度量。

因为在数据库的处理中一切都属于“确定型”的。

4)知识库中还可存在一个通常被称作典型方法库的特殊部分。

如果对于某些问题的解决途径是肯定和必然的,就可以把其作为一部分相当肯定的问题解决途径直接存储在典型方法库中。

这种宏观的存储将构成知识库的另一部分。

在使用这部分时,机器推理将只限于选用典型方法库中的某一层体部分。

1.3本体,知识库,语义搜索语义搜索,是指搜索引擎的工作不再拘泥于用户所输入请求语句的字面本身,而是透过现象看本质,准确地捕捉到用户所输入语句后面的真正意图,并以此来进行搜索,从而更准确地向用户返回最符合其需求的搜索结果。

知识库是语义搜索引擎进行推理和知识积累的基础和关键,而本体(Ontology)则是知识库的基础。

UMLS在信息检索系统中的应用

UMLS在信息检索系统中的应用
8 3 5 1 7 1 8个 不 同 的标 准化 概 念 名 称 ( L U I s ) ; 1 6 9个 来 源词 表 。共有 2 1种语 言 。 ( 2 ) 组 织 的层次 性 与统 一性 : 超 级叙 词 表 除对 多
机化 的情 报检 索语 言集 成 系 统 , 它不 仅是 语 言 翻译 、 自然 语 言处理 及语 言规 范化 的工 具 ,而 且是 实 现跨
Ab s t r a c t : T h e p a p e r b i r e l f y i n t r o d u c e s t h e t h r e e ma i n c o m p o n e n t s o f U n i i f e d Me d i c l a L a n g u a g e S y s t e m ( U ML S ) : me t a t h e s a u r u s ,
s e ma n t i c n e t w o r k a n d s p e c i li a s t l e x i c o n .I t b a s e s o n P u b Me d a n d i t s i n d e x i n g l a n g u a g e Me S H t o s t u d y o n ma i n a p p l i c a t i o n s o f UML S
使用 问题 。 从 而 克服 2个 障碍 : 一是 不 同机读 资 源和 不 同人群 对 同一 概念 表达 的差异 ;二 是信 息 在 网络 中不 同数 据库 之 间传播 的困难 …。 U ML S同时是计 算
语、 涵义 、 关 系 的广 泛集 成 。其具 有 以下特 点 : ( 1 )来 源 的广泛 性 和异 构性 :在 2 0 1 2年 1 1 月 1 5 1 3 发 布 的新 版 U ML S ( 版本代号为“ 2 0 1 2 A B ” ) 中, 超 级叙 词表 包含 2 8 8 6 4 2 3个概 念 ; l 1 2 5 4 0 5 1万个 概 念 名称 ( A U I ) ; 9 3 2 9 4 9 1个 不 同概 念名 称 ( S U I s ) ;

国外常用医学搜索引擎介绍

国外常用医学搜索引擎介绍

国外常用医学搜索引擎介绍1.Medical Matrix医源/Index.aspMedical Matrix 是一种由概念驱动的免费全文智能检索工具,包括4600多个医学网址,1994年由堪萨斯大学创建,现由美国Medical Matrix LLC主持,是目前最重要的医学专业搜索引擎。

它是一个可免费进入的I nternet临床医学数据库,提供了关键词搜索和分类目录搜索,最适合临床医师使用。

分类目录搜索是它的主要特色,按各种医学信息分为专业(Specialties)、疾病种类(Diseases)、临床实践(Clinical Practic e)、文献(Literature)、教育(Education)、健康和职业(Healthcare and Professionals)、医学计算机和Inter net技术(Medical Computing,Internet and Technology)、市场(Marketplace)等8大类。

每一大类下再根据内容的性质分为新闻(News)、全文和多媒体(Full Text/Multi-Media)、摘要(Abstracts)、参考书(Textbook s)、主要网址(Major Sites/Home Pages)、操作手册(Procedures)、实用指南(Practice Guidelines/FAQS)、病例(Cases)、影像学和病理切片(Images、Path/Clinical)、患者教育(Patient Education)、教育资源(Educ ational Materials)等亚类。

2.Medscape(医景,)/美国公司Medscape公司1994年研制,1995年6月投入使用,由功能强大的通用搜索引擎AltaVista支持,可检索图像、声频、视频资料,至今共收藏了近20个临床学科25000多篇全文文献,拥有会员50多万人,临床医生12万人。

医药学专业搜索引擎简介

医药学专业搜索引擎简介

1
HON
1996
2
Medical Matrix
Medical World Search
1994
3
1977
•分类导航 •检索
病人、医 护人员
序 号
搜索引擎 名称
建立 主要功能 时间
面向主要 用户群体
特点
4
•分类导航 •检索 Medscape 1995 •医学新闻 •教育培训
临床医师
会员制(必须注册后才 能检索和查看全文); 资源类型丰富;教育培 训功能;专家观点 (perspective)
图6-4 Medical Matrix 主页
关键词检索ຫໍສະໝຸດ 特色链接分类导航高级检索界面
• 与HON相比,功能相对简单,主要功能是分类导 航和检索。 • 分类目录包括:专业(Specialties)、疾病种类 (Diseases)、临床应用(Clinical Practice)、文献 (Literature)、教育(Education)、健康和职业 (Healthcare and Professionals)、医学计算、因 特网和技术(Medical Computing, Internet and Technology)、市场(Marketplace)八大类。 • 每一大类下再根据内容的性质分为新闻(News)、 全文和多媒体(Full Text/MultiMedia)、期刊 (Journals)、参考书(Textbooks)、网址和主页 (Major Sites/ Homepages Guidelines/FAQS)、 CME、患者教育(Patient Education)、论坛 (Forums)等亚类。
图6-5 Medical World Search 主页

基于UMLS的医学资源库语义扩展检索系统架构

基于UMLS的医学资源库语义扩展检索系统架构
S e mR e p 用 来提取生物 词汇和短语 中的语义类 型。U ML S 提供 了 WE B A P I 来访 问这三个工具 , 也可 以下载这些工具 的安 装程序本
地安装 使用 。在这些工具 中, Me t a Ma p 是S K R工具 的核心 , 可以作为用户和超级叙词表之 间的桥梁 。

于这些 词表之间的映射结构 , 使 这些 不同的术语系统之 间能够彼 此转 换。 U ML S 主要 由超级叙词表 、 语义 网络 、 专家词典三个组件
构成 。
超 级叙词表是 U ML S 的基础 。是 由来 自各种受 控词表 的概念和术 语 以及 它们 之间 的关 系所构成 的集 合 ; 超级叙词表 中收录
i d ( 乙酰水杨 酸) 、 C a n c e r ( 癌症 ) 和 Ma l i g n a n t o f n e o p l a s m( 恶 性肿瘤 ) 、 S c a r ( 伤疤) 和C i c a t r i x ( 疤痕 ) 分别都是 同义词 , 但是各 自都 是完
全不 同的关键 词。所 以按照关键词搜 索不 可避免的会影响搜索 的查全率和查 准率 。
除 了上述工 具 以外 , U MI S 的超级叙 词表和语 义网络 中的数据可 以通 过两种方式 直接访 问 , 一种是安装 Me t a mo p h o r S v s 程序 ,
在生物 医学领 域中 , 名词和术语 比较多 , 一词多义现 象和多词一义现象很 多。除此之外 , 还有大量 的术语之 间的语 义联系 , 比
如词 的上 下位关 系 , 关联关 系 , 难 以通 过关 键词搜索表现 出来。所 以, 在搜索模块 中 , 有必要 引人一个 生物医学领域统一 的可控术

一体化医学语言系统 (UNIFIED MEDICAL LANGUAGE SYSTEM, UMLS)

一体化医学语言系统 (UNIFIED MEDICAL LANGUAGE SYSTEM, UMLS)
和相关文献分散于不同数据库等问题造成的检索困 难。
In The Beginning… in 1986 that is… NLM Created…
The Unified Medical Language System, a longterm research & development project to build a “Unified” Medical Language System
第一节:概述
知识源:包括四种,即超级词表、语义网络、 信息源图谱和专家词典。
超级词表是生物医学的概念、术语、词汇及其涵义、 等级范畴的集成。
语义网络是为建立概念、术语间相互关系而设计的, 它为超级词表中的所有概念标明了类别和语义类型。
信息源图谱是一个有关各种生物医学数据库的范围、 位置、词表、语法及获取条件的信息。
专家词典则包括英语词汇数据库及其配套程序。相 互联系,结合使用的一个整体。
UMLS Distribution
Annual updates since 1990 Plan to distribute quarterly updates Free, but requires a license agreement Full UMLS available: ▪ CD-ROM ▪ ftp from the Knowledge Source Server ▪ Application Programming Interface (API) ▪ Knowledge Source Server (KSS)
一体化医学语言系统
(Unified Medical Language Syste什么?它是干什么用的? 它由哪些部分组成? 各个部分的结构是什么? 什么是CUI、LUI、SUI? 什么是语义类型?什么是语义关系? 在什么具体情况下可以使用它?

一体化医学语言系统概述及其对规范中国医学术语的借鉴作用-腾修

一体化医学语言系统概述及其对规范中国医学术语的借鉴作用-腾修

一体化医学语言系统及其对规范我国医学术语的借鉴作用朱彦慧腾吉斯(全国科学技术名词审定委员会,北京100717)摘要:由美国国立卫生院开发创立的一体化医学语言系统已成为世界上最全面的医学术语系统,它包括四个组成部分:元叙词表、语义网络、专家词典与相关词典项目、支持性软件工具,并拥有17个语言版本。

一体化医学语言系统不仅为全球使用者搜索文献提供便捷,也为我国电子病历的实施提供术语学基础。

关键词:一体化医学语言系统,术语The UMLS and Its Reference to Standardize Chinese Medical TerminologiesZHU Y anhui Tengjisi( National Committee for Terms in Sciences and Technologies, Beijing, China 100717) Abstract: Has been developed for over two decades by U.S. National Institute of Health, with its 17 linguistic versions, the Unified Medical Language System (UMLS) has become the most universal medical terminology system. It includes the Metathesaurus, Semantic Network, SPECIALIST Lexicon and associate lexicon program, supporting software tools. The UMLS provides convenience for literature retrieval and the implementation of the national electronic medical record.Keywords: UMLS; terminology在当前众多的术语数据库中,一体化医学语言系统(the Unified Medical Language System)以收词量大,涵盖面广,语言版本多而备受瞩目。

医学一体化语言系统(UMLS)

医学一体化语言系统(UMLS)

S0016668 Atrial Fibrillation (preferred)
S0016669 Atrial Fibrillations
L0004327 (synonym) Auricular Fibrillation Auricular Fibrillations
S0016899 Auricular Fibrillation (preferred)


概念组织: 叙词表是依据概念(concept)或涵义(meaning) 组织起来的,其根本目的是将相同概念的交替名称 和不同形式联系在一起,并识别不同概念之间的联 系。因此,可以说概念是超级叙词表组织系统的中 心。保留原有词表中概念与关系,同时增加了一个 新的关联。整合成一个庞大的可控的知识库。 对于同一概念的不同术语以及不同的变异形式,超 级叙词表采用三级结构模式,即概念(I 级)-术语 (II 级)-词串(III 级),将一个概念的多种不同术 语连同多个变异词串有序地组织在一起。对于不同 的概念,超级叙词表采用多种“关系”概念如相关 概念、组配概念、共现概念等来描述不同概念之间 的关系。
二、UMLS的组成
超级叙词表(Metathesaurus)
语义网络(
Semantic Network) 情报源图谱(Information sources Map ISM) 专家词典(Specialist Lexicon) 四个部分组成。这四部分紧密联系、 不可分割,构成了一个有机的整体。
(4)词表的不完备性影响了标引的质量。词 表的更新赶不上时代发展的步伐。庞大的词 表,使标引速度大大地降低。 (5 )标引员与检索员都必需熟悉词表才能工 作,使用非常不便。因此,必须发展使用电 脑来进行自动标引。早在1956年,美国的 H.P.Luhn就开始了文献自动标引的试验; 60年代初,美国的G.Salton教授在自动标引 方面取得了令世界瞩目的成就。 中医药文献数据库在多年的建库过程中,深 刻体会到标引工作的复杂性与耗时、人、财 量。

中国医学语言体系整体进度

中国医学语言体系整体进度

中国医学语言体系整体进度1目标和意义该研究第一阶段的目标是建立一个基于计算机管理的“统一的中国医学语言系统”,该系统由中国医学用语数据库、中国医学用语语义网络系统、中国医学用语与标引检索语言对应转换系统3个部分组成。

该系统将为实现中文生物医学文献计算机标引和分类,加快文献处理速度,提升文献处理的准确性和一致性提供良好的支撑环境;同时将最大限度地跨越语言表达的差异性和相关信息的分散性,为生物医学信息一体化检索提供有效的帮助。

该系统的实现将使传统的中文医学文献处理和检索发生根本性的变革。

2国内外研究现状美国国立医学图书馆自1986年开始研制统一的医学语言系统(UnifiedMedicalLanguageSystem,UMLS),其目的在于克服计算机生物医学信息检索中相同的概念具有不同的表达方式,有用的信息分散在不同的数据库系统中。

该系统由超级叙词表、语义网络、信息资源及专用词典组成。

其中超级叙词表囊括了“MedicalSubjectHeadings”(医学主题词表)在内的词表、分类表70余种,涵盖了生物医学概念73万项,相关名称15万条。

该系统在计算机辅助文献标引、研制开发相关文献的数据库及具有辅助检索功能的IGM和PubMed信息检索系统方面发挥了巨大作用,提升了计算机自动处理的水准,极大地方便了用户的查询。

国内科技信息界自20世纪90年代后相继进行了分类—主题词一体化词表的研制工作,如国家图书馆编制的《中图法—汉语主题词对照表》,中国医学科学院信息所与图书馆编制的《中图法与MeSH、中医药学主题词对照表》等。

它们的最大特点是标引数据时,可同时完成文献的主题标引和分类标引,并提升了标引的速度和一致性。

3系统的构成与功能3.1中国医学用语数据库该数据库来源于10余种生物医学词表、词典及分类表,可分为以下几种类型。

3.1.1叙词表。

如《医学主题词表》,《中医药学主题词表》,《统一的医学语言系统—超级叙词表》(UMLSMetathesaurus等。

上海中医药大学科技信息中心

上海中医药大学科技信息中心

学习和理解
理解什么是中医药一体化语言系统(TCMLS) TCMLS的作用: 对数据库建设的支持;
建立并补充结构化数据库建库所需的标准表; 与可控词表的关联关系,实现自动标引的抽词; 实现中医药临床诊疗系统中数据与数值规范化应用。
学习和理解
理解什么是中医药一体化语言系统(TCMLS) TCMLS的作用: 对检索查询的支持;
任务与目标
目标:
中医药一体化语言系统的建立将创建一种以高度专业 化、综合化的超级知识库为基础的集各种功能于一体 的情报检索语言模式。
对现有中医药学科的所有信息进行整合,将现有的中 医药标准化语言与术语等按其特有模式存储,并且按 统一方式进行处理,为实现中医药数据信息向知识信 息过渡奠定基础。
项目执行
逐步完善 由于中医药一体化语言系统还是处在一个起步阶段, 很多问题不是一蹴而就的,需要不断的学习、理解、 讨论和调整才能逐步完善,因此其建立是一个比较漫 长的过程。
收获
自我提高
开展了UMLS与TCMLS的比较研究,作为研究生教育和培 养的一个内容,进行了相关课题的研究和硕士研究生论文 的撰写,开展了专题讲座,获得了较好的评价;
学习和理解
理解什么是一体化语言系统(UMLS) 如:
UMLS表示的是什么?它是干什么用的? 它由哪些部分组成? 各个部分的结构是什么? 什么是语义类型? 什么是语义关系? 在什么具体情况下可以使用它?
学习和理解
什么是一体化语言系统(UMLS) 背景:
美国国立医学图书馆(NLM)1986年开始组织研究和开 发的一项长期项目。
学习和理解
理解什么是中医药一体化语言系统(TCMLS) TCMLS与UMLS的异同:

一体化医学语言系统及其对我国的借鉴作用

一体化医学语言系统及其对我国的借鉴作用
t r iolg y t e m n o y s sem. tic u e h t t e a r s S ma t t r SP CI I T lxc n a d a s ca e lx— I n l d s t e Me a h s u u , e n i Ne wo k, E AL S io n s o it i c e e c n p o r m , u p ig s f o rga s p os n o t r o l. h wa e t os T e UM L r vde on e in e f rle a u e r tiv l n h S p o i s c v ne c o i r t r e r a d t e i e t e a mpl—
lg i i v rin , e U i d Me i l a g a e S se ( ML i us c es s t n i dc n u g y tm U S) h s b c me te mo tu i ra me ia n t o h f e aL a e o h s n es l dc l v
关键 词 : 一体 化 医学 语 言系统 , 语 , 术 电子 病历
中 图分 类号 : 0 ; 3 文献标 识 码 : 文章编 号 :6 3— 5 8 2 1 ) 4— 0 5— 4 N4R A 17 8 7 ( 0 0 0 0 1 0
Th e UML n t f r n e t t n a d z h n s S a d Is Ree e c o S a d r ie C i e e Me i a r n lg e d c lTe mi o o i s






体 化 医 学 语 言 系统 及 其 对 我 国的 借 鉴 作 用

国际疾病分类

国际疾病分类

国际疾病分类国际疾病分类(ICD)是标准的诊断工具,流行病学,卫生管理和临床用途。

这包括人口群体的总体健康状况的分析。

它是用来监测疾病和其他健康问题的发生和流行。

它是用来,分类疾病和其他健康问题记录在多种类型的健康和生命的记录,包括死亡证明和健康记录。

除了使存储和检索的诊断信息,为临床,流行病学和质量的目的,这些记录也为世卫组织会员国的国家的死亡率和发病率统计的编制提供了基础。

它是用来报销和资源分配决策的国家。

ICD-10的第四十三届世界卫生大会通过1990年5月,从1994年开始投入使用世卫组织会员国。

11日修订的分类工作已经开始,将持续到2015年。

SNOMED (Systematized Nomenclature of Human and Veterinary Medicine referenceTerminology) 是为了满足医学信息处理的广泛要求,在原SNOMED3.5版的基础上加入新的设计理念,于2000年面世的新产品。

SNOMED RT的设计思想、基本构成、应用前景以及它与原SNOMED 3.5版、UMLS及其它医学术语标准的关系。

医学系统命名法,临床术语,是当前国际上广为使用的一种临床医学术语标准。

这套术语集,提供了一套全面统一的医学术语系统,涵盖大多数方面的临床信息,如疾病、所见、操作、微生物、药物等,可以协调一致地在不同的学科、专业和照护地点之间实现对于临床数据的标引、存储、检索和聚合,便于计算机处理。

同时,它还有助于组织病历内容,减少临床照护和科学研究工作中数据采集、编码及使用方式的变异。

对于临床医学信息的标准化和电子化起着十分重要的作用。

采用SNOMED CT的计算机应用程序示例电子病历计算机化医嘱录入,如电子处方或实验室检验项目申请录入重症监护病房远程监控实验室检验结果报告急诊室表格记录癌症报告基因数据库SNOMED临床术语(SNOMED CT)是最全面的,多语种的临床医疗术语在世界上。

中医药学语言系统

中医药学语言系统
统一的医学语言系统是计算机化的情报检索语言集成系统,它不 仅是语言翻译、自然语言处理及语言规范化的工具,而且是实现 跨数据库检索的词汇转换系统,它可以帮助用户在联接情报源, 包括数字化的病案记录、书目数据库、事实数据库以及专家系统 的过程中,对其中的电子式生物医学情报作统一的检索。
2.2.统一的医学语言系统的发展阶段
4.发生于…情况下
4.穿过
4. 1.…的进程
(3)功能上相关 5.使用
1.影响
6.现象表达
1. 1管理
7.证实
1. 2治疗
8.…的结果、效果
(4)时间上相关 1.与…同时发生 2.先于…发生 (5)概念上相关 1.…的评价 2.…的程度、等级 3.分析 3. 1分析评估…的影响 4.…的测量值 5.测量 6.诊断 7.…的特性 8.…衍生的 9.…的发育阶段 10.…的方法 11.…的概念部分 12.…之中的焦点问题
1992年至今为统一的医学语言系统的应用阶段
其研究的重点是围绕统一的医学语言系统所进行应用开 发,不断扩展和修订统一的医学语言系统的三个组成部 分,发行修订统一的医学语言系统三个组成部分的年度
版,建立健全产品体系。 1996年统一的医学语言系统 新增了一个组成部分,即“专家词典”(Specialist
H.等级关系链isa 1. 3干扰
R.相关关系链
1. 4并发
(1)物理上相关 1. 5与…相互作用
1.…的部分
1. 6预防
2.由…组成
2.带来、造成
3.包含
2. 1产生
4.与…相连
2. 2引起
5.分开
3.执行
(2.)空间上相关 3. 1实施
1.位于…
3. 2展示
2.与…相邻

医学一体化语言系统(UMLS)

医学一体化语言系统(UMLS)

(4)词表的不完备性影响了标引的质量。词表的更新赶不上时 代发展的步伐。庞大的词表,使标引速度大大地降低。
(5 )标引员与检索员都必需熟悉词表才能工作,使用非常不便。 因此,必须发展使用电脑来进行自动标引。早在1956年,美 国的H.P.Luhn就开始了文献自动标引的试验;60年代初,美 国的G.Salton教授在自动标引方面取得了令世界瞩目的成就。
概念组织:
叙词表是依据概念(concept)或涵义(meaning) 组织起来的,其根本目的是将相同概念的交替名称 和不同形式联系在一起,并识别不同概念之间的联 系。因此,可以说概念是超级叙词表组织系统的中 心。保留原有词表中概念与关系,同时增加了一个 新的关联。整合成一个庞大的可控的知识库。
1986-1988的第一阶段,其研究和开发的重点是调查用户需求、 开发研究工具、 确定UMLS的性能及其实施方案、界定系统组 成等。在此阶段主要界定了UMLS的三个组成部分即超级叙词 表、语义网络、情报源图谱,并且进行了包括Mesh、 SNOMED、CMIT和PDQ词表在内的联接试验。
1989-1991年为UMLS的发展阶段,其开发的重点是迅速研制 和发行三个UMLS产品的试验版,同时继续开展用户调查和 UMLS功能开发。
对于同一概念的不同术语以及不同的变异形式,超 级叙词表采用三级结构模式,即概念(I 级)-术语 (II 级)-词串(III 级),将一个概念的多种不同 术语连同多个变异词串有序地组织在一起。对于不 同的概念,超级叙词表采用多种“关系”概念如相 关概念、组配概念、共现概念等来描述不同概念之 间的关系。
二、UMLS的组成
超级叙词表(Metathesaurus) 语义网络( Semantic Network) 情报源图谱(Information

一体化医学语言系统UMLS概述

一体化医学语言系统UMLS概述

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1 2
专家辞典是超级叙词表建立和维护所需的生物医学词汇库
3
• 是在NLM自然语言专家处理系统(NLP)项目基础上研发的, 覆盖范围包括 常见的英语单词和生物医学词汇,含有约45万条生物医学及常用英语词汇 条目,80余万条词汇变化形式。
句法: • 将若干词组合
起来创建出某 种含义;
词法: • 词的变化规则、
L0018681 headache
A1641293 Cranial Pain (MeSH) S1680378 Crania8053 HEAD PAIN CEPHALGIA(DxP) S0375902 HEAD PAIN CEPHALGIA
distinct concept name
distinct normalized concept names sources (distinct source families by language) sources contributing concept names languages contributing concept names
足词性变化需求。
9
通过语义网络和词法工具,将不同来源的术语集最终集成到 超级叙词表中
第一步
第二步
第三步
第四步
第五步
• 使用词法工具 • 将同义词术语
(Lexical
分组到概念中
Tools)处理术
语和代码
• 通过语义网 络中的语义 类型对概念 进行分类
• 结合源词汇表 • 以通用格式
(vocabularie
3
来源术语 AUI


字符串
SUI




念 原型化术语 LUI
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概念组织:
叙词表是依据概念(concept)或涵义(meaning) 组织起来的,其根本目的是将相同概念的交替名称 和不同形式联系在一起,并识别不同概念之间的联 系。因此,可以说概念是超级叙词表组织系统的中 心。保留原有词表中概念与关系,同时增加了一个 新的关联。整合成一个庞大的可控的知识库。
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二、UMLS的组成
超级叙词表(Metathesaurus) 语义网络( Semantic Network) 情报源图谱(Information sources
Map ISM) 专家词典(Specialist Lexicon)
四个部分组成。这四部分紧密联系、 不可分割,构成了一个有机的整体。
大家好
1
医学一体化语言系统 (UMLS)
中研信公司
2
前言
20世纪中叶是情报语言学研究中人工语 言发展的鼎盛时期,20世纪末叶是人工 语言与自然语言相结合的新兴阶段。
自然语言由于存在词汇的同义、多义现 象,词汇的模糊性和不确定性,词汇量 的巨大,词间关系不明晰等问题,不可 能单纯使用它进行检索,所以需要用一 种受控检索语言对检索和标引所用的词 汇进行控制,把用户的语言和标引人员 的语言统一起来。 由于信息量的扩充, 给人工语言的处理带来了很大的困难。
中医药文献数据库在多年的建库过程中,深 刻体会到标引工作的复杂性与耗时、人、财 量。
5
为实现自动标引与自由检索,以及数据 库的深层次加工与数据挖掘。现行方法 有二个方面。
数据库结构的拆分与细化。 语言处理。
美国国立医学图书馆研制了统一的医学 语言系统(Unified Medical Language System,UMLS),其目的在于克服计算 机生物医学信息检索中相同的概念具有 不同的表达方式,有用的信息分散在不 同的数据库系统中。
来源:这些概念和词来自60 多个生物医学受控词表、 术语表、分类表、专家系统中的词汇、词典及工具性词 表等,如Mesh表及其葡萄牙语、西班牙语、法语、德 语、俄语等各种译本、 《医学系统化术语表》、 《国 际疾病分类》修订第 10 版及其他各版、 《护理诊断分 类》、麻省总医院研制开发的DX plain专家系统、 《多 兰氏图解医学辞典》、 《校对词表》3.1 版等。 10
过程
1986-1988的第一阶段,其研究和开发的重点是调查用户需求、 开发研究工具、 确定UMLS的性能及其实施方案、界定系统组 成等。在此阶段主要界定了UMLS的三个组成部分即超级叙词 表、语义网络、情报源图谱,并且进行了包括Mesh、 SNOMED、CMIT和PDQ词表在内的联接试验。
1989-1991年为UMLS的发展阶段,其开发的重点是迅速研制 和发行三个UMLS产品的试验版,同时继续开展用户调查和 UMLS功能开发。
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(4)词表的不完备性影响了标引的质量。词 表的更新赶不上时代发展的步伐。庞大的词 表,使标引速度大大地降低。
(5 )标引员与检索员都必需熟悉词表才能工 作,使用非常不便。因此,必须发展使用电 脑来进行自动标引。早在1956年,美国的 H.P.Luhn就开始了文献自动标引的试验; 60年代初,美国的G.Salton教授在自动标引 方面取得了令世界瞩目的成就。
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( 1 )超级叙词表
超级叙词表是生物医学概念、术语、词汇及其等级范畴 的广泛集成。“Meta”意即超越、含盖。
1997年第8版的超级叙词表收录了来源于30多种生物医 学词表和分类表的能表达33万多个概念的739439个词 汇,2001年12版收录了83万个概念,190万个词。到 2002 年 , 第 13 版 超 级 叙 词 表 收 录 了 776940 个 概 念 共 210万个词。
92年至今为应用阶段 ,1996年UMLS新增了一个组成部分即 “专家词典”。在此阶段,许多研究机构利用UMLS 进行基于 Internet的应用开发,如决策支持系统DX plain、文献检索系统 Web medicine、临床Web搜索系统Clin web、医学世界检索 Medical world search以及集成化的Med weaver等。同时进行 了NLM/AHCPR大规模词汇测试。
3
(1)工作量大。因为其工作繁难,国外的信息检 索系统中有75%的运行费用要用于人工标引。 (2)效率低。标引员要正确标引一篇文献,往往 要耗时一个半小时以上。
(3)一致性差。美国的Cleverton曾做过一些试 验,他指出:两组人为同一主题编出的叙词表, 其中词的同一率仅60%。两位有经验的标引员 用同一叙词表对同一篇文献进行标引,其标引 词的同一率仅有30%左右。两个在同一库中用 同一检索系统检索同一问题的人,检索出的结 果的同一率仅有40%。两位科研人员根据同一 提问判断一组指定文献的相关性,其同一率不 会超过60%。
6
一、UMLS的建立与发展过程
建立目的:
旨在建立一个计算机化的可持续发展的生物医学检索语言集成系 统和机读情报资源指南系统,其目的在于提高计算机程序“理解” 用户提问中生物医学词汇语义的能力,并利用这种理解帮助用户 检索和获取相关的机读情报。UMLS是计算机化的情报检索语言 集成系统,它不仅是语言翻译、自然语言处理及语言规范化的工 具,而且是实现跨数据库检索的词汇转换系统,它可以帮助用户 在联接情报源,包括计算机化的病案记录、书目数据库、事实数 据库以及专家系统的过程中对其中的电子式生物医学情报作一体 化检索。是使医疗卫生专业人员和研究工作者能够通过多种交互 检索程序,克服由于不同系统语言差异性和不同数据库相关情报 的分散性所造成的诸多情报检索问题,帮助用户从电子病案系统、 书目数据库、图像数据库、事实数据库、专家系统等各种联机情 报源中检索和获取综合性或特定性的情报信息。 主要解决:1) 同一概念由于不同的人或在不同的数据库中可能会有不同的表达 7
对于同一概念的不同术语以及不同的变异形式,超 级叙词表采用三级结构模式,即概念(I 级)-术语 (II 级)-词串(III 级),将一个概念的多种不同术 语连同多个变异词串有序地组织在一起。对于不同 的概念,超级叙词表采用多种“关系”概念如相关 概念、组配概念、共现概念等来描述不同概念之间 的关系。
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