一体化医学语言系统 (UNIFIED MEDICAL LANGUAGE SYSTEM, UMLS)

教学内容
第一节：概述
UMLS的目标和作用
第二节：超级词表
基本概念和结构
第三节：语义网络
基本概念和结构
第四节：专家词典
适用范围和结构
第一节 概述
开发背景：信息系统“各自为政”。 计算机病案系统：使用SNOMED或ICD组织信息。 书目文献数据库：PubMed使用MeSH表。 事实数据库：OMIM 专家系统：Dxplain
第二节：超级词表 Metathesaurus
• Concepts, terms, and attributes from many controlled “vocabularies” controlled “vocabularies”
• in a common explicit database format e format • New inter source relationships, definitional information, use information
第一节：概述
知识源：包括四种，即超级词表、语义网络、 信息源图谱和专家词典。
超级词表是生物医学的概念、术语、词汇及其涵义、 等级范畴的集成。
语义网络是为建立概念、术语间相互关系而设计的， 它为超级词表中的所有概念标明了类别和语义类型。
信息源图谱是一个有关各种生物医学数据库的范围、 位置、词表、语法及获取条件的信息。
存在问题：
同一概念在不同的数据系统中会有不同的表达方式； 数据库系统分散所造成的检索不完整的问题 。
第一节 概述
fibrillation Atrial fibrillation
ICPC2-ICD10 Thesaurus ICD-9-CM
AF
NCI Thesaurus
AFib
MedDRA
Atrial fibrillation (disorder) SNOMED Clinical Terms atrium
一体化医学语言系统
（Unified Medical Language System, UMLS)
崔雷
教学目标
UMLS表示的是什么？它是干什么用的？ 它由哪些部分组成？ 各个部分的结构是什么？ 什么是CUI、LUI、SUI？ 什么是语义类型？什么是语义关系？ 在什么具体情况下可以使用它？
“概念”是超级词表的组织系统的核心。超级词表是依据概念 （concept）或涵义(Meaning)为中心组织起来的，从根本上 说，其目的是要将同一概念的各种名称（同义词）和形式（单复 数、形容词等）联系在一起，并标识不同概念之间的关系。
一个概念的多种表现：同义词与复数
Collection of terms in the concept
• Scope determined by combined scope of source vocabularies
超级词表的组成
收录范围：2003年7月，包括了100多种的生物医学词 表和分类表。900，551种概念，250万个概念名称。
包括如下类型：
病历管理系统词表 疾病和疾病过程的分类表 专业词表：包括与精神病学、护理、医疗器械、药物副作用等数据有关的
disease; Hodgkin Hodgkins disease Hodgkin Disease Hodgkin's disease, unspecified Hodgkin's disease, unspecified type Hodgkin's disease (clinical) Hodgkin's disease NOS, unspecified site Hodgkin's disease NOS (disorder) Hodgkin's sarcoma (clinical) Hodgkin's sarcoma NOS Hodgkin's sarcoma of unspecified site Hodgkin's sarcoma of unspecified site (disorder) Hodgkin's sarcoma-unspec. site Hodgkin lymphoma Lymphogranuloma, Malignant Lymphogranulomatosis Lymphogranulomatosis, malignant Lymphomas Hodgkin's disease
The UMLS is not a gigantic and comprehensive medical vocabulary
The UMLS is a relational database connecting by concept ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱver 60 vocabularies, thesauri, medical problem lists, etc.
词表。 专家系统或联机数据库中的疾病术语：如麻省总医院的专家系统Dxplain,
孟德尔人类遗传学联机数据库、临床癌症事实型数据库等。 信息检索系统使用的词表，如MeSH及其各种译本、美国国会图书馆标题
表。 医学词典，如多兰氏医学词典、医生现行工作术语。 工具性词表：如校对词表等。
超级词表的构建
专家词典则包括英语词汇数据库及其配套程序。相 互联系，结合使用的一个整体。
UMLS Distribution
Annual updates since 1990 Plan to distribute quarterly updates Free, but requires a license agreement Full UMLS available: ▪ CD-ROM ▪ ftp from the Knowledge Source Server ▪ Application Programming Interface (API) ▪ Knowledge Source Server (KSS)
第一节 概述
让用户能够方便地把分离的信息系统中的信息 集中起来，从而帮助医务人员从大量的信息源 中检索和合成电子化的生物医学信息。
1986年，美国国立医学图书馆Donald Lindberg 开始组织研究和开发的一项长期项目。
第一节：概述
具体手段：
UMLS项目开发了机读型的“知识库”。 将其广泛应用于应用程序之中，以克服因词表不同
和相关文献分散于不同数据库等问题造成的检索困 难。
In The Beginning… in 1986 that is… NLM Created…
The Unified Medical Language System, a longterm research & development project to build a “Unified” Medical Language System