Cytoscape使用方法

Cytoscape Quick Start

1.安装JDK1.6

32位下载地址：

/webapps/download/AutoDL?BundleId=83383

64位下载地址：

/webapps/download/AutoDL?BundleId=83385

2.安装Cytoscape2.8.3

下载下址：

/download.html

3.打开Cytoscape 软件，根据菜单导入*.ppi.txt 文件数据：

File —> Import —> import network from table（Text/MS Excel）会弹出导入文件的对话框，在对话框中做设置如下：

（1）Input file: 选择文件路径

（2）Source interaction: column 1

（3）Target interaction: column 2

（4）Preview: 单击 column 3，此列会变绿，说明此列已可用

（5）单击 Import

4. 根据菜单调整网络

打开互作数据后，点击如下菜单，调整过程如下（可根据自己的爱好或要表达的信息来

调整网络）：

1）view ——> Show Graphics Details ####将基因的名字显示在节点上

2）Layout ——> Cytoscape Layouts —> Force-Directed Layout —> unweighted

3）Plugins ——> Network Analysis —> Analyze Network，弹出如下窗口：

4）如图所选，Treat the network as undirected —> OK ，会弹出如下窗口：

5）如上图，点击 Visualize Parameters（用户也可了解网络的其他属性，如Node Degree Distribution 等，具体信息和意义可以参考cytoscape 的在线帮助或联机帮助），弹出如下图：

（1）Map node size to: degree

（2）Map node color to: Clustering Coefficient

（3）Map edge size to: column 3

5. 结果说明

互作网络中节点(node)的大小与此节点的度(degree)成正比，即与此节点相连的边越多，它的度越大，节点也就越大。节点的颜色与此节点的聚集系数(clustering coefficient)相关， 颜色梯度由绿到红对应聚集系数的值由低到高；聚集系数表示此节点的邻接点之间的连通性 好坏，聚集系数值越高表示此节点的邻接点之间的连通性越好。边(edge)的宽度表示此边连 接的两个节点间的互相作用的关系强弱，互相作用的关系越强，边越宽。