常用生物软件大汇总

常用生物软件大汇总

序列综合分析

Vector NTI Suite8.0

不喜欢装备各种专业性强的软件,而希望用一个综合性的软件代替的同志可以选择本软件。本阶段的大部分功能它都有。该软件具体特有良好的数据库管理(增加、修改、查找,对要操作的数据放在一个界面相同的数据库中统一管理。软件中的大部分分析可以通过在数据库中进行选定(数据->分析-

>结果(显示、保存和入库三步完成。在分析主界面,软件可以对核酸蛋白分子进行限制酶分析、结构域查找等多种分析和操作,生成重组分子策略和实验方法,进行限制酶片段的虚拟电泳,新建输入各种格式的分子数据、加以注释,输出高质量的图像。Ve ctor NTI Suite

还有以下独立的分析程序,完成相关分析。这些独立的程序,可以通过选定->分析- >

结果三步调用。

l 3DMol-显示PDB格式分子的三维结构

l Align X-序列相似性比较

l Align Xblocks-序列局部完全相同比较

l ContigExpress-将小片段拼装成长序列

l GCGConverter-GCG格式文件转换成NTI的格式

l PubMed/Entrez Search-搜索PubMed、PDB、GenBank

l Back Translation-核酸->蛋白->核酸反向翻译的工具

l Matrix Editor-矩阵数据编辑

l Tools Manager-

连接其他程序和网络连接的界面。分成Align、Analyze、Assemble、Tools四部分。

DNAStar5.03即著名的Lasergene Suite,由EditSeq MegAlign、GeneQuest MapDraw PrimerSelect Protean SeqMan

II七个模块组成,该软件的MegAlign模块,可以对多达64000的片段进行拼装。整个拼装过程即时显示,并提示可能的完成时间。拼装结果采用序列、策略等方式显示。DN Astar是哈佛大学医学院是使用的序列分析软件,可见其功能强大。

Omiga2.0实际上,大部分对核酸蛋白的序列分析功能,在O miga

2.0中都能找到;而且界面非常友好。Omiga作为强大的蛋白质、核酸分析软件,它还兼有引物设计的功能。主要功能:编辑、浏览、蛋白质或核酸序列,分析序列组成。用Clu stal.

W进行同源序列比较,发现同源区。实现了核酸序列与其互补链之间的转化,序列的拷贝、删除、粘贴、置换以及转化为RNA链,以不同的读码框、遗传密码标准翻译成蛋白质序列。查找核酸限制性酶切位点、基元(Motif及开放阅读框(ORF,设计并评估PCR、测序引物。查找蛋白质解蛋白位点(Proteolytic

Sites、基元、二级结构等。查寻结果可以以图谱及表格的显示,表格设有多种分类显示形式。利用Mange快捷键,用户可以向限制性内切酶、蛋白质或核酸基元、开放阅读框及蛋白位点等数据库中添加或移去某些信息。每一数据库中都设有多种查寻参数,可供

选择使用。用户也可以添加、编辑或自定义某些查寻参数。可从M acVectorTM、Wisconsin

PackageTM等数据库中输入或输出序列。另外,该软件还提供了一个很有特色的类似于核酸限制酶分析的蛋白分析,对蛋白进行有关的多肽酶处理后产生多肽片段。

DS gene :Omiga 2.0的换代产品,accelrys公司Discovery studio系列,accelrys

公司的insight II,GCG是业内蛋白分析和核酸分析的权威软件,DS gene是G CG

的个人机简版,功能强大,而且可以直接与GCG服务器相连。由于受到vector NTI 的界面影响,DS gene与Omiga2.0相比界面有了很大的改变。

DNASIS for Windows2.5版是日立软件公司(Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd.97年推出的一个功能强大的序列分析软件。包含有大部分分子生物学软件的常用功能,可进行DNA,RNA,蛋白质序列的编辑和分析,甚至还能进行质粒作图、数据库查询等功能,足可满足一般实验室的要求。在DOS时代,DNASIS

7等版本便是流传甚广并曾给过许多人以帮助的分子生物学软件,因此我们有理由期待Win版的DNASIS会带给我们惊喜。

DNASIS MAX 1.0 DNASIS

2.5的更新换代产品。综合序列分析软件,体积比上一个版本一下膨胀了许多。界面风格也改变了很多。

DNATools5.1与O miga, DNAsis,

PCgene等软件属于同一类的综合性软件,操作简单功能多。DNATools设计的用户友好、强壮,以便快速、方便地获取、贮藏和分析序列及数据库查询获得的序列相关信息。DNATools包容性很好,能把几乎所有文本文件打开作为序列。当程序不能辨别序列的格式时(通过寻找常用序列格式的特征,会显示这个文件的文本形式,以便你编辑生成正确的蛋白质或DNA序列,编辑后可以再被载入程序。若你的序列是DNAToo ls格式时(DNA或寡核苷酸序列,程序不加注解的载入序列,程序模式调整成可以接受载入的数据类型(蛋白质、DNA和寡核苷酸引物序列。在一个项目中可以加入几千个序列或引物,并在整个项目中分析这些序列及标题。这个程序的一个特点是给每个序列或引物添加文本标题。这样就可以用自定义的标题识别序列,而不必通过它们的文件名。

Bioedit一个具有序列简单分析和序列对比功能的软件。该软件有一个简单亲切的界面,集成其他已经很有效果的序列比对软件。另外该软件还有很多有用的相关站点连接。虽然该软件看起来结构简单,但却又很强的可充性,可以自由整合许多软件, 例如viewtree.

Jellyfish2.1

只水母不简单,可以用来进行DNA翻译,序列排队比较,限制酶消化,提交序列进行BL AST,研究项目管理等。操作十分简单,只需拖动与点击便可。Genetools

Genebio公司的核酸序列分析软件,虽然不及vect NTI 和DS gene强大,它具有r epeat

/vect find 使其他分析软件所不具有的,值得一提的是该软件具有的CpG

island分析。DNAMAN

限制酶分析,引物设计,对排(aligment,翻译,数据库操作,Blast,序列装配(Sequence assembly.易学易用,操作方便。

十一、数据统计类软件

SAS世界排名第一,专业性极强,能做各种统计,是FDA唯一批准有效的统计软件。但人机对话不方便,主要是类似DOS下的命令操作,最新的8.0版本,稍有改进,鼠标操作性较好,若今后能进一步改进操作的话,其应用将大大广泛。是专业统计人员的首选软件。

SPSS,世界排名第二,最新版本11.01,其特点:功能强大,易于操作,简单明了,人机对话方便,数据库接口丰富,最新SPSS可以读出SAS数据,是业余人员的首选。最新版本纠正以往的不稳定、运行速度慢的缺点。11.0运行速度是

10.0的十倍以上,主要原因是SPSS公司将原有的内核全部更换了。但SPSS分为不同

版本,如basic

版、standard版和a dvance版。许多复杂的统计功能只在advance版中才出现,如复杂多元相关、神经网络统计,而前两版中许多复杂统计并没有(可能为了便于安装使用吧,1 1.0的basic版约60M,standard约110M-

150M,而高级版本则几百M。象SAS完成安装则达6张CD!因而绝大多数人不可能使用它全部功能。因而常规建议是SPSS+origin6.0一个统计,一个作图,而且二者数据可以通用,效果很好!

statisitic:最新10.0,运行速度最快,模块化操作,不同统计数据有不同界面风格,使

用方便,目前国内有很多用户。但其知名度在前二者之下,对一般用户可以考虑选用。