ABI公司测序仪
ABI Solid Sequencing
ABI SOLid SequencingSolid技术Solid测序技术是ABI公司于2007年开始投入用于商业测序应用的仪器。
它基于连接酶法，即利用DNA连接酶在连接过程之中测序。
它的原理是：图a. Solid测序技术1.DNA文库构建片段打断并在片段两端加上测序接头，连接载体，构建单链DNA文库。
2.Emulsion PCRSolid的PCR过程也和454的方法类似，同样采用小水滴emulsion PCR，但这些微珠比起454系统来说则要小得多，只有1um。
在扩增的同时对扩增产物的3’端进行修饰，这是为下一步的测序过程作的准备。
3’修饰的微珠会被沉积在一块玻片上。
在微珠上样的过程中，沉积小室将每张玻片分成1个、4个或8个测序区域（图a）。
Solid系统最大的优点就是每张玻片能容纳比454更高密度的微珠，在同一系统中轻松实现更高的通量。
3.连接酶测序这一步是Solid测序的独特之处。
它并没有采用以前测序时所常用的DNA聚合酶，而是采用了连接酶。
Solid连接反应的底物是8碱基单链荧光探针混合物，这里将其简单表示为：3’-XXnnnzzz-5’。
连接反应中，这些探针按照碱基互补规则与单链DNA模板链配对。
探针的5’末端分别标记了CY5、Texas Red、CY3、6-FAM这4种颜色的荧光染料（图a）。
这个8碱基单链荧光探针中，第1和第2位碱基（XX）上的碱基是确定的，并根据种类的不同在6-8位（zzz）上加上了不同的荧光标记。
这是Solid的独特测序法，两个碱基确定一个荧光信号，相当于一次能决定两个碱基。
这种测序方法也称之为两碱基测序法。
当荧光探针能够与DNA模板链配对而连接上时，就会发出代表第1，2位碱基的荧光信号，图a和图b中的比色版所表示的是第1，2位碱基的不同组合与荧光颜色的关系。
在记录下荧光信号后，通过化学方法在第5和第6位碱基之间进行切割，这样就能移除荧光信号，以便进行下一个位置的测序。
Illumina、454、ABI测序仪比较
Illumina 、454 、ABI 测序仪比较Illumina 测序仪Illumina 公司的新一代测序仪Genome Analyzer 最早由Solexa 公司研发，利用其专利核心技术“DNA 簇”和“可逆性末端终结（reversible terminator ）”，实现自动化样本制备及基因组数百万个碱基大规模平行测序。
Illumina 公司于2007年花费6亿美金的巨资收购了Solexa ，就是为了促成Genome Analyzer 的商品化。
Genome Analyzer 作为新一代测序技术平台，具有高准确性，高通量，高灵敏度，和低运行成本等突出优势，可以同时完成传统基因组学研究（测序和注释）以及功能基因组学以及功能基因组学 （基因表达及调控，基因功能，蛋白/核酸相互作用）研究。
Genome Analyzer 自上市以来，已经为千人基因组计划立下了赫赫战功。
今年早期，荷兰科学家利用它首次绘出女性的基因组图谱。
而就在前两周，家利用它首次绘出女性的基因组图谱。
而就在前两周，《《Nature 》杂志上一连出现三个人类基因组图谱：炎黄一号-第一个亚洲人图谱；第一个癌症病人图谱；第一个非洲人图谱。
它们全是依赖Genome Analyzer 完成的。
哗，一下就来仨！这和第一个人类基因组图谱的13年形成了多么鲜明的对照。
根据去年底的数据，Genome Analyzer 已售出约200台，估计是市场占有率最广的。
前不久，华大基因再添置了12台，准备放在香港和深圳的实验室，至此华大基因已经有29台Genome Analyzer 。
而著名的麻省理工学院和哈佛大学Broad 研究院拥有47台Illumina 测序仪。
众多实验室之所以选择Illumina ，看中的无疑是Genome Analyzer 的高性价比。
上个月，Illumina 将Genome Analyzer II 升级到Genome Analyzer IIx ，距年底实现单次运行获得95 GB 数据的宏伟目标又近了一步。
ABI 3500xL基因分析仪操作流程
ABI 3500xL基因分析仪操作流程一、标准测序反应（一）质粒测序标准实验流程1．对质粒DNA的质量和浓度要求纯度：OD 260/OD 280= 1.6~2.0，用量：每反应150~300 ng。
2．测序PCR 反应标准反应体系：3．测序产物纯化：使用Edge Bio收集柱进行纯化。
（1）离心850g，3min柱子，弃掉收集管，换新的EP管。
（2）将待纯化样品加到柱子中间，注意不要加到离心柱侧壁上。
（3）离心850g，3min，弃掉柱子，即得纯化产物。
（4）取10 µL Hi-Di Formamide加入96孔板中，再加入10 µL待测样品，振荡混匀离心。
（二）PCR 产物测序标准实验流程1．对PCR 产物的要求纯度：OD 260/ OD280=1.6~2.0，用量：每反应10~100 ng。
强烈建议在测序前，先纯化PCR产物。
2．PCR产物的测序PCR 反应标准反应体系：3．测序产物纯化：方法同上。
二、上机测序（一）启动系统1.打开电脑，检查电脑右下角处3500监控状态是否正常启动。
2.打开3500 xL仪器电源，等待仪器自检，指示灯由黄色变为绿色即为自检完成。
3.启动电脑桌面Data collection software。
4.检查维护提醒：浏览维护提醒，若已完成点击。
5.检查耗材状态：点击“Refresh”，更新后检查仪表盘上各种耗材的状态（POP7、ABC、CBC和毛细管），若指示针在可用范围内则可继续，若在指示针在红色区域中，则需更换耗材后再继续。
6.仪器预热：点击仪表盘上的“Start Pre-heat”按钮预热炉子和泳道。
（二）放置待测样品1. 检查确保橡胶隔板均通透后，将其小心盖在加有待测样品的96孔板上，注意孔对孔盖好。
2. 将板子放入板架中，盖好固定盖，确保所有孔都一一对齐，即组装好测序板子。
3. 按仪器的TRAY按钮，使托盘出仓，之后将组装好的板子放入自动采样器中，注意有标记的一侧面对操作者。
ABI3730xl型测序仪日常维护标准操作规程(SOP)
检查胶瓶中的胶以确认有足够的胶完成实验
每天或每次实验前
检查泵胶块和下胶块以确认其未松动
每天
清洁仪器表面、实验台表面
每天
检查毛细管旋钮，连接管螺帽和阀门以防止泄露
每天
每星期
维护工作
频率
使用Change Polymer向导换胶
每星期或需要时
检查旧毛细管的储存条件
每星期
使用注射器抽取20ml去离子水，清洗泵头的密封圈
每次实验前
更换溶液槽中的Buffer和水，确认槽的外围是干燥的
每48小时或每20个runs
更换water和waste溶液槽中的水，确认槽的外围是干燥的
每天或每20个runs
检查泵上下block、连接管、胶管和各通道中是否有气泡，使用Bubble Remove向导除去气泡
每天或每次实验前
检查毛细管的取样末端以确认其未损坏
每星期
使用去离子水浸泡胶垫，用自来水冲洗后再用去离子水洗一遍
每星期或需要时
每月
维护工作
频率
运行Water Wash向导，不管有无气泡，冲洗毛细管端口
每月或需要时
检查旧毛细管的储存条件
每月或需要时
每年
维护工作
频率
对机器内部进行除尘清洁，光路校正等整体保养
每年或需要时
需要时
维工作
频率
清洁漏液托盘
需要时
更换毛细管
需要时
去除毛细管末端已经干掉的胶，使用双蒸水湿润的无纤维布
需要时
使用无屑的棉球沾上无水乙醇轻轻擦拭毛细管检查窗口两端
每季度或空间、光谱校正时
ABI3730xl型测序仪日常维护标准操作规程(SOP)
ABI公司相关仪器简介
• 触摸屏
• 多种规格：
样品基座升降温速度3.9℃5 ℃ /s
见微知著 去伪存真
60-Well 96-Well & 96-Well Fast 384-Well
Genetic Analyzer
• 1986年全球第一台测序仪370 373 377 310（1996年，第一台毛细管） 3100-avant, 3100 3130, 3130xl （中、高通量） 3730， 3730xl（生产规模）
见微知著 去伪存真
7500 Real-Time PCR System
见微知著 去伪存真
• 五色荧光技术 • 新型光路设计检测更
多荧光标记FAM™/SYBR®
Green I, VIC®/JOE, NED™/ TAMRA™/ Cy3®, ROX™/Texas
Red®,和Cy5®
• 96-well • Standard-小于2hs
降温速度4.1℃/s
• 9700技术
• 2h 25min • 26*52*30，12kg • GeneAmp 快速PCR
通用试剂&96孔快速 反应板
见微知著 去伪存真
Veriti TM Thermal Cycler
• PCR仪的革新
• 9700 & VeriFlex TM Blocks——6个独立的温 度模块
见微知著 去伪存真
Thank You！
见微知著 去伪存真
见微知著 去伪存真
2720 Thermal Cycler
样品基座升降温速度 2.7℃/s
• 9700技术
• 价格优惠
• 小巧21*36*22，6.1kg， 散热装置在仪器后面
• 可计算Tm值，确定引物 的退火温度
abi测序仪的测序原理和操作规程
ABI型DNA测序仪的测序原理和操作规程DNA序列测定分手工测序和自动测序，手工测序包括Sanger双脱氧链终止法和Maxam-Gilbert化学降解法。
自动化测序实际上已成为当今DNA序列分析的主流。
美国PE ABI公司已生产出373型、377型、310型、3700和3100型等DNA测序仪，其中310型是临床检测实验室中使用最多的一种型号。
本实验介绍的是ABI PRISM 310型DNA测序仪的测序原理和操作规程。
【原理】 ABI PRISM310型基因分析仪(即DNA测序仪)，采用毛细管电泳技术取代传统的聚丙烯酰胺平板电泳，应用该公司专利的四色荧光染料标记的ddNTP(标记终止物法)，因此通过单引物PCR测序反应，生成的PCR产物则是相差1个碱基的3''''''''末端为4种不同荧光染料的单链DNA混合物，使得四种荧光染料的测序PCR产物可在一根毛细管内电泳，从而避免了泳道间迁移率差异的影响，大大提高了测序的精确度。
由于分子大小不同，在毛细管电泳中的迁移率也不同，当其通过毛细管读数窗口段时，激光检测器窗口中的CCD(charge-coupled device)摄影机检测器就可对荧光分子逐个进行检测，激发的荧光经光栅分光，以区分代表不同碱基信息的不同颜色的荧光，并在CCD摄影机上同步成像，分析软件可自动将不同荧光转变为DNA序列，从而达到DNA测序的目的。
分析结果能以凝胶电泳图谱、荧光吸收峰图或碱基排列顺序等多种形式输出。
它是一台能自动灌胶、自动进样、自动数据收集分析等全自动电脑控制的测定DNA片段的碱基顺序或大小和定量的高档精密仪器。
PE公司还提供凝胶高分子聚合物，包括DNA测序胶(POP 6)和GeneScan胶(POP 4)。
这些凝胶颗粒孔径均一，避免了配胶条件不一致对测序精度的影响。
它主要由毛细管电泳装置、Macintosh电脑、彩色打印机和电泳等附件组成。
ABI_3730xl测序仪简介-01
基因分型
2008年基因分型样本量为30000个； STR,SNP,CNV遗传标记
ABI 3730xl测பைடு நூலகம்仪简介
生物医学研究院 5楼 联系电话：54237651 联系人：夏明英，李士林
主要特性（一）
- 内置一体化自动进样器及样品孔打孔装置； - 内置样品板条形码自动识别； - 100次（9600个样品）运行试剂一次上机； - 自动碱基识别与质量评分判定； - 动态铂金内镀毛细管壁；
12406G
4833T 10646G 4491C
7028T
12705T 14569G
5301T 15607A 9824A 5178A
4715T 5417G 3010T 4216T 663A 11719A
3730xl的总结
基因检测：
2008年对4万个样本进行测序
检测碱基数达到2千4百万个
现可检测的PCR产物长度为600-1000bp
- 氩离子激光光源； 实现实时的、空间连续的测量；可以保证返回的光信息能够达到探测的量级。 激发波长为488nm和514.5nm
毛细管规格: 96道毛细管 毛细管长度: 50cm 凝胶的规格: POP-7液体分离胶
配套的试剂: 基因测序(BigDye3.1v和5×Sequence buffer)
1000样本
10小时
测序的原理
DNA测序的双脱氧链末端合成终止法. Sanger法测序的原理：
用DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物，直到掺入一种链终 止核苷酸为止。 每一次序列测定由一套四个单独的反应构成，每个反应含有所有四种脱 氧核苷酸三磷酸(dNTP)，并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸 (ddNTP)。 由于ddNTP缺乏延伸所需要的3‘-OH基团，使延长的寡聚核苷酸选择性地 在G、A、T或C处终止，终止点由反应中相应的双脱氧而定。每一种 dNTPs和ddNTPs的相对浓度可以调整，使反应得到一组长几百至几千碱 基的链终止产物。 它们具有共同的起始点，但终止在不同的的核苷酸上，可通过高分辨率 变性凝胶电泳分离大小不同的片段进行检测。
常用的五种基因测序仪器的比较
四、测序仪之——ROCH-454
SOLID的双碱基编码矩阵
两个碱基共同决定一 个颜色，可以极大的 提高测序的准确率
五轮测序反应反应后，按照第0、1位，第1、2 位... …的顺序把对应于模板序列的颜色信息连起来， 就得到由“0，1，2，3…”组成的SOLiD原始颜色序 列。
2. ABI SOLID的特性
• 无以伦比的通量 目前SOLiD 3系统单次运行能产生50 GB的人基因 组序列数据，相当于基因组的17倍覆盖度，这显 然是其他任一台新一代测序系统都无法达到的
测序仪器 3730XL
所采用测序技术
鸟枪Sanger测 序法 毛细管 电泳技术
校错方法
高通量
主要用于KB～MB 级别的测序
ABI SOLiD 微乳液PCR扩增 双碱基编码
连接酶法测序
技术
最高可达180 GB
优势方面
常规测序， 高准确度
第二代测 序仪中准 确度最高
Solexa GA
桥式PCR技术 合成测序法
加入DNA聚合酶和带有4种荧光标记的dNTP。 每个循环掺入单个碱基。用激光扫描反应板表 面，读取所聚合上去的核苷酸种类。之后，将 这些基团化学切割，恢复3′端粘性，继续聚合第 二个核苷酸。如此继续下去，直到每条模板序 列都完全被聚合为双链。这样，就可以得知每 个模板DNA片段的序列。
桥式PCR
2. Illumina GA的特性
上市时间
2002年 2007年 1月
2007年
2005年 2008年
2月
ABI3130测序仪技术指标
3130 技术指标1.工作条件1.1温度要求：15-30℃1.2湿度要求：20-80%1.3电源：220-240V+/- 10%,50-60Hz +/- 10%2.总则全自动遗传分析仪可用于DNA序列测定、序列比较和基因型自动分析和SNP分析。
3.主要技术指标3．14道全自动毛细管电泳系统3．2采用激光光源双束激发装置，保证能量信号高度均一。
3．3检测系统采用高灵敏度的低温CCD装置3．4光栅同步分光装置，更换染料不必更换硬件设备3．5全球专利的五色荧光检测技术3．6自动灌胶装置、自动上样装置3．7局部恒温的检测部件3．8可实现24小时无人监控连续运行3．9一块板可同时进行测序和片段分析3．10一种管子一种胶可同时进行测序和片段分析（测序性能技术要求）3．11DNA序列分析精度98.5％或以上，长度可达950bp或以上3．1224小时测序量达164样品数以上，碱基数>82,0003．13测序试剂可常规做不少于16倍稀释3．14有针对困难模板的专用试剂盒3．15有针对人类功能基因再测序的配套试剂盒系统3．16有通用于1400多种细菌和900多种真菌分型的微生物鉴定试剂盒（片段分析技术要求）3．17可同时进行5色荧光的实时检测3．18片段分析分辨率：精确度达±0.15bp；3．19可进行大规模STR研究，24小时可分析1万个以上STR基因型。
3．20可进行大规模SNP的系列研究，24小时可进行1.5万个SNP分析。
3．21电泳操作温度：18℃-65℃，适合进行变性胶电泳的SSCP突变分析。
3．22有基于STR的全基因组连锁分析和疾病基因定位研究的全套引物和配套试剂盒。
3．23有适用于亲子鉴定和个体识别的法医配套试剂盒，通过FBI认证3．24有适用于单泳道10/48重SNP位点检测的配套试剂盒数据分析软件要求3．25测序软件要求：每一碱基判读均有国际公认的质量评分系统（Phred Q20），精确度达98.5%真实反映峰高比例，能精确自动辨认杂合子位置，不漏检采用Oracle数据库，满足高通量分析，24小时测序分析达84,000碱基数3．26序列比对、拼接软件：SeqScape2.1，适合于不同生物种类基因组快速检测变异位置全自动、高通量，无序列数量限制，自动批处理，可后期编辑，直接兼容Genebank文件格式3．27片段分析软件要求：高速、高通量，每小时可处理5万以上基因型可自动剔除干扰峰，不需要人工修正，输出表格简单易懂采用Oracle 数据库，可以大规模搜索和管理数据有现成五色荧光片段分析参数设置,可方便进行亲子鉴定，连锁分析，SNP分析3．28计算机工作站要求计算机工作站：处理器Pentium IV，2GHz，内存（RAM）1GB，Windows XP，彩色屏幕17英寸，硬盘双36GB，带有CD/RW光驱4.必备附件.,4.14道毛细管阵列：内径小，使用寿命达300次以上，有自动涂层功能4.2DNA测序分离介质：用量节省，容易分装，1ml可支持100个样品测序。
ABI 3730xl测序仪简介-01
基因分型
2008年基因分型样本量为30000个； STR,SNP,CNV遗传标记
测序的原理
DNA测序的双脱氧链末端合成终止法. Sanger法测序的原理：
用DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物，直到掺入一种链终 止核苷酸为止。 每一次序列测定由一套四个单独的反应构成，每个反应含有所有四种脱 氧核苷酸三磷酸(dNTP)，并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸 (ddNTP)。 由于ddNTP缺乏延伸所需要的3‘-OH基团，使延长的寡聚核苷酸选择性地 在G、A、T或C处终止，终止点由反应中相应的双脱氧而定。每一种 dNTPs和ddNTPs的相对浓度可以调整，使反应得到一组长几百至几千碱 基的链终止产物。 它们具有共同的起始点，但终止在不同的的核苷酸上，可通过高分辨率 变性凝胶电泳分离大小不同的片段进行检测。
- 氩离子激光光源； 氩离子激光光源； 实现实时的、空间连续的测量；可以保证返回的光信息能够达到探测的量级。 激发波长为488nm和514.5nm 毛细管规格: 毛细管规格 96道毛细管 道毛细管 毛细管长度: 毛细管长度 50cm 凝胶的规格: 凝胶的规格 POP-7液体分离胶 液体分离胶 配套的试剂: 基因测序(BigDye3.1v和5×Sequence buffer) 配套的试剂 基因测序 和 × 基因分型(Liz120, Liz500, ROX500) 基因分型
SNP遗传标记在SnapSHot反应的结果
原理： 单碱基延伸,单碱基测序.利用延伸引物对PCR产物进行单个碱基的延伸,并引 入尾部的荧光.其荧光的颜色及其荧光出现的位置进行区分其基因型 SnapSHot技术优点： 可以研究样本量少,snp位点多,位点间物理距离较远的SNP检测.
13010G
13263A
ABI3100简介及其常见问题解析
15. 电泳时出现目的片断以外的其他杂峰
原因：主要原因是甲酰胺质量不好，或者是甲酰胺长期在4度放置有降解。 解决方案： 更换质量好的甲酰胺。（确定不是扩增产物。）
16.出现电泳峰
说明：所出现的尖锐的小峰实际上是四种颜色都有的，位置不固定，杂乱无章， 内标中相对明显，影响分析结果。当室温过高时明显会增多，可能是胶中有气泡， 受热膨胀，易形成。严重影响分析结果的建议重新电泳。
脱离buffer超过30min 如有离子影响结果，可用水上样试一次
其它注意事项：
16道毛细管每个run约用胶50μl ，注意在整板上样时查看胶够不够。 做阳性对照和阴性对照。 如所提的DNA浓度大，做PCR时适量少加入模板，防止产物量过大影响电 泳。 每个run加ladder用于分析时校正bin。 实验进行过程中不要一陈不变的遵循操作手册，而是要观察结果，调整内 标及ladder的使用量。（内标高度控制在200 rfu左右，ladder 控制在和内标相 当的高度）
三.数据收集软件的简介 1.开关机器 顺序：电脑，3100机器，收集软件（关机相反）
2.空间校正
空间校正表明在CCD上呈现每一根毛细管发出荧光的正确位置，而不 反应毛细管的任何信息。
更换毛细管，毛细管的被拆卸安装后时要进行空间校正。
3.光谱校正
是为了校正荧光染料发射光谱的重叠，可以消除不同荧光染料间的 相互影响。以下情况必需做校正：机器使用了新的dye set，激光器或 CCD更换，结果不好有 pull up，pull down的峰。
5.结果的存储
先在“我的电脑”的E盘上建一个文件夹用于储存结果，
在数据收集软件中有
可以进行设定。
结果的重新导出：
结果可以重新导出，或将所需要的部分结果重新导出到指定文件夹。
ABIPRISM3730型遗传分析仪基本操作培训
一种毛细管/一种胶，多种应用
从测序切换到片段分析时，无须换胶和毛细管 实验参数由Run Module文件定义
Type of Run
Spatial Calibration Spectral Calibration
Sequencing
Existing Run Modules (Supported in 3100/3100Avant)
Fragment Analysis
35
FragmentAnalysis22_POP4 FragmentAnalysis36_POP4 HIDFragmentAnalysis36_POP4 FragmentAnalysis50_POP4 FragmentAnalysis50_POP6 SNP22_POP4 SNP36_POP4
质粒DNA (200ng/ µL)
引物 (3.2 pmol/µL) BigDye 去离子灭菌水
循环条件
1 µL 1 µL 8 µL 10 µL 总体积 20 µL
96 °C 1 min → (96 °C 10 sec → 50 °C 5 sec → 60 °C 4 min) x 25个循环 →4 °C保温
信号更强，测序更长 峰间距更均匀，序列判读更准确 峰高更均匀，杂合子判读更准确 困难模板测序的成功率更高
z 从v1.0、v2.0到v1.1不必做光谱校正 z 从v3.0到v3.1不必做光谱校正 z 从v1.0、2.0、1.1到v3.0、3.1要做光谱校正
9
质粒测序的反应体系
标准反应体系
4
DNA测序的原理
DNA测序基本过程
通过一种特殊的PCR反应（测序PCR），使 DNA分子大量复制，而且复制过程平均地在 每一个碱基上终止，在每一个位置上都有一 部分反应被终止，也有一部分反应继续进行
ABI3100简介及其常见问题解析
2.分析数据 添加要分析的文件夹：
panel
Size standard
Analysis method
分析后如果如下图所示：不通过，查找原因。
查看原始数据：
查看内标：
结果所得图形：
分析工具栏：
实际原因：
气泡引起的峰 使信号达到饱 和，显示不通 过。
解决方案：
尽量保证胶及 通道中没有气 泡。
（下图是放大 图）
3. 软件提示：Bad dye order detected. 表现：
实际原因：引物峰过高，检测范围包括引物峰部分。 解决方案：调整检测范围到引物峰之后，包括所有目的峰。
4. 软件提示：Failed quality check: q=0.93807 is less than minQ threshold (0.95000) 表现：
为保证DNA片段分离的重复性，必须包埋毛细管内壁 以除去电渗流，ABI3100采用能进行DNA分离的POP-4或 POP-6胶线性包埋毛细管内壁，阻止电渗流，使DNA从阴 极到阳极没有液体的流动。毛细管的包埋使之随着时间而 性能有所降低，影响使用寿命。
检测：
一束激光被分成两束从毛细管的两侧同时照亮16根毛 细管，当DNA片段经过检测室时，所带荧光染料被激发， 荧光被检测到，形成胶图。
其他与3130基本相同
主要性能参数：
型号 377 310 3100Avant 3100 3130 3130xl 3730 3730xl
毛细管状态 无 1根 4根 16根 4根 16根 48根 96根
胶的状态 聚丙稀酰胺凝胶 POP-6和 POP-4 POP-6和 POP-4 POP-6和 POP-4 POP-6和 POP-4 POP-6和 POP-4 POP-6和 POP-4 POP-6和 POP-4
ABI公司及Steponeplus优势介绍
美国国应用生物系统公司（简称ABI，老PE公司）是全球最大的生命科学供应厂家，推出全球第一台PCR仪、第一台荧光定量PCR仪、第一台DNA合成仪、氨基酸合成仪和DNA测序仪（基因分析仪），并拥有四项诺贝尔奖奖项。
在定量PCR领域中，ABI是当之无愧的第一品牌！拥有仪器的专利权，并授权给Roche和Bio-Rad等公司。
而ABI作为定量PCR仪的专利拥有者，市场占有率高达70%。
ABI是半导体加热领域的权威，拥有最久的23年半导体制造历史，性能稳定。
良好的口碑使其成为工业化平台的标准。
从老PE开始，ABI就为科学家提供半导体加热PCR仪。
ABI的主要优势1、仪器稳定性ABI定量PCR仪的稳定性已广受好评！目前，ABI与DuPont（杜邦）、Abbott（雅培）合作，为它们生产OEM仪器。
这代表了同行对ABI的肯定，同时也是定量PCR仪领域唯一的OEM 机型。
另外，全国市场占有率超过70%是其稳定性的最好证明。
2、数据精确性和重现性ABI定量PCR仪拥有优秀的数据精确性和重现性。
三大检索中，ABI的荧光定量PCR发表的文章远高于其它品牌。
同时，ABI的定量也受到权威机构的肯定。
如：ABI的定量PCR仪拿到所有的相关认证，得到美国PCR行业协会的肯定。
成为唯一获得FBI（美国联邦调查局）认证的机型，又成为目前FDA（美国食品药品监督局）唯一获得认证的定量PCR仪机型。
另外，ABI 定量PCR仪是中国公安部在公检法系统唯一指定机型，用于亲子、犯罪现场等检测。
3、应用的广泛性ABI拥有完整的解决方案和全套的软件。
ABI提供包括超过500万个预先设计好的人和小鼠的全基因组SNP试剂盒；提供约100万个人基因表达试剂盒；，以及超过2,400个药物代谢基因分型分析产品等。
软件方面，ABI提供专利的Primer Express3.0引物和探针设计软件和独立的基因表达相对定量软件、用于SNP分析的AutoCaller软件、用于拷贝数分析的CopyCaller软件，另外提供MicroRNA专业分析软件系统。
ABI2720型PCR仪操作说明
ABI2720型PCR仪操作说明步骤1：仪器准备1.将PCR仪器放置在水平平稳的工作台上，并将电源插头插入电源插座。
2.按下仪器背面的电源开关，启动PCR仪。
3.等待仪器预热，一般需要5-10分钟，预热完成后仪器将显示主界面。
步骤2：设置PCR参数1.在主界面上，按下"MENU"按钮进入菜单设置界面。
2. 使用向上和向下按键选择"Parameters"或"PCR Parameters"选项，并按下"ENTER"按钮确认选择。
3. 在"PCR Parameters"界面上，使用向上和向下按键选择所需的PCR参数（如温度、时间等），并使用"ENTER"按钮进行确认。
4.根据实验需求，设置PCR反应的循环次数、片段长度和目标温度等参数，并按下"ENTER"按钮进行保存。
步骤3：加载PCR反应混合液1.打开PCR仪器上方的盖子，将PCR反应试管架放入仪器中。
2.打开PCR反应试管架，按需加载PCR反应混合液。
确保试管中的液体不超过标记线并避免发生交叉污染。
3.关闭PCR反应试管架，再次关闭PCR仪器的盖子。
步骤4：启动PCR反应1.在主界面上，按下"START"按钮启动PCR反应。
2.PCR仪开始进行温度循环，显示当前温度和剩余循环次数等相关信息。
3.完成PCR反应后，PCR仪会发出声音提示。
步骤5：结束PCR反应1.在PCR反应完成后，按下"STOP"按钮停止PCR反应。
2.打开PCR仪器盖子，将PCR反应试管架取出。
3.检查PCR反应结果，可以通过凝胶电泳等方法进行分析。
步骤6：关闭仪器1.按下仪器背面的电源开关，关闭PCR仪。
2.拔出电源插头，结束操作。
总结：ABI2720型PCR仪是一种操作简单、功能强大的PCR仪器。
AppliedBiosystems美国应用生物系统公司
A
Threshold Cycle (CT)
B
70M copies
7 copies
Slope = -3.4 R2 = 0.9991
No. PCR cycles
No. copies
Stem-loop RT-PCR miRNA assays 高度的重现性
美国应用生物系统公司为您的研究提供全套解决方案
Targeted Workflows 研究方向
Applications 应用领域
Gene Discovery 基因发现 Target Validation 靶物验证 Functional Analysis 功能分析
Resequencing 基因从新测序
Genotyping 基因分型
克隆法Cloning 杂交法Northern Blot Ribonuclease Protection-based PAGE电泳法 基因芯片法Microarray-based miRNA profiling 上列各种方法均未被证实是有效，准确并且是高度重 现的：不少小RNA间只有一个碱基的不同
TaqMan® MicroRNA 分析方法 发夹状引物的反转录荧光定量PCR
3. 巨大的信息量，最完 整的分类，与NCBI 数据库联动。
200万个SNP试剂盒每一个都经过严格挑 使用方便，成本低，基因组研究的成果
4,172,036 SNPs from all sources (selected w/ evidence of public + Celera Validation on >90 DNAs
*Mature miRNAs are the biologically active form miRNA
ABI测序仪的测序原理和操作规程
ABI型DNA测序仪的测序原理和操作规程DNA序列测定分手工测序和自动测序，手工测序包括Sanger双脱氧链终止法和Maxam-Gilbert化学降解法。
自动化测序实际上已成为当今DNA序列分析的主流。
美国PE ABI公司已生产出373型、377型、310型、3700和3100型等DNA测序仪，其中310型是临床检测实验室中使用最多的一种型号。
本实验介绍的是ABI PRISM 310型DNA测序仪的测序原理和操作规程。
【原理】 ABI PRISM310型基因分析仪(即DNA测序仪)，采用毛细管电泳技术取代传统的聚丙烯酰胺平板电泳，应用该公司专利的四色荧光染料标记的ddNTP(标记终止物法)，因此通过单引物PCR测序反应，生成的PCR产物则是相差1个碱基的3''''''''末端为4种不同荧光染料的单链DNA混合物，使得四种荧光染料的测序PCR产物可在一根毛细管内电泳，从而避免了泳道间迁移率差异的影响，大大提高了测序的精确度。
由于分子大小不同，在毛细管电泳中的迁移率也不同，当其通过毛细管读数窗口段时，激光检测器窗口中的CCD(charge-coupled device)摄影机检测器就可对荧光分子逐个进行检测，激发的荧光经光栅分光，以区分代表不同碱基信息的不同颜色的荧光，并在CCD摄影机上同步成像，分析软件可自动将不同荧光转变为DNA序列，从而达到DNA测序的目的。
分析结果能以凝胶电泳图谱、荧光吸收峰图或碱基排列顺序等多种形式输出。
它是一台能自动灌胶、自动进样、自动数据收集分析等全自动电脑控制的测定DNA片段的碱基顺序或大小和定量的高档精密仪器。
PE公司还提供凝胶高分子聚合物，包括DNA测序胶(POP 6)和GeneScan胶(POP 4)。
这些凝胶颗粒孔径均一，避免了配胶条件不一致对测序精度的影响。
它主要由毛细管电泳装置、Macintosh电脑、彩色打印机和电泳等附件组成。
ABI 3730xl测序仪简介-01
主要特性（ 主要特性（二）
- 高质量测序结果 • 电泳温度 °，去除二级结构的影响； 电泳温度70° 去除二级结构的影响； • 新型 新型Pop-7分离胶，可测 分离胶， 碱基测序长度; 分离胶 可测900-1100碱基测序长度 碱基测序长度 • 新型碱基识别与质量评分软件，提高测序准确性 新型碱基识别与质量评分软件，提高测序准确性; - 最高灵敏度的光路系统 • 毛细管内荧光检测 • 后置超薄 后置超薄CCD检测系统 检测系统 • 双光束双侧激光激发，荧光信号强度高度均一 双光束双侧激光激发， • 高灵敏度提高检测 高灵敏度提高检测DNA的浓度范围 的浓度范围 - 超低成本测序平台 • 高灵敏度减少 高灵敏度减少DNA和测序试剂的使用量。 和测序试剂的使用量。 和测序试剂的使用量 • 胶使用量比 胶使用量比3700少30倍 少 倍 • 高成功率及长读结果减少非电泳相关的整体项目成本 • 更高的自动化减少劳力成本及人为失误的成本
不同测序片段分析
200-250bp（36cm）
300-350bp（36cm）
500-650bp(36cm)
不同测序片段分析
150bp-300bp(50cm)
STR遗传标记的测序结果
AC
具有Ploy-A的片段序列
A
基因分型
原理:在一端引物上标记特定的荧光,通过PCR产物长度大小， 检测基因型. 内标选择: 1、荧光.(引物上物加的荧光的类型)
主要用途（ 主要用途（三）
1、原始数据分析 、 数据收集软件 （随机配置） Data Collection v3.0 Auto-analysis with GeneMapper® v4.0 Seqencing analysing® v5.2 2、基因测序及分型的运行时间 、 96样本 1000样本 1小时40分钟 10小时 (3130xl需要6个小时)
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ABI公司测序仪的应用
, Ph.D.
Technical Product Specialist
chenyd@
提要
DNA测序仪应用概况
ABI遗传分析仪家族
1 4 16 48 96
测序仪三大功能
测序仪可以用来做什么？
Diagram from Celera Genomics
线粒体DNA测序
MITOMAP: A Human Mitochondrial Genome Database.
–Mouse Karyotype ZooWeb-Karyotypes home page Human Karyotype
医学测序
杂合子检测：发现新突变
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细菌和真菌鉴定
MicroSeq® ID Analysis Software
MicroSeq® 500 16S Bacterial Identification Kit MicroSeq® D2 LSU Fungal Identification Kit
DNA Sequencing of the 16S ribosomal RNA gene Classification of Eubacteria, Yeasts,and Filamentous Fungi Sequence polymorphisms Bacterial category A biothreat agents Food pathogens Same day results
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2006-11-17 |
© 2006 Applied Biosystems
SAGE™ Analysis
基因组范围的基因表达图式分析 鉴定转录子(mRNA)
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2006-11-17 |
© 2006 Applied Biosystems
基于测序的HLA配型
Donor / Recipient compatibility prior to tissue transplantation HLA typing products - distributed directly by Celera Diagnostics for research purposes only.
1-866-235-3723
/cdx/HLA_Typing
Referenced to GENBANK: HLA–C 6p21.3 major histocompatibility complex, class I, C.
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功能强大的片段分析
• 片段长度多态性
• AFLP和T-RFLP
• BAC指纹图谱 • 相对荧光定量
• LOH和QMPSF
• 构象分析扫描突变
• SSCP和CSCE
• InVivoScribe B细胞和T细胞clonality • TILLING
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相对荧光定量
细胞淋巴瘤(cell lymphomas) 及其他肿瘤中的等位基因丢失 染色体不平衡 部分和全部染色体丢失
LOH (Loss of Heterozygosity) P53 17p13.1
非遗传的in-vivo LOH
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2006-11-17 |
© 2006 Applied Biosystems
寻找新的SNP位点
Mutation Profiling - SNP Discovery and Analysis
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© 2006 Applied Biosystems
SNP扫描
SNPlex™ Genotyping System
SNaPShot® Multiplex System SNP Validation Linkage Mapping and Association Studies Pharmacogenomic Research
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© 2006 Applied Biosystems
SSCP突变快速扫描
SSCP
Amplify region of interest Heat denature in HiDi formamide and NaOH
A T A T A T
G C G C
Rapidly chill and electrophoresis under non denaturing conditions
G
C
WT Wild Type
20
rfu
MUT
mobility
Mutant
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2006-11-17 |
SSCP Workflow
Post PCR Purification
SSCP data on ABI 3130 Series
植物AFLP®分析
AFLP技术原理
AFLP工作流程
AB公司AFLP相关产品
AFLP Data Generated on AB Systems
Expt1:
Polymorphic peak
Common peak
Experiment 2: AFLP collaboration with U.S. customer
Customer Research Project Goals
Genotypes from AFLP Analysis of Hedysarum Lines
Hedysarum Variety Identification by AFLP Analysis
HO U5 01 09
HO U5 01 18
HO U5 01 11
HO U5 01 14
MicroSeq®细菌鉴定
500 bp试剂盒
全长基因试剂盒
FDA Draft Guidelines
分子生物学手段鉴定微生物
MicroSeq®Microbial Identification Kit
试剂盒组成
细菌鉴定策略
forward
reverse
MicroSeq®工作流程or
样品制备特别简单
MicroSeq®真菌鉴定真菌鉴定试剂盒
rDNA在真菌染色体上的排列
测序目标是D2
强项：MicroSeq®ID 软件
methylSEQr Bisulfite Conversion Kit 甲基化分析
重亚硫酸钠转化试剂盒
Applied Biosystems Products for Each Step of the Workflow
methylSEQr™Bisulfite Conversion Kit。