Image J官方简体中文快速 入门指南
老司机带你解锁ImageJ实用技巧（下）
老司机带你解锁ImageJ实用技巧（下）今天我们继续来聊一聊ImageJ的高阶使用技巧。
问题三、为什么总是全部圈起来的灰度值，有没有大神指导呢求助！本问题涉及免疫印迹（Western Blot）分析，提问者不能分别得到每个条带的值。
灰度值0为纯黑，255为纯白，灰度值与光密度值（OD值）的关系如下图所示：以灰度来统计WB条带的话，无条带的纯白255左右，条带越黑着色越深灰度值反而越小，这与我们的认知不符。
步骤：1. File -> Open -> 打开需要分析的WB条带。
2. Image –> Type -> 8-bit, 将图像转换为8-bit的灰度图片；Image-> Invert，黑白反转，得到如下图片：3. Analyze -> Calibrate, 校正光密度值Function中选择Uncalibrated OD，左下方Global calibration，勾选表示有多张图片打开时对所有图片进行此操作。
否则只对当前图片进行此操作。
4. 在工具栏中选择矩形工具——Rectangular, 最左边的为矩形工具，选择条带：键盘上按数字1，弹出如下提示框：点Yes，键盘上按数字3，得到如下：5. 工具栏中选择直线工具——Straight，下图最右边的为直线工具，按住Shift键使用直线工具画竖线将步骤4的峰进行分割：6. 选择魔棒工具——Wand tool，分别点击分割好的峰，即可得到结果，保存结果（File -> Save as…）即可：7. WB统计分析一般将对照组标准化为100%或1，上述结果6个条带前3个为对照组。
在Excel中，先计算对照组3个的平均值（AVERAGE(B2:B4)）：然后所有B列的数值除以对照组平均值，此时对照组的均值为1：8. 将所得数据放入Graphpad prism绘图即可：拓展：弯曲的WB条带应如何使用ImageJ拉直？1. 使用Segmented line沿着倾斜条带画间断线段：2. 双击Segmented line，设置线段的宽度至包含所有条带：3. 点击菜单栏Edit -> Selection-> Straighten，倾斜的WB条带即可拉直：问题四、如何统计SEM图片小球数量？步骤：1. 打开ImageJ软件，File -> Open打开SEM图片。
imagej使用手册
imagej使用手册
ImageJ是一款功能强大的图像处理和分析软件，使用手册如下：
1. 安装与运行：ImageJ可以在线或下载后运行，只要安装了Java 或更高
版本虚拟机的计算机即可。
支持Windows、Mac OS X以及Linux系统。
2. 显示、编辑、分析、处理、保存和打印图像：ImageJ可以显示、编辑、
分析、处理、保存和打印8位、16位和32位图像。
可读取的图片格式包括TIFF、GIF、JPEG、BMP、DICOM、FITS以及“原始图件”。
支持“堆栈”（以及多维的堆栈），一系列的图片共用一个窗口。
3. 图像处理和测量计算：可以计算用户自定义选择的面积和像素值统计，可以测量距离和角度，可以创建密度直方图和线图。
所有功能在任意倍数下均可使用。
此外，ImageJ是多线程的程序，因此，像图片读取这种较耗时的操作可与
其他操作同时进行。
希望以上信息对您有帮助。
imageJ中文开发教程
二、ImageJ 内部结构
图 1 ImageJ 图象及图象栈的内部表示
上面是一个 ImageJ 的内部结构图， 我们结合该图以 “打开并显示一个图象” 的功能为例说明一下 ImageJ 的工作原理： 1、首先创建一个打开文件类 FileOpener 对象，并调用其 Open 方法。 2、该 Open 方法首先从图象文件中读取像素数据，并放到数组 pixels[]中。 3、随后创建一个 ImagePlus 的对象。如图所见，这个对象成员中包含有一 些指针，指向其他对象： ! 一个图象处理器对象 ImageProcessor 的子类： 该对象主要是提供对 当前 图 象数 据的 处理 操作。 （ 像素 数据 保 存有对 应 的 像素 数 组 pixels[]） 。 ! 一个图象栈对象 ImageStack：用来保存多幅图象数据或图象处理的 中间数据。 ! 文件信息类对象 fileInfo：存有图象的尺寸、位深度等的相关信息。 ! AWT 的图象对象类 img： 通过操作将图象数据映射到 Image 对象上， 实现图象的显示。 ! Frame 窗口类的子类对象 ImageWindow：实现对图象窗口的管理。 上述这些对象在 FileOpener 对象的 open 方法中创建， 并赋予 ImagePlus 中的相应成员：ip,stack,fileInfo,img,win。 4、如果该图象需要显示，则调用 ImagePlus 的 show 方法。
ImageJ 官网（/ij/index.html）上有英文的用户手册和 教程， 以及一些例子。 本教程主要是为看英文比较累的朋友提供一些快速的入门。 如果想在 ImageJ 上开发自己的图象处理算法，建议先熟悉 java 编程知识。本 教程基本不对 ImageJ 菜单中提供的各种文件操作、图象编辑、图象处理、图象 分析等功能作详细介绍， 请读者自行探索；也不准备介绍数字图象处理的各种算 法和操作， 本文假定读者是图象处理方面的专业人士，本教程的重点是如何进行 二次开发，如果不特别指出，文中的部分内容和例子都为 ImageJ 软件包自带或 采自相关书籍（如《数字图像处理-java 语言描述》 ） ，中文注释是后加的。 一、ImageJ 简述 图象处理的流程无外乎就是打开图象数据文件，将图象数据加载到内存，然 后对该内存中的图象数据进行一系列处理（分割、检测、滤波、合成、识别、显 示等等） ，最后可能还需要将处理结果保存成某种格式的文件。 对于一般的用户来说，类似 ACDsee 之类的傻瓜式的软件足够了。但是科 学人士除了希望有广泛的、 成熟的处理算法库可以直接调用外，一般还希望开发 自己的特有的图象处理算法、特有的图象处理 步骤 、 甚至 特有的交互过程。 ImageJ 就是这样的工具软件。 ImageJ 是基于 Java 的， ImageJ 在设计上实现了一个可以扩展的基本框架， 开发人员可以通过其提供的接口来扩展图象处理功能。ImageJ 提供了很多现成 的功能，这些功能可以通过菜单来调用，也可以调用相应的类的方法的 API。 用户只要按照接口要求开发好自己的处理模块，并按照要求部署和配置， Image 就可以自动加载和调用。 ImageJ 是完全开源和免费的，特别适合教学和科研。其关键的特征有： 1、 在菜单上集成了一系列的交互式工具，用于创建、加载、编辑、分析、 处理、保存图象，支持常见的图象文件格式。 目前，ImageJ 主菜单上的集成的主要功能： ! File: 打开、保存、创建新的图象文件。 ! Edit:图象的编辑和绘制操作。 ! Image:图象的修改、转换、几何操作。 ! Process:图象的点运算、滤波器、以及多幅图象之间算法操作。 ! Analysze:对图象数据进行统计分析、 用直方图或其他格式显示出来。 ! Plugin:编辑、编译、执行、管理用户自己定义的插件。 2、 提供简单的插件 机制 ，帮助开发人 员专注 于 自己的图象处理过程的开 发，从而扩展 ImageJ 的功能。 3、 提供宏语言或 javascript 脚本以及解释器，可以通过组合现有的函数， 来实现客户化的处理过程。这种方式不需要用户具有 Java 知识。此外 还有一些使用其他脚本语言扩展的方式。 用户要想在 ImageJ 的基础上扩展自己的图象处理功能、进行二次开发，需 要了解 Image 内部结构。
Image J官方简体中文快速 入门指南
ImageJ 入门by tree_cmu 2011-10-201 Image J 是什么？ImageJ是一个基于java的公共的图像处理软件，它是由National Institutes of Health开发的。
可运行于Microsoft Windows，Mac OS，Mac OS X，Linux，和Sharp Zaurus PDA等多种平台。
其基于java的特点，使得它编写的程序能以applet等方式分发。
ImageJ能够显示，编辑，分析，处理，保存，打印8位，16位，32位的图片，支持TIFF, PNG, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS等多种格式。
ImageJ支持图像栈（stack）功能，即在一个窗口里以多线程的形式层叠多个图像，并行处理。
只要内存允许，ImageJ能打开任意多的图像进行处理。
除了基本的图像操作，比如缩放，旋转，扭曲，平滑处理外，ImageJ还能进行图片的区域和像素统计，间距，角度计算，能创建柱状图和剖面图，进行傅里叶变换。
[1]2 ImageJ可以做什么？概括一下，主要分为以下几个方面：A)图像的区域和像素统计（大小）。
长度，角度。
阳性点密度和数量B)光密度或辉度，并制备密度直方图和线性图。
C)两种蛋白共定位的程度（丁香园有篇专门介绍帖子/bbs/thread/18145886?keywords=image%20J#18145886）D)卷积，Sholl分析，傅里叶分析（这些还不会使用）E)更多功能3 Image 界面[2]界面分为：菜单栏，工具栏和状态栏。
菜单栏菜单栏从左至右分别是：文件，编辑，图形，处理，分析，插件，窗口，帮助。
文件和office word 等软件类似，主要有文件打开，关闭，保存等功能，比较特殊的一个功能是恢复功能（revert），可以直接回到上次保存过的状态。
由于编辑菜单里的取消功能（undo）只能回退一步，所以revert有时会很有帮助。
ImageJ基础操作：给图片添加文字和标注
ImageJ基础操作：给图片添加文字和标注对图片添加标注和文字是科研图片处理中一个非常基础的操作，Image J也可以进行这方面的处理。
01利用描边和填充添加在绘制好选区（几乎只会用到箭头工具）之后选择：Edit-Draw （描边，快捷键Ctrl+D），使用事先设定好的颜色和粗细进行绘制；也可以填充设定好的颜色Edit-Fill（填充，快捷键Ctrl+F）。
文字工具也是如此，在输入文字之后，选择Edit-Draw，可以盖印到原来图片上。
如果要修改颜色、字体、粗细等绘图属性，可以选择Edit-Option-Colors/Fonts/Line Width…进行修改。
当然，其中一些选区工具如Arrow T ools（箭头工具）可以直接双击该工具修改其绘图属性。
颜色的修改还可以双击工具栏中的Color Picker（拾色器）来修改：当然，Fiji也提供简单的绘图工具，包括Pencil Tool（铅笔工具）、Paintbrush T ool（画笔工具）、Flood Fill Tool（填充工具）和Overlay Brush T ool（浮层画笔工具），可以直接或者以Overlay的形式在图片上面进行涂鸦，但是科研图片处理中基本用不到。
每个工具都可以双击进行属性修改。
02 利用ROI Manager添加也可以将标注（文字和箭头等）以选区的形式保存到选区管理器（ROI Manager）里面，勾选Show All，然后利用拼合图层（Flatten）来盖印生成新的图片。
注意：会新生成一个添加了标注的图片。
03 利用Overlay图层添加在利用选区工具和文字工具做好标注之后，还可以使用Image-Overlay-Add Selection（快捷键是Ctrl+B），来建立Overlay图层，最后直接导出成非tif格式图片，获得标注后的图片。
或者建立Overlay图层之后，利用ROI Manager的拼合图层（Flatten）在本图层盖印，再导出成各种位图格式。
粒径统计之从电镜图到数据图——简单而实用的小软件ImageJ（一）
粒径统计之从电镜图到数据图——简单而实用的小软件ImageJ（一）前言：友情提示：大家直接在百度中搜索ImageJ就可以找到这块软件，软件本身也不大，下起来很方便，祝大家使用愉快！ImageJ的功能很多（这是为什么我们选取ImageJ来分享的一个原因），统计粒径的方式也有多种，今天跟大家分享一种最常规的方式——手动统计粒径。
后续我们会对其他的方式也进行一些基本的介绍，敬请期待。
第一步：利用ImageJ打开图片文件。
ImageJ是一个基于java的公共的图像处理软件，它能够处理TIFF, PNG, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS等多种格式的图片（只要将SEM，TEM图片变成这些格式就可以用ImageJ进行处理了）。
操作：点击ImageJ菜单栏中File--Open,找到想要打开的TIF或者JPG文件，将其打开，得到下图右所示界面。
备注：TEM图片有的时候是DM3的格式，需要先通过Gatan DigitalMicrograph（有机会后面也会跟大家进行分享）将其转变为TIF或者JPG格式。
第二步：设置标尺。
标尺对于一个图片的重要性用不着我废话，这里，我只讲操作。
a. 在工具栏中找到画线工具，然后采用它画一条直线，与标尺长度重合；（备注：如果标尺太小，可以通过缩放工具将图片放大之后，再用画线工具画直线）b. 在ImageJ的菜单栏中找到Analyze-->Set scale,在弹出来的窗口中，Known Distance一栏中填入标尺的已知长度，Unit of Length 中更改标尺的单位。
然后，点击OK完成标尺的设置。
设置标尺实际上就是要得到像素长度和已知标尺长度的比例尺，这样画一条线就可以通过这个比例直接得到这条线的真实长度。
第三步：量取粒径。
设置好标尺以后，就可以通过划线来方便地量取纳米颗粒的粒径尺寸了。
a. 采用画线工具，划出某一颗粒的直径（如果颗粒太小，可以采用缩放工具进行缩放），然后点击菜单中Analyze-->measure,在弹出的result窗口中，length即为测得的纳米颗粒粒径数据。
image j中文使用方法
ImageJ这套软件可以自动帮你你计算细胞数，也可以定量分析DNA电泳或是Western blot条带。
step 1.首先打开软件后，开启图档ImageJ这套软件可以自动帮你你计算细胞数，也可以定量分析DNA电泳或是Western blot条带。
step 1.首先打开软件后，开启图档step 2.请先做校正，选择Analyze底下的Calibrate选项，再选择校正的模式，使用Uncalibrate OD，再按ok按下ok之后会出现校正的图形Step 3.在要分析的第一条(first lane)加上一个长型框(工具列第一个选项)，再按下Analyze/Gels/select first Lane快速键(Ctr+1)，此时框架中会出现一个号码1，之后可以移动框架到第二个lane再选择Analyze/Gels/select second Lane快速键(Ctr+2)，当然可以一直加下去，最后按Analyze/Gels/plot Lanes快速键(Ctr +3)。
Step 4.分析以后会出现图型表示你刚选择的框内的影像强度，此时可以看到有几个比较高的区段，就是我们想定量的band，使用直线工具(工具列第五个选项)先将图形中高点为有band的区域和没有band的区域分开再，使用魔术棒工具(工具列第八个选项)点选要分析的区域。
Step 5.当我们点选分析时，在result的对话视窗会出现分析的数据，依序点选就会出现每个band的值。
注：当我们选择分析的条带也可以是横向选取，就可以只比较相同大小的DNA 的含量，同样也可以应用在western blot或其它类似实验条带的分析上。
使用ImageJ 分析图像中的颗粒数[] 原创教程，转载请保留此行1，到本站资料下载-实用小工具栏目下载 ImageJ 并安装。
2，打开ImageJ并打开要分析的图片。
请看演示图片。
3，把图像二值话或者设定阈值。
选择Image - Adjust - Threshold...根据提示设定你需要的阈值。
imagej使用教程
imagej使用教程ImageJ是一款免费开源的图像处理软件，被广泛应用于生物医学图像的分析和处理中。
本教程将向您介绍如何使用ImageJ进行基本的图像处理。
1. 安装ImageJ首先，您需要从ImageJ的官方网站（https:///ij/）下载并安装ImageJ软件。
根据您的操作系统，选择适合的安装程序进行安装。
2. 打开图像在ImageJ的菜单栏上，选择"File"（文件），然后点击"Open"（打开）。
浏览您的计算机，选择要处理的图像文件并点击"Open"（打开）按钮。
3. 调整图像大小如果您需要调整图像的大小，可以在菜单栏上选择"Image"（图像），然后点击"Adjust Size"（调整尺寸）。
在弹出的对话框中，输入所需的宽度和高度，并选择插值算法。
点击"OK"（确定）按钮应用更改。
4. 调整亮度和对比度您可以在菜单栏上选择"Image"（图像），然后点击"Adjust"（调整）来调整图像的亮度和对比度。
在弹出的对话框中，拖动亮度和对比度滑块，直到您满意为止。
点击"OK"（确定）按钮应用更改。
5. 进行滤镜处理ImageJ提供了多种滤镜工具，以改变图像的外观。
在菜单栏上选择"Process"（处理），然后点击"Filters"（滤镜）来选择所需的滤镜效果。
在弹出的对话框中，您可以调整滤镜的参数，然后点击"OK"（确定）按钮应用更改。
6. 测量图像特征ImageJ允许您测量图像中的各种特征，如面积、长度、角度等。
在菜单栏上选择"Analyze"（分析），然后点击"Measure"（测量）来测量图像的特征。
在弹出的结果窗口中，您可以查看测量结果。
最新imagej教程PPT课件
3. Vddq部分電路:
3
3 .3 V C
12V 2 .2 K
1 10
U2 2A 7621 4 36K
15
Q 1A 2
16 1
C
C C 8 .2 K
5
G -T Y P E Q E T
2. 當G-TYPEDET為低電平時,U22的4Pin為1.24V,使U22的3Pin
電位為3.4V左右.這時Q1的VDS電壓降為3.3V-1.5V=1.8V.相當于
一個串聯穩壓電路.
VDDQ= R1+R2 *1.24=(1+R1/R2)1.24=1.5V R2
三.Fat-Tire架构
★北橋(815) U97
2. 2. PCI擴展槽 PCI作為一种擴展槽,主要用于插聲卡,网 卡,SCSI卡等.DIMM槽作為內存插槽,可以提供64位線寬的 數据,常見的SDRAM有66MHZ,83MHZ,100MHZ和133MHZ, 另外還有72線和30線的內存插槽和72線只能提供32位線 寬的數据,現已被淘汰.
主板上主要的時鐘頻率:(FBB)
功能:1.連接CPU与高速外設,如System,Memory, AGP,Display,Cach 2. 緩沖二級外設為CPU的連接,使二級外設与CPU的速度匹配.
815 IC 主要有以下几個功能接口:
1. CPU Interface:
a. 64 根數据線;
b. 32根地址線; c. 22 根控制線.
（3）点击Analyze Particles选项，出现右侧对 话框。输入要统计的碳化物的尺寸范围。
老谈手把手教：ImageJ灰度扫描、PS组合图、荧光图片处理....
老谈手把手教：ImageJ灰度扫描、PS组合图、荧光图片处理....感觉ImageJ和PS太难？其实不然，看视频操作就行了。
上周《lncRNA研究套路》系列课的第二节内容已通过以下案例文章介绍了lncRNA发挥作用的四种模式，并对文章中数据进行了详细地解读和分析。
本周，老谈将继续以该文章为例，从SCI作图基本原则，Image J和Photoshop三部分讲解文章数据处理和展示方法。
01常言道，无规矩不成方圆。
因而，SCI论文中图片制作和排版也是存在一些约定熟成的“规矩”，只有熟知“规矩”才能练就“火眼金睛”，成功避开图片制作各种坑。
首先，以参考文献中的6张图片为实例，课程通过找茬的方式为大家展示各个小图制作的小错误，并说明如何根据“规矩”进行改正。
虽然这6张图片质量整体不错，没有太多的低级失误，但仍存在一些格式上不协调的微小瑕疵。
以问题最多的Figure4为例，就存在以下问题：图片边界、Y轴标题太长、Y轴刻度线太密集、图片对比度等。
此外课程也重点关注了排版问题，通过修改前和修改后图片对比展示，说明SCI图片排版的基本方法。
同时，也会通过实例探讨小图拼成大图的方法和技巧。
02检测蛋白的Western blot(wb)作为基础科研中的经典分子实验，在大多数情况下，其结果图仅仅是典型的图片展示，但有时也需要对wb结果图进行定量统计。
Image J是最常用的western blot定量方法。
本节课程则会详解Image J软件分析图片灰度状态表达的方法及步骤。
首先，就以黑白为基础的灰度图片而言，其灰度值可表征图片灰度的状态。
以8bit图片为例，全黑状态时灰度定义为0；全白状态时灰度定义为255；从0到255之间有256个级差，可覆盖全黑到全白的整个广谱。
所以实际应用中一般以8bit图片为准。
其次，课程也展示了WB结果定量分析的逻辑思路，以及蛋白WB 图片定量前所需要制备的4个表格。
最后分别选取背景干净图片（文献Figure3a）和背景干扰典型图片（文献Figure5e）为实例，手把手教授Image J如何获得灰度值和数据均一化方法，并可获得以下数据。
imagej操作流程
imagej操作流程下载温馨提示:该文档是我店铺精心编制而成，希望大家下载以后，能够帮助大家解决实际的问题。
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image J 软件分析双标及多标格免疫荧光共表达操作步骤1
image J 软件分析双标及多标格免疫荧光共表达操作步骤1. 从image J官方网站下载该软件，切记一些重要的相关的插件要一并下载，如colocalization-finder插件等，存在在安装目录下，否则，有些功能无法找到。
2.将要分析的图片文件打开，出现如下画面时，将一些勾勾去掉，这样的话，一张含有多通道的免疫荧光源图片只以一张图片出现，而不会出现每一种荧光分别就会有一张图片，这对后面选取目的区域是非常有利和方便的。
注意：需要先将图片转换为TIFF格式，否则好像不能用于分析。
3. 打开图片后，将图片转换为8-或者16-bit。
4. 为了便于分析和观看，可以在image根据栏里选择rotate旋转图片，图中我把图片逆向旋转了90度，见下下图。
6. 将选定的区域复制到一个新的文档中。
步骤：edit,copy-dile,new,internal clipboard。
即得到一张某一激发波长下的蛋白免疫荧光图,默认显示为clipboard.7. 将鼠标放在原图片上，并且轻轻转动滑轮，原图片画面即显示第二个激发波长下的图片，见左上角有C:2/3，即表示是3中荧光通道中的第二个荧光通道图片，同样将选定的区域复制到一个新的文档中。
步骤：edit,copy-dile,new,internal clipboard。
即得到第二张某一激发波长下的蛋白免疫荧光图，默认显示为clipboard -1.8. 同样将鼠标放在原图片上，并且轻轻转动滑轮，原图片画面即显示第三个激发波长下的图片，见左上角有C:3/3，即表示是3中荧光通道中的第三个荧光通道图片，同样将选定的区域复制到一个新的文档中。
步骤：edit,copy-dile,new,internal clipboard。
即得到第三张某一激发波长下的蛋白免疫荧光图，默认显示为clipboard -2.9. 现在已经将不同通道下，目的蛋白的荧光图片都选择和建立好了，分别有三张图片，代表2种蛋白，三种激发波长，而且这三个蛋白是在一模一样的区域里统计分析，现在知道步骤2中打开一张源图片的重要性的吧，不然不能保证每次所选的目的区域是一模一样，也就得不到同一区域不同蛋白共存强度的统计分析效果了！下面分别进行2种蛋白共存的分析过程：点plugin,colocalization finder，出现后图画面。
imagej教程
关于本手册- 请先阅读ImageJ是一个公共领域的Java图像处理程序由美国国立卫生研究院的Macintosh形象的启发。
它运行在任何一个Java 1.1或更高版本的虚拟机电脑，无论是作为一个applet或网上下载的应用程序作为一个。
笔者，韦恩Rasband（wayne@），是在研究科，国立心理健康，贝塞斯达，马里兰州，美国。
约ImageJ信息的最佳来源，可以发现在ImageJ网页（/ij/）和通过订阅ImageJ邮件列表（在主页上的细节）。
本手册的目的是要介绍给ImageJ光学显微镜- 一个ImageJ的剧目一小部分。
ImageJ的一种方式，一个“插件”现在越来越多的补充本地大量功能（可选需要额外安装）。
的核心职能进行了详细的描述在ImageJ网站（按照单证链接）。
一个插件是一个文件（名为*.类），需要在“插件”子文件夹ImageJ文件夹，否则ImageJ不会加载它。
在本手册中，本机的功能是指在斜体，黑白文本，由插件斜体，深蓝色文本。
ImageJ功能都可以通过键盘快捷键访问，或“热键”。
一些热键是硬到有线ImageJ，而另一些用户定义的。
与大多数其他Windows应用程序，键盘快捷方式不要求“控制”键被按下（在Microsoft Word中，热键“复制”，例如，是按Ctrl + C）后，在ImageJ，这就是“C”的。
除非你已经安装了从赖特细胞成像设备网站（手册ImageJ 和软件的链接），插件本手册中提到的和定制的键盘快捷方式或多或少（“热键”）可能无法工作。
这也仅仅是被插件收集整理和我组织，他们都已经获得摆脱ImageJ网站或其他地方上网。
这项工作的信贷应该去作者的插件（见附件）。
请确保他们得到适当的承认，在任何出版，他们的工作便利。
我试图包括适当引用或联系方式每位作者。
让我知道任何遗漏，我会立即改正。
如果你是一个插件作者，你是不是你的插件的方式描述或包含或快乐引，请让我知道。
我会在必要时更新此手册。
imagej读取照片像素值的方法
一、引言在数字图像处理的应用中，了解和掌握图像的像素值是十分重要的。
ImageJ作为一款开源的图像处理软件，具有广泛的应用范围，包括生物医学、材料科学等领域。
本文将介绍如何使用ImageJ读取照片的像素值，帮助读者更好地理解和应用ImageJ软件。
二、ImageJ简介ImageJ是由美国国立卫生研究院开发的一款图像处理软件，其功能强大，支持多种图像格式的读取和处理。
ImageJ提供了丰富的图像处理工具和函数，可以满足不同领域的图像处理需求。
因其开源免费且易于使用的特点，已经成为许多科研工作者和学生的首选图像处理软件之一。
三、ImageJ读取照片像素值的方法1. 打开图像在ImageJ软件中，通过“File”菜单中的“Open”选项，选择要处理的图像文件，即可打开图像。
2. 选择感兴趣区域在打开的图像窗口中，可以使用鼠标工具选择感兴趣的区域。
点击鼠标工具栏中的“Rectangular Tool”或其他选择工具，然后用鼠标在图像上拖动，即可选择感兴趣的区域。
3. 读取像素值选择完感兴趣的区域后，可以通过“Analyse”菜单中的“Measure”选项或快捷键“M”来读取所选区域的像素值。
点击“Measure”后，软件会弹出一个数据窗口，显示所选区域的各个像素值，包括灰度值、均值、方差等信息。
4. 保存结果在数据窗口中显示的像素值信息可以通过“File”菜单中的“Save As”选项保存为文本文件，以便后续分析和处理。
四、示例为了更好地演示ImageJ读取照片像素值的方法，我们以一张简单的灰度图像为例进行演示。
1. 打开图像首先在ImageJ软件中打开一张灰度图像文件，比如一张黑白的树叶图像。
2. 选择感兴趣区域使用“Rectangular Tool”工具在图像上选择一块感兴趣的区域，比如树叶的一小部分区域。
3. 读取像素值点击“Analyse”菜单中的“Measure”选项或按下快捷键“M”来读取所选区域的像素值。
imagej使用方法
imagej使用方法ImageJ是一款用于数字图像处理和分析的免费软件，它在各个领域都有广泛的应用，如生物学、医学、物理学等等。
本文将介绍ImageJ的基本使用方法以及一些常用的图像分析操作。
一、下载与安装ImageJ的官方网站为https:///ij/，在此网站上可以下载到安装程序和用户手册。
安装步骤如下：1.下载可执行文件；2.双击安装程序并安装；3.运行ImageJ。
二、界面与菜单ImageJ的界面非常简洁清晰，主要由菜单栏、工具栏、图像窗口和信息窗口构成。
菜单栏包括文件、编辑、图像、处理、分析、工具、插件、窗口、帮助等菜单，分别对应着不同的操作和功能。
工具栏中的工具包括选择工具、放大镜、画笔、涂抹工具等，可以用来对图像进行操作和标注。
图像窗口用来显示处理后的图像，可以用滚动条来调整图像的大小。
信息窗口可以用来查看图像的像素值、颜色等信息。
三、打开和保存图像要打开一张图像，可以在菜单栏中选择“文件”-“打开”，或者直接在工具栏中点击“打开”按钮。
打开图像后，可以使用工具栏中的各种工具对图像进行操作。
保存图像时，可以在菜单栏中选择“文件”-“保存”，或者直接在工具栏中点击“保存”按钮。
保存时可以选择保存格式和文件名，并可以根据需要调整图像的质量和大小。
四、常用操作1. 调整图像大小要调整图像大小，可以在菜单栏中选择“图像”-“调整大小”，输入目标大小和分辨率即可调整。
2. 翻转和旋转图像要翻转和旋转图像，可以在菜单栏中选择“图像”-“翻转”或“旋转”，选择需要的操作即可。
3. 裁剪图像要裁剪图像，可以使用选择工具选择需要保留的部分，然后在菜单栏中选择“编辑”-“剪切”，再粘贴到新的图像中。
4. 调整图像亮度和对比度要调整图像亮度和对比度，可以在菜单栏中选择“图像”-“调整”-“亮度/对比度”，调整滑动条可以实时查看图像的效果。
5. 计算颜色阈值要计算颜色阈值，可以先选择一部分图像作为样本，在菜单栏中选择“分析”-“制作阈值”，然后在工具栏中选择“阈值”工具，在选中的区域上绘制框图即可计算出阈值。
imagej用户使用手册第三部分
imagej用户使用手册第三部分I. Introduction to ImageJIn this third part of the ImageJ User Manual, we will explore advanced features and functionalities of ImageJ, an open-source image processing software used for scientific and medical research. This section aims to provide a comprehensive guide for users to maximize the potential of ImageJ in their image analysis workflows.II. ImageJ PluginsOne of the key strengths of ImageJ lies in its extensive collection of plugins, which can be easily installed and utilized to expand the software's capabilities. Plugins offer users a wide range of additional tools and functions tailored to specific image processing requirements. Some popular plugins include:1. Fiji: Fiji is a distribution of ImageJ that comes prepackaged with a vast collection of plugins, macros, and scripts. It offers advanced features like 3D visualization, deconvolution, and machine learning algorithms, making it a powerful tool for image analysis.2. BioFormats: This plugin allows users to import and export various microscopy image file formats, making it compatible with most scientific image data. It supports over 150 file formats, ensuring seamless integration with different imaging modalities.3. CellProfiler: CellProfiler is a plugin designed for the automated analysis of cell images. It offers a user-friendly interface and a range ofbuilt-in algorithms, enabling the extraction of quantitative information from large image datasets.III. Macro ProgrammingImageJ provides a built-in macro language that allows users to automate repetitive tasks and create customized image analysis workflows. Macros are written using a simplified scripting language, which can be easily recorded and edited within the ImageJ interface. This feature simplifies complex image processing tasks and enables batch processing of multiple images.IV. Image Registration and AlignmentImage registration is a crucial step in image analysis, particularly when dealing with multi-channel or time-lapse imaging data. ImageJ offers several plugins and built-in functions to align and register images, compensating for movement or drift during acquisition. Users can choose from a variety of registration algorithms, such as rigid-body, affine, or elastic transformations, to optimize image alignment.V. Image SegmentationSegmentation is the process of partitioning an image into meaningful regions based on defined criteria. ImageJ provides numerous plugins and tools for image segmentation, catering to different applications and image types. These plugins utilize various algorithms, including thresholding, edge detection, or machine learning-based methods, to accurately segment objects of interest within an image.VI. Quantitative AnalysisImageJ excels in quantitative analysis of images, enabling users to extract valuable information from their datasets. This includes measuring object properties such as size, shape, intensity, and spatial distribution. Additionally, ImageJ offers statistical analysis tools for comparing image features, generating histograms, and performing co-localization analysis.VII. 3D Image ProcessingIn addition to its 2D analysis capabilities, ImageJ also supports processing and analysis of 3D image stacks. Users can load and visualize 3D datasets, manipulate data slices, and apply volumetric measurements and processing operations. Plugins like 3D Viewer and 3D Object Counter enhance the 3D analysis capabilities of ImageJ.VIII. Scripting and IntegrationAdvanced users can take advantage of ImageJ's scripting capabilities to extend its functionality or integrate it with other software tools. ImageJ supports several scripting languages, including JavaScript, Python, and BeanShell, allowing users to write custom scripts for their specific requirements. This enables seamless integration with external libraries and facilitates workflow automation.IX. ConclusionIn conclusion, this third part of the ImageJ User Manual has provided an overview of advanced features and functionalities that ImageJ offers. From plugins to macro programming, image registration to quantitative analysis, ImageJ empowers users to perform complex image processing and analysis tasks efficiently. The flexibility and versatility of ImageJ make it anindispensable tool for researchers in various scientific and medical fields. Explore the vast capabilities of ImageJ and unleash the full potential of your image analysis endeavors.。
imagej用户使用手册第三部分
imagej用户使用手册第三部分一、ImageJ软件简介ImageJ是一款开源的图像处理软件，广泛应用于生物医学、物理、化学等多个领域。
它由美国国家标准与技术研究院（NIST）开发，是一款免费、易于上手且功能强大的图像分析工具。
ImageJ具有丰富的功能，可以满足各种图像处理需求，同时在社区中拥有众多热心用户，不断为其开发新的插件和扩展功能。
二、ImageJ的主要功能与操作方法1.图像打开与显示ImageJ支持多种图像格式，如TIFF、JPEG、PNG等。
用户可以通过“文件”菜单打开图像，也可以直接将图像拖拽到软件界面。
打开后的图像将显示在主窗口中，用户可以对其进行实时观察和调整。
2.图像处理与分析（1）图像测量：ImageJ提供了测量工具，可对图像中的目标进行长度、面积、周长等参数的测量。
测量结果可以以数值或图形的形式显示在测量工具窗口中。
（2）图像标注：用户可以使用标注工具在图像上添加文本、箭头、形状等标注，以便于对图像中的特征进行说明和识别。
（3）图像滤波：ImageJ支持多种滤波方式，如高斯滤波、中值滤波、双边滤波等。
用户可以根据需要选择合适的滤波器对图像进行平滑、去噪等处理。
（4）图像分割：ImageJ提供了多种分割方法，如阈值分割、区域生长、边缘检测等。
用户可以根据实际需求选择合适的分割方法对图像进行分割，从而提取出目标区域。
3.插件与扩展功能ImageJ具有良好的扩展性，用户可以通过安装插件扩展现有的功能。
插件市场中涵盖了生物医学、计算机视觉、图像处理等多个领域的优秀插件。
用户可以根据自己的需求选择合适的插件进行安装和使用。
三、ImageJ在实际应用中的案例分享ImageJ在生物医学领域有着广泛的应用，如细胞图像分析、荧光成像、组织切片处理等。
在计算机视觉领域，ImageJ也被广泛应用于目标检测、图像识别、场景分割等任务。
此外，ImageJ还可在教育、科研等领域发挥重要作用。
四、ImageJ的使用技巧与常见问题解决1.优化内存使用：在处理大量图像时，ImageJ可能会出现内存不足的情况。
ImageJ实用技巧——比例尺设置和批量添加（基本功能篇）
ImageJ实⽤技巧——⽐例尺设置和批量添加（基本功能篇）这篇⽂章是为了解决拍照⽚时的⼀个基本问题——⽐例尺的设置。
ImageJ的默认长度单位是Pixels（像素），所以如果想要测量实际的长度等信息，就必须重新设置长度单位。
⽽这⼀步骤往往需要参考图像⾃带的⽐例尺。
实际拍照过程中，拍照软件可以印⼊⽐例尺。
但如果遇到忘记设置⽐例尺的情况，可以利⽤ImageJ为图像添加合适的⽐例尺。
结合上⼀篇介绍的ImageJ的批处理技巧，这⼀篇就介绍⼀下：1、怎么设置长度单位；2、怎么批量添加⽐例尺。
⼀、设置长度单位1、打开⼀张有⽐例尺的照⽚，利⽤Magnifying Glass放⼤⽐例尺放⼤后的⽐例尺这是可以看出：单位为像素（pixels）。
2、利⽤直线⼯具沿着⽐例尺画线3、设置⽐例尺（Analyze-Set Scale）弹出⽐例尺设置界⾯：Distance in pixels：直线的长度为98 pixelsKnown distance：这条直线的已知长度Unit of length：设置单位Global：对于所有照⽚应⽤这⼀⽐例Tips：如果要给没有⽐例尺的图⽚添加⽐例尺，需要勾选Global。
设置完成后点击OK，可见图⽚的单位变为µm：这时候Measure这条直线，可见长度为50µm：⼆、如果没有⽐例尺，添加⽐例尺（Scale Bar）1、Set Scale后（勾选Global），打开⼀张没有⽐例尺的照⽚注意：⼀定是相同拍照设备，同⼀物镜倍数拍出的照⽚。
2、打开添加⽐例尺⼯具（Analyze-Tools-Scale Bar）弹出初始化界⾯，设置⽐例尺⼤⼩：其他的选择是设置⽐例尺的外观、字体、颜⾊等，可以⾃⼰选择，这⾥选择默认设置。
注意：不要勾选Overlay。
3、保存图⽚（File-Save）三、批量添加⽐例尺⽅法⼀：将所有图像打开成⼀个Stack（File -> Import -> Image Sequence）添加⽐例尺时，勾选Label all slices：⽅法⼆：利⽤Macro实现1、先处理⼀张照⽚，利⽤宏记录器，⽣成宏代码只需要记录⼀⾏代码。
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ImageJ 入门by tree_cmu 2011-10-201 Image J 是什么？ImageJ是一个基于java的公共的图像处理软件，它是由National Institutes of Health开发的。
可运行于Microsoft Windows，Mac OS，Mac OS X，Linux，和Sharp Zaurus PDA等多种平台。
其基于java的特点，使得它编写的程序能以applet等方式分发。
ImageJ能够显示，编辑，分析，处理，保存，打印8位，16位，32位的图片，支持TIFF, PNG, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS等多种格式。
ImageJ支持图像栈（stack）功能，即在一个窗口里以多线程的形式层叠多个图像，并行处理。
只要内存允许，ImageJ能打开任意多的图像进行处理。
除了基本的图像操作，比如缩放，旋转，扭曲，平滑处理外，ImageJ还能进行图片的区域和像素统计，间距，角度计算，能创建柱状图和剖面图，进行傅里叶变换。
[1]2 ImageJ可以做什么？概括一下，主要分为以下几个方面：A)图像的区域和像素统计（大小）。
长度，角度。
阳性点密度和数量B)光密度或辉度，并制备密度直方图和线性图。
C)两种蛋白共定位的程度（丁香园有篇专门介绍帖子/bbs/thread/18145886?keywords=image%20J#18145886）D)卷积，Sholl分析，傅里叶分析（这些还不会使用）E)更多功能3 Image 界面[2]界面分为：菜单栏，工具栏和状态栏。
菜单栏菜单栏从左至右分别是：文件，编辑，图形，处理，分析，插件，窗口，帮助。
文件和office word 等软件类似，主要有文件打开，关闭，保存等功能，比较特殊的一个功能是恢复功能（revert），可以直接回到上次保存过的状态。
由于编辑菜单里的取消功能（undo）只能回退一步，所以revert有时会很有帮助。
编辑Undo, Cut, Copy, Copy to system, Paste, Paste Control.., Clear, Clear Outside, Fill, Draw, Invert, Selection, Options.图像Type（可改变图片格式，如彩色变灰度）, Adjust, Show info, Properties, Color, Stacks, Hyperstacks, Crop, Duplicate.., Rename, Scale, Transform, Zoom, Overlay, Lookup Tables.处理Smooth, Sharpen, Find Edges, Find Maxima, Enhance Contrast, Noise, Shadows, Binary, Math, FFT, Filters, Batch, Image calculator, Subtract Backgroud, Repeat Command.分析 Measure, Analyze Particles, Summarize, Distibution, Label, Clear Results, Set measurements, Set Scale, Calibrate, Histogram, Plot Profile, Surface Plot, Gels, Tools.窗口和帮助（插件部分在入门篇里略）工具栏工具栏从左至右分别是4种区域选择工具，直线选择工具，角度工具，点工具，魔棒，文字，放大镜，拖手，颜色吸管，动作宏，菜单宏，绘图工具等（颜色吸管以后的内容可以变化，通过点击最右边的 >> 按钮选择需要的栏目。
不同的按钮可以进行测量，画图，标记，填充等操作。
双击左键或单击右键可以扩展按钮的功能，如双击文字可以选择字体和大小等。
4种区域选择工具分别是方形，椭圆形，多边形和任意形状。
选择之后，这些区域可以进行改变，分析，拷贝等。
工具栏下的状态栏可以显示坐标信息。
直线工具：可以画直线、分段或任意形状的线（右键选择线的类型），双击该按钮可以改变直线的宽度。
选择分析测量A nalyse →Measure(or Ctrl+M)可以记录线的长度，使用Edit →Draw (or Ctrl+D)可以使直线永久保留。
角度工具：点击角度按钮后可以画相交的直线可以测量形成的角度，在状态栏可显示，选择分析测量A nalyse →Measure(or Ctrl+M)，在结果窗口中显示角度。
点工具：当自动测量（Auto-Measure）开启（默认是开启状态）时，可以在状态栏显示图标所在位置的坐标和亮度，也可点击某点，选择分析测量A nalyse →Measure(or Ctrl+M)，可以在结果窗口显示上述指标。
如果是RGB图，显示红色，绿色和蓝色的亮度（0-255），如果是灰度图片，根据选择图片格式8位（8bit）或16位（16bit），数值不同。
8位最大值255，16位为65535（图片格式知识可见下述小知识栏）。
魔棒：魔棒工具和photoshop里的类似，可以自动发现目标的边界并勾勒出形状。
当图像明暗对比明显时尤为有用。
有时可配合阈值(Thresholding)使用。
文字：双击文字按钮可以选择字体和大小。
单击按钮并按住左键拖出文本框，可以键入需要的文字，文字颜色使用颜色吸管来选择。
Edit →Draw (or Ctrl+D)，将固定并永久保留文本。
放大镜：左键放大，右键缩小。
拖手工具：当图片很大超过显示器窗口时，可以使用拖手工具将感兴趣的区域已到显示窗口中央。
按住空格键可以暂时用鼠标左键来拖动图像。
颜色吸管：可以设置前景的画笔或文字的颜色。
可以左键图片某处选择该处的颜色，也可以双击按钮显示颜色窗口来选择颜色。
其他工具中有部分是和画图有关的工具，如喷壶等。
4 如何使用之基础知识部分（安装过程略）[2]图片编辑与分析（在编辑图片前建议拷贝一个副本后编辑）取消（Undo）：Edit →Undo，恢复到前一步，不过只能回退一步，这点和photoshop操作是一样的。
恢复（Revert）：File →Revert，恢复到上次保存后的状态。
裁剪（Crop）：Image →Crop. 方框选择工具选好区域后进行裁剪。
清除界外（Clear Outside）：Edit →Clear Outside.将选择区域以外图形清除。
相类似Edit →Clear是清除选择区域内部。
改变亮度对比度（Brightness and Contrast）：Image →Adjust →Brightness/Contrast，类似于photoshop里的操作。
可以是图形的明暗对比更明显或更模糊。
（Process →Enhance Contrast.这个选项是自动改变对比度，小心使用）清除噪点：Process →Noise →Despeckle 或者Process →Filters →Median 此外，Process →Noise 选项里面还有添加噪点的选项。
旋转：Image →Transform→Rotate转化成灰度图：Image →Type →8-bit （8位），或16-bit（16位）阈值（Thresholding）：假设要计算组织或细胞HE染色图片的细胞数量，可以根据细胞核的数目来确定。
具体步骤可以把图片变成灰度图，然后设置阈值使得高于某个值的部分凸显出来，这样就容易计数个数。
操作为：Image →Type →8-bit；Image →Adjust →Threshold；通过拖动标杆来设置具体值，最后选择apply。
红色的区域最后变成黑色，其他区域变成白色，整个图片变成二元图（非黑即白）。
还可自动设置阈值：Process →Binary →Make Binary。
测量和计数：设置刻度：在标尺或其他已知长度的两点画一条直线，进入Analyze →Set Scale ,在设置标尺（Set scale）窗口里会显示直线的像素长度，键入实际中的长度以及单位。
这样就会在像素和实际长度间建立联系。
选择 global，表示其它图片也将应用该标尺。
设置测量指标：Analyze →Set Measurements. 可以选择需要测量的指标。
如面积，灰度值等。
测量两点间的距离：在亮点间直线，状态栏会显示相对于水平线的角度和长度。
进入Analyze →Measure (or Ctrl+M),在结果栏中显示，并可复制到excel中。
测量特定区域：使用区域选择工具画出特定区域（也可用魔棒选择），然后测量Analyze→Measure，测量内容根据测量指标决定。
计数微粒：将图片转化成8-bit灰度图，然后根据上述设置阈值（threshold），然后进入Analyze →Analyze Particles, 键入微粒大小的下限和上限，并且选择显示轮廓（Show outlines）和显示结果(Display Results)。
点击ok，被计数的微粒将显示轮廓和编号。
每个微粒的结果在结果窗口中被显示。
保存文件：存成Tiff的要比jpeg的画质损失要少(File →Save As →Tiff)。
5 如何使用之实例实例一条带灰度值分析（可用于DNA电泳或western blotting条带的分析）操作步骤：打开图片，转化为8-bit灰度图Image→Type→8bit（注：电泳图片来自网页）/html/protocol/ruanjianjiaocheng/2009/0421/284.html消除背景Process→Substratebackground 选中预览（Preview），选择合适的像素值（本例为30）。
方框工具选择并画出条带1，Analyze→Gels→Select First Lane (快捷键Ctrl+1或数字1)在第一个边框边缘左键拖动移至第二条带，Analyze→Gels→Select Next Lane (或Ctrl+2)，重复该步骤，（快捷键一直都是Ctrl+2 或数字2），Plot Lanes 后将出现条带的灰度围成的面积得出其辉度或密度值。
闭，如箭头处所示。
（也可添加垂直方向的线）带被窗口挡住了。
）测量小鱼面积（图中黑色金鱼，标尺为原图片自带，正规应该放测量工具实物）打开图片转化为8-bit灰度图Image→Type→8bit直线工具在已知长度地方画出直线（黄线所示）Analyze →Set Scale已知长度（Known distance）:5，单位(Unit of length): cmImage →Adjust →ThresholdAnalyze →Analyze Particles, 键入微粒大小的下限（为5）和上限，并且选择显示轮廓（Show outlines）和显示结果(Display Results)。