小麂线粒体基因组全序列的测定和分析
16种环节动物线粒体基因排列、特征比较及系统发育分析
16种环节动物线粒体基因排列、特征比较及系统发育分析李石磊;张明;王庆志;王笑月;李大成;刘卫东;刘忠颖;陈远【期刊名称】《水产科学》【年(卷),期】2015(034)002【摘要】为深入开展环节动物的分类及遗传进化等研究,比较分析了已登录到GenBank中16种环节动物全基因组的结构特征.结果发现,16种环节动物线粒体全基因组序列中A+T的含量均超54.3％,碱基G存在低含量的偏向,第三位密码子G含量2.6％～12.7％.基因组的基因组成及排列模式具有一定的保守型,存在5个保守基因联块蔟,线粒体基因组排列顺序在研究环节动物系统发育关系方面起着重要的作用.计算13个编码基因和2个rRNA的基因平均遗传距离,cox1(0.34)相对最保守,atp8(0.8)相对最不保守.大多数环节动物线粒体控制区存在茎环结构.基于13个编码基因氨基酸序列通过3种方法可构建稳健的系统发育树,蛭纲和寡毛纲聚为一进化分枝,构成有环类单系群,蜢虫纲、星虫纲和多毛纲聚为一进化分枝,形成单系群.5个纲间的聚类结果与之前的基于线粒体基因和其他分子标记研究研究结果有所不同.多毛纲呈单系发生,被分为两个主要类群,头节动物中的锥头虫科和缩头虫科没有聚为单独的一进化分枝,而是分别聚类到触角动物下面的足刺动物和沟触角动物,多毛纲内部分类不同于现有的形态学分类结果.【总页数】9页(P104-112)【作者】李石磊;张明;王庆志;王笑月;李大成;刘卫东;刘忠颖;陈远【作者单位】辽宁省海洋水产科学研究院,辽宁省应用海洋生物技术开放实验室,辽宁大连 116023;辽宁省海洋水产科学研究院,辽宁省应用海洋生物技术开放实验室,辽宁大连 116023;辽宁省海洋水产科学研究院,辽宁省应用海洋生物技术开放实验室,辽宁大连 116023;辽宁省海洋水产科学研究院,辽宁省应用海洋生物技术开放实验室,辽宁大连 116023;辽宁省海洋水产科学研究院,辽宁省应用海洋生物技术开放实验室,辽宁大连 116023;辽宁省海洋水产科学研究院,辽宁省应用海洋生物技术开放实验室,辽宁大连 116023;辽宁省海洋水产科学研究院,辽宁省应用海洋生物技术开放实验室,辽宁大连 116023;辽宁省海洋水产科学研究院,辽宁省应用海洋生物技术开放实验室,辽宁大连 116023【正文语种】中文【中图分类】Q786【相关文献】1.尾索动物线粒体基因组特征比较及分子系统发育 [J], 申欣;田美;孟学平;程汉良;李士虎2.小红珠绢蝶线粒体基因组特征及基于线粒体基因组的蝶类高级阶元系统发育关系分析 [J], 张敏;赵盼;尹洁;李涛;张婷婷;曹天文;马恩波3.磷虾类线粒体基因组的特征和基因排列比较 [J], 申欣;王海青;王敏晓;刘斌4.鲆鲽类线粒体基因排列、特征比较及系统发生分析 [J], 申欣;田美;孟学平;程汉良;许建和;阎斌伦5.星虫动物线粒体基因组全序列的基因排列和特征比较 [J], 申欣因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
线粒体基因组测序策略和方法
一、为何需要针对线粒体基因组 进行测序
线粒体基因组测序对于研究人类以及其它生物的遗传学具有重要意义。线粒体 基因组具有独特的生物学特性，如母系遗传、高突变率等，因此对其进行测序 有助于揭示物种演化和人类起源的奥秘。此外，线粒体基因组测序在医学和临 床领域也有广泛的应用，如遗传疾病诊断、肿瘤发生机制研究等。
关键词
棉花线粒体基因组、测序、序列 初步分析、进化、遗传多样性
内容大纲
1、棉花线粒体基因组的测序
2、测序数据的初步分析
引出实验设计 1、实验材料棉花品种：中棉所41 2、样品处理采集棉花幼叶，提iSeq X Ten进行测序，获得原始数据。
线粒体基因组测序策略和方法
目录
01 一、为何需要针对线 体基因组测 序策略制定
03
三、线粒体基因组测 序方法
04 四、数据分析
05 参考内容
线粒体基因组测序是一种用于研究线粒体DNA序列的方法，它有助于揭示人类 以及其它生物的遗传奥秘。线粒体基因组测序涉及到多个方面，包括策略制定、 测序技术选择、测序深度设置、DNA提取、PCR扩增和数据分析等。本次演示 将就这些方面进行详细阐述。
2、测序深度设置
测序深度是指单位时间内所获得的序列数据量。合理的测序深度能够保证测序 结果的可靠性和全面性。在确定测序深度时，需要考虑研究目标、样本数量和 实验成本等因素。对于线粒体基因组测序而言，一般要求较高的测序深度以保 证突变的检测精度和覆盖率。
三、线粒体基因组测序方法
1、DNA提取
在进行线粒体基因组测序之前，首先需要从样本中提取出高质量的DNA。由于 线粒体DNA含量相对较低，因此需要采用一些特异性引物或试剂盒来富集线粒 体DNA。常用的DNA提取方法包括酚-氯仿抽提法、蛋白酶K消化法等。
线粒体DNA的结构特征及在鹿科动物物种鉴定中的应用
线粒体DNA的结构特征及在鹿科动物物种鉴定中的应用摘要最新研究表明，作为生物能量的生成场所线粒体是一种具有自我遗传控制功能，本文重点针对鹿科动物的线粒体DNA结构特征进行了研究和分析，通过具体的实验验证了鹿科动物物种鉴定中线粒体DNA的实际功能和应用。
同时，还对线粒体DNA的提取方法进行了探索，最后就线粒体DNA的序列以及动物物种进行了鉴定，就鹿科动物线粒体DNA的研究成果提出了意见。
关键词染色体；线粒体DNA；鹿科动物；物种鉴定0 引言线粒体是1898年被命名的，其实线粒体的发现却要追踪到1850年。
线粒体外膜比较平滑，具有两层的膜包被，向内的折叠内膜形成嵴，两层膜中间有一个腔，基质居于线粒体的中央。
基质内部有可以喝三羧酸进行循环时所需要的所有酶类，内膜上有ATP酶复合体和呼吸链酶系。
线粒体其实就是细胞内形成ATP 和氧化磷酸化的关键场所，因此，被形象地成为细胞的动力加工厂。
1 线粒体DNA结构特征真核生物所呼吸所用的细胞器就是线粒体，不同物种的细胞之间，其线粒体的数目有着很大的差距，通常情况下都在100个~3 000个之间，植物细胞中一般都会含有50个~100个左右的线粒体，而动物的细胞中其线粒体的数目差异性要远远高于植物体内的线粒体数目，多的要达到1 000个，少的却只有50个左右。
实验表明，植物细胞中的所有线粒体都会参与植物本身的一系列新陈代谢的全过程。
植物体内的所有的线粒体通过自身的功能可以把细胞所吸收和合成的糖类、脂肪等所有的储藏能量经过进一步地氧化而生成了CO2和H2O，最后通过特定的方式将其释放出去，同时它还能将所存储的一些太阳能经过一系列的转换生成了细胞用以维持自身的生理功能的具体能量-ATP分子。
正是由于植物细胞中的线粒体少于动物体内的线粒体，从而制约了能量的来源，因此植物就不可能出现和动物一样的自由活动和快速增长。
由于线粒体DNA（mtDNA）相对比较小，所以它仅能决定本身最基本的一些特征，缺少多余的编码结构，因此就难以产生有效的修复功能。
简析线粒体病的检测与诊断方法
简析线粒体病的检测与诊断方法随着现代医学技术的不断发展，人类能够更加准确地检测和诊断各种疾病。
其中，线粒体病作为一种常见的遗传性疾病，其检测和诊断方法也得到了越来越多的重视。
本文将对线粒体病的检测和诊断方法进行简析，希望能够对广大读者有所帮助。
一、背景知识要了解线粒体病的检测和诊断方法，就需要先了解一些背景知识。
线粒体是细胞内的一种特殊结构，其主要功能是生成能量。
线粒体病是一种由于线粒体DNA发生突变而引起的疾病，在临床表现上常常表现为代谢障碍、神经系统疾病和肌肉无力等症状。
目前已知的线粒体病种类很多，可以按临床表现、病因、病理和遗传方式等分类。
其中，常见的线粒体遗传性疾病包括MELAS 综合征、MERRF综合征、Leber眼肌萎缩症等。
二、检测方法1.线粒体DNA测序线粒体DNA测序是一种比较常见的检测方法，其主要目的是检测线粒体DNA序列中是否存在突变。
这种方法可以通过PCR 扩增线粒体DNA或通过高通量测序等技术直接对线粒体DNA进行测序，从而确定是否存在突变。
但是，由于线粒体DNA自身有多份拷贝，有些突变只存在于一部分线粒体DNA中，因此检测的准确性受到一定限制。
2.嵌合PCR嵌合PCR是一种特别针对线粒体DNA检测设计的技术，主要用于检测那些只存在于某个细胞或某个组织中的线粒体DNA序列突变。
通过将突变的线粒体DNA片段与正常线粒体DNA片段嵌合，形成新的DNA序列，再通过PCR扩增来检测荧光浓度的变化，就可以较精确地检测出线粒体DNA的突变情况。
3.蛋白质表达检测蛋白质表达检测主要是针对线粒体病的临床表现进行研究的一种方法。
通过检测诸如线粒体膜分子、酶类和结构蛋白等多种蛋白质的表达情况，可以探究线粒体病的产生和进展机制，为疾病的诊断和治疗提供依据。
三、诊断方法1.临床表现综合分析线粒体病的临床表现十分复杂，且症状各异，因此仅通过一种检测方法很难做出准确的诊断。
为此，需要结合临床表现综合分析，如体征、影像学、生化检查等，从多个方面进行评估，以确定疾病的具体类型和进展情况。
线粒体DNA在鹿科动物物种鉴定中的应用
线粒体DNA在鹿科动物物种鉴定中的应用徐佳萍;荣敏;周丽斯;邢秀梅【期刊名称】《草食家畜》【年(卷),期】2012(000)001【摘要】Mitochondria DNA, as an inheritance element, has been widely adopted in Molecular systems biology,Conservation Biology,Species identification etc. The article introduced Cervidae animal mitochondrion DNA structure characteristics,Cervidae mtDNA normal extract techniques. Mainly indicated the common method of Species identification of Cervidae based on the mtDNA order.%线粒体DNA作为一种遗传物质，被广泛的应用于分子系统生物学、保护生物学，物种鉴定学等领域。
本文介绍了鹿科动物线粒体DNA的结构特征、鹿科动物mtDNA常用的提取方法，主要介绍了基于mtDNA 的序列对鹿科动物物种进行鉴定的常用方法。
【总页数】5页(P40-44)【作者】徐佳萍;荣敏;周丽斯;邢秀梅【作者单位】中国农业科学院特产研究,吉林吉林132109;中国农业科学院特产研究,吉林吉林132109;中国农业科学院特产研究,吉林吉林132109;中国农业科学院特产研究,吉林吉林132109【正文语种】中文【中图分类】S814.8【相关文献】1.线粒体DNA分子技术在斑点叉尾鮰物种鉴定中的应用 [J], 罗志萍;肖武汉;黄迎波;周慧平;袁晓芬;王华全2.分子遗传标记在鹿科动物遗传多样性研究中的应用 [J], 吴琼;邢秀梅;杨福合3.鹿科动物线粒体DNA研究进展 [J], 涂剑锋;司方方;邢秀梅;杨福合4.线粒体DNA序列分析在中国水域真海豚物种鉴定中的初步应用 [J], 王加连;杨光;刘海;周开亚;魏辅文5.线粒体DNA的结构特征及在鹿科动物物种鉴定中的应用 [J], 徐佳萍因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
松瘤小蠹线粒体基因组测序及分析
松瘤小蠹线粒体基因组测序及分析
李兴艳;梁文凯;泽桑梓;赵宁;朱家颖
【期刊名称】《西南林业大学学报(自然科学)》
【年(卷),期】2024(44)1
【摘要】松瘤小蠹广泛分布于欧亚大陆多国以及我国危害松科植物,但尚缺乏其分子鉴定和种群遗传结构方面的研究。
鉴于此,本研究基于高通量测序技术测定了该
害虫的线粒体基因组序列,使用GetOrganelle软件组装得到了其完整线粒体基因组。
结果表明:松瘤小蠹的线粒体基因组长17451 bp,包含13个蛋白编码基因,22
个tRNA和2个r RNA,A、T、C、G所占的比例分别为37.4%、33.45%、18.40%和10.75%。
基于松瘤小蠹以及其他象甲科物种线粒体基因组序列构建系统发育树分析发现,松瘤小蠹与边瘤小蠹的亲缘关系较近,处于同一分支上,与传统的形态学分类相一致。
该研究结果为今后筛选线粒体分子标记来开展松瘤小蠹分子鉴定和种群遗传结构研究奠定了基础。
【总页数】6页(P194-199)
【作者】李兴艳;梁文凯;泽桑梓;赵宁;朱家颖
【作者单位】西南林业大学云南省森林灾害预警与控制重点实验室;云南省林业和
草原有害生物防治检疫局;西南林业大学西南山地资源保育与利用教育部重点实验
室
【正文语种】中文
【中图分类】S476
【相关文献】
1.黑毛皮蠹线粒体基因组分析及皮蠹科系统发育分析
2.健康和受蠹害云南松及云南切梢小蠹后肠挥发性物质的分析与比较
3.苏姜猪线粒体基因组全长测序及线粒体基因多样性分析
4.基于重测序技术的马尾松与火炬松基因组比较分析
5.茸毛小长蝽的线粒体基因组测序和分析
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动物线粒体基因组全序列测定的研究策略
６２
体基 因组作 为一 种分 子标 记 ， 广泛应 用 于动物 界不 同等 级 阶元 系统 发育 的研究 ＿ 。 ２ Ｊ
自１８ 年 ４月 ９日， ９１ 英国《 ａ ｒ） Ｎ ｔ ｅ 杂志公布人类线粒体基 因组全序列 以来 ， ２０ ｕ） Ｊ至 ０８年 ３月， 在不足
３ ０年的 时间 内 ， Ｃ Ｉ中共 收 录了后 生动物 的线 粒体 基 因组全 序列 １１５条 ， 中 ， 足动 物线 粒体基 因组 全 ＮＢ ９ 其 六
序列 ８ 条 ， ｌ 研究 范 围涉及六 足 总纲 的 ｌ ８个 目。动物 线粒 体基 因组 全序 列 的研究 方法 ， 通过 逐渐 改进趋 于成 熟 ， 文对 其发展 进行 了综 述 。 本
１ 基 于物 理 分 离 策 略 的方 法
在 Ｐ Ｒ技术 引入线粒 体 Ｄ Ａ（ Ｃ Ｎ 简称 ｍｔＮ 分离 以前 ， Ｄ Ａ） 对于 线粒体 基 因组 全序列 的测 定 ， 主要包 括 以下 ２部 分 内容 ：１ 高 纯度 ｍＤ Ａ的获得 ；２ ｍＤ Ａ片 段化 成适 于克 隆测 序 的短 Ｄ Ａ片段 。 （） ｔＮ （ ） ｔＮ Ｎ
１ １ 高纯 度 ｍｔ ＮＡ 的获得 ． Ｄ
高纯度 ｍｔ Ｎ 的获得 ， ＤＡ 主要 有密度 梯度 离 心法 和差 速 离心 法 。此 外 ， 有 在 此基 础 上 进行 局 部优 化 的 还 方法 ， Ｄ ａｅ 、 变性法 和改 良的碱变 性法 等 ¨ 。 如 Ｎ ｓ法 碱 Ｊ １ １ １ 氯化 铯密 度梯 度离 心法 ．．
线粒体DNA在鹿科动物物种鉴定中的应用
分离 。此 方法 操作 简单 ， 果好 ， 复性 高 ， 用 广泛 。 以前 常用 于 线粒体 的分 离 。 效 重 应
２３ ＤＮａ ｅ法［ ． ｓ ５ １
此方 法 是 在差 速离 心 获得 线粒 体后 ， 通过 一定 浓 度 的 Ｄ ａｅ消化 ， 效 地 去 除线 粒体 表 面 附着 的核 Ｎｓ 有
收 稿 日期 ： Ｏ ２ ０ — ３ ２ ｌ － １ １
基 金 项 目： 吉林 省 自然科 学基 金 “ 用 Ｄ Ａ条 形 码 评 估 吉林 梅 花 鹿 资 源 ”２ １ １６ ） 利 Ｎ （０ ０５ ７
作 者 简 介 ： 佳 萍 （９ ２ ） 女 ， 林 省 长春 市人 ， 事特 种 经 济 动 物 遗传 育种 研 究 及 计 算机 科 学技 术 应 用 。 徐 １８一 ， 吉 从
域 。本 文介 绍 了鹿 科 动 物线 粒体 Ｄ Ａ 的结 构特 征 、 Ｎ 鹿科 动 物 ｍｔ Ｎ Ｄ Ａ常 用 的提 取 方 法 ， 主要 介 绍 了基 于
ｍ Ｄ Ａ 的序 列对鹿 科 动物物 种进 行鉴 定的 常用方 法 。 ｔＮ
关键 词 ： 科动 物 ， ｔ Ｎ 物种 鉴定 鹿 ｍ Ｄ Ａ，
碱 变性 ， 盐 溶液 复性 ， 高 获得 纯净 的 ｍ Ｄ Ａ。 ｔＮ
２６ 以上几 种 常用提 取 方法 的优缺 点对 比 ． ２６１ 氯化铯 密度梯 度 离心法 ．．
优点 ： 有 良好 的分辨 能力 ， 以 同时使样 品 中几个 或 全部 组分 分离 ； 点 ： 具 可 缺 实验 设备 昂贵 ， 较 长 的 需
２６４ 碱 变 性 法 ．．
优点 ： 需药 品及 设备 费用 较少 ， 验时 间短 ； 点 ： 提取 的 ｍＤ Ａ可 能存在 两种 结构 。 所 实 缺 所 ｔＮ
湿地植物线粒体基因组结构和功能分析
湿地植物线粒体基因组结构和功能分析湿地是全球性的生态系统，它覆盖了面积广泛的地区，对全球的生态系统和人类健康都有巨大的影响。
而植物是湿地生态系统中的关键组成部分，对于维持湿地生态系统的结构和功能具有重要意义。
随着研究的深入，越来越多的人们开始关注植物线粒体基因组的结构和功能，这对于进一步了解植物的发育和进化具有重要意义。
一、线粒体基因组的结构线粒体基因组是一种循环双链DNA分子，平均大小约为500 kb。
在植物中，线粒体基因组被认为是一种独立的、变异性很高的基因组，与核基因组有很大的区别。
植物线粒体基因组通常分为两个部分：同源重复序列（IR）区和两个不同的单拷贝区（LSC和SSC）。
IR区是基因组中最长的区域，它包含了两个相同的序列，在植物基因组中的长度和位置相对稳定。
而LSC（Large Single Copy）和SSC （Small Single Copy）区则大致相等，中间包含了一些高度保守的基因组序列。
二、湿地植物线粒体基因组的功能线粒体基因组在细胞呼吸和能量转移等过程中起着关键作用。
线粒体中包含多个细胞色素氧化酶复合物、NADH，ubiquinone和cytochrome c等重要的酶和分子。
在能量转移过程中，线粒体地位也变得越来越重要。
除了呼吸过程之外，线粒体还涉及到维持植物生长和发育的过程。
例如，植物线粒体基因组中的部分基因参与了葡萄糖代谢、氨基酸合成和脂肪酸β-氧化等重要代谢过程。
此外，线粒体在调节植物的生长和发育方面也具有一定的作用。
例如，线粒体呼吸产生的氧化还原反应产生的氧化气体，可以通过调节植物生长素合成和分解、激素运输和进出细胞等过程来影响植物的生长和发育。
三、湿地植物线粒体基因组的研究随着计算机技术和高通量测序技术的不断发展，越来越多的植物线粒体基因组序列被鉴定出来，这也为湿地植物线粒体基因组的研究打开了新的局面。
对湿地植物线粒体基因组的研究已经取得了一些重要成果，例如在一些模式植物的研究中，研究人员已经鉴定出线粒体基因组的同源重复序列的起始和终止位置，以及两个单拷贝区的大小和基因组序列等。
麂属(Muntiacus)动物线粒体12SrRNA和细胞色素B基因序列分析及其分子进化关系
建 立 分 子 系 统 树 ， 时 探 讨 了这 ３种 动 物 的 起 源 、 类 地 位 及 进 化 关 系 。 同 分
Ｍ ．ｒｅｅｉ Ｍ ． ｒ ｉｒＩ ） ｅ ｖｓ， ｃｉ ｆ Ｏ Ｓ ｎ ｌ
ＹＩ Ｇ ｕ ｇ— ａｉ ａｎ ｃ
（ ｌ ｇ ｆＬｉ ｃｅ ｃ ｆＮａ ｊ ｇ Ｎｏ ｍａ Ｕｎ ｖ ｒｉｙ，Ｎａ ｊ ｇ ２ ０ ９ ，Ｊａ ｇ ｕ，Ｃｈ ｎ ） Ｃｏｌ ｅｏ ｆ Ｓ ｉｎ ｅｏ ｎｉ ｒ ｌ ｅ ｅ ｎ ｉｅ ｓｔ ｎｉ １ ０ ７ ｉｎ ｓ ｎ ｉａ ＺＨ Ａ Ｎ Ｇ ｉ ｏ— ｉ Ｘ ａ ｍｅ ，ＳＨ ＡＮ ｉ ｎ ７ｉ ｌ Ｘ ａ ｇ一ｌａｒ
１ ０ — １ ０ ０个 拷 贝 。ｍｔ ＮＡ 基 因 组 的结 构 简 单 、 ００ ００ Ｄ 稳 定 ， 少受 到序列 重 排 的影 响 ， 很 又具 有广 泛 的种 内
和种 间 多态 性 ， 亲缘关 系相 近 的物 种 间 ， 在 其进 化 率
为单 拷 贝核 基 因 的 ５ ０倍 ， 呈母 系遗 传 。 于这 —１ 并 由
ａ ｎ ａ ｔｕ ｔｊ ｋ，Ｍ ． ｅｖ ｓ ，Ｍ ．ｒｎｆ ｏ ｓ ｒｅ ｅ ｉ ｃｉｉ ｒｎ ）ｗｅ ｅｓ ｑ ｅ ｃ ｄ，ｗｈｌ ｈ ｉ ｐ ｌｇ ｎ ｔ ｅａ ｉｎ ｈ ｐ ｒ ｎ ｌｓｄ ｂ ｈ ｉ ｒ ｅ ｕ ｎ ｅ ｉ ｔ ｅｒ ｈｙｏ ｅ ｅｉ ｒ ｌｔｏ ｓ ｉｓｗｅ ｅａ ａｙ ｅ ｙｔ ｅｒ ｅ ｃ ＤＮＡ ｅ ｕ ｎ ｅ ａ ｄ ｓ ｇ ｅ ｔ ｄｔ ａ ． ｒｎｆ ７ ｓｏ ｅｔ ｅｏｄ ｓ ｐ ｃｅ ，Ｍ ．ｒ ｎ ａ ｓｔ ｅｓ ｃ ｎ Ｍ ． ｅｖ ｓ ｓ ｑ ｅ ｃ ｓ． ｎ ｕ ｇ ｓｅ ｈ ｔＭ ｃ ｉｉ ０１ ｉ ｎ ｈ ｌ ｅ ｔ ｅ ｉｓ ｉ Ｓ ｓ ｒｕ ｌｊ ｋｉ ｈ ｅ ｏ ｄ， ｌ ｒｅ ｅｉｉ ｓ
小麂线粒体基因组全序列的测定和分析
研究报告
小麂线粒体基因组全序列的测定和分析
! 张晓梅)! 单祥年)! ! 施燕峰)! 张海军)! 李 ! 健)! 郑爱玲) ! 南京 ! 南京 ! " ) F 东南大学基础医学院遗传中心 $ ) ( ( ( %) ! F 南京师范大学生命科学学院 $ ) ( ( % *
! ) F/ * * 0 + 1 2 * 3 * 4 2 1 51 * 0 * 2$ 3 1 5 6 6 7 6 8 9 4 3 + 1: * ; + 1 + *$ 3 6 < 0 5 * 4 3 0 < + = * 2 3 + 0 ? 4 + ) ( ( ( %$ @ 5 + 4) >$ , .! ! F@ 6 7 7 * *6 8 A + 8 *( 1 + * 1 *6 8? 4 + 6 2 : 4 7B + = * 2 3 + 0 ? 4 + ) ( ( % *$ @ 5 + 4" . , .? >$ , .!
Байду номын сангаас
为了 进 一 步 研 究 麂 属 动 物 的 进 化 关 系 " 我们首 先选择了取材相对 容 易 的 小 麂 " 通过构建34; 体G 5 H 的全序列 并 对 其 结 构 和 特 点 进 行 分 析 和 比 较" 在此基础上 " 麂属其他物种线粒体基因组的研究 正在进行中 #
线虫线粒体基因组全序列分析研究进展
线虫线粒体基因组全序列分析研究进展贾万忠;闫鸿斌;倪兴维;曹平;娄忠子;付宝权;史万贵【期刊名称】《中国农业科学》【年(卷),期】2011(044)006【摘要】线虫(nematode)种类繁多,生活方式多样,一部分线虫可寄生于动物和植物体内,引起线虫病(nematodiasis),其中旋毛虫病、猪蛔虫病等是重要的人兽共患寄生虫病,在中国和世界各地普遍流行,危害严重.本文将对线虫线粒体基因组的研究进展、应用和今后发展方向做一简要综述.迄今,已完成46种线虫的线粒体基因组全序列测定和分析.线虫线粒体基因组的碱基组成、基因结构、基因变异等方面有其特点,这些分析结果为线形动物门线粒体功能基因组学研究、比较基因组学研究、分子分类学研究、虫种(株)鉴定与分类、分子系统发育和进化分析等提供了重要依据和指导作用,为线虫病诊断、分子流行病学调查等分子检测方法的建立提供参考依据.【总页数】11页(P1255-1265)【作者】贾万忠;闫鸿斌;倪兴维;曹平;娄忠子;付宝权;史万贵【作者单位】中国农业科学院兰州兽医研究所/家畜疫病病原生物学国家重点实验室/农业部兽医公共卫生重点实验室/甘肃省动物寄生虫病重点实验室,兰州,730046;中国农业科学院兰州兽医研究所/家畜疫病病原生物学国家重点实验室/农业部兽医公共卫生重点实验室/甘肃省动物寄生虫病重点实验室,兰州,730046;中国农业科学院兰州兽医研究所/家畜疫病病原生物学国家重点实验室/农业部兽医公共卫生重点实验室/甘肃省动物寄生虫病重点实验室,兰州,730046;中国农业科学院兰州兽医研究所/家畜疫病病原生物学国家重点实验室/农业部兽医公共卫生重点实验室/甘肃省动物寄生虫病重点实验室,兰州,730046;中国农业科学院兰州兽医研究所/家畜疫病病原生物学国家重点实验室/农业部兽医公共卫生重点实验室/甘肃省动物寄生虫病重点实验室,兰州,730046;中国农业科学院兰州兽医研究所/家畜疫病病原生物学国家重点实验室/农业部兽医公共卫生重点实验室/甘肃省动物寄生虫病重点实验室,兰州,730046;甘肃省动物疫病控制中心,兰州,730046【正文语种】中文【相关文献】1.池蝶蚌线粒体基因组全序列分析 [J], 盛军庆;林巧惠;王军花;彭扣;洪一江2.塔里木兔线粒体基因组全序列分析与系统进化研究 [J], 黄娅琳;黄捷;时玉;徐燕红;周用武;侯森林3.塔里木兔线粒体基因组全序列分析与系统进化研究 [J], 黄娅琳;黄捷;时玉;徐燕红;周用武;侯森林4.哈氏蜈蚣线粒体基因组全序列分析 [J], 孙丽冉;齐迎菊;田晓轩5.药用动物乌梢蛇线粒体基因组全序列分析 [J], 刘杰;田晓轩;崔英;朱彦因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
麂属(Muntiacus)动物12SrRNA基因序列分析及其分子进化关系
麂 属 （ ｎｉ ｕ） 一 种 中 小 型 鹿 科 动 物 ， 括 ： 麂 （ ｍ ｎ ｋ （ ｎ＝６ ， ） 小 麂 Ｍｕｔ ｃｓ 是 ａ 包 赤 Ｍ． ｕｔ ） ２ ａ 旱 ７ ， （ ｒ ｖ ｉ（ ｎ＝ ６ ， Ｍ．ｅ ｅ ） ２ ４ ）黑麂 （ ｃｎ ｒ ｓ （ ｎ＝８ ， 舍） 费 氏麂 （ 触 ） ２ ｅｓ Ｍ．ｒ ｉｏ ） ２ ｉｆ ｎ 旱 ９ ， Ｍ． （ ｎ＝１ 旱 ，５ ） ４ １ ， 贡 山麂 （ ． ｏｇｈｎｎｉ）２ Ｍ ｇｎｓａｅｓ （ ｎ＝８ ， 舍） ｓ 旱 ９ 等 Ｊ ．
１ 材 料 和 方 法
１ １ 材 料 来 源 ．
小 麂 （ ．ｅｖｓ） 黄 山猎 户 捕 获 的猎 物 ； 麂 （ ． ｕ ｔｋ 和 黑 麂 （ ． ｒ ｉｏｓ 细 胞 株 购 Ｍ ｒ ｅｉ 是 ｅ 赤 Ｍ ｍ ｎａ ） Ｍ ｃｉｆ ｎ ） ｎｒ
自昆 明动 物 研 究 所 ． １２ ｍｔ ＮＡ 的提 取 和 纯 化 ． Ｄ
学 教 学 与研 究 讯
南 京 师大 学报 （ 自然 科 学 版 ）
ｐ１ ０ ： 一ａ ａ ｃｔｃ ａ ｇａ ｔｃ ｔ ｃ ｇ ａ ａ 一 ３ ０ ９ ５ ａ ａ ａ ｇ ｔ ｃ ｔ ｇ ｔ ｃ ｔｔｔｔ ｃ ｇ ｃ ｔ ａ ｐ ７８： － ａ ｔ ｃ ｇ ａ ｃ ｔ ａ ａ ｇ ｇ ｃ ｔｇ ｇ ｇ ｇ ｇ ｃ 一 ３ ５ ５ｔａ ａ ｃｇ ａ ａ ｃ ａ ａ ｔ ｃ ｔ ｔ
（ ． 南 大 学 基 础 医学 院 ，１０９， 京 ） ２东 ２ ００ 南
［ 摘要 ］ 对麂属（ ｎ／ｕ） Ｍｕｔｃｓ 中的 ３ ａ 种动物： 赤麂（ ｍ Ｍ．
）２ ６ ７ ， （ ｎ＝ ｇ，舍）小麂 （ ｒｔｉ （ｎ＝４） 黑麂 Ｍ．ｅ￣ ）２ ｅ ６，
三种鹿科动物线粒体全基因组序列的测定及分析
1 分钟 10 秒
5 分钟
表 3 PCR 反应体系及反应条件
Table 3 Composition and condition of PCR reaction
反应试剂 ddH2O 10 × Buffer dNTPs
引物 1 引物 2 Taq 酶 DNA 模板
反应体系（μl） 反应体积（μl） 36.5 5.0 5.0 0.5 0.5 0.5 2.0
序列
5'GAGGAGCTGGTATCAAG3' 5'CATAAGTAGCTCGTCTGG3' 5'ACCCCTTGTACCTTTTG3' 5'GCCTTATTTCTCTGGTCC3' 5'AGTCCTACGTGATCTGAG3' 5'TTTGGTGTATTTGGGAG3' 5'CCCTCCACAAACATAAG3' 5'GAGCCCACCAATCTAGT3' 5'CAAAGCCCTAAGCAAGT3' 5'GTGTCAACGTCTATTCCG3' 5'GGGTACATAGGAATAGTC3' 5'GTCGAGTTGATATAAGAG3' 5'CTGAAGACGTACTGCACTC3' 5'GGCTGATAGAGCTCCTGTA3' 5'CCTTGAGTTTGCAGTAGC3' 5'CATAGGCTAGACTTGCG3' 5'GCCATTACATTCCTTCT3' 5'GCATACCATATCCTCCT3' 5'ACATTACTGGGTCTCTA' 5'TAGTCAGTGTCAGTTTG3' 5'CCTATTCTCCTCCTTCAC3' 5'GCTTCCAATTATTAGACG3' 5'GTACACCAACGCCTGAG3' 5'CCCCGTTTGCGTGTAT3' 5'ATTTCGGCTCCTTACTA3' 5'GGTTTACAAGACCAGTG3' 5'ATTGGACAACTAGCATC3' 5'TTTTATCACTGCTGTCTC3'
线粒体基因组检测方法及引物[发明专利]
![线粒体基因组检测方法及引物[发明专利]](https://img.taocdn.com/s3/m/3eb0350986c24028915f804d2b160b4e767f8138.png)
(10)申请公布号(43)申请公布日 (21)申请号 201410482243.3(22)申请日 2014.09.19C12Q 1/68(2006.01)C12N 15/11(2006.01)(71)申请人深圳华大基因科技有限公司地址518083 广东省深圳市盐田区北山路146号北山工业区综合楼11F-3(72)发明人崔路漫 叶睿 毕腾腾(74)专利代理机构北京纪凯知识产权代理有限公司 11245代理人关畅 白艳(54)发明名称线粒体基因组检测方法及引物(57)摘要本发明公开了线粒体基因组检测方法及引物。
本发明提供了一种用于法医鉴定检材的引物组，包括4个引物对；所述4个引物对分别为由Mit1F 引物和Mit1R 引物组成的引物对1、由Mit2F 引物和Mit2R 引物组成的引物对2、由Mit3F 引物和Mit3R 引物组成的引物对3以及由Mit4F 引物和Mit4R 引物组成的引物对4。
本发明的方法检测出基因组量少的样本的线粒体DNA 的全长序列，为法医学中微量检材的检测提供了重要的检测技术。
(51)Int.Cl.(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请权利要求书2页 说明书14页序列表4页 附图4页CN 105087767 A 2015.11.25C N 105087767A1.一种用于扩增线粒体基因组的引物组，包括4个引物对；所述4个引物对分别为由Mit1F引物和Mit1R引物组成的引物对1、由Mit2F引物和Mit2R引物组成的引物对2、由Mit3F引物和Mit3R引物组成的引物对3以及由Mit4F引物和Mit4R引物组成的引物对4；所述Mit1F引物的核苷酸序列为序列表中序列1；所述Mit1R引物的核苷酸序列为序列表中序列2；所述Mit2F引物的核苷酸序列为序列表中序列3；所述Mit2R引物的核苷酸序列为序列表中序列4；所述Mit3F引物的核苷酸序列为序列表中序列5；所述Mit3R引物的核苷酸序列为序列表中序列6；所述Mit4F引物的核苷酸序列为序列表中序列7；所述Mit4R引物的核苷酸序列为序列表中序列8。
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!! 麂类 动 物 在 分 类 上 属 于 偶 蹄 目 鹿 科 麂 亚 科 麂 属$ 是一种中小型 鹿 科 动 物 $ 雄 性 具 角$ 主要分布在 中国南部及东南亚一些地区 * 包括 赤 麂 ! C < 0 + 4 1 < 3 小麂! ( 黑麂! : < 0 4 D"( C < 0 + 4 1 < 32 * * = * 3 +" C < 0 + 4 E , ( 费氏麂! ( 罗氏麂 1 < 31 2 + + 8 2 6 3" C < 0 + 4 1 < 38 * 4 *" ! 以及贡山麂! C < 0 + 4 1 < 32 6 6 3 * = * 7 0 6 2 < :" C < 0 + 4 1 < 3
)! 材料和方法
= > =! 材料 ) F ) F )! 动物标本 新鲜的小麂肝 % 肾组织 " 立即 使 用 " 或 A # ([ 储 存 待用 # ) F ) F !! 实验菌株和质粒 大肠杆菌 G 北京 N & \ = ) # 载体 序仪 ! # Q 1 6 ] H = @ ) ( ( ($ H B 1 / D > 6 B^ > 6 / B 6 : 7 6 R = > ?! 方法 ) F ! F )! 线粒体 G 5 H 的提取 参照文献 & ’ 并根据我们实验室条件修改如 ’" $ 下( 取新 鲜 或 L# 肾 组 织" 低温下 ([ 保 存 的 小 麂 肝 % 充分 打 碎 % 匀 浆 #) " 弃 沉 淀# 上 清 ( ( ( ( B 7 8 R离心) 重复离心 !!’ 次 " 以减少细胞核碎片的污染 # 上清 重 悬线 ) & ( ( ( ( B 7 8 以沉淀线粒 体 # 弃上 清 " R 离心 ! 粒体沉淀 " I 5 6 D 1处理去除 I 5 H# 碱 裂 解 抽 提 线 粒 体G 酚氯仿 抽 提 去 除 残 余 的 蛋 白 质 " 加入) ) 5 H" ) ( 体积 ’ ) B . 9 J醋酸钠及!倍体积的无水乙醇沉淀 干燥 " 溶于 Y G 5 H" * (_ 乙醇洗涤 " @ 缓冲液 #
# $ 8 9 2 . * ’ & . HD > . 0 A , 8G 5 HD 1 , 1 8 : 1D 0 / 6 0 1 6 D1 B 9 . 1 2 7 8W > 7 : >0 > 1B 7 0 . : > . 8 2 / 7 6 9R 1 8 . B 19 7 3 / 6 / <Q , 8 0 7 6 : , D R V R 4W 4 4. + / 1 1 X 1 D 7 > 6 D3 1 1 8: . 8 D 0 / , : 0 1 20 .. 3 0 6 7 80 > 1: . B 9 1 0 1B 7 0 . : > . 8 2 / 7 6 9R 1 8 . B 1D 1 , 1 8 : 1 ? Y > 1= > 7 8 1 D 1Q , 8 0 6 : DB 7 0 . A V C $ $ $ $ : > . 8 2 / 7 6 9 1 8 . B 1 : . 8 D 7 D 0 7 8 < ) " ’ & $3 6 D 16 7 / DW > 7 : >1 8 : . 2 1R 1 8 1 D < . / ) ’/ . 0 1 7 8 D !/ I 5 H D 6 8 2! ! 0 I 5 H D 7 D D 7 B 7 9 6 / R R. $ 0 .0 > . D 1B 6 B B 6 9 D 7 83 . 0 >. / 2 1 / 6 8 2. / 7 1 8 0 6 0 7 . 8 ? Y > 1D 1 , 1 8 : 1. < / I 5 HR 1 8 1 D . B 1. < 0 > 1/ . 0 1 7 8 A : . 2 7 8 / 1 7 . 8 D6 8 2 0 I A V R R 5 H D6 / 1> 7 > 9 . B . 9 . . , D 7 8B 6 B B 6 9 D ? G 7 < < 1 / 1 8 : 1 D1 E 7 D 0 7 8 7 8 0 > 1 9 1 8 0 >6 8 2D 1 , 1 8 : 1. < 0 > 1G A 9 . . 1 7 . 8 D6 : : . , 8 0 R 4> R R R V -/ R < . / 0 > 1X 6 / 7 6 0 7 . 8 D 7 8B 6 B B 6 9 DB 7 0 . : > . 8 2 / 7 6 9 1 8 . B 1 D ? R # ) ) : " / * ( 2 C < 0 + 4 1 < 3 2 * * = * 3 +) B 7 0 . : > . 8 2 / 7 6 9 1 8 . B 1 D > . 0 A , 8D 1 , 1 8 : 7 8 + 1 , 1 8 : 16 8 6 9 D 7 D R R V R V 4 ;<
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! " 在同一属中变化如此之大是比较少见的 # 由 Z$ " 此" 科学家们对麂属 动 物 进 化 关 系 和 分 类 地 位 之 间 但 目 前 尚 无 定 论# 有 的进化提出了一 系 列 的 假 设 " 学者根据对它们的染色体数目和带型的分析认为进 化机制是通过染色 体 的 罗 伯 逊 断 裂 " 使得常染色体 的! 而性染色体的组成形式是由 - 数 由 少 到 多" 单孔目的鸭嘴兽 ! 到P 食 P P P P A P P T$ P A P T T ) ) ! ! ) ! ) !$ 虫目 % 翼手目 % 有袋目的一些种及偶蹄目中一些较原 始的种 ! " 最后进化为较高等哺乳动物的 P P A P T形 式" 据此认为赤 麂 与 黑 麂 起 源 应 早 于 小 麂 # 但 也 有 学者持不同 观 点 " 认为染色体数目较多的小麂$ ! ! 是比较原始的类型 " 通过染色体的罗伯逊融合 Z$ " )’ 等机制演化出赤麂和黑麂 & # 麂属动物已成为 研 究
摘!要! 通过建立麂属动物小麂线粒体 G 鸟枪法测序 $ 获 得 了 小 麂 线 粒 体 基 因 组 全 序 列关哺乳动物线粒体基因组全序列的首次 报 道* 0 I 5 H 基因等结构作 了 详 细 分 析 $ 与其他哺乳动物线粒体基因组全序列的比较研究发现 # 全长为 ) "’ & $ 3 ’种蛋白 -的小麂线粒体基因组同样编码 ) 质( 除了用于调控线粒体 G 小麂线粒体基因组各基因长 ! 种/ I 5 H和! ! 种0 I 5 H$ 5 H 复制和转录的 G A J . . -区 以 外 $ 位置与其他哺乳动物相似 $ 其编码蛋白质区域和 / 度( I 5 H 基因与其他哺乳动物具有很高的同源性 * 关键词 ! 小麂 )线粒体基因组 ) 鸟枪法测序 ) 序列分析 中图分类号 ! K % & % F #!!! 文献标识码 ! H!!! 文章编号 ! ! " ( ! & ’L% * * ! ! ( ( $ ( "L( # $ %L( &
为了 进 一 步 研 究 麂 属 动 物 的 进 化 关 系 " 我们首 先选择了取材相对 容 易 的 小 麂 " 通过构建34; 体G 5 H 的全序列 并 对 其 结 构 和 特 点 进 行 分 析 和 比 较" 在此基础上 " 麂属其他物种线粒体基因组的研究 正在进行中 #
遗!Байду номын сангаас ! ! " # " # " $ % & ’ (! ) * + + ! " " # $ %!# & ’$ ! ( ( $ , ."
研究报告
小麂线粒体基因组全序列的测定和分析
! 张晓梅)! 单祥年)! ! 施燕峰)! 张海军)! 李 ! 健)! 郑爱玲) ! 南京 ! 南京 ! " ) F 东南大学基础医学院遗传中心 $ ) ( ( ( %) ! F 南京师范大学生命科学学院 $ ) ( ( % *
基金项目 ! 国家自然科学基金资助项目 ! 项目编号 # " % ! " & ’ % % * ( ) ) ) + , . / 0 1 23 6 0 7 . 8 6 95 6 0 , / 6 9+ : 7 1 8 : 1; . , 8 2 6 0 7 . 8. <= > 7 8 6 5 . ? ’ % % * ( ) ) 45 作者简介 ! 张晓梅 ! $ 女$ 东南大学基础医学院硕士研究生 $ 研究方向 # 遗传学学习和研究 ? 现工作单位 # 江苏省肿瘤医院分子生 物 学 研 究 ) % " %’" 室! " ! ) ( ( ( % 通讯作者 ! 单祥 年 ! $ 男$ 教授( 南京师范大学生命科学院兼职教授( 博士生导师$ 研究方向# 遗传学教学与研 究? # ) % ’ *’" @ A B 6 7 9 8 D E 8"4 6 > . . ? C : . B? : 8 致 !! 谢 ! 本实验得到中国科学院遗传与发育生物学研究所华大基因中心主任杨焕明教授等同仁的大力支持 $ 在此深表感谢！
收稿日期 ! 修回日期 ! ! ( ( ’ ( & ! "" ! ( ( ’ ) ! ! &