圆二色软件CDpro使用
揭示蛋白质结构谜团：圆二色谱计算二级结构的方法与意义探析
揭示蛋白质结构谜团：圆二色谱计算二级结构的方法与意义探析蛋白质是生物体内重要的功能分子，其结构与功能密不可分。
蛋白质的二级结构（secondary structure）是指由α-螺旋、β-折叠等基本结构单元组成的局部结构。
准确地确定蛋白质二级结构对于理解蛋白质的功能和相互作用具有重要意义。
在蛋白质结构研究中，圆二色谱计算成为一种常用的技术，本文将详细论述圆二色谱计算二级结构的方法与意义。
一、蛋白质二级结构的重要性。
1.什么是蛋白质二级结构？。
蛋白质的二级结构是指由α-螺旋、β-折叠等基本结构单元组成的局部结构。
它是蛋白质结构中的重要组成部分，直接影响蛋白质的稳定性、功能和相互作用。
2.二级结构的意义。
蛋白质的二级结构对于研究蛋白质的功能、相互作用和结构演化具有重要意义。
通过准确地确定蛋白质的二级结构，我们可以了解蛋白质的折叠方式、稳定性以及与其他分子的相互作用。
二、圆二色谱计算二级结构的方法。
1.圆二色谱原理。
圆二色谱是一种通过测量蛋白质对左旋和右旋圆偏振光的吸收差异来获取信息的技术。
它基于圆二色效应和手性吸收现象。
蛋白质的二级结构对圆二色谱光谱具有明显的影响。
图1。
2.CDPro软件的使用。
CDPro是一款常用的蛋白质圆二色谱数据分析软件。
它通过采用不同的算法和模型，如K2D、CONTINLL等，对圆二色谱数据进行分析和解析。
CDPro提供了直观易用的界面和功能，可以帮助研究人员准确计算蛋白质的二级结构。
3.其他方法和工具。
除了CDPro软件，还有其他常用的圆二色谱计算二级结构的方法和工具。
例如，DichroWeb是一个在线平台，提供了多种分析工具和数据库，用于解析和解释圆二色谱数据。
SELCON3是一种基于统计学方法的二级结构计算工具，可用于处理大规模数据集。
三、圆二色谱计算二级结构的意义。
1.功能和结构关联。
蛋白质的二级结构与其功能之间存在密切的关联。
二级结构元素的类型和相对位置决定了蛋白质的折叠方式和稳定性，从而影响其功能。
cad基础知识
PRT FOUR
CD图层和块
图层设置和管理
什么是图层：在CD中图层是用来组织和管理图形元素的工具
图层类型：CD中常见的图层类型有普通图层、块图层、外部参照图层等
图层属性：包括颜色、线型、线宽、透明度等可以自定义设置
图层管理：可以通过图层管理器进行图层的创建、删除、重命名、冻结、解冻等操作
尺寸公差：表示尺寸的允许误差范围
尺寸标注类型和步骤
线性标注：用于标注直线、曲线等线性尺寸
角度标注：用于标注角度尺寸
半径标注：用于标注圆弧、圆等半径尺寸
直径标注：用于标注圆、圆弧等直径尺寸
坐标标注：用于标注坐标尺寸
尺寸标注步骤：选择尺寸标注工具选择要标注的对象输入尺寸值确定标注位置完成标注。
PRT SIX
图块创建和插入
创建图块：选择需要创建图块的对象点击“创建块”按钮输入图块名称和基点点击“确定”按钮。
插入图块：在命令行输入“I”选择图块点击“确定”按钮选择插入点点击“确定”按钮。
编辑图块：双击图块进入块编辑器进行编辑点击“确定”按钮。
删除图块：选择图块点击“删除”按钮。
属性块定义和编辑
定义属性块：在CD中属性块是一种特殊的块可以包含文字、图形和其他对象
直线：绘制直线段圆弧：绘制圆弧段矩形：绘制矩形椭圆：绘制椭圆圆：绘制圆偏移：将图形沿指定方向偏移一定距离镜像：将图形沿指定轴线镜像阵列：将图形按指定方式排列修剪：删除图形中不需要的部分延伸：将图形延伸到指定位置打断：将图形打断成两部分合并：将多个图形合并成一个图形倒角：将图形的尖角倒成圆角圆角：将图形的尖角倒成圆角缩放：改变图形的大小旋转：改变图形的方向移动：改变图形的位置复制：复制图形删除：删除图形撤销：撤销上一步操作恢复：恢复上一步操作捕捉：捕捉到指定位置正交：使绘图方向与坐标轴平行极轴：使绘图方向与坐标轴垂直对象捕捉：捕捉到指定对象动态输入：实时显示输入值动态标注：实时显示标注值动态修改：实时修改图形属性动态显示：实时显示图形状态动态更新：实时更新图形信息动态打印：实时打印图形动态保存：实时保存图形动态退出：实时退出CD动态帮助：实时显示帮助信息动态提示：实时显示提示信息动态错误：实时显示错误信息动态警告：实时显示警告信息动态确认：实时显示确认信息动态取消：实时取消操作动态重做：实时重做操作动态恢复：实时恢复操作动态撤销：实时撤销操作动态删除：实时删除操作动态复制：实时复制
2012-12-30 圆二色技术及应用
圆二色技术及应用Circular Dichroism自上世纪80 年代以来, 结构生物化学得到了迅速的发展, 生物大分子结构的测定逐渐成为生命科学研究领域的热门课题。
人类基因组测序完成后, 蛋白质组学的相关研究成为生物学中的重要课题。
蛋白质是生物活性大分子物质, 蛋白质的结构对生物活性有着重要的影响, 其结构的变化将会导致其它性能的变化。
目前, 确定蛋白质结构的最准确方法是X 射线晶体衍射, 它要求蛋白质是晶体存在状态,不过, 对结构复杂、柔性的生物大分子蛋白质来说, 要得到所需的晶体结构较为困难。
二维、多维核磁共振技术能测出溶液状态下较小蛋白质的结构, 可是对分子量较大的蛋白质的数据计算处理非常复杂。
相比之下, 圆二色(Circular Dichroism, 简称CD) 是研究稀溶液中蛋白质结构的一种快速、简单、较准确的方法。
自1969 年Greenfield 用圆二色光谱数据估计了蛋白质二级结构后, 有关CD 光谱研究蛋白质结构的报道增多。
圆二色现象是由光学活性物质对左右圆偏振光的吸光率之差引起的, 按照圆二色产生的机理, 圆二色有几种类型: 由电子跃迁引起的, 一般称之为圆二色(CD) , 又称为ECD; 由分子振动引起的, 称为VCD; 另外还有荧光CD, 拉曼旋光等。
本文只对由电子跃迁引起的圆二色现象, 就用紫外CD 光谱技术分析蛋白质二级和三级结构的基本原理及其研究方法进展作一评述。
1圆二色性原理1.1 蛋白质的圆二色性原理当一束平面偏振光通过具有手性的介质时, 由于该介质对左右旋圆偏振光的折射率不同, 使得它们通过介质的速率也不同, 因此叠加产生的平面偏振光的偏振方向将会改变, 产生旋光性; 同时, 由于手性介质对左右旋圆偏振光的摩尔吸光率(εL, εR) 不同, 产生一个差值Δε= εL-εR,使得左右旋圆偏振光通过介质后的振幅也将不同, 这样两者叠加而形成椭圆偏振光。
圆二色也常用摩尔椭圆率[θ] (单位为deg·cm2·dmol-1 ) 来表示, [θ]与Δε存在以下换算关系,[θ]=3300·Δε一般手性物质的圆二色性与波长有关, 如果对手性物质按照一定的波长扫描, 便得到其CD 光谱图, 从图谱上可以了解其分子及结构上的手性特性。
2024版Proface基础教程
目录
• 基础知识与概述 • 界面与操作入门 • 图形绘制与编辑技巧 • 文本处理与排版技巧 • 数据交换与文件格式转换 • 图表生成与数据分析功能 • 总结回顾与拓展学习资源
01
基础知识与概述
Proface简介
Proface是一种高效、易用的工业自动化人机界面 01 （HMI）软件
图形编辑功能介绍（移动、旋转、缩放等）
移动图形
01
选择需要移动的图形对象，然后使用移动工具或键盘方向键将
其移动到新位置。
旋转图形
02
选择需要旋转的图形对象，然后使用旋转工具指定旋转中心和
旋转角度，即可将图形旋转到所需方向。
缩放图形
03
选择需要缩放的图形对象，然后使用缩放工具指定缩放比例或
拖动控制点，即可将图形缩放到所需大小。
学员需要提前复习本 次课程的知识点，并 预习下一讲的相关内
容；
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持。
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数据交换过程中常见问题及解决方法
数据格式不匹配
在数据交换过程中，可能会遇到数据格式不匹配的问题。 这时，可以尝试使用数据转换工具或编写自定义脚本来解 决格式转换问题。
数据丢失或错误 在数据交换过程中，可能会出现数据丢失或错误的情况。 为了避免这种情况的发生，可以在交换前对数据进行备份 和校验，确保数据的完整性和准确性。
02 圆形绘制
选择绘图工具中的圆形工具，可以绘制圆形或椭 圆形。通过指定圆心和半径（或长轴和短轴）， 可以创建不同大小和形状的圆形或椭圆形。
03 矩形绘制
精准结构解读：圆二色谱分析软件选择指南
精准结构解读：圆二色谱分析软件选择指南1. 引言圆二色谱是一种重要的分析技术，广泛应用于生物药物领域。
圆二色谱分析软件的选择对于准确解读实验结果至关重要。
本文将为您介绍圆二色谱分析软件的选择指南，帮助您在众多选项中找到最适合您研究需求的软件。
图1。
2. 圆二色谱分析软件的基本功能圆二色谱分析软件主要用于处理和解读圆二色谱数据。
它们能够提供以下基本功能：2.1 数据导入和处理。
优秀的圆二色谱分析软件应具备数据导入和处理的功能。
它们能够读取不同仪器生成的数据文件，并进行预处理，如去除噪音、平滑曲线等。
2.2 结构解析和拟合。
圆二色谱分析软件能够将实验数据与已知结构进行比对，并拟合出最佳的结构模型。
这对于研究人员来说非常重要，因为它能够帮助他们确定分子的构象和构型。
2.3 数据可视化和分析。
优秀的软件还应提供数据可视化和分析的功能。
它们能够生成高质量的图表和图像，帮助研究人员更好地理解实验结果，并进行进一步的数据分析。
3. 圆二色谱分析软件的选择因素在选择圆二色谱分析软件时，有几个关键因素需要考虑：3.1 功能和性能。
首先，您需要考虑软件的功能和性能。
一个好的软件应具备强大的数据处理和结构解析能力，并且能够提供高质量的数据可视化和分析功能。
此外，软件的稳定性和易用性也是需要考虑的因素。
3.2 数据格式兼容性。
不同的圆二色谱仪器可能会生成不同的数据格式。
因此，选择软件时需要确保它能够兼容您实验室使用的仪器生成的数据格式。
这样可以避免数据转换和格式兼容性的问题。
3.3 数据库和参考库。
一些圆二色谱分析软件提供了丰富的数据库和参考库，包括蛋白质、核酸和多肽等。
这些数据库和参考库可以帮助研究人员更好地解读实验结果，并提供结构模型的比对和拟合。
3.4 技术支持和更新。
选择软件时，您还需要考虑技术支持和软件更新的情况。
一个好的软件应该有及时的技术支持和定期的软件更新，以确保软件的稳定性和功能的持续改进。
4. 圆二色谱分析软件的常见选择以下是一些常见的圆二色谱分析软件供您参考：4.1 CDPro。
高纯度白喉毒素突变体CRM197_的制备及鉴定
引用格式：黄杰, 李松, 孙俊, 等. 高纯度白喉毒素突变体CRM197的制备及鉴定[J]. 中国测试，2023, 49(11): 176-183. HUANG Jie, LI Song, SUN Jun, et al. Production and identification of high purity diphtheria toxin mutant CRM197[J]. China Measurement &Test, 2023, 49(11): 176-183. DOI: 10.11857/j.issn.1674-5124.2023040038高纯度白喉毒素突变体CRM197的制备及鉴定黄 杰， 李 松， 孙 俊， 赖 艺， 何 刚， 魏 鑫， 侯文礼(成都康华生物制品股份有限公司研发中心，四川 成都 611130)摘 要: 为了制备高纯度的白喉毒素无毒突变体CRM197，可作为载体蛋白用于细菌性结合疫苗开发，对CRM197基因进行大肠杆菌密码子优化，并克隆至表达载体pET28a(+）中，将鉴定正确的重组质粒pET28a-CRM197转化到大肠杆菌BL21(DE3)，经IPTG 诱导表达，并分析其表达形式及表达条件的优化。
再对表达的重组CRM197蛋白进行纯化，最后对纯化的CRM197进行WB 、纯度、分子量和圆二色谱等检测项目的初步鉴定分析。
PCR 酶切和测序鉴定结果表明重组质粒pET28a-CRM197构建成功，将其转化到大肠杆菌BL21(DE3)中，获得重组工程菌(E.coli (DE3/p28a/197)。
该重组工程菌发酵的最佳接种量为5%~10%(v /v )，且主要以包涵体形式表达，收获的菌体在高压均质机破碎压力为1 000 bar 的条件下进行破碎，然后利用6 mol/L 盐酸胍进行溶解变性，复性及经30 kD 超滤膜包超滤后上纯化系统AKTA pure150 M ，经一步阴离子交换层析进行纯化，其纯度可达98%以上，WB 、分子量及圆二色谱等鉴定结果均与标准品一致。
圆二色谱原理与应用
光源发射光量子
从演示中可以看出：光源发射的单个光量子的运动轨迹是一个轨迹为余弦 函数的简谐振动 轨迹方程为 x＝Acos（ωt＋φ）
而真实光源向外发射的是连续的光量子 如图所示:图中不同颜色的小球代表不同的光量子
所有光量子在一个平面上我们称之为平面偏振光 它的轨迹方程为x＝Acos（ωt＋φ） 公式中 A为振幅与光强度的平方成正比
a/(a+b+c)=螺旋含量 b/(a+b+c)=折叠含量 c/(a+b+c)=无规卷曲含量
Recommended Methods
• For determination of globular protein conformation in solution: SELCON, CDNN and K2D.
CD实验要点
仪器操作及参数:
Nitrogen flushing
Flushing the optics with dry nitrogen is a must:
• Xe lamp has a quartz envelope, so if operated in air it’ll develop a lot of ozone, harmful for the mirrors
φ为初始相位 t为时间
我们平时看到的光为自然光具有: 1.方向随机性 自然光源向外发射方向性是随机的光量子
2. 不连续性
z 传播方向 360度旋转的轨迹 会产生无数初始相位不同的光量子
糖葫芦
这两个性质决定自然光具有如图所示的性质,既自然光可以看作圆柱形向 前传播的光
两束光的合成: 物理力学力的矢量合成:
当两束圆偏振光照射到含有这类分子的溶液时:
圆二色和拉曼光谱法分析Ⅰ型胶原蛋白二级结构及热变性
ＩＳＳＮ１００６－７１６７ＣＮ３１－１７０７／ＴＲＥＳＥＡＲＣＨＡＮＤＥＸＰＬＯＲＡＴＩＯＮＩＮＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ第４０卷第５期 Ｖｏｌ．４０Ｎｏ．５２０２１年５月Ｍａｙ２０２１ ＤＯＩ：１０．１９９２７／ｊ．ｃｎｋｉ．ｓｙｙｔ．２０２１．０５．００８圆二色和拉曼光谱法分析Ⅰ型胶原蛋白二级结构及热变性程 红， 王 玲（华中科技大学分析测试中心，武汉４３００７４）摘 要：选用圆二色和拉曼光谱对一种Ⅰ型胶原蛋白的溶液态和固态进行二级结构分析，并分别观察二级结构随温度所发生的改变（即热变性）。
结果表明，圆二色光谱法测试Ⅰ型胶原蛋白溶液态的变性温度约为４０℃。
在温度低于４０℃时，胶原特有的Ｐ２结构随温度升高而降低，三螺旋结构被逐步破坏；拉曼光谱法测试固态即胶原蛋白海绵的变性温度约为２００℃，与样品的差热分析结果基本一致。
该工作可作为胶原蛋白相关研究的实验提供参考。
关键词：Ⅰ型胶原蛋白；圆二色；拉曼光谱；二级结构；热变性中图分类号：Ｑ７８１ 文献标志码：Ａ 文章编号：１００６－７１６７（２０２１）０５－００３１－０５ＡｎａｌｙｓｉｓｏｆｔｈｅＳｅｃｏｎｄａｒｙＳｔｒｕｃｔｕｒｅａｎｄＴｈｅｒｍａｌＤｅｎａｔｕｒａｔｉｏｎｏｆＴｙｐｅＩＣｏｌｌａｇｅｎｂｙＣＤａｎｄＲａｍａｎＳｐｅｃｔｒｏｓｃｏｐｙＣＨＥＮＧＨｏｎｇ， ＷＡＮＧＬｉｎｇ（ＡｎａｌｙｔｉｃａｌａｎｄＴｅｓｔｉｎｇＣｅｎｔｅｒ，ＨｕａｚｈｏｎｇＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＳｃｉｅｎｃｅａｎｄＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｗｕｈａｎ４３００７４，Ｃｈｉｎａ）Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｔｗｏｐｏｗｅｒｆｕｌｓｐｅｃｔｒａｌｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，ｃｉｒｃｕｌａｒｄｉｃｈｒｏｉｓｍａｎｄＲａｍａｎｓｐｅｃｔｒｏｓｃｏｐｙ，ｗｅｒｅｓｅｌｅｃｔｅｄｔｏａｎａｌｙｚｅｔｈｅｓｅｃｏｎｄａｒｙｓｔｒｕｃｔｕｒｅｏｆａｔｙｐｅＩｃｏｌｌａｇｅｎｉｎｓｏｌｕｔｉｏｎａｎｄｓｏｌｉｄｓｔａｔｅ，ａｎｄｔｈｅｃｈａｎｇｅｏｆｓｅｃｏｎｄａｒｙｓｔｒｕｃｔｕｒｅｗｉｔｈｔｅｍｐｅｒａｔｕｒｅｗａｓｏｂｓｅｒｖｅｄ，ｗｈｉｃｈｉｓｃａｌｌｅｄｔｈｅｒｍａｌｄｅｎａｔｕｒａｔｉｏｎ．ＴｈｅｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔｄｅｔｅｒｍｉｎｅｄｔｈａｔｔｈｅｄｅｎａｔｕｒａｔｉｏｎｔｅｍｐｅｒａｔｕｒｅｏｆｃｏｌｌａｇｅｎｔｙｐｅＩｉｎｓｏｌｕｔｉｏｎｉｓａｂｏｕｔ４０℃，ｗｈｅｎｔｈｅｔｅｍｐｅｒａｔｕｒｅｉｓｌｏｗｅｒｔｈａｎ４０℃，ｔｈｅＰ２ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｏｆｃｏｌｌａｇｅｎｄｅｃｒｅａｓｅｓｗｉｔｈｔｈｅｉｎｃｒｅａｓｅｏｆｔｅｍｐｅｒａｔｕｒｅａｎｄｔｈｅｔｒｉｐｌｅｈｅｌｉｘｓｔｒｕｃｔｕｒｅｉｓｇｒａｄｕａｌｌｙｄｅｓｔｒｏｙｅｄ．Ｔｈｅｄｅｎａｔｕｒａｔｉｏｎｔｅｍｐｅｒａｔｕｒｅｏｆｓｏｌｉｄｃｏｌｌａｇｅｎｓｐｏｎｇｅｉｓａｂｏｕｔ２００℃，ｗｈｉｃｈｉｓｃｏｎｓｉｓｔｅｎｔｗｉｔｈｔｈｅｒｅｓｕｌｔｓｏｆｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌｔｈｅｒｍａｌａｎａｌｙｓｉｓ．Ｔｈｉｓｗｏｒｋｃａｎｂｅｕｓｅｄａｓａｎｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌｇｕｉｄｅａｎｄａｐｒｏｔｏｃｏｌｆｏｒｃｏｌｌａｇｅｎｒｅｌａｔｅｄｒｅｓｅａｒｃｈ．Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：ｔｙｐｅⅠｃｏｌｌａｇｅｎ；ｃｉｒｃｕｌａｒｄｉｃｈｒｏｉｓｍ；Ｒａｍａｎｓｐｅｃｔｒｏｓｃｏｐｙ；ｓｅｃｏｎｄａｒｙｓｔｒｕｃｔｕｒｅ；ｔｈｅｒｍａｌｄｅｎａｔｕｒａｔｉｏｎ收稿日期：２０２０ ０９ ２７基金项目：国家自然科学基金项目（８１７７３１６０）；华中科技大学实验技术研究项目（０１３４５０５００６）作者简介：程 红（１９７６－），女，湖北天门人，高级工程师，主要从事光谱仪器分析。
CD同步辐射圆二色光谱技术
L
R
tg tgh
[ ] 2.303( AL AR )
4
34
基本原理——数学描述
I () I L () I R () I0 ()10 Al () I0 ()10 AR ()
I0 ( )10 ( A( )A( ) / 2) I0 ( )10 ( A( )A( ) / 2)
T:0.20, O:0.36).
[ ] f [ ] , fs[ ],s ft [ ],t f [ ], ...
22
圆二色光谱的解析
Cartoon drawings of: A) triosephosphate isomerase (H:0.52, S:0.14, T:0.11, O:0.23); B) hen egg lysozyme (H:0.36, S:0.09, T:0.32, O:0.23); C) myoglobin (H:0.78, S:0.0, T:0.12,
同步辐射圆二色光谱技术
张国斌 中国科技大学国家同步辐射实验室
2008-04
1
同步辐射圆二色光谱技术
1，圆二色光谱概念及其意义 2，基本原理 3，同步辐射圆二色光谱的优势 4，同步辐射圆二色光谱测量方法 5，国家同步辐射实验室圆二色光谱仪器简介
2
光的偏振性
3
光的偏振性
4
光的偏振性
5
光的偏振性
10
Circularly polarized waves in a refracting medium
11
Plane-polarized waves in a medium showing circular dichroism circular dichroism makes plane-polarized light elliptically polar 12
圆二色光谱仪(Chirascan)仪器操作步骤
圆二色光谱仪 Chirascan简明操作步骤1.开通氮气通氮气约10分钟后，再进行开通电源等下述步骤。
2.开启电源2.1按“lamp”开关，接通氩灯(xe)的电源，等待约15秒后，按“start”开关，看到氙灯被点亮，有指示灯光透出。
2.2按“System”开关，仪器开始自检，Status指示灯渐渐变为稳定的绿色，Rx，TX指示灯闪亮。
3.开启电脑及软件3.1开启电脑，选择用户帐号( Chirascan user)3.2点击“Chirasean”软件到ProData Chirasean主界面3.3点击图标快捷键3.4设定文件名、工作文件夹及当前工作目录:在E盘中，点击New folder快捷键，命名新建的文件，并设为当前工作目录(点)，接下来的测试数据就被直接保存记录下来了。
3.5设置测试条件参数Wavelength改为400，点击set，High改为400，点set4.开始一个光谱测试实验4.1首先测试系统背景值空气的吸收情况，样品池中不放任何物体直接采集空气的值，点击“Background”。
4.2测试比色皿及buffer的光吸收性质：选择合适的比色皿，用甲醇清洗比色皿，加入400ul 或200ul甲醇，将比色皿按照一定的方式和方向（比色皿上字朝右）放入仪器，盖上盖子，点击改样品名字，在Spectrum输入Meoh，后面为记样次数（改为0），点击OK，点击“Acquire”。
4.3样品测试使用上一步测试buffer的同一个比色皿，清洗比色皿，稀释样品，将比色皿按照一定的方式和方向（比色皿上字朝右）放入仪器，点击改样品名字，在Spectrum输入样品编号，后面为记样次数（改为1），点击OK，点击“Acquire”。
菜单栏点Window，New Window，Absorbance（紫外），紫外不超过3（1~2）。
5.数据处理测试完成后，关闭紫外吸收的窗口，放大CD窗口将甲醇数据从左边拖到图中，点击界面“D”快捷键处理数据点击Meoh ，设基线set baseline，甲醇点击样品，背景扣除Subtract baseline，解除背景设定unset baseline，选中扣除背景后的样品文件subtracted:0，移除其他Remove Others，选中subtracted:0，点smooth，Smooth后，点OK，选中Smooth(s):0，点Remove Others，OK。
CD圆二色光谱仪
2020/6/24
2020/6/24
圆二色 Circular Dichroism
对左旋和右旋圆偏光的吸收不同，形成椭圆偏振光
2020/6/24
2020/6/24
2020/6/24
α-螺旋 α-Helix β-折叠 β-Sheet
β-转角 β- Turn poly (Pro) II
Bio-Logic MOS-500 to keep constant 1nm bandwidth Slitwidth always 2mm, from 163nm to 1250nm
2020/6/24
Jasco CD 狭缝校准
2020/6/24
Jasco CD 波长校准
2020/6/24
Jasco CD 圆二色椭圆度校准
210-230(弱) 212
2020/6/24
α-helix:41% β-Sheet:15% Turn:23% Random:21%
Residue of Elip. Elip. / deg cm2 decimol-1பைடு நூலகம்
2020/6/24
80
Turn
α-Helix β-Sheet
30
-20
-70
Random
CD/ORD发展历史
• 1961 Cary Model 60 Spectropolarimeter, Jasco AP-1 • 1963 Jasco ORD/UV5 • 1960 - 1965 Jobin-Yvon CD Cary 61CD Jasco ORD/UV5-
CD • 1969 Cary 1401CD • 1970 Jasco J-20 • 1972 Jasco J-40 CD/ORD • 1978 Jasco J-500 1980 J-200 • 1983 Bio-Logic 400 1986 J-600 • 1990 Jasco J-700CD, Jabin-Yvon CD6, AVIV 410 (Cary 60) • 1999 Jasco J-810 Bio-Logic MOS-450 • 2003 APP ChiraScan • 2005 Jasco J-815 • 2006 APP ChiraScan Plus • 2007 AVIV Model 420
圆二色光谱分析蛋白质构象的方法及研究进展_沈星灿
圆二色光谱分析蛋白质构象的方法及研究进展沈星灿1,2 梁 宏*1 何锡文2 王新省21(广西师范大学化学化工学院,生物无机研究所,桂林541004) 2(南开大学化学系,天津300071)摘 要 介绍了远紫外圆二色光谱数据计算蛋白质二级结构,辨认蛋白质三级结构类型的原理、拟合方法、实验技术。
对近紫外圆二色作为光谱探针,研究蛋白质中芳香氨基酸残基、二硫键微环境的变化作了简单介绍。
关键词 圆二色,蛋白质二级结构,蛋白质三级结构,评述2002209207收稿;2003202218接受本文系国家自然科学基金(No.20261001)、广西自然科学基金(桂科青0339022)和高校优秀青年教师奖励计划资助项目1 引 言随着人们对生命科学的日益关注,分析化学的深入发展将越来越重视和加强生物分析。
特别是人类基因测序工程完成后,因生物、医学上的需要,使与蛋白质的相关研究成为生物分析中的重要课题。
自Kendrew 采用X 2射线技术,首次揭示肌红蛋白的折叠结构以来,蛋白质的研究从氨基酸残基序列的测定,深入到空间结构2构象的确定。
近年来,人们发现疯牛病、克2雅氏病和震颤病等神经退行性疾病是由Prion 病蛋白所致,而构象变化在Prion 病蛋白的致病因素中起着至关重要的作用[1,2]。
这使人们进一步认识到蛋白质的构象对其生理功能的巨大意义,要深入理解蛋白质的生物活性,就必须了解它的构象及其相关变化。
目前,确定蛋白质构象最准确的方法是X -射线晶体衍射,但对结构复杂、柔性的生物大分子蛋白质来说,得到所需的晶体结构较为困难。
二维、多维核磁共振技术能测出溶液状态下较小蛋白质的构象,可是对分子量较大的蛋白质的计算处理非常复杂。
相比之下,圆二色(Circular dichroism 简称CD)光谱是研究稀溶液中蛋白质构象的一种快速、简单、较准确的方法。
1969年,Greenfield 最早用CD 光谱数据估计了蛋白质的构象[3],相关的研究方法陆续有报道[4~12]。
第5章 CellQuest Pro软件
第5章CellQuest Pro软件5.1 概述CellQuest Pro是从流式细胞仪上进行数据获取和分析的通用软件。
使用者可由CELLQuest Pro软件来从事仪器之调整与设定，可用以进行细胞检品的检验测量，CELLQuest Pro软件同时是细胞仪的数据处理系统内的必要软件。
在数据分析方面，CELLQuest Pro软件提供使用者双色或多色分析功能，可以定量各类细胞族群的百分比，细胞受染的荧光强度，也可以制作一维直方图、二维散点图、二维密度图、二维等高线图、及三维图谱，并且可作文字处理的中间插图，无需再剪贴拼凑，适用于论文发表，及会议报告使用。
CELLQuest Pro软件功能强大且灵活，并与Macintosh 的多任务环境完全兼容。
5.1.1 收取(Acquisition)即收取并储存流式细胞仪上数据的过程。
在收取前，需用您的样本来最佳化仪器的条件。
5.1.2 分析(Analysis)将收取的数据进行进一步分析。
在分析时，将读取数据文件，然后可画Region (区)、设置Marker (界限)、和进行统计。
在CellQuest中，可画单参数直方图、双参数散点图、密度图和等高图。
5.1.3 从收取到分析(Acquisition Analysis)在CellQuest中，从收取到分析的功能允许在数据收取结束后可从收取图转换到分析图。
刚刚收取的数据及在收取时限定的格式出现在图中，如Region, Marker 等。
5.2 工具栏工具栏在CellQuest Pro软件启动后就会出现，见图一。
工具栏可用来画图、选择区域、设置标尺和输入文本等。
选择点击，可选择一个或多个目标，进行改大小或移动。
C：等高图(Contour Plot)，点击，可画等高图，可自定义图的大小。
3D：3 维图，点击，可画3维图，可自定义图的大小。
H：直方图，点击，可画直方图，可自定义图的大小。
D：密度图，点击，可画密度图，可自定义图的大小。
纳米技术 利用紫外圆二色性评估与纳米材料作用的蛋白质的二级结构-最新国标
纳米技术利用紫外圆二色性评估与纳米材料作用的蛋白质的二级结构1范围本文件规定了利用紫外圆二色（UV-CD）光谱法测定蛋白质与纳米材料相互作用引起的二级结构变化的测量方案和测试条件。
本文件不适用于表征无序蛋白质的构象变化。
2规范性引用文件下列文件中的内容通过文中的规范性引用而构成本文件必不可少的条款。
其中，注日期的引用文件，仅该日期对应的版本适用于本文件；不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文件。
ISO/TS80004-1纳米科技术语第1部分：核心术语（Nanotechnologies—Vocabulary—Part1:Core terms）注：GB/T30544.1—2014纳米科技术语第1部分：核心术语（ISO/TS80004-1:2010，IDT）ISO/TS80004-2纳米科技术语第2部分：纳米物体（Nanotechnologies—Vocabulary—Part2: Nano-objects）ISO/TS80004-4纳米科技术语第4部分：纳米结构材料（Nanotechnologies—Vocabulary—Part4: Nanostructured materials）注：GB/T30544.4—2019纳米科技术语第4部分：纳米结构材料（ISO/TS80004-4:2011，IDT）ISO/TS80004-6纳米科技术语第6部分：纳米物体表征（Nanotechnologies—Vocabulary—Part6: Nano-object characterization）注：GB/T30544.6—2016纳米科技术语第6部分：纳米物体表征（ISO/TS80004-6:2013，MOD）3术语和定义ISO/TS80004-1、ISO/TS80004-2、ISO/TS80004-4和ISO/TS80004-6界定的以及下列术语和定义适用于本文件。
3.1纳米颗粒nanoparticle；NP三个维度的外部尺寸都在纳米尺度的纳米物体，纳米物体的最长和最短轴的长度没有明显差距。
圆二色软件CDpro使用
Do you want to create a new INPUT file? If You Want to CREATE a NEW INPUT file, TYPE 0 If you want to APPEND the existing INPUT file TYPE 1 Typing 0 results 0 Any existing INPUT will be overwritten ________________________________________________________________________________ Enter TITLE for your data - 40 characters Enter title * TITLE: A New Data File ________________________________________________________________________________ The number of lines to be skipped in CD file Enter the number of CD values per nm IF the DATA is .. 240nm, 241nm, 242nm etc. enter 1 IF the DATA is .. 240nm, 240.5nm, 241nm etc. enter 2 IF the DATA is .. 240nm, 240.2nm, 240.4nm etc. enter 5 For data collected at resolutions higher than 1 nm the data needs to be converted. In the example file CRDATA.INP data are at 1 nm resolution. 1 Number of lines per nm in CD datafile 1 ________________________________________________________________________________ INPUT INITIAL wavelength: 250 ________________________________________________________________________________
Final Cut Pro中的视频蒙版和遮罩技巧
Final Cut Pro中的视频蒙版和遮罩技巧在视频编辑过程中，有时候我们需要为特定的片段或者图像添加蒙版和遮罩效果，以实现某种特殊的视觉效果或者创意表达。
Final Cut Pro作为一款强大的视频编辑软件，提供了丰富的蒙版和遮罩功能，本文将介绍一些在Final Cut Pro中使用视频蒙版和遮罩的技巧。
第一步，将素材导入Final Cut Pro并创建一个新项目。
点击导航栏中的“文件”选项，在下拉菜单中选择“导入”，将需要编辑的视频素材导入到软件中。
然后点击界面左上角的“文件”选项，选择“新建”并创建一个新的项目。
第二步，将需要添加蒙版和遮罩效果的视频素材拖动到时间线中。
在资源库中选择所需的视频素材，将其拖动到时间线上要编辑的位置。
第三步，选择视频蒙版工具。
在Final Cut Pro的工具栏中，可以找到一个方形图标，点击选中该图标即可切换到视频蒙版工具。
该工具位于视频剪辑工具和缩放工具之间。
第四步，调整蒙版的形状和位置。
在蒙版工具选中之后，可以在预览窗口中调整蒙版的形状和位置。
通过拖动蒙版的边缘或角落可以调整其大小，通过拖动蒙版中心可以改变其位置。
第五步，设置蒙版的参数。
选中蒙版之后，在属性面板中可以设置蒙版的参数。
可以修改蒙版的透明度，改变蒙版的颜色和亮度，还可以添加模糊效果或者其他特殊效果。
第六步，为蒙版添加动画效果。
在时间线上选中蒙版图层，点击工具栏中的“动画”选项，在下拉菜单中选择“关键帧”以添加动画效果。
可以在时间线上移动关键帧，以调整蒙版的位置和形状随时间变化。
接下来，我们将介绍遮罩效果的使用技巧。
第一步，选择遮罩工具。
在工具栏中，可以找到一个圆形图标，点击选中该图标即可切换到遮罩工具。
该工具位于视频蒙版工具的右侧。
第二步，调整遮罩的形状和位置。
在遮罩工具选中之后，可以在预览窗口中调整遮罩的形状和位置。
通过拖动遮罩的边缘或角落可以调整其大小，通过拖动遮罩中心可以改变其位置。
第三步，设置遮罩的参数。
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一、数据处理的前期工作
1、将CDpro软件解压缩，然后将整个软件拷贝到C盘根 目录下。
注意，一定要拷贝到根目录，否则不能用。所谓的根目录就是指C:\
2、将实验数据转变成molar ellipticity （[θ]）格式。即： [θ]=θ/10LCN,L为池长,C为浓度,N为残基数， θ 即为CD谱 值。 [θ]= deg· cm2· dmol-1，所以L的单位是cm，C的单位是mol/L。
一、数据处理的前期工作
3、将处理后的数据以下面的形式写入记事本：
250 254.336716 249 228.467072 248 205.944916 247 191.02887 246 186.348236 . . . 190 -1469.836426
注意：实验数据可以在excel中进行计算，并且直接复制到记事本中。
INPUT FINAL wavelength: 190 Wavelength Range: 250.0 186.0 nm ________________________________________________________________________________
Is the CD data in Molar Ellipticity Units? IF IT IS TYPE 1; IF NOT TYPE 0 If YOU TYPE 1 DATA WILL BE CONVERTED TO DELTA(e) If the data is in Molar Ellipticity units it needs to be converted to De Units. 1 ________________________________________________________________________________ CD DATA IS IN MOLAR ELLIPTICITY UNITS. IT WILL BE CONVERTED TO DELTA(e) UNITS.
Do you want to create a new INPUT file? If You Want to CREATE a NEW INPUT file, TYPE 0 If you want to APPEND the existing INPUT file TYPE 1 Typing 0 results 0 Any existing INPUT will be overwritten ________________________________________________________________________________ Enter TITLE for your data - 40 characters Enter title * TITLE: A New Data File ________________________________________________________________________________ The number of lines to be skipped in CD file Enter the number of CD values per nm IF the DATA is .. 240nm, 241nm, 242nm etc. enter 1 IF the DATA is .. 240nm, 240.5nm, 241nm etc. enter 2 IF the DATA is .. 240nm, 240.2nm, 240.4nm etc. enter 5 For data collected at resolutions higher than 1 nm the data needs to be converted. In the example file CRDATA.INP data are at 1 nm resolution. 1 Number of lines per nm in CD datafile 1 ________________________________________________________________________________ INPUT INITIAL wavelength: 250 ________________________________________________________________________________
二、实验数据的处理
2、双击SELCON.EXE,CONTINLL.EXE,CDSSTR.EXE执行 运算 3.数据结果可在PROSS.OUT中读取,具体每一运算结果可在 ，在保存类型下拉条中 选择“所有文件”，文件名改为*.inp（*即为你给这个文件 取的名字比如“1”），并存到C:\ CDpro文件夹中。
注意：文件名一定要选择.inp格式，否则CDpro软件无法识别。
二、实验数据的处理
1、 打开CRDATA.EXE。 下面的是个例子，可以仿照进行。红色的字为需要你写入的。文 件名均以*代替。
________________________________________________________________________________
ASCII-file name (CD data)-MAX of 12 letters Enter FileName (e.g., CRDATA.INP) CRDATA.INP This results in the creation of Input file INPUT.