功能基因研究

1. J Biol Chem. 2010 Oct 8;285(41):31491-501. IF= 5.328 Vitamin D3 up-regulated protein 1(VDUP1) is regulated by FOXO3A and miR-17-5p at the transcriptional and post-transcriptional levels, respectively, in senescent fibroblasts. Zhuo de X, Niu XH, Chen YC, Xin DQ, Guo YL, Mao ZB.
产品/服务
领域
目的细胞
慢病毒介导的 RNAi
肿瘤生物学
肺癌H1299、 结直肠癌 HCT116、
子宫颈癌HeLa 细胞
基因名称
Human Cytosolic
FoxO1
后续检测
RT-PCR、 Western Blot、 免疫共沉淀、免
疫荧光、 裸鼠成瘤、免疫
组化
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2010年中国科学家使用吉凯基因服务发表的miRNA相关文章
3. PLoS One. 2011 Apr 18;6(4). IF=4.132 MicroRNA let-7f inhibits tumor invasion and metastasis by targeting MYH9 in human gastric cancer. Liang S, He L, Zhao X, Miao Y, Gu Y, Guo C, Xue Z, Dou W, Hu F, Wu K, Nie Y, Fan D.
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肿瘤基因功能研究流程推进
肿瘤 基因 功能
第一步：由特定肿瘤找出相关基因
表达检测 常规方法：表达芯片，等 目的：通过筛选，找出在肿瘤组织中有表达，和肿瘤的 临床特征有相关性的基因 意义：研究的应用性以及临床相关性
机制
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肿瘤基因功能研究流程推进
肿瘤 基因 功能
第二步：确定候选基因的生物学功能 基本逻辑：改变基因状态后检测细胞模型、动物模型 的表型变化
1 Cell. 2006 Mar 24;124(6):1283-98.
HCS筛选优点
1、高通量。基因操 作工具OK的情况下， 20个基因，半个月。
2、只检测基因干预 后的细胞，降低实 验背景及信号噪音， 结果更客观可信。
3、直观检测，结果 重复性好。
功能基因高通量筛选的基本要素
• 合适的基因操作工具
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典型Sci文章精要
A基因通过调控B信号通路影响C肿瘤的D功能
功能基因研究流程
提出问题
基因
功能
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机制
吉凯基因简介
-新的肿瘤相关的功能 基因 -涵盖多种常见肿瘤类 型 -独一无二的产品： GeneCard暨课题库/ 科研种子 -快速获得发表SCI论文 所需的基因和数据 -快速获得国科金申请 所需的前期工作基础
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2011年中国科学家使用吉凯基因服务发表的miRNA相关文章
1. Neoplasia. 2011 Sep;13(9):841-53. IF= 5.476 Hypomethylation of the hsa-miR-191 locus causes high expression of hsa-mir-191 and promotes the epithelial-to-mesenchymal transition in hepatocellular carcinoma. He Y, Cui Y, Wang W, Gu J, Guo S, Ma K, Luo X.
基因操作
基因操作常规方法：过表达，RNAi
功能检测
功能检测方向：增殖凋亡，转移，血管新生等
机制
目标：确定候选肿瘤相关基因的生物学功能 意义：研究的重要性
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肿瘤基因功能研究流程推进
肿瘤 基因 功能 机制
第三步：确定基因行使功能的分子机制 常规思路：检测下游基因的变化，包括表达修饰等 常用方法：表达芯片，等 目标：找出受目的基因影响的发生改变的下游分子 意义：决定了文章的深入程度
Figure 5. Twist Induces an EMT and Cell Migration
Figure 6. Expression of Twist Results in Repression of E-Cadherin Transcription
Figure 7. Expression of Twist in Human Tumor Cell Lines and in Human Breast Carcinomas
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2011年中国科学家使用吉凯基因服务发表的miRNA相关文章
5. BMC Cancer. 2011 Oct 5;11:425. IF=3.153 MiR-125b promotes proliferation and migration of type II endometrial carcinoma cells through targeting TP53INP1 tumor suppressor in vitro and in vivo. Jiang F, Liu T, He Y, Yan Q, Chen X, Wang H, Wan X.
• 过表达慢病毒文库（20000） • RNAi慢病毒文库（21000）
• 高通量的功能实验方法及分析手段
• 细胞模型（300多株） • 高通量功能检测方法
文章示例
Cell, Vol. 117, 927–939, June 25, 2004 Twist, a Master Regulator of Morphogenesis, Plays an Essential Role in Tumor Metastasis
4. Mol Cancer. 2011 Sep 1;10:108. IF= 3.779 Upregulation of microRNA-125b contributes to leukemogenesis and increases drug resistance in pediatric acute promyelocytic leukemia. Zhang H, Luo XQ, Feng DD, Zhang XJ, Wu J, Zheng YS, Chen X, Xu L, Chen YQ.
Figure 3. Suppression of Twist Expression Inhibited the Ability of 4T1 Cells to Metastasize from the Mammary Gland to Lung
Figure 4. Suppression of Twist Expression Reduced the Presence of 4T1 Cells in the Blood Circulation
合作案例：863项目
常见问题
创新性不够。 立题依据不充分。 实验设计不合理。
寻找到一个疾病新基因（功能）。 前期工作基础，提出问题的依据。 经典的研究思路。
如何做好预实验。 临床相关性实验，功能提示。 如何获得一个好基因。芯片筛选、HCS功能筛选。
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2. Carcinogenesis. 2011 Dec;32(12):1798-805. IF=5.402 MicroRNA-499-5p promotes cellular invasion and tumor metastasis in colorectal cancer by targeting FOXO4 and PDCD4. Liu X, Zhang Z, Sun L, Chai N, Tang S, Jin J, Hu H, Nie Y, Wang X, Wu K, Jin H, Fan D.
功能基因研究策略及工具
吉凯基因 2014
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常见问题
创新性不够。 立题依据不充分。 实验设计不合理。 如何做好预实验。 如何获得一个好基因。
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典型基金精要
A基因通过调控B信号通路影响C肿瘤的D功能
A基因通过调控B信号通路影响C肿瘤的D功能
1.相关性研究:A--C
2. BMC Cancer. 2010 Jun 22;10:318. IF= 2.736 Hsa-miR-125a-3p and hsa-miR-125a-5p are downregulated in non-small cell lung cancer and have inverse effects on invasion and migration of lung cancer cells. Jiang L, Huang Q, Zhang S, Zhang Q, Chang J, Qiu X, Wang E.
产品/服务
领域
目的细胞
基因名称
后续检测
过表达慢病毒
细胞生物学
皮层神经元细 胞
（原代培养）
Human nNOS-N1-133
Western Blot、 小鼠脑皮层注
射
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代表文章技术路线
Nat Cell Biol. IF= 19.527
Cytosolic FoxO1 is essential for the induction of autophagy and tumour suppressor activity. Zhao Y, Yang J, Liao W, Liu X, Zhang H, Wang S, Wang D, Feng J, Yu L, Zhu WG. 2010 Jul;12(7):665-75. Epub 2010 Jun 13.
下游分子检测
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不同阶段研究Biblioteka Baidu推进过程解决方案
肿瘤
已确定肿瘤研究方向，手头有组织样 本，但未确定目的基因的研究者
芯片技术
基因
细胞模型 动物模型
OE\RNAi 功能检测
功能
确定单个目的基因
表达芯片获得候 选基因列表
已找到基因功能
高通量筛选
芯片技术
机制
表达芯片获得下游变化基因列表
Figure 1. Microarray Analysis Identified Twist to Be Upregulated during the Metastatic Prog
Figure 2. Suppression of Twist Expression by Stable siRNA Does Not Affect the Proliferation of 4T1 Cells In Vitro and In Vivo
组织水平：肿瘤组织样本基因的表达情况 临床水平：基因表达水平与各种临床特点（恶性程度，转移与否，耐药性， 生存率等）的相关性
2. 功能研究:A--D
细胞水平：生长，凋亡，转移，侵润，血管新生，耐药 动物水平：成瘤，转移，药物敏感
3.机制研究:A--B
分子水平：相互结合，表达调控，翻译后修饰前，降解调控，剪切调控，胞 内定位，激酶信号传导等
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使用吉凯基因的产品发表的文献
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代表文章技术路线
Nat Med. IF= 27.136 Treatment of cerebral ischemia by disrupting ischemia-induced interaction of nNOS with PSD-95. Zhou L, Li F, Xu HB, Luo CX, Wu HY, Zhu MM, Lu W, Ji X, Zhou QG, Zhu DY. 2010 Dec;16(12):1439-43. Epub 2010 Nov 21.
3. Biochem Biophys Res Commun. 2010 Jan 15;391(3):1483-9. IF= 2.548 miR-126 inhibits non-small cell lung cancer cells proliferation by targeting EGFL7. Sun Y, Bai Y, Zhang F, Wang Y, Guo Y, Guo L.
吉凯基因
已有课题
项目评估，方案分析，主线重要实验的完成
无课题，有临床肿瘤方向
1、从芯片开始，寻找肿瘤方向上功能新基因 2、公司资源，提供肿瘤方向上的功能新基因
jibo@genechem.com.cn jgq0930@163.com
www.genechem.com.cn
800-720-0302
科学家并不意味着聪明过人，而仅仅代表他有某一 领域的基础知识，有比较规范的思考方式，有理性 客观的态度，能用一些实验（具体的或抽象的实验 模型）检验理论或假说。