下一代测序NGSDNA序列分析技术
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PGM测序数据分析
HID STR Genotyper Plugin v3.1 BAM 文件用IGV_2.3.72分析
FASTQ文件用STRait Razor v2.6分析
PGM分型数据和CE分型数据比较
PGM家系数据分析
Part III 实验结果和讨论
NGS-STR基因座分型
分型结果
所有样本的分型结果总览
…… 更多Loci组合的有限性 长度多态性检测：未充分利用遗传标记信息
DNA序列分析技术—下一代测序（NGS）
DNA序列分析技术—下一代测序（NGS）
Massively parallel sequencing (MPS)
DNA序列分析技术—下一代测序（NGS）
基于NGS平台的法医STR分型
长度多态性
磁珠 Agencourt® AMPure® XP Reagent (Beckman Coulter)
实验方法
模板制备：
文库定量
qPCR定量到40-60pM
乳化PCR
Ion PGM™ Hi-Q™ Chef Kit（Thermo Fisher） 阳性珠子的富集
Ion Chef
实验方法
DNA提取：
AutoMate ExpressTM自动化提取系统
PrepFiler® BTA Forensic DNA Extraction Kit
Qubit® 3.0定量 DNA浓度
实验方法
文库构建：
样本文库构建
Early Access STR Kit （24个STR基因座） 11个CODIS核心位点： CSF1PO, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D21S11, TH01, TPOX, vWA 5个CODIS补充核心位点： D1S1656, D2S1338, D2S441, D10S1248, D19S433 8个非CODIS核心位点： D14S1434, D1S1677, D2S1776, D4S2408, D5S2500, D6S1043, D6S474, D9S2157 样本文库纯化
对混合样本潜在的检测能力。
NGS-STR分型尚需解决的问题
可读序列的评价标准 等位基因的命名标准 与CE数据的可兼容性 群体数据
结果评判依据和标准
检测时间和成本
法庭科学新技术应用高峰论坛（2016年11月17日佛山）
NGS-STR分型 在个体识别和亲子鉴定中的应用初探
孙宏钰
中山大学中山医学院法医学系
Part I
前
言
法医STR分型
基于CE平台的PCR-STR检测是现阶段法医DNA实验室的金 标准
中国法庭DNA数据库已有3877.1（4400） Forensic DNA Casework DNA Databases 万条数据 Mass Disasters 已认定比中391.9万次 Missing Persons 现场生物物证入库比中率35.34% Parentage and Kinship Testing Genetic Genealogy & Answering Historical Questions Authenticating Human Cell Lines Monitoring Transplants
Stutter占主峰的峰面积比：
Stutter出现比率：
PGM检测平台的数据质量
等位基因的杂合峰高比
NGS-STR与CE-STR的一致性研究
CE和NGS平台的STR分型一致性：
42个样本和2个阳性对照DNA样本（9947A，007），共1232个等位基
因，分型一致率为98.13%。
等位基因及其Stutter峰图
等位基因的核心序列简式
NGS-STR基因座分型
分型结果输出格式
NGS-STR基因座分型
分型结果输出格式
PGM检测平台的STR基因座分型
阳性对照结果
NGS-STR检测的数据质量
测序覆盖深度（ depth of coverage, DoC）
PGM检测平台的数据质量
14个三联体二代家系： 3个：母源突变（其中2个是多步突变）
3个：父源突变
3个：突变来源不明 3个：有突变，但未涵盖在重合的14个基因座中
Part IV 小 结
NGS-STR分型的优点
检测序列多态性——信息更充分利用，提高多态性； 可组合的STR基因座的个数不受荧光种类限制； 每个STR基因座的扩增片段长度不受荧光组合限制； 对等位基因亲本来源的识别能力；
不一致原因分析
等位基因丢失 D21S11基因座X.1、X.2、X.3结构
多一个重复单位
等位基因（Isoallele）
各个基因座的等位基因个数
等位基因（Isoallele）
亲子鉴定
Goldeneye 20A和Early Access STR Kit重叠基因座共14个：
CSF1PO, D2S1338, D3S1358, D5S818, D6S1043, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D19S433, D21S11, TH01, TPOX and vWA
序列多态性
Part II 材料和方法
实验材料
样本：
42个广东汉族个体血痕样本（3.0mm血片）
包含14个父母子二代家系 已采用Goldeye 20A体系进行19个STR基因座荧光标记复合扩增和毛细管 电泳检测，每个家系都包含1～2个STR突变位点
阳性对照：
007 (Thermo Fisher) 9947A (Promega)
实验方法
测序反应：
半导体测序
ION PGM™ Hi-Q™ Sequencing Kit（Thermo Fisher） Ion 31Baidu Nhomakorabea™ 芯片：1G
Ion 316™ 芯片：100M
Ion PGM
通过检测pH值变化来进行测序， 直接将化学信号转换为电信号。
实验方法
数据分析：
HID STR Genotyper Plugin v3.1 BAM 文件用IGV_2.3.72分析
FASTQ文件用STRait Razor v2.6分析
PGM分型数据和CE分型数据比较
PGM家系数据分析
Part III 实验结果和讨论
NGS-STR基因座分型
分型结果
所有样本的分型结果总览
…… 更多Loci组合的有限性 长度多态性检测：未充分利用遗传标记信息
DNA序列分析技术—下一代测序（NGS）
DNA序列分析技术—下一代测序（NGS）
Massively parallel sequencing (MPS)
DNA序列分析技术—下一代测序（NGS）
基于NGS平台的法医STR分型
长度多态性
磁珠 Agencourt® AMPure® XP Reagent (Beckman Coulter)
实验方法
模板制备：
文库定量
qPCR定量到40-60pM
乳化PCR
Ion PGM™ Hi-Q™ Chef Kit（Thermo Fisher） 阳性珠子的富集
Ion Chef
实验方法
DNA提取：
AutoMate ExpressTM自动化提取系统
PrepFiler® BTA Forensic DNA Extraction Kit
Qubit® 3.0定量 DNA浓度
实验方法
文库构建：
样本文库构建
Early Access STR Kit （24个STR基因座） 11个CODIS核心位点： CSF1PO, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D21S11, TH01, TPOX, vWA 5个CODIS补充核心位点： D1S1656, D2S1338, D2S441, D10S1248, D19S433 8个非CODIS核心位点： D14S1434, D1S1677, D2S1776, D4S2408, D5S2500, D6S1043, D6S474, D9S2157 样本文库纯化
对混合样本潜在的检测能力。
NGS-STR分型尚需解决的问题
可读序列的评价标准 等位基因的命名标准 与CE数据的可兼容性 群体数据
结果评判依据和标准
检测时间和成本
法庭科学新技术应用高峰论坛（2016年11月17日佛山）
NGS-STR分型 在个体识别和亲子鉴定中的应用初探
孙宏钰
中山大学中山医学院法医学系
Part I
前
言
法医STR分型
基于CE平台的PCR-STR检测是现阶段法医DNA实验室的金 标准
中国法庭DNA数据库已有3877.1（4400） Forensic DNA Casework DNA Databases 万条数据 Mass Disasters 已认定比中391.9万次 Missing Persons 现场生物物证入库比中率35.34% Parentage and Kinship Testing Genetic Genealogy & Answering Historical Questions Authenticating Human Cell Lines Monitoring Transplants
Stutter占主峰的峰面积比：
Stutter出现比率：
PGM检测平台的数据质量
等位基因的杂合峰高比
NGS-STR与CE-STR的一致性研究
CE和NGS平台的STR分型一致性：
42个样本和2个阳性对照DNA样本（9947A，007），共1232个等位基
因，分型一致率为98.13%。
等位基因及其Stutter峰图
等位基因的核心序列简式
NGS-STR基因座分型
分型结果输出格式
NGS-STR基因座分型
分型结果输出格式
PGM检测平台的STR基因座分型
阳性对照结果
NGS-STR检测的数据质量
测序覆盖深度（ depth of coverage, DoC）
PGM检测平台的数据质量
14个三联体二代家系： 3个：母源突变（其中2个是多步突变）
3个：父源突变
3个：突变来源不明 3个：有突变，但未涵盖在重合的14个基因座中
Part IV 小 结
NGS-STR分型的优点
检测序列多态性——信息更充分利用，提高多态性； 可组合的STR基因座的个数不受荧光种类限制； 每个STR基因座的扩增片段长度不受荧光组合限制； 对等位基因亲本来源的识别能力；
不一致原因分析
等位基因丢失 D21S11基因座X.1、X.2、X.3结构
多一个重复单位
等位基因（Isoallele）
各个基因座的等位基因个数
等位基因（Isoallele）
亲子鉴定
Goldeneye 20A和Early Access STR Kit重叠基因座共14个：
CSF1PO, D2S1338, D3S1358, D5S818, D6S1043, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D19S433, D21S11, TH01, TPOX and vWA
序列多态性
Part II 材料和方法
实验材料
样本：
42个广东汉族个体血痕样本（3.0mm血片）
包含14个父母子二代家系 已采用Goldeye 20A体系进行19个STR基因座荧光标记复合扩增和毛细管 电泳检测，每个家系都包含1～2个STR突变位点
阳性对照：
007 (Thermo Fisher) 9947A (Promega)
实验方法
测序反应：
半导体测序
ION PGM™ Hi-Q™ Sequencing Kit（Thermo Fisher） Ion 31Baidu Nhomakorabea™ 芯片：1G
Ion 316™ 芯片：100M
Ion PGM
通过检测pH值变化来进行测序， 直接将化学信号转换为电信号。
实验方法
数据分析：