蛋白质的研究进展
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蛋白质组学研究中的主要任务。
蛋白质组学研究方法概述
一、蛋白质组表达模式的研究方法
蛋白质组研究中的样品制备 蛋白质组研究中的样品分离 蛋白质组研究中的样品分析鉴定 蛋白质组学研究的生物信息学 定量蛋白质组学研究
二、蛋白质组功能模式的研究方法
蛋白质翻译后修饰的研究
蛋白质相互作用研究技术
第二向分离
SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳
双向电泳的第二向是将IPG胶条中经过第一向分离的蛋白转移到第二向 SDS．PAGE凝胶上，根据蛋白相对分子质量或分子量(MW)大小与第 一相垂直的分离。 蛋白质与十二烷基硫酸钠(SDS)结合形成带负电荷的蛋白质．SDS复合 物，由于SDS是一种强阴离子去垢剂．所带的负电荷远远超过蛋白质 分子原有的电荷量，能消除不同分子之间原有的电荷差异，从而使得 凝胶中电泳迁移率不再受蛋白质原有电荷的影响．而主要取决于蛋白 质分子的质量大小，其迁移率与分子量的对数呈线性关系，在蛋白质 组研究中。需要在同样的条件下同时走多块胶，这对凝胶与凝胶之间 的比较十分重要。
的不同用SDS-PAGE分离，把复杂蛋白混合物中的蛋白质
在二维平面上分开。
第一向分离
等电聚焦
蛋白质是两性分子，在不同的pH环境中可以带正电荷、负电荷或不带电荷。 对每个蛋白质来说都有一个特定的pH，此时蛋白质的静电荷为零，此pH值 即该蛋白质的等电点(pI)。将蛋白质样品加载至pH梯度介质上进行电泳时， 它会向与其所带电荷相反的电极方向移动。在移动过程中，蛋白分子可能获 得或失去质子，并且随着移动的进行，该蛋白所带的电荷数和迁移速度下降。 当蛋白质迁移至其等电点pH位置时，其净电荷数为零，在电场中不再移动。 聚焦是一个与pH相关的平衡过程：蛋白质以不同的速率靠近并最终停留在它 们各自的pI值；在等电聚焦过程中，蛋白质可以从各个方向移动到它的恒定 位点。
二、蛋白质组功能模式的研究方法
蛋白质翻译后修饰的研究
蛋白质相互作用研究技术
（一）蛋白质组研究中的样品制备
通常可采用细胞或组织中的全蛋白质组分进 行蛋白质组分析。 也可以进行样品预分级，即将细胞或组织中 的全体蛋白质分成不同部分，分别进行研究。
样品预分级的主要方法
蛋白质溶解性：可溶性蛋白、非溶性蛋白等 蛋白质定位：膜蛋白、核蛋白等 蛋白质细胞器定位：线粒体、高尔基体、叶绿体等 样品预分级主要作用在于提高低丰度蛋白质的上样量和检 测灵敏度。
新型非凝胶技术
液相色谱法
liquid chromatography，LC
毛细管电泳法 capillary electrophoresis， CE
液相色谱-质谱联用技术（LPLC-MS/MS）
蛋白质混合物直接通过液相色谱分离以代替2-DE的
分离，然后进入MS系统获得肽段分子量，再通过串联MS 技术，得到部分序列信息，最后通过计算机联网查询、鉴 定蛋白质。
特 点
可分离10～100 kD分子量的蛋白质
高灵敏度和高分辨率
便于计算机进行图像分析处理
与质谱分析匹配
双向凝胶电泳(2-DE)技术的缺点
极酸、极碱性蛋白质，疏水性蛋白质， 极大蛋白质、极小蛋白质以及低丰度蛋 白质用此种技术难于有效分离。
胶内酶解过程费时、费力，难于与质谱 联用实现自动化。
蛋白质组学研究方法概述
一、蛋白质组表达模式的研究方法
蛋白质组研究中的样品制备 蛋白质组研究中的样品分离 蛋白质组研究中的样品分析鉴定 蛋白质组学研究的生物信息学 定量蛋白质组学研究
二、蛋白质组功能模式的研究方法
蛋白质翻译后修饰的研究
蛋白质相互作用研究技术
Fra Baidu bibliotek
（三）蛋白质组研究中的样品分析鉴定 传统方法： Edman降解法:
蛋白质组学研究进展
蛋白质组学研究进展
一、蛋白质组学的产生与发展 二、蛋白质组学的相关概念
三、蛋白质组学研究方法概述
四、蛋白质组学在肿瘤研究中的应用
蛋白质组学产生的背景
人类基因组计划（HGP）
1986年，达尔贝科提出人类基因组计划 1990年，美国国会批准“HGP”，9月，中国获准 加入，负责测定人类基因组序列的1% 2000年6月26日，草图绘制成功
双向凝胶电泳(two-dimensional electrophoresis， 2-DE)：利用蛋白质的等电点和分子量，结合凝胶化 学特性，分离各种蛋白质的方法。
原理
第1向基于蛋白质的等电点不同用等电聚焦分离，具有 相同等电点的蛋白质无论其分子大小，在电场的作用下都 会用聚焦在某一特定位置即等电点处；第2向则按分子量
各国政府支持，国际著名研究和商业机构加盟：
美国国家癌症研究院（National Cancer Institute）和食品药品监督管理局（Food and Drug Administration）共同投资数百万美元建 立癌症不同阶段的蛋白质组数据库。
Celera公司投资上亿美元独自启动了全面鉴 定和分类汇总人类组织、细胞和体液中的蛋白质 及其异构体，构建新一代的蛋白质表达数据库的 工作。
蛋白质组是：
对应于基因组的所有蛋白质构成的 整体，不是局限于一个或几个蛋白 质。 同一基因组在不同细胞、不同组织 中的表达情况各不相同 。 在空间和时间上动态变化着的整体。
蛋白质组学是什么样的一门科学？
指应用各种技术手段来研究蛋白质组的一门新兴科学，
其目的是从整体的角度分析细胞内动态变化的蛋白质组成
Edman降解（Edman degradation）：是测定蛋白质一级结构的方法，主要 是从蛋白质或多肽氨基末端进行分析。由埃德曼（P．Edman）在上世纪50 年代所创立。分为耦合、切割、萃取、转化、鉴定等几个步骤。首先在 pH9.0的碱性环境下，将异硫氰酸苯酯(Ph—N=C=S，PITC)和蛋白质或多肽 N端氨基酸耦合，形成苯氨基硫甲酰(PTC)衍生物；然后以三氟乙酸(TFA) 处理耦合后产物，将多肽或蛋白的N一端第一个肽键选择性的切断，释放 出该氨基酸残基的噻唑啉酮苯胺衍生物；随后萃取出释放的氨基酸衍生物 并在强酸性条件下转化为稳定的乙内酰苯硫脲氨基酸(PTH-氨基酸)；最后 以色谱法鉴定出降解下来的PTH-氨基酸种类，从而得到蛋白质或多肽N端 序列信息。Edman降解法的优点是异硫氰酸苯酯与所有氨基酸残基的反应 产率和回收率都相当高，因此反应副产物少，用色谱可以准确鉴定。
成份、表达水平与修饰状态，了解蛋白质之间的相互作用 与联系，揭示蛋白质功能与细胞生命活动规律。
主要研究内容
了解某种特定的细胞、组织或器官制造的蛋白质种类； 明确各种蛋白质分子是如何形成类似于电路的网络的； 描绘蛋白质的精确三维结构，揭示其结构上的关键部位， 如与药物结合并且决定其活性的部位。
蛋白质组学研究进展
一、蛋白质组学的产生与发展 二、蛋白质组学的相关概念
三、蛋白质组学研究方法概述
四、蛋白质组学在肿瘤研究中的应用
蛋白质组学的概念
蛋白质组是澳大利亚学者Williams和 Wilkins于1994年首先提出，源于蛋白 质（protein）与基因组（genome）两 个词的杂合,意指proteins expressed by a genome，即“一个细胞或一个组 织的基因组所表达的全部蛋白质”。
2003年4月14日，人类基因组序列图绘制成功
改变花色的转基因矮牵牛花
荧 光 烟 草
转 入 荧 光 素 酶 蛋 白 基 因 的 发
蓝色玫瑰
蛋白质组学发展历史
1994年，澳大利亚科学家Wilkins等人首次提出蛋白质组概念 1996年，澳大利亚建立了第1个蛋白质组研究中心（APAF） 2001年4月，美国成立了国际人类蛋白质组研究组织（HUPO） 20世纪90年代中期 ，蛋白质组学以细胞内全部蛋白质的存在 及其活动方式为研究对象
蛋白质组表达模式（expression profile）：
研究蛋白质组的组成成分 支撑技术主要有双向凝胶电泳、 以质谱为代表的蛋白质鉴定技术
及生物信息学分析。
蛋白质组学研究方法概述
一、蛋白质组表达模式的研究方法
蛋白质组研究中的样品制备 蛋白质组研究中的样品分离 蛋白质组研究中的样品分析鉴定 蛋白质组学研究的生物信息学 定量蛋白质组学研究
我国也于1998年启动了蛋白质组学研究，在中科 院上海生物化学研究所举办了两次全国性的蛋白质组 学研讨会 2003成立了中国人类蛋白质组组织（CHHUPO）， 并分别于2003年9月、2004年8月以及2005年8月 召开了中国蛋白质组学首届、第二届及第三届学术大 会，2004年10月在中国北京召开了第三届国际蛋白 质组学会议。 科技部已将疾病蛋白质组研究列入我国“973”计 划项目和“863”计划项目；国家自然科学基金委员 会也将“蛋白质组研究”列为重点项目。
多维色谱技术（LC/LC-MS/MS）
根据蛋白质带电性及疏水性不同，用 MS 分离多肽复合物。 离子交换色谱是通过溶质在离子交换色谱固定相上具有不同 的保留能力，而实现样品分离的色谱技术，而反相液相色谱 是基于溶质疏水性的差异而实现分离的色谱技术。通过这两
种色谱模式的联用，可以实现对复杂生物样品的二维分离。
2003年12月15日，国际人类蛋白质组组织负责人在北京宣布， 国际人类蛋白质组计划正式启动，“人类肝脏蛋白质组计划” 和“人类血浆蛋白质组计划”两大项目首先开始执行，其中 “人类肝脏蛋白质组计划”由中国科学家领导执行，这是我国 科学家第一次领导执行重大国际科技协作计划。
首次由我国科学家领导的国际重大科研合作项目——人类肝 脏蛋白质组计划，被宣告取得阶段性新进展。几年来围绕人类 肝脏蛋白质组的表达谱、修饰谱及其相互作用的连锁图等九大 科研任务，我国科学家已经成功测定出6788个高可信度的中国 成人肝脏蛋白质，系统构建了国际上第一张人类器官蛋白质组 “蓝图”；发现了包含1000余个“蛋白质-蛋白质”相互作用的 网络图；建立了2000余株蛋白质抗体。
蛋白质序列分析鉴定蛋白质
一些传统蛋白质分析技术如蛋白质序列分析技术（Edman 降解法, 1950），仍然可用于当前蛋白质组研究。其缺点是难 于实现高通量，同时对低丰度蛋白质的鉴定上其灵敏度难于达 到要求。
蛋白质组学研究方法概述
一、蛋白质组表达模式的研究方法
蛋白质组研究中的样品制备 蛋白质组研究中的样品分离 蛋白质组研究中的样品分析鉴定 蛋白质组学研究的生物信息学 定量蛋白质组学研究
二、蛋白质组功能模式的研究方法
蛋白质翻译后修饰的研究
蛋白质相互作用研究技术
（二）蛋白质组研究中的样品分离
蛋白质组学研究进展
一、蛋白质组学的产生与发展 二、蛋白质组学的相关概念
三、蛋白质组学研究方法概述
四、蛋白质组学在肿瘤研究中的应用
蛋白质组研究更为复杂和困难： 蛋白质数目大大超过基因数目
蛋白质随时间和空间而变化
当前主要任务： 发展高通量、高灵敏度、高准确性的研
究技术平台是现在乃至相当一段时间内
组织水平上的蛋白质组样品制备
临床样本都是由多种细胞或组织混合而成，如肿瘤 中癌变上皮细胞总是与血管、间质细胞等混杂一起。
激光捕获显微切割(laser capture microdissection， LCM)可直接在显微镜下从组织切片中精确分离特
定的细胞或细胞群。
LCM具有其独特的优点
快速简单、有效减少交叉污染。
样品的切割与分离由激光一步完成，并可以保持被分离的 样品的完整性。 结合免疫荧光能够基于组织细胞的表型和功能特征进行分 离样品组分。
对制样的要求灵活多样，使用范围较广。
通过LCM对组织切片进行切割与分离可以分离收集从形态
上（普通染色），表型或功能上（荧光染色）可以辨认均一性
的细胞群体，从而克服了组织不均一的特点，提高了数据的准 确性和可靠性，这在肿瘤生物学研究中具有广泛应用。
多维蛋白质鉴定技术(multidimensional
protein identification technology) 将不同分离模式的
色谱柱以串联方式合并于同一根色谱柱中进行，在同一根色谱 柱的前半部分装填强阳离子色谱填料，后部分装填反相液相色 谱填料，该方法可对样品量较少的蛋白质进行快速分析。
蛋白质组学研究方法概述
一、蛋白质组表达模式的研究方法
蛋白质组研究中的样品制备 蛋白质组研究中的样品分离 蛋白质组研究中的样品分析鉴定 蛋白质组学研究的生物信息学 定量蛋白质组学研究
二、蛋白质组功能模式的研究方法
蛋白质翻译后修饰的研究
蛋白质相互作用研究技术
第二向分离
SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳
双向电泳的第二向是将IPG胶条中经过第一向分离的蛋白转移到第二向 SDS．PAGE凝胶上，根据蛋白相对分子质量或分子量(MW)大小与第 一相垂直的分离。 蛋白质与十二烷基硫酸钠(SDS)结合形成带负电荷的蛋白质．SDS复合 物，由于SDS是一种强阴离子去垢剂．所带的负电荷远远超过蛋白质 分子原有的电荷量，能消除不同分子之间原有的电荷差异，从而使得 凝胶中电泳迁移率不再受蛋白质原有电荷的影响．而主要取决于蛋白 质分子的质量大小，其迁移率与分子量的对数呈线性关系，在蛋白质 组研究中。需要在同样的条件下同时走多块胶，这对凝胶与凝胶之间 的比较十分重要。
的不同用SDS-PAGE分离，把复杂蛋白混合物中的蛋白质
在二维平面上分开。
第一向分离
等电聚焦
蛋白质是两性分子，在不同的pH环境中可以带正电荷、负电荷或不带电荷。 对每个蛋白质来说都有一个特定的pH，此时蛋白质的静电荷为零，此pH值 即该蛋白质的等电点(pI)。将蛋白质样品加载至pH梯度介质上进行电泳时， 它会向与其所带电荷相反的电极方向移动。在移动过程中，蛋白分子可能获 得或失去质子，并且随着移动的进行，该蛋白所带的电荷数和迁移速度下降。 当蛋白质迁移至其等电点pH位置时，其净电荷数为零，在电场中不再移动。 聚焦是一个与pH相关的平衡过程：蛋白质以不同的速率靠近并最终停留在它 们各自的pI值；在等电聚焦过程中，蛋白质可以从各个方向移动到它的恒定 位点。
二、蛋白质组功能模式的研究方法
蛋白质翻译后修饰的研究
蛋白质相互作用研究技术
（一）蛋白质组研究中的样品制备
通常可采用细胞或组织中的全蛋白质组分进 行蛋白质组分析。 也可以进行样品预分级，即将细胞或组织中 的全体蛋白质分成不同部分，分别进行研究。
样品预分级的主要方法
蛋白质溶解性：可溶性蛋白、非溶性蛋白等 蛋白质定位：膜蛋白、核蛋白等 蛋白质细胞器定位：线粒体、高尔基体、叶绿体等 样品预分级主要作用在于提高低丰度蛋白质的上样量和检 测灵敏度。
新型非凝胶技术
液相色谱法
liquid chromatography，LC
毛细管电泳法 capillary electrophoresis， CE
液相色谱-质谱联用技术（LPLC-MS/MS）
蛋白质混合物直接通过液相色谱分离以代替2-DE的
分离，然后进入MS系统获得肽段分子量，再通过串联MS 技术，得到部分序列信息，最后通过计算机联网查询、鉴 定蛋白质。
特 点
可分离10～100 kD分子量的蛋白质
高灵敏度和高分辨率
便于计算机进行图像分析处理
与质谱分析匹配
双向凝胶电泳(2-DE)技术的缺点
极酸、极碱性蛋白质，疏水性蛋白质， 极大蛋白质、极小蛋白质以及低丰度蛋 白质用此种技术难于有效分离。
胶内酶解过程费时、费力，难于与质谱 联用实现自动化。
蛋白质组学研究方法概述
一、蛋白质组表达模式的研究方法
蛋白质组研究中的样品制备 蛋白质组研究中的样品分离 蛋白质组研究中的样品分析鉴定 蛋白质组学研究的生物信息学 定量蛋白质组学研究
二、蛋白质组功能模式的研究方法
蛋白质翻译后修饰的研究
蛋白质相互作用研究技术
Fra Baidu bibliotek
（三）蛋白质组研究中的样品分析鉴定 传统方法： Edman降解法:
蛋白质组学研究进展
蛋白质组学研究进展
一、蛋白质组学的产生与发展 二、蛋白质组学的相关概念
三、蛋白质组学研究方法概述
四、蛋白质组学在肿瘤研究中的应用
蛋白质组学产生的背景
人类基因组计划（HGP）
1986年，达尔贝科提出人类基因组计划 1990年，美国国会批准“HGP”，9月，中国获准 加入，负责测定人类基因组序列的1% 2000年6月26日，草图绘制成功
双向凝胶电泳(two-dimensional electrophoresis， 2-DE)：利用蛋白质的等电点和分子量，结合凝胶化 学特性，分离各种蛋白质的方法。
原理
第1向基于蛋白质的等电点不同用等电聚焦分离，具有 相同等电点的蛋白质无论其分子大小，在电场的作用下都 会用聚焦在某一特定位置即等电点处；第2向则按分子量
各国政府支持，国际著名研究和商业机构加盟：
美国国家癌症研究院（National Cancer Institute）和食品药品监督管理局（Food and Drug Administration）共同投资数百万美元建 立癌症不同阶段的蛋白质组数据库。
Celera公司投资上亿美元独自启动了全面鉴 定和分类汇总人类组织、细胞和体液中的蛋白质 及其异构体，构建新一代的蛋白质表达数据库的 工作。
蛋白质组是：
对应于基因组的所有蛋白质构成的 整体，不是局限于一个或几个蛋白 质。 同一基因组在不同细胞、不同组织 中的表达情况各不相同 。 在空间和时间上动态变化着的整体。
蛋白质组学是什么样的一门科学？
指应用各种技术手段来研究蛋白质组的一门新兴科学，
其目的是从整体的角度分析细胞内动态变化的蛋白质组成
Edman降解（Edman degradation）：是测定蛋白质一级结构的方法，主要 是从蛋白质或多肽氨基末端进行分析。由埃德曼（P．Edman）在上世纪50 年代所创立。分为耦合、切割、萃取、转化、鉴定等几个步骤。首先在 pH9.0的碱性环境下，将异硫氰酸苯酯(Ph—N=C=S，PITC)和蛋白质或多肽 N端氨基酸耦合，形成苯氨基硫甲酰(PTC)衍生物；然后以三氟乙酸(TFA) 处理耦合后产物，将多肽或蛋白的N一端第一个肽键选择性的切断，释放 出该氨基酸残基的噻唑啉酮苯胺衍生物；随后萃取出释放的氨基酸衍生物 并在强酸性条件下转化为稳定的乙内酰苯硫脲氨基酸(PTH-氨基酸)；最后 以色谱法鉴定出降解下来的PTH-氨基酸种类，从而得到蛋白质或多肽N端 序列信息。Edman降解法的优点是异硫氰酸苯酯与所有氨基酸残基的反应 产率和回收率都相当高，因此反应副产物少，用色谱可以准确鉴定。
成份、表达水平与修饰状态，了解蛋白质之间的相互作用 与联系，揭示蛋白质功能与细胞生命活动规律。
主要研究内容
了解某种特定的细胞、组织或器官制造的蛋白质种类； 明确各种蛋白质分子是如何形成类似于电路的网络的； 描绘蛋白质的精确三维结构，揭示其结构上的关键部位， 如与药物结合并且决定其活性的部位。
蛋白质组学研究进展
一、蛋白质组学的产生与发展 二、蛋白质组学的相关概念
三、蛋白质组学研究方法概述
四、蛋白质组学在肿瘤研究中的应用
蛋白质组学的概念
蛋白质组是澳大利亚学者Williams和 Wilkins于1994年首先提出，源于蛋白 质（protein）与基因组（genome）两 个词的杂合,意指proteins expressed by a genome，即“一个细胞或一个组 织的基因组所表达的全部蛋白质”。
2003年4月14日，人类基因组序列图绘制成功
改变花色的转基因矮牵牛花
荧 光 烟 草
转 入 荧 光 素 酶 蛋 白 基 因 的 发
蓝色玫瑰
蛋白质组学发展历史
1994年，澳大利亚科学家Wilkins等人首次提出蛋白质组概念 1996年，澳大利亚建立了第1个蛋白质组研究中心（APAF） 2001年4月，美国成立了国际人类蛋白质组研究组织（HUPO） 20世纪90年代中期 ，蛋白质组学以细胞内全部蛋白质的存在 及其活动方式为研究对象
蛋白质组表达模式（expression profile）：
研究蛋白质组的组成成分 支撑技术主要有双向凝胶电泳、 以质谱为代表的蛋白质鉴定技术
及生物信息学分析。
蛋白质组学研究方法概述
一、蛋白质组表达模式的研究方法
蛋白质组研究中的样品制备 蛋白质组研究中的样品分离 蛋白质组研究中的样品分析鉴定 蛋白质组学研究的生物信息学 定量蛋白质组学研究
我国也于1998年启动了蛋白质组学研究，在中科 院上海生物化学研究所举办了两次全国性的蛋白质组 学研讨会 2003成立了中国人类蛋白质组组织（CHHUPO）， 并分别于2003年9月、2004年8月以及2005年8月 召开了中国蛋白质组学首届、第二届及第三届学术大 会，2004年10月在中国北京召开了第三届国际蛋白 质组学会议。 科技部已将疾病蛋白质组研究列入我国“973”计 划项目和“863”计划项目；国家自然科学基金委员 会也将“蛋白质组研究”列为重点项目。
多维色谱技术（LC/LC-MS/MS）
根据蛋白质带电性及疏水性不同，用 MS 分离多肽复合物。 离子交换色谱是通过溶质在离子交换色谱固定相上具有不同 的保留能力，而实现样品分离的色谱技术，而反相液相色谱 是基于溶质疏水性的差异而实现分离的色谱技术。通过这两
种色谱模式的联用，可以实现对复杂生物样品的二维分离。
2003年12月15日，国际人类蛋白质组组织负责人在北京宣布， 国际人类蛋白质组计划正式启动，“人类肝脏蛋白质组计划” 和“人类血浆蛋白质组计划”两大项目首先开始执行，其中 “人类肝脏蛋白质组计划”由中国科学家领导执行，这是我国 科学家第一次领导执行重大国际科技协作计划。
首次由我国科学家领导的国际重大科研合作项目——人类肝 脏蛋白质组计划，被宣告取得阶段性新进展。几年来围绕人类 肝脏蛋白质组的表达谱、修饰谱及其相互作用的连锁图等九大 科研任务，我国科学家已经成功测定出6788个高可信度的中国 成人肝脏蛋白质，系统构建了国际上第一张人类器官蛋白质组 “蓝图”；发现了包含1000余个“蛋白质-蛋白质”相互作用的 网络图；建立了2000余株蛋白质抗体。
蛋白质序列分析鉴定蛋白质
一些传统蛋白质分析技术如蛋白质序列分析技术（Edman 降解法, 1950），仍然可用于当前蛋白质组研究。其缺点是难 于实现高通量，同时对低丰度蛋白质的鉴定上其灵敏度难于达 到要求。
蛋白质组学研究方法概述
一、蛋白质组表达模式的研究方法
蛋白质组研究中的样品制备 蛋白质组研究中的样品分离 蛋白质组研究中的样品分析鉴定 蛋白质组学研究的生物信息学 定量蛋白质组学研究
二、蛋白质组功能模式的研究方法
蛋白质翻译后修饰的研究
蛋白质相互作用研究技术
（二）蛋白质组研究中的样品分离
蛋白质组学研究进展
一、蛋白质组学的产生与发展 二、蛋白质组学的相关概念
三、蛋白质组学研究方法概述
四、蛋白质组学在肿瘤研究中的应用
蛋白质组研究更为复杂和困难： 蛋白质数目大大超过基因数目
蛋白质随时间和空间而变化
当前主要任务： 发展高通量、高灵敏度、高准确性的研
究技术平台是现在乃至相当一段时间内
组织水平上的蛋白质组样品制备
临床样本都是由多种细胞或组织混合而成，如肿瘤 中癌变上皮细胞总是与血管、间质细胞等混杂一起。
激光捕获显微切割(laser capture microdissection， LCM)可直接在显微镜下从组织切片中精确分离特
定的细胞或细胞群。
LCM具有其独特的优点
快速简单、有效减少交叉污染。
样品的切割与分离由激光一步完成，并可以保持被分离的 样品的完整性。 结合免疫荧光能够基于组织细胞的表型和功能特征进行分 离样品组分。
对制样的要求灵活多样，使用范围较广。
通过LCM对组织切片进行切割与分离可以分离收集从形态
上（普通染色），表型或功能上（荧光染色）可以辨认均一性
的细胞群体，从而克服了组织不均一的特点，提高了数据的准 确性和可靠性，这在肿瘤生物学研究中具有广泛应用。
多维蛋白质鉴定技术(multidimensional
protein identification technology) 将不同分离模式的
色谱柱以串联方式合并于同一根色谱柱中进行，在同一根色谱 柱的前半部分装填强阳离子色谱填料，后部分装填反相液相色 谱填料，该方法可对样品量较少的蛋白质进行快速分析。