常用生物信息学数据库和分析工具网址
生物信息学常用数据库(已分类)
疟原虫属(Plasmodium)基因组 酵母基因组数据库(SGD) /Saccharomyces 酿酒酵母基因组 TIGR微生物数据库 /tdb/mdb/mdbcomplete.html
COMPEL http://compel.bionet.nsc.ru/ 复合调控元件（Composite regulatory elements）
CUTG http://www.kazusa.or.jp/codon/ 遗传密码使用表
DBTBS http://dbtbs.hgc.jp/ 枯草杆菌反式作用因子和启动子
ArkDB /sites.html 农业相关和其他动物的基因组数据库
综合的微生物资源(CMR) /tigr-scripts/CMR2/CMRHomePage.spl 已完成测序的微生物基因组
CropNet / 农作物基因组图谱
CyanoBase http://www.kazusa.or.jp/cyano/
Synechocystis sp.基因组
EMGlib http://pbil.univ-lyon1.fr/emglib/emglib.html 已完成基因组测序的细菌、古细菌、酵母
EcoGene /EcoGene/EcoWeb/ 大肠杆菌(E.coli)K-12的序列
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名称 地址 说明
AceDB /Software/Acedb/ 线虫(C.elegans),酵母(S.pombe)的序列和基因组信息
AmmtDB r.it/mitochondriome/ 寄生虫(Metazoan)线粒体DNA序列
生物信息学数据库
欧洲生物信息学研究所完整基因组数据库/genomes/
欧洲生物信息学研究所序列数据库研究组/seqdb/index.html
加拿大生物信息学资源http://cbr-rbc.nrc-cnrc.gc.ca/index_e.php
这是加拿大生物信息学资源(CBR)的网站。该网站由加拿大国家研究委员会(NRC)创建，旨在为国家研究委员会与其它**、学术部门的科学家提供广泛使用的生物信息学工具和共享数据。加拿大生物信息学资源部分由一个专门使用该资源的委员会管理，而且其资源在用于教育和非盈利研究时只需注册均可免费作用。网站还提供有关新闻、服务与下载等信息。
法；PSI- BLAST用迭代型的剖面打分算法，每次迭代所费时间与前者相同，它可
检索弱同源的目标；PHI-BLAST 98年刚出台，是模体（Motif ）构造与搜索软件
，是更灵敏的同源搜索软件。例如线虫的CED4是apoptosis 的调控蛋白，含有涉
及磷酸结合的P 环模体，在各种ATP 酶和GTP 酶中可发现。在用gapped BLAST搜
相似的功能。另有，按PHI- BLAST搜索在MutL DNA修复蛋白中的ATP 酶域，II型
拓扑异构酶，组氨酸激酶和HS90家族蛋白，发现一个新的真核蛋白族，共有HS90
型ATP 酶域。再有在古核tRNA核苷酸转移酶中发现核苷酸转移酶域，在细菌DNA
引物酶的古核同源体中发现螺旋酶超家族II的模体VI。用以往的搜索法这些是得
，稍有变化。expect简称E-value ，已经考虑了数据库的因素。其意义是：当用
咨询序列搜索一个数据库（如非冗余的SwissProt ，现有77419 条序列，共27864727
常用生物信息学数据库和分析工具网址
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pdb
KEGG release notes
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pathway
核苷酸数据库
GenBank
/
ftp:///genbank/gbrel.txt
dbEST summary report
/dbEST/dbESTsummarv.html
EMBL release notes
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?embl
PDBSTR
http://www.genome.ad.jp
Prosite
/prosite
结构数据库
PDB
/pdb
NDB
/NDB/ndb.html
生物信息学常问的问题
/faq/
生物信息学机构
NCBI
/
International Nucleotide Sequence Database Collaboration.
/collab/
Mouse Genome Informatics
/bin/query_accession?id=MGI:97555
Saccharomyces Genome Database
/cgi-bin/dbrun/SacchDB?find+Locus+%22PGK1%22
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?prf
PDBSTR release notes
生物信息学分析方法
跨膜结构域预测 TMHMM
http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHM M-2.0/
蛋白互作网络 STRING
http://string.embl.de
polymerase
DNA repair
helicase
双序列比对 序列分析 多序列比对（系统进化树、保守基序） ORF(Open Reading Frame)分析 基因结构分析（外显子、内含子）
节律基因Timeless
数据库 MGI
/
数据库 NCBI
https:///Blast.cgi
数据库 TAIR
/
多序列比对 MEGA
/
LTR
MSA-like TGA-element
414
568 289
CCGAAA
CCCAACGGT AACGAC
low-temperature responsiveness
cell cycle regulation auxin-responsive element
转录因子结合位点分析 JASPAR
/
系统发育树 MEGA
/
保守基序分析 MEME
/tools/meme
基因结构 GSDS
http://gsds.cLeabharlann /
启动子分析 PlantCARE
基序名称 位置 序列特征 功能
常用的生物信息学 分析方法
第十组
生物信息学Bioinformatics
生物信息学是一门在生命科学的研究中，以计算机为工具 对生物信息进行储存、检索和分析的科学。 生物信息学基本上是分子生物 学与信息技术的结合体。
研究材料和结果是各种各样
的生物学数据 研究工具是计算机 研究方法包括对生物学数据的 搜索（收集和筛选）、处理 （编辑、整理、管理和显示） 及利用（计算、模拟）
常用生物信息学数据库(第一讲)
常用生物信息学数据库生物信息学基础入门第一讲常用生物信息学数据库（1学时）•生物信息学的简介、发展和应用•常用生物信息学数据库的概况•NCBI、UCSC数据库的介绍和使用第二讲癌症相关数据库（1学时）•癌症相关数据库的概况•TCGA数据库的介绍和使用•TCGA数据的下载和解读•TCGA数据的在线分析工具第三讲基因功能富集分析（1学时）•基因本体数据库GO及注释•生物学通路KEGG及注释•基因功能富集分析第四讲基因调节网络分析（1学时）•蛋白互作、转录因子调节关系数据库的介绍和使用•非编码RNA调节网络数据库的介绍和使用•基因网络图的展示、Cytoscape软件的介绍和使用第五讲基于公共数据库进行课题研究的案例分析（1.5学时）•实例讲解GEO数据的下载、处理和分析•实例讲解TCGA数据的下载、处理和分析这节课的主要内容•生物信息学的概念•生物信息学发展的背景•生物信息学的发展阶段•生物信息学的研究领域•常用生物医学数据库•NCBI: Gene、GEO•UCSC: Genome Browser、Table Browser生物信息学的概念生物信息学（bioinformatics），是在生命科学的研究中，利用计算机科学、信息技术、应用数学以及统计学方法对生物信息进行采集、处理、存储、传播、分析和解释的学科。
生物信息学发展的背景•人类基因组计划（ human genome project, HGP）是由美国科学家Robert Sinsheimer 于1985年5月率先提出（但是当时美国NIH不感兴趣）。
•经过多位科学家的努力，终于将HGP提上美国政府预算，并于1990年正式启动。
•预计2005年（15年的时间），将人类基因组的DNA序列全部测定，把人体内约2.5万个基因的密码全部解开，同时绘制出人类基因的图谱。
•美国、英国、法国、德国、日本和我国科学家共同参与了这一预算达30亿美元的人类基因组计划。
•我国于1999年7月加入人类基因组计划，得到完成人类3号染色体短臂上一个约30Mb区域（约3000万个碱基对）的测序任务，该区域约占人类整个基因组的1％，称之为“1%计划”。
常用生物信息学网址
常用生物信息学网址NCBI 生物信息学研究工具：/Tools/NCBI 生物信息学研究工具网站由美国国家生物技术信息中心支持。
该网站提供了许多程序的链接，内容包括数据挖掘、核酸和蛋白质组分析等。
同时，网站还提供了许多相关链接和资源。
欧洲生物信息学研究所：/欧洲生物信息学研究所是一个非盈利学术机构，是欧洲分子生物学实验室的一部分。
它是生物信息学研究和服务的中心。
它所管理生物数据的数据库包括核酸，蛋白质序列和大分子结构。
它的使命是保证从分子生物学和基因组研究的日益增长的信息向公众公开，并且对科学研究团体提供任何方面的免费使用，以促进科学发展。
欧洲生物信息学研究所Ensembl 基因组浏览器：ttp:///ensembl/index.html欧洲生物信息学研究所Thornton 研究组：/Thornton/index.html欧洲生物信息学研究所多序列联配数据库:/embl/Submission/alignment.html欧洲生物信息学研究所工具箱:/Tools/欧洲生物信息学研究所核酸数据库:/Databases/nucleotide.html欧洲生物信息学研究所计算基因组研究组:/research/CGG/index.html欧洲生物信息学研究所完整基因组数据库:/genomes/欧洲生物信息学研究所序列数据库研究组:/seqdb/index.htmlBrutlag 生物信息学研究组：/Brutlag 生物信息学研究组是斯坦福大学的一个研究团体，主要研究从蛋白质一级结构预测蛋白质结构和功能，其开发了EMOTIF 、EMATRIX 和3MOTIF 软件应用于非鉴定的基因组序列的功能确定，另外还开发了LOCK 和3DSEARCH 软件用于比较蛋白质结构和蛋白质结构数据库的搜索。
生物GBF 信息学小组主页：http://transfac.gbf.de/生物信息学小组主页是德国生物技术研究中心的生物信息组的主页。
生物信息学及常用工具简介
中心研究方向
基因组注释 芯片数据分析
与实验室密切相关 的研究和支持
为蛋白质组学研究提供 生物信息学支持
应用医学生物 信息学
基于本体论的数据仓库系统 基因组 转录组 蛋白质组 代谢组
主要内容
多序列联配（Alignment)和进化树分析 PCR引物及芯片探针的设计 使用软件在数据库中检索、收集、整理文献 BLAST应用简介 序列片段的拼接 基因注释：编码蛋白区域的预测 NCBI的数据库 代谢途径分析数据库（KEGG） 蛋白质分析数据库（uniprot） 比较基因组的方法 目标基因的分析流程
/outorder=order /tree /newtree=tree
♦ 蛋白质结构与功能预测
序列数据选取
1. 生物实验中获取或收集的相关基因或蛋白序列 2. 利用NCBI Entrez，SRS（Sequence Retrieve System）获 取序列 3. 利用同源搜索工具BLAST，从公共数据库中搜索与自身 相关序列
▼ Jackknife
不将剩下的一半序列补齐，只生成一个缩短了一半的新序列。
▼ Permute
其目的与Bootstrap和Jackknife法不同，不常用。
为什么树不一致？
1、 数据选取不充分 2、基因或蛋白质序列选择 3、测序中序列错误 4、分析方法的选择
PHYLIP
PHYLIP （ Phylogeny Inference Package ）(Joseph Felsenstein等，1986-1995）由华盛顿大学遗传系开发，1980 年首次公布，免费共享，包括35个独立程序，目前的版本是3.6。 下载地址： ftp:///pub/phylip/ 标准C语言开发，有Windows、 Macintosh，Linux/UNIX等版 本。 Windows： phylipw3.6source.exe、 phylipwx3.6executables.exe，
生物信息学二级数据库及数据库的格式
..125
Homo. Sapiens Medline4,. gluco- transcriptional TGT..
......
Corticoid regulator, ..
receptor
Fig 2.7 GenBank数据库的组织. 常被计算机检索程序ENTREZ利用。
2 EMBL序列格式
• The European Molecular Biology Laboratory(EMBL)序列 条目与GenBank类似，通过大量信息来描述每个序列。该 信息组织成一个个字段，每个字段有一个标识符。这些标 识符缩写成两个字母，某些字段还有次级字段。每行序列 后面的数字显示片断的位置。
BASE COUNT count of A, C, G, T and other symbols
ORIGIN
text indicating start of sequence
1 gaattcgata aatctctggt ttattgtgca gtttatggtt ccaaaatcgc
51 atatactcac agcataactg tatatacacc cagggggcgg aatgaaagcg
Prosite的网址：
/prosite/
3、蛋白质结构二级数据库
DSSP (Definition of Secondary Structure of Proteins) 蛋白质二级结构构象参数数据库 DSSP的网址：
http://www.cmbi.kun.nl/gv/dssp/
source range of sequence, source organism
misc_signal range of sequence, type of function or signal
常用生物学分析网站_综合工具
综合工具BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) , 功能最为完整的网上服务器。
包括核酸的酶切位点、motif、开读框等搜索，PCR引物设计，二级结构预测，多序列比较及分子进化树构建，等等；蛋白分析则包括酶切图谱，功能区搜索，分子进化分析，蛋白二级结构预测，等等；此外还提供序列管理等功能。
收费站点，但提供两周的全功能免费试用期http://bioinformatics.weizamann.ac.il/gdp/gdp.html ，另一个综合性的提供序列分析功能的网站 ,内容丰富的站点，有数据库及教程、在线分析工具等，常用其预测编码区、搜索启动子和结合位点等功能编码区统计特性分析http://cbrg.inf.ethz.ch ,常用其基因预测及验证功能，预测DNA序列的外显子。
还有其它一些在线服务启动子及调控元件分析BDGP-promoterTfsitescan内含子/外显子剪接位点NetGene服务的Email地址是：netgene@cbs.dtu.dk重复序列分析CENSOR的Email服务地址是：censor@XBLAST：ftp:///pub/jmcRepbase：ftp://ncbi//repository/repbase/REF从氨基酸组成辨识蛋白质ExPASy：http://www.expasy.ch/tools/PROSEARCH：http://www.embl-heidelberg.de/prs.html预测蛋白质的物理性质：等电点、分子量、酶切特性、疏水性、电荷分布等ExPASy：http://www.expasy.ch/tools/ ，有较多的蛋白分析工具，包括分子量、亲疏水性、表面积、二级结构、与SWISS-PROT数据库收录分子同源性比较、极性、折射率等分析FASTA：ftp:///pub/fasta/SAPS：http://www.isrec.isb-sib.ch/software/SAPS_form.html跨膜区预测：http://www.isrec.isb-sib.ch/software/tmpred_from.html蛋白质二级结构预测nnPredict：/~nomi/nnpredict.htmlPredictProtein：/predictprotein/PredictProtein的国内镜像：/predictprotein/SOPMA：http://pbil.ibcp.fr/二级结构预测：/~nomi/nnpredict-instrucs.html卷曲螺旋预测COILS：/software/COILS_form.html跨膜区段和在膜上的取向预测TMpred：/software/TMPRED_form.html信号肽的剪切位点SignalP：http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/蛋白质的三维结构SWISS-MODEL：http://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.htmlCPHmodels：http://www.cbs.dtu.dk/services/CPHmodels/启动子分析网站：http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/ http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/signalscan.html/seq_tools/promoter.html。
生物信息学分析工具和方法的介绍
生物信息学分析工具和方法的介绍生物信息学是一门将计算机科学和生物学相结合的学科，旨在通过使用计算机技术和数学模型来分析和理解生物学中的大规模数据。
在生物信息学领域，有许多常用的分析工具和方法可以帮助研究人员从海量的生物数据中发现有意义的信息。
本文将介绍一些常见的生物信息学分析工具和方法。
1. 基因组测序工具基因组测序是生物信息学分析的基础，通过对生物体DNA序列的测定可以获得完整的遗传信息。
常用的基因组测序工具包括高通量测序技术，如Illumina测序，Ion Torrent测序和PacBio测序等。
这些工具能够生成大量的DNA序列数据，为进一步的生物信息学分析提供了基础。
2. 序列比对工具序列比对是将一个DNA、RNA或蛋白质序列与已知序列进行比较，以确定它们的相似性和差异性。
常用的序列比对工具包括BLAST和Bowtie等。
这些工具可帮助研究人员快速找到已知的序列匹配，从而推断未知序列的功能和结构。
3. 基因表达分析工具基因表达分析是研究基因在不同条件下的表达水平和模式的过程。
常用的基因表达分析工具包括RNA-Seq和微阵列芯片。
RNA-Seq通过测定转录组中的mRNA序列来定量测量基因的表达水平。
而微阵列芯片则通过测量目标基因的杂交信号来分析基因的表达模式。
4. 蛋白质结构预测工具蛋白质结构预测是预测蛋白质的三维结构，从而了解其功能和相互作用。
常用的蛋白质结构预测工具包括BLAST、I-TASSER和Rosetta等。
这些工具通过蛋白质序列比对、模拟和建模等方法，预测蛋白质的结构和功能。
5. 基因组学数据库基因组学数据库是存储和组织生物学数据的重要资源。
常用的基因组学数据库包括GenBank、Ensembl、KEGG和UCSC Genome Browser等。
这些数据库提供了大量的生物学数据，包括基因和基因组序列、调控元件、变异数据和表达数据等，为生物信息学分析提供了基础。
除了上述提到的工具和方法，还有许多其他的生物信息学工具和方法可用于特定的研究领域，如蛋白质互作网络分析、遗传关联分析、代谢组学分析等。
500个常用生物网站收藏!!经典！！
500个常用生物网站收藏!!经典！！001 《科学》002 《昆虫学报》003 《昆虫知识》004 《生态学》005 《生态学》006 《生态学专论》 ... &issn=0012-9615007 《水生微生物生态学》008 《新西兰生态学杂志》009 《植物生态学》010 《自然》011 37℃医学网012 ActionBioScience013 Alternative Splicing DB http://hazelton./~teplitski/alt/ 014 ASTRAL015 016 Biochemist e-volution017 BioChemistry&Biophysics 018 BioMagResBank019 BioSci论坛020 BioVisa021 BioZone Microbiology022 BLAST023 cell024 Cell genesys025 Cell reseach026 Cell Science027 Cell TECH028 Cell&Molecular Biology Online 029 CellPress030 Computer Biochemistry Research Group 031 Coweeta长期生态学研究032 Dennis Kunkel Microscopy033 DNA甲基化数据库/MethDB034 DPInteract035 E-cell project036 ENZYME037 ExPASy Ptoteomics Server038 FCCA糖生物学论坛039 Fuel Cells040 GenBank041 GlycoBiology042 GlycoTech043 Hits Home044 HIV DataBase045 Human Gene Symbols046 Immune Deficiency Foundation047 Immunity048 Infection and Immunity049 InfoPlease词典050 Insect Images051 Insect Investigations052 Iproclass053 Marine Biological Laboratory054 Marine Parks Worldwide055 Microbiology: Principles and Explorations 056 MIRAGE057 NCBI-反转录病毒中心058 Nucleic Acids Research059 PKCLab060 PlantsP061 PlasmoDB062 ProSite063 Prostate Action064 Protein Peospector065 Protein Structure Database http://www./~geigel/PSdb/PSdb.html066 Proteome Biokownlege067 ProtoMap068 Provo海洋生物教育中心069 Ptotemoe Systems070 RECODE071 Science中文/杂志072 The CluSTr database073 The Galton Laboratory074 The Insect Company075 The Microbiology Network 076 TIGR基因索引077 Trends杂志078 UCMP生物词典079 World Species List080 World Wildlife Fund081 阿风生物教学网082 阿奇生物教育教学网083 爱科普网084 爱生物BBS085 爱生物考研论坛086 澳大利亚生态学会087 保护生态学088 保护中国的生物多样性089 北大蛋白质数据库090 北大理论生物学中心 /091 北大生命科学学院 /links.jsp092 北大生物信息学数据库093 北大植物发育实验室 /094 北京大学生物信息学中心 /095 北京动物园096 北京昆虫网097 北京生命科学研究院098 北京野生动物保护中心099 比利时生物安全网100 病毒学词汇101 波兰生物化学学报102 虫害综合治理应用生态学家协会103 初中生物-人教网/chzsw/index.htm104 代谢途径数据库105 带菌体生态学杂志106 带菌体生态学杂志107 淡水生态和内陆渔业研究108 淡水生态系统生态学109 淡水生态学合作研究中心110 蛋白质晶体论坛 /nttalk 111 蛋白质晶体论坛 /nttalk 112 蛋白质之间相互作用目录113 蛋白质组学114 德国Cologne大学藻种库115 丁香园 /bbs/116 动物物种信息共享117 动物学报118 动物学分部http://monkey./119 端粒文献库120 俄罗斯菌种保藏中心121 二十一世纪生物论坛122 发育生物学123 分子基因软件124 分子基因资源网125 分子生物学个人交流网126 分子细胞生理学127 风湿免疫资讯网128 复旦发育生物学研究所 /idm/129 干细胞信息网130 肝素研究131 高中生物-人教网/gzsw/index.htm132 哥德堡大学海洋生态学系133 哥伦比亚大学生物信息中心134 哥伦比亚植物系135 革兰氏阴性杆菌编码鉴定数据库136 功能基因组学http://ihome./~b400559 137 功能糖生物学138 狗的基因组图谱139 广东蝴蝶140 广东微生物菌种保藏中心141 广州微生物研究所142 国际动物学大会143 国际古植物学组织144 国际生命科学研究所145 国际生物化学和分子生物学联盟146 国际微生物生态学会147 国际细胞生物学联盟148 国家人类基因组北方研究中心149 国家人类基因组南方研究中心150 国家生物医学分析中心蛋白质组学网151 国家新药筛选中心152 果蝇的发育和遗传数据库153 哈尔滨医大生物信息研究室154 哈佛大学基因组研究中心155 哈佛大学结构细胞实验室156 哈佛大学生殖生态学实验室http://www.people.fas./~pellison/157 哈佛蛋白质组学158 哈佛化学和生物化学系159 哈佛生物化学和生物物理学和医学中心160 海洋科技信息网161 海洋生态学与海洋植物162 海洋生物图书馆163 海洋生物学164 海洋生物学词典165 核酸的热力学数据166 核酸数据库NDB167 荷兰生态学研究所168 湖泊检索生态部分169 华大基因170 华盛顿大学基因组中心171 华盛顿大学生化系172 基因潮173 基因岛174 基因组175 基因组每日新闻176 基因组生物信息学数据库177 基因组学词汇表178 吉林大学实验动物中心179 极端条件研究中心180 脊椎动物红细胞基因表达181 计算和观察蛋白三维结构182 加拿大生物化学和分子细胞生物学学会183 加州大学伯克利分校细胞&分子生物学网站184 加州大学基因组与生物信息学185 加州大学生态与进化系186 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生物信息学常用数据资源介绍
生物信息学常用数据资源介绍
生物信息学是一门跨学科的学科，它将计算机科学与生物学有机地结合起来，为生命科学研究提供了新的方法和手段。
在生物信息学中，数据资源是非常重要的，因为数据资源直接关系到生物信息学研究的深度和广度。
本文将介绍生物信息学中常用的数据资源，包括基因组数据库、蛋白质数据库、序列数据库、文献数据库等。
1. 基因组数据库
基因组数据库是基因组信息的集大成者。
基因组数据库收集了各种生物的基因组序列、基因注释、基因组结构等信息。
常用的基因组数据库有：GenBank、EMBL、DDBJ、NCBI、Ensembl、UCSC Genome Browser 等。
2. 蛋白质数据库
蛋白质数据库是收集了各种生物的蛋白质序列、蛋白质结构、蛋白质功能等信息的数据库。
常用的蛋白质数据库有：UniProt、PDB、Swiss-Prot、TrEMBL等。
3. 序列数据库
序列数据库主要收集了各种生物的核酸序列和蛋白质序列。
常用的序列数据库有：NCBI GenBank、EMBL、DDBJ、RefSeq、UniProtKB 等。
4. 文献数据库
文献数据库主要收集了各种与生物学相关的学术文献，包括期刊论文、会议论文、书籍等。
常用的文献数据库有：PubMed、Web of
Science、Google Scholar等。
总结
生物信息学中的数据资源非常丰富，为生物信息学研究提供了非常重要的数据支持。
除了以上介绍的常用数据资源，还有很多其他的数据资源，例如代谢组数据库、蛋白质互作数据库等等。
研究者可以根据自己的需要选择合适的数据资源，以便更好地开展生物信息学研究。
盘点：三大你不可不知的开放性生物信息分析平台
盘点：三大你不可不知的开放性生物信息分析平台随着高通量测序技术的快速发展，产生了海量的生物学数据，这也对生物信息学分析技术提出了很高的要求。
为此，各种生物信息分析平台孕育而生。
生物信息学分析平台是将各种生物信息学分析软件集成起来，通过网页或者命令行的方式进行生物信息分析的平台，下面将一一介绍三个常用的生物信息分析平台。
1、GalaxyGalaxy是一个开放的基于网页的生物信息分析平台，目前已经部署投入使用的公共Galaxy分析平台约有30个。
通过该平台，能够在不下载和安装任何软件或工具的前提下做各种生物信息分析，并能够记录每一步分析过程，同时可以与其他科研人员分享分析的历史记录和构建的工作流。
比如，由国家基因库搭建、配置和维护的公共开放的Galaxy平台（/galaxy/root），可以为国内外用户提供运算存储资源和流程化分析服务，它整合了各种生物信息学分析工具，可以友好方便的构建生物数据分析工作流，是集数据上传检索及处理、序列比对组装、序列分析、SNP/WGA分析、数据可视化等众多生物信息分析功能于一体的公共开放性平台。
2、GenePatternGenePattern生物分析平台提供了用于基因组、转录组、蛋白质组、SNP分析和常见数据处理分析的150多个分析工具，并且该平台具有word插件，可以将分析流程添加到doc文档中。
具体见链接/cancer/software/genepattern/3、DNAnexus分析平台DNAnexus生物分析平台主要侧重下一代测序技术的信息分析，部分功能可免费使用。
DNAnexus（/）生物分析平台是致力于打造云端数据分析平台，2011年获Google Ventures和TPG Biotech投资，DNAnexus将和Google共建开放式DNA数据库，以取代美国政府的国家生物技术信息中心（NCBI）。
该平台最大的特点是使用google的云服务，将数据存在云端，科研人员可通过软件即可访问这些数据。
生物学常用网站
GenBank（美国国家生物技术信息中心， NCBI）
1982 1983 1984 1985 1986 1987 1988 1989 1990 1991 1992 1993 1994 1995 1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008
生物信息学 广西医学科学实验中心
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生物信息学 广西医学科学实验中心
EMBL 网址 /embl xy
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DDBJ(日本国家遗传学研究所，NIG) 1986 Databank of Japan NIG(National Institute of Genetics)
AceDB
线虫基因组数据库。既是一个数据库，又是一个数据库管理系统。 提供很好的图形界面，用户能够从大到整个基因组小到序列的各个层 次观察和分析基因组数据。
数据内容：
限制性图谱，基因结构信息，质粒图谱，序列数据，参考文献…
生物信息学 广西医学科学实验中心
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AceDB网址
生物信息学 广西医学科学实验中心 xy
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SWISS-PROT的网址： /sprot
生物信息学 广西医学科学实验中心
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分子生物信息数据库概述
1960年代，第一个分子生物学数据库 ——Fred Sanger的胰岛素序列测定（1955） ——蛋白质数据库PSD（Protein Sequence Database） ——Margaret Dayhoff： 1960年代，创立PSD，即PIR的前身 1978，scoring matrices——PAM
生物信息学
TBlastx 核酸
核酸
核酸序列翻译成蛋白质序列，再
和核酸数据库中的核酸序列翻
译成的蛋白质序列逐一进行比
对。
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序列分析的目的是什么? --
为了功能的分析
--拿到一个基因/蛋白质序列, 我能做什么?
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序列功能分析的内容
序列组成/分子量/等电点---初级分析 酶切位点分析(载体构建) 基因结构分析/启动子序列分析
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PDB（protein data bank）
1. 目前最主要的蛋白质分子结构数据库； 2. 1970年代建立，美国Brookhaven国家实验室维护管 理; 3. 1988年，由美国RCSB(research collaboratory for structural biology)管理； 4. 以文本格式存放数据，包括原子坐标、物种来源、测 定方法、提交者信息、一级结构、二级结构等；
EMBL核酸序列数据库 由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护的核酸序列数据构成，查 询检索可以通过通过因特网上的序列提取系统(SRS)服务完成。 数据库网址是：/embl/。
DDBJ数据库 日本DNA数据仓库(DDBJ)也是一个全面的核酸序列数据库， 与Genbank和EMBL核酸库合作交换数据。使用其主页上提供 的SRS工具进行数据检索和序列分析。 DDBJ的网址是：http://www.ddbj.nig.ac.jp/。
两条序列的相似程度的定量计算
相似度，它是两个序列的函数，其值越大，表示 两个序列越相似
两个序列之间的距离。距离越大，则两个序列的 相似度就越小
进行序列比较的方法1
通过点矩阵进行序列比较
“矩阵作图法” 或 “对角线作图”
进行序列比较的方法2
这四个网站了解一下，让你轻松预测相互作用蛋白！
这四个网站了解一下，让你轻松预测相互作用蛋白！蛋白质互作网络是由不同蛋白通过彼此之间的相互作用构成，参与生物信号传递、基因表达调节、能量和物质代谢及细胞周期调控等生命过程的各个环节。
在进行基因机制研究中，寻找互作蛋白是一个深入探究基因功能的过程，寻找未知蛋白充满艰辛，而通过数据库预测互作蛋白能够为我们的研究拓展思路，提供方向，让我们在科研道路上更加轻松。
下面就为大家推荐四个可以用来预测相互作用蛋白的网站！一：STRING网站1.STRING数据库是比较经典的蛋白互作数据库。
数据库使用简单。
2. 输入基因名称后，可以获得蛋白互作网络图，其中圆圈节点之间的直线代表该直线连接的两个蛋白之间的相互作用关系，点击直线可查看蛋白的详细信息。
3.网站下方提示不同颜色的直线代表不同的相互作用关系证据来源。
包括蛋白质之间的直接物理相互作用，也包括蛋白质之间的间接功能相关性。
它除了包含有实验数据、从PubMed摘要中挖掘的结果和综合其他数据库数据外，还有利用生物信息学的方法预测的结果。
二：Genemania网站。
1. Genemania也是比较常用的蛋白互作网站，网站结果类似cytoscape app，但是无需下载安装软件，直接在线使用，非常方便。
2.在网站左上方可以选择查询物种以及基因名称，同时点击下方不同的图标能够设置网络图展示形式：列表式、环状等。
3 .网站右侧可以设置网络边的来源，所应用的生物信息学方法有：物理互作、基因共表达、基因共定位、基因富集分析以及网站预测等等，通过这种方法能够设定检索范围。
三：unihi 网站1. unihi是一个用于检索，分析和可视化人类分子相互作用网络的数据库。
其主要目的是为广泛的生物学和医学研究人员提供一个全面且易于使用的网络调查平台。
UniHI目前包括基因，蛋白质和药物之间近350,000个分子相互作用，以及许多其他类型的数据，如基因表达和功能注释。
2.网站支持输入单基因或者多基因名称，寻找与之互作蛋白。
生物信息学网站网址(全)
生物信息学网站分子生物学数据库综合目录1. SRS序列查询系统(分子生物学数据库网络浏览器) http://www.embl-heidelberg.ed/srs5/2. 分子生物学数据库及服务器概览/people/pkarp/mimbd/rsmith.html3. BioMedNet图书馆4. DBGET数据库链接http://www.genome.ad.jp/dbget/dbget.links.html5. 哈佛基因组研究数据库与精选服务器6. 约翰. 霍普金斯大学(Johns Hopkins University) OWL网络服器/Dan/proteins/owl.html7. 生物网络服务器索引，USCS /network/science/biology/index.html8. 分子生物学数据库列表(LiMB) gopher:///11/molbio/other9. 病毒学的WWW服务器，UW-Madison /Welcome.html10. UK MRC 人类基组图谱计划研究中心/11. 生物学家和生物化学家的WWW资源http://www.yk.rim.pr.jp/~aisoai/index.html12. 其他生物网络服务器的链接/biolinks.html13. 分子模型服务器与数据库/lap/rsccom/dab/ind006links.html14. EMBO实际结构数据库http://xray.bmc.uu.se/embo/structdb/links.html15. 蛋白质科学家的网络资源/protein/ProSciDocs/WWWResources.html16. ExPASy分子生物学服务器http://expasy.hcuge.ch/cgi-bin/listdoc17. 抗体研究网页18. 生物信息网址http://biochem.kaist.ac.kr/bioinformatics.html19. 乔治.梅森大学(George Mason University)的生物信息学与计算分子生物学专业/~michaels/Bioinformatics/20. INFOBIOGEN数据库目录biogen.fr/services/dbcat/21. 国家生物技术信息研究室/data/data.html22. 人类基因组计划情报/TechResources/Human_Genome23. 生物学软件及数据库档案/Dan/software/biol-links.html24. 蛋白质组研究：功能基因组学的新前沿(著作目录) http://expasy.hcuge.ch/ch2d/LivreTOC.html序列与结构数据库一．主要的公共序列数据库1. EMBL WWW服务器http://www.EMBL-heidelberg.ed/Services/index.html2. Genbank 数据库查询形式(得到Genbank的一个记录) /genbank/query_form.html3. 蛋白质结构数据库WWW服务器(得到一PDB结构) 4. 欧洲生物信息学研究中心(EBI) /5. EBI产业支持/6. SWISS-PROT(蛋白质序列库) http://www.expasy.ch/sprot/sprot-top.html7. 大分子结构数据库/cgi-bin/membersl/shwtoc.pl?J:mms8. Molecules R Us(搜索及观察一蛋白质分子) /modeling/net_services.html9. PIR国际蛋白质序列数据库/Dan/proteins/pir.html10. SCOP(蛋白质的结构分类)，MRC /scop/data/scop.l.html11. 洛斯阿拉莫斯的HIV分子免疫数据库/immuno/index.html12. TIGR数据库/tdb/tdb.html13. NCBI WWW Entrez浏览器/Entrez/index.html14. 剑桥结构数据库(小分子有机的及有机金属的结晶结构) 15. 基因本体论坛/GO/二. 专业数据库1. ANU生物信息学超媒体服务(病毒数据库、分类及病毒的命名法) .au/2. O-GL YCBASE(O联糖基化蛋白质的修订数据库) http://www.cbs.dtu.dk/OGLYCBASE/cbsoglycbase.html3. 基因组序列数据序(GSDB)(已注释的DNA序列的关系数据序) 4. EBI蛋白质拓扑图/tops/Serverintermed.html5. 酶及新陈代谢途径数据库(EMP) /6. 大肠杆菌数据库收集(ECDC)(大肠杆菌K12的DNA序列汇编) http://susi.bio.uni-giessen.de/ecdc.html7. EcoCyc(大肠杆菌基因及其新陈代谢的百科全书) /ecocyc/ecocyc.html8. Eddy实验室的snoRNA数据库/snoRNAdb/9. GenproEc(大肠杆菌基因及蛋白质) /html/ecoli.html10. NRSub(枯草芽胞杆菌的非冗余数据库) http://pbil.univ-lyonl.fr/nrsub/nrsub.html11. YPD(酿酒酵母蛋白质) /YPDhome.html12. 酵母基因组数据库/Saccharomyces/13. LISTA、LISTA-HOP及LISTA-HON(酵母同源数据库汇编) /14. MPDB(分子探针数据库) http://www.biotech.est.unige.it/interlab/mpdb.html15. tRNA序列及tRNA基因序列汇编http://www.uni-bayreuth.de/departments/biochemie/trna/index/html16. 贝勒医学院(Baylor College of Medicine)的小RNA数据库/dbs/SRPDB/SRPDB.html17. SRPDB(信号识别粒子数据库) /dbs/SRPDB/SRPDB.html18. RDP(核糖体数据库计划) /19. 小核糖体亚蛋白RNA结构http://rrna.uia.ac.be/ssu/index.html20. 大核糖体亚蛋白RNA结构http://rrna.uia.ac.be/lsu/index.html21. RNA修饰数据库/RNAmods/22. 16SMDB及23SMDB(16S和23S核糖体RNA突变数据库)/Departments/Biology/Databases/RNA.html23. SWISS-2DPAGE(二维凝胶电泳数据库) http://expasy.hcuge.ch/ch2d/ch2d-top.html24. PRINTS /bsm/dbbrowser/PRINTS/PRINTS.html25. KabatMan(抗体结构及序列信息数据库) /abs26. ALIGN(蛋白质序列比对一览) /bsm/dbbrowser/ALIGN/ALIGN.html27. CATH(蛋白质结构分类系统) /bsm/cath28. ProDom(蛋白质域数据库) http://protein.toulouse.inra.fr/29. Blocks数据库(蛋白质分类系统) /30. HSSP(按同源性导出的蛋白质二级结构数据库) http://www.sander.embl-heidelberg.de/hssp/31. FSSP(基于结构比对的蛋白质折叠分类) /dali/fssp/fssp.html32. SBASE蛋白质域(已注释的蛋白质序列片断) http://www.icgeb.trieste.it/~sbasessrv/33. TransTerm(翻译控制信号数据库) /Transterm.html34. GRBase(参与基因调控的蛋白质的相关信息数据库) /~regulate/trevgrb.html35. REBASE(限制性内切酶和甲基化酶数据库) /rebase/36. RNaseP数据库/RNaseP/home.html37. REGULONDB(大肠杆菌转录调控数据库) http://www.cifn.unam.mx/Computational_Biology/regulondb/38. TRANSFAC(转录因子及其DNA结合位点数据库) http://transfac.gbf.de/39. MHCPEP(MHC结合肽数据库) .au/mhcpep/40. ATCC(美国菌种保藏中心) /41. 高度保守的核蛋白序列的组蛋白序列数据库/Baxevani/HISTONES42. 3Dee(蛋白质结构域定义数据库) /servers/3Dee.html43. InterPro(蛋白质域以及功能位点的完整资源) /interpro/序列相似性搜索1. EBI序列相似性研究网页/searches/searches.html2. NCBI: BLAST注释/BLAST3. EMBL的BLITZ ULTRA快速搜索/searches/blitz_input.html4. EMBL WWW服务器http://www.embl-heidelberg.de/Services/index.html#55. 蛋白质或核苷酸的模式浏览/compbio/PatScan/HTML/patscan.html6. MEME(蛋白质超二级结构模体发现与研究) /meme/website7. CoreSearch(DNA序列保守元件的识别) http://www.gsf.de/biodv/coresearch.html8. PRINTS/PROSIT浏览(搜索motif数据库) /cgi-bin/attwood/SearchprintsForm.pl9. 苏黎世ETH服务器的DARWIN系统http://cbrg.inf.ethz.ch/10. 利用动态规划找出序列相似性的Pima IIhttp://bmerc-www.bu.ede/protein-seq/pimaII-new.html11. 利用与模式库进行哈希码(hashcode)比较找到序列相似性的DashPat /protein-seq/dashPat-new.html12. PROPSEARCH(基于氨基酸组成的搜索) http://www.embl-heidelberg.de/aaa.html13. 序列搜索协议(集成模式搜索) /bsm/dbbrowser/protocol.html14. ProtoMap(SEISS-PROT中所有蛋白质的自动层次分类) http://www.protomap.cs.huji.ac.il/15. GenQuest(利用Fasta、Blast、Smith-Waterman方法在任意数据库中搜索) http://www.gdb.rog/Dan/gq/gq.form.html16. SSearch(对特定数据库的搜索) http://watson.genes.nig.ac.jp/homology/ssearch-e_help.html17. Peer Bork搜索列表(motif/模式序列谱搜索) http://www.embl-heidelberg.de/~bork/pattern.html18. PROSITE数据库搜索(搜索序列的功能位点) /searches/prosite.html19. PROWL(Skirball研究中心的蛋白质信息检索) /index.html序列和结构的两两比对1. 蛋白质两两比对(SIM) http://expasy.hcuge.ch/sprot/sim-prot.html2. LALNVIEW比对可视化观察程序ftp://expasy.hcuge.ch/pub/lalnview3. BCM搜索装置(两两序列比对) /seq-search/alignment.html4. DALI蛋白质三维结构比较/dali/5. DIALIGN(无间隙罚分的比对程序) http://www.gsf.de/biodv/dialign/html多重序列比对及系统进行树1. ClustalW(BCM的多重序列比对) /multi-align/multi-align.html2. PHYLIP(推测系统进行树的程序) /phylip.html3. 其它系统进行树程序，PHYLIP文档的汇编http://expasy.hcuge.ch/info/phylogeny.html4. 系统进行树分析程序(生命树列表) /tree/programs/programs.html5. 遗传分类学软件(Willi hennig协会提供的列表) /education.html6. 用于多重序列比对的BCM搜索装置/multi-align/multi-align.html7. AMAS(分析多重序列比对中的序列) /servers/amas_server.html8. 维也纳RNA二级结构软件包http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/四. 有代表性的预测服务器1. PHD蛋白质预测服务器，用于二级结构、水溶性以及跨膜片断的预测http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/predictprotein.html2. PhdThreader(利用逆折叠方法预测、识别折叠类) http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/phd_help.html3. PSIpred(蛋白质结构预测服务器) /psipred4. THREADER(戴维. 琼斯) /~jones/threader.html5. TMHMM(跨膜螺旋蛋白的预测) http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/6. 蛋白质结构分析，BMERC /protein-seq/protein-struct.html7. 蛋白质域和折叠预测的提交表http://genome.dkfz-heidelberg.de/nnga/def-query.html8. NNSSP(利用最近相邻法预测蛋白质的二级结构) /pss/pss.html9. Swiss-Model(基于知识的蛋白质自动同源建模服务器) http://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html10. SSPRED(用多重序列比对进行二级结构预测) /jong/predict/sspred.html11. 法国IBCP的SOPM(自寻优化预测方法、二级结构) http://pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_sopm.html12. TMAP(蛋白质跨膜片断的预测服务) http://www.embl-heidelberg.de/tmap/tmap_info.html13. TMpred(跨膜区域和方向的预测) /software/TMPRED_form.html14. MultPredict(多重序列比对的序列的二级结构) /zpred.html15. BCM搜索装置(蛋白质二级结构预测) /seq-search/struc-predict.html16. COILS(蛋白质的卷曲螺旋区域预测) /software/coils/COILS_doc.html17. Coiled Coils(卷曲螺旋) /depts/biol/units/coils/coilcoil.html18. Paircoil(氨基酸序列中的卷曲螺旋定位) /bab/webcoil.html19. PREDATOR(由单序列预测蛋白质二级结构) http://www.embl-heidelberg.de/argos/predator/predator_info.html20. EV A(蛋白质结构预测服务器的自动评估) /eva/五. 其他预测服务器1. SignalP (革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌和真核生物蛋白质的信号肽及剪切位点) http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/2. PEDANT(蛋白质提取、描述及分析工具) http://pedant.mips.biochem.mpg.de/六. 分子生物学软件链接1. 生物信息学可视化工具/alan/VisSupp/2. EBI分子生物学软件档案/software/software.html3. BioCatalog /biocat/e-mail_Server_ANAL YSIS.html4. 生物学软件和数据库档案/Dan/softsearch/biol-links.html5. UC Santa Cruz的序列保守性HMM的SAM软件/research/compbio/sam.html七. 网上博士课程1. 生物计算课程资源列表：课程大纲http://www.techfak.uni-bielefeld.de/bcd/Curric/syllabi.html2. 生物序列分析和蛋白质建模的Ph.D课程http://www.cbs.dtu.dk/phdcourse/programme.html3. 分子科学虚拟学校/vsms/sbdd/4. EMBnet 生物计算指南http://biobase.dk/Embnetut/Universl/embnettu.html5. 蛋白质结构的合作课程/PPS/index.html6. 自然科学GNA虚拟学校http://www.techfak.uni-bielefeld.de/bcd/Vsns/index.html7. 分子生物学算法/education/courses/590bi。
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