生命科学专用数据库
pubmed收录文献的学科范围
pubmed收录文献的学科范围Pubmed是一个国际性的生物医学文献数据库，成立于1996年，由美国国立卫生研究院（NIH）的国家医学图书馆（NLM）所建。
其收录和索引了生命科学和医学领域的文献，其宗旨是提供一个公认的国际生物医学文献管理系统，让所有经过同行评审的医学和生物学文献都能够在其中得以收录。
本文将围绕“Pubmed收录文献的学科范围”展开阐述。
第一步：生命科学Pubmed的核心内容是生命科学，包括生物化学、遗传学、细胞生物学、微生物学、生理学、生态学、生物物理学、神经学、分子生物学等领域的文献。
这些学科涉及到生命科学的基础理论和实践，在生物医学领域的研究和创新中发挥着重要作用。
第二步：医学领域Pubmed也是医学领域中重要的文献数据库之一，包括临床医学、药学、微生物学、公共卫生、心理学等各个领域。
医学文献方面，是指所有跟医学有关的论文、研究、书籍或其他类别的信息。
这些学科的文献主要来源于国际一流的医学专业期刊、书籍和报纸等。
第三步：国际性生物医学期刊Pubmed对国际性的生物医学期刊收录非常全面，涉及到了生命科学、医学等领域的期刊。
在这些期刊中，研究人员可以找到最新的生物医学进展，从而更好地了解相关学科和技术和方法的研究和应用。
第四步：深入各领域的研究在Pubmed中，可以找到各种不同深度和规模的研究。
在这些研究中，包含了一些基础性研究，探索生命科学中普遍的性质和过程。
此外，也有一些研究是围绕着特定疾病、药物、治疗方法等展开的，让人们更好地了解现有文献中对于该问题的探讨和研究之中。
这些文献的研究结果，对于医学实践和医疗技术的进步都有着重要的推动作用。
综上所述，Pubmed是一个拥有多学科和多领域文献的生物医学数据库，向各个领域和学科的研究人员提供了一个方便和全面的文献检索平台。
它囊括不同的领域和不同深度的研究，为医学实践和生命科学的进步做出了不可替代的贡献。
生物信息学数据库分类整理汇总
生物信息学数据库分类整理汇总生物信息学数据库是存储和管理生物学领域的大量数据的重要工具和资源，对于生物信息学研究、基因组学、蛋白质组学、转录组学等领域的研究具有重要的意义。
本文将对生物信息学数据库进行分类整理和汇总，方便生物信息学研究者更好地使用和了解这些数据库。
1.基因组数据库：- GenBank：美国国家生物技术信息中心（NCBI）维护的基因序列数据库，包含已知基因的核酸序列。
- Ensembl：英国恩格斯尔基因组项目维护的一个综合性基因组数据库，包含多种物种的基因组数据。
- UCSC Genome Browser：加利福尼亚大学圣克鲁兹分校开发的一个基因组浏览器，提供多种物种的基因组序列和注释信息。
2.蛋白质数据库：- UniProt：一个综合性的蛋白质数据库，集成了多个蛋白质序列和注释信息资源。
- Protein Data Bank (PDB)：存储大量已解析的蛋白质结构数据的数据库，提供原子级别的结构信息。
- Protein Information Resource (PIR)：收集和整理蛋白质序列、结构和功能信息的数据库。
3.转录组数据库：- NCBI Gene Expression Omnibus (GEO)：存储和共享大量的高通量基因表达数据的数据库。
- ArrayExpress：欧洲生物信息学研究所（EBI）开发的一个基因表达数据库，包含多种生物组织和疾病的表达数据。
4.疾病数据库：- Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM)：记录人类遗传疾病和相关基因的数据库。
- Orphanet：收集和整理罕见疾病和相关基因的数据库。
5.代谢组数据库：- Human Metabolome Database (HMDB)：一个综合性的人类代谢物数据库，包括代谢产物的结构和功能信息。
- Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG)：包含多种生物体代谢途径的数据库。
一PubMed数据库简介
一、PubMed数据库简介
PubMed是美国国家医学图书馆(NLM)下属 的 国 家 生 物 技 术 信 息 中 心 (NCBI) 开 发 的 、 基 于WWW的医学数据库查询系统。
图1
其它库 NCBI其它数据库的相关记录：
PubMed建立了与NCBI其他数 据库之间联系。它们是双向网 络互连的关系（见下页图）。
NCBI中通过Entrez可互查的数据库
三、PubMed页面的结构
登录 PubMed主页
/entrez/query.fcgi /PubMed/
PubMed的网址： /pubmed
特点：收录范围广、内容全、检索途径多、 检索体系完备，可少部分获取原文。
P75
二、通过PubMed可检索 到如下的信息
MEDLINE PreMedline 出版商提供的书目信息 NCBI其它数据库的相关记录
MEDLINE：是美国国立医学ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ书馆
检索Common Cold AND Vitamin C
preview1
五、 PubMed辅助检索工具（三）
3. History:
保留所有的检索策略和结果，只有在执行了一次检索后， History才能有记录。 显示检索序号、检索词、检索时间以及检索结果数量。 可在检索序号之间添加逻辑运算符进行检索，如#2 AND #6 单击记录条数超级链接可以重新显示检索结果。 点击Clear History按键可以清除History和Preiew/Index中的 信息。 最多存贮检索式数为100个，检索式的存贮时间为1小时。
ncbi使用方法
ncbi使用方法（原创版4篇）《ncbi使用方法》篇1CBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心的缩写，它提供了许多生物学和生命科学相关的数据库和工具。
以下是使用NCBI 的一些基本方法：1. 核酸序列数据库（Nucleotide Sequence Database）：在NCBI 主页上，可以选择核酸序列数据库，输入序列名称或序列号，然后点击“Search”按钮即可查询序列信息。
2. 蛋白质序列数据库（Protein Sequence Database）：在NCBI 主页上，可以选择蛋白质序列数据库，输入蛋白质名称或蛋白质号，然后点击“Search”按钮即可查询蛋白质信息。
3. 基因组数据库（Genome Database）：在NCBI 主页上，可以选择基因组数据库，输入基因组名称或基因组号，然后点击“Search”按钮即可查询基因组信息。
4. 代谢通路数据库（Metabolic Pathway Database）：在NCBI 主页上，可以选择代谢通路数据库，输入代谢通路名称或代谢通路号，然后点击“Search”按钮即可查询代谢通路信息。
5. 生物投影数据库（BioProject Database）：在NCBI 主页上，可以选择生物投影数据库，输入生物投影名称或生物投影号，然后点击“Search”按钮即可查询生物投影信息。
6. 序列比对工具（Sequence Alignment Tool）：NCBI 提供了一款名为“Clustal Omega”的序列比对工具，可以在NCBI 主页上使用该工具进行序列比对。
7. 基因表达数据库（Gene Expression Database）：NCBI 提供了一款名为“GEO”的基因表达数据库，可以在NCBI 主页上查询基因表达数据。
8. 蛋白质结构数据库（Protein Structure Database）：NCBI 提供了一款名为“RCSB PDB”的蛋白质结构数据库，可以在NCBI 主页上查询蛋白质结构信息。
常用的生物数据库(一)
常用的生物数据库（一）引言概述：本文将介绍一些常用的生物数据库，这些数据库在生命科学研究中起到了重要的作用。
生物数据库是存储和管理生物学数据的平台，为科学家们提供了丰富的数据资源，便于他们进行进一步的研究和分析。
在本文中，我们将介绍五个常用的生物数据库，分别是A数据库、B数据库、C数据库、D数据库和E数据库。
正文：一、A数据库1. A数据库是一个广泛应用于基因组学研究的生物数据库。
2. A数据库提供了大量的基因序列和蛋白质序列，以及与这些序列相关的注释信息。
3. A数据库还提供了丰富的基因组数据和表达数据，可以帮助研究人员了解基因的功能和调控机制。
4. A数据库还提供了工具和资源，用于基因组比较和功能注释分析。
5. A数据库不仅仅适用于基础研究，也为生物技术和药物开发提供了重要的数据支持。
二、B数据库1. B数据库是一个专门用于蛋白质相关研究的生物数据库。
2. B数据库提供了大量的蛋白质序列和结构信息，以及与这些蛋白质相关的功能和互作信息。
3. B数据库还提供了工具和资源，用于预测蛋白质结构和功能，并对蛋白质相互作用网络进行分析。
4. B数据库不仅仅适用于基础研究，也为药物设计和生物工程提供了重要的数据支持。
5. B数据库的数据来源于多个实验室的研究成果，经过严格的质量控制和标准化处理。
三、C数据库1. C数据库是一个应用于植物研究的生物数据库。
2. C数据库提供了大量的植物基因组数据和表达数据，以及与这些数据相关的注释信息和功能注释分析结果。
3. C数据库还提供了工具和资源，用于植物基因功能分析和代谢途径研究。
4. C数据库不仅仅适用于基础研究，还为农业和生物能源领域的研究提供了重要的数据支持。
5. C数据库的数据来源于多个研究机构和实验室的合作项目，经过严格的数据收集和整理。
四、D数据库1. D数据库是一个广泛应用于微生物研究的生物数据库。
2. D数据库提供了大量的微生物基因组数据和表达数据，以及与这些数据相关的功能注释信息和分类信息。
ncbi使用指导
NCBI使用指导1. 什么是NCBINCBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心，是一个提供生物信息学相关服务的综合性数据库和资源平台。
NCBI的目标是收集、存储和分析全球生命科学研究数据，并为科学家和研究人员提供免费的访问和使用。
2. 注册和登录要使用NCBI提供的服务，首先需要注册一个账号。
在NCBI的官方网站上找到注册页面，填写相应的信息并创建账号。
注册成功后，可以使用注册邮箱和密码登录。
3. 常用功能介绍3.1 数据库搜索NCBI提供了多个数据库，包括PubMed、GenBank、BLAST等。
在首页可以看到这些数据库的链接。
通过点击相应的链接，可以进入对应数据库进行搜索。
3.1.1 PubMedPubMed是一个包含生命科学和医学文献的数据库。
在PubMed上可以搜索相关文献，并获取摘要或全文。
使用方法： - 在搜索框中输入关键词，点击搜索按钮。
- 在搜索结果页面中可以按照时间、相关度等进行排序。
- 点击文章标题可以查看详细信息。
- 可以通过邮箱将文章发送给自己或他人。
3.1.2 GenBankGenBank是一个包含DNA序列和相关注释信息的数据库。
研究人员可以在GenBank中搜索并下载DNA序列。
使用方法： - 在搜索框中输入关键词，点击搜索按钮。
- 在搜索结果页面中可以按照时间、相关度等进行排序。
- 点击序列编号可以查看详细信息。
- 可以将序列下载到本地。
3.1.3 BLASTBLAST是一种用于比对DNA、RNA或蛋白质序列的工具，可以找到与输入序列相似的序列。
使用方法： - 在搜索框中输入待比对的序列。
- 选择相应的数据库和参数设置。
- 点击搜索按钮，等待比对结果。
3.2 数据上传与下载NCBI允许用户上传自己的数据，并提供了相应的工具和接口。
同时，用户也可以从NCBI下载他人共享的数据。
medline数据库
medline数据库1. 概述Medline数据库是一个医学文献数据库，由美国国家医学图书馆（National Library of Medicine）创建和维护。
它收录了自1946年以来的生物医学和生命科学领域的文献，包括医学研究、临床实验、医学教育及相关领域的文献。
2. 数据内容Medline数据库涵盖了各种医学和生命科学的领域，包括但不限于：•临床医学：医学研究、临床试验、疾病诊断和治疗等方面的文献。
•生物医学研究：生物医学实验室研究、动物模型、细胞研究等方面的文献。
•基因组学和生物信息学：基因组学研究和生物信息学分析等方面的文献。
•药物研发：药物研发、药理学、药效学等方面的文献。
Medline数据库中的文献主要来源于定期索引的期刊文章，也包括各种学术会议论文、学位论文和专著。
目前，Medline数据库每年都有新的更新和添加内容，以保持数据库的及时性和准确性。
3. 检索和访问用户可以通过以下方法来检索和访问Medline数据库中的文献：3.1 在线检索可以通过访问美国国家医学图书馆的网站，使用Medline数据库的在线检索功能。
用户可以在检索框中输入关键词、作者、标题等信息，以找到与所查询主题相关的文献。
3.2 数据下载Medline数据库提供了数据下载的功能，用户可以按照自己的需求将数据库中的文献下载到本地进行深入研究和分析。
下载的文献可以以多种格式提供，包括文本格式、XML格式等。
4. 应用场景Medline数据库在医学和生命科学领域具有广泛的应用价值，主要包括以下几个方面：•临床医学研究：医生和临床医学研究人员可以利用Medline数据库来查找最新的疾病诊断和治疗方法的相关文献，以提高临床实践的准确性和效果。
•生物医学研究：科研人员可以通过Medline数据库来了解最新的生物医学研究进展，帮助他们更好地设计实验和解读实验结果。
•教育和培训：教育机构和培训机构可以使用Medline数据库来提供学生和研究人员面对面的教学和培训，以培养他们在医学和生命科学领域的科研能力。
ncbi 基因序列
ncbi基因序列引言NCBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心，致力于生物医学和遗传学研究。
其数据库中包含了大量的基因序列数据，为生命科学研究提供了重要的资源。
本文将全面、详细、完整地探讨NCBI基因序列，包括其数据库结构、数据内容以及应用等方面。
NCBI基因序列数据库结构NCBI基因序列数据库主要由以下几个部分组成：1. GenBankGenBank是NCBI最重要的数据库之一，存储了大量的基因序列数据。
它包含了来自不同生物物种的DNA、RNA以及蛋白质序列的信息。
GenBank中的数据被分为多个不同的类别，例如转录本（transcript）和基因（gene）等。
用户可以通过GenBank来查询、浏览和下载基因序列信息。
2. RefSeqRefSeq是NCBI维护的一个基因序列数据库，与GenBank不同的是，它主要包含了一些已知的、已经经过验证的基因序列。
RefSeq数据库提供了高质量的基因注释信息，可以帮助研究者更好地理解基因的结构和功能。
3. SRASRA（Sequence Read Archive）是NCBI的一个存储测序数据的数据库。
它包含了来自不同生物物种的DNA和RNA测序数据，包括原始的测序片段（reads）以及组装好的序列。
SRA数据库为研究者提供了丰富的数据资源，可以用于各种生物信息学和基因组学分析。
NCBI基因序列数据内容NCBI基因序列数据库中的数据内容非常丰富。
除了基因序列本身外，还包括了基因的注释信息、功能预测、调控元件等。
下面列举了部分常见的数据内容：1. 基因序列基因序列是NCBI基因序列数据库中最基本的数据内容之一。
它包含了DNA、RNA或蛋白质的碱基序列信息。
基因序列可以通过基因的唯一标识符进行查询，研究者可以通过分析基因序列来了解基因的结构和功能。
2. 基因注释基因注释是对基因序列进行解读和注释的过程，旨在揭示基因的结构和功能。
生命科学中最常用的5个数据库介绍
生命科学中最常用的5个数据库介绍生命科学是一个庞大而复杂的学科，其中包含了关于生命现象的各种研究。
对于生命科学的研究，特别是在分子水平上进行的研究，需要大量的数据支持。
这些数据包括分子序列、蛋白质结构、代谢途径等等。
为了有效地管理这些数据，生命科学中广泛应用了各种数据库。
本文将介绍生命科学中最常用的5个数据库。
1. GenBankGenBank是全球最大的分子生物学数据库，包含了全球各地实验室提交的DNA和RNA序列。
它由美国国家生物技术信息中心（NCBI）维护。
GenBank包含了数十亿条序列记录，其中包括了不同物种的基因组、蛋白质序列、DNA和RNA序列等。
与DNA和RNA序列相关的信息包括序列长度、基序、带电的特殊域、结构域、转录因子结合位点以及其他数据。
GenBank还包含了元数据，如物种和菌株的信息、文献引用以及序列的提交日期。
2. PubMedPubMed是美国国家医学图书馆（NLM）维护的一个生命科学文献数据库，包括了生命科学、医学和健康相关的数百万篇论文。
PubMed提供了对文献的全文搜索和存储，使科学家在查找特定话题时更加方便。
除了搜索全文的功能，PubMed还提供了很多额外的服务，如翻译摘要、相关文章推荐、绘制图表等。
3. EnsemblEnsembl是一种数据库、搜索引擎和分析平台，专门用于处理各种生命科学的数据。
Ensembl已经成为了全球最大的基因组数据库之一，包含了人类、其他哺乳动物、鸟类、篮球、双子蝎、无脊椎动物等近700个物种的基因组信息。
Ensembl提供的数据包括生物序列、调控区域、基因家族、基因结构、基因组的变异和基因表达信息等。
4. Protein Data Bank (PDB)蛋白质数据银行（PDB）是一个三维蛋白结构数据库，由改华大学、美国罗格斯大学和欧洲生物信息研究所等机构共同维护。
PDB存储了全球各地实验室提交的蛋白质晶体结构和生化分析，包括了大多数已知的蛋白质家族和酶。
PubMedCentral
PubMedCentral
PubMed Central
PubMed Central（PMC）是2000年2⽉由美国国家医学图书馆（NLM）的国家⽣物技术信息中⼼（NCBI）建⽴的⽣命科学期刊全⽂数据库，它旨在保存⽣命科学期刊中的原始研究论⽂的全⽂，并在全球范围内免费提供使⽤。
PMC采取⾃愿加⼊的原则，某期刊⼀旦加⼊，必须承诺期刊出版后⼀定时期内（最好六个⽉，不超过1年）将其全⽂提交给PMC，由PMC提供免费全⽂检索和访问。
⽬前PMC收录了970多种期刊，其中近600种期刊没有时间延迟（即完全免费期刊），50余种延迟1-6个⽉，290多种延迟12个⽉，30多种延迟24或36个⽉。
PMC与PubMed 的关系：两者都是NLM建⽴的数据库。
其中PubMed是⼀个基于互联⽹的⽂献检索系统，它收录了5千多种⽣命科学期刊的⽬次和⽂摘，该数据库提供了与PMC全⽂的链接以及与数千种期刊⽹站的链接。
⽽PMC则是由NLM建⽴的免费⽣命科学电⼦期刊全⽂数据库，PMC的所有论⽂在PubMed中都有相应的记录。
使⽤⽅法： PMC在全球范围内免费提供使⽤，所有⽂献的浏览、检索、下载均⽆需注册，但只有注册⽤户可通过email⾃动获取PMC新刊通报。
新刊通报服务（PMC News mail list）：⽤户注册窗⼝，在此⽤户只需提供email地址、⽤户名密码即可完成注册。
之后，每当PMC的期刊列表发⽣变化或有新刊加⼊时，⽤户都会通过email获知。
常用的生物数据库(二)
常用的生物数据库（二）引言概述：生物数据库是生物信息学领域的重要工具，可以帮助研究人员存储、管理和共享生物数据。
本文将介绍常用的生物数据库（二），以便研究人员更好地利用这些资源进行生物学研究。
正文内容：一、蛋白质相互作用数据库1. STRING数据库：提供蛋白质相互作用预测和注释功能。
2. IntAct数据库：收集整理蛋白质相互作用数据，提供数据检索和分析工具。
3. BioGRID数据库：整合多种物种的蛋白质相互作用数据，并提供丰富的功能注释。
二、基因组数据库1. GenBank数据库：包含大量的序列数据，包括基因组、转录本和蛋白质序列等。
2. ENSEMBL数据库：集成了各种生物信息学工具，提供全面的基因组注释信息。
3. UCSC数据库：基于人类基因组构建的浏览器，提供详细的基因组注释和可视化功能。
三、表达谱数据库1. GEO数据库：收集了大量的基因表达谱数据，可进行数据检索和分析。
2. ArrayExpress数据库：包含了来自各种高通量技术的表达谱数据，提供数据下载和分析工具。
3. TCGA数据库：整合了多种癌症的基因表达数据，可进行差异表达和生存分析等研究。
四、突变数据库1. dbSNP数据库：记录了常见的单核苷酸多态性（SNP）数据，是研究遗传变异的重要资源。
2. COSMIC数据库：专注于癌症相关的突变数据，包含了大量的突变谱系和功能注释信息。
3. ClinVar数据库：整合了与人类疾病相关的遗传变异数据，提供临床相关的注释信息。
五、药物数据库1. DrugBank数据库：收录了大量的药物信息，包括结构、作用机制和药理学数据等。
2. PubChem数据库：提供了大量的小分子化合物数据，可进行化学结构搜索和药物筛选等研究。
3. ChEMBL数据库：整合了化合物活性数据和药物靶点信息，可用于药物发现和优化。
总结：生物数据库为生物学研究提供了丰富的数据资源和分析工具。
蛋白质相互作用数据库、基因组数据库、表达谱数据库、突变数据库和药物数据库是常用的生物数据库之一。
常用生物信息学数据库(第一讲)
常用生物信息学数据库生物信息学基础入门第一讲常用生物信息学数据库（1学时）•生物信息学的简介、发展和应用•常用生物信息学数据库的概况•NCBI、UCSC数据库的介绍和使用第二讲癌症相关数据库（1学时）•癌症相关数据库的概况•TCGA数据库的介绍和使用•TCGA数据的下载和解读•TCGA数据的在线分析工具第三讲基因功能富集分析（1学时）•基因本体数据库GO及注释•生物学通路KEGG及注释•基因功能富集分析第四讲基因调节网络分析（1学时）•蛋白互作、转录因子调节关系数据库的介绍和使用•非编码RNA调节网络数据库的介绍和使用•基因网络图的展示、Cytoscape软件的介绍和使用第五讲基于公共数据库进行课题研究的案例分析（1.5学时）•实例讲解GEO数据的下载、处理和分析•实例讲解TCGA数据的下载、处理和分析这节课的主要内容•生物信息学的概念•生物信息学发展的背景•生物信息学的发展阶段•生物信息学的研究领域•常用生物医学数据库•NCBI: Gene、GEO•UCSC: Genome Browser、Table Browser生物信息学的概念生物信息学（bioinformatics），是在生命科学的研究中，利用计算机科学、信息技术、应用数学以及统计学方法对生物信息进行采集、处理、存储、传播、分析和解释的学科。
生物信息学发展的背景•人类基因组计划（ human genome project, HGP）是由美国科学家Robert Sinsheimer 于1985年5月率先提出（但是当时美国NIH不感兴趣）。
•经过多位科学家的努力，终于将HGP提上美国政府预算，并于1990年正式启动。
•预计2005年（15年的时间），将人类基因组的DNA序列全部测定，把人体内约2.5万个基因的密码全部解开，同时绘制出人类基因的图谱。
•美国、英国、法国、德国、日本和我国科学家共同参与了这一预算达30亿美元的人类基因组计划。
•我国于1999年7月加入人类基因组计划，得到完成人类3号染色体短臂上一个约30Mb区域（约3000万个碱基对）的测序任务，该区域约占人类整个基因组的1％，称之为“1%计划”。
中国生物医学文献数据库CBMdisc
输入词 （倒序） 主题词
✓ 处理方法：输入主题词片段
输入词 （≠） 主题词
✓ 处理方法：在标题中检索选择文摘格式翻 到总页数一半以后的页面确定主题词按主 题词检索途径检索
7. 点击检索按钮， 得到检索结果。
（题录格式）
主题词检索
基本检索
关键词检索：应用关键词对缺省字段（中文题目、 文摘、作者、主题词、特征词、关键词、期刊名 等字段）检索，也叫自由词检索。
A AND B :检索结果同时含有检索式A和检索式B要求的内容。 例：消化性溃疡 AND 胃镜检查
A OR B: 检索结果中含有检索式A或检索式B要求的内容。 例：结肠肿瘤 OR 直肠肿瘤
A AND NOT B: 在含检索式A的检索结果中，去掉含检索式B的 记录。
例：心脏病 AND NOT 冠心病
优先级运算：( ) > AND NOT > AND > OR 例：(贫血 OR 白血病) AND 放射治疗
基本检索
关键词检索：应用关键词对缺省字段（中文题目、文摘、 作者、主题词、特征词、关键词、期刊名等字段）检索， 也叫自由词检索。
指定字段检索：著者、著者单位、刊名、出版年、卷期、 文献类型等检索。
逻辑组配检索：应用逻辑组配符AND、OR、NOT进行检索。 通配符检索：应用*、？等通配符检索。
1. 检索关于药物氯沙坦 (又名科素亚)的综述文献 。 2. 中医治疗慢性肾功能衰竭的文献。
3. 检索中华医学创新杂志发表的磷酸二酯酶抑制剂的 文献 。
4. 护理学杂志上发表的有关膀胱癌护理的文献。 5. 阿糖胞苷治疗难治性早幼粒细胞白血病的文献。 6. 中国中西医结合杂志发表的黄芪治疗肺心病文献。 7. 阿司匹林诱发哮喘的非综述文献。 8. 检索1995年后有关阿斯匹林治疗老年心脏病方面的
医学文献检索(PubMed)
PubMed的功能和用途
PubMed不仅提供了文献的搜索和访问服务，还提供了作者、期刊、引用等高 级检索功能。它被广泛用于医学研究、临床实践和学术交流。
PubMed的数据库结构和搜索词语
PubMed的数据库结构由文章的标题、摘要、关键词、作者等元素构成。通过选择合适的搜索词语，可以提高 检索结果的准确性和相关性。
PubMed中的文献类型有哪些？
PubMed中包含了各种类型的医学文献，包括研究论文、临床试验、综述文章、案例报告等。可以根据需求选 择不同类型的文献。
医学文献检索(PubMed)
PubMed是生命科学和生物医学领域的一种免费资源，提供了世界各地医学文 献的搜索和访问服务。
Байду номын сангаас
什么是PubMed？
PubMed是由美国国立卫生研究院（NIH）开发和维护的一个生物医学数据库，其中包含了医学领域的上百万篇 研究文献。
PubMed的历史和发展
PubMed起源于20世纪70年代，最初是一个由计算机制作的CD-ROM数据库。随着互联网的发展，PubMed逐渐 成为全球科研人员的主要文献检索工具。
如何通过关键词在PubMed中搜索医学文献？
在PubMed中，可以使用关键词来进行简单的文献检索。通过输入与所需主题相关的关键词，可以快速找到相 关的医学文献。
如何使用MeSH词汇在PubMed 中进行高级搜索？
MeSH词汇是一种用于描述医学主题的控制词汇。在PubMed中，使用MeSH词 汇可以进行更精确和细致的高级文献检索。
中国生物医学文献数据库
中国生物医学文献数据库1. 简介中国生物医学文献数据库（Chinese Biomedical Literature Database，以下简称CBM）是一个重要的国内生物医学领域的文献资源。
CBM由中国科学院生物医学信息研究所（Institute of Biomedical Information, Chinese Academy of Sciences）与国家自然科学基金委员会（National Natural Science Foundation of China）共同开发和维护。
CBM是基于国内临床和基础生物医学研究领域相应的论文选集，覆盖了大量关于生物医学领域的科学文献。
CBM致力于收集和整理中国境内发表的生物医学文献，并提供简便易用的检索和浏览工具。
作为一个全面、丰富的生物医学文献数据库，CBM为科研人员、医务人员和学生提供了一个查找国内相关生物医学研究文献的重要平台。
2. 数据内容CBM数据库文献内容涵盖了多个生物医学领域，包括但不限于临床医学、基础医学、药学、生物工程、遗传学、生物信息学等。
数据库中收录了大量与这些领域相关的期刊文章、会议论文以及学位论文等。
CBM数据库的内容来源主要包括以下几个方面：2.1 期刊论文CBM收录了众多国内生物医学领域的期刊论文。
这些期刊覆盖了临床医学、诊断学、药理学、生理学、生物化学、分子生物学等多个学科领域。
大部分期刊都是中国的学术期刊，但也包括了一些国际生物医学领域的重要期刊。
2.2 会议论文CBM还收录了国内各类生物医学领域的学术会议论文。
学术会议是学界交流和分享最新研究成果的重要场合，CBM收录了这些会议上发表的与生物医学相关的优秀论文，为研究人员提供了更多的资源。
2.3 学位论文CBM还收录了中国各大高校的生物医学相关专业的硕博学位论文。
这些学位论文是培养研究生时的重要产出，包括了很多研究生在生物医学领域的优秀研究成果。
3. 检索与浏览CBM提供了强大的检索和浏览功能，使用户能够方便地查找到所需要的文献资源。
biosis数据库介绍-ISI
BIOSIS Previews: 主题标引字段
• 学科分类 • 生物体：上级分类、俗名、描述词、是否是新的物种、或者是化石 • 器官、组织、系统、细胞亚结构：线粒体、叶绿体；消化系统；细胞株系等。
• 化合物：化学名、药品名、商品名、系统名名；CSA登记号
• 大分子序列：核酸序列（包括基因名、基因来源生物体及该生物体的上级分
化学结构 专利 药物情报
数据分析
标准
Thomson Scientific
Gene 序列
科技文献 会议录
提 纲
• BIOSIS Previews 的内容
• BIOSIS Previews 高附加值的主题索引
• BIOSIS Previews 的检索与连接 • BIOSIS Previews的检索结果处理 • 小结
HLTH & ENVIRONM GRP, HOUSTON, TX, USA
检索中适用的截词符
• 截词有多种用途。 – 词尾截断可得到该单词所提及的所有词语（单数和复数） – 词间切断或通配符：可找到该单词的所有变化形式或不同 拼法。 • ? = 一个字符 • * = 零个或多个字符
右端截断
Diseas* Disease Diseases Diseased
BIOSIS Previews: 为生命科学建立的主题标引
• 生命科学家根据生命科学的学科内容和特点为生命科学家建立特有 的主题标引，协助研究人员更深入地了解文献内容和更准确地展开 检索
• 独特的标引机制: 为检索不同的信息提供了统一的标引结构, 从而更 为有效地检索和提取文献中所包含的信息 • 提供CAS Registry Numbers and MeSH disease terms 的检索途径
2023年关于1PubMed数据库介绍
PubMed数据库介绍PubMed是世界上最大的生命科学和医学文献数据库，它为研究人员、医生和学生提供了广阔的科学信息资源。
本文将为读者介绍PubMed数据库的背景、功能和使用方法。
背景PubMed是由美国国家医学图书馆（National Library of Medicine，简称NLM）创建和维护的免费数据库，它的起源可以追溯到1966年。
最初，PubMed作为MEDLINE文献数据库的在线查询工具而建立，旨在帮助医学研究人员查找相关的医学文献。
随着互联网的广泛应用，PubMed也发展成为一个全球性的医学文献检索平台。
功能1. 文献检索：PubMed收录了包括生物医学、生命科学、健康科学和相关领域的超过3000万篇文献，并每年以数百万计的速度增长。
用户可以通过输入关键词、作者、期刊、机构等信息进行文献检索，以找到自己感兴趣的研究论文。
检索结果通常以相关度高低排序，同时还提供了摘要和全文的访问途径。
2. 文献管理：用户可以创建自己的PubMed账户，通过使用我的NCBI工具来管理和保存检索的文献。
该工具可以帮助用户创建文献收藏夹、设置文献提醒和共享文献等。
此外，用户还可以使用文献管理软件（如EndNote、Zotero）与PubMed进行同步，方便对文献进行整理和引用。
3. 数据库链接：PubMed与其他重要的生物医学数据库（如GenBank、Protein Data Bank）建立了链接，使用户可以在PubMed的检索结果中直接访问其他数据库的详细信息。
这不仅方便了用户获取更多的相关信息，还促进了不同数据库之间的数据共享和整合。
4. ：PubMed还与进行了链接，提供了临床试验信息的检索。
用户可以在PubMed上找到与特定疾病或治疗相关的临床试验，并了解其最新进展和结果。
使用方法1. 关键词检索：在PubMed的主页上，用户可以输入关键词（如疾病名称、治疗方法）进行检索。
为了提高准确性和召回率，可以使用布尔运算符（如AND、OR）和括号来组合多个关键词。
cortellis数据库使用
cortellis数据库使用摘要：一、引言二、Cortellis数据库的简介1.Cortellis数据库的背景2.Cortellis数据库的主要内容三、Cortellis数据库的使用1.注册与登录2.检索方式与技巧3.结果筛选与排序4.导出与分享数据四、Cortellis数据库的优势与不足五、结论正文：Cortellis数据库是一个广泛应用于生命科学领域的在线数据库，它提供了大量关于药物研发、临床试验、药物安全性等方面的信息。
为了帮助大家更好地利用这个数据库，本文将详细介绍Cortellis数据库的使用方法、优势和不足。
首先，我们来了解一下Cortellis数据库的背景。
Cortellis数据库的前身是Pharmaprojects，它始于1988年，由英国Informa公司创建。
经过多次更新和扩展，现在的Cortellis数据库已经涵盖了全球范围内的药物研发、临床试验、药物安全性等信息，为生命科学研究者提供了丰富的数据资源。
Cortellis数据库的主要内容包括：药物研发项目信息、临床试验数据、药物安全性数据、市场与竞争分析、药物专利信息等。
这些信息对于药品研发、临床试验、市场分析等领域的研究具有很高的参考价值。
接下来，我们来学习如何使用Cortellis数据库。
首先，用户需要注册并登录Cortellis数据库。
注册时需要填写一些基本信息，如姓名、邮箱、所在机构等。
登录后，用户可以利用检索框进行关键词搜索，或者利用高级检索功能进行更精确的检索。
在检索过程中，用户可以根据需求选择不同的检索字段，如药物名称、靶点、适应症等。
此外，Cortellis数据库还提供了多种检索技巧，如布尔运算、截词符等，帮助用户更有效地找到所需信息。
检索到结果后，用户可以对结果进行筛选和排序。
筛选功能可以根据不同的需求，如药物类型、研发阶段、临床试验阶段等对结果进行筛选。
排序功能则可以根据相关性、研发阶段、首次上市时间等对结果进行排序。
生物信息学常用数据资源介绍
生物信息学常用数据资源介绍
生物信息学是一门跨学科的学科，它将计算机科学与生物学有机地结合起来，为生命科学研究提供了新的方法和手段。
在生物信息学中，数据资源是非常重要的，因为数据资源直接关系到生物信息学研究的深度和广度。
本文将介绍生物信息学中常用的数据资源，包括基因组数据库、蛋白质数据库、序列数据库、文献数据库等。
1. 基因组数据库
基因组数据库是基因组信息的集大成者。
基因组数据库收集了各种生物的基因组序列、基因注释、基因组结构等信息。
常用的基因组数据库有：GenBank、EMBL、DDBJ、NCBI、Ensembl、UCSC Genome Browser 等。
2. 蛋白质数据库
蛋白质数据库是收集了各种生物的蛋白质序列、蛋白质结构、蛋白质功能等信息的数据库。
常用的蛋白质数据库有：UniProt、PDB、Swiss-Prot、TrEMBL等。
3. 序列数据库
序列数据库主要收集了各种生物的核酸序列和蛋白质序列。
常用的序列数据库有：NCBI GenBank、EMBL、DDBJ、RefSeq、UniProtKB 等。
4. 文献数据库
文献数据库主要收集了各种与生物学相关的学术文献，包括期刊论文、会议论文、书籍等。
常用的文献数据库有：PubMed、Web of
Science、Google Scholar等。
总结
生物信息学中的数据资源非常丰富，为生物信息学研究提供了非常重要的数据支持。
除了以上介绍的常用数据资源，还有很多其他的数据资源，例如代谢组数据库、蛋白质互作数据库等等。
研究者可以根据自己的需要选择合适的数据资源，以便更好地开展生物信息学研究。
常用的生物数据库
常用的生物数据库在当今的生命科学研究领域，生物数据库就如同一个个巨大的知识宝库，为科研人员提供了丰富的信息和宝贵的数据资源。
这些数据库涵盖了从基因序列到蛋白质结构，从疾病信息到生物进化等各个方面，对于推动生物科学的发展发挥着至关重要的作用。
接下来，让我们一起了解一些常用的生物数据库。
首先要提到的是 GenBank 数据库。
它是由美国国家生物技术信息中心（NCBI）建立和维护的，是全球最全面的核酸序列数据库之一。
GenBank 收录了来自各种生物的 DNA 和 RNA 序列，包括细菌、病毒、真菌、植物和动物等。
科研人员可以通过该数据库查询特定基因的序列信息，了解其结构和功能，为基因研究和基因工程提供了重要的基础。
另一个重要的数据库是 UniProt 。
它是整合了蛋白质序列、功能、分类和相互作用等信息的综合性蛋白质数据库。
UniProt 包含了大量经过人工注释和审核的数据，具有很高的准确性和可靠性。
对于研究蛋白质的结构与功能关系、蛋白质组学以及药物研发等领域来说，UniProt 是不可或缺的工具。
在疾病研究方面，OMIM（Online Mendelian Inheritance in Man）数据库是一个非常有价值的资源。
它主要聚焦于人类遗传疾病，提供了有关疾病的临床表现、遗传方式、基因定位和分子机制等详细信息。
对于医学研究人员和临床医生来说，OMIM 有助于诊断和治疗遗传疾病，以及深入了解疾病的发病机制。
PDB（Protein Data Bank）则是专门用于存储蛋白质和核酸等生物大分子三维结构的数据库。
通过 PDB ，科研人员可以直观地观察到生物大分子的空间结构，从而更好地理解其功能和作用机制。
这对于药物设计和开发具有重要的指导意义，因为药物的作用往往与靶点蛋白的结构密切相关。
KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个综合性的生物通路数据库。
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生命科学学院生物技术与应用系10基地班曾钰尧10350102
ISI Web of knowledge（综合性数据库，可查找文献）: /
Biosis:（通过ISI平台使用）
世界上最大的关于生命科学的文摘和索引数据库
Nature:/
Cell:/
Cliniweb:/xd/about/news_events/news/index.cfm
生物谷（收藏了大量数据库链接）：/bioline/biosite.htm
SDSPB：/main/c n/index.do（中文网站）
EMBL数据库：http://www.embl.de/
DDBJ数据库:http://www.ddbj.nig.ac.jp/
GSDB基因组序列数据库：/gsdb/gsdb.html（通过NCGR使用）
EBI数据库：/
EBI将SWISS-PROT和TrEMBL数据库合并，构成一个较全面的并且只有最低限度冗余的数据库
NRL-3D：已被PDB取代。
PDB（蛋白质数据库）：/pdb/home/home.do
NCBI（综合性数据库，可查找文献）：
以下是关于NCBI数据库内包涵的数据库集的介绍（/?p=20049）以下列出的数据库均可以通过NCBI使用.
GenBank数据库：/genbank/index.html（通过NCBI使用）
UniGene数据库：从属于GeneBank，试图通过计算机程序对GeneBank中的序列数据进行适当处理，剔除冗余部分，将同一基因的序列，包括EST序列片段搜集到一起，以便研究基因的转录图谱。
Entrez数据库：Entrez数据库是一个整合了多个数据库的综合检索系统，它包含了35个不同数据库的信息，共收录有超过350,000,000条记录
PubMed Central：PubMed Central是一个收录生命科学领域同行评审期刊（Peer Reviewed Journals）文献的数据库
Entrez Gene数据库：Entrez Gene数据库为用户提供基因序列注释和检索服务，收录了来自5300多个物种的430万条基因记录。
HomoloGene数据库HomoloGene数据库是一个在20种完全测序的真核生物基因组中自动检索同源基因的系统，包括直系同源与旁系同源。
Reference Sequences（RefSeq）数据库：Reference Sequences（RefSeq）数据库是一个收录注释过的非冗余转录体、蛋白质和基因组序列数据库。
基因型和表型数据库（dbGaP; /sites/entrez?db=gap）：
负责管理与可见特征（表型）相关的遗传特征（基因型）。
dbSNP数据库：（通过NCBI使用，需进入其FTP）
收录单核苷酸多态性信息
dbLRC数据库：全面收录白细胞受体复合物（LRC）等位基因信息，主要关注LRC中的KIR基因。
dbMHC数据库：有关主要组织相容性复合体（MHC）的数据库。
dbRBC数据库：收录与红细胞抗原或血型有关的基因及其序列信息。
OMIM：是Entrez的一个组成部分，主要收录人类基因和遗传病相关信息。
OMIA（动物在线孟德尔遗传）数据库：是一个有关动物（除了人类和小鼠）基因和遗传病的数据库。
GEO（基因表达精选集）：是一个储存高通量功能基因组学数据的数据库。
GENSA T：是有关小鼠中枢神经系统基因表达谱的数据库。
NCBI Probe database（探针数据库）：是一个公共的核酸试剂数据库，它可以提供试剂信息、销售厂家信息、探针有效性信息，还可以计算序列相似性。
MMDB数据库：收录了Protein Data Bank数据库中经试验验证过的数据信息，包括蛋白质结构域注释信息、与相关文献的链接信息、蛋白质和核酸序列信息、PDB异基因（PDB heterogens）信息、CDD中的保守结构域信息和经V AST算法计算出的结构邻域（structural neighbors）信息。
HIV-1/Human Protein Interaction Database（HIV-1/人类蛋白相互作用数据库）：
/RefSeq/HIVInteractions/index.html
用来记录HIV-1病毒蛋白和人类宿主细胞蛋白之间的相互作用。
dbEST数据库：/dbEST/
PubChem：是NIH设立分子图书馆以及开展研究小分子化学、结构和生物学特性工作的基础。