植物基因组学

1.基因组的结构和变异

2.分子标记连锁图谱构建基因

3.QTL定位的原理和方法

4.QTL精细定位

5.基因和QTL的可隆

5.1插入突变方法

5.2图位克隆的方法(含比较图位克隆)

5.3候选基因法

6.资源评估和利用

7.分子标记辅助选择(含分子设计育种)

8.转基因

8.1转基因体系和实证研究

8.2转基因的生态学安全研究

9.比较基因组

9.1标记水平比较基因组

9.2序列水平的比较研究

9.3性状水平的比较研究

9.4功能比较研究

10.***优势研究

10.1遗传学解释

10.2分子生物学解释

11.分子进化(主要是玉米进化)

12.基于连锁不平衡的关联分析

12.1实证研究

12.2方法学研究

13.基因组研究中的一些新技术运用

13.1DNA芯片技术

13.2 DNA shuffling

13.3Gene Trap

13.4 Gene therapy in plants

13.5 TILLING 技术

1.植物基因组的结构和变异

在越来越多的植物基因组被测完后,该研究的重要性逐渐显现,该方面的文章可以说是汗牛充栋.在玉米方面该领域的大牛是Buckler, ES; Messing, J, Dooner HK, Doebley J ; Gaut, BS.

1. Buckler, E. S., Gaut, B. S. and McMullen, M. D. (2006) Molecular and functional diversity of maize. Curr. Opin. Plant Biol. 9, 172-176

这是关于玉米基因组结构的REVIEW文章,先了解大概,在细读研究文章.其任何2个玉米自交系之间的遗传变异大于人和大猩猩之间的差异的经典论断充分说明玉米变异的广泛性.最近因为人类基因组研究的进展而似乎可以改写.

2.Messing J, Dooner HK. Organization and variability of the maize genome. Curr Opin Plant Biol.

2006 Apr;9(2):157-63

两位大牛的联合REVIEW, 值得一读.

3.Goff S A, Ricke D, Lan T H, Presting G, Wang R, Dunn M, Glazebrook J, Sessions A, Oeller P, Varma H, Hadley D, Hutchison D, Martin C, Katagiri F, Lange B M, Moughamer T, Xia Y, Budworth P, Zhong J, Miguel T, et al. A Draft Sequence of the Rice Genome Oryza sativa L. ssp. japonica. Science, 2002, 296: 92-100

大家或许都知道这篇文章,但我相信看完的不多,尽管全基因组测序的文章许多,强烈建议大家读这篇,讨论写的太好了.同期中国测序的文章就相形见拙许多,当然之后水稻精细图谱的公布,这篇文章也可以读读.

4. International Rice Genome Sequencing Project. The map-based sequence genome. nature, 2005, 436: 793-800

5.Fu H H, Dooner H K. Intraspecific violation of genetic colinearity and its implications in maize. Proc Natl Acad Sci USA, 2002, 99: 9573-9578

改文章给我的启示许多,基因的存在和缺失也是等位基因的一种形式就是其一,尽管后来该文章的结论不断被修正.

6.Song R, Messing J: Gene expression of a gene family in maize based on noncolinear haplotypes. Proc Natl Acad Sci USA 2003, 100:9055-9060.

宋任涛代表作之一, 与Fu的文章有异曲同工之妙,给***优势提供了新的解释.

7.Brunner S, Fengler K, Morgante M, Tingey S, Rafalski A: Evolution of DNA sequence non-homologies among maize inbreds. Plant Cell 2005, 17:343-360.

5,6工作的基础上提供了更多的数据

8. Lai J, Li Y, Messing J, Dooner HK: Gene movement by Helitron transposons contributes to the haplotype variability of maize. Proc Natl Acad Sci USA 2005, 102:9068-9073.

赖锦盛的代表工作之一,为玉米基因组的扩张提供了全面的解释.

9. Lai J, Ma J, Swigonova Z, Ramakrishna W, Linton E, Llaca V, Tanyolac B, Park YJ, Jeong OY, Bennetzen JL et al.: Gene loss and movement in the maize genome. Genome Res 2004, 14:1924-1931

部分阐述了玉米基因组的结构的成因,更多的是插入而不是缺失.

10. Morgante M, Brunner S, Pea G, Fengler K, Zuccolo A, Rafalski A:Gene duplication and exon shuffling by helitron-like transposons generate intraspecies diversity in maize.Nat Genet 2005, 37:997-1002

与8讲的同一个故事.

11.Tenaillon MI, Sawkins MC, Long AD, Gaut RL, Doebley JF, Gaut BS: Patterns of DNA sequence polymorphism along chromosome 1 of maize (Zea mays ssp. mays L.). Proc Natl Acad Sci USA 2001, 8:9161-9166