网络药理虚拟筛选方法简介PPT
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2
网络药理学的研究思路
• 思路一：根据公共数据库和公开发表
的已有数据，建立特定药物作用机制网 络预测模型，预测药物作用靶点/机制， 从生物网络平衡的角度解析药物作用的 药理学机制；
• 思路二：利用各种组学技术以及高内
涵/高通量技术，观察药物对模型( 分子、 细胞、组织或/和动物) 的作用或模型对 药物的作用，针对所产生的大量数据， 采用生物信息学的手段分析和构建药物靶点-疾病网络，建立预测模型，进而解 析所研究药物的网络药理学机制。 3
也可以专一性的 进行形状的更改
网络药理学与实验相关的环节
• 基于实验结果构建网络所需基本数 据的获取
• 对所建立的网络预测模型进行实验 验证 目前网络药理学研究在实验研究水 平所涉及的相关技术除了组学( 基 因组、蛋白质组、代谢组和糖组等) 技术外，主要包括3 个方面:高通量/ 高内涵技术、双高通量基因表达检
网络药理虚拟 筛选方法简介
讲课人：冰点
学习归根结底是培养习惯，行为养成 习惯，习惯形成品质，品质决定命运。
学习就像一个蓄电池， 你学过的每一种知识， 都会在将来的某一天，给你惊喜。
温馨提示
全
心身投入
T HANKD
恳请大家批评指正
谢谢您的欣赏
壹贰叁 肆
准
靶
通
网
备
点
路
络
待
筛
筛
药
筛
选
选
理
选
图
分
子
第一章
准备待筛选分子
一 、准备待筛选分子
Chembiooffice2008以上版本作图，文件格式须为sdf
6
第二章
靶点筛选
二、 靶点筛选
http://59.78.96.61/pharmmapper/
点击此处上传分子结构，每次只能投入1个分子结构
此为蛋白编号 靶 点 蛋 白 名 称
建议自己申请！
注册并登陆 上传project
选择ห้องสมุดไป่ตู้人类相关的
靶点填于此处
17
靶点-通路
一般选择p值小 于0.01的通路
将选择的靶点在uniprot上查的蛋白名称
第四章
网络药理图
四、网络药理图
将化合物对应靶点，靶点对应通路于同一EXCELL中。 注意：要做成两列即：
化合物
靶点
靶点
通路
然后将表格导入Cytoscape软件（官方下载地址： / ），也可使用其他作图软件。
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点击对形状和背景进行更改 节点 连线 背景
为了方便对图进行编辑和更改，我们可以导入attributes。
令通路等于2，化合物名称等于3。 可在此处专一的 对化合物、靶点。 通路进行更改颜 色
8
Jod ID是下载 结果的“密码”
下载结果
10
靶点名称
Fit为分子和靶点的匹配 度，越高代表越匹配。
与人类相关的靶点代码
11
第三章
通路筛选
三 、通路的筛选
将前面工作中得到的与人类相关的靶点代码全部换成类 似于P00517 的形式，以投入博奥数据库得到与靶点相关
的通路。以靶点PDPK1_HUMAN 为例： /
网络药理虚拟 筛选方法简介
什么是网络药理学？
• 从系统生物学和生物网络平衡的角度阐释 疾病的发生发展过程；
• 从改善或恢复生物网络平衡的整体观角度 认识药物与机体的相互作用并指导新药发 现。
– 在高通量组学数据分析、计算机模拟计算及网 络数据库检索的基础上，进行生物网络的构建 及分析，进而进行药物作用机制的研究及创新 药物的发现
网络药理学的研究思路
• 思路一：根据公共数据库和公开发表
的已有数据，建立特定药物作用机制网 络预测模型，预测药物作用靶点/机制， 从生物网络平衡的角度解析药物作用的 药理学机制；
• 思路二：利用各种组学技术以及高内
涵/高通量技术，观察药物对模型( 分子、 细胞、组织或/和动物) 的作用或模型对 药物的作用，针对所产生的大量数据， 采用生物信息学的手段分析和构建药物靶点-疾病网络，建立预测模型，进而解 析所研究药物的网络药理学机制。 3
也可以专一性的 进行形状的更改
网络药理学与实验相关的环节
• 基于实验结果构建网络所需基本数 据的获取
• 对所建立的网络预测模型进行实验 验证 目前网络药理学研究在实验研究水 平所涉及的相关技术除了组学( 基 因组、蛋白质组、代谢组和糖组等) 技术外，主要包括3 个方面:高通量/ 高内涵技术、双高通量基因表达检
网络药理虚拟 筛选方法简介
讲课人：冰点
学习归根结底是培养习惯，行为养成 习惯，习惯形成品质，品质决定命运。
学习就像一个蓄电池， 你学过的每一种知识， 都会在将来的某一天，给你惊喜。
温馨提示
全
心身投入
T HANKD
恳请大家批评指正
谢谢您的欣赏
壹贰叁 肆
准
靶
通
网
备
点
路
络
待
筛
筛
药
筛
选
选
理
选
图
分
子
第一章
准备待筛选分子
一 、准备待筛选分子
Chembiooffice2008以上版本作图，文件格式须为sdf
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第二章
靶点筛选
二、 靶点筛选
http://59.78.96.61/pharmmapper/
点击此处上传分子结构，每次只能投入1个分子结构
此为蛋白编号 靶 点 蛋 白 名 称
建议自己申请！
注册并登陆 上传project
选择ห้องสมุดไป่ตู้人类相关的
靶点填于此处
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靶点-通路
一般选择p值小 于0.01的通路
将选择的靶点在uniprot上查的蛋白名称
第四章
网络药理图
四、网络药理图
将化合物对应靶点，靶点对应通路于同一EXCELL中。 注意：要做成两列即：
化合物
靶点
靶点
通路
然后将表格导入Cytoscape软件（官方下载地址： / ），也可使用其他作图软件。
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点击对形状和背景进行更改 节点 连线 背景
为了方便对图进行编辑和更改，我们可以导入attributes。
令通路等于2，化合物名称等于3。 可在此处专一的 对化合物、靶点。 通路进行更改颜 色
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Jod ID是下载 结果的“密码”
下载结果
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靶点名称
Fit为分子和靶点的匹配 度，越高代表越匹配。
与人类相关的靶点代码
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第三章
通路筛选
三 、通路的筛选
将前面工作中得到的与人类相关的靶点代码全部换成类 似于P00517 的形式，以投入博奥数据库得到与靶点相关
的通路。以靶点PDPK1_HUMAN 为例： /
网络药理虚拟 筛选方法简介
什么是网络药理学？
• 从系统生物学和生物网络平衡的角度阐释 疾病的发生发展过程；
• 从改善或恢复生物网络平衡的整体观角度 认识药物与机体的相互作用并指导新药发 现。
– 在高通量组学数据分析、计算机模拟计算及网 络数据库检索的基础上，进行生物网络的构建 及分析，进而进行药物作用机制的研究及创新 药物的发现