蛋白质组学中的从头测序方法ppt课件

结论

因为它们公正的假设，运用从头测序解释MS/MS谱的 该方法迅速地在重要性上有进展。有效率的从头测序 软件是运用高分辨率MS仪器的获得高品质光谱的最好 的实现。ETD或ECD与CID碎片的结合，也提高了从头 测序方法。虽然比数据库搜索方法需要更多的计算， 从头测序将在大型的蛋白质组学实验中发挥越来越大 的作用。在不远的未来，一个实用的策略可能在使用 数据库搜索在第一步，然后是一个在低得分的肽以及 在无解释的MS/MS谱中的从头方法。另一个可供选择 的方法可能是一个从头测序步骤，接着是一个同源类 型的搜索用以鉴别突变或修饰的多肽。
蛋白质组学中的 从头测序方法
摘要

本综述描述了通过质谱进行多肽从头测序的方法。从 头测序方法利用计算的方式，直接从MS/MS谱实验来 推断多肽序列或部分序列。讨论了很多从头测序方法 背后的概念。通过串联质谱来识别多肽的其他方法是 匹配碎片离子和来自一个基因组或蛋白质数据库的有 效肽离子。当基因组未知时，从头测序方法对识别蛋 白质是必不可少的，但甚至当基因组已知时，它们也 是非常有用的，因为它们不受在一个搜索数据库中的 错误的影响。从头测序方法的另一个优点是，部分序 列能够被用来搜索翻译后修饰，或进行由基于同源的 软件的突变的识别。
Database-Dependent Methods

Database-Dependent Methods的另 一种方法是光谱匹配。在这种情况下， 实验光谱是与一个仔细地以前获得的真 正的MS/MS谱组装库相匹配。该方法在 速度和精度方面有良好的性能。然而， 如果MS/MS谱没有被预先的和可靠的识 别可能会导致无法鉴别。
引言
来自百度文库
各种质谱分析仪和仪器设计目前可用于 蛋白质组学实验。绝大多数仪器设计在 现在的研究实验室发现的均是混合工具， 结合两个或更多的质谱分析仪（Fig.1）。
Database-Dependent Methods


从MS/MS谱鉴别肽的主要的方法可以被划分为 两大类：database dependent and database independent（fig. 3）。 Database-Dependent Methods的鉴别策略 企图匹配从MS谱中获得的实验光谱与表现出从 一个蛋白质或从基因组数据库生成的已经被翻 译的假设肽的理论光谱。显然，这些数据库是 唯一适用于基因组已经测序的生物体。理论光 谱是使用已知的特定系列的氨基酸的碎裂模式 生成的。
引言

质谱分析法（MS）在生物科学中扮演了一个越来越重 要的角色。MS一直被用于分析小分子但是最近已经成 为了一种可选择的检测蛋白质特性的工具。现代质谱 仪能够在一个相对较短的时间里分析一个成千上万条 肽的混合物并获得序列信息。因为它的灵敏度、准确 性和稳健性，MS已经取代早期化学和酶的方法进行蛋 白质测序。MS的最新进展，分离科学和生物信息学， 都有助于蛋白质组学的快速出现。事实上，蛋白质组 学，或全球研究的整个蛋白质的细胞或组织，已经形 成了一个自己的领域。由于这些技术的进步，在一个 高吞吐量的程度下，使完成分析一个非常复杂的蛋白 质混合物成为可能。蛋白质组学可以提供基因组分析 中特别是蛋白质的修饰、定位和量化中不能探究的问 题的答案。
Database-Independent Methods


从头测序 光谱图的从头测序 光谱的直接从头测序 CID和ECD/ETD的从头测序 准确的大规模肽测序 单一肽的命中
结论

随着蛋白质组学分析质谱的效率的与日俱增， 分析和验证数据软件的需要从这些仪器中获取。 初始的解决方案包括数据库搜索软件的使用， 是依赖于一批数据库内的基因组序列。尽管被 测序的生物体数量越来越多，仍然保留有大量 的遗传密码未知的物种。此外，数据库搜索方 法由于在数据库内的相应的序列的缺失或由于 未知的翻译后修饰，留下大部分无解释的 MS/MS谱数据。