生物信息学入门知识

生物信息学入门知识

生物信息学是用数理和信息科学的观点、理论和方法去研究生命现象、组织和分析呈现指数增长的生物学数据的一门学科。首先是研究遗传物质的载体DNA及其编码的大分子蛋白质，以计算机为其主要工具，发展各种软件，对逐日增长的浩如烟海的DNA和蛋白质的序列和结构进行收集、整理、储存、发布、提取、加工、分析和研究，目的在于通过这样的分析逐步认识生命的起源、进化、遗传和发育的本质，破译隐藏在DNA序列中的遗传语言，揭示人体生理和病理过程的分子基础，为人类疾病的预测、诊断、预防和治疗提供最合理和有效的途径。生物信息学已经成为生物医学、农学、遗传学、细胞生物学等学科发展的强大推动力量，也是药物设计、环境监测的重要组成部分。近年来，蛋白质结构数据的快速增长，使蛋白质三维结构的处理分析也归入到生物信息学的范畴。国际上有三大一级生物信息数据库，即美国国家信息中心 (National Center of Biotechnology Information, NCBI)的Gen Bank(http:/ / www. nchi. nlm. nih. gov/ web/Gen Bank/ imdex. html)、欧洲分子生物学室验室(European Molecular Biology L aboratory-Euro-pean Bioinformatics Institute, EMBL-EBI)的 EM-BL (http:// www.ebi. / databases/ index.html)和日本 DNA数据库 (DNA Data Bank of Japan, DDBJ) (http:/ / www.ddbj.nig.ac.jp/ )。随着生物信息学 (Bioinformatics)的发展，通过检索数据库进行核酸序列同源性检索，电子基因定位、电子延伸、电子克隆和电子表达以及蛋白质功能分析、基因鉴定等方面起到了重要作用，已成为人们认识生物个体生长发育、繁殖分化、遗传变异、疾病发生、衰老死亡等生命过程的有力工具。

一、生物信息学相关网站

生物信息学与生物计算：http://bioinformatics.weizmann.ac.il/

这是生物信息学和生物计算学的网站，由Weizmann科学研究所，生物服务部和Crown人类基因组学中心支持。研究领域主要涵盖序列分析，蛋白质组学和基因组学等。该网站提供了数据库，电子论坛，教育，新闻，软件，招聘启事等。该网站还提供了相关链接，包括欧洲分子生物学以色列国家网点，以色列国家基因组基础设施实验室以及国际生物信息学合作中心。

生物信息学专题：/bioinformatics/bioinfo.htm

中国科学院上海生命科学研究院生物信息中心的网站中的生物信息学专题提供与生物信息学有关的新闻信息，生物信息学文献的介绍（包括的课题例如：鉴别肿瘤的亚型，细菌中的基因转移，生物钟与微阵列--哺乳动物的基因组有节奏，混乱的DNA区分人类与黑猩猩等等），相关软件下载，与数据库的链接。

生物信息学专业网：/

生物信息学专业网旨在收集、整理与生物信息学相关的信息和资源。它的站点提供最近新闻；与生物科学相关的论文；与生物信息学相关的数据库，软件，公司，大学和期刊；工具的介绍，例如：序列逆向查询系统。

生物信息学组织：/

生物信息学组织是生物信息学学科的综合性网站。其涉及的内容有新闻、事件提醒、会议消息、免费FTP工具下载、论文、URL推荐、演示幻灯片等。此外，其还拥有有关生物信息学

研究组和软件的搜索引擎。

香港生物信息学中心：.hk/

这是香港生物信息学中心(HKBIC)的网站。香港生物信息学中心是由香港技术创新委员会和香港中文大学创办，为香港生物技术与工业界提供中心数据资源。它为使用者提供计算设备，技术专家意见和分子生物学定向数据库等。主要致力于核苷酸、医学、药物设计、毒理学、生物技术、化学工程、制药技术等方面的研究。该网站还提供了研究、工具、新闻等方面的。

耶鲁大学盖斯坦生物信息学实验室：/

这是耶鲁大学盖斯坦生物信息学实验室的网站。耶鲁大学盖斯坦生物信息学实验室主要致力于生物信息学的研究，其研究领域包括基因组序列，大分子结构和表达基因数据，比较基因组学，基因表达分析，大分子几何学等。该网站还提供研究、工作、演讲、论文等方面的信息。

用于比较基因组学的生物信息学工具：/Workshop/webTools.html

用于比较基因组学的生物信息学工具是劳伦斯伯克利国家实验室提供的用于比较基因组学的生物信息学的软件、数据库和网址资源。其涵盖五个大类分别是：基因组数据、注释、比较基因组、阵列资源、杂集。并且，对每个类别其都有类型、名称和描述、帮助及信息等方面的说明。

中国生物信息学资源导航：/pages/source-bioinfo.htm

这是中国生物信息学资源导航的网站。该网站主要提供与生物信息学相关的学会、组织和生物计算中心的链接，也包含对网关及网络资源的链接。

NCBI生物信息学研究工具：/Tools/

NCBI生物信息学研究工具网站由美国国家生物技术信息中心支持。该网站提供了许多程序的链接，内容包括数据挖掘、核酸和蛋白质组分析等。同时，网站还提供了许多相关链接和资源。

欧洲生物信息学研究所：/

欧洲生物信息学研究所是一个非盈利学术机构，是欧洲分子生物学实验室的一部分。它是生物信息学研究和服务的中心。它所管理生物数据的数据库包括核酸，蛋白质序列和大分子结构。它的使命是保证从分子生物学和基因组研究的日益增长的信息向公众公开，并且对科学研究团体提供任何方面的免费使用，以促进科学发展。

欧洲生物信息学研究所Ensembl基因组浏览器：ttp:///ensembl/index.html 欧洲生物信息学研究所Thornton研究组：/Thornton/index.html 欧洲生物信息学研究所多序列联配数据库:

/embl/Submission/alignment.html

欧洲生物信息学研究所工具箱:/Tools/

欧洲生物信息学研究所核酸数据库:/Databases/nucleotide.html 欧洲生物信息学研究所计算基因组研究

组:/research/CGG/index.html

欧洲生物信息学研究所完整基因组数据库:/genomes/

欧洲生物信息学研究所序列数据库研究组:/seqdb/index.html