TCGA癌症数据库介绍专题知识讲解

DATA TYPES
DATA LEVLES
Data Level 1
2
Level Type Raw
Processed
Description Low-level data for single sample Not normalized Normalized single sample data
单个样本的低级数据 未标准化 标准化的单个样本
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TCGA- THE CANCER GENOME ATLAS
Genome
来自百度文库Proteome
cancer
Transcript ome
Epigenome
Clinic
癌症种类丰富，样本量大 34 kinds of cancer 325 samples on average
TCGA数据库介绍专题
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上海尔云-云生信团队 2015.9.20
目录
1. 前言 2. 数据产生历程 3. barcode 4. Data types and data levels 5. 目前已有的癌症种类 6. 数据下载解读
01 前言
http://cancergenome.nih.gov/
02 数据产生历程
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http://cancergenome.nih.gov/abouttcga/overview
TCGA数据的产生历程： 1. 组织样本和临床数据来源网站 (TSS)收集的数据发送到 Biospecimen核心资源(BCRs)。 2. BCRs提交临床数据和元数据到 数据协调中心(DCC)和测序中心 (GSCs),获取组织变异数据,然后 提交给DCC。 3. GSCs提交跟踪文件,序列比对 后文件到癌症基因组学中心 (CGHub)。 4. 提交给DCC和CGHub的数据可 供研究团队和基因组数据分析中 心(GDACs)使用。 5. 分析pipeline以及由GDACs产 生的数据结果通过DCC保存到研 究社区（community）中。
03
BARCODE解读
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详细请见：https://wiki.nci.nih.gov/display/TCGA/TCGA+barcode
04
DATA TYPES AND LEVELS
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Interpreted for presence or absence of specific molecular abnormalities 解释异常的个体
Aggregate of processed data from single sample
单个样本整合在了一起
3
Segmented/ Interpreted
06
数据下载及解读
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最简单的方法： https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/tcgaHome2.jsp
Step4
第1封邮件通知下载申请已经提交 第2封给出下载链接
Step 4 文件内容
File_manifest.txt，对所下载文件的说明
05
目前已有的癌症种类
癌症种类丰富，样本量大 34 kinds of cancer 325 samples on average
详细见： TCGA publication guideline, http://cancergenome.nih.gov/publications/publicationguidel nes
4
ns of Interest
(ROI)
Molecular abnormalities
Sample characteristics
Clinical variables
量化关联类的样本
两个或多个的关联 分子水平的异常 样本特性 临床变异
注意： 低水平的测序数据存储在CGHub https://cghub.ucsc.edu/, 申请下 载时需要DUNS number. The Cancer Genomics Hub (CGHub) is a secure repository for storing, cataloging, and accessing cancer genome sequences, alignments, and mutation information from the Cancer Genome Atlas (TCGA) consortium and related projects.
临床数据解读
CDE：Common Data Elements https://tcga-data.nci.nih.gov/docs/dictionary/
THANKS
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Grouped by probed loci to form larger contiguous regions (in some cases) 根据probe的位置分组
Quantified association across classes of samples
Summary/Regio Associations based on two or more