基因芯片

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https://www.360docs.net/doc/b24333631.html,/contents/94/382.html中国医药生物技术协会

生部日前下发通知,决定将基因芯片诊断技术审批权“下放”到省级卫生主管部门。这意味着今后在临床上,将有越来越多的有资质的临床医生使用该项技术。业内人士分析,此举是卫生部在医药卫生系统推进科技产业化的风向标之一。

据基因科学家介绍,如采用基因芯片技术,对心血管疾病、神经系统疾病、内分泌系统疾病、免疫性疾病、代谢性疾病等早期诊断率将大大提高,而误诊率会大大降低。

基因芯片带来巨大商机

基因芯片技术此前我国需要经过卫生部门的审核,医院才可以把它运用到临床治疗中。

基因芯片专家严新民、郑芳在接受采访时说,疾病的发生发展经历了从基因到蛋白质,再到细胞、组织的变化,最后表现在脏器层面等一系列复杂的过程。传统诊断技术最多能捕捉到蛋白质层面,而基因芯片可以分析到分子层面。

专家表示,迄今为止,国内已有多款基因芯片产品获得不同形式的新药及医疗器械证书,其中部分项目获得国家“863”等重大课题资助。

基因芯片技术的推广必然带来巨大的商机,我国已经有一些依靠基因芯片技术而发展起来的公司。中山大学达安基因股份已成为实力雄厚的上市公司。

产业化需要长线投入

基因诊断需要尖端的设备,从业人员需要有十分专业的技术,因此其收费也非常昂贵。不少医院看准这项技术将带来丰厚的收入,不过,卫生部对基因诊断临床应用有严格的规定。

据介绍,目前获准开展基因芯片诊断技术的医疗机构不仅要求是三级医院,还要有卫生行政部门核准登记的医学检验科诊疗科目,有涉及生物安全的样本采集和处理的相应安全等级的实验室。同时,对相应的仪器设备也有严格的要求。

华南基因组研究中心主任郑文岭坦言,由于基因芯片诊断技术没有前期的管理规范,而在健康保健领域又存在着大量不规范应用的行为,令人没有信服感,至今还未能在临床上大规模应用。

不过,新的规定令以前高高在上的尖端科技“跌落云端”,基因诊断将更快走入寻常百姓家,产业化规模也有望迅速扩大。专家介绍,目前全球提供基因检测的机构有1762家,绝大部分在美国;可以应用基因检测的疾病达到1502种。但目前一半以上的人类基因功能还是未知数。链接

一滴血验癌症是否靠谱

人们经常会看到这样的广告:只需一滴血,你就可以预知自己是否会患上癌症等疾病。这样的基因诊断是否可信呢?据专家介绍,基因诊断能预知疾病,但其结果并非一定就会发生。

基因改变作为最早期的量变,与疾病的关系并不能一一对应,所有基因检测的结果,仅具有参考价值。比如癌症,基因检测可明确找出一个人是否携带相关的癌症基因,但是癌症发病受环境、遗传等诸多因素影响,有突变基因不代表一定会发病。而从业人员是否接受过完整、规范的培训,是否能准确地操作出检验结果,也很重要。

基因芯片诊断主要适用于那些依靠目前的临床诊断手段仍无法确诊,而病人已有症状或者主观感觉不适者。客观地说,基因芯片并不能完全取代目前临床实验室诊断,而只能视其为补充或扩展。(江华)

PCR基因芯片和配套检测仪器可行性报告书

【字号大中小】发布时间:2010-05-25 来源:

PCR基因芯片和配套检测仪器可行性报告书

第一章项目情况

基因芯片(又称DNA芯片、生物芯片)是随着人类基因组计划的逐步实施和分子生物学的迅猛发展应用而生的。基因芯片技术综合了分子生物学、半导体微电子、激光、化学染料等领域的最新科学技术,是当今世界高度交叉、高度综合的前言科学与研究热点。

基因芯片作为一个崭新的高科技产品,具有广泛的应用前景。它可同时研究成千上万个基因的表达,更多的揭示基因间相互的关系,着重于基因调控的网络性,这为以后的基因治疗确定正确的网络性靶基因而非单一旁路性靶基因奠定了坚实的基础。另外应用基因芯片技术,对肿瘤进行分子水平分型,可使针对肿瘤某一亚型的治疗方案更加个体化。

本产品发明人拥有我国自主知识产权,是国内外第一个能应用于常规临床诊断的基因芯片,核心技术居世界前列。其应用范围广泛,并有望打开国际市场。

一、技术内容与技术关键点(核心技术分析):

众所周知,人类细胞中共有23对染色体(DNA),DNA上的碱基排列顺序决定了人的遗传信息。表达同一信息的DNA片段即称为基因。目前研究已知,某些疾病(如肿瘤)的发生与基因的变异有关,并有多种疾病的变异基因已被明确定位,而且这种基因变异具有唯一性。因此,只要检测到变异的基因即可明确诊断与之相应的疾病。

本发明目的是创造一种基因芯片,可以一次同时分析生物体大量的可能发生变异的基因。这种基因芯片采用的基本检测方式以聚合酶联反应(PCR)为基础,而不是象其他基因芯片以分子杂交为基础,可以大大增强敏感性。应用该基因芯片的步骤是:将已知致病基因的反应引物同样在载体上有序、高密度排列,制成相对封闭的微反应室(基因芯片);取一份生命体内的少量细胞(如血细胞)加入反应液变性,或者直接用反应液将基因组DNA标本稀释,注入基因芯片上预留的加样孔,PCR基因芯片在相应设备内反应约1小时,用计算机显示该标本基因组DNA中数百种基因的检测结果。整个反应过程在封闭环境中进行。这个过程可以直接检测细胞中DNA是否含有疾病基因,不仅灵敏度高,而且具有特异性,其直接与致病基因做反应,阳性结果可以直接用于确诊相应的疾病,不易出现假阳性和漏诊。

二、产品开发可行性的论证资料:(附后)

专利证书:

(1)目前该项专利已由国家知识产权局批准并公布,即将得到专利证书国家知识产权局发明专利公报9月26日,第17卷,第39号,总第811。

专利名称:“PCR芯片制作方法”;

公开号:CN1314495A)

(2)该专利已在美国申报并被受理,获批准后,其批准日期将从国内被批准之日算起。

科研论文(附后)

三、技术的产权状态

目前技术属于专有技术,归发明人所拥有。

四、技术的水平

基因芯片诊断技术预计将成为流行的疾病诊断方法,世界各国都在大力研究。此前众多基因芯片产品因受杂交技术的限制,只能用于各项科学研究,均无法直接用于疾病的确诊。到目前为止,还没有一个基因芯片产品能用于临床诊断。因此,此项成果属世界领先水平,目前市场尚无同类产品与之竞争。本产品一经推出,配合有力、高效的市场运作,可迅速占领国内外市场。

五、技术成熟度和主要技术指标

基因芯片和配套检测仪器的所有生产工艺及技术问题都已解决。经临床验证,能诊断白血病、淋巴溜、乳腺瘤、成骨肉瘤、胃癌、肝癌等所有有并已知其变异基因的肿瘤,对这类肿瘤的确诊率为100%。如操作规范,不易出现假阳性及漏诊。

六、技术的发展前景

该项专利的发明与问世,必将对中国与世界的肿瘤诊断做出卓著的贡献,它不仅会造福于人类,也必将带来不可估量的经济效益,为使该项发明尽早的服务于社会,并且创造经济效益,我们非常有必要加大投资力度,对该事业进行系统化、科学化、商业化、规模化的管理与推广。使其在最短的时间内获得成功。

七、国内外同类技术比较

人类细胞中DNA只有一份基因拷贝(COPY),以此为基础可复制RNA则含有几十乃至几百份拷贝(COPY)。在复制过程中可能产生差异。目前国内外主要基因公司的类似产品,如美国Affymetrix公司的生物芯片系统以及我国上海联合基因公司、东北哈高科等公司的基因芯片产品,是采用寡核苷酸或基因(cDNA)片段有序的、高密度的排列在载体上制成基因微矩阵(Microarray),将待测样品用荧光染料标记制备成探针,使RNA中的拷贝与芯片在载体表面进行杂交,通过检测探针分子的杂交信号强弱而获取样品分子的数量和序列信息,多用于表达差异基因筛选、功能基因组研究等实验室研究工作。由于这种杂交过程在芯片表面进行,处于相对开放环境,容易受污染而造成假阳性。最重要的,这种杂交得到的结果只能分析致病基因在RNA中表达的多少,而并不能检测出DNA中是否含有致病基因。因此,这种基因芯片无法用于临床诊断。

本产品采用的基本检测方式以聚合酶联反应(PCR)为基础,而不是象其他基因芯片以分子杂交为基础,故可大大增强敏感性;并直接与致病基因做反应,可以得出“全”或“无”

的结果,比杂交法准确可靠,可以直接用于确诊。

第二章市场分析

癌症,是人类第一杀手。随着医学技术的发展,很多类型的癌症已不再是不治之症,关键在于尽早正确的诊断,给与相应的治疗。随着肿瘤基因变异种类的不断增多,常规的诊断方法已渐渐不能满足需要。利用基因芯片作为确诊手段,是高科技应用于临床医疗的一个突破,在不久有望成为常规诊断措施。它具有高效、灵敏、便捷、病人痛苦小的优点。故本项目的一期产品重点针对应用于肿瘤和白血病的诊断性基因芯片。同一原理,也可应用于生物、农业等广泛领域,具有广阔市场前景。

一、需求分析

产品价值按照目前可类比的基因芯片价值每片近万元人民币。本产品进入国内市场预计每片报价1000元人民币,用于中等以上医院(市级以上全国2213家),排除其他因素,仅按临床需求估计可达到平均300片/年.家,近7亿市场规模。配套检测仪器估算售价100万元人民币/每台以上,初期主要集中于大型医院(包括省级医院、医科大学附属医院、肿瘤专科医院等全国300家左右),销售额3亿余元人民币。故潜在市场近10亿。

二、主要竞争者分析

该项目是高科技创新产品,在国内外具有领先水平,填补了肿瘤诊断的空白,国际上无任何同类产品与之竞争,完全有可能在短期内占领国际市场;而且投资周期短,回收快,社会效益和经济效益十分显著。因此本项目是完全可行的。此项技术还可向生物、农业等领域扩展。

第三章风险分析

一、技术风险

基因芯片诊断技术为高科技创新方法,准确率高,而且敏感性极强,可以在10万个正常细胞中找出1个癌细胞。经过临床实验证明该技术安全、可靠、高效,适合进行批量生产。基因芯片的载体、微反应室的制作、反应引物实验室合成、点样等技术已经掌握,基因芯片已有样品。配套检测仪器国内外现无完全符合要求的可用产品,但可应用多种现有仪器进行组合搭配,使之具有符合要求的全部功能的本产品配套检测仪器。该仪器虽然还未拿出样机,但具备其中某一个或几个功能仪器的研究制造已完成,只需解决组装问题即可。因此,技术上的风险很小。

二、人员风险

发明人是我国知名肿瘤学专家,从事医学临床用基因技术研究多年,经验丰富,技术成熟,在学术界拥有极高声誉。作为该项专利技术的发明人和所有人,其领导的项目组负责整个项目的进行,在整个项目中占主导地位。合作者为北京大学材料力学系、电子工程系,负责按照要求进行芯片及配套仪器的制备和组装。负责人均是北京大学相关专业知名的专家学

者,在学术界拥有极高的声望。不但对产品质量、制备工艺给予充分保证,而且在该产品的扩大生产期和推广期也可以给予充分的学术支持和技术支持。

三、市场风险

因为消费人群相对固定,医疗产品的市场风险通常较小,本项目中的两项产品也具有这种特点。而且“临床诊断用基因芯片”属于首创技术,国内外目前尚无同类产品与之竞争。只要扩大生产后产品质量能够保证,市场运作及时、高效,就可以达到预期的目的。目前迫切需要保持优势,抢占先机,尽快进入市场。

第四章融资方案

一、融资主体:“PCR基因芯片”及其配套检测设备

二、创业目标:

一期投资2200万人民币目标是利用目前的技术领先优势及知识产权的专利技术,迅速拿出一期可扩大生产产品,报批并获得生产许可。

以一期产品为先导,尽快进入并抢占市场,进行广泛市场宣传,营造声势,以期初步占领市场,并获得肯定。项目中介方中国医药生物技术协会可协助策划市场宣传和学术推广。

进一步完善一期产品,如增加更多的致病基因检测引物、增加可用于生物、农业的检测项目等等;根据市场反馈,完善配套检测仪器的各个功能;并争取快速形成以因知识产权保护而能垄断市场的诊断性基因芯片为主导的系列产品,向生物、农业等领域发展。

在完善自身的同时,逐步走向海外市场。利用在美国申请的专利保护下,迅速抢占海外市场。

三、运作方案:

以“PCR诊断性基因芯片”项目为基础,组建股份制公司。

一期投资总额2200万元人民币。

技术方以技术和产品入股,占30%股份,并出任公司技术总监。

投资方投入2200万元人民币,占70%股份。

新公司将建立实验室和生产基地,负责样品生产和报批。

同时,新公司筹划产品进入市场前的准备工作。

在初步占领市场后,通过扩大投资或进一步融资,进一步完善一期产品,推出系列,扩大销

售领域。

四、资金使用计划:

1、合作和建立实验室(生物学实验室及材料学实验室)1000万

2、科技人员工资30人200万

3、获得样品和样机800万

4、申报审批、临床试验200万

五、预计出样机时间:14个月

六、投资方案:

1、启动投资:500万元人民币,用于组建新公司、人员工资、配备仪器如点样器等。

2、后续资金:1500万人民币,3个月后到位,用于公司各项开支。

3、申报资金:200万元人民币,于样机定型后到位,用于基因芯片和配套检测仪器的申报审批。

七、实验室基本开支预算(万元人民币)

1.制备PCR基因芯片的材料硅或者塑料等其他材料能耐受加热制冷系统(100)

2.加热制冷系统,控制的PCR反应温度和时间,温度为0℃-99℃,时间20小时。(50)

3.获知该标本1000种以上基因的基因突变,基因缺失和基因重排等基因变异情况。(100)

4.点样器(400)

5.显色系统,代表PCR反应的强度,图像采集系统随时采集荧光或者其他颜色的数据,输入计算机图像分析系统动态处理数据。(50)

6.各微反应器内均含有一套反应介质,可在同样的时间和温度条件下同时进行PCR反应(30)

7.反应介质中的反应成分吸附纳米级的磁珠(20)

8.加标本时可在芯片外用磁力吸附在微反应器的底部;在反应过程中可以应用磁力搅拌系统搅拌反应介质,加速反应。(30)

9.反应介质中的PCR引物(80)

10.反应介质采用一种荧光探针。(50)

11.反应介质中荧光探针可以由其他显色介质代替。(20)

12、反应介质采用高温加热后才释放活性的聚合酶提高反应效率。(20)

13、仪器和其他费用(50)

三、收益分析

基因芯片可用于临床诊断技术已得到普遍承认,目前国内国际从事同类产品研究开发的机构众多。本产品能率先研制成功并申报专利,无疑具有极大的优势。如仅按临床需求和销售价格估算分析:检测仪器:300×100万元=3亿元;基因芯片:2000×300×1000=6亿元/年,市场巨大。成本估算:芯片不超过百元,检测仪器不超过售价的三分之一。如能尽快报批成功并抢占市场,加之合理高效的市场运作,将会产生巨大利润。

由于海外市场前景广阔,如在海外成功上市,销售额会倍增。

结论

本产品是一种从设计思想到检测方式都不同于目前国内外流行方式的新型的基因芯片和配套检测仪器。适用于临床肿瘤和遗传性疾病的鉴定、人类基因组分析、动植物基因变异筛选、各种病原微生物鉴定等多方面。在体积很小的基因芯片上,加入一份标本可同时进行多种聚合酶链式反应(PCR),将所选择的数百种基因分别括增数百万倍,从而鉴定生物基因组中的各种基因变异,反应产物显色可实时定量检测。

该项目具有巨大的社会和经济效益,投资少,时间短,回报高,很有投资价值

信息材料-基因芯片简介

基因芯片 Gene Chip 羽【内容摘要】 基因芯片技术是生物芯片的一种,它是生命科学领域里兴起的一项高新技术,它集成了微电子制造技术、激光扫描技术、分子生物学、物理和化学等先进技术。本文简要阐述了基因芯片的定义、特点、分类、工作原理及应用,并提出了基因芯片进一步发展所存在的问题。 Gene chip technology is a kind of biological chip which is a new technology integrating the microelectronics manufacturing technology, laser scanning technology, molecular biology, physics and chemistry and other advanced technology. Gene chip used a large number of specific oligonucleotide fragment or gene fragment as a probe, and fixed wafer, glass sheet, plastic sheet or nylon substrate fixed on the support which combined with the device for photoelectric measurement regularly form a two-dimensional array, and the probe will hybridize with the gene in labeled sample lead to the change electrical signal. The article describes the definition and characteristics of gene chip as well as the classification, working principle and application briefly. And put forward some existing problems for the further development of gene chip in the end. 【关键词】 Gene Chip DNA mRNA蛋白质遗传疾病核苷酸序列蚀刻打印【正文】 一、生物芯片 生物芯片是指将成千上万的靶分子(比如DNA、RNA或蛋白质等)经过一定的方法有序地固化在面积较小的支持物(如玻璃片、硅片、尼龙膜等)上,组成密集分子排列,然后将已经标记的样品与支持物上的靶分子进行杂交,经洗脱、激光扫描后,运用计算机将所得的信号进行自动化分析。 这种方法不仅节约了试剂与样品,而且节省了大量的人力、物力与时间,使检测更为快速、准确、敏感,是目前生物检测中效率高、最为敏感和最具前途的

基因芯片发展史

基因芯片的制备及应用摘要基因芯片技术是90年代中期以来快速发展起来的分子生物学高新技术是各学科交叉综合的崭新科学。其原理是采用光导原位合成或显微印刷等方法将大量DNA探针片段有序地固化予支持物的表面然后与已标记的生物样品中DNA分子杂交再对杂交信号进行检测分析就可得出该样品的遗传信息。基因芯片技术目前国内外都取得了较大的进展该技术可用于DNA测序基因表达及基因组图的研究基因诊断新基因的发现药物筛选给药个性化等等所以为二十一世纪生物医药铺平道路将为整个人类社会带来深刻广泛的变革促进人类早日进入生物信息时代。关键词基因芯片微阵列基因诊断药物筛选一、基因芯片的制备基本过程1 DNA方阵的构建选择硅片、玻璃片、瓷片或聚丙烯膜、尼龙膜等支持物并作相应处理然后采用光导化学合成和照相平板印刷技术可在硅片等表面合成寡核苷酸探针或者通过液相化学合成寡核苷酸链探针或PCR技术扩增基因序列再纯化、定量分析由阵列复制器或阵列机及电脑控制的机器人准确、快速地将不同探针样品定量点样于带正电荷的尼龙膜或硅片等相应位置上再由紫外线交联固定后即得到DNA微阵列或芯片。2 样品DNA或mRNA的准备。从血液或活组织中获取的DNA/mRNA样品在标记成为探针以前必须进行扩增提高阅读灵敏度。Mosaic Technologies公司发展了一种固相PCR系统好于传统PCR 技术他们在靶DNA上设计一对双向引物将其排列在丙烯酰胺薄膜上这种方法无交叉污染且省去液相处理的繁锁Lynx Therapeutics公司提出另一个革新的方法即大规模平行固相克隆这个方法可以对一个样品中数以万计的DNA片段同时进行克隆且不必分离和单独处理每个克隆使样品扩增更为有效快速。在PCR扩增过程中必须同时进行样品标记标记方法有荧光标记法、生物素标记法、同位素标记法等。3 分子杂交样品DNA与探针DNA互补杂交要根据探针的类型和长度以及芯片的应用来选择、优化杂交条件。如用于基因表达监测杂交的严格性较低、低温、时间长、盐浓度高若用于突变检测则杂交条件相反。芯片分子杂交的特点是探针固化样品荧光标记一次可以对大量生物样品进行检测分析杂交过程只要30min。美国Nangon公司采用控制电场的方式使分子杂交速度缩到1min甚至几秒钟。德国癌症研究院的Jorg Hoheisel等认为以肽核酸为探针效果更好。4 杂交图谱的检测和分析用激光激发芯片上的样品发射荧光严格配对的杂交分子其热力学稳定性较高荧光强不完全杂交的双键分子热力学稳定性低荧光信号弱不到前者的1/351/52不杂交的无荧光。不同位点信号被激光共焦显微镜或落射荧光显微镜等检测到由计算机软件处理分析得到有关基因图谱。目前如质谱法、化学发光法、光导纤维法等更灵敏、快速有取代荧光法的趋势。二、基因芯片的应用 1 测序基因芯片利用固定探针与样品进行分子杂交产生的杂交图谱而排列出待测样品的序列这种测定方法快速而具有十分诱人的前景。Mark chee等用含135000个核苷酸探针的阵列测定了全长为16.6kb的人线粒体基因组序列准确率达99。Hacia等用含有48000个寡核苷酸的高密度微阵列分析了黑猩猩和人BRCA1 基因序列差异结果发现在外显子11约3.4kb长度范围内的核酸序列同源性在98.2到83.5之间示了二者在进化上的高度相似。2基因表达水平的检测用基因芯片进行的表达水平检测可自动、快速地检测出成千上万个基因的表达情况。Schena等采用拟南芥基因组内共45个基因的cDNA微阵列其中14个为完全序列31个为EST检测该植物的根、叶组织内这些基因的表达水平用不同颜色的荧光素标记逆转录产物后分别与该微阵列杂交经激光共聚焦显微扫描发现该植物根和叶组织中存在26个基因的表达差异而参与叶绿素合成的CAB1基因在叶组织较根组织表达高500倍。Schena 等用人外周血淋巴细胞的cDNA文库构建一个代表1046个基因的cDNA微阵列来检测体外培养的T细胞对热休克反应后不同基因表达的差异发现有5个基因在处理后存在非常明显的高表达11个基因中度表达增加和6个基因表达明显抑制。该结果还用荧光素交换标记对照和处理组及RNA印迹方法证实。在HGP完成之后用于检测在不同生理、病理条件下的人类所有基因表达变化的基因组芯片为期不远了。 3 基因诊断从正常人的基因组中分离出DNA 与DNA芯片杂交就可以得出标准图谱。从病人的基因组中分离出DNA与DNA芯片杂交就可

生物芯片及应用简介

生物芯片及应用简介 简介 生物芯片(biochip)是指采用光导原位合成或微量点样等方法,将大量生物大分子比如核酸片段、多肽分子甚至组织切片、细胞等等生物样品有序地固化于支持物(如玻片、硅片、聚丙烯酰胺凝胶、尼龙膜等载体)的表面,组成密集二维分子排列,然后与已标记的待测生物样品中靶分子杂交,通过特定的仪器比如激光共聚焦扫描或电荷偶联摄影像机(CCD)对杂交信号的强度进行快速、并行、高效地检测分析,从而判断样品中靶分子的数量。由于常用玻片/硅片作为固相支持物,且在制备过程模拟计算机芯片的制备技术,所以称之为生物芯片技术。根据芯片上的固定的探针不同,生物芯片包括基因芯片、蛋白质芯片、细胞芯片、组织芯片,另外根据原理还有元件型微阵列芯片、通道型微阵列芯片、生物传感芯片等新型生物芯片。如果芯片上固定的是肽或蛋白,则称为肽芯片或蛋白芯片;如果芯片上固定的分子是寡核苷酸探针或DNA,就是DNA芯片。由于基因芯片(Genechip)这一专有名词已经被业界的领头羊Affymetrix公司注册专利,因而其他厂家的同类产品通常称为DNA微阵列(DNA Microarray)。这类产品是目前最重要的一种,有寡核苷酸芯片、cDNA芯片和Genomic芯片之分,包括二种模式:一是将靶DNA固定于支持物上,适合于大量不同靶DNA的分析,二是将大量探针分子固定于支持物上,适合于对同一靶DNA进行不同探针序列的分析。 生物芯片技术是90年代中期以来影响最深远的重大科技进展之一,是融微电子学、生物学、物理学、化学、计算机科学为一体的高度交叉的新技术,具有重大的基础研究价值,又具有明显的产业化前景。由于用该技术可以将极其大量

基因芯片技术基础知识(概念、制备、杂交、应用及发展方向)

生物科学正迅速地演变为一门信息科学。最明显的一个例子就是目前正在进行的HGP (human genome project),最终要搞清人类全部基因组的30亿左右碱基对的序列。除了人的遗传信息以外,还有其它生物尤其是模式生物(model organism)已经或正在被大规模测序,如大肠杆菌、啤酒酵母、秀丽隐杆线虫以及中国和日本科学家攻关的水稻基因组计划。但单纯知晓生物基因组序列一级结构还远远不够,还必须了解其中基因是怎样组织起来的,每个基因的功能是什么,又是怎样随发育调控和微环境因素的影响而在特定的时空域中展开其表达谱的,即我们正由结构基因组时代迈入功能基因组时代。随着这个功能基因组学问题的提出(后基因组时代,蛋白组学)[1],涌现出许多功能强大的研究方法和研究工具,最突出的就是细胞蛋白质二维凝胶电泳(2-D-gel)(及相应的质谱法测蛋白分子量)和生物芯片(Biochip)技术[2]。 一.什么是基因芯片 生物芯片,简单地说就是在一块指甲大小(1cm3)的有多聚赖氨酸包被的硅片上或其它固相支持物(如玻璃片、硅片、聚丙烯膜、硝酸纤维素膜、尼龙膜等,但需经特殊处理。作原位合成的支持物在聚合反应前要先使其表面衍生出羟基或氨基(视所要固定的分子为核酸或寡肽而定)并与保护基建立共价连接;作点样用的支持物为使其表面带上正电荷以吸附带负电荷的探针分子,通常需包被以氨基硅烷或多聚赖氨酸等)将生物分子探针(寡核苷酸片段或基因片段)以大规模阵列的形式排布,形成可与目的分子(如基因)相互作用,交行反应的固相表面,在激光的顺序激发下标记荧光根据实际反应情况分别呈现不同的荧光发射谱征,CCD相机或激光共聚焦显微镜根据其波长及波幅特征收集信号,作出比较和检测,从而迅速得出所要的信息。生物芯片包括基因芯片、蛋白质芯片、组织芯片。而基因芯片中,最成功的是DNA芯片,即将无数预先设计好的寡核苷酸或cDNA在芯片上做成点阵,与样品中同源核酸分子杂交[3]的芯片。 基因芯片的基本原理同芯片技术中杂交测序(sequencing by hybridization, SBH)。

基因芯片的数据分析

基因表达谱芯片的数据分析 基因芯片数据分析就是对从基因芯片高密度杂交点阵图中提取的杂交点荧光强度信号进行的定量分析,通过有效数据的筛选和相关基因表达谱的聚类,最终整合杂交点的生物学信息,发现基因的表达谱与功能可能存在的联系。然而每次实验都产生海量数据,如何解读芯片上成千上万个基因点的杂交信息,将无机的信息数据与有机的生命活动联系起来,阐释生命特征和规律以及基因的功能,是生物信息学研究的重要课题[1]。基因芯片的数据分析方法从机器学习的角度可分为监督分析和非监督分析,假如分类还没有形成,非监督分析和聚类方法是恰当的分析方法;假如分类已经存在,则监督分析和判别方法就比非监督分析和聚类方法更有效率。根据研究目的的不同[2,3],我们对基因芯片数据分析方法分类如下。(1)差异基因表达分析:基因芯片可用于监测基因在不同组织样品中的表达差异,例如在正常细胞和肿瘤细胞中;(2)聚类分析:分析基因或样本之间的相互关系,使用的统计方法主要是聚类分析;(3)判别分析:以某些在不同样品中表达差异显著的基因作为模版,通过判别分析就可建立有效的疾病诊断方法。 1 差异基因表达分析(difference expression, DE) 对于使用参照实验设计进行的重复实验,可以对2样本的基因表达数据进行差异基因表达分析,具体方法包括倍数分析、t检验、方差分析等。 1.1倍数变化(fold change, FC) 倍数分析是最早应用于基因芯片数据分析的方法[4],该方法是通过对基因芯片的ratio值从大到小排序,ratio 是cy3/cy5的比值,又称R/G值。一般0.5-2.0范围内的基因不存在显著表达差异,该范围之外则认为基因的表达出现显著改变。由于实验条件的不同,此阈值范围会根据可信区间应有所调整[5,6]。处理后得到的信息再根据不同要求以各种形式输出,如柱形图、饼形图、点图等。该方法的优点是需要的芯片少,节约研究成本;缺点是结论过于简单,很难发现更高层次功能的线索;除了有非常显著的倍数变化的基因外,其它变化小的基因的可靠性就值得怀疑了;这种方法对于预实验或实验初筛是可行的[7]。此外倍数取值是任意的,而且可能是不恰当的,例如,假如以2倍为标准筛选差异表达基因,有可能没有1条入选,结果敏感性为0,同样也可能出现很多差异表达基因,结果使人认为倍数筛选法是在盲目的推测[8,9]。 1.2 t检验(t-test) 差异基因表达分析的另一种方法是t检验[10],当t超过根据可信度选择的标准时,比较

基因芯片技术的应用现状及展望

基因芯片技术的应用现状及展望 1基因芯片 1.1基本概念和原理 又称DNA 微阵列、DNA 芯片, 通过微加工技术和微电子技术在固体芯片表面构建成的微型生物化学分析系统,能够通过检测 基因的丰度来确定基因的表达模式和表达水平。由于常用硅芯片或玻片作为固相支持物, 并且在制备过程中运用了计算机芯片的制备技术, 所以称为基因芯片技术。基因芯片的工作原理与核酸分子杂交的方法是一致的, 都是运用已知核酸序列作为探针与互补的靶核苷酸序列进行杂交, 然后通过信号检测进行定性和定量分析。与传统的核酸杂交不同的是基因芯片是在一微小的片基如硅片、玻片和塑料片等表面上集成了大量的核酸分子识别探针, 能够在同一时间内平行分析大量的基因, 进行大量信息的筛选与检测, 实现对生物样品快速、并行、高效地进行检测或医学诊断。 1.2研究背景 80 年代初, 科学家提出了固相核酸杂交的设想, Bains等首 先对固相杂交DNA 测序进行了有益的探索; 其后, 俄罗斯、美国及英国的科学家分别报道了用杂交测定核酸序列的方法。1991 年, Affymetrix公司Fodor 等建立了原位光刻合成技术, 为寡核苷酸在片原位合成制作高密度基因芯片奠定了基础, 标志着核酸检测技术已发展到了一个新的阶段。1994年, 俄美科学家共同研制了用于B- 地中海贫血基因突变筛查的基因芯片, 测序的速度提高

了近1 000 倍, 被认为是一种全新的快速测序方法。鉴于基因芯片潜在的巨大商业价值, 90年代中期开始, 国外更多的商业公司加入了芯片开发的行列。1996 年底, Affymetr ix 公司推出可应用的基因芯片和较完整的芯片制造、杂交、扫描及数据分析系统, 其它如GeneralScanningInc、Telechem、Cartesian 等公司亦相继研制出芯片用激光共聚焦扫描仪及分析软件。到目前为止, 芯片技术在基础研究, 尤其是在基因表达方面已得到应用, 而在医学应用方面也已开发出少数基因诊断等相关芯片。但由于芯片和检测系统价格昂贵、专利及许多技术问题还有待解决, 因此目前尚未大规模的应用。在我国, 较早从事基因芯片研究的机构有清华大学、复旦大学、东南大学等。其中, 清华大学处于领先地位, 并得到国家重点支持。其它如东南大学在分子印章法制备高密度基因芯片、复旦大学在硅导电玻璃介质生物芯片制备、西安超群公司在三维立体基因芯片制造等方面也都取得了一定成果。 1.3基因芯片的分型 视分类方法不同可以分为以下几种主要类型: a.无机片基和有机合成物片基的基因芯片 b.原位合成和预先合成然后点样的基因芯片 c.基因表达芯片和DNA测序芯片 另外根据所用探针的类型不同分为cDNA微阵列(或cDNA微阵列芯片)和寡核苷酸阵列(或芯片),根据应用领域不同而制备的专用芯片如毒理学芯片(Toxchip)、病毒检测芯片(如肝炎病

基因芯片数据功能分析

生物信息学在基因芯片数据功能分析中的应用 2009-4-29 随着人类基因组计划(Human Genome Project)即全部核苷酸测序的即将完成,人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(Postgenome Era),向基因的功能及基因的多样性倾斜。通过对个体在不同生长发育阶段或不同生理状态下大量基因表达的平行分析,研究相应基因在生物体内的功能,阐明不同层次多基因协同作用的机理,进而在人类重大疾病如癌症、心血管疾病的发病机理、诊断治疗、药物开发等方面的研究发挥巨大的作用。它将大大推动人类结构基因组及功能基因组的各项基因组研究计划。生物信息学在基因组学中发挥着重大的作用, 而另一项崭新的技术——基因芯片已经成为大规模探索和提取生物分子信息的强有力手段,将在后基因组研究中发挥突出的作用。基因芯片与生物信息学是相辅相成的,基因芯片技术本身是为了解决如何快速获得庞大遗传信息而发展起来的,可以为生物信息学研究提供必需的数据库,同时基因芯片的数据分析也极大地依赖于生物信息学,因此两者的结合给分子生物学研究提供了一条快捷通道。 本文介绍了几种常用的基因功能分析方法和工具: 一、GO基因本体论分类法 最先出现的芯片数据基因功能分析法是GO分类法。Gene Ontology(GO,即基因本体论)数据库是一个较大的公开的生物分类学网络资源的一部分,它包含38675 个Entrez Gene注释基因中的17348个,并把它们的功能分为三类:分子功能,生物学过程和细胞组分。在每一个分类中,都提供一个描述功能信息的分级结构。这样,GO中每一个分类术语都以一种被称为定向非循环图表(DAGs)的结构组织起来。研究者可以通过GO分类号和各种GO数据库相关分析工具将分类与具体基因联系起来,从而对这个基因的功能进行描述。在芯片的数据分析中,研究者可以找出哪些变化基因属于一个共同的GO功能分支,并用统计学方法检定结果是否具有统计学意义,从而得出变化基因主要参与了哪些生物功能。 EASE(Expressing Analysis Systematic Explorer)是比较早的用于芯片功能分析的网络平台。由美国国立卫生研究院(NIH)的研究人员开发。研究者可以用多种不同的格式将芯片中得到的基因导入EASE 进行分析,EASE会找出这一系列的基因都存在于哪些GO分类中。其最主要特点是提供了一些统计学选项以判断得到的GO分类是否符合统计学标准。EASE 能进行的统计学检验主要包括Fisher 精确概率检验,或是对Fisher精确概率检验进行了修饰的EASE 得分(EASE score)。 由于进行统计学检验的GO分类的数量很多,所以EASE采取了一系列方法对“多重检验”的结果进行校正。这些方法包括弗朗尼校正法(Bonferroni),本杰明假阳性率法(Benjamini falsediscovery rate)和靴带法(bootstraping)。同年出现的基于GO分类的芯片基因功能分析平台还有底特律韦恩大学开发的Onto-Express。2002年,挪威大学和乌普萨拉大学联合推出的Rosetta 系统将GO分类与基因表达数据相联系,引入了“最小决定法则”(minimal decision rules)的概念。它的基本思想是在对多张芯片结果进行聚类分析之后,与表达模式

基因芯片技术的应用和发展趋势

基因芯片技术的应用和发展趋势 随着基因芯片技术的日渐成熟, 在功能基因组、疾病基因组、系统生物学等领域中得到了广泛的应用, 已经发表了上万篇研究论文, 每年发表的论文呈现增长的趋势. 芯片制备技术极大地推进了生物芯片的发展, 从实验室手工或机械点制芯片到工业化原位合成制备, 从几百个点的芯片到几百万点的高密度芯片, 生物芯片从一项科学成为一项技术, 被越来越多的研究者广泛运用. 各个实验室不断产生海量的杂交数据, 相同领域的研究者需要比较不同实验平台产生的数据, 作为基于分子杂交原理的高通量技术, 芯片实验的标准化、可信度、重现性和芯片结果是否能作为定量数据等问题成为所有的芯片使用者关心的课题. 迈阿密原则和微阵列质量控制系列研究回答了这两个问题. 迈阿密原则(Minimum Information About a Micro- array Experiment, MIAME, 微阵列实验最小信息量)提出了生物芯片标准化的概念, 该原则的制定使世界各地实验室的芯片实验数据可以为所有的研究者共享. 同 时, 美国国家生物信息学中心(NCBI)和位于英国的欧洲生物信息学研究所(EBI)也建立了GEO ( https://www.360docs.net/doc/b24333631.html,/geo/)和ArryExpress (http:// ;https://www.360docs.net/doc/b24333631.html,/arrayexpress/)公共数据库, 接受和储存全球研究者根据迈阿密原则提交的生物芯片数据, 对某项研究感兴趣的研究人员可以下载到相关课题的芯片原始数据进行分析. 2006年美国FDA联合多个独立实验室进行了MAQC系列实验(micro array quality control, MAQC), 旨在研究目前所使用的芯片平台的质量控制. 该研究的12篇系列文章发表在2006年9月份的Nature Biotechnology 上, 用严格的实验分析了目前主流芯片平台数据质量, 芯片数据和定量PCR结果之间的相关性, 芯片数据均一化方法, 不同芯片平台之间的可重现性. 证明了不同芯片平台产生的数据具有可比性和可重现性, 各种芯片平台之间的系统误差远远小于人为操作和生物学样品之间本身的差异, 肯定了芯片数据的可信性, 打消了以往对芯片数据的种种猜疑, 明确了基于杂交原理的芯片同样可以作为一种定量的手段. 推动了生物芯片技术在分子生物学领域更广泛的应用. 生物信息学和统计学是在处理基因芯片产生的海量数据中必不可少的工具. 随着芯片应用的推进, 芯片数据分析的新理论和新算法不断地被开发出来, 这些方法帮助生物学家从海量的数据里面快速筛选出差异表达的基因. 一次芯片实验获得的是成千上万个基因的表达信息, 任何一种单一的分析方法都很难将所有蕴含在数据中的生物学信息全部提取出来, 从近年来生物信息学研究的趋势来看, 目前研究的重点开始转向芯片数据储存、管理、共享和深度信息挖掘, 旨在从芯片数据中获得更多的生物学解释, 而不再停留在单纯的差异表达基因筛选上。 目前基因芯片的制备向两个主要方向发展. 第一, 高密度化, 具体表现为芯片密度的增加, 目前原位合成的芯片密度已经达到了每平方厘米上千万个探针. 一张芯片上足以分析一个物种的基因组信息. 第二, 微量化, 芯片检测样品的微量化, 目前芯片检测下限已经能达到纳克级总RNA水平, 这为干细胞研究中特别是IPS干细胞对单个细胞的表达谱研究提供了可能. 另一方面, 微量化也体现芯片矩阵面积的微量化, 即在同一个芯片载体上平行的进行多个矩阵的杂交, 大大减少系统和批次可能带来的差异, 同时削减实验费用. 微阵列技术改变了生物学研究的方法, 使得微量样品快速高通量的分析成为可能, 从单个基因的研究迅速扩展到全基因组的系统生物学研究. 微阵列技术帮助生物学研究进入后基因组时代, 研究成果层出不穷。 2001年国家人类基因组南方研究中心韩泽广博士研究小组利用cDNA芯片对肝癌和正常组织中的12393个基因和EST序列进行了表达谱筛查, 其中发现了2253个基因和EST在肝癌中发生了差异表达, 并对这些差异基因的信号通路进行了分析, 发现WNT信号通路在肝癌的发生中出现了表达异常. 2002年中国科学院神经科学研究所张旭博士研究组利用表达谱芯片对大鼠外周神经损伤模型背根神经节的基因表达进行了研

基因芯片数据处理流程与分析介绍

基因芯片数据处理流程与分析介绍 关键词:基因芯片数据处理 当人类基因体定序计划的重要里程碑完成之后,生命科学正式迈入了一个后基因体时代,基因芯片(microarray) 的出现让研究人员得以宏观的视野来探讨分子机转。不过分析是相当复杂的学问,正因为基因芯片成千上万的信息使得分析数据量庞大,更需要应用到生物统计与生物信息相关软件的协助。要取得一完整的数据结果,除了前端的实验设计与操作的无暇外,如何以精确的分析取得可信数据,运筹帷幄于方寸之间,更是画龙点睛的关键。 基因芯片的应用 基因芯片可以同时针对生物体内数以千计的基因进行表现量分析,对于科学研究者而言,不论是细胞的生命周期、生化调控路径、蛋白质交互作用关系等等研究,或是药物研发中对于药物作用目标基因的筛选,到临床的疾病诊断预测,都为基因芯片可以发挥功用的范畴。 基因表现图谱抓取了时间点当下所有的动态基因表现情形,将所有的探针所代表的基因与荧光强度转换成基本数据(raw data) 后,仿如尚未解密前的达文西密码,隐藏的奥秘由丝丝的线索串联绵延,有待专家抽丝剥茧,如剥洋葱般从外而内层层解析出数千数万数据下的隐晦含义。 要获得有意义的分析结果,恐怕不能如泼墨画般洒脱随兴所致。从raw data 取得后,需要一连贯的分析流程(图一),经过许多统计方法,才能条清理明的将raw data 整理出一初步的分析数据,当处理到取得实验组除以对照组的对数值后(log2 ratio),大约完成初步的统计工作,可进展到下一步的进阶分析阶段。

图一、整体分析流程。基本上raw data 取得后,将经过从最上到下的一连串分析流程。(1) Rosetta 软件会透过统计的model,给予不同的权重来评估数据的可信度,譬如一些实验操作的误差或是样品制备与处理上的瑕疵等,可已经过Rosetta error model 的修正而提高数据的可信值;(2) 移除重复出现的探针数据;(3) 移除flagged 数据,并以中位数对荧光强度的数据进行标准化(Normalized) 的校正;(4) Pearson correlation coefficient (得到R 值) 目的在比较技术性重复下的相似性,R 值越高表示两芯片结果越近似。当R 值超过0.975,我们才将此次的实验结果视为可信,才继续后面的分析流程;(5) 将技术性重复芯片间的数据进行平均,取得一平均之后的数据;(6) 将实验组除以对照组的荧光表现强度差异数据,取对数值(log2 ratio) 进行计算。 找寻差异表现基因 实验组与对照组比较后的数据,最重要的就是要找出显著的差异表现基因,因为这些正是条件改变后而受到调控的目标基因,透过差异表现基因的加以分析,背后所隐藏的生物意义才能如拨云见日般的被发掘出来。 一般根据以下两种条件来筛选出差异表现基因:(i) 荧光表现强度差异达2 倍变化(fold change 增加2 倍或减少2倍) 的基因。而我们通常会取对数(log2) 来做fold change 数值的转换,所以看的是log2 ≧1 或≦-1 的差异表现基因;(ii) 显著值低于0.05 (p 值< 0.05) 的基因。当这两种条件都符合的情况下所交集出来的基因群,才是显著性高且稳定的差异表现基因。

基因芯片技术的研究进展与前景

基因芯片技术的研究进展与前景 摘要 关键词基因芯片,遗传性疾病,基因组计划, 一、基因芯片技术的产生背景 基因芯片技术是伴随着人类基因组计划而出现的一项高新生物技术。2001年6月公布了人类基因组测序工作草图;2002年出发飙了较高精确度和经过详细注解的人类基因组研究结果;2004年10月发表了已填补基因组中许多Gap片段的更精确的人类全基因组序列,标志人类基因组计划的完成和新时代的开始。随着人类基因组计划的开展,也同时进行了模式生物基因组测序工作。动物、植物、细菌及病毒基因组等测序工作都已取得重大进展。 随着各种基因组计划的实施和完成(有的即将完成),一个庞大的基因数据库已经建成。怎样从海量的基因信息中发掘基因功能。如何研究成千上万基因在生命过程中所担负的角色;如何开发利用各种基因组的研究成果,将基因的序列与功能关联起来,认识基因在表达调控、机体分化等方面的生物学意义;解释人类遗传进化、生长发育、分化衰老等许多生命现象的奥秘;深入了解疾病的物质基础及发生、发展过程;开发基因诊断、治疗和基因工程药物并用来预防诊断和治疗人类几千种遗传性疾病……这些都将成为现代生物学面临的最大挑战。这样的背景促使人们研究和开发新的技术手段来解决后基因组时代面临的一系列关键问题。20世纪90年代初,为适应“后基因组时代”的到来,产生了一项新的技术,即以基因芯片为先导的生物芯片技术。 二、基因芯片的概念 基因芯片(又称DNA芯片、DNA微阵列)技术是基于核酸互补杂交原理研制的。该技术指将大量(通常每平方厘米点阵密度高于400 )探针分子固定于支持物上后与有荧光素等发光物质标记的样品DNA或RNA分子进行杂交,通过检测每个探针分子的杂交信号强度进而获取样品分子的数量和序列信息,从而对基因表达的量及其特性进行分析。通俗地说,就是通过微加工技术,将数以万计、乃至百万计的特定序列的DNA片段(基因探针),有规律地排列固定于2cm2的硅片、玻片等支持物上,构成的一个二维DNA探针阵列,与计算机的电子芯片十分相似,只是在固相基质上古高度集成的不是半导体管,而是成千上万的网格状密集排列的基因探针,所以被称为基因芯片。 三、基因芯片技术的分类 1 根据功能分类:基因表达谱芯片和DNA测序芯片两类。基因表达图谱芯片可以将克隆的成千上万个基因特异的探针或其cDNA片段固定在一块DNA芯片上,对于来源不同的个体、组织、细胞周期、发育阶段、分化阶段、病变、刺激(包括不同诱导、不同治疗手段)下的细胞内mRNA或反转录后产生的cDNA进行检测,从而对这个基因表达的个体特异性、组织特异性、发育阶段特异性、分化阶段特异性、病变特异性、刺激特异性进行综合的分析和判断,迅速将某个或某几个基因与疾病联系起来,极大地加快这些基因功能的确定,同时可进一步研究基因与基因间相互作用的关系,DNA测序芯片则是基于杂交测序发展起来的。其原理是任何线状的单链DNA或RNA序列均可裂解成一系列碱基数固定、错落而重叠的寡核苷酸,如能把原序列所有这些错落重叠的寡核苷酸序列全部检测出来,就可据此重新组建出新序列。 2 根据基因芯片所用基因探针的类型不同,可分为cDNA微阵列和寡核苷酸微阵

基因芯片技术基本过程

基因芯片技术基本过程 1 DNA方阵的构建 选择硅片、玻璃片、瓷片或聚丙烯膜、尼龙膜等支持物,并作相应处理,然后采用光导化学合成和照相平板印刷技术可在硅片等表面合成寡核苷酸探针;(2)或者通过液相化学合成寡核苷酸链探针,或PCR技术扩增基因序列,再纯化、定量分析,由阵列复制器(arraying and replicating device ARD),或阵列机(arrayer)及电脑控制的机器人,准确、快速地将不同探针样品定量点样于带正电荷的尼龙膜或硅片等相应位置上,再由紫外线交联固定后即得到DNA微阵列或芯片。 2 样品DNA或mRNA的准备。 从血液或活组织中获取的DNA/mRNA样品在标记成为探针以前必须进行扩增提高阅 读灵敏度。Mosaic Technologies公司发展了一种固相PCR系统,好于传统PCR技术,他们在靶DNA上设计一对双向引物,将其排列在丙烯酰胺薄膜上,这种方法无交叉污染且省去液相处理的繁锁;Lynx Therapeutics公司提出另一个革新的方法,即大规模平行固相克隆(massively parallel solid-phase cloning)这个方法可以对一个样品中数以万计的DNA片段同时进行克隆,且不必分离和单独处理每个克隆,使样品扩增更为有效快速。 在PCR扩增过程中,必须同时进行样品标记,标记方法有荧光标记法、生物素标记法、同位素标记法等。 3 分子杂交 样品DNA与探针DNA互补杂交要根据探针的类型和长度以及芯片的应用来选择、优化杂交条件。如用于基因表达监测,杂交的严格性较低、低温、时间长、盐浓度高;若用于突变检测,则杂交条件相反。芯片分子杂交的特点是探针固化,样品荧光标记,一次可以对大量生物样品进行检测分析,杂交过程只要30min。美国Nangon公司采用控制电场的方式,使分子杂交速度缩到1min,甚至几秒钟(6)。德国癌症研究院的Jorg Hoheisel等认为以肽核酸(PNA)为探针效果更好。

生物芯片技术的研究现状及发展前景

学士学位论文(设计) 文献综述 题目 生物芯片技术的研究现状及发展前景Biological Chip Technology The Present Research Situation and Development Prospect 姓名学号 院系专业生命科学院生物工程指导教师职称 中国·武汉 二○一二年三月

目录 摘要................................................................................................................................I 关键词 ..............................................................................................................................I Abstract ............................................................................................................................II Key words ........................................................................................................................II 1 生物芯片技术的概念及类型 (1) 1.1生物芯片技术的概念 (1) 1.2生物芯片技术的分类 (1) 2生物新品技术的发展状况 (2) 2.1生物芯片技术国外状况 (2) 2.2生物芯片技术国内状况 (3) 3生物芯片技术的问题及发展方向 (3) 3.1生物芯片技术存在的问题 (3) 3.2生物芯片技术的发展方向 (4) 4结语 (4) 参考文献 (6) 致谢 (7)

基因芯片实验原理与方法

基因芯片(Gene Chip,DNA Chip),又称DNA微阵列(DNA Micorarray), 是指按照预定位置固定在固相载体上很小面积内的千万个核酸分子所组 成的微点阵阵列。在一定条件下,载体上的核酸分子可以与来自样品的 序列互补的核酸片段杂交。如果把样品中的核酸片段进行标记,在专用的芯片阅读仪上就可以检测到杂交信号。 详细 实验方法 ?基因芯片实验原理与方法 实验材料 ?组织或细胞样本 试剂、试剂盒 ?Oligo-dT (T15) - Roche ?dNTPs ?RNasin ?Superscript II ?Cot-1 DNA ?EDTA ?NaOH ?Tris 仪器、耗材 ?扫描仪:ScanArray 3000 ?图像处理软件:Genepix 3.0 ?Cartesian 7500点样仪 ?硅烷化玻片 ?PCR仪器 ?Scan Microarray 一、目的 本实验的目的是学会cDNA芯片的使用方法。了解各种基因芯片的基本原理和优缺点。 基因芯片这一技术方法在1991年的Science杂志上被首次提出,其高通量、并行检测的特点适应了分析人类基因组计划所提供的海量的基因序列信息的需要,

可以说,人类基因组计划是基因芯片技术发展的原因,而对深人研究基因突变和基因表达的有效方法的需求又是促进基因芯片技术发展的动力。 由于基因芯片高速度、高通量、集约化和低成本的特点,基诞生以来就受到科学界的广泛关注,正如晶体管电路向集成电路发展的经历一样,分子生物学技术的集成化正在使生命科学的研究和应用发生一场革命。 根据固定在芯片载体上的核酸分子的不同,基因芯片可以分为cDNA芯片和寡核昔酸芯片等。寡核昔酸芯片主要基于光引导聚合技术,该技术是Affymetrix公司开发的专利技术,由于其突出的优点,正得到越来越广泛的应用。 二、原理 基因芯片(Gene Chip,DNA Chip),又称DNA微阵列(DNA Micorarray),是指按照预定位置固定在固相载体上很小面积内的千万个核酸分子所组成的微点阵阵列。在一定条件下,载体上的核酸分子可以与来自样品的序列互补的核酸片段杂交。如果把样品中的核酸片段进行标记,在专用的芯片阅读仪上就可以检测到杂交信号。 基因芯片技术主要包括四个主要步骤:芯片制备、样品制备、杂交反应和信号检测和结果分析。 1、芯片制备-目前制备芯片主要以玻璃片或硅片为载体,采用原位合成和微矩阵的方法将寡核苷酸片段或cDNA作为探针按顺序排列在载体上。芯片的制备除了用到微加工工艺外,还需要使用机器人技术。以便能快速、准确地将探针放置到芯片上的指定位置。 2、样品制备-生物样品往往是复杂的生物分子混合体,除少数特殊样品外,一般不能直接与芯片反应,有时样品的量很小。所以,必须将样品进行提取、扩增,获取其中的蛋白质或DNA、RNA,然后用荧光标记,以提高检测的灵敏度和使用者的安全性。 3、杂交反应-杂交反应是荧光标记的样品与芯片上的探针进行的反应产生一系列信息的过程。选择合适的反应条件能使生物分子间反应处于最佳状况中,减少生物分子之间的错配率。 4、信号检测和结果分析-杂交反应后的芯片上各个反应点的荧光位置、荧光强弱经过芯片扫描仪和相关软件可以分析图像,将荧光转换成数据,即可以获得有关生物信息。 目前,基因芯片主要由寡核苷酸芯片和cDNA芯片两大类组成。以下分别介绍这两类芯片的基本原理和特点: 寡核苷酸芯片(Oligonucleotides Chip)

Bioconductor基因芯片数据分析系列(一):数据的读取

Bioconductor基因芯片数据分析系列(一):R包中数据的读取 R软件的Bioconductor包是分析芯片数据的神器,今天小编打算推出芯片数据的系列教程。首先讲数据读取,以CLL数据包中的数据为例。 打开R studio。 #安装所需的R包以及CLL包,注意大小写,一般函数都是小写的 source("https://www.360docs.net/doc/b24333631.html,/biocLite.R"); biocLite(“CLL”) 图1.显示已经安装好Bioconductor了,版本为3.4 #打开CLL包 library(CLL)

图2.显示打开CLL成功

图3.右侧栏内可见看到目前载入的程序包 data(CLLbatch) #调用RMA算法对数据预处理 CLLrma<-rma(CLLbatch) #读取处理后所有样品的基因表达值 e<- exprs(CLLrma) #查看数据 e 我们可以看到,CLL数据集中共有24个样品(CLL10.CEL, CLL11.CEL, CLL12.CEL, 等),此数据集的病人分为两组:稳定组和进展组,采用的设计为两组之间的对照试验(Control Test)。从上面的结果可知,Bioconductor具有强大的数据预处理能力和调用能力,仅仅用了6行代码就完成了数据的读取及预处理。

Bioconductor基因芯片数据分析系列(二):GEO下载数据CEL的读取首先得下载一个数据,读取GEO的CEL文件采用如下命令: 登陆pubmed,找到一个你感兴趣的数据库

在底下栏目下载CEL文件 打开R软件 #安装所需的R包以及CLL包,注意大小写,一般函数都是小写的 source("https://www.360docs.net/doc/b24333631.html,/biocLite.R"); biocLite(“CLL”) >library(affy) >affybatch<- ReadAffy(celfile.path = "GSE36376_RAW") 请注意目录的路径,在window下,反斜杠‘\’要用转义字符“\\”表示。 然后可以使用RMA或者MAS5等方法对数据进行background.correction, normaliztion, pm.correct等等一系列处理。如果你一切用默认参数,则可以使用如下命令: >eset<- rma(affybatch),or eset<- mas5(affybatch) >exp<- exprs(eset) exp就是数字化的表达谱矩阵了 请注意,rma只使用匹配探针(PM)信号,exp数据已经进行log2处理。mas5综合考虑PM和错配探针(MM)信号,exp数据没有取对数。 下一期就得等到2017年春节期间啦,敬请期待~ 另外一种是直接利用GEO上面的GEO2R按钮里面的R script下载文件: # Version info: R 3.2.3, Biobase 2.30.0, GEOquery 2.40.0, limma 3.26.8 # R scripts generated Mon Dec 26 06:54:42 EST 2016 Server: https://www.360docs.net/doc/b24333631.html, Query: acc=GSE36376&platform=GPL10558&type=txt&groups=&color s=&selection=XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX&padj=fdr&logtransform=auto&col umns=ID&columns=adj.P.Val&columns=P.Value&columns=F&c

基因芯片技术论文

生物技术导论 ——基因芯片技术

基因芯片技术 摘要:基因芯片技术具有无可比拟的高效、快速和多参量特点,使其进行基因研究、法医鉴定、疾病检测和药物筛选等方面远远超过了传统方式方法在不远的将来,用它制作的微缩分析仪将广泛地应用于分子生物学、医学基础研究、临床诊断治疗、新药开发、司法鉴定、食品卫生监督、生物武器战争等领域。 关键字:基因芯片简介、基因芯片的种类、基因芯片技术、基因芯片的应用技术举例及其应用领域 一、基因芯片简介 基因芯片(Gene Chip)通常指DNA芯片,其基本原理是将指大量寡核苷酸分子固定于支持物上,然后与标记的样品进行杂交,通过检测杂交信号的强弱进而判断样品中靶分子的数量,是在90年代中期发展出来的高科技产物。基因芯片大小如指甲盖一般,其基质一般是经过处理后的玻璃片。每个芯片的基面上都可划分出数万至数百万个小区。在指定的小区内,可固定大量具有特定功能、长约20个碱基序列的核酸分子(也叫分子探针)。 二、基因芯片的种类 基因芯片产生的基础则是分子生物学、微电子技术、高分子化学合成技术、激光技术和计算机科学的发展及其有机结合。根据基因芯片制造过程中主要技术的区别,以下是主要的三类基因芯片。 (1)光引导原位合成技术生产寡聚核苷酸微阵列 它采用了照相平板印刷技术技术结合光引导原位寡聚核苷酸合成技术制作DNA芯片,生产过程同电子芯片的生产过程十分相似。采用这种技术生产的基因芯片可以达到1×106/cm2的微探针排列密度,能够在一片1厘米多见方的片基上排列几百万个寡聚核苷酸探针。它不仅可用于寡聚核苷酸的合成,也可用于合成寡肽分子,为合成高密度核酸探针及短肽列阵提供了一条快捷的途径。 (2)微电子芯片 微电子基因芯片,其基质全部以硅、锗与基础的半导体材料,在其上构建25-400个微铂电极位点,各位点可由计算机独立或组合控制。它通过相似微电极的电场变化来使核酸结合,由于引入“电子严谨度”参数使芯片检测通过靶、探针序列特征和使用者要求来控制杂交过程中的严格性。 (3)微量点样技术 使用这种方法生产的芯片上探针不受探针分子大小种类的限制,能够灵活机动地根据使用者的要求制作出符合目的的芯片。由于对检测仪的要求很高,其使用范围受到很大限制

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