生物信息学与次生代谢产物

?
原文中是 否漏掉了 一个合成 域
X
stro2550
起始底物如果为 赖氨酸需要修饰 两个官能团
根据文章公布的 基因簇序列，在 附近只发现一个 赖氨酸6-单氧酶， 且比对结果非常 的低，大多数基 因都未知。
起始底物为甘氨酸而非赖氨酸？
通过下载测序数据我们重复了推理过程
http://antismash.secondarymetabolites.org/
orf00019: Minowa prediction, AT1: mal
orf00032: Minowa prediction, AT1: mal
PKS code prediction, AT1: mal
天然代谢产物 与生物信息学
陈璟
2012.11.06
主要内容
1、天然产物的预测 2.PKS/NRPS中的生物信息学 3、案例
隐形生物合成基因簇
隐形生物合成基因簇（cryptic gene clusters）又叫做孤儿 基因簇（Orphan gene clusters） ， 是指那些编码未知产物的 基因簇，它们通常情况下处于沉默状态，不被表达。以 genome mining、date mining为手段的生物信息学方法被认识 是发现和挖掘这些隐形生物合成基因簇的有力方法。 （Gross ,et al.2007）
聚酮类 化合物
所有的FAS都有同样的组成（KS ACP KR DH ER TE）和一个协 助者MAT。 整个通路有两个模块，一个是乙酸盐（链起始）， 一个是丙二酸盐（链的延伸）
脂肪酸代谢途径
聚酮类 合成的 途径
ຫໍສະໝຸດ Baidu霉素 合成基 因簇
I型 PKS
PKS-黄曲霉毒素
迭代型 PKS
Ⅲ型PKS 查尔酮型
PKS code prediction, AT1: mal
Prediction details KR activity, KR1: active KR stereochemistry, KR1: ? Minowa prediction, AT2: mal PKS code prediction, AT2: mal Prediction details KR activity, KR2: active KR stereochemistry, KR2: ? orf00033: Minowa prediction, AT1: mal PKS code prediction, AT1: mal Prediction details KR activity, KR1: active KR stereochemistry, KR1: B1 Minowa prediction, AT2: mal PKS code prediction, AT2: mal Prediction details KR activity, KR2: active KR stereochemistry, KR2: ?
NRPS及PKS-NRPS杂合
PKS/NRPS 中的生物 信息学
http://www.nii.res.in/pksdb.html
PKS-NRPS相关数据库
workflow
基于基因组序列的产物预测
10376–10381 PNAS June 19, 2007 vol. 104 no. 25 www.pnas.orgc gidoi10.1073pn as.0700962104
Prediction details KR activity, KR1: active KR stereochemistry, KR1: ? Minowa prediction, AT2: mmal PKS code prediction, AT2: mmal Prediction details KR activity, KR2: active KR stereochemistry, KR2: B1 Minowa prediction, AT3: mmal PKS code prediction, AT3: mmal Prediction details KR activity, KR3: active KR stereochemistry, KR3: B1 Minowa prediction, AT4: mal PKS code prediction, AT1: mmal PKS code prediction, AT4: mal Prediction details Prediction details KR activity, KR1: active KR activity, KR4: active KR stereochemistry, KR1: ? KR stereochemistry, KR4: B1 orf00031: Minowa prediction, AT1: mmal orf00030: Minowa prediction, AT1: mal PKS code prediction, AT1: mal Prediction details KR activity, KR1: active KR stereochemistry, KR1: B1 Minowa prediction, AT2: mal PKS code prediction, AT2: mal Prediction details KR activity, KR2: active KR stereochemistry, KR2: B1
Applied Microbiology and Biotechnology , 2007, 75 (2) : 267-277
Genome mining技术分离天然产物的 策略
聚酮类化合物(polyketide，PK)和非核糖体多肽(nonribosomal peptide，NRP)都是 一大类由细菌、真菌和植物将低聚物通过连续的缩合反应产生的天然产物，是当前国 际化学与生物学交叉学科研究的热点之一，也正在发展成为药物创新超常规的重要手 段。红霉素(erythromycin)、西罗莫司(sirolimus,rapamycin)、利福霉素(rifamycin)、洛 伐他汀、黄曲霉素、伏马菌素等。