教你使用数据库文稿演示

问题：
1. 这是哪个基因？ 2. 编码的蛋白质序列是怎样的？ 3. 有没有保守的功能结构域 (domain)？ 4. 它的功能是怎样的？ 5. 它在真核生物中保守吗？ 6. 有没有三级结构信息？
NCBI: BLAST
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
nucleotide blast
GenBank数据格式
Accession number
序列长度
数据类型
Definition: 标题
版本号
GI number
GenBank的数据类型
UniProt数据格式
Accession number
FASTA格式
4. 序列数据的查询
某天，Prof. Gene发现人的Hela细胞中，有丝分裂 期间有异常情况：细胞不再分裂，而是开始凋亡(Fra Baidu bibliotek 型，phenotype)，通过实验的方法(例如，酵母双杂 交)，发现了与有丝分裂期间某个蛋白可能相互作用 的一个基因，测序结果如下(genotype)：
2. 初步的功能分析：细胞周期，caspase酶 的抑制因子，等等。
NM_001168.2：Survivin
基因组测序：两种方案
1. DNA片段在染色体上的位置、方向已知。 首先染色体被打断成150kbp左右的片段， 然后克隆到BACs中，再进一步打碎，克隆， 测序，组装。
2. “鸟枪法”，shotgun，随机将DNA片段打 碎，克隆，测序，组装。DNA片段在染色 体上的位置和方向未知。
2. 序列数据的存储
2. 序列从Refseq数据库中得到; 3. 详尽的注释信息，包括基因在基因组的定位，
基因名称、蛋白质名称，基因结构，等等。
UniProt
1. 专家审核的蛋白质序列数据与知识库； 2. UniProt Knowledgebase：Release 12.1，
2007.08 3. 包括：
Swiss-Prot Release 54.1 of 21-Aug-2007: 277883 entries;
插入到BAC (Bacterial Artificial Chromosome)中。再随机打 断，克隆，然后再组装成长的序列(contig)。 3. EST (Expressed sequence tag) 测序：细胞中mRNA反转录 成cDNA，方向不定，测序。 4. UniGene: 为每一个基因创造一个唯一的条目，收集这个 基因所有的ESTs. 5. GSS (基因组测序序列)：类似于ESTs，来源基因组。 6. HTG (高通量基因组序列)：高通量、尚未完工的DNA序列。
CCCCTGCCTGGCAGCCCTTTCTCAAGGACCACCGCATCTCTACATTCAAGA ACTGGCCCTTCTTGGAGGGCTGCGCCTGCACCCCGGAGCGGATGGCCGA GGCTGGCTTCATCCACTGCCCCACTGAGAACGAGCCAGACTTGGCCCAGT GTTTCTTCTGCTTCAAGGAGCTGGAAGGCTGGGAGCCAGATGACGACCCC ATAGAGGAACATAAAAAGCATTCGTCCGGTTGCGCTTTCCTTTCTGTCAAGA AGCAGTTTGAAGAATTAACCCTTGGTGAATTTTTGAAACTGGACAGAGAAAG AGCCAAGAACAAAATTGCAAAGGAAACCAACAATAAGAAGAAAGAATTTGAG GAAACTGCGGAGAAAGTGCGCCGTGCCATCGAGCAGCTGGCTGCCATGGA TTGAGGCCTCTGGC
TrEMBL Release 37.1 of 21-Aug-2007: 4754787 entries
Swiss-Prot Release 54.1
TrEMBL Release 37.1
3. 序列数据的文件格式
1. DNA/RNA/氨基酸代码的标识 2. GenBank数据格式 3. UniProt 4. FASTA
Megablast: 找基因序列
输入序列
提交序列
NM_001168.2：Survivin
Geo: 基因表达信息
UniGene Gene info：基因信息
Survivin
Gene info: 17号染色体
功能注释：Gene Ontology
结论1
1. 该基因为人的Survivin基因，染色体定 位：17号染色体，73721872-73733311；基 因标识符：NM_001168.2;
1. 提供高质量的，无冗余的，完整的序列 信息；
2. 包括基因组的DNA,转录成的RNA以及蛋 白质序列信息。
3. 序列文件的标识符： DNA/RNA序列，NM_XXXXXX； 蛋白质序列：NP_XXXXXX
NCBI Gene
1. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=gene
三大数据库之间的联系
161.0版，2007.08
GenBank中测序最多的20个物种
dbEST: 表达序列标签数据库
2007.08，总序列45,660,524条，最多的20个物种如下
UniGene: An Organized View of the Transcriptom
Refseq数据库
1. 核酸三大数据库：GenBank, EBI, DDBJ. 2. Ensembl数据库：基因组注释。 3. ESTs数据库； 4. UniGene数据库 5. Refseq数据库； 6. NCBI的Gene信息数据库; 7. 蛋白质序列：
Swissprot/TrEMBL/UniProt数据库。
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（优选）教你使用数 据库
生物信息学
第三讲：序列的采集、存储 和查询
本章内容提要
1. DNA测序 2. 序列数据的存储 3. 序列数据的文件格式 4. 序列数据的查询
1. DNA测序
1. DNA一次测序的长度为500bp。 2.基因组的测序方案：将大的染色体打断成100kbp的片断，