蛋白质组中心 质谱数据分析

串联质谱结果报告
二级质谱图
一级质谱图
从一级质谱图里 选出部分峰做二
级质谱
蛋白点编号
串联质谱结果报告
理论分子量 理论等电点
蛋白名称
蛋白GI号
串联质谱匹 配的序列
串联质谱离 子得分
可信度
蛋白的选择Leabharlann ❖ 一般protein score大于60分的结果或者单个 肽段得分超过30的结果就比较可信。
❖ 对于一次鉴定得到多个蛋白得分均超过60分 的以得分最高的最为可信。
蛋白质质谱鉴定流程
样品
酶解
酶解片断
序列数据库
PMF 肽指纹图谱
一级质谱
成功鉴定
PSMs及后筛选
对库 检索
串联质谱
未知蛋白
De-novo 序列分析
肽指纹图谱（PMF）鉴定
❖ PMF（Peptide Mass Fingerprinting）是根据 一级质谱（MS）所测酶解片段的精确分子质 量鉴定蛋白质的一种方法。
❖ 也可用根据protein score 的C.I.%来判断，该 参数是一个可信度的评价，一般以超过95% 作为鉴定结果可靠的标准。
蛋白信息查询
❖ 一般根据蛋白名称可以了解该蛋白的大致功 能
❖ 使用该蛋白的GI号码可以到NCBI数据库进一 步查的该蛋白的信息
❖ 对于未知蛋白，可以采用BLAST或者其它功 能预测软件预测该蛋白的功能。
二级质谱鉴定
❖ 质谱仪选择一级质谱中的一个峰，让这些峰 所代表的离子高速撞击质谱仪中的惰性气体， 使其肽键断裂，并对库搜索鉴定蛋白质。
❖ 常用MALDI-TOF／TOF仪器进行。
优点与缺点
优点： ❖ 鉴定准确度更高，可以得到蛋白的序列 ❖ 可以实现多个蛋白的鉴定
缺点： ❖ 增加了一步操作 ❖ 算法更复杂，而且需要更多的操作经验
❖ 一般采用MALDI-TOF仪器进行。因为MALDI 质谱图中的离子一般只带一个电荷，比较容 易计算。
❖ 其原理就是利用了蛋白序列数据库中的多肽 质量的信息与实际测得的质量信息进行对比 而实现鉴定。
优点与缺点
优点： ❖ 是用一级质谱鉴定蛋白质的经典方法，算法
简单，速度快
缺点： ❖ 质量相近的多肽增加匹配难度 ❖ 无法实现混合蛋白的鉴定