《生物信息学》PPT课件
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➢ 对某一基因分析其mRNA序列和蛋白质序列特点，设 计一对RT-PCR引物并说明选择这对引物的理由；写 出克隆此基因编码区的研究策略和技术路线（pGEM-T 克隆载体及pcDNA3.1表达载体）。
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8
数据库
数据库格式：EMBL格式，GenBank格式， ASN.1格式，PIR/CODATA格式
生物信息学
生物信息学概述 生物信息数据库及其应用
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1
生物信息学(bioinformatics)是生物学与计算 机科学以及应用数学等学科相互交叉而形成 的一门学科。它通过对生物学实验数据的获 得、加工、存储、检索与分析，进而达到揭 示数据所蕴含的生物学意义的目的。
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2
生物信息学与生物计算
★ 各种数据库的建立和管理 ★ 数据库接口和检索工具的研制 ★ 研究新算法，发展方便适用的程序
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3
生物信息学与生物实验
★ 实验数据是生物信息学的基础 ★ 生物信息学的指导作用
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4
算法 图形学 图像识别 人工智能 数据库 统计学 计算机模拟 信息理论 语言学 机器人学 软件工程 计算机网络
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25
重要生物信息学中心简介
NIH：National Institute of Health NCBI：National Center of Biotechnology Institute NLM：National Library of Medicine / GenBank, Unigene , Refseq, dbSNP, OMIM
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重要生物信息学中心简介
NIH：National Institute of Health NCBI：National Center of Biotechnology Institute NLM：National Library of Medicine / GenBank, Unigene , Refseq, dbSNP, OMIM
学家之间的沟通
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6
本课程的主要任务
◆ 熟悉与本专业相关的生物信息中心网站
◆ 掌握与本专业相关的重要数据库及相关软 件的使用
◆ 综合运用多种数据库来解析本研究课题中
的具体问题
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7
作业
➢ 应用生物信息学手段预测某一基因的启动子区且分析 其特点，并写出克隆此启动子区的研究策略和技术路 线（pGEM-T 克隆载体及pGL3-Basic 表达载体）。
24
重要生物信息学中心简介
EBI ：European Bioinformatics Institute EMBnet EMBL:European Molecular Biology Laboratory http://embl-heidelberg.de/Services
生物信息学
数据获得 数据解释 基因组图谱 三维结构预测 分子建模 药物设计 同源比较 分子进化 数据库检索 基因预测 仪器设计 数据库构建
计算机科学与数学
分子生物学
生物信息学与计算机科学及分子生物学的联系
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5
生物信息学的发展展望
☆ 理论研究 ☆ 软件的重用和说明 ☆ 集成数据库 ☆ 生物数据的质量监控 ☆ 加强生物学家和计算机科学家以及数
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重要生物信息学中心简介
NIG:National Institute of Genetics DDBJ: DNA Data Bank of Japan http://www.ddbj.nig.ac.jp
EMBL识别标志： GenBank识别字：
ID
LOCUS
AC
ACCESSION
KW
KEYWORDS
RN
REFERRENCE
RA
AUTHORS
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序列格式
FASTA格式 Staden格式 GCG格式 Plain/ROW格式
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10
> Sequence 1
CGTGCAGTGCAGGTGCCAGAACATTTCTCTATCGATAGGTA CCATCCTGACCAGGTGCAGAAATCTTTAAAAGTGTTTCCGC AGGAGTTGCTGGCAATTGCCTCACATTCCTGGCCTTGGCAA AGAATGAATCAACCCACCCTAGATCCCATAAATAGGG
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重要生物信息学中心简介
/~molb470/fall2003/Projects/solorz/index.html
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http://www.kazusa.or.jp
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重要生物信息学中心简介
EBI ：European Bioinformatics Institute EMBnet EMBL:European Molecular Biology Laboratory http://embl-heidelberg.de/Services
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数据库
数据库格式：EMBL格式，GenBank格式， ASN.1格式，PIR/CODATA格式
生物信息学
生物信息学概述 生物信息数据库及其应用
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生物信息学(bioinformatics)是生物学与计算 机科学以及应用数学等学科相互交叉而形成 的一门学科。它通过对生物学实验数据的获 得、加工、存储、检索与分析，进而达到揭 示数据所蕴含的生物学意义的目的。
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生物信息学与生物计算
★ 各种数据库的建立和管理 ★ 数据库接口和检索工具的研制 ★ 研究新算法，发展方便适用的程序
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生物信息学与生物实验
★ 实验数据是生物信息学的基础 ★ 生物信息学的指导作用
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算法 图形学 图像识别 人工智能 数据库 统计学 计算机模拟 信息理论 语言学 机器人学 软件工程 计算机网络
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重要生物信息学中心简介
NIH：National Institute of Health NCBI：National Center of Biotechnology Institute NLM：National Library of Medicine / GenBank, Unigene , Refseq, dbSNP, OMIM
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重要生物信息学中心简介
NIH：National Institute of Health NCBI：National Center of Biotechnology Institute NLM：National Library of Medicine / GenBank, Unigene , Refseq, dbSNP, OMIM
学家之间的沟通
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本课程的主要任务
◆ 熟悉与本专业相关的生物信息中心网站
◆ 掌握与本专业相关的重要数据库及相关软 件的使用
◆ 综合运用多种数据库来解析本研究课题中
的具体问题
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作业
➢ 应用生物信息学手段预测某一基因的启动子区且分析 其特点，并写出克隆此启动子区的研究策略和技术路 线（pGEM-T 克隆载体及pGL3-Basic 表达载体）。
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重要生物信息学中心简介
EBI ：European Bioinformatics Institute EMBnet EMBL:European Molecular Biology Laboratory http://embl-heidelberg.de/Services
生物信息学
数据获得 数据解释 基因组图谱 三维结构预测 分子建模 药物设计 同源比较 分子进化 数据库检索 基因预测 仪器设计 数据库构建
计算机科学与数学
分子生物学
生物信息学与计算机科学及分子生物学的联系
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生物信息学的发展展望
☆ 理论研究 ☆ 软件的重用和说明 ☆ 集成数据库 ☆ 生物数据的质量监控 ☆ 加强生物学家和计算机科学家以及数
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重要生物信息学中心简介
NIG:National Institute of Genetics DDBJ: DNA Data Bank of Japan http://www.ddbj.nig.ac.jp
EMBL识别标志： GenBank识别字：
ID
LOCUS
AC
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KW
KEYWORDS
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REFERRENCE
RA
AUTHORS
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序列格式
FASTA格式 Staden格式 GCG格式 Plain/ROW格式
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> Sequence 1
CGTGCAGTGCAGGTGCCAGAACATTTCTCTATCGATAGGTA CCATCCTGACCAGGTGCAGAAATCTTTAAAAGTGTTTCCGC AGGAGTTGCTGGCAATTGCCTCACATTCCTGGCCTTGGCAA AGAATGAATCAACCCACCCTAGATCCCATAAATAGGG
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重要生物信息学中心简介
/~molb470/fall2003/Projects/solorz/index.html
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完整版课件ppt
http://www.kazusa.or.jp
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重要生物信息学中心简介
EBI ：European Bioinformatics Institute EMBnet EMBL:European Molecular Biology Laboratory http://embl-heidelberg.de/Services