开题报告ppt

转录组学研究是功能基因组学研究的一个重 要手段, 从信使RNA的表达模式上, 转录组学 能够鉴定功能相关的基因簇, 并且在蛋白水平 上提供了在何时、何地、何种水平上特殊的 蛋白积累信息。
4、研究的预期目标 通过查阅大量参考文献，比较分析，归纳 综合，对研究领域和研究现状进行比较科学 和系统的论述。并对世界和国内的转录组学 发展与研究方向进行了解，结合国内的实际 情况以及发展状况，全面掌握转录组学在微 生物群落研究中的发展现状，完成论文。
5 拟采用的研究方法和步骤
由于本文为综述类文章，将会查阅大量文献及研 究性论文，主要运用理论性方法，如归纳法、分析 与综合方法、比较分析法等。
5 拟采用的研究方法和步骤 2.具体步骤 （1）借助网络、图书馆，查阅转录组学相关文献和会议 文摘。 （2）整理、阅读文献，掌握转录组学在微生物群落研究 中的发展现状。 （3）对转录组学及其相关领域进行全面的了解，总结转 录组学的特点及重点发展项目。 （4）结合国内地域、资源和经济发展情况，借鉴国内外 转录组学研究的成功经验，指出转录组学在微生物群落 研究今后的发展方向。
望老师批评指正
此种方法能够直接检测转录的活性基因， 能聚焦于样品中的活性群落，降低群落的复杂 度，因为微生物细胞中产生的rRNA量与微生物 生长活性有直接的关系，因此，此种方法能够 描述微生物群落中的代谢活性成员，转录组学 的目标定位于研究微生物群落功能基因的表达 上，为鉴定和分析微生物群落特异性变种的关 键功能基因提供了新方法。
2、选题意义： 自然界中微生物的复杂多样性的特点，绝大多数 微生物不能通过传统纯培养的方法在培养皿上培养 和分离。研究显示，只有 1% ～ 5% 的微生物可以 在实验室实现纯培养，但是大多数微生物不能通过 传统的、已经设计好的实验方案进行研究。随着基 因组学的发展，越来越多的基因组测序已经完成， 但也出现了新的问题，如基因的功能无法获知、基 因调控和基因互作不清楚，虽然mRNA不是基因表 达的最终产物，但转录是最开始的一步，研究转录 组信息有助于理解基因调控网络。在挖掘微生物所 有基因的同时更应该注重分析其基因的功能。
7已查阅参考文献
[1]宏转录组学在微生物生态学研究中的应用 李晓晖， 李鑫鑫， 张维， 燕永亮， 陈 明， 陆伟（ 中国农业科学院生物技术研究所 ，北京 100081） [2]普洱茶不同发酵时期微生物群落宏转录组学研究 姜姝， 吕杰， 李灏 （北京化工 大学 生命科学与技术学院，北京 100029） [3]元转录组学在微生物群落研究中的应用 金迪， 王加启， 赵圣国， 卜登攀， 孙鹏， 周凌云（中国农业科学院北京畜牧兽医研究所动物营养学国家重点实验室 北京 100193） [4]dRNA-seq 原理及其在原核生物转录组学研究中的应用 侯志伟, 王赟, 高宏, 侯圣伟 1. 中国科学院水生生物研究所, 淡水生态与生物技术国家重点实验室, 武汉 430072; 2. 中国科学院大学, 北京 100049; 3. 河南城建学院生物工程系, 平顶山 467036
来自百度文库
7已查阅参考文献
[5]大刍草苗期转录组 RNA Seq 数据的 de novo 拼接 肖之夏，郑用琏 （华中农业大 学作物遗传改良国家重点实验室 武汉 4 0 7300）
[6]基于高通量测序 454 GS FLX 的丹参转录组学研究 李滢, 孙超, 罗红梅, 李西文 , 牛 云云, 陈士林 (1. 中国医学科学院、北京协和医学院药用植物研究所, 北京 100193; 2. 清华大学化学系, 北京 100084)
[7]基于油桐种子 3 个不同发育时期转录组的油脂合成代谢途径分析 陈昊 1, 2, 蒋桂雄 1,2, 龙洪旭 1,2, 谭晓风 1,2 1. 中南林业科技大学, 经济林培育与保护省部共建教育部重点实验室, 长沙 410004; 2. 中南林业科技大学, 经济林育种与栽培国家林业局重点实验室, 长沙 410004 [8]基于新一代高通量测序的环境微生物转录组学研究进展 蔡元锋 贾仲君* (中国科 学院南京土壤研究所土壤与农业可持续发展国家重点实验室, 南京 210008) [9]Histopathology Change on Immune Organ of Affected Chicken forInfectious Bursal Disease was Repaired by Traditional Chinese Drug ZH AO Juan, H E Dong chang , WU Guo t ao, ZH ANG L i jun, YAO Jing ming, WU Xin, M ENG Do ng x ia ( Institut e o f A nimal H usbandr y and V eterinar y Science, Shanx i A cademy of A gr icultural Science, T aiy uan 030032, China)
3、研究主要内容 转录组学(Metatranscriptomics), 是研究自 然环境中全部微生物的转录组, 包括可培养和 未培养的微生物转录组信息。是一门在整体水 平上研究细胞中基因转录情况及转录调控规律 的学科。简言之, 转录组学是从RNA水平研究 基因表达的情况, 研究整个微生物群落在某一 功能状态下基因组产生的全部转录物的种类、 结构和功能、不同微生物构成的群落及其相互 关系。
转录组学在微生物 群落研究中的应用
指导教师：汇报人：
目录
1 选题的背景与意义
本文目录 结构
2研究的主要内容和预期目标
3拟采用的研究方法、步骤
4研究的总体安排与进度 5已查阅参考文献
1、选题背景： 随着分子生态学方法的建立，科学家们对环境微 生物的整体情况有了较深刻的了解。 最初，研究人员 采用基于16S /18S rRNA / rDNA 的 变 性 梯 度 凝 胶 电 泳（ Denaturing gradient gel electrophoresis， DGGE） 和克隆文库的方法对反刍动物肠道微生物群 落的变化情况进行监控 ，随后荧光原位杂交 （ Fluores-cent in situ hybridization，FISH） 和限制 性片段长度多态性 （ Restriction fragment length polymorphism，RFLP） 等技术的建立和应用，使人 们对微生物群落有了更加深入的了解 。
转录组学（meta-transcriptomics） 是在宏基因 组学之后兴起的一门新学科，研究特定环境、特 定时期群体细胞在某功能状态下转录的所有RNA （ 包括 mRNA 和非编码 RNA） 的类型及拷贝 数。这种技术不但具有宏基因组技术的的全部优 点，而且能将特定条件下的生物群落及其功能联 系到 一 起，对群体整体进行各种相关功能的研 究。
20 世纪兴起的宏基因组学 （ metagenomics） 通过大规模的测序技术，能够直接得到某一环境条 件下微生物群落的整体结构信息，这在很大程度上 解决了大部分微生物因不能分离培养而难于研究的 问题，避免了其他固有技术（ 如 PCR） 应用中易 出现的实验偏差，同时也免去了一些费时耗力的实 验步骤比如文库构建。但是，该技术仍无法对微生 物群落结构及代谢，特别是无法明确微生物适应环 境变化而做出的响应 。
6研究的总体安排与进度
1．查阅相关文献
2．上交开题报告 3．归纳分析整理相关文献
2014.11.25～2015.03.20
2014.12.21～2015.01.24 2015.01.252015.04.10
4．撰写论文、论文修改
5．提交论文、答辩
2015.04.112015.05.24
2015.05.25～2015.06.03