沙棘SSR分子标记的开发

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沙棘SRAP-PCR反应体系的优化及引物筛选

沙棘渊匀蚤责责燥责澡葬藻则澡葬皂灶燥蚤凿藻泽蕴援冤为胡颓子科渊耘鄄造葬藻葬早灶葬糟藻葬藻冤沙棘属的灌木或小乔木袁耐寒尧耐旱尧耐盐碱袁生态适应性极强袁围绕其枝尧叶尧果等的生物产品开发价值巨大袁是一种兼具生态效益尧经济效益和社会效益的树种袁与之相关的研究和开发利用越来越受到各国的重视咱员暂遥然而袁由于沙棘引种较多袁优劣品种混杂袁种内变异丰富多样袁种间性状交错复杂袁在类群划分和种间关系研究等方面仍存在许多疑问袁采用传统的形态特征对其进行分类已不太准确袁阅晕粤分子标记技术的不断发展与完善为此提供了新的技术手段遥目前应用于沙棘的遗传标记有粤云蕴孕咱圆暂尧砸粤孕阅咱圆原源暂尧陨杂杂砸咱缘原苑暂尧杂杂砸咱愿暂等袁主要用于遗
收稿日期院圆园员员原员圆原圆苑基金项目院国家自然科学基金项目渊猿员员园园源愿怨冤作者简介院赵春娥渊员怨愿缘原冤袁女袁河北衡水人袁在读硕士研究生袁研究方向为植物进化适应和遗传育种袁渊电话冤员缘员园源园愿缘源员园渊电子信箱冤
赠蚤灶早扎蚤员圆苑缘猿远岳员远猿援糟燥皂曰通讯作者袁李贺渊员怨苑缘原冤袁讲师袁主要从事植物遗传育种方面的研究袁渊电话冤员猿缘缘缘怨愿远园猿远渊电子信箱冤造蚤澡藻岳凿造灶怎援藻凿怎援糟灶遥
1692
湖北农业科学
2012 年
萄尧小麦尧山梨等植物研究中得到成功应用咱员圆原员远暂袁但沙棘杂砸粤孕分子标记的研究及应用还很少遥为此袁研究了适合沙棘的杂砸粤孕分子标记技术袁确定了沙棘杂砸粤孕原孕悦砸的最优体系袁为今后沙棘遗传多样性的研究尧种质资源的鉴定利用尧育种材料的早期选择尧遗传图谱的构建以及标记辅助育种等研究提供依据袁同时也希望能促进阅晕粤分子标记技术在沙棘中的发展和推广袁加快沙棘遗传育种研究的进程遥

杧果SC-SSR分子标记反应体系的建立与优化

杧果SC-SSR分子标记反应体系的建立与优化作者：覃昱茗张宇黄国弟莫永龙罗世杏荣涛来源：《农业研究与应用》2021年第03期摘要：采用正交设计方法，对影响PCR反应体系的5个因素（Mg2+、Taq DNA聚合酶、dNTPs、引物和模板DNA）进行了优化，建立了适用于杧果的SC-SSR-PCR反应体系。

结果表明，总反应体系25 μL中，包含模板DNA用量100 ng·mL-1、Mg2+浓度2.00 mmol·L-1、引物浓度0.40 μmol·L-1、Taq DNA 聚合酶浓度1.00 U、dNTPs浓度0.15 mmol·L-1。

利用优化的杧果SC-SSR-PCR反应体系对10对SC-SSR引物进行验证，均能扩增出清晰、明亮、特异的电泳条带。

因此，优化的杧果SC-SSR-PCR反应体系适用于杧果种质鉴定和亲缘关系分析。

关键词：杧果 SC-SSR 正交设计体系优化中图分类号：S667.7 文献标识码：A杧果（Mangifera indica L.）为漆树科重要常绿经济果树，原产印度，其果实风味极佳[1]。

国内海南、广东、广西、福建、云南、贵州、四川均有栽培[2-3]。

起始密码子-微卫星扩增多态性（start codon simple sequence repeat，SC-SSR）标记是郭大龙等结合SCoT和ISSR分子标记技术开发出来的一种既能将标记位点与表达序列紧密联系，又具有相对较高多态性的新型分子标记[4]。

目前，SC-SSR标记已应用于猕猴桃遗传多态性分析及其指纹图谱构建，但在其他物种中的应用研究在国内并不多[5]。

由于杧果高度异花授粉，种子高度杂合，且生产交易中往往存在同物异名和异物同名等问题，给杧果育种工作带来了诸多阻碍[6-8]。

SC-SSR分子标记在种质鉴定方面具有独特的优势，但在杧果中尚未有报道。

基于这些问題，本研究较全面地建立并优化杧果的SC-SSR反应体系，为其在杧果种质资源评价、遗传多样性分析等领域的应用提供技术参考。

基于沙棘转录组序列开发EST-SSR分子标记

杂合度（）为０．１８０～０．７５０。［结论］本研究开发出的ＥＳＴ — ＳＳＲ标记，为后期进行沙棘属植物遗传多样性分析、遗
传图谱构建及分子育种等研究提供了重要支持。
关键词：沙棘；转录组；ＥＳＴ— ＳＳＲ；引物中图分类号：￥７１８．４６文献标识码：Ａ文章编号：１００１ — １４９８（２０１７）Ｏ１－００６９－０６
ｌｙｚｅｄｔｏｄｅｓｉｇｎｐｒｉｍｅｒｓａｎｄｄｅｖｅｌｏｐＥＳＴ — ＳＳＲ（ＥｘｐｒｅｓｓｅｄＳｅｑｕｅｎｃｅＴａｇｓ－ＳｉｍｐｌｅＳｅｑｕｅｎｃｅＲｅｐｅａｔ）ｍａｒｋｅｒｓ．
［Ｍｅｔｈｏｄ］ＴｈｅｐｉｒｍｅｒｓｗｅｒｅｄｅｓｉｇｎｅｄａｎｄｔｈｅＳＳＲｗａｓｄｅｖｅｌｏｐｅｄｂａｓｅｄｏｎｔｈｅＥｘｐｒｅｓｓｅｄＳｅｑｕｅｎｃｅ．１７９ｐａｉｒｓｏｆ
林业科学研究
ＦｏｒｅｓｔＲｅｓｅａｒｃｈ
２０１７，３０（１）：６９～７４
ＤＯＩ：１０．１３２７５／ｊ．ｃｎｋｉ．１ｙｋｘｙｊ．２０１７．１０００９１，Ｃｈｉｎａ；２．ＣｏｌｌａｂｏｒａｔｉｖｅＩｎｎｏｖａｔｉｏｎＣｅｎｔｅｒｏｆＳｕｓｔａｉｎａｂｌｅＦｏｒｅｓｔｙｒｉｎＳｏｕｔｈｅｒｎＣｈｉｎａ，ＮａｎｊｉｎｇＦｏｒｅｓｔｒｙＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，

一种开发基因组SSR分子标记的方法[发明专利]

专利名称：一种开发基因组SSR分子标记的方法
专利类型：发明专利
发明人：刘宇婧,郭钰,龙春林,吴沿友,付为国,邢德科,张川申请号：CN201410550682.3
申请日：20141016
公开号：CN104313146A
公开日：
20150128
专利内容由知识产权出版社提供
摘要：本发明公开了一种开发基因组SSR分子标记的方法，取两个植物样本，分别对样本进行DNA建库，得两个对应的文库；分别对文库采用Illumina测序技术进行测序，然后进行微组装，再从经过微组装后得到的Contigs中寻找得样本的SSR，筛选出两样本共有的SSR即染色体位置相同且重复单元相同的SSR，利用这些共有的SSR对两样本进行多态性筛选，根据两样本的SSR重复次数不同判断是否具有多态性。

本发明既满足了寻找大量SSR分子标记的要求，又能达到低成本；SSR分子标记以其多态性高、共显性遗传、广泛分布、模板DNA需求少等优势可广泛应用于遗传多样性分析、遗传作图、QTL定位、分子标记辅助育种等。

申请人：江苏大学
地址：212013 江苏省镇江市学府路301号
国籍：CN
代理机构：江苏纵联律师事务所
代理人：蔡栋
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一种利用SSR分子标记快速鉴定灌木辣椒种质的方法[发明专利]

专利名称：一种利用SSR分子标记快速鉴定灌木辣椒种质的方法
专利类型：发明专利
发明人：周坤华,陈学军,方荣,袁欣捷
申请号：CN201711309436.9
申请日：20171211
公开号：CN107805674A
公开日：
20180316
专利内容由知识产权出版社提供
摘要：本发明提供了一种利用SSR分子标记快速鉴定灌木辣椒(Capsicum frutescens L.)种质的方法，属于植物分子标记辅助种质资源鉴别与育种技术领域。

本发明的SSR分子标记可以由如SEQ ID NO.1‑2所示的引物扩增得到。

本发明提供的SSR分子标记可将灌木辣椒(C.frutescens)种质与一年生辣椒(C.annuum)种质区分开来，操作简单、重现性好、准确度高，可有效克服用表型鉴定方法难以准确区分灌木辣椒种质与一年生辣椒种质的缺点，在辣椒种质资源鉴别及分子标记辅助育种中具有重要作用。

申请人：江西省农业科学院蔬菜花卉研究所
地址：330200 江西省南昌市青云谱区南莲路602号
国籍：CN
代理机构：北京路浩知识产权代理有限公司
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《珍稀泌盐植物长叶红砂SSR分子标记的开发及种群遗传学研究》范文

《珍稀泌盐植物长叶红砂SSR分子标记的开发及种群遗传学研究》篇一一、引言珍稀泌盐植物长叶红砂（以下简称“长叶红砂”）作为一种特殊的生态型植物，其在生态系统中具有举足轻重的地位。

由于其具有强大的泌盐能力以及对特定生境的适应性，长叶红砂的遗传学研究对于保护生物多样性、理解植物适应机制以及改良作物品种都具有重要的科学价值。

近年来，随着分子生物学技术的快速发展，SSR分子标记技术被广泛应用于植物遗传学研究中。

本文旨在开发长叶红砂的SSR分子标记，并对其种群遗传学进行研究。

二、材料与方法1. 材料本研究所用材料为长叶红砂的叶片样本，采集自不同地理种群。

2. SSR分子标记的开发采用基因组DNA提取方法，提取长叶红砂叶片样本的基因组DNA。

通过SSR引物设计软件，设计针对长叶红砂的SSR引物。

通过PCR技术，对设计的引物进行筛选和验证，最终得到可用于长叶红砂SSR分析的引物。

3. 种群遗传学研究利用开发的SSR分子标记，对不同地理种群的长叶红砂进行基因型分析。

采用统计软件进行数据整理和分析，包括种群内的遗传多样性、种群间的遗传差异、遗传结构等方面的研究。

三、结果与分析1. SSR分子标记的开发经过引物设计和PCR验证，成功开发出适用于长叶红砂的SSR分子标记。

这些标记在长叶红砂基因组中具有较高的多态性，可用于后续的遗传学研究。

2. 种群遗传学研究（1）种群内的遗传多样性通过对不同地理种群的长叶红砂进行基因型分析，发现各种群内均存在较高的遗传多样性。

这表明长叶红砂在各生境中均具有较强的适应能力和遗传变异能力。

（2）种群间的遗传差异对比不同地理种群的长叶红砂，发现各种群间存在一定的遗传差异。

这可能与各生境的地理隔离、生态因子差异等因素有关。

这些差异对于理解长叶红砂的适应机制和种群演化具有重要意义。

（3）遗传结构通过对长叶红砂的遗传结构进行分析，发现其种群结构较为复杂。

各生境中的长叶红砂可能存在不同的进化历史和遗传背景，这为进一步研究其进化历程和适应机制提供了重要线索。

辣椒基因组SSR引物的开发及品种纯度分子鉴定

辣椒基因组SSR引物的开发及品种纯度分子鉴定随着基因组学技术的发展，越来越多的植物基因组SSR引物被开发出来。

利用这些SSR引物，可以开发出高效、准确的分子标记用于遗传多样性分析、品种纯度鉴定、种质资源保护等方面的研究。

本文以辣椒为研究对象，介绍了辣椒基因组SSR引物的开发以及利用这些引物进行品种纯度分子鉴定的方法。

1. 基因组DNA提取首先需要从辣椒品种的叶片、花、果实等组织中提取基因组DNA。

常用的方法包括CTAB法、SDS法、硅胶柱法等。

其中，CTAB法对多种植物基因组DNA的提取效果较好，因此在辣椒基因组SSR引物的开发中也可采用该方法。

在DNA提取过程中，需要注意避免RNA 和蛋白质的污染。

2. SSR引物设计基于辣椒基因组序列，可以使用计算机程序（如SSRHunter、MISA等）进行SSR引物的设计。

SSR引物的设计需要考虑到多个因素，如引物长度、引物GC含量、引物Tm值、引物重复单元长度、引物重复单元数量等。

通常，引物长度在18-24 bp之间，GC含量在40%-60%之间，Tm值在55°C-65°C之间，重复单元长度为2-6 bp，重复单元数量不超过8个的引物可用于PCR扩增。

3. PCR扩增根据设计出的SSR引物，可以使用PCR技术扩增目标序列。

PCR反应条件需要根据引物的Tm值和序列长度进行优化。

一般而言，PCR反应需要加入模板DNA、引物、Taq聚合酶、dNTPs等反应试剂，并在恰当的温度下进行扩增。

辣椒基因组SSR引物的PCR扩增可以采用以下反应条件：95°C预变性2 min，95°C变性30 s，55°C退火30 s，72°C延伸1 min，共30个循环，最后72°C延伸10 min。

4. PCR产物检测PCR扩增后的产物需要进行检测。

通常可以采用琼脂糖凝胶电泳或毛细管电泳等方法对PCR产物进行分离和可视化。

辣椒基因组SSR引物的开发及品种纯度分子鉴定

辣椒基因组SSR引物的开发及品种纯度分子鉴定辣椒是一种重要的蔬菜和调味品，具有丰富的营养价值和特殊的风味。

辣椒的种植品种繁多，对于种植者和消费者来说，了解辣椒的品种纯度非常重要。

随着分子生物学技术的发展，利用分子标记技术可以进行辣椒品种纯度的鉴定。

在辣椒基因组中，SSR（简单序列重复）被广泛用于基因组学研究和种质资源鉴定。

本文将介绍辣椒基因组SSR引物的开发及其在品种纯度分子鉴定中的应用。

辣椒基因组的SSR引物的开发。

SSR是指连续重复出现的2-6个核苷酸单元序列，具有高度多态性和稳定性，被广泛应用于种质资源鉴定和遗传多样性研究。

在辣椒基因组中，通过基因组测序和生物信息学分析，可以筛选出含有SSR序列的DNA片段，并设计引物进行扩增。

基因组SSR的开发需要考虑引物的选择和设计，引物的长度一般为18-25个核苷酸，GC含量为40%~60%，并在引物的5'端添加标记序列。

通过引物设计软件和基因组数据库的分析，可以快速筛选出合适的SSR引物。

还可以通过引物的杂交性和扩增特异性的PCR试验对SSR引物进行验证。

品种纯度分子鉴定中的SSR引物的应用。

品种纯度的鉴定是指确定种子或苗木中的种植品种是否纯种，即无杂交种或杂交种的掺杂。

传统的品种纯度鉴定方法一般是通过观察品种的形态特征和生物学性状，但这种方法存在主观性和不准确性的问题。

利用分子标记技术，特别是SSR标记，可以提高品种纯度鉴定的准确性和可重复性。

通过PCR反应扩增SSR位点，通过凝胶电泳的分析，可以得到品种特异的DNA条带，从而鉴定品种的纯度。

通过引入内参品种和杂交掺杂品种进行PCR反应，可以对辣椒的纯度进行定量的评估。

可以通过与已知品种DNA的比对，确认未知样品的品种。

辣椒基因组SSR引物的开发及其在品种纯度分子鉴定中的应用，为辣椒种植者和消费者提供了一种准确、可靠的品种鉴定方法，可以用于指导辣椒的种植和市场销售。

SSR引物的开发也为辣椒基因组学研究和品种改良提供了重要的工具和平台。

辣椒基因组SSR引物的开发及品种纯度分子鉴定

辣椒基因组SSR引物的开发及品种纯度分子鉴定随着分子生物学和生物技术的发展，分子标记技术成为种质资源鉴定和育种工作中的一种重要手段。

SSR（Simple Sequence Repeat，简单重复序列）是一种功能强大、信息量大、重复性好的分子标记，在植物种质资源鉴定和亲缘关系研究中得到了广泛应用。

本研究旨在开发辣椒基因组SSR引物，并利用这些引物对辣椒品种进行纯度分子鉴定，为辣椒品种的鉴定和育种工作提供理论依据和实践指导。

（一）辣椒基因组DNA提取选取辣椒不同品种的幼叶进行基因组DNA提取，采用CTAB法或商业DNA提取试剂盒进行提取。

通过紫外分光光度计检测DNA浓度和纯度，保证提取的DNA质量优良。

（二）辣椒基因组SSR引物的筛选利用计算机软件对辣椒基因组进行全面扫描，寻找其中的SSR位点。

依据SSR位点周围序列设计引物，要求引物长度在18-22碱基之间，GC含量在40%-60%之间，Tm值在55-65℃之间。

通过聚合酶链反应（PCR）对引物进行验证，筛选出稳定、特异、重复性好的SSR引物。

选取几个已知的辣椒品种进行SSR引物的验证，检测引物扩增的效果和多态性。

通过琼脂糖凝胶电泳分析引物扩增片段的长度和数量，评估引物的多态性。

最终确定一批稳定、具有多态性的辣椒基因组SSR引物。

二、辣椒品种纯度分子鉴定（一）PCR扩增反应体系的建立根据已确定的SSR引物序列，建立PCR扩增反应体系。

优化反应条件，包括引物浓度、模板DNA浓度、Mg2+浓度、引物退火温度和循环数等因素，以保证PCR扩增的效果。

（二）PCR扩增反应的进行选取不同辣椒品种的DNA作为模板，利用已建立的PCR扩增反应体系进行扩增。

通过琼脂糖凝胶电泳分析扩增产物，观察不同品种之间的差异。

（三）数据分析对PCR扩增产物的数据进行分析，根据扩增片段的长度和数量，对不同辣椒品种进行聚类分析，评估它们之间的亲缘关系和差异程度。

通过以上研究方法，可以开发出一批稳定、具有多态性的辣椒基因组SSR引物，并建立起一套快速、准确的辣椒品种纯度分子鉴定方法。

基于SSR分子标记的普通丝瓜杂交种子纯度鉴定

基于SSR分子标记的普通丝瓜杂交种子纯度鉴定
普通丝瓜是一种受欢迎的蔬菜，由于其丰富的营养价值和独特的口感，在市场上备受
青睐。

在生产中，为了获得优质的丝瓜品种，常常需要进行杂交育种。

而对于杂交种子的
纯度鉴定则是育种工作中的重要环节之一。

本文将以基于SSR分子标记的方法为基础，探
讨普通丝瓜杂交种子纯度鉴定的研究进展和应用前景。

一、SSR分子标记在种子纯度鉴定中的应用
SSR（Simple Sequence Repeat）即微卫星标记，是一种DNA序列中的高度可变的遗传标记，通过PCR技术可以快速、准确地对不同基因型进行鉴定。

在杂交种子的纯度鉴定中，SSR分子标记可以快速鉴定种子的遗传背景，识别杂交种子中的杂交亲本纯合子和杂合子，从而保证育种工作的顺利进行。

目前，关于基于SSR分子标记的普通丝瓜杂交种子纯度鉴定的研究已经取得了一定的
进展。

在育种过程中，通过对亲本材料进行SSR分子标记的分析，可以确定亲本间的遗传
差异，为杂交种子的纯度鉴定奠定基础。

在杂交后代中，利用SSR分子标记技术可以快速
鉴定出优良遗传特性的个体，从而加快育种进程。

在种子纯度鉴定方面，通过对杂交种子
进行SSR分子标记的分析，可以准确识别出纯合子和杂合子，并筛选出纯合子，确保杂交
种子的纯度。

基于SSR分子标记的普通丝瓜杂交种子纯度鉴定技术具有重要的理论和应用价值，为
普通丝瓜育种和种子生产提供了有力的技术支持，对于推动普通丝瓜产业的发展具有积极
的意义。

希望未来能够进一步深入研究，推动该技术的应用，为我国普通丝瓜产业的健康
发展做出贡献。

一种利用SSR分子标记法鉴定青稞品种的方法及其用途[发明专利]

专利名称：一种利用SSR分子标记法鉴定青稞品种的方法及其用途
专利类型：发明专利
发明人：姚晓华,吴昆仑,姚有华,安立昆,白羿雄
申请号：CN202110685583.6
申请日：20210621
公开号：CN113355444B
公开日：
20220624
专利内容由知识产权出版社提供
摘要：本发明公开了一种利用SSR分子标记法鉴定青稞品种的方法及其用途，所述SSR分子标记法中的引物序列为Bmag0745、Bmag0496、Bmag0353、Scssr03381、AWBMS0080、
GBM1215、Bmag0919、GBM1008、Scssr03907、HVPLASCIB、HVCH126A、GBM1516、Scssr03906、GBM1440、Scssr04163、GBM1413、HVM33、EBmac0415对应的引物中的一个或几个，本申请通过筛选的18对SSR引物进行变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)和毛细管电泳2种检测方法，可以更好的区分青稞品种；其中引物Bmag0496、Scssr03381、GBM1215、Scssr03906、Scssr04163、HVM33可用于24份青稞主栽品种扩增SSR分析的品种聚类图。

本发明提供的SSR引物具有特异性强、扩增结果稳定、多态性高等特征，这些分子标记可应用于品种鉴定、基因定位、分子鉴定等相关领域。

申请人：青海大学
地址：810000 青海省西宁市城北区宁大路251号
国籍：CN
代理机构：成都华风专利事务所(普通合伙)
代理人：杜朗宇
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《2024年基于SSR标记的小豆品种鉴定体系建立及应用》范文

《基于SSR标记的小豆品种鉴定体系建立及应用》篇一一、引言小豆作为我国重要的粮食作物之一，其品种繁多，品质差异大。

为了准确鉴定小豆品种，保障农业生产及市场流通的顺利进行，建立一套高效、准确的小豆品种鉴定体系显得尤为重要。

本文旨在介绍基于SSR（Simple Sequence Repeat）标记的小豆品种鉴定体系的建立及其应用。

二、SSR标记技术简介SSR标记，即简单重复序列标记，是一种基于DNA多态性的分子标记技术。

其优点在于操作简便、重复性好、信息量大等，因此在作物品种鉴定、遗传图谱构建等方面得到了广泛应用。

SSR标记通过分析特定基因座上的重复序列的变异情况，可实现作物品种的快速、准确鉴定。

三、小豆品种鉴定体系的建立1. 样品采集与DNA提取：从各地收集小豆品种样品，采用合适的DNA提取方法获取高质量的DNA。

2. SSR引物设计：根据小豆基因组信息，设计特异性高、多态性好的SSR引物。

3. PCR扩增及数据分析：以提取的DNA为模板，进行PCR 扩增，通过电泳、测序等方法获取SSR标记的基因型数据。

4. 品种鉴定模型的构建：利用统计软件对基因型数据进行处理，建立小豆品种鉴定模型。

四、小豆品种鉴定体系的应用1. 品种纯度鉴定：通过SSR标记技术，可快速鉴定小豆种子的纯度，为种子质量检测提供依据。

2. 品种资源保护：利用SSR标记技术对小豆种质资源进行鉴定，为种质资源的保护和利用提供支持。

3. 遗传育种研究：SSR标记技术可用于小豆遗传图谱的构建，为小豆遗传育种研究提供有力工具。

4. 农业执法与市场监管：通过SSR标记技术，可对市场上的小豆品种进行快速、准确的鉴定，为农业执法与市场监管提供支持。

五、结论本文建立了基于SSR标记的小豆品种鉴定体系，通过样品采集、DNA提取、SSR引物设计、PCR扩增及数据分析等步骤，成功构建了小豆品种鉴定模型。

该体系具有操作简便、重复性好、信息量大等优点，可广泛应用于小豆品种的纯度鉴定、资源保护、遗传育种研究以及农业执法与市场监管等领域。

沙棘SSR分子标记的开发(1)

沙棘SSR分子标记的开发孙燕琳1,2,阮成江1,金华13　(1.大连民族学院民族地区生物资源与环境研究所,辽宁大连116600;2.中国科学院大连化学物理研究所,辽宁大连116023)摘要　利用已报道的葡萄SSR引物筛选适用于沙棘的SSR引物。

结果表明,在供筛选的107对引物中,只有1对引物在沙棘中无扩增位点,有效扩增比率为99.07%;共有46对引物的在2个沙棘品种间扩增出多态性位点,有效扩增比率为42.99%,扩增产物共表现出100个等位基因,其中差异等位基因数为70个,每对引物的等位基因数为1～4个,平均为2.174个。

根据这46对引物的扩增结果,中国沙棘和辽阜1号间的遗传相似系数为0.413,遗传距离为0.587。

关键词　沙棘;SSR;引物开发中图分类号　Q943.2 文献标识码　A 文章编号　0517-6611(2007)01-00045-02E xploitation of SSR M arker of Hippophae rhamnoidesSUN Yan2lin et al　(Institute of Bio2res ources and Environm ent,Dalian Nationalities University,Dalian,Liaoning116600)Abstract　SSR m arkers adapting to H ippophae rhamnoides were screened using reported G rape’s SSR prim ers.T he results sh owed that am ong107prim ers selected only1prim er failed am plification,w ith success rate99.07%.46prim ers sh owed polym orphism,w ith success rate42.99%.T otal100alleles were g otten according to their am plification,including70aberrant alleles.Allele number of each prim er ranged from1to4w ith a m ean of2.174.T he ge2 netic sim ilarity coefficient between tw o varieties was0.413,and the genetic distance was0.587.K ey w ords　H ippophae rhamnoides;SSR m arker;Prim er ex ploitation 沙棘(H ippophae rhamnoides)为胡颓子科沙棘属落叶乔木、小乔木或灌木,是一种防风固沙的先锋树种。

SSR分子标记精讲PPT教案

第13页/共23页
三、实验用品
1. 仪器设备与耗材：PCR扩增仪、电泳仪和电泳槽、微型移液器、恒温水浴锅、凝胶成像系统等，离心管、PCR管、移液器枪头等
2. 试剂
① 提取缓冲液：100mmol/L Tris·Cl，20mmol/L EDTA，500mmol/L NaCl，1.5% SDS。
② 氯仿：异戊醇：乙醇（80：4：16）。
第5页/共23页
SSR分子标记原理
根据两端序列的保守性，设计引物；进行PCR，电泳分离，染色显带以检测、分析微卫星序列多态性；并确定基因排布序列及表型，最终达到成功鉴定的目的。
简而言之，就是通过对样本DNA多态性的分析，从而来得到样本DNA序列以及在遗传性状上的调控和差异。
第6页/共23页
第21页/共23页
Thank you !
第22页/共23页
SSR标记
SSR标记是一种通过直接分析遗传物质的多态性来鉴别生物内在的核苷酸排布及其外在状态表现规律的技术。
第3页/共23页
SSR分子标记的分子学基础
微卫星在真核生物的基因组中的含量非常丰富，而且常常是随机分布于核DNA中。在植物中通过对拟南芥、玉米、水稻、小麦等的研究表明微卫星在植物中也很丰富，均匀分布于整个植物基因组中，但不同植物中微卫星出现的频率变化是非常大的
微卫星分子标记对 18份基因型的扩增结果
第10页/共23页
3. 有关数据库（GenBank, EMBL DDBJ等）或文章中查询
二
使用近缘种的引 10mmol/L Tris·Cl（pH8.0）， 1mmol/L EDTA（pH8.0）。
④ SSR引物（20对）, Taq DNA聚合酶（3U/μl), 第14页/共23页 dNTPs（10mmol/L）

基于EST-SSR标记的沙棘品种鉴定及指纹图谱构建

基于EST-SSR标记的沙棘品种鉴定及指纹图谱构建赵雨欣;张哲文;考惠霞;孙永江;辛智鸣;赵喆;董树斌;程瑾【期刊名称】《生态与农村环境学报》【年(卷),期】2024(40)3【摘要】以沙棘(Hippophae rhamnoides)优良品种“实优1号”为材料,对其叶片进行转录组测序,利用微卫星识别软件(microsatellite identification tool,MISA)和Primer 3(version 2.3.4)对获得的序列进行简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)位点挖掘和引物设计,以收集的42份沙棘品种为研究材料,开展聚合酶链式反应(PCR)和毛细管电泳检测,旨在开发一套多态性高、稳定性好和通用性强的表达序列标签微卫星(express sequence tags from simple sequence repeat,EST-SSR)引物,构建沙棘指纹图谱,从而实现沙棘品种的快速准确鉴定,并对沙棘品种间亲缘关系进行分析。

“实优1号”转录组测序共获得6196个SSR位点,其中,重复基元类型为182种,SSR基序长度主要分布在10~21 bp区间,占全部SSR的81.58%,主要SSR重复类型为单核苷酸重复(48.72%)、二核苷酸重复(22.68%)和三核苷酸重复(18.85%)。

利用筛选出的28对引物在42份沙棘品种中共检测出193个等位基因,等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)和Shannon信息指数(I)等遗传多样性参数的均值分别为6.964、3.495、0.617、0.671、0.623和1.384。

UPGMA 聚类分析表明,42份沙棘品种间的遗传相似性系数为0.601~0.990,当遗传相似性系数为0.694时,供试品种可分为2组;当遗传相似性系数约为0.7402时,供试品种可分为3组。

辣椒基因组SSR引物的开发及品种纯度分子鉴定

辣椒基因组SSR引物的开发及品种纯度分子鉴定辣椒（Capsicum annuum L.）是一种重要的蔬菜作物，具有广泛的种类和品种。

辣椒的品种纯度是评价辣椒品种质量的重要指标之一，而分子鉴定是一种有效的方法来确定辣椒品种的纯度。

SSR（Simple Sequence Repeat）引物是一种常用的分子标记方法，其在辣椒基因组中的应用已经得到了广泛的研究。

SSR引物是基于辣椒基因组中存在的微卫星序列设计的，具有高度的多态性和可重复性。

通过PCR扩增辣椒基因组中的SSR位点，可以得到一系列多态性的DNA片段，通过对这些片段进行分析，可以确定辣椒的遗传背景和品种纯度。

开发辣椒基因组中的SSR引物是进行辣椒品种纯度分子鉴定的关键步骤。

SSR引物的开发通常需要进行以下步骤：1. 辣椒基因组的DNA提取：从辣椒鲜叶中提取基因组DNA，常用的方法包括CTAB法和商业化的基因组DNA提取试剂盒。

2. SSR引物库的构建：从辣椒基因组DNA中选择合适长度（100-300 bp）的微卫星序列，设计引物，并合成引物。

3. SSR引物的PCR扩增：将辣椒基因组DNA与SSR引物进行PCR扩增，得到多态性的DNA片段。

4. DNA片段的电泳分析：将PCR扩增产物进行电泳分析，根据片段大小的不同进行分类和判读。

5. 数据分析和品种纯度鉴定：通过对多态性片段的分析，计算品种纯度分子指数，可以确定辣椒的品种纯度。

辣椒品种纯度分子鉴定的方法主要有两种，一种是利用PCR扩增片段长度多态性（AFLP）技术，另一种是利用SSR引物进行扩增。

与AFLP技术相比，SSR引物具有以下优点：简便、重现性好、多态性高、适用性广，并且可以同时扩增多个位点。

SSR引物的开发和应用在辣椒品种纯度分子鉴定中具有重要意义。

辣椒基因组SSR引物的开发和品种纯度分子鉴定研究已经取得了一些进展。

通过对不同品种辣椒基因组的SSR引物进行筛选和优化，已经开发出一些种类特异性和多态性较高的SSR引物。