Popgene软件的使用

Popgene软件的使用
—以AFLP标记为例
一、输入文件准备（Excel）：
详见文件“popgene输入文件示例.xls”
建议：把本文件另存为，然后在此文件基础上输入你的数据，只改需要改的地方，不需要改的位置不要动
几点说明：
1、输入时一定小心，任何数字缺失、添加、错误均会导致软件不运行
易出错点：a、群体数
b、位点总数计算错误
c、引物对扩增位点实际输入与表头输入数目不符
d、数据缺失、漏输、错误（输入了非0非1值）
e、“=”前后均要空格，不空不能运行
2、群体之间分析个体数目可以不同，但群体内不同引物之间分析个体数必须相等，否则结
果等同于数据缺失
3、一张表出一个聚类图，需要对比分析的数据应放在一张表内，每一列代表相同的bp数
二、输入文件转为TXT格式
从“D1”单元格开始，全选你的数据，右键复制，打开记事本，粘贴，（自动换行），另存为“popgene输入文件示例.txt”
三、运行软件
打开popgene软件，File Load Data
Dominant Marker Data
打开“popgene输入文件示例.txt”
Dominant Diploid
Data Format: Variable as column
Assumption: Hardy-Weinberg Equilibrium
根据自己的需要选择其他复选框
结果文件说明：
dgram：聚类图文件，可用MEGA或Treeview打开
popgene输入文件示例.rst：运行结果文件。