基于groEL基因序列鉴定丹毒丝菌属菌种

合集下载

临床医学检验：临床细菌学考试题库真题

临床医学检验：临床细菌学考试题库真题1、名词解释小川型正确答案：是Ol群霍乱弧菌的一种血清型，01群霍乱弧菌的0抗原由A、B、C 三种抗原成分组成，AB抗原组合构成小川型，为常见流行型别。

2、单选西方发达国家计(江南博哥)算和控制工程造价的主要依据是OoA.工程量计算规则及各种取费标准B.招投标文件C.各种造价信息D.造价工程师的经验正确答案：A3、单选目前我国普遍使用的伤寒疫苗是()A.Ty21a减毒活菌苗B.类毒素疫苗C.全菌灭活疫苗D.三联疫苗E.Vi疫苗正确答案：E4、单选在下列革兰阴性杆菌中，动力、氧化酶、硝酸盐还原三项同时阴性的细菌是()A.军团菌B.产碱杆菌C,伤寒沙门菌D.不动杆菌E.痢疾志贺菌正确答案：D5、单选目前麻风病微生物学诊断的主要方法是()A.直接镜检B.分离培养C.麻风菌素试验D.血清学试验E.动物试验正确答案：A6、单选不能立即进行幽门螺杆菌培养时，标本保存的温度是()A.4℃B.45℃C.37℃D.43℃E.-4℃正确答案：A7、单选关于空肠弯曲菌分离培养，叙述正确的是()A.需要普通营养琼脂培养基B.C02培养箱内进行C.需要特殊的培养基D.严格厌氧培养E.普通培养箱内进行正确答案：C8、问答题试述结核分枝杆菌的致病性。

正确答案：结核分枝杆菌主要通过呼吸道、消化道和受损伤的皮肤侵入易感机体，引起多种组织器官的结核病，其中以通过呼吸道引起的肺结核最多见。

肺部感染可分为原发性感染和继发性感染。

肺外感染可发生在脑、肾、肠及腹膜等处。

该菌不产生内毒素和外毒素，也无荚膜和侵袭性酶。

可在细胞内、外生长及大量繁殖，机体对菌体成分和其代谢产物引起免疫损伤及变态反应，从而导致一系列组织学上的病理变化。

9、单选对炭疽病动物采集标本特别禁止()A.取舌尖B.取耳尖C.宰杀后解剖D.局限病灶的病变组织E.穿刺取心血正确答案：C10、判断题产单核李斯特菌在4C能生长，故可进行冷增菌()正确答案：对11、多选厌氧标本送到实验室后，应该()A.在20〜30分钟内处理完毕B.放入冰箱，准备好一切条件后再处理C.最迟不超过2小时处理标本D.在室温保存，2小时内处理完毕E.放入冰箱。

致鹅败血症粪肠球菌溶血素激活因子基因克隆及序列分析

致鹅败血症粪肠球菌溶血素激活因子基因克隆及序列分析狄婷婷;高原;聂鑫【摘要】To understand the genetic variation of cytolysin activator(CylA) gene in Enterococcus faecalis , 2 pairs of specific primers were designed and synthesized according to the CylA gene sequence from GenBank for the 4 clinical isolates causing goose septicemia. The CylA gene was cloned into pMD18-T vector, and the recomfainant plasmid was screened to sequence and compared with the CylA genes of 4 pathogenic Enterococcus faecalis from patients in foreign countries and pigs in China respectively. The homology was alignmented and phylogenetic tree was reconstructed with Lasergene 7. 0. Result showed that CylA genes of 4 strains from goose were average 1 239bp in average, where was a completed open reading frame encoding 412 amino acids. No deletion and insertion in sequences, while only one nonsense mutation did not cause the variation of amino acid. There was not much variation in the remaining 8 strains of CylA gene and the deduced amino acids. The amino acids deduced by these CylA genes of 4 strains from goose shared 100 % homology. They were also close to the amino acids deduced by CylA genes of bacteria from patients in foreign countries and pigs in China, sharing the homologies of 98. 6% to 100%. These results indicate that CylA gene in Enterococcus faecalis is highly conserved, which is likely to become the target genes of detection and diagnosis as well as immunoprophylaxis.%目的了解粪肠球菌溶血素激活因子(CylA)基因的遗传变异情况.方法根据GenBank上已发表的粪肠球菌CylA基因序列设计2对特异性引物,对临床分离的4株致鹅败血症粪肠球菌CylA基因进行克隆及序列测定,并与国外从人体分离的和国内从猪体分离的各4株致病性粪肠球菌的CylA基因,用LaSergene 7.0软件进行同源性比对和构建系统进化发育树.结果鹅源4株茵CylA基因均长1 239bp,有1个完整的开放阅读框,编码412个氨基酸；序列中无缺失和插入,仅有l处未引起其编码氨基酸变异的无义突变.其余8株菌CylA基因及推导的氨基酸变异程度均不大.4株鹅源菌CylA基因推导的氨基酸同源性为100％；与国外人源菌和国内猪源菌CylA基因推导的氨基酸遗传距离也较近,同源性为98.6％～100％.结论粪肠球菌CylA基因高度保守,有可能成为检测诊断和免疫预防的靶基因.【期刊名称】《中国人兽共患病学报》【年(卷),期】2012(028)007【总页数】6页(P683-688)【关键词】鹅;粪肠球菌;溶血素激活因子;克隆;同源性比对;系统进化发育树【作者】狄婷婷;高原;聂鑫【作者单位】内蒙古民族大学动物科学技术学院,内蒙古高校毒物与动物疾病监控重点实验室培育基地,通辽028042;内蒙古民族大学动物科学技术学院,内蒙古高校毒物与动物疾病监控重点实验室培育基地,通辽028042;内蒙古民族大学动物科学技术学院,内蒙古高校毒物与动物疾病监控重点实验室培育基地,通辽028042【正文语种】中文【中图分类】R378肠球菌引起医院内病人感染和死亡的例数正在逐步增加［1］，其致病菌主要是粪肠球菌［2－3］。

一株猪丹毒丝菌的全基因组测序及SpaA_基因分析

江苏农业学报(ＪｉａｎｇｓｕＪ.ｏｆＡｇｒ.Ｓｃｉ.)ꎬ２０２１ꎬ３７(３):６９４￣６９８ｈｔｔｐ://ｊｓｎｙｘｂ.ｊａａｓ.ａｃ.ｃｎ彭㊀凌ꎬ林锦铨ꎬ李玲慧ꎬ等.一株猪丹毒丝菌的全基因组测序及ＳｐａＡ基因分析[Ｊ].江苏农业学报ꎬ２０２１ꎬ３７(３):６９４￣６９８.ｄｏｉ:１０.３９６９/ｊ.ｉｓｓｎ.１０００￣４４４０.２０２１.０３.０１８一株猪丹毒丝菌的全基因组测序及ＳｐａＡ基因分析彭㊀凌ꎬ㊀林锦铨ꎬ㊀李玲慧ꎬ㊀刘博婷ꎬ㊀蔡巩林(韶关学院英东生物与农业学院ꎬ广东韶关５１２００５)收稿日期:２０２０￣０９￣０７基金项目:广东省自然科学基金项目(２０１７Ａ０３０３０７０４１)ꎻ国家级大学生创新创业训练计划项目(２０１９１０５７６００２)作者简介:彭㊀凌(１９７５－)ꎬ男ꎬ江西奉新人ꎬ硕士ꎬ副教授ꎬ主要从事动物病原微生物及分子生物学研究ꎮ(Ｅ￣ｍａｉｌ)３０８６６８５７６＠ｑｑ.ｃｏｍ㊀㊀摘要:㊀本研究测定猪丹毒丝菌临床毒株ＳＧ７的全基因组序列ꎬ并运用生物信息学方法对测定的全基因组序列及猪丹毒丝菌表面保护性抗原Ａ基因(ＳｐａＡ)进行分析ꎮＳＧ７菌株的基因组全长为１８３４２９１.００ｂｐꎬＧ＋Ｃ含量为３６３％ꎬ基因总数１８４６个ꎮ将ＳＧ７菌株与ＧｅｎＢａｎｋ中８条完整的猪丹毒丝菌全基因组序列进行比较ꎬ发现国内外不同菌株间基因组的基本信息存在不同程度差异ꎮ基于全基因组单核苷酸多态性(ＳＮＰｓ)的系统发育分析结果表明ꎬ９株菌株聚为３个分支ꎬ国内菌株并不完全处于同一分支ꎬＳＧ７菌株与国内常见菌株不属于同一进化分支ꎮＳｐａＡ基因高变区的分析结果显示ꎬ９株菌株亦可分为３个ＳｐａＡ型ꎬＳＧ７菌株为携带Ｍｅｔ２０３的高致病性菌株ꎮ除ＳＧ７菌株外ꎬ其他８株菌株的ＳｐａＡ基因分型结果与基于全基因组ＳＮＰｓ分析的结果一致ꎬ说明ＳＧ７菌株的遗传背景复杂ꎮ本研究结果可为猪丹毒丝菌基因组整体水平研究和疫苗的研发奠定基础ꎮ关键词:㊀猪丹毒丝菌ꎻ全基因组测序ꎻ表面保护性抗原Ａ(ＳｐａＡ)中图分类号:㊀Ｓ８５２.６１㊀㊀㊀文献标识码:㊀Ａ㊀㊀㊀文章编号:㊀１０００￣４４４０(２０２１)０３￣０６９４￣０５Ｗｈｏｌｅ￣ｇｅｎｏｍｅｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇａｎｄＳｐａＡｇｅｎｅａｎａｌｙｓｉｓｏｆａＥｒｙｓｉｐｅｌｏｔｈｒｉｘｒｈｕ￣ｓｉｏｐａｈｉａｅｓｔｒａｉｎＰＥＮＧＬｉｎｇꎬ㊀ＬＩＮＪｉｎ￣ｑｕａｎꎬ㊀ＬＩＬｉｎｇ￣ｈｕｉꎬ㊀ＬＩＵＢｏ￣ｔｉｎｇꎬ㊀ＣＡＩＧｏｎｇ￣ｌｉｎ(ＨｅｎｒｙＦｏｋＣｏｌｌｅｇｅｏｆＢｉｏｌｏｇｙａｎｄＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅꎬＳｈａｏｇｕａｎＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙꎬＳｈａｏｇｕａｎ５１２００５ꎬＣｈｉｎａ)㊀㊀Ａｂｓｔｒａｃｔ:㊀ＩｎｔｈｉｓｓｔｕｄｙꎬｔｈｅｗｈｏｌｅｇｅｎｏｍｅｓｅｑｕｅｎｃｅｏｆＥｒｙｓｉｐｅｌｏｔｈｒｉｘｒｈｕｓｉｏｐａｈｉａｅｃｌｉｎｉｃａｌｓｔｒａｉｎＳＧ７ｗａｓｄｅｔｅｒ￣ｍｉｎｅｄꎬａｎｄｔｈｅｗｈｏｌｅｇｅｎｏｍｅｓｅｑｕｅｎｃｅａｎｄｔｈｅｓｕｒｆａｃｅｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅａｎｔｉｇｅｎＡ(ＳｐａＡ)ｇｅｎｅｗｅｒｅａｎａｌｙｚｅｄｕｓｉｎｇｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔ￣ｉｃｓｍｅｔｈｏｄ.ＴｈｅｆｕｌｌｌｅｎｇｔｈｏｆＳＧ７ｇｅｎｏｍｅｗａｓ１８３４２９１.００ｂｐꎬａｎｄｔｈｅｔｏｔａｌｑｕａｎｔｉｔｙｏｆｔｈｅｐｒｅｄｉｃｔｅｄｇｅｎｅｓｗｅｒｅ１８４６ｗｉｔｈａＧ＋Ｃｃｏｎｔｅｎｔｏｆ３６.３％.ＤｉｆｆｅｒｅｎｔｄｅｇｒｅｅｓｏｆｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅｓｏｆｇｅｎｏｍｉｃｂａｓｉｃｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｂｅｔｗｅｅｎｄｉｆｆｅｒｅｎｔｓｔｒａｉｎｓｗｅｒｅｆｏｕｎｄｂｙｃｏｍｐａｒｉｎｇｔｈｅｃｏｍｐｌｅｔｅｇｅｎｏｍｅｓｅｑｕｅｎｃｅｓｏｆＳＧ７ａｎｄｅｉｇｈｔＥ.ｒｈｕｓｉｏｐａｈｉａｅｆｏｕｎｄｉｎＧｅｎＢａｎｋ.Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃａｎａｌ￣ｙｓｉｓｂａｓｅｄｏｎｇｅｎｏｍｅ￣ｗｉｄｅｓｉｎｇｌｅｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ(ＳＮＰｓ)ｒｅｖｅａｌｅｄｔｈａｔｎｉｎｅｓｔｒａｉｎｓｃｏｕｌｄｂｅｃｌｕｓｔｅｒｅｄｉｎｔｏｔｈｒｅｅｄｉｓｔｉｎｃｔｃｌａｄｅｓꎬａｎｄｓｔｒａｉｎｓｉｓｏｌａｔｅｄｆｒｏｍＣｈｉｎａｗｅｒｅｎｏｔｉｎｔｈｅｓａｍｅｃｌａｄｅꎬｗｈｉｌｅＳＧ７ａｎｄｃｏｍｍｏｎｓｔｒａｉｎｓｉｓｏｌａｔｅｄｆｒｏｍＣｈｉｎａｄｉｄｎｏｔｂｅｌｏｎｇｔｏｔｈｅｓａｍｅｃｌａｄｅ.ＴｈｅａｎａｌｙｓｉｓｒｅｓｕｌｔｓｏｆｈｙｐｅｒｖａｒｉａｂｌｅｒｅｇｉｏｎｏｆＳｐａＡｓｈｏｗｅｄｔｈａｔｎｉｎｅｓｔｒａｉｎｓｃｏｕｌｄａｌｓｏｂｅｄｉｖｉｄｅｄｉｎｔｏｔｈｒｅｅＳｐａＡｔｙｐｅｓꎬａｎｄＳＧ７ｗａｓａｈｉｇｈｌｙｐａｔｈｏｇｅｎｉｃｓｔｒａｉｎｃａｒｒｙｉｎｇＭｅｔ２０３.ＥｘｃｅｐｔｆｏｒＳＧ７ꎬｔｈｅＳｐａＡｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇｒｅｓｕｌｔｓｏｆｏｔｈｅｒｅｉｇｈｔｓｔｒａｉｎｓｗｅｒｅｃｏｎｓｉｓｔｅｎｔｗｉｔｈｔｈｅａｎａｌｙｔｉｃｒｅｓｕｌｔｓｏｂｔａｉｎｅｄｂａｓｅｄｏｎｔｈｅｇｅｎｏｍｅ￣ｗｉｄｅＳＮＰｓａ￣ｎａｌｙｓｉｓꎬｗｈｉｃｈｉｎｄｉｃａｔｅｄｔｈａｔｔｈｅｇｅｎｅｔｉｃｂａｃｋｇｒｏｕｎｄｏｆＳＧ７ｗａｓｃｏｍｐｌｅｘ.Ｔｈｅｒｅｓｕｌｔｓｃａｎｐｒｏｖｉｄｅｄａｔａｂａｓｉｓｆｏｒｔｈｅｒｅ￣ｓｅａｒｃｈａｔｔｈｅｗｈｏｌｅｇｅｎｏｍｅｌｅｖｅｌａｎｄｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔｏｆＥ.ｒｈｕｓｉｏｐａｈｉａｅｖａｃｃｉｎｅ.Ｋｅｙｗｏｒｄｓ:㊀Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｈｒｉｘｒｈｕｓｉｏｐａｈｉａｅꎻｗｈｏｌｅ￣ｇｅｎｏｍｅｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇꎻｓｕｒｆａｃｅｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅａｎｔｉｇｅｎＡ(ＳｐａＡ)㊀㊀猪丹毒丝菌(Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｈｒｉｘｒｈｕｓｉｏｐａｈｉａｅ)又称红斑丹毒丝菌ꎬ属于丹毒丝菌属(Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏ￣ｔｈｒｉｘ)ꎬ呈纤细杆状ꎬ是一种革兰氏阳性的人畜４９６共患病病原菌ꎮ猪丹毒是由猪丹毒丝菌引发的一种急性㊁热性传染病ꎬ能导致家禽㊁畜类的一系列皮肤感染及败血症ꎮ人类因外伤局部感染猪丹毒丝菌ꎬ会发生类丹毒ꎬ感染时手指出现斑点或肿起[１￣２]ꎮ在２０世纪８０至９０年代ꎬ猪丹毒与猪肺疫㊁猪瘟并称中国养猪业三大传染病ꎬ给养猪业带来巨大的损失并影响人类健康[３]ꎮ近年来ꎬ猪丹毒在中国多个省份均有发生ꎬ且发病率呈上升趋势[４]ꎮ目前预防和控制猪丹毒疫病的主要手段是接种疫苗ꎬ传统疫苗虽然对猪丹毒的预防起到一定作用ꎬ但仍有保护率低㊁保护周期短等缺点ꎮ细菌的毒力因子是人们研制新型疫苗的标靶[５]ꎮ有研究结果表明ꎬ猪丹毒丝菌表面保护性抗原Ａ(ＳｐａＡ)是其重要的毒力因子[６￣７]ꎬ可以通过介导猪丹毒丝菌与猪内皮细胞的黏附而侵入宿主发挥作用[７]ꎮ同时亦有很多研究结果证实了ＳｐａＡ蛋白的Ｎ端区域为免疫保护区ꎬ对猪丹毒丝菌毒株有良好的免疫保护作用[８￣１０]ꎮ全基因组测序是通过ＤＮＡ测序仪对物种基因进行测序的一种生物信息学手段ꎬ全基因组测序分辨率高㊁分析速度快ꎬ为传染性疾病的调查提供了新的方法ꎬ对疫病监测具有重要的指导意义[１１]ꎮ本研究拟通过测定分离自广东省韶关市的猪丹毒丝菌毒力菌株ＳＧ７[１２]的全基因序列ꎬ利用相关软件进行全基因组的注释分析ꎬ并分析ＳｐａＡ的遗传多样性ꎬ以期为猪丹毒丝菌的后续研究提供有利的数据支撑ꎬ也为新型亚单位疫苗的开发和改良奠定理论基础ꎮ１㊀材料与方法１.１㊀菌株从广东省韶关市某猪丹毒发病猪场分离获得猪丹毒丝菌菌株ＳＧ７ꎬ通过动物试验鉴定为毒力菌株ꎬ半致死量(ＬＤ５０)为７.３ˑ１０３ＣＦＵ[１２]ꎮ１.２㊀基因组的测序与注释将得到的猪丹毒丝菌ＤＮＡ样品进行ＩｌｌｕｍｉｎａＨｉｓｅｑＴＭ测序ꎬ获得原始图像数据ꎬ再经过碱基识别得到原始测序数据ꎮ但鉴于Ｉｌｌｕｍｉｎａ测序过程中产生的错误会对最终的分析结果造成影响ꎬ为了数据的准确性ꎬ通过软件ＦａｓｔＱＣ对测序数据质量进行可视化评估ꎬ再利用软件Ｔｒｉｍｍｏｍａｔｉｃ[１３]过滤原始数据ꎬ以保证信息分析的准确性ꎮ使用软件ＳＰＡｄｅｓ[１４]对得到的测序数据进行拼接ꎬ然后对拼接得到的重叠群进行填补空隙ꎮ在修正拼接过程中ꎬ产生剪辑错误及小片段插入缺失会影响分析的准确性ꎬ因此需要采用软件ＰｒＩｎＳｅＳ￣Ｇ[１５]进行序列矫正ꎬ得到最终的结果ꎮ拼接结果采用软件Ｐｒｏｋｋａ[１６]进行基因元件的分析预测ꎬ同时利用软件ＲｅｐｅａｔＭｏｄｅｌｅｒ鉴定ＳＧ７基因组上的重复序列ꎮ最后ꎬ采用软件ＮＣＢＩＢｌａｓｔ＋将蛋白质氨基酸序列与ＣＯＧ㊁ＫＥＧＧ㊁ＶＦＤＢ等数据库的数据进行比对ꎬ获得蛋白质功能注释信息ꎮ１.３㊀ＳｐａＡ基因碱基序列分析从测定的ＳＧ７菌株以及ＧｅｎＢａｎｋ上公布的猪丹毒丝菌全基因组序列中提取ＳｐａＡ基因碱基序列ꎬ并翻译为氨基酸序列ꎬ根据前人描述的方法[１７￣１８]分析ＳｐａＡ基因４３２ｂｐ高变区对应蛋白质Ｎ端的氨基酸序列ꎮ１.４㊀ＳＧ７菌株与其他猪丹毒丝菌的比较基因组学分析㊀㊀对ＳＧ７菌株与ＧｅｎＢａｎｋ上公布的猪丹毒丝菌完整的全基因组序列进行比较基因组学分析ꎬ并构建基于全基因组单核苷酸多态性(ＳＮＰｓ)系统进化树图ꎮ２㊀结果与分析２.１㊀猪丹毒丝菌菌株ＳＧ７基因组的基本特征表１显示ꎬ猪丹毒丝菌菌株ＳＧ７的基因组全长为１８３４２９１.００ｂｐꎬＧ＋Ｃ含量为３６３０％ꎮ组分分析发现ꎬ基因总数为１８４６个ꎬ碱基数为１６８５４４２.００个ꎬ基因平均长度为９１３０２ｂｐꎬ占基因组全长的９１８９％ꎬ蛋白质预测数为１７５５个ꎮ采用软件Ａｒａ￣ｇｏｒｎ预测ｔＲＮＡꎬ预测数为５５个ꎬ采用软件ＲＮＡｍ￣ｍｅｒ预测ｒＲＮＡꎬ预测数为３个ꎮ利用软件Ｒｅｐｅａｔ￣Ｍｏｄｅｌｅｒ对重复序列进行预测ꎬＳＧ７菌株共有１０７个平均长度为１７０３０ｂｐ的重复序列ꎬ其中ＤＮＡ重复元件有１９个ꎬ低复杂度序列有１２个ꎬ微卫星ＤＮＡ序列有７６个ꎮ２.２㊀猪丹毒丝菌菌株ＳＧ７全基因组的注释在猪丹毒丝菌菌株ＳＧ７已经预测的１７５５个基因中ꎬ有１３１６个基因注释到ＣＯＧ数据库中[１９]ꎬ占预测基因的７４９９％ꎬ将这些基因信息依据ＣＯＧ分类标准进行分类ꎬ可分为１９类ꎻ有１０７９个基因注释到ＫＥＧＧ数据库中[２０]ꎬ占预测基因的６１４８％ꎬ可将这些基因划分为２４类代谢通路ꎮ５９６彭㊀凌等:一株猪丹毒丝菌的全基因组测序及ＳｐａＡ基因分析表１㊀猪丹毒丝菌ＳＧ７基因预测结果Ｔａｂｌｅ１㊀ＰｒｅｄｉｃｔｉｏｎｒｅｓｕｌｔｓｏｆＥｒｙｓｉｐｅｌｏｔｈｒｉｘｒｈｕｓｉｏｐａｈｉａｅＳＧ７ｇｅｎｅ类别㊀㊀㊀㊀㊀㊀统计结果基因组长度(ｂｐ)１８３４２９１.００Ｇ＋Ｃ含量(％)３６.３０基因总数１８４６.００最小基因长度(ｂｐ)６７.００最大基因长度(ｂｐ)７６４４.００基因平均长度(ｂｐ)９１３.０２碱基数１６８５４４２.００基因比率(％)９１.８９蛋白质预测数１７５５.００ｔＲＮＡ数５５.００ｒＲＮＡ数３.００重复区数目１０７.００重复区碱基数(ｂｐ)１８２２２.００重复区比率(％)０.９９ＤＮＡ重复元件１９.００低复杂度序列１２.００微卫星ＤＮＡ序列７６.００㊀㊀ＶＦＤＢ[２１]是专门用于研究致病因子的数据库ꎬ包括ＳｅｔＡ和ＳｅｔＢ２部分ꎮ将猪丹毒丝菌菌株ＳＧ７预测得到的基因碱基序列㊁蛋白质氨基酸序列与ＶＦＤＢ数据库中的数据进行比对ꎬ把基因和其相对应的毒力因子功能注释信息结合起来ꎬ有１０８个基因注释到ＳｅｔＡ数据库ꎬ有１１４个基因注释到ＳｅｔＢ数据库ꎮＣＡＲＤ[２２]是耐药基因数据库ꎬ能为药物作用研究以及环境治理提供研究依据ꎮ将猪丹毒丝菌菌株ＳＧ７预测得到的基因碱基序列㊁蛋白质氨基酸序列与ＣＡＲＤ数据库中的数据进行比对ꎬ有２３个基因注释到ＣＡＲＤ数据库ꎮＰＨＩ￣ｂａｓｅ[２３]是病原与宿主互作数据库ꎬ用于寻找药物干预的靶基因ꎮ将猪丹毒丝菌菌株ＳＧ７预测得到的基因碱基序列㊁蛋白质氨基酸序列与ＰＨＩ￣ｂａｓｅ数据库中的数据进行比对ꎬ有３４个基因注释到ＰＨＩ￣ｂａｓｅ数据库ꎮ２.３㊀猪丹毒丝菌ＳｐａＡ基因分析当前ＧｅｎＢａｎｋ上公布的猪丹毒丝菌完整基因组序列共有８条ꎬ从ＳＧ７和ＧｅｎＢａｎｋ中的８株猪丹毒丝菌的基因组序列中提取ＳｐａＡ基因４３２ｂｐ高变区ꎬ并对相应蛋白质的Ｎ端进行分析ꎬ结果表明ꎬ９个菌株中有５个菌株为Ｍｅｔ２０３/Ｉｌｅ２５７型ꎬ３个菌株为Ｉｌｅ２０３/Ｉｌｅ２５７型ꎬ１个菌株为Ｉｌｅ２０３/Ｌｅｕ２５７型ꎮ２.４㊀ＳＧ７菌株与其他猪丹毒丝菌全基因组的比较分析㊀㊀将ＳＧ７菌株与ＧｅｎＢａｎｋ中８株猪丹毒丝菌菌株的全基因组基本信息进行比较ꎬ结果(表２)显示ꎬ猪丹毒丝菌全基因组长度为１７５２９１０~１９４５６９０ｂｐꎬＧ＋Ｃ含量维持在３６.３％~３６６％ꎬ基因数保持在１７０８~１９１５个ꎬ而蛋白质数为１３９０~１８０１个ꎬ表现出较大差异ꎻｔＲＮＡ保持在５５个左右ꎬ但不同菌株中的ｒＲＮＡ数量差异较大ꎬＳＧ７的ｒＲＮＡ仅为３个ꎬ数量远低于其他菌株ꎮ９个菌株的共有基因为１２３４个ꎬ特有基因为１９３个ꎮ将上述８株菌株与ＳＧ７菌株的全基因组进行比较分析ꎬ并构建系统进化树图(图１)ꎬ该进化树含有３个分支ꎬＳＧ７菌株与英国分离株ＮＣＴＣ８１６３㊁韩国分离株ＫＣ￣Ｓｂ￣Ｒ１㊁中国南京分离株ＳＹ１０２７同处一个分支ꎻ而其他４个国内分离株处于第二分支ꎻ日本分离株Ｆｕｊｉｓａｗａ单独为一个分支ꎮ表２㊀ＳＧ７菌株与其他猪丹毒丝菌全基因组基本信息比较Ｔａｂｌｅ２㊀ＣｏｍｐａｒｉｓｏｎｏｆｇｅｎｏｍｉｃｂａｓｉｃｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｂｅｔｗｅｅｎＳＧ７ａｎｄｏｔｈｅｒＥｒｙｓｉｐｅｌｏｔｈｒｉｘｒｈｕｓｉｏｐａｈｉａｅ菌株㊀㊀㊀来源㊀㊀长度(ｂｐ)Ｇ＋Ｃ含量(％)ｒＲＮＡ数ｔＲＮＡ数基因数蛋白质数Ｆｕｊｉｓａｗａ日本１７８７９４０３６.６２１５５１７５７１６６０ＺＪ中国成都１９４５６９０３６.５１８５５１９１５１８０１ＭＬ１０１中国长沙１８５４２５０３６.４１５５５１８３０１７１１ＷＨ１３０１３中国武汉１７７８０６０３６.５１５５５１７４５１６５４ＧＸＢＹ￣１中国南宁１８７６４９０３６.５２７５７１８３５１７２７ＳＹ１０２７中国南京１７５２９１０３６.４１０５３１７１９１３９０ＮＣＴＣ８１６３英国１７７０４１０３６.６２７５５１７１５１６１７ＫＣ￣Ｓｂ￣Ｒ１韩国１７７１６７０３６.６２１５５１７０８１６０６ＳＧ７中国韶关１８３４２９１３６.３３５５１８６４１７５５６９６江苏农业学报㊀２０２１年第３７卷第３期图１㊀９个猪丹毒丝菌菌株全基因组单核苷酸多态性(ＳＮＰｓ)的系统进化树Ｆｉｇ.１㊀ＰｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｔｒｅｅｏｆｎｉｎｅＥｒｙｓｉｐｅｌｏｔｈｒｉｘｒｈｕｓｉｏｐａｈｉａｅｓｔｒａｉｎｓｂａｓｅｄｏｎｓｉｎｇｌｅｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ(ＳＮＰｓ)ｏｆｗｈｏｌｅｇｅｎｏｍｅｓｅｑｕｅｎｃｅ３㊀讨论猪丹毒作为一种人畜共患病ꎬ给养猪业带来巨大的经济损失并影响人类健康ꎬ该病的主要预防手段是疫苗接种ꎬ但传统灭活疫苗存在免疫效果不持久ꎬ不能产生细胞免疫等局限性[２４]ꎮ猪丹毒的药物治疗大多采用β￣内酰胺类抗生素ꎬ但过分依赖抗生素ꎬ会导致耐药性的出现以及药物残留的风险[２５￣２７]ꎬ有地区就曾分离出猪丹毒丝菌青霉素耐药菌株[２８]ꎮ因此ꎬ开发更为有效的亚单位疫苗是科学防控猪丹毒的关键ꎮ尽管从１８７６年首次分离该菌至今已经过去了１００多年ꎬ但我们对猪丹毒丝菌分子机制的了解仍然十分有限[２９￣３０]ꎮ２０１１年德国北部暴发大肠杆菌疫情ꎬ造成数千人感染ꎬ数十人死亡ꎬ但病原菌株的病原培养特性和细菌多位点序列分型(ＭＬＳＴ)分析结果均与肠出血性大肠杆菌菌株相差甚远ꎬ有学者怀疑是新型的致病性大肠杆菌ꎬ经过全基因组测序分析发现ꎬ该菌株与肠聚集性大肠杆菌的亲缘关系更为接近ꎬ在进化上处于同一分支ꎬ但在进化过程中获得了志贺毒素编码基因ｓｔｘ２及多种耐药基因ꎬ使其获得了更强的生存能力ꎬ造成了病原菌的广泛传播[３１]ꎮ可见ꎬ全基因组分析对病原菌株的监测以及遗传变异检测有很大帮助ꎬ全基因组测序为我们从分子水平研究猪丹毒丝菌提供了便利ꎮ本研究测定了猪丹毒丝菌菌株ＳＧ７临床毒株[１２]全基因组序列ꎬ并通过使用相关的生物信息学软件及数据库对其进行注释ꎬ揭示了该菌株的基因组结构特征ꎬ丰富了猪丹毒丝菌的基因组数据库ꎮ将ＳＧ７与ＧｅｎＢａｎｋ上公布的８株猪丹毒丝菌完整基因组序列的基本信息进行比较ꎬ除ｔＲＮＡ数和Ｇ＋Ｃ含量比较一致外ꎬ基因组长度㊁基因数㊁蛋白质数㊁ｒＲＮＡ数ＳＧ７菌株与国内外其他菌株存在不同程度的差异ꎬ这也许与不同地区饲养管理以及环境因素等存在差异有关ꎮ基于全基因组ＳＮＰｓ的系统发育分析结果表明ꎬ９株菌株聚为３个分支ꎬ这与Ｆｏｒｄｅ等[３２]㊁Ｏｇａｗａ等[１８]的研究结果一致ꎮ国内菌株并不完全处于同一分支ꎬＳＧ７菌株与南京分离株ＳＹ１０２７㊁英国分离株ＮＣＴＣ８１６３㊁韩国分离株ＫＣ￣Ｓｂ￣Ｒ１为同一个分支ꎬ而南宁分离株ＧＸＢＹ￣１㊁成都分离株ＺＪ㊁武汉分离株ＷＨ１３０１３㊁长沙分离株ＭＬ１０１这４个国内分离株则为另一分支ꎬ说明国内菌株至少有２个不同的进化途径ꎬＳＧ７菌株与英国分离株ＮＣＴＣ８１６３关系最近ꎮＳｐａＡ高变区的氨基酸序列分析结果表明ꎬ９株菌株可分为３个ＳｐａＡ型ꎬＳＧ７菌株和南宁分离株ＧＸＢＹ￣１㊁成都分离株ＺＪ㊁武汉分离株ＷＨ１３０１３㊁长沙分离株ＭＬ１０１均为Ｍｅｔ２０３/Ｉｌｅ２５７型ꎮＵｃｈｉｙａｍａ等[１７]认为携带Ｍｅｔ２０３的分离株为高致病性菌株ꎮＯｇａｗａ等[１８]对分离自日本的３４株菌株进行分析ꎬ结果表明这些菌株的ＳｐａＡ基因分型结果与基于全基因组ＳＮＰｓ分析获得的分类结果是一致的ꎬ本研究中除ＳＧ７菌株外ꎬ其他８个菌株亦如此ꎮ与ＳＧ７菌株处同一分支的其他菌株均为Ｉｌｅ２０３/Ｉｌｅ２５７型ꎬＳＧ７菌株为携带Ｍｅｔ２０３的高致病性菌株(ＬＤ５０为７.３ˑ１０３ＣＦＵ)ꎬ但它与携带Ｍｅｔ２０３的其他菌株不处于同一进化分支ꎬ因此推测ＳＧ７菌株在进化过程中也许与携带Ｍｅｔ２０３的进化分支的菌株接触后进行了ＳｐａＡ基因的重组交换ꎮ本研究结果为猪丹毒丝菌基因组整体水平研究和亚单位疫苗的开发提供了数据基础ꎮ７９６彭㊀凌等:一株猪丹毒丝菌的全基因组测序及ＳｐａＡ基因分析参考文献:[１]㊀ＧＯＲＢＹＧＬꎬＰＥＡＣＯＣＫＪＥ.Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｈｒｉｘｒｈｕｓｉｏｐａｔｈｉａｅｅｎｄｏ￣ｃａｒｄｉｔｉｓ:ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｉｃꎬｅｐｉｄｅｍｉｏｌｏｇｉｃꎬａｎｄｃｌｉｎｉｃａｌｆｅａｔｕｒｅｓｏｆａｎｏｃｃｕｐａｔｉｏｎａｌｄｉｓｅａｓｅ[Ｊ].ＲｅｖｉｅｗｓｏｆＩｎｆｅｃｔｉｏｕｓＤｉｓｅａｓｅｓꎬ１９８８ꎬ１０(２):３１７￣３２５.[２]㊀ＷＡＮＧＱꎬＣＨＡＮＧＢＪꎬＲＩＬＥＹＴＶ.Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｈｒｉｘｒｈｕｓｉｏｐａｔｈｉａｅ[Ｊ].ＶｅｔｅｒｉｎａｒｙＭｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙꎬ２０１０ꎬ１４０(３/４):４０５￣４１７. [３]㊀周绪斌ꎬ丹㊀尼ꎬ李㊀聪ꎬ等.猪丹毒古老的传染病是否从中国规模化猪场消失了?[Ｊ].今日养猪业ꎬ２００９(５):２２￣２４. [４]㊀李文春ꎬ杨仕标ꎬ李富祥.一株猪丹毒杆菌的分离鉴定及ＳｐａＡ基因序列分析[Ｊ].上海畜牧兽医通讯ꎬ２０２０(３):９￣１２. [５]㊀周作勇ꎬ李和贤ꎬ杨浩钺ꎬ等.伪结核棒状杆菌毒力因子的研究进展[Ｊ].中国人兽共患病学报ꎬ２０１７ꎬ３３(１２):１１１５￣１１１９. [６]㊀ＢＯＲＲＡＴＨＹＢＡＹＥꎬＧＯＮＧＦＪꎬＺＨＡＮＧＬꎬｅｔａｌ.Ｒｏｌｅｏｆｓｕｒ￣ｆａｃｅｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅａｎｔｉｇｅｎＡｉｎｔｈｅｐａｔｈｏｇｅｎｅｓｉｓｏｆＥｒｙｓｉｐｅｌｏｔｈｒｉｘｒｈｕ￣ｓｉｏｐａｔｈｉａｅｓｔｒａｉｎＣ４３０６５[Ｊ].ＪｏｕｒｎａｌｏｆＭｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙａｎｄＢｉｏｔｅｃｈ￣ｎｏｌｏｇｙꎬ２０１５ꎬ２５(２):２０６￣２１６.[７]㊀ＨＡＲＡＤＡＴꎬＯＧＡＷＡＹꎬＥＧＵＣＨＩＭꎬｅｔａｌ.ＰｈｏｓｐｈｏｒｙｌｃｈｏｌｉｎｅａｎｄＳｐａＡꎬａｃｈｏｌｉｎｅ￣ｂｉｎｄｉｎｇｐｒｏｔｅｉｎꎬａｒｅｉｎｖｏｌｖｅｄｉｎｔｈｅａｄｈｅｒ￣ｅｎｃｅｏｆＥｒｙｓｉｐｅｌｏｔｈｒｉｘｒｈｕｓｉｏｐａｔｈｉａｅｔｏｐｏｒｃｉｎｅｅｎｄｏｔｈｅｌｉａｌｃｅｌｌｓꎬｂｕｔｔｈｉｓａｄｈｅｒｅｎｃｅｉｓｎｏｔｍｅｄｉａｔｅｄｂｙｔｈｅＰＡＦｒｅｃｅｐｔｏｒ[Ｊ].Ｖｅｔｅｒ￣ｉｎａｒｙＭｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙꎬ２０１４ꎬ１７２(１/２):２１６￣２２２. [８]㊀吾鲁木汗那孜尔别克ꎬ张㊀磊ꎬ何㊀翠ꎬ等.猪丹毒丝菌天然ＳｐａＡ和重组ＳｐａＡ￣Ｎ免疫保护效果的评价[Ｊ].微生物学报ꎬ２０１０ꎬ５０(３):３６７￣３７２.[９]㊀姚焱彬ꎬ陆㊀萍ꎬ杨志鹏ꎬ等.猪丹毒丝菌ＳｐａＡ基因原核表达及表达蛋白质的免疫原性分析[Ｊ].畜牧兽医学报ꎬ２０１７ꎬ４８(３):４９２￣５００.[１０]蒋志琼ꎬ钟泽民ꎬ谭博敏ꎬ等.丹毒丝菌ＳｐａＡ基因免疫保护区的克隆及其在毕赤酵母中的表达[Ｊ].华南农业大学学报ꎬ２０１５ꎬ３６(３):２０￣２５.[１１]周江林ꎬ彭小川ꎬ胡明达ꎬ等.基于全基因组测序的细菌进化研究进展[Ｊ].生物技术通讯ꎬ２０１８ꎬ２９(６):８４４￣８５０.[１２]周㊀迪ꎬ杨旭夫ꎬ彭㊀凌.红斑丹毒丝菌的分离鉴定及药敏试验[Ｊ].动物医学进展ꎬ２０２０ꎬ４１(２):３３￣３８.[１３]ＢＯＬＧＥＲＡＭꎬＬＯＨＳＥＭꎬＵＳＡＤＥＬＢ.Ｔｒｉｍｍｏｍａｔｉｃ:ａｆｌｅｘｉｂｌｅｔｒｉｍｍｅｒｆｏｒＩｌｌｕｍｉｎａｓｅｑｕｅｎｃｅｄａｔａ[Ｊ].Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓꎬ２０１４ꎬ３０(１５):２１１４￣２１２０.[１４]ＢＡＮＫＥＶＩＣＨＡꎬＮＵＲＫＳꎬＡＮＴＩＰＯＶＤꎬｅｔａｌ.ＳＰＡｄｅｓ:ａｎｅｗｇｅｎｏｍｅａｓｓｅｍｂｌｙａｌｇｏｒｉｔｈｍａｎｄｉｔｓａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓｔｏｓｉｎｇｌｅ￣ｃｅｌｌｓｅ￣ｑｕｅｎｃｉｎｇ[Ｊ].ＪｏｕｒｎａｌｏｆＣｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌＢｉｏｌｏｇｙꎬ２０１２ꎬ１９(５):４５５￣４７７.[１５]ＭＡＳＳＯＵＲＡＳＡꎬＨＥＮＳＫꎬＧＵＢＥＬＭＡＮＮＣꎬｅｔａｌ.Ｐｒｉｍｅｒ￣ｉｎｉｔｉ￣ａｔｅｄｓｅｑｕｅｎｃｅｓｙｎｔｈｅｓｉｓｔｏｄｅｔｅｃｔａｎｄａｓｓｅｍｂｌｅｓｔｒｕｃｔｕｒａｌｖａｒｉａｎｔｓ[Ｊ].ＮａｔｕｒｅＭｅｔｈｏｄｓꎬ２０１０ꎬ７(７):４８５￣４８６.[１６]ＳＥＥＭＡＮＮＴ.Ｐｒｏｋｋａ:ｒａｐｉｄｐｒｏｋａｒｙｏｔｉｃｇｅｎｏｍｅａｎｎｏｔａｔｉｏｎ[Ｊ].Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓꎬ２０１４ꎬ３０(１４):２０６８￣２０６９.[１７]ＵＣＨＩＹＡＭＡＭꎬＹＡＭＡＭＯＴＯＫꎬＯＣＨＩＡＩＭꎬｅｔａｌ.ＰｒｅｖａｌｅｎｃｅｏｆＭｅｔ￣２０３ｔｙｐｅＳｐａＡｖａｒｉａｎｔｉｎＥｒｙｓｉｐｅｌｏｔｈｒｉｘｒｈｕｓｉｏｐａｔｈｉａｅｉｓｏ￣ｌａｔｅｓａｎｄｔｈｅｅｆｆｉｃａｃｙｏｆｓｗｉｎｅｅｒｙｓｉｐｅｌａｓｖａｃｃｉｎｅｓｉｎＪａｐａｎ[Ｊ].Ｂｉ￣ｏｌｏｇｉｃａｌｓꎬ２０１４ꎬ４２(２):１０９￣１１３.[１８]ＯＧＡＷＡＹꎬＳＨＩＲＡＩＷＡＫꎬＯＧＵＲＡＹꎬｅｔａｌ.ＣｌｏｎａｌｌｉｎｅａｇｅｓｏｆＥｒｙｓｉｐｅｌｏｔｈｒｉｘｒｈｕｓｉｏｐａｔｈｉａｅｒｅｓｐｏｎｓｉｂｌｅｆｏｒａｃｕｔｅｓｗｉｎｅｅｒｙｓｉｐｅｌａｓｉｎＪａｐａｎｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄｂｙｕｓｉｎｇｇｅｎｏｍｅ￣ｗｉｄｅｓｉｎｇｌｅｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｐｏｌｙ￣ｍｏｒｐｈｉｓｍａｎａｌｙｓｉｓ[Ｊ].Ａｐｐｌｉｅｄ＆ＥｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌＭｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙꎬ２０１７ꎬ８３(１１):ｅ００１３０￣１７.[１９]ＴＡＴＵＳＯＶＲＬꎬＧＡＬＰＥＲＩＮＭＹꎬＮＡＴＡＬＥＤＡꎬｅｔａｌ.ＴｈｅＣＯＧｄａｔａｂａｓｅ:ａｔｏｏｌｆｏｒｇｅｎｏｍｅ￣ｓｃａｌｅａｎａｌｙｓｉｓｏｆｐｒｏｔｅｉｎｆｕｎｃ￣ｔｉｏｎｓａｎｄｅｖｏｌｕｔｉｏｎ[Ｊ].ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓｅａｒｃｈꎬ２０００ꎬ２８(１):３３￣３６.[２０]ＫＡＮＥＨＩＳＡＭꎬＧＯＴＯＳ.ＫＥＧＧ:ｋｙｏｔｏｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａｏｆｇｅｎｅｓａｎｄｇｅｎｏｍｅｓ[Ｊ].ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓｅａｒｃｈꎬ２０００ꎬ２８(１):２７￣３０. [２１]ＣＨＥＮＬꎬＺＨＥＮＧＤꎬＬＩＵＢꎬｅｔａｌ.ＶＦＤＢ２０１６:ｈｉｅｒａｒｃｈｉｃａｌａｎｄｒｅｆｉｎｅｄｄａｔａｓｅｔｆｏｒｂｉｇｄａｔａａｎａｌｙｓｉｓ￣１０ｙｅａｒｓｏｎ[Ｊ].ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓｅａｒｃｈꎬ２０１６ꎬ４４:Ｄ６９４￣Ｄ６９７.[２２]ＭＣＡＲＴＨＵＲＡＧꎬＷＡＧＬＥＣＨＮＥＲＮꎬＮＩＺＡＭＦꎬｅｔａｌ.Ｔｈｅｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅａｎｔｉｂｉｏｔｉｃｒｅｓｉｓｔａｎｃｅｄａｔａｂａｓｅ[Ｊ].ＡｎｔｉｍｉｃｒｏｂｉａｌＡ￣ｇｅｎｔｓａｎｄＣｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｙꎬ２０１３ꎬ５７(７):３３４８￣３３５７.[２３]ＵＲＢＡＮＭꎬＰＡＮＴＲꎬＲＡＧＨＵＮＡＴＨＡꎬｅｔａｌ.Ｔｈｅｐａｔｈｏｇｅｎ￣ｈｏｓｔｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓｄａｔａｂａｓｅ(ＰＨＩ￣ｂａｓｅ):ａｄｄｉｔｉｏｎｓａｎｄｆｕｔｕｒｅｄｅｖｅｌｏｐ￣ｍｅｎｔｓ[Ｊ].ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓｅａｒｃｈꎬ２０１５ꎬ４３:Ｄ６４５￣Ｄ６５５. [２４]姚焱彬.猪丹毒丝菌灭活疫苗的制备及其对小鼠的免疫效力研究[Ｄ].合肥:安徽农业大学ꎬ２０１８.[２５]张㊀珍ꎬ施开创ꎬ王孝德ꎬ等.２０１５－２０１７年广西鸡源沙门氏菌耐药性与致病性的相关性分析[Ｊ].南方农业学报ꎬ２０１９ꎬ５０(１０):２３５０￣２３５８.[２６]徐重新ꎬ刘㊀敏ꎬ张㊀霄ꎬ等.农药危害风险及其残留检测用广谱特异性抗体研究进展[Ｊ].江苏农业学报ꎬ２０１９ꎬ３５(２):４８９￣４９６.[２７]王志芳ꎬ雷㊀燕ꎬ肖㊀俊ꎬ等.广西罗非鱼主产区养殖池塘抗生素残留状况分析[Ｊ].南方农业学报ꎬ２０１９ꎬ５０(４):８９１￣８９７. [２８]胡晓芬ꎬ王㊀静ꎬ熊剑锋ꎬ等.一起猪丹毒杆菌病例的临床分离鉴定及诊治[Ｊ].养猪ꎬ２０１４(２):１０７￣１０９.[２９]王力波.猪丹毒丝菌广西分离株生物学特性研究及其基因组生物信息学分析[Ｄ].长春:吉林农业大学ꎬ２０１５.[３０]曹文尧.丹毒丝菌表面保护抗原Ａ作为重组亚单位疫苗和核酸疫苗的初步研究[Ｄ].乌鲁木齐:新疆大学ꎬ２００７. [３１]ＣＵＩＹꎬＬＩＤꎬＹＡＮＧＲ.Ｓｈｉｇａｔｏｘｉｎ￣ｐｒｏｄｕｃｉｎｇＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉＯ１０４ʒＨ４:ａｎｅｍｅｒｇｉｎｇｉｍｐｏｒｔａｎｔｐａｔｈｏｇｅｎｉｎｆｏｏｄｓａｆｅｔｙ[Ｊ].ＣｈｉｎｅｓｅＳｃｉｅｎｃｅＢｕｌｌｅｔｉｎꎬ２０１３ꎬ５８(１４):１６２５￣１６３１. [３２]ＦＯＲＤＥＴꎬＢＩＥＫＲꎬＺＡＤＯＫＳＲꎬｅｔａｌ.Ｇｅｎｏｍｉｃａｎａｌｙｓｉｓｏｆｔｈｅｍｕｌｔｉ￣ｈｏｓｔｐａｔｈｏｇｅｎＥｒｙｓｉｐｅｌｏｈｒｉｘｒｈｕｓｉｏｐａｔｈｉａｅｒｅｖｅａｌｓｅｘｔｅｎｓｉｖｅｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎａｓｗｅｌｌａｓｔｈｅｅｘｉｓｔｅｎｃｅｏｆｔｈｒｅｅｇｅｎｅｒａｌｉｓｔｃｌａｄｅｓｗｉｔｈｗｉｄｅｇｅｏｇｒａｐｈｉｃｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ[Ｊ].ＢＭＣＧｅｎｏｍｉｃｓꎬ２０１６ꎬ４６１(１７):１￣１５.(责任编辑:王㊀妮)８９６江苏农业学报㊀２０２１年第３７卷第３期。

一株猪丹毒杆菌的分离鉴定及spaA基因序列分析

株猪丹毒杆菌的分离鉴定及#a A基因序列分析李文春&杨仕标2李富祥2"(1云南生物制药有限公司云南昆明6605032云南省畜牧兽医科学院云南省热带亚热带动物病毒病重点实验室云南昆明650221 )[摘要]从猪丹毒疑似病例肺脏中分离到1株革兰阳性小杆菌，编号为Y N19071，对其进行形态学、分子生物学鉴定，并研究其致病性、耐药性以及#a A基因遗传进化关系。

16S r R N A基因序列在N C B I数据库中进行B L A S T比对，结果显示分离株Y N19071与猪丹毒杆菌（E r；y5i_^e Z o Z：/iri:c r/iw«〇a认a e)模式菌株A T C C19414T同源性99. 9%，对小鼠有较强的致病性。

#a A基因进化分析显示，Y N19071与10株猪丹毒杆菌中国分离株之间的同源性为98. 8%$99. 5%，与疫苗株G4T10同源性为99. 3%。

与疫苗株G4T10相比较，云南分离株Y N19071的基因存在3个突变位点T609G、A635G和A671G，对应的氨基酸序列也存在3个突变位点I203M、E212G和 E224G。

本研究在首次对云南猪丹毒杆菌#a A基因遗传进化分析，对云南猪丹毒杆菌的疫苗免疫防控具有指导意义。

关键词：猪丹毒杆菌&分离&致病性& #a A基因红斑丹毒丝 K C ry!p el〇thrix rhusiopathiae,：r)又称猪丹毒杆菌，为丹毒丝菌科（Erysipe-lotrichaceae)丹毒丝菌属 C y S p e Z o h r ix)的成员。

该菌可感染多种哺乳动物、禽类和水产动物。

其中猪感染最为常见，牛、羊、鸡、鸭、鸽子、鱼等多种动物也易感[13]，人可经外伤局部感染而发生“类丹毒％20。

近年来，猪丹毒（Swine erysipelas，SE)在中国多个省份零星暴发或流行性发生，其发病率呈上升趋势，且常常导致急性死亡，给养猪业造成严重的经济损失，严重威胁畜牧业的健康发展。

一株猪丹毒丝菌的分离鉴定

Isolation and identification of a strain of Erysipelothrix rhusiopathiae
Yuting Cheng (Guangdong Agricultural Products Quality and Safety Center, Guangzhou, Guangdong 510000, China) Abstract: Swine erysipelas is an infectious disease caused by E.rhusiopathiae. The main clinical features are acute sepsis type, subacute rash type and chronic multiple arthritis type or endocarditis type. When the disease suddenly occurs in pigs, once the veterinary couldn't make a correct diagnosis and work out effective treatment quickly, then it often brings great economic losses to the farmers by sudden deaths in the group. An acute disease characterized by septicaemia and sudden deaths occurred in feeder pigs aged 14-15 weeks in a large pig farms of Chaozhou, Guangdong, which was ﬁnally diagnosed as E.rhusiopathiae by means of laboratory diagnosis. Keywords: E.rhusiopathiae; Bacteria; Identiﬁcation; Isolation; Swine

红斑丹毒丝菌的分离鉴定及药敏试验

类均敏感；对磺胺类药物、利福平和氟罗沙星耐药。对菌株ＣＺ１和实验室早前分离的韶关株ＳＧ７分别进行小鼠ＬＤ５０测定，测得ＣＺ１株和ＳＧ７株的ＬＤ５０分别为１．０２×１０４ＣＦＵ／ｍＬ和７．３×１０３ＣＦＵ／ｍＬ，表明ＣＺ１株的毒力弱于韶关分离株ＳＧ７株。用大鼠分别制备抗ＣＺ１株和ＳＧ７株高免血清，血清玻片凝集试验显示，抗ＣＺ１株和ＳＧ７株高免血清均能与自身菌株新鲜培养物发生强的凝集反应。交互凝集试验显示，抗ＣＺ１株高免血清能与ＳＧ７株新鲜培养物发生强的凝集反应，抗ＳＧ７株高免血清能与ＣＺ１株新鲜培养物发生强的凝集反应，表明此次潮州分离株ＣＺ１与ＳＧ７株很有可能属于同一种血清型分离株。而２种抗血清均不与现有疫苗株ＧＣ４２发生凝集反应，提示猪丹毒病的病原血清型可能发生了变化。关键词：红斑丹毒丝菌；分离纯化；鉴定；药敏试验；血清型
摘要：为确定引起广东潮州某猪场后备母猪发病的病原，采用自制的含马血清的牛心浸汁替代琼脂培养基，从送检的肝脏组织病料中分离到菌落形态一致的１株细菌，根据其菌落形态特征、革兰染色观察、生化特性和１６ＳｒＤＮＡ序列分析，最终鉴定为红斑丹毒丝菌，将其命名为ＣＺ１。ＣＺ１对３１种常用抗菌药物的药敏试验结果显示，该菌对青霉素类和头孢菌素类、四环素类、呋喃类、大部分氨基糖苷类、大环内酯类、喹诺酮

一组用于检测丹毒丝菌属相关菌种的引物组合、试剂盒及检测方法[

专利名称：一组用于检测丹毒丝菌属相关菌种的引物组合、试剂盒及检测方法
专利类型：发明专利
发明人：吴森,王绪敏,方向东,单广乐
申请号：CN202011623704.6
申请日：20201231
公开号：CN112626245A
公开日：
20210409
专利内容由知识产权出版社提供
摘要：本发明属于基因检测技术领域，具体涉及一组用于检测丹毒丝菌属相关菌种的引物组合、试剂盒及检测方法。

所述的引物组合包括以下核苷酸序列：检测Erysipelothrix rhusiopathiae strFujisawa(firmicutes)的引物对由SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示的两条核苷酸序列组成；检测Erysipelothrix rhusiopathiae strNCTC8163的引物对由SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4所示的两条核苷酸序列组成。

本发明提供的引物组合能准确检测出上述两种丹毒丝菌株，所述检测方法具有特异性强、准确性好、操作简便、成本低的优点。

申请人：中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)
地址：100101 北京市朝阳区北辰西路1号院104号楼
国籍：CN
代理机构：北京精金石知识产权代理有限公司
代理人：尉月丽
更多信息请下载全文后查看。

宏基因组快速鉴定病原菌策略

宏基因组快速鉴定病原菌策略
宏基因组学可用于快速鉴定病原菌的策略包括对宿主菌及其突变体的异源互补，这种方法是在选择性培养基上对目的基因缺陷的转化菌进行筛选。

这种方法可以对包括百万计的宏基因组文库进行简单而快速的筛选。

因为几乎没有假阳性，这种策略是一种针对目的基因高效筛选方法。

此外，基于酶活性的底物诱导基因表达筛选方法（SIGEX）也是一种高通量的筛选方法，采用了gfp基因表达载体和荧光激活细胞分选策略。

这种筛选方法是根据分解代谢基因的表达是由底物诱导，并通常是由靠近分解代谢的基因的调节元件的控制原理设计。

SIGEX方法就是将宏基因组文库中的DNA片段连接到gfp基因上游，从而使gfp 基因的表达与文库中的基因表达相偶联。

红霉素产生菌的筛选与鉴定生物技术毕业论文[管理资料]

本科毕业论文红霉素产生菌的筛选与鉴定Study on Erythromycin bacteria screening andevaluation毕业设计（论文）原创性声明和使用授权说明原创性声明本人郑重承诺：所呈交的毕业设计（论文），是我个人在指导教师的指导下进行的研究工作及取得的成果。

尽我所知，除文中特别加以标注和致谢的地方外，不包含其他人或组织已经发表或公布过的研究成果，也不包含我为获得安阳工学院及其它教育机构的学位或学历而使用过的材料。

对本研究提供过帮助和做出过贡献的个人或集体，均已在文中作了明确的说明并表示了谢意。

作者签名：日期：指导教师签名：日期：使用授权说明本人完全了解安阳工学院关于收集、保存、使用毕业设计（论文）的规定，即：按照学校要求提交毕业设计（论文）的印刷本和电子版本；学校有权保存毕业设计（论文）的印刷本和电子版，并提供目录检索与阅览服务；学校可以采用影印、缩印、数字化或其它复制手段保存论文；在不以赢利为目的前提下，学校可以公布论文的部分或全部内容。

作者签名：日期：目录摘要 (IV)Abstract............................................................................................................................................................ I I 引言 . (1)第一章绪论 (2)总体研究现状 (2)生产工艺优化研究现状 (2)红霉素简介 (3)红霉素的特点 (4)红霉素的性状 (4)红霉素的药理作用 (4)第二章材料与方法 (5)材料与仪器 (5)试验材料 (5)试验试剂 (5)试验仪器 (5)试验方法 (6)发酵液的预处理和过滤 (6)红霉素的提取 (6)发酵方法 (6)第三章试验结果 (8)选因素、定水平 (8)实验方案及其实验结果 (9)菌种的初筛与驯化 (12)红霉素产生菌的筛选和鉴定 (12)菌株的生物学特性及鉴定 (13)菌株的形态特征 (13)菌株的生理生化特征 (13)菌种鉴定 (16)第四章讨论 (18)结论 (19)参考文献 (20)致谢 (22)红霉素菌种的筛选及鉴定摘要：红霉素（erythromycin，Er）别名爱红康，是大家都非常熟悉的一种大环内酯类碱性抗生素，具有广谱抗菌活性，红霉素的抗菌谱和青霉素G相似，对革兰氏阳性菌具有抗菌活性。

经宏基因组二代测序诊断5例小克银汉霉菌感染及文献复习

㊃病例报告㊃经宏基因组二代测序诊断5例小克银汉霉菌感染及文献复习贾素珍罗雨晴陈怡俞康(温州医科大学附属第一医院血液内科血液重点实验室,温州325015)ʌ摘要ɔ报道5例恶性血液病患者治疗过程中并发真菌感染,由于疾病的特殊性无法进行侵袭性操作,经宏基因二代测序(m e t a g e n o m i c n e x t-g e n e r a t i o n s e q u e n c i n g,m N G S)诊断小克银汉霉菌感染㊂5例患者均患恶性血液病,3例存在粒细胞缺乏,4例肺部感染主要表现为咳嗽㊁气促㊁呼吸费力等,1例颅内感染表现为发热㊁单侧肢体无力麻木㊂5例血培养均为阴性,通过m N G S检测确诊为小克银汉霉菌感染,调整为以两性霉素B为基础的联合治疗㊂1例感染得到控制,4例出现脏器衰竭㊁脑出血等并发症后放弃治疗㊂回顾分析2012年1月 2022年5月期间发表的34例血液病合并小克银汉霉感染案例㊂ʌ关键词ɔ小克银汉霉属;血液病;宏基因组二代测序技术ʌ中图分类号ɔ R519.8 R446.5ʌ文献标志码ɔ A ʌ文章编号ɔ1673-3827(2023)18-0528-06F i v e c a s e s o f C u n n i n g h a m e l l a s p p.i n f e c t i o n d i a g n o s e d b y m e t a g e n o m i c n e x t-g e n e r a t i o n s e q u e n c i n g a n d l i t-e r a t u r e r e v i e wJ I A S u z h e n,L U O Y u q i n g,C H E N Y i,Y U K a n g(D e p a r t m e n t o f H e m a t o l o g y,T h e F i r s t A f f i l i a t e d H o s p i t a l o f W e n z h o u M e d i c a l U n i v e r s i t y,W e n z h o u,325015,C h i n a)ʌA b s t r a c tɔ T o r e p o r t5p a t i e n t s w i t h m a l i g n a n t h e m a t o l o g i c a l d i s e a s e s c o m p l i c a t e d w i t h f u n g a l i n f e c t i o n d u r i n g t h e t r e a t-m e n t.D u e t o t h e p a r t i c u l a r i t y o f t h e d i s e a s e,t h e i n v a s i v e o p e r a t i o n c o u l d n o t b e c a r r i e d o u t.T h e s e c a s e s w e r e d i a g n o s e d w i t h C u n n i n g h a m e l l a s p p.i n f e c t i o n b y m e t a g e n o m i c n e x t-g e n e r a t i o n s e q u e n c i n g(m N G S).A l l t h e5p a t i e n t s h a d h e m a t o-l o g i c a l m a l i g n a n c i e s,3p a t i e n t s h a d n e u t r o p e n i a,4p a t i e n t s h a d p u l m o n a r y i n f e c t i o n s u c h a s c o u g h,s h o r t n e s s o f b r e a t h a n d d y s p n e a,a n d1p a t i e n t w i t h i n t r a c r a n i a l i n f e c t i o n s h o w e d f e v e r,u n i l a t e r a l l i m b w e a k n e s s a n d n u m b n e s s.A l l t h e5c a s e s w e r e n e g a t i v e i n b l o o d c u l t u r e a n d w e r e c o n f i r m e d t o b e i n f e c t e d b y C u n n i n g h a m e l l a s p p.b y m N G S a n d a d j u s t e d t o a m p h o t e r i c i n B-b a s e d c o m b i n e d t h e r a p y.I n f e c t i o n w a s c o n t r o l l e d i n1c a s e,o t h e r4c a s e s g a v e u p t r e a t m e n t a f t e r c o m p l i c a t i o n s s u c h a s o r-g a n f a i l u r e a n d c e r e b r a l h e m o r r h a g e.R e t r o s p e c t i v e a n a l y s i s o f34c a s e s o f h e m a t o l o g i c a l d i s e a s e c o m p l i c a t e d w i t h C u n n i n g-h a m e l l a s p p.i n f e c t i o n p u b l i s h e d f r o m J a n u a r y2012t o M a y2022w a s p e r f o r m e d.ʌK e y w o r d sɔC u n n i n g h a m e l l a s p p.;h e m a t o l o g i c a l d i s e a s e;m e t a g e n o m i c s n e x t-g e n e r a t i o n s e q u e n c i n g[C h i n J M y c o l,2023,18(6):528-533]小克银汉霉(C u n n i n g h a m e l l a s p p.)属于毛霉目,广泛存在于自然环境中,是一种非常少见的机会致病真菌㊂健康人群不易感,糖尿病㊁血液病㊁恶性肿瘤㊁实体器官及骨髓移植㊁铁负荷过高及去铁基金项目:温州市级基础性科研项目(2021Y1659)作者简介:贾素珍,女(汉族),硕士研究生在读.E-m a i l: 157********@163.c o m通信作者:俞康,E-m a i l:y u k a n g62@126.c o m 胺治疗的患者是毛霉感染的高危人群[1]㊂在所有毛霉感染中,小克银汉霉感染的预后最差[2],进展快,病死率远高于其他毛霉(O R=2.78)[3]㊂本文回顾性分析5例本院2020年10月 2021年12月期间收治患者,经过m N G S检测诊断为小克银汉霉感染,同时汇总血液病合并小克银汉霉感染的文献复习㊂㊃825㊃中国真菌学杂志2023年12月第18卷第6期 C h i n J M y c o l,D e c e m b e r2023,V o l18,N o.61 临床资料5例均为恶性血液病患者,急性髓系白血病4例㊁骨髓增生异常综合征1例㊂4例患者近期有化疗后骨髓抑制状态,其中病例2㊁3㊁4在确诊感染时粒细胞缺乏时间已大于1周,病例1从粒细胞缺乏状态恢复已2周㊂4例肺部感染,主要表现为发热㊁呼吸费力㊁咳嗽㊂1例颅内感染,表现为发热㊁单侧肢体无力麻木㊂既往史中高血压3例,真菌感染史㊁冠心病㊁糖尿病各1例,另有1例既往史无特殊㊂见表1㊂实验室及影像学检查4例患者白细胞计数降低,其中2例中性粒细胞绝对值降低,1例白细胞数量过低未进一步分类㊂C 反应蛋白轻度或明显升高(67~224m g/L ),4例降钙素原正常,仅病例1降钙素原升高(2.68n g/m L )㊂3例出现肌酐升高(162~267μm o l /L )及估算肾小球滤过率(e s t i -m a t e d g l o m e r u l a r f i l t r a t i o n r a t e ,e G F R )减低[20.8~35.7m L /(m i n ㊃1.73m 2)]㊂5例患者G 试验㊁GM 试验㊁血培养均为阴性㊂胸部影像学主要表现为双侧病灶,渗出为主,病例1㊁3进展为部分实变,伴有双侧胸腔积液㊂病例1的肺部病灶表现为两肺局部实变,两侧胸腔积液(见图1);病例2表现为左肺下叶团片影(见图2);病例3表现为右上肺局部实变,双侧胸腔积液(见图3);病例4表现为两肺斑片影,其中右侧病灶进展为团块状(见图4)㊂病例5为颅内感染,无呼吸道症状,胸部C T表现为多发结节(见图5),头颅影像学为右侧额顶叶及左侧小脑半球病变(见图6㊁7)㊂m N G S 结果 2020年10月至2021年12月期间,由本院收治的5例患者m N G S 报告见表2㊂5位患者由于存在血液系统恶性肿瘤基础病,均不能耐受侵入性检查,未能获取病变标本,结合患者临床表现㊁影像学表现,m N G S 中小克银汉霉属的序列数大于1000,且显著高于其他微生物,病例1㊁2㊁3㊁4临床诊断为小克银汉霉感染,病例5临床诊断为小克银汉霉㊁铜绿假单胞菌混合感染,其余微生物考虑为非直接致病微生物㊂治疗及转归 5例患者经m N G S 诊断为小克银汉霉感染后,均调整为以两性霉素B (a m ph o t e r i -c i n B ,AM B )为基础的联合治疗㊂病例1反复低热16d ,经m N G S 诊断后调整治疗,2d 后肝肾功能恶表1 基本信息及临床表现T a b .1 B a s i c i n f o r m a t i o n a n d c l i n i c a l m a n i f e s t a t i o n s病例编号年龄/性别临床表现血液疾病粒细胞缺乏情况基础疾病送检m N G S 时发热天数/d164/M 发热㊁气促㊁乏力A P L 化疗1次粒缺已恢复2周2型糖尿病㊁帕金森16248/M 发热㊁咽痛㊁咳嗽㊁咳白痰AM L 化疗1次粒缺2周无23369/F发热㊁右胸痛㊁呼吸困难M D S 未缓解粒缺4周高血压㊁冠心病23473/M 发热㊁咳嗽㊁咳痰㊁呼吸费力AM L 化疗1次,粒缺1周高血压㊁烟酒史17545/M 发热,左侧肢体无力麻木AM L 移植后11月余无粒缺梅毒,高血压㊂既往真菌感染史㊁白血病椎体侵犯病史㊁放疗史㊂8注:M.男性;F .女性;A P L .急性早幼粒细胞白血病;AM L .急性髓系白血病;M D S .骨髓增生异常综合征㊂表2 m N G S 样本类型及病原体结果T a b .2 m N G S s a m p l e t y p e s a n d p a t h o ge n r e s u l t s 病例编号m N G S 样本类型病原体名称(序列数)1血液小克银汉霉属(9493)灰色小克银汉霉(80)雅致小克银汉霉(29)人类疱疹病毒1型(219)2血液雅致小克银汉霉(1048)栖稻假单胞菌(213)马氏棒状杆菌(27)E B 病毒(16)3血液雅致小克银汉霉(1517)溶血葡萄球菌(30)水生雷富森菌(20)-4血液雅致小克银汉霉(1447)E B 病毒(58)--5血液灰色小克银汉霉(2716)B K 多瘤病毒(104)--脑脊液铜绿假单胞菌(1530)E B 病毒(17)灰色小克银汉霉(12)-㊃925㊃中国真菌学杂志2023年12月第18卷第6期 C h i n J M yc o l ,D e c e m b e r 2023,V o l 18,N o .6图1病例1C T检查像:A.B.入院时,两肺弥漫病变,两侧胸腔少量积液;C.D.发热第2天,局部实变;E.F.卡泊芬净治疗第7天,病变进展;G.H.伏立康唑治疗第6天,病变进展;I.J.K.L.入院第21天,多发结节进展,双侧胸腔积液增多图2病例2C T检查像:A.治疗前,左肺下叶团片㊁斑片状影;B.C.治疗后,左肺病灶逐渐吸收;D.治疗后5月余,未见感染病灶图3病例3C T检查像:A.入院第30天,伏立康唑治疗第9天,右上肺局部实变,两侧胸腔少量积液;B.入院第35天,右上肺局部实变,两侧胸腔积液增多图4病例4C T检查像: A.入院第16天,右肺下叶斜裂旁斑片影;B.入院第20天,病灶增大;C.入院第27天,病灶缩小;D.E.入院第31天,右肺下叶斜裂旁较前相仿,两下肺模糊斑片影图5病例5肺部C T检查像:A.入院第16天,发热第1天,局部胸膜增厚;B.C.D.入院第22天,两肺多发结节㊁斑片影图6病例5头颅C T检查像:A.入院第22天,右侧额叶见斑片状低密度影,界欠清;入院第27天,右侧额顶叶(B)及左侧小脑半球(C)病变F i g.1 C a s e1C T e x a m i n a t i o n:A.B.C a s e1h a d d i f f u s e l e s i o n s i n b o t h l u n g s a n d b i l a t e r a l p l e u r a l e f f u s i o n o n a d m i s s i o n;C.D.D e v e l o p e d l o-c a l c o n s o l i d a t i o n o f t h e l u n g o n t h e s e c o n d d a y o f f e v e r;E.F.T h e l e s i o n p r o g r e s s e d o n t h e7t h d a y a f t e r t r e a t m e n t w i t h C a p o f u n g i n;G.H.O n t h e6t h d a y o f v o r i c o n a z o l e t r e a t m e n t,t h e l e s i o n p r o g r e s s e d;I.J.K.L O n t h e21s t d a y o f a d m i s s i o n,m u l t i p l e n o d u l e s p r o g r e s s e d a n d b i l a t e r a l p l e u r a l e f f u s i o n i n c r e a s e d F i g.2 C a s e2C T e x a m i n a t i o n:A.B e f o r e t r e a t m e n t,t h e m a s s a n d p a t c h y s h a d o w o f t h e l o w e r l o b e o f t h e l e f t l u n g;B.C.A f t e r t r e a t m e n t,t h e f o c u s o f t h e l e f t l u n g w a s g r a d u a l l y a b s o r b e d;D.N o i n f e c t i o n f o c u s w a s f o u n d5m o n t h s a f t e r t r e a t m e n t F i g.3 C a s e3C T e x a m i n a t i o n:A.O n t h e30t h d a y o f a d m i s s i o n a n d t h e9t h d a y o f v o r i c o n a z o l e t r e a t m e n t,t h e r e w a s l o c a l c o n s o l i d a t i o n o f t h e r i g h t u p p e r l u n g a n d b i l a t e r a l p l e u r a l e f f u s i o n;B.O n t h e35t h d a y o f a d m i s s i o n,t h e r e w a s l o c a l c o n s o l i d a t i o n o f t h e r i g h t u p p e r l u n g a n d i n c r e a s e d p l e u r a l e f f u s i o n o n b o t h s i d e s F i g.4 C a s e4C T e x a m i n a t i o n:A.O n t h e16t h d a y o f a d m i s s i o n,t h e r e w a s a s h a d o w o f a n o b l i q u e f i s s u r e i n t h e l o w e r l o b e o f t h e r i g h t l u n g;B.O n t h e20t h d a y o f a d m i s s i o n,t h e f o c u s w a s e n l a r g e d;C.O n t h e27t h d a y o f a d m i s s i o n,t h e f o-c u s s h r a n k;D.E.O n t h e31s t d a y o f a d m i s s i o n,t h e l e s i o n i n t h e r i g h t l u n g w a s s i m i l a r t o t h a t b e f o r e,a n d t h e l u n g b l u r r e d p a t c h e s w e r e s e e n i n b o t h l o w e r l u n g s F i g.5 C a s e5C T e x a m i n a t i o n o f l u n g:A.O n t h e16t h d a y o f a d m i s s i o n,t h e f i r s t d a y o f f e v e r,l o c a l p l e u r a l t h i c k e n-i n g;B.C.D.O n t h e22n d d a y o f a d m i s s i o n,m u l t i p l e n o d u l e s a n d p a t c h e s a p p e a r e d i n b o t h l u n g s F i g.6 C a s e5c r a n i a l C T e x a m i n a t i o n:O n t h e22n d d a y o f a d m i s s i o n,a p a t c h y l o w-d e n s i t y s h a d o w w a s s e e n i n t h e r i g h t f r o n t a l l o b e(A).O n t h e27t h d a y o f a d m i s s i o n,t h e r e w e r e l e-s i o n s i n t h e r i g h t f r o n t o p a r i e t a l l o b e(B)a n d l e f t c e r e b e l l a r h e m i s p h e r e(C)化㊂病例2发热23d后经m N G S明确病原体,采用联合治疗3周余后,因肾功能不全改为泊沙康唑单药维持治疗㊂病例3发热23d后m N G S检测明确病原菌,调整治疗4d后,并发心肌梗死㊂病例4发热17d检查m N G S,调整治疗1周后,复查胸部C T提示肺部病灶吸收好转(见图4),但很快出现㊃035㊃中国真菌学杂志2023年12月第18卷第6期 C h i n J M y c o l,D e c e m b e r2023,V o l18,N o.6图7病例5头颅M R检查像:入院第22天,右侧额顶叶(A)及左侧小脑半球(B)病变F i g.7 C a s e5c r a n i a l M R e x a m i n a t i o n:O n t h e22n d d a y o f a d m i s-s i o n,t h e r e w e r e l e s i o n s i n t h e r i g h t f r o n t o p a r i e t a l l o b e(A)a n d l e f t c e r e b e l l a r h e m i s p h e r e(B)呼吸衰竭㊁肝肾功能不全㊂病例5发热第8天行m N G S检查,次日调整治疗,2d后出现脑出血㊂病例1㊁3㊁4㊁5在出现脏器衰竭㊁脑出血等并发症后,家属放弃治疗㊂见表1㊁3㊂2文献复习检索P u b M e d㊁知网㊁万方等数据库2012年1月 2022年5月期间发表的人类感染小克银汉相关文章,检索词为小克银汉霉或 C u n n i n g h a-m e l l a ,排除综述㊁评论㊁重复病例及临床资料不完整病例,其中血液系统疾病为基础病的病例,共得英文报道33例[4-25],中文报道1例[25]㊂其中男性20例,平均年龄39.0(4~79)岁,诊断后几乎所有病例都接受了抗真菌药物治疗(33/34),其中10例采用泊沙康唑联合AM B或两性霉素B脂质体(l i-p o s o m a l a m p h o t e r i c i n B,L AM B)治疗,15例采用手术联合抗真菌药物治疗,最终总体病死率67.6%(23/34),见表4㊂表3抗生素使用情况及转归T a b.3 U s e a n d o u t c o m e o f a n t i b i o t i c s病例编号确诊前用药调整用药并发症转归(调整用药后治疗天数)1泰能㊁米卡芬净㊁美罗培南㊁替考拉宁㊁卡泊芬净㊁伏立康唑㊁磷霉素㊁舒普深泊沙康唑+AM B/L AM B脓毒性休克,脓毒性心肌炎,肝功能不全,肾功能不全,凝血功能异常自动出院(3)2舒普深㊁万古霉素㊁泊沙康唑泊沙康唑+AM B+头孢他啶深静脉血栓好转(25)3舒普深㊁泰能㊁卡泊芬净㊁伏立康唑㊁替加环素泊沙康唑+AM B心肌梗死自动出院(4)4舒普深㊁泰能㊁替加环素泊沙康唑+AM B呼吸衰竭,肾功能不全,肝功能不全,代谢性酸中毒自动出院(14)5泰能㊁伏立康唑㊁更昔洛韦㊁左氧氟沙星㊁特治星㊁舒普深卡泊芬净+AM B脑出血自动出院(2)注:AM B.A m p h o t e r i c i n B,两性霉素B;L AM B.l i p o s o m a l a m p h o t e r i c i n B,两性霉素B脂质体㊂表42012年1月 2022年5月报道的小克银汉霉菌感染基本特征T a b.4 B a s i c c h a r a c t e r i s t i c s o f C u n n i n g h a m e l l a s p p.i n f e c t i o n r e-p o r t e d f r o m J a n u a r y2012t o M a y2022指标例数/例死亡数/例病死率总计342367.6%男性/女性20/1414/970.0%/64.3% >60岁例数10880.0%m N G S拟诊200.0%确诊322371.9%泊沙康唑联合AM B或L AM B治疗10440.0%手术治疗15533.3%3讨论毛霉病发病率不高,但临床表现不典型,缺乏敏感快速的血清学检测手段,同时患者往往合并其他凶险疾病,导致毛霉病病死率很高[2-3]㊂小克银汉霉感染影像学表现不典型,血培养阳性率不高且费时,G试验㊁GM试验也常为阴性,难以早期确诊㊂在既往文献中常见的拟诊方式各有优劣,影像学表现不典型且缺乏病原体指向性,病变组织标本在恶性血液病患者中往往难以获取,P C R难以在不明原因感染时及时发挥作用,更有5例通过尸检确诊,延误治疗㊂目前分子学检测方法如m N G S 正在早期确诊毛霉感染中发挥重要作用㊂本文回㊃135㊃中国真菌学杂志2023年12月第18卷第6期 C h i n J M y c o l,D e c e m b e r2023,V o l18,N o.6顾分析的39例病例中7例经m N G S 诊断,病死率57.1%(4/7),低于其他方法确诊病例的病死率71.9%(23/32,P =0.654),见表5㊂H s i e h 等[6]曾统计1990 2011年间小克银汉感染案例病死率为70.7%(29/41),近10年文献报道的血液病患者合并小克银汉霉感染的总体病死率67.6%,未见明显改善㊂本文报道的5例病例病死率达80.0%,较既往文献[6]未见明显改善,这可能与目前m N G S 并未作为常规检查有关㊂本文报道的5例患者完善m N G S 检查时大多发热超过2周(4/5,80%),仅病例5在发热第9天明确病原体,且病例1㊁3㊁5在治疗早期出现并发症,治疗天数均不超过5d ,病例4在治疗2周后并发心肌梗死㊂在治疗方面,AM B 对毛霉病有效,欧洲白血病感染会议(E C L -6)推荐将L AM B 作为毛霉病的一线治疗[26]㊂由于其肾毒性,大剂量给药往往无法耐受,本报道中病例1㊁3出现药物肾毒性,病例1更换为L AM B 但仍损伤肝㊁肾㊁心等重要脏器,放弃治疗后死亡㊂此外推荐将泊沙康唑联合L AM B 作为挽救性治疗[26-28]㊂本文回顾分析的39例案例中,泊沙康唑联合AM B 或L AM B 治疗的病死率为50.0%(7/14),其余治疗方法的病死率达80.0%(20/25,P =0.075),提示泊沙康唑联合AM B 或L AM B 治疗可能降低病死率㊂手术患者的病死率较非手术患者明显降低(33.3%v s .91.7%,P <0.001)(见表5),这可能与重症感染的患者往往不能耐受手术有关㊂表5 39例患者生存情况分析T a b .5 A n a l ys i s o f s u r v i v a l c o n d i t i o n s o f 39p a t i e n t s 分组患者例数/%死亡例数/%P 值a诊断方式确诊32(82.1)23(71.9)P =0.654m N G S 拟诊7(17.9)4(57.1)治疗方法泊沙康唑联合两性霉素类14(35.9)7(50.0)P =0.075其他25(64.1)20(80.0)是否手术治疗是15(38.5)5(33.3)P <0.001否24(61.5)22(91.7)注:a .使用S P S S 软件(26.0版本),采用卡方检验,P <0.05被认为差异具有统计学意义㊂综上所述,小克银汉霉感染患者使用m N G S检测可早期㊁快速明确病原体,为启动治疗提供依据,泊沙康唑联合两性霉素B 治疗有较好的疗效,治疗过程中密切关注脏器功能,及早发现并发症㊂参考文献[1] G HUMA N H ,V O E L Z K.I n n a t e a n d a d a p t i v e i mm u n i t yt o M u c o r a l e s [J ].J F u n gi (B a s e l ),2017,3(3):48.[2] L E W I S R E ,P O N G A S G N ,A L B E R T N ,e t a l .A c t i v i t y of d e f e r a s i r o x i n M u c o r a l e s :i n f l u e n c e s o f s p e c i e s a n d e x o ge -n o u s i r o n [J ].A n t i m i c r o b A ge n t s C h e m o t h e r ,2011,55(1):411-413.[3] C HAM I L O S G ,L E W I S R E ,HU J ,e t a l .D r o s o ph i l a m e l -a n o g a s t e r a s a m o d e l h o s t t o d i s s e c t t h e i mm u n o p a t h o ge n e s i s of z yg o m yc o s i s [J ].P r o c N a t l A c ad S c i U S A ,2008,105(27):9367-9372.[4] S A D AMO T O S ,M I T S U I Y ,N I H O N Y A N A G I Y ,e t a l .C o m p a r i s o n a p p r o a c h f o r i d e n t i f y i n g m i s s e d i n v a s i v e f u n ga l i n f e c t i o n s i n f o r m a l i n -f i x e d ,p a r a f f i n -e mb e d d e d a u t o p s ys p e c i m e n s [J ].J F u n gi (B a s e l ),2022,8(4):337.[5] G A R C I A -R O D R I G U E Z J ,Q U I L E S -M E L E R O I ,HUMA -L A -B A R B I E R K ,e t a l .I s o l a t i o n o f C u n n i n gh a m e l l a b l a k e s l e e a n a i n a n i mm u n o d e p r e s s e d p a t i e n t [J ].M yc o s e s ,2012,55(5):463-465.[6] H S I E H T T ,T S E N G H K ,S U N P L ,e t a l .D i s s e m i n a t e dz y g o m y c o s i s c a u s e d b y C u n n i n g h a m e l l a b e r t h o l l e t i a e i n p a -t i e n t w i t h h e m a t o l o g i c a l m a l i g n a n c y an d r e v i e w o f p u b l i s h e d c a s e r e p o r t s [J ].M y c o p a t h o l o gi a ,2013,175(1-2):99-106.[7] X I B X ,L I U A G ,Z H A O X ,e t a l .C a s e r e p o r t :I s s u r gi c a l t r e a t m e n t b e n e f i c i a l f o r i n t r a c r a n i a l b a s a l g a n g l i a C u n n i n gh a -m e l l a m y c o s i s f o l l o w i n g h a e m a t o p o i e t i c s t e m c e l l t r a n s pl a n -t a t i o n [J ]?F r o n t P e d i a t r ,2022,10:831363.D O I :10.3389/f pe d .2022.831363.[8] C A T A ÑO J C ,R AM I R E Z I C .D i s s e m i n a t e d C u n n i n gh a -m e l l a b e r t h o l l e t i a e i n f e c t i o n [J ].2020,360(4):e 9-e 10.[9] L U O C ,WA N G J ,HU Y ,e t a l .C u n n i n gh a m e l l a b e r t h o l -l e t i a e i n f e c t i o n i n a H L A -h a p l o i d e n t i c a l h e m a t o po i e t i c s t e m c e l l t r a n s p l a n t r e c i p i e n t w i t h g r a f t f a i l u r e :c a s e r e po r t a n d r e v i e w o f t h e l i t e r a t u r e [J ].2016,181(9-10):753-758.[10] MA T S UMO T O K ,Y AMAMO T O W ,O H G U S A E ,e t a l .D i s s e m i n a t e d C u n n i n gh a m e l l a b e r t h o l l e t i a e i n f e c t i o n w i t h s e p t i c p u l m o n a r y e m b o l i s m a f t e r a l l o ge n e i c b o n e m a r r o w t r a n s pl a n t a t i o n [J ].2014,16(2):304-306.[11] U N O K ,H I S H I Y A N ,MA T S U D A M ,e t a l .C a s e o f e n -d o b r o n c h i a l m e t a s t a s i s f r o m b r e a s t c a n c e r a c c o m pa n i e d w i t h C u n n i n gh a m e l l a b e r t h o l l e t i a e t r a c h e o b r o n c h i a l m y c e t o m a [J ].J I n f e c t C h e m o t h e r ,2019,25(12):1065-1069.[12] Y AMAMO T O K ,MAWA T A R I M ,F U J I Y A Y ,e t a l .S u r v i v a l c a s e o f r h i n o c e r e b r a l a n d p u l m o n a r y m u c o r m yc o s i sd ue t o C u n n i n gh a m e l l a b e r t h o l l e t i a e d u r i n g c h e m o t h e r a p y ㊃235㊃中国真菌学杂志2023年12月第18卷第6期 C h i n J M yc o l ,D e c e m b e r 2023,V o l 18,N o .6f o r a c u t e m y e l o i d l e u k e m i a:a c a s e r e p o r t[J].I n f e c t i o n,2021,49(1):165-170.[13]S C H A P I R A R S,S K A B E L U N D A J,U P T O N R J,e t a l.A o r t i c m y c e t o m a f r o m d i s s e m i n a t e d C u n n i n g h a m e l l a s p e c i e si n f e c t i o n[J].M i l M e d,2020,185(5-6):e919-e922.[14] L I U Y C,Z H O U M L,C H E N G K J,e t a l.S u c c e s s f u lt r e a t m e n t o f i n v a s i v e f u n g a l r h i n o s i n u s i t i s c a u s e d b y C u n-n i n g h a m e l l a:A c a s e r e p o r t a n d r e v i e w o f t h e l i t e r a t u r e[J].W o r l d J C l i n C a s e s,2019,7(2):228-235.[15]H I R A Y AMA Y,Y A J I MA N,K A I MO R I M,e t a l.D i s-s e m i n a t e d i n f e c t i o n a n d p u l m o n a r y e m b o l i z a t i o n o f C u n n i n g-h a m e l l a b e r t h o l l e t i a e c o m p l i c a t e d w i t h h e m o p h a g o c y t i c l y m-p h o h i s t i o c y t o s i s[J].I n t e r n M e d,2013,52(19):2275-2279.[16]S T R A S F E L D L,E S P I N O S A-A G U I L A R L,G A J E W S K I JL,e t a l.E m e r g e n c e o f C u n n i n g h a m e l l a a s a p a t h o g e n i c i n-v a s i v e m o l d i n f e c t i o n i n a l l o g e n e i c t r a n s p l a n t r e c i p i e n t s[J].C l i n L y m p h o m a M y e l o m a L e u k,2013,13(5):622-628.[17]S T E I N B R I N K J M,HO N G D K,B E R G I N S P,e t a l.T h er o b u s t a n d r a p i d r o l e o f m o l e c u l a r t e s t i n g i n p r e c i s i o n f u n g a ld i a g n o s t i c s:A c a se r e p o r t[J].M e d M y c o l C a s e R e p,2020,27:77-80.D O I:10.1016/j.mm c r.2020.02.003. [18] O T A H,Y AMAMO T O H,K I MU R A M,e t a l.S u c c e s s f u lt r e a t m e n t o f p u l m o n a r y M u c o r m y c o s i s c a u s e d b y C u n n i n g-h a m e l l a b e r t h o l l e t i a e w i t h h i g h-d o s e l i p o s o m a l a m p h o t e r i c i nB(10m g/k g/d a y)f o l l o w e d b y a l o b e c t o m y i n c o r d b l o o d t r a n s p l a n t r e c i p i e n t s[J].M y c o p a t h o l o g i a,2017,182(9-10):847-853.[19] Q U I L L E T-D Y E C,M E N I A N E J C,Q U I S T D,e t a l.T r i-p l e c u t a n e o u s m y c o s i s(C u n n i n g h a m e l l a b e r t h o l l e t i a e,P h o-m o p s i s s p p.a n d P a r a c o n i o t h y r i u m s p p.)i n a n i mm o n u-c o m p r o m i s ed p a t ie n t:a M a r t i n i c a n c a s e r e p o r t[J].J M y c o lM e d,2012,22(4):357-361.[20] B E L L A N G E R A P,B E R C E A N U A,R O C C H I S,e t a l.D e v e l o p m e n t o f a q u a n t i t a t i v e P C R d e t e c t i n g C u n n i n g h a m e l-l a b e r t h o l l e t i a e t o h e l p i n d i a g n o s i n g t h i s r a r e a n d a g g r e s s i v em u c o r m y c o s i s[J].B o n e M a r r o w T r a n s p l a n t,2018,53(9):1180-1183.[21] HU Z M,WA N G L L,Z O U L,e t a l.C o i n f e c t i o n p u l m o-n a r y m u c o r m y c o s i s a n d a s p e r g i l l o s i s w i t h d i s s e m i n a t e d m u-c o r m y c o s i s i n v o l v i n g g a s t r o i n t e s t i n a l i n i n a n a c u t e B-l y m-p h o b l a s t i c l e u k e m i a p a t i e n t[J].B r a z J M i c r o b i o l,2021,52(4):2063-2068.[22] C I N T E Z A E,N I C O L E S C U A,C I OMA R T A N T,e t a l.D i s s e m i n a t e d C u n n i n g h a m e l l a s p p.e n d o c a r d i t i s i n a B e t a-t h a l a s s e m i a p a t i e n t a f t e r a s y m p t o m a t i c C O V I D-19i n f e c t i o n[J].D i a g n o s t i c s(B a s e l),2022,12(3):657. [23]S H I N T A K U M,Y AMA D A E,O H T A M,e t a l.D i s s e m i-n a t e d C u n n i n g h a m e l l a b e r t h o l l e t i a e m u c o r m y c o s i s w i t h p r o-t r a c t e d c l i n i c a l c o u r s e a n d f o r m a t i o n o f a l a r g e i n t r a-v e n t r i c u-l a r m u r a l t h r o m b u s[J].I n t J C l i n E x p P a t h o l,2022,15(5):233-237.[24] MA S C A R E L L A M A,S C HW E I T Z E R L,A L R E E F I M,e ta l.T h e i n f e c t i o u s t h y r o i d n o d u l e:a c a s e r e p o r t o f m u c o r m y-c o s i s a s s o c i a t ed w i t h i b r u t i n i b t he r a p y[J].J O t o l a r y n g o lH e a d N e c k S u r g,2019,48(1):49.[25]吴飞凤,田继东,佘周,等.儿童小克银汉毛霉病的临床特征分析:1例报告并文献复习J南方医科大学学报[J].2022,42(5):780-785.[26] T I S S O T F,A G R AWA L S,P A G A N O L,e t a l.E C I L-6g u i d e l i n e s f o r t h e t r e a t m e n t o f i n v a s i v e c a n d i d i a s i s,a s p e r g i l-l o s i s a n d m u c o r m y c o s i s i n l e u k e m i a a n d h e m a t o p o i e t i c s t e mc e l l t r a n s p l a n t p a t i e n t s[J].H a e m a t o l o g i c a,2017,102(3):433-444.[27] L E E S H,S U N H Y,K O B S,e t a l.B r e a k t h r o u g h i n v a s i v ef u ng a l i n f e c t i o n u n d e r th e u s e o f p o s a c o n a z o l e a n d v o ri c o n-a z o l e[J].J F o r m o s M e d A s s o c,2016,115(5):384-385.[28] G R E E N B E R G R N,MU L L A N E K,V A N B U R I K J A,e ta l.P o s a c o n a z o l e a s s a l v a g e t h e r a p y f o r z y g o m y c o s i s[J].A n-t i m i c r o b A g e n t s C h e m o t h e r,2006,50(1):126-133.[收稿日期]2022-09-02[本文编辑]卫凤莲(上接第520页)[14]金亮.1233份尿样病原菌分布和耐药性分析[J].临床荟萃,2014,29(7):761-764.[15]李晓君,谭俊青,潘慧娟,等.老年患者导尿管相关念珠菌泌尿系感染菌株分布及药敏分析[J].中国真菌学杂志, 2020,15(3):161-163.[16]胡跃世,李鹏,曹志华,等.尿路真菌感染调查与药敏分析[J].中华医院感染学杂志,2016,26(5):1053-1055. [17] Z U Z A-A L V E S D L,S I L V A-R O C H A W P,C H A V E S GM.A n u p d a t e o n C a n d i d a t r o p i c a l i s b a s e d o n b a s i c a n dc l i n i c a l a p p r o a c h e s[J].F r o n t M i c r o b i o l,2017,8:1927.D O I:10.3389/f m i c b.2017.01927.[18] T R O S KE N E R,A D AM S K A M,A R A N D M,e t a l.C o m-p a r i s o n o f l a n o s t e r o l-14a l p h a-d e m e t h y l a s e(C Y P51)o f h u-m a n a n d C a n d i d a a l b i c a n s f o r i n h i b i t i o n b y d i f f e r e n t a n t i-f u ng a l a z o l e s[J].T o x i c o l o g y,2006,228(1):24-32.[19] C O S T A C,R I B E I R O J,M I R A N D A I M,e t a l.C l o t r i m a-z o l e d r u g r e s i s t a n c e i n C a n d i d a g l a b r a t a c l i n i c a l i s o l a t e sc o r r e l a t e s w i t h i n c r e a s ede x p r e s s i o n of t h e d r u g:H(+)a n t i-p o r t e r s C g A q r1,C g T p o1_1,C g T p o3,a n d C g Q d r2[J].F r o n t M i c r o b i o l,2016,7:526.D O I:10.3389/f m i c b.2016.00526.[收稿日期]2023-01-16[本文编辑]陈雪红㊃335㊃中国真菌学杂志2023年12月第18卷第6期 C h i n J M y c o l,D e c e m b e r2023,V o l18,N o.6。

一种高效检测猪丹毒丝菌的引物以及试剂盒[发明专利]

专利名称：一种高效检测猪丹毒丝菌的引物以及试剂盒专利类型：发明专利
发明人：卢先东,刘艳红,乙丛敏,刘萌
申请号：CN202010932380.8
申请日：20200908
公开号：CN112029878A
公开日：
20201204
专利内容由知识产权出版社提供
摘要：本发明公开一种高效检测猪丹毒丝菌的引物以及试剂盒，发明以改良后的LAMP技术为基因扩增反应原理，在反应体系里加入金纳米颗粒，吸附ssDNA和蛋白酶，抑制升温过程中的非特异性反应，达到热启动的目的，避免在升温过程中的非特异性反应；结合改良后的LAMP技术与微流控芯片技术，即可以快速给出准确的检测结果，又达到同一样品多个不同指标联检的目的，同时，反应试剂预埋于微流控芯片上，用户只需加入样品，操作简便。

申请人：宁波爱基因科技有限公司
地址：315100 浙江省宁波市鄞州区投资创业中心金达路688号12号厂房第一层
国籍：CN
代理机构：宁波甬致专利代理有限公司
代理人：李迎春
更多信息请下载全文后查看。

广东某地区猪丹毒杆菌的分离鉴定与药物敏感性分析

广东某地区猪丹毒杆菌的分离鉴定与药物敏感性分析陆英杰;袁生;邓玉妹;李君养;柯骏鸿;卢玉葵【摘要】对广东某地区暴发的疑似患有猪丹毒杆菌的猪,取其肝、肾、脾等组织进行猪丹毒杆菌的分离鉴定,应用16S rRNA通用引物对获得的优势菌株进行基因扩增及序列鉴定,对鉴定的猪丹毒杆菌进行SPF级小鼠攻毒试验;ELISA检测小鼠血清中IgM和IgG的含量,观察肝脏、脾脏的病理变化;药物敏感性试验分析鉴定菌株对青霉素、氨苄西林、链霉素、头孢克肟和头孢噻肟等9种药物的敏感程度.结果表明,经过分离培养及16S rRNA鉴定的细菌有5株为猪丹毒杆菌,小鼠血清中IgM 和IgG含量试验组显著大于对照组,感染小鼠肝脏和脾脏细胞均出现不同程度的变性或坏死;药物敏感试验结果显示,获得的5株菌均对林可霉素耐药,对青霉素、氨苄西林和头孢噻肟极度敏感,对头孢氨苄重度敏感,对阿奇霉素、恩诺沙星中度敏感.%Erysipelothrix rhuriopathiae from the liver,kidney and spleen tissue of suspected E. rhuriopathiae swine in a certain region of Guangdong was isolated,then aquired dominant bacteria was identified by 16S rRNA primer gene sequence,the bacteria of E. rhuriopathiae was tested by toxicity test for SPF mice;ELISA method was used to test IgM and IgG in the serum of mice,to observe the pathological changes of liver and spleen;drug sensitive test was used to analyze the drug sensitive effect for five bacteria with nine kinds of antibiotic including penicillin, ampicillin,streptomycin,cefixime and cefotaxime etc. The results showed that five dominant bacteria were isolated and identified asE. rhuriopathiae by 16S rRNA and separated culture,the concentrations of IgM and IgG were obvious higher in the toxicity test group mice serum (P<0.05),the cells of liver and spleenappeared different degree degeneration and necrosis in the infected mice. The results of drug sensitivity test showed that five bacteria were resistance to lincomycin,extrem sensitive to penicillin,ampicillin and cefotaxime,serious sensitive to cefalexin and medium sensitive to azithromycin and enrofloxacin.【期刊名称】《广东农业科学》【年(卷),期】2018(045)004【总页数】6页(P146-150,封3)【关键词】猪丹毒杆菌;分离鉴定;病理观察;ELISA检测;药敏试验【作者】陆英杰;袁生;邓玉妹;李君养;柯骏鸿;卢玉葵【作者单位】佛山科学技术学院生命科学与工程学院,广东佛山 528231;佛山科学技术学院生命科学与工程学院,广东佛山 528231;佛山科学技术学院生命科学与工程学院,广东佛山 528231;佛山科学技术学院生命科学与工程学院,广东佛山528231;佛山科学技术学院生命科学与工程学院,广东佛山 528231;佛山科学技术学院生命科学与工程学院,广东佛山 528231【正文语种】中文【中图分类】S852.61猪丹毒杆菌（Erysipelothrix rhuriopathiae）亦称猪丹毒丝菌或丹毒丝菌，革兰氏染色阳性，通常呈杆状，但在心内膜上分离到的病原菌菌体呈丝状，是一种人兽共患病原菌。

关节炎患猪中猪丹毒丝菌的分离与鉴定

关节炎患猪中猪丹毒丝菌的分离与鉴定梁跃;徐引弟;杨志昆;朱文豪;郭成留【摘要】In order to provide a basis for control of swine erysipelas,swine erysipelas bacillus was isolated and identified. The synovial fluid of arthritis pigs was inoculated to TSA medium. Small transparent colonies were picked and Gram stained, and the G+ small filamentous bacteria were further identified by PCR using 16S rRNA primers of Erysipelothrix rhusiopathiae. Susceptibility of the positive strains was tested and showed that these isolates were sensitive to penicillin, ce-fotaxime, ceftazidime, ceftriaxone, cefoperazone, cefazolin, amikacin, amoxicillin, clindamycin,tet-racycline and ciprofloxacin but completely resistant to neomycin, sulfamethoxazole, gentamicin, amikacin, vancomycin,and furazolidone. Clinical medication guidance should be based on the above results.%为给猪丹毒的防制提供依据,分离并鉴定了猪丹毒丝菌.将发生关节炎的猪关节液接种TSA培养基,挑取透明小菌落,染色,对G+小长丝杆菌进一步用猪丹毒丝菌16S rRNA基因的引物进行PCR鉴定.对鉴定为阳性的菌株进行药敏试验,结果显示,分离菌株对青霉素、头孢噻肟、头孢他啶、头孢曲松、头孢哌酮、头孢唑啉、氨苄西林、阿莫西林、克林霉素、四环素、强力霉素、环丙沙星等敏感,对新霉素、复方新诺明、庆大霉素、阿米卡星、万古霉素、痢特灵等完全耐药,临床上应根据上述结果指导用药.【期刊名称】《河南农业科学》【年(卷),期】2012(041)011【总页数】3页(P136-138)【关键词】关节炎;猪丹毒丝菌;分离;鉴定;药敏试验【作者】梁跃;徐引弟;杨志昆;朱文豪;郭成留【作者单位】河南省农业科学院畜牧兽医研究所,河南郑州450002;河南省农业科学院畜牧兽医研究所,河南郑州450002;河南华盛联邦科技有限公司,河南郑州450045;河南省农业科学院畜牧兽医研究所,河南郑州450002;河南省农业科学院畜牧兽医研究所,河南郑州450002【正文语种】中文【中图分类】S858.28猪丹毒（swine erysipelas）是由猪丹毒杆菌（Erysipelothrix rhusiopathiae）引起的一种急性、热性传染病。

基于groEL基因序列鉴定丹毒丝菌属菌种

基于groEL基因序列鉴定丹毒丝菌属菌种杨振龙;吾鲁木汗·那孜尔别克;恩特马克·布拉提白【期刊名称】《吉首大学学报（自然科学版）》【年(卷),期】2015(000)004【摘要】To investigate the effect of 16S rRNA gene and groEL gene used in the classification and identi‐fication of species of the genus Erysipelothrix ,the 16S rRNA and groEL genes of four E .rhusiop athiae strains were amplified by PCR and sequenced and their phylogenetic threes was constructed .The open reading frame of groEL genes of four tested strains were 1 614 bp in length ,and sequence similarities of the groEL gene between the four tested strains and the previously reportedE .rhusiopathiae type strain ATCC19414 and E .tonsillarum type strain ATCC43339 were 99% and 86% ,respectively .While the 16S rRNA genes of the four tested strains was 1 351 bp in length ,and sequence similarity of the 16S rRNA gene between the four tested strains and E .rhusiopathiae type strain ATCC19414 and E .tonsillarum type strain ATCC43339 was 99% .Phylogenetic analysis indicated that the E .rhusiopathiae and E .ton‐sillarum were differentiated well by groEL gene sequence analysis .This study demonstrated that the groEL gene is an alternative phylogenetic marker for the classification of species of the genus Erysipelo‐thrix .%对4株红斑丹毒丝菌的16S rRNA基因和 groEL基因进行测序及系统发育分析，探讨groEL基因序列分析法在丹毒丝菌属菌种分类鉴定中的应用。