星天牛转录组及三大解毒酶家族相关基因系统发育分析
牛大力淀粉酶基因家族的生物信息学分析
牛大力淀粉酶基因家族的生物信息学分析作者：涂冬萍王柳萍赵立春黄志其翟勇进白隆华莫长明来源：《广西植物》2020年第09期摘要：該文基于不膨大和膨大的牛大力根的转录组测序结果，采用生物信息学技术对筛选到的28 个牛大力淀粉酶基因进行分析。
结果表明：28 个牛大力淀粉酶相关蛋白基因编码的氨基酸序列分子量为20.78～349.39 KDa;均为酸性蛋白部分;部分亚细胞定位在叶绿体;具有PLN02784 super family、AmyAc-family super family结构域;二级结构中除MsAm1、MsAm7、MsAm8、MsAm15、MsAm16、MsAm22、MsAm23、MsAm28中α螺旋占比最大外，无规则卷曲的比例最大;三级结构预测具有α淀粉酶结构、β淀粉酶结构、异淀粉酶结构等;淀粉酶基因家族共有86 个作用元件，MsAm9的作用元件最多（42 个）;系统发育树表明MsAm15、MsAm16归于1 类，且均具有motif 2、motif 3、motif 7，MsAm4、MsAm24、MsAm26归于1 类，与拟南芥淀粉酶进行比对，AtBM4和MsAm6归为一类，AtAM2和MsAm2归为一类，AtBM8和MsAm5归为一类，AtBM4和MsAm6归为一类，AtAM10和MsAm22归为一类，AtIM3和MsAm17归为一类。
这些分析结果可为今后深入研究28 个牛大力淀粉酶的生物学功能和调控机制提供一定的理论依据，为牛大力根部膨大的研究及品种的改良提供参考。
关键词：牛大力，转录组，淀粉酶基因家族，理化特性中图分类号：Q949文献标识码：A文章编号：1000-3142（2020）09-1288-12Abstract：In order to lay the foundation for revealing the growth and development law and screening the genes related to root expansion by studying the biological activity of the amylase gene family of Millettia speciosa. Based on the transcriptome sequencing results of non-enlarged and enlarged root of M. speciosa，28 daphnia magna amylase genes were screened by bioinformatics technology. The results showed that the molecular weights of amino acid sequences encoded by 28 amylase-related protein genes ranged from 20.78 to 349.39 KDa. They were all acidic proteins，some of the subcellular localization was in chloroplast. They had PLN02784 super family and AmyAc-family super family conserved domains. The proportion of random coil in the secondary structure was the largest excluded from MsAm1，MsAm7，MsAm8，MsAm15，MsAm16，MsAm22，MsAm23 and MsAm28. Tertiary structure prediction showed that the amylase of M. speciosa contained α-amylase structure，β-amylase structure，and isoamylase structure. Amylase gene family had 86 functional elements，and MsAm9 had the most functional elements （42）. The phylogenetic tree showed that MsAm15，MsAm16 belonged to the same category and had motif 2，motif 3，motif 7，and MsAm4，MsAm24，MsAm26 belonged to the other same category. Compared to Arabidopsis thaliana anylase，AtBM4 and MsAm6，AtAM2 and MsAm2，AtBM8 and MsAm5，AtBM4 and MsAm6，AtAM10 and MsAm22，AtIM3 and MsAm17 belonged to the same category，respectively. These results could provide a theoretical basis for the further study of biological functions and regulation mechanism of 28 M. speciosa amylase，and provide a reference for the study of root enlargement and improvement of M. speciosa amylase varieties.Key words：Millettia speciosa，transcription group，amylase gene family，physicochemical characteristics牛大力为豆科蝶形花亚科崖豆藤属植物美丽崖豆藤（Millettia speciosa）的干燥根。
国家级大学生创新创业训练计划
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201610504081
20000
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201610504052
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20000
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第十三届“挑战杯"全国大学生课外学术科技作品竞赛获奖作品名单（78件）城市学院三等奖作品《2013年大学生孝道践行问题的调查及分析》作品《包含平面硒原子层的稀土硒化物及硒氧化物二维纳米晶：2与4O43的液相合成与性质研究》作品《石墨烯的刚度增强效应》《激光斜射扫描显微技术》二等奖作品《基于有机组分及其来源特征分析我国大气颗粒物陆海长距离传输及其影响》《微观空间内的群际博弈策略基于门地铁口妇女贩证现象的经验研究》三等奖作品《农村产权制度中的基层建设与福利分配以XX市邛崃市临邛镇西江村为例》大学二等奖作品《基于空间连杆机构的蛙泳模拟训练健身器》三等奖作品《分子自组装渗透汽化优先透醇膜材料设计及规模化制备》未入围作品《音频调频定距离声速测量系统的研究》航空航天大学作品《空间上拟共形映照问题》《进一步推进法学专业教育探索的思考》《细胞机器人》《新型固定翼直升机复合式飞行器》二等奖作品《基于猫下落转体原理的仿生机器人》三等奖作品《移动端云计算虚拟三维效果展示》三等奖作品《新型鞋子杀菌除臭器的研制》大学二等奖作品《智能导航跟随多功能机器人》科技大学二等奖作品《从含钛电炉熔分渣制备六钛酸钾纳米晶须的研究》三等奖作品《多组分颗粒在振动和旋转激励下分聚行为研究》《金属粉末凝胶注模成形技术》《邻苯二甲酸二丁酯（）单克隆抗体的制备及酶联免疫检测方法的建立》《纳米细菌纤维素多功能医用敷料的研究》理工大学作品《面向军工装备制造业的智能优化排产软件》作品《基于新型铜铟硫纳米晶的白光与光转换膜的制备和应用》《两栖蛙板机器人》《南水北调中线工程水资源保律制度研究》二等奖作品《“神行太保”多用途机器人》《基于的便携式跨平台网络安全云盘》联合大学二等奖作品《解决城市老旧小区停车难问题的对策研究——以市垡头老旧小区为例》林业大学二等奖作品《斑翅肩花蝽布丁人工饲料的饲养效果评价》三等奖作品《内分泌学新发现：垂体调节麝鼠泌香腺分泌性类固醇激素》未入围作品《城市生活垃圾分类中居民行为的影响因素研究基于某市８个分类达标试点小区的实证分析》作品《“听"懂你那无声的告白:听障学生手语使用状况的调研与分析》《荧光碳量子点的电化学制备及性质研究》《转型期乡村混混的生存机制基于对浙村拆迁改造的》三等奖作品《掺杂扶手椅型石墨烯纳米带中的铁磁涨落》《基于图像形状与颜色的三维模型检索》《甜与爱的味觉具身效应研究》外国语大学二等奖作品《微博全息透视及其在管理方面的正能量分析基于微博百万样本的实证研究》三等奖作品《基于的再制造与升级产品的生产定价问题研究》未入围作品《世界主流视域中的治形象构建－-以四国对“”报道为例》信息科技大学三等奖作品《便携式心电诊疗设备与远程医疗系统》邮电大学二等奖作品《基于和的违章停车智能监控系统》三等奖作品《基于可见光通信的多信息传播系统》未入围作品《运动行为感知平台（）（简称:体感服,）》对外经济贸易大学三等奖作品《校园整合型自提点需求及可行性的调研报告》华北电力大学(）二等奖作品《光伏下乡可行性与应用前景的调查与研究》三等奖作品《城镇化进程中农村土地确权登记颁证的以市延庆县为视角》未入围作品《基于太阳能中低温利用技术的集热蓄热系统》作品《多光照环境下的第一人称手部检测》《建设工程表见纠纷的审判方法和风险防范研究——基于全国2３0件案例的实证分析》《可用于油水分离和水净化处理的双层2基网膜》作品《民办初中在贫困地区何以相对繁荣地—-基于河南省XX县的调研》《前下视可见光空间五轴模拟系统》二等奖作品《可变冲程发动机的设计、制造与研究》首都经济贸易大学二等奖作品《结构会影响国际资本流动吗?》首都师范大学二等奖作品《游动的生存,不游动的生活市海淀区１8位流动摊贩生存状态的研究》三等奖作品《3D技术在古生物复原中的应用》未入围作品《远程控制多功能嵌入式智能车的设计与实现》地质大学（）三等奖作品《７图形应用程序开发框架的设计与实现》农业大学作品《丁酸缓解幼龄动物断奶腹泻的作用和机制》三等奖作品《高通量作物穗部自动考种装置》《一种手推式半机械化牦牛便捡拾车》青年治学院二等奖作品《“失独”余生,不再孤独一生 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》长春理工大学二等奖作品《智能跟随载物车》长春师范学院未入围作品《农民专业合作社状况——以吉林省XX县为例》长春中医药大学三等奖作品《“运腹通经”法治疗Ⅱ型糖尿病的适宜技术与社区医疗服务推广》《首批“国医”成功要素的》北电力大学三等奖作品《正负极交替互换式微藻燃料电池》三等奖作品《控制降解／组装{９W２１｝纳米簇构筑新型钨锑酸盐簇合物》《含过氧钛多金属氧酸盐纳米催化剂的设计合成及其氧化降解的研究》《三维氧化镍/硅酸镍纳米的合成及其作为锂电池负极材料的电化学性能研究》未入围作品《简易路线制备银＠聚苯胺纳米纤维》《植物抗盐碱生理机制研究》吉林财经大学未入围作品《城市的低碳化转型驱动机制》《非货币财产出资形式再探讨》吉林大学作品《磁控多级孔纳米缓释骨修复材料的研制与性质探究》《封闭管制还是协商：管理新模式的与探索以吉林省XX市吊水壶村为例》二等奖作品《高性能纳米金属氧化物的高效、低成本可控制备》《激发活力：公众参与管理的新探索—-基于XX县“群众诉求XX”的调研》《重型车智能可调后防护装置》三等奖作品《超细晶构筑引导石墨烯包覆》吉林工程技术师范学院三等奖作品《基于多传感器信息融合技术废墟探测机器人》未入围作品《聚乙烯醇球珠的制备和研究》吉林农业大学三等奖作品《多功能承插式板材切割机》《农户农产品质量安全行为分析》《智能模拟灭火教学仪》。
中图分类号：S852723
中图分类号:S 852.723 文献标识码:A 文章编号:167324696(2008)0120020205柔嫩艾美球虫免疫与鸡盲肠扁桃体TNF 2α基因表达动态的关系王彩霞,徐 赓,王黎霞,安 健3(北京农学院动物科学技术系,北京 102206) 摘要:根据GenBank 上鸡β2actin 、TN F 2α的基因序列设计引物,应用逆转录2聚合酶链式反应(R T 2PCR )技术克隆获得了β2actin 和TN F 2α基因,采用β2actin 为内参的半定量方法检测TN F 2αmRNA 在鸡柔嫩艾美球虫免疫前后不同时间的表达情况,以探讨TN F 2α基因的表达动态与柔嫩艾美球虫免疫的关系。
结果显示,TN F 2α基因在两次免疫期间的表达量整体上呈现双峰模式,首免后第9d 达到一个高峰,二免后第7d 达到另一个高峰。
结果表明,TN F 2α在抗球虫感染中有一定的作用。
关键词:β2actin 基因;柔嫩艾美球虫;盲肠扁桃体;R T 2PCR ;TN F 2α基因R elationship bet w een Eimeria tenella immunity and kineticexpression of TNF 2αgene in chicken cecal tonsil WAN G Cai 2xia ,XU Geng ,WAN G Li 2xia ,AN Jian(De partment of A ni mal S cience and Technolog y ,B ei j ing College of A g riculture ,B ei j ing 102206,China ) Abstract :According to chicken β2actin and TN F 2αgene sequences in GenBank ,primers were de 2signed ,and t he gene sequences were amplified by reverse t ranscriptase 2polymerase chain reaction (R T 2PCR )f rom t he cecal tonsil of chicken experimentally immunized wit h Ei meri a tenell a .The exp ression le 2vel of TN F 2αmRNA at different time after immunization was detected by semi 2quantitative R T 2PCR wit h β2actin gene as internal reference to st udy t he relationship between E.tenell a immunizatio n and t he kineticexpression of TN F 2αgene in chicken cecal tonsil.The result s showed t hat t he level of expression of TN F 2αgene reached 1st peak on day 9po st 21st 2immunization ,and reached 2nd peak on day 7post 2booster 2immunization.It was concluded t hat TN F 2αhad some effect against E.tenell a infection.K ey w ords :β2actin gene ;Ei meri a tenell a ;cecal tonsil ;R T 2PCR ;t umor necrosis factor 2αgene 鸡球虫病是由艾美属球虫寄生于鸡小肠和盲肠上皮细胞引起的一类原虫病,对养鸡业的危害相当严重。
中科院遗传所研究成果
目
录
一．实验室概况 ............................................................................................................................. 1 二．科研工作进展和成果 ............................................................................................................. 6 高等植物表观遗传学研究（曹晓风课题组） ......................................................................... 6 植物比较基因组学研究（陈明生课题组） ........................................................................... 11 植物对非生物胁迫应答调控的分子机制（陈受宜课题组） ............................................... 14 植物分子细胞遗传（程祝宽课题组） ................................................................................... 18 植物基因表达调控（储成才课题组） ................................................................................... 23 基因表达调控和植物生物技术（方荣祥课题组） ............................................................... 28 RNA 沉默和植物抗病机制（郭惠珊课题组） ...................................................................... 38 植物转录调控网络研究（焦雨铃课题组） ........................................................................... 43 茉莉酸的生理功能及作用机理研究（李传友课题组） ....................................................... 46 水稻理想株型基因的克隆与功能研究（李家洋课题组） ................................................... 50 植物对病原微生物的识别及信号转导（邱金龙课题组） ................................................... 53 植物天然产物代谢（王国栋课题组） ................................................................................... 56 生物信息学和系统生物学（王秀杰课题组） ....................................................................... 59 与植物重要农艺性状相关基因的结构和功能研究（夏桂先课题组） ............................... 62 植物胁迫信号传导的分子机制（谢旗课题组） ................................................................... 66 北方粳稻耐逆性的分子设计和新品种选育（姚善国课题组） ........................................... 70 乙烯信号传递与植物胁迫和生长发育反应（张劲松课题组） ........................................... 73 植物细胞壁形成及其生物学功能研究（周奕华课题组） ................................................... 77 水稻分化发育和抗病性的功能基因组研究（朱立煌课题组） ........................................... 82 植物遗传工程研究（朱祯课题组） ....................................................................................... 88 细胞分裂素信号转导和植物细胞的程序性死亡（左建儒课题组） ................................... 92 承担课题及当年经费到位情况 ............................................................................................... 95 三．人员情况 ............................................................................................................................. 119 四．学术交流 ............................................................................................................................. 129 五．运行管理 ............................................................................................................................. 141 六．2010 年学术年会纪要 ........................................................................................................ 145
黄星天牛中肠中内切葡聚糖酶的鉴定与酶活性测定
梅慧珍，陈安利，夏定国，等．黄星天牛中肠中内切葡聚糖酶的鉴定与酶活性测定［J ］．江苏农业科学，2016，44（11）：165－168．doi ：10．15889/j．issn．1002－1302．2016．11．049黄星天牛中肠中内切葡聚糖酶的鉴定与酶活性测定梅慧珍1，陈安利3，夏定国1，2，赵巧玲1，2，裘智勇1，2（1．江苏科技大学生物技术学院，江苏镇江212018；2．中国农业科学院蚕业研究所，江苏镇江212018；3．云南省农业科学院蚕桑蜜蜂研究所，云南蒙自661101）摘要：内切葡聚糖酶（Cx ）是纤维素酶系中的主要成分，它包含多种同工酶，能够将可溶性纤维素水解成还原性寡糖。
采用Native －PAGE 技术对黄星天牛中肠中Cx 进行电泳分离，结合LC －MS /MS 技术对黄星天牛中肠中Cx 种类进行鉴定，并对其性质进行研究。
结果显示黄星天牛中肠中含有多种Cx ，通过结构域分析，确定为GHF5家族蛋白，有共同的保守区（IIYETFNEPT ），Cx 最适反应温度为50ħ，最适pH 值为6．0，且具有较广的pH 值稳定范围，低浓度的Mg2+与Co2+对该酶有激活作用，高浓度的Mg 2+与Cu 2+对该酶有抑制作用。
这一结果可为黄星天牛降解纤维素机制的研究提供理论基础，为进一步研究天牛中肠组织的生理功能提供基础信息。
关键词：黄星天牛；中肠；内切葡聚糖酶；鉴定；结构域；保守区；降解纤维素中图分类号：Q556+．2；S433．5文献标志码：A 文章编号：1002－1302（2016）11－0165－04收稿日期：2015－08－20基金项目：国家自然科学基金（编号：31372377）。
作者简介：梅慧珍（1990—），女，安徽宣城人，硕士研究生，主要从事生物化学与分子生物学研究。
E －mail ：huizhenmei @126．com 。
通信作者：夏定国，副研究员。
E －mail ：xiadingguo@126．com 。
光肩星天牛幼虫纤维素酶活性的变化趋势
北 京 １０ ８ ； ０ ０ ３ ２ ．安 徽 省林 业 科 学 研 究 院 森林 保 护 研 究 所 ３ ．榆 林 学 院生 命 科 学 学 院 合 肥 ２０ ３ ； ３０ １ 吴 忠 ７ １Ｏ ） ５ ｌＯ （ ．北 京林 业 大 学 省 部 共 建 森林 培 育 与 保 护 教 育 部 重点 实 验 室 １
＋骆 有 庆 为 通讯 作 者 。
第 １ 期 １
李 晓 娟 等 ：光 肩 星 天 牛 幼 虫 纤 维 素 酶 活 性 的 变 化 趋 势
２５ ０
于纤 维 素酶 抑制剂 的生 态 防治方 法 的实施 。 Ｇ ｉ （０ ５ 曾报 道 ， 食 人 工饲 料 的光 肩 星 ｅ ｂ等 ２ ０ ） 取 天 牛幼 虫 体 内 Ｃ ｘ酶 和 Ｂ一葡萄 糖 苷 酶活 性 均 有显 著 下降 ， 由于光 肩 星天牛 幼虫 以人 工饲 料为 食 ， 是 而 人 工饲 料 中的单 糖 含 量 比较 高 ； 并 没 有 与 取食 寄 但 主植 物 的光 肩星 天 牛 幼虫 作 比较 ， 食 寄 主 植 物 的 取 幼 虫体 内纤 维素 酶活 性 的变化 规律也 不 明确 。所 以
东北农业大学2017年博士研究生初试科目考试大纲
东北农业大学2017年博士研究生入学考试初试自命题科目考试大纲东北农业大学研究生院2017年1月目录12001 试验设计与参数优化.............................................................................................................................22002 兽医基础课 ...............................................................................................................................................42003 食品生物化学...........................................................................................................................................62004 高级蔬菜生理学 ......................................................................................................................................82005 动物生物化学...........................................................................................................................................92006 作物生理生态...........................................................................................................................................112008 牧草学......................................................................................................................................................122009 分子生物学 ............................................................................................................................................132010 经济理论与政策 ...................................................................................................................................172011 传热传质学 ............................................................................................................................................182012 运筹学....................................................................................................................................................192013 农业水土工程概论...............................................................................................................................202014 现代控制理论........................................................................................................................................212017 遗传学......................................................................................................................................................232018 动物营养学 ............................................................................................................................................242019 土壤学......................................................................................................................................................252020 施肥技术.................................................................................................................................................262021 环境修复原理与技术.......................................................................................................................... 2022 生态学......................................................................................................................................................27292023 微生物学.................................................................................................................................................303001 高等农业机械学 ...................................................................................................................................313002 植物生理学 ............................................................................................................................................333003 微生物学.................................................................................................................................................343004 生物化学.................................................................................................................................................363005 细胞生物学与发育生物学.................................................................................................................373006 农田水利学 ............................................................................................................................................383007 高等电力系统分析...............................................................................................................................403008 可再生能源工程 ...................................................................................................................................413009 粮油贮藏与加工 ................................................................................................................................... 3010 农畜产品加工........................................................................................................................................42433011 畜产品加工 ............................................................................................................................................453012 作物栽培学与耕作学..........................................................................................................................473013 蔬菜学......................................................................................................................................................493014 兽医药理学与病理生理学.................................................................................................................523015 兽医微生物学........................................................................................................................................533016 兽医外科学与内科学..........................................................................................................................563017 农业经济管理........................................................................................................................................593018 林业经济管理........................................................................................................................................623019 动物遗传学 ............................................................................................................................................633020 饲料与饲养学........................................................................................................................................ 3021 农业系统工程........................................................................................................................................64653022 作物育种学 ............................................................................................................................................663024 兽医专业课 ............................................................................................................................................693025 草地资源学 ............................................................................................................................................703027 动物生产学 ............................................................................................................................................713030 农业生态学 ............................................................................................................................................723031 作物生理学 ............................................................................................................................................733032 高级植物营养学 ...................................................................................................................................743033 污染环境生物修复工程 .....................................................................................................................763034 农业生态综合测试............................................................................................................................... 3035 农业气象学 ............................................................................................................................................77793036 环境微生物学........................................................................................................................................科目代码：2001 科目名称：试验设计与参数优化一、考试要求主要考察考生是否掌握了试验设计与参数优化的基本概念、基本理论和基本方法，包括试验设计、假设检验、参数估计、方差分析、因子（素）、响应函数等的基本概念，试验设计的基本内容、步骤和原则，多因子多水平因析试验、比较试验、正交试验、响应曲面法等的方案设计、数据处理、结果分析与参数优化等方法，以及是否具备运用基本概念、基本理论和基本方法，分析解决实际工程试验建模、影响机理分析、工艺方案优化、结构和运用参数优化等问题的能力。
动植物多组学
动植物多组学
动植物多组学组合形式
•基因组+重测序+转录组
获得物种参考基因组，通过重测序获得性状相关基因，
然后与转录组关联，相互验证结果缩小候选基因范围，
研究性状的调控机制。
•基因组+转录组+代谢组
整合基因组变异、基因表达和代谢物数据，构建代谢物-基因-遗传位点的互作关系网络，研究育种过程中代谢物变化的遗传基础。
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一种解毒酶基因在家蚕中稳定表达系统的构建方法[发明专利]
![一种解毒酶基因在家蚕中稳定表达系统的构建方法[发明专利]](https://img.taocdn.com/s3/m/49c617254028915f814dc2e1.png)
专利名称：一种解毒酶基因在家蚕中稳定表达系统的构建方法专利类型：发明专利
发明人：张莉,李维,郭聪
申请号：CN03118855.9
申请日：20030327
公开号：CN1514003A
公开日：
20040721
专利内容由知识产权出版社提供
摘要：本发明公开了一种解毒酶基因在家蚕中稳定表达系统的构建方法，首先是设计合成寡聚脱氧核糖核苷酸引物；其次是将解毒酶基因的cDNA或其氨基酸序列对应的DNA序列与家蚕丝蛋白L链启动子和终止子相连构建融合基因，并一起插入转座因子piggyBac的两个反向重复末端序列之间，得到重组的转座子；第三是用转座酶基因构建转座酶基因表达载体；第四是将得到的重组转座因子和转座酶基因表达载体同时转化家蚕卵；第五是通过培养和筛选被转化的家蚕卵形成的幼蚕，得到稳定表达外源解毒酶脂酶B1的转基因家蚕。
本发明方法易行、操作简便、转化率高、家蚕蛹中脂酶B1含量为52％。
申请人：成都天创生物科技有限责任公司
地址：610041 四川省成都市双楠小区242号
国籍：CN
代理机构：武汉科宏专利事务所
代理人：王敏锋
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两种星天牛嗅觉相关蛋白基因的鉴定及关键气味结合蛋白的功能分析
参考文献
参考文献1
标题：两种星天牛嗅觉相关蛋白基因的鉴定及关键气味结合蛋白的功能 分析
作者：张三、李四、王五
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功能验证
通过转录组分析等方法，了解这两种嗅觉相关蛋白基因在不同虫态和 组织中的表达情况，同时通过基因敲除等方法研究其对天牛寻找寄主 和逃避敌害等行为的影响。
03
实验结果
嗅觉相关蛋白基因的鉴定
鉴定了两种星天牛的嗅觉相关蛋白基因
通过基因组测序和生物信息学分析，鉴定了两种星天牛的嗅觉相关蛋白基因，这些基因可 能参与嗅觉信号转导。
农业害虫防治
研究结果为农业害虫防治提供了新 的潜在靶标，有助于开发更有效的 害虫防治策略和方法。
结论
揭示了关键气味结合蛋白在嗅觉过程中的作 用和重要性。
为农业害虫防治提供了新的潜在靶标。
成功鉴定两种星天牛的嗅觉相关蛋白基因， 并对其功能进行了初步分析。
为昆虫嗅觉机制的研究提供了新的思路和方 法。
05
嗅觉在星天牛的寻 找食物、繁殖和逃 逸等行为中发挥重 要作用。
研究目的
鉴定两种星天牛嗅觉相关蛋白基因，为研究其功能提供基础数据。
分析关键气味结合蛋白的功能，以期为开发新型防治策略提供理论依据。
02
材料与方法
材料
星天牛成虫
采集于北京市郊区，在实验室饲养至产卵 。
寄主植物
包括云杉、冷杉、红松等不同树种的叶片 和树皮。
发现基因的序列和结构
通过比对分析，发现这些基因的序列和结构与已知的嗅觉相关蛋白基因具有一定的相似性 ，暗示着它们可能具有相似的生物学功能。
表达模式分析
通过表达模式分析，发现这些基因在幼虫和成虫阶段的表达水平存在差异，暗示着它们在 不同生长阶段的生理功能可能有所不同。
光肩星天牛核糖体蛋白基因AgRpS8功能及表达特征分析
光肩星天牛核糖体蛋白基因AgRpS8功能及表达特征分析作者：马晓乾高宇孙妍尚尔雨来源：《林业科技》2022年第04期摘要：为解析AglaRpS8功能特征及在光肩星天牛生长发育过程中的作用机制，通过克隆核糖体蛋白基因AgRpS8的ORF全长序列，采用生物学信息方法分析AglaRpS8基因的理化性质、结构及功能特征;利用荧光定量PCR检测该基因在不同发育阶段的表达特征。
结果表明：AglaRpS8基因ORF区长度627 pb，编码个208氨基酸，无跨膜区螺旋结构，具6个Motif结构域，该基因等电点5.21，分子量大小为49.99 KDa，与AmRpS8基因同源性最高，与TcRpS8-like和TcRpS8基因亲缘性最近。
AglaRpS8基因在光肩星天牛不同发育阶段存在显著的差异性表达，在幼虫1～2龄期，3～4龄期，5龄期相对表达量较平稳，在光肩星天牛成虫期相对表达量较低，而在光肩星天牛雌虫交配后怀卵的阶段相对表达量达到最高值。
关键词：光肩星天牛; 核糖体小亚基蛋白S8; 序列结构; 荧光定量; 功能特征中图分类号： S 763. 38 文献标识码： A 文章编号：1001 - 9499（2022）04 - 0001 - 05细胞内核糖体在mRNA和tRNA的协同作用下，形成核糖体大小亚基蛋白，真核生物核糖体的两个亚基分别为60S和40S，几十种核糖体蛋白和几种rRNA构成一个核糖体[ 1 ，2 ]。
研究表明，昆虫体内的核糖体蛋白功能除参与蛋白质的合成外，还参与细胞增殖与分化、生长发育及调控等生理过程。
如核糖体蛋白基因GdRpS3在沙葱萤叶甲不同发育阶段的表达与其生长发育阶段及环境温度有关，在其成虫滞育过程中起着重要作用[3 ]。
有研究发现，小鼠在缺乏营养的条件下，生物体表现出抑制rRNA的合成，进而打破核糖体蛋白与核糖体RNA 之间的平衡关系，而此时多余的核糖体蛋白L5和L11与泛素蛋白连接酶E3（E3 Ubiquitin Ligases）样蛋白MDM2结合，加速了脂肪细胞的脂解过程，使线粒体内脂肪酸β氧化增强，对抗生物体缺乏营养的不利环境[4 ，5 ]。
病毒高通量测序与生物信息学技术
精彩摘录
在医学与生物科技日益交融的今天，我们迎来了一个充满挑战与机遇的时代。 在这个时代，病毒的研究与防控工作显得尤为重要。《病毒高通量测序与生物 信息学技术》这本书，无疑为我们提供了一把钥匙，帮助我们更深入地理解病 毒的本质，更有效地应对病毒带来的威胁。
书中提到：“高通量测序技术的出现，使得我们能够以前所未有的速度获取病 毒的基因组信息，这对于病毒的研究和防控工作具有划时代的意义。”这一观 点深刻指出了高通量测序技术在病毒研究中的重要性。通过高通量测序，我们 可以快速获取病毒的基因组序列，为后续的病毒分析、溯源、变异监测等工作 提供基础数据支持。
这一部分详细介绍了病毒高通量测序数据的生物信息学分析方法。包括数据质 量控制、序列比对、基因结构分析、功能注释和基因表达分析等内容。通过对 这些分析方法的详细介绍，使读者能够熟练掌握病毒高通量测序数据的处理和 分析技巧。
这一部分通过多个具体案例，展示了病毒高通量测序与生物信息学技术在病毒 研究中的应用。包括新型病毒的发现、病毒基因组解析、病毒变异监测以及病 毒疫苗研发等内容。这些案例不仅为读者提供了实际应用的参考，也展示了高 通量测序与生物信息学技术在病毒研究中的巨大潜力。
《病毒高通量测序与生物信息学技术》这本书为我们提供了丰富的知识和深刻 的见解，帮助我们更好地理解和应对病毒带来的挑战。在未来的病毒研究和防 控工作中，我们应该充分利用这些先进的技术和方法，为保护人类健康和生命 安全做出更大的贡献。
阅读感受
在现代生物技术的浪潮中，我得以阅读《病毒高通量测序与生物信息学技术》 这本专业书籍，深感荣幸。这本书不仅是对病毒学研究的深入探索，更是对生 物信息学技术在病毒研究中的应用的全面展示。
作者简介
作者简介
这是《病毒高通量测序与生物信息学技术》的读书笔记，暂无该书作者的介绍。
基于转录组的赤斑门条天牛嗅觉相关基因分析
基于转录组的赤斑门条天牛嗅觉相关基因分析作者：杨华芳张祖兵朱家颖柏天琦张宏瑞来源：《南方农业学报》2024年第03期摘要：【目的】鉴定赤斑白条天牛（Batocera rufomaculata）嗅觉相关基因，筛选其中的差异表达基因（DEGs），为探明赤斑白条天牛嗅觉机制和基于嗅觉识别的天牛生物防治新途径研究提供理论支撑。
【方法】采用Illumina NovaSeq 6000测序平台对赤斑白条天牛触角、跗节和残体进行转录组测序，利用测序数据组装、注释、数据库序列检索、序列比对及差异基因分析等生物信息学分析方法挖掘嗅觉相关基因。
【结果】转录组测序共获得137405条Unigenes，平均长度774 bp，N50为1462bp，GC含量42.93%。
通过同源比对共鉴定出289个嗅觉基因，包括45个OBPs、22个CSPs、50 个ORs、20个IRs、26个GRs、7个SNMPs、8个CXEs、82个CYPs、19个AOXs和10个GSTs基因。
通过比较所有样本的转录组，共筛选到8861个DEGs，其中2713个上调表达、6148个下调表达。
基因功能注释和信号通路富集分析结果表明，有3613个DEGs注释到GO功能的生物学过程、细胞组分和分子功能，其中以生物学过程的占比最高，为34.87%；有4002个DEGs注释到KEGG数据库，参与96条通路。
进一步对嗅觉基因进行分析发现，有114个嗅觉基因表达差异显著，其中79个上调表达、35个下调表达；OBP22、OBP29、CSP10、CSP15、SNMP1、OR41、CXE2和CYP10基因在触角中的表达量均高于其他组织，CSP10和CSP15基因在雌虫中偏好表达，CYP34基因在雄性中偏好表达，且在跗节中高表达。
【结论】筛选到赤斑白条天牛OBPs、CSPs、ORs、IRs、GRs、SNMPs、CXEs、CYPs、AOXs和GSTs等嗅觉相关基因。
推测触角中高表达的OBPs和CSPs基因对赤斑白条天牛雌雄虫识别同类异性释放的信息素或寄主植物释放的挥发物起关键作用，在雌虫中偏好表达的CSPs基因可能在雌虫寻找产卵场所过程中发挥重要作用。
《组蛋白乳酸化在Myostatin基因编辑牛肌卫星细胞分化融合中的作用机制研究》范文
《组蛋白乳酸化在Myostatin基因编辑牛肌卫星细胞分化融合中的作用机制研究》篇一一、引言在肌肉发育与功能维护的研究中，Myostatin基因的重要性不言而喻。
Myostatin基因的编辑技术为肌肉生长和发育的研究提供了新的视角。
而组蛋白乳酸化作为表观遗传调控的重要机制，在细胞分化融合过程中起着关键作用。
本文旨在探讨组蛋白乳酸化在Myostatin基因编辑牛肌卫星细胞分化融合中的作用机制。
二、研究背景Myostatin基因是一种负向调控肌肉生长的基因，其编辑技术能够促进肌肉的生长和发育。
而组蛋白乳酸化是近年来新兴的表观遗传调控机制，其通过改变染色质的结构和功能，影响基因的表达。
在肌肉发育过程中，肌卫星细胞的分化融合是肌肉生长的关键步骤，而组蛋白乳酸化在此过程中的作用尚不明确。
三、研究方法本研究采用分子生物学、细胞生物学和生物信息学等方法，以牛肌卫星细胞为研究对象，通过基因编辑技术对Myostatin基因进行编辑，并观察组蛋白乳酸化在肌卫星细胞分化融合过程中的变化。
四、实验结果1. Myostatin基因编辑对牛肌卫星细胞的影响Myostatin基因编辑后，牛肌卫星细胞的增殖和分化能力得到显著提高，肌肉生长速度加快。
这表明Myostatin基因的编辑能够促进肌肉的生长和发育。
2. 组蛋白乳酸化在牛肌卫星细胞分化融合过程中的变化在牛肌卫星细胞分化融合的过程中，组蛋白乳酸化水平显著升高。
这表明组蛋白乳酸化可能与肌卫星细胞的分化融合过程密切相关。
3. 组蛋白乳酸化对Myostatin基因表达的影响通过生物信息学分析，我们发现组蛋白乳酸化能够影响Myostatin基因的表达。
在肌卫星细胞分化融合的过程中，组蛋白乳酸化能够促进Myostatin基因的表达，从而影响肌肉的生长和发育。
五、讨论本研究表明，组蛋白乳酸化在牛肌卫星细胞分化融合过程中起着重要作用。
组蛋白乳酸化能够影响Myostatin基因的表达，从而影响肌肉的生长和发育。
《组蛋白乳酸化在Myostatin基因编辑牛肌卫星细胞分化融合中的作用机制研究》范文
《组蛋白乳酸化在Myostatin基因编辑牛肌卫星细胞分化融合中的作用机制研究》篇一一、引言随着生物技术的飞速发展，基因编辑技术如CRISPR-Cas9系统在动物育种和疾病治疗等领域的应用日益广泛。
Myostatin基因作为肌肉生长的重要调控因子，其编辑技术在改良牛只肌肉生长性能方面具有巨大潜力。
而组蛋白乳酸化作为一种重要的表观遗传修饰方式，对基因的表达具有显著影响。
本研究旨在探讨组蛋白乳酸化在Myostatin基因编辑牛肌卫星细胞分化融合过程中的作用机制。
二、研究背景及意义Myostatin基因是一种负向调控肌肉生长的基因，通过编辑该基因可以实现对牛只肌肉生长性能的改良。
而组蛋白乳酸化作为近年来表观遗传学领域的研究热点，其与基因表达的关系逐渐被揭示。
在肌卫星细胞的分化融合过程中，组蛋白乳酸化可能起到关键作用，影响Myostatin基因的表达，进而影响肌肉生长。
因此，研究组蛋白乳酸化在Myostatin基因编辑牛肌卫星细胞分化融合中的作用机制，对于优化基因编辑技术、提高牛只肌肉生长性能具有重要意义。
三、材料与方法3.1 材料本研究选用健康牛只的肌卫星细胞作为研究对象，通过基因编辑技术对Myostatin基因进行编辑。
同时，收集牛只肌肉组织样本，提取组蛋白进行相关实验。
3.2 方法3.2.1 细胞培养与基因编辑培养牛肌卫星细胞，利用CRISPR-Cas9系统对Myostatin基因进行编辑，构建基因编辑细胞模型。
3.2.2 组蛋白提取与乳酸化检测收集细胞样本，提取组蛋白，检测组蛋白乳酸化程度。
3.2.3 基因表达分析通过荧光定量PCR、Western Blot等技术，分析Myostatin基因及其他相关基因的表达情况。
3.2.4 细胞分化融合实验对基因编辑细胞进行诱导分化融合，观察细胞形态变化，分析组蛋白乳酸化对细胞分化融合的影响。
四、实验结果4.1 组蛋白乳酸化程度检测结果实验结果显示，在Myostatin基因编辑的牛肌卫星细胞中，组蛋白乳酸化程度明显高于未编辑细胞。
牛BoLA-DQA5基因生物信息学分析
12
2021·5 繁殖 REPRODUCTION & BREEDING 育种
基础上进一步对DQA5的表达差异进行探究，以期能更
好地为牛的抗病育种提供理论基础。
参考文献 [1] 施 启 顺 . 畜 禽 抗 病 育 种 研 究 进 展 [ J ] . 中 国 畜 牧 杂 志 , 1 9 9 5 ,
31(6):48-51. [2] 周彩红. CⅡTA研究进展[J].国外医学·免疫学分册, 2001,
分子质量
28423.75
原子总数
4007
编码产物不稳定指数
46.59
理论等电点
5.09
半衰期（h）
30
2 结果与分析
2.1 开放阅读框分析 牛BoLA-DQA5基因的开放阅读框( ORF) 是基因的
编码区，包含从起始密码子到终止密码子之间的 cDNA 序列，而ORF的识别则是证明一个新的DNA序列为特定 蛋白质编码基因的部分或全部的先决条件。牛BoLADQA5基因ORF分析结果如图1所示，基因编码区全长 为1 157bp。 2.2 编码蛋白质理化性质分析
/
图1 牛BoLA-DQA5基因开放阅读框分析
数为46.59，表明该基因编码产物不稳定。
表2 牛DQA5基因编码蛋白质理化特性
蛋白质基本性质
预测结果
负电荷残基总数（Asp+Glu）
29
正电荷残基总数（Arg+Lys）
18
分子式
C 1295 H 2005 N 321 O 375 S 11
比例（%）
氨基酸
图2 牛DQA5基因编码蛋白质氨基酸组成
2.3 编码蛋白质疏水性/亲水性分析 运用Expasy服务器上的Protscale程序预测牛
光肩星天牛对寄主植物萜烯类化合物触角活性和电位反应
光肩星天牛对寄主植物萜烯类化合物触角活性和电位反应范丽清;严善春;程红;孙宗华【摘要】为给引诱剂和驱避剂开发提供基础资料,对光肩星天牛(Anoplophoraglabripennis(Motsch.))离体触角各节嗅觉反应差异,离体触角活性随时间变化的规律,以及雌、雄两性对2 mol/L的顺-3-烯-1-醇、月桂烯、水芹烯、3-蒈烯、S型α-蒎烯、莰烯、R型α-蒎烯、S型β-蒎烯、柠檬烯、罗勒烯、正己烷和乙酸乙酯12种植物挥发物进行了EAG反应测定.结果表明:光肩星天牛触角各节的嗅觉感受存在差异,最敏感节是端部第2节.雌、雄两性离体触角活性随时间变化规律不同,雌性呈缓慢减弱趋势,雄性0.8h内活性陡降,而后呈缓慢减弱趋势;雌、雄虫触角分别在离体10.0、2.8h基本失去活性.2 mol·L-1挥发物EAG测试结果表明:与对照相比,雌性对12种挥发物EAG反应明显(P＜0.01),雄性除对S型α-蒎烯无明显EAG反应外(P＞0.05),对其余11种挥发物反应明显(P＜0.01).T检验表明:雌、雄虫除对Sβ-蒎烯差异不显著外,对其余11种挥发物的EAG反应存在显著差异(P＜0.05).%Experiments were conducted on olfactory responses of each segment of antennae and antennal activity variation with time for female and male beetles, as well as the electroantennogram (EAG) responses of female and male beetles of Ano-plaphora glabripennis to cis-3-hexen-l-ol, /3-myrcene, R(-)-a-phellandrene, ( + )-3-carene, (1S)-(-) -a-pinene, cam-phene, (1R)-(+) -a-pinene, (1S)-(-)-/3-pinene, R-(+)-limonene, ocimene, hexane or ethyl acetate at a concentration of 2 mol ·L-1, Results show that the olfactory responses of each segment of antennae are different, and the most sensitive section is the end of section Ⅱ. Antennal activity variations with time for female and male are also different, and thefemales show a slow weakening trend, while the activities of males decrease drastically within 0. 8 hours, then exhibit a slowly decreasing trend. Antenna activity of the female is basically lost in vitro for 10 hours and 2.8 hours for the male. Compared with the control, the EAG responses for the females to 12 volatiles are more significant (P<0. 01) , and the EAG responses of the males to 11 yolatiles are significantly (P<0.01) except (IS)-(-)-a-pinene (P>0.05). There are significant differences in EAG response between female and male beetles to 11 volatiles (P<0.05) apart from (1S)-(-)-β Pi-nene (P>0.05).【期刊名称】《东北林业大学学报》【年(卷),期】2012(040)011【总页数】4页(P143-146)【关键词】光肩星天牛;植物源挥发物;触角电位反应【作者】范丽清;严善春;程红;孙宗华【作者单位】东北林业大学,哈尔滨,150040;东北林业大学,哈尔滨,150040;东北林业大学,哈尔滨,150040;延边州林业管理局【正文语种】中文【中图分类】S763.38光肩星天牛(Anoplophoraglabripennis(Motsch.))隶属于鞘翅目天牛科(Cerambycidae)，是多种阔叶树的重要蛀干害虫[1]。
转录组分析揭示外源乙酰水杨酸提高鲜切猕猴桃抗氧化活性的作用机理
转录组分析揭示外源乙酰水杨酸提高鲜切猕猴桃抗氧化活性的作用机理王戬;殷学仁;王文球【期刊名称】《未来食品科学》【年(卷),期】2022(2)3【摘要】为了研究植物激素衍生物乙酰水杨酸(acetylsalicylicacid,ASA)对鲜切猕猴桃抗氧化性能的影响,本实验以‘红实2号’猕猴桃为材料,选用1mmol/LASA 溶液进行10min浸泡处理,以清水浸泡作为对照,4℃贮藏12d后测定贮藏期间猕猴桃切片的抗氧化性能.实验结果表明,ASA处理显著提高了鲜切猕猴桃的总酚含量、抗坏血酸含量和1,1G二苯基G2G苦基苯肼(1,1GdiphenylG2Gpicrylhydrazyl,DPPH)自由基清除率.通过转录组测序和加权基因共表达网络分析鉴定得到猕猴桃抗坏血酸生物合成途径中的关键基因AcGPP2.启动子结合元件预测分析结果显示AcGPP2启动子上存在ERF、bHLH、bZIP、C2H2和WRKY家族转录因子的结合位点.综上,外源ASA处理可能通过转录因子诱导AcGPP2基因的表达,促进抗坏血酸的合成和积累,从而提高鲜切猕猴桃的抗氧化性能和营养品质.本研究通过转录组分析揭示了乙酰水杨酸提升鲜切猕猴桃抗氧化活性的分子机制,并为激素衍生物在鲜切猕猴桃保鲜中的应用奠定了基础.【总页数】11页(P1-11)【作者】王戬;殷学仁;王文球【作者单位】浙江大学农业与生物技术学院【正文语种】中文【中图分类】TS255.3【相关文献】1.柠檬酸处理鲜切猕猴桃在贮藏过程中抗氧化活性的变化2.乙酰水杨酸处理对猕猴桃果实成熟衰老的影响及其作用机理3.转录组学分析外源H2S调控黄瓜响应盐胁迫的机理4.外源水杨酸对锰污染红壤中玉米的生长与抗氧化酶活性的调节作用5.外源水杨酸对低温胁迫下小麦幼苗叶绿素荧光特性及抗氧化酶活性的影响因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
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(1.福建农林大学林学院 福州350002； 2.生态公益林重大有害生物防控福建省高校重点实验室 福州350002)
摘 要：【目的】研究星天牛转录组信息及体内细胞色素P450单加氧酶(cytochrome P450 monooxygen/se , CYP )
I酸酯酶(ccrboxylesterase , CarE )和谷胱甘肽S-转移酶(glutathione S-transferase, GST)三大解毒酶系的表达谱情况，
phyloyenetic analysis of detoxifying enzymes proteins with their
第55卷 第5期 20 19 年 5 月
： doi 10.11707/j. 1001-7477.20190512
林业科学
SCIENTIA SILVAE
SINICAE
Vol. 55,No. 5 May,2 0 1 9
星天牛转录组及三大解毒酶家族相关基因 系统发育分析!
韩小红1卢赐鼎1华 银1林浩宇1是雨霏1吴松青1!2 张飞萍1,2梁光红1,2
Han Xiaohone1 Lu Cidine1 Hua Yin1 Lin Haoyu1 Shi Yufei1 Wu Songqine1,2 Zhane Feipine1,2 Liane Guanghone1,2
(1. College of Forestry, Fujian Agriculture and Fores) University Fuzhou 350002 & 2. Key Laboratory of Integrated Pest Management ic Ecological Forests, Fujian Province
4 600条unigene与162个预测路径可以匹配%通过基因注释发现247条解毒酶系基因在星天牛体内表达,包括
139条CYP基因'72条CarE基因、37条GST基因%系统发育分析发现，星天牛的大部分CYP基因都至少与一种鞘 翅目近缘物种的CYP基因聚类在一起,P450基因中的CYP6家族数量与其他近缘物种(鞘翅目)类似，包含的基因 数量最多；CarE解毒酶蛋白基因主要为#-酯酶、神经趋化蛋白、外源性代谢酶、未知等4种类型，分别可能参与星 天牛的一些激素以及信息素的加工、神经和发育过程、消化与解毒等生理过程；星天牛的GST基因聚类主要包含 Microsomal GST、Sigma GST、Omeea GSTDelta GST、Thete GST等亚家族，具有保护生物大分子免受氧化损伤、催化活 力等功能%【结论】本研究获得星天牛的转录组信息，初步探明星天牛体内三大解毒酶系的表达谱及分化情况，可
detoxificction enzymes in Anoplophora chinensis. The phylogenetic tree was ccnstructed to explora the types and
phylogenetic relationships of the three enzymatio gene families, and te provide a basio for the study of the adaptability of A. chinensis te multipie host species and the mechanism of insecticide resistance.【Method ] The high -throughput sequencing technique, Elumina HiSeq™2500, was employed for transcriptome sequencing of A. chiensa , and the date analysis. The
通过构建系统进化树，探析其这3种酶系基因家族的类别及其系统演化关系，为星天牛对多寄主种类的适应性与 杀虫剂的抗药性机制研究提供依据%【方法】采用新一代高通量测序技术Elumina HiSeqTM2500对星天牛进行转 录组测序与数据分析，通过数据筛选并进一步与鞘翅目近缘物种的解毒酶同源蛋白进行系统发育分析％【结果】 经测序、序列拼接得到55 260条unigenes,将其与公共数据库进行同源比对，注释了 32 247条unigenes,在Swiss-Prot 数据库注释的unigenes的数量最多(99. 11%)；注释到Ni■数据库时与赤拟谷盗的unigenes同源性最高(60. 25%); 在GO数据库中，共有7 073个unigenes被成功注释,根据其功能大致可分为3类47亚类；在KEGG数据库中，
为星天牛对多寄主种类的适应性杀虫剂抗药性的产生及遗传机制研究提供基础数据和参考%
关键词：星天牛；转录组；高通量测序；系统发育；解毒酶蛋白基因
中图分类号：S763. 37
文献标识码:A
文章编号：1001-7477( 2019) 05-0104-10
Phylogenetic Analysis of Transcriptome and Three Detoxification Enzyme Families Related Genes is Anoplophora chinensis ( Coleoptera: Cerambycifae)
University, Fujian AgricuOure and Forestry University Fuzhou 350002)
Abstract: 【Objective ] Thig study aimed te investigate the transcriptome information and the expression profiles of cytochrome P450 monooxygenase ( P450 ) ( CYP ) , ccrboxylesterass ( CarE ) and glutathione S-transferass ( GST)