牛基因组中新的microRNA预测及分析
microrna研究思路
microrna研究思路引言：随着生物技术的发展，人们对于微小RNA（microRNA）的研究越来越深入。
微小RNA是一类非编码RNA分子，具有调控基因表达的重要功能。
本文将介绍微小RNA研究的思路和方法，以期更好地理解其在生物学中的作用。
一、鉴定与筛选微小RNA：鉴定和筛选微小RNA是研究的第一步。
目前，常用的方法有基于高通量测序的全基因组鉴定以及生物信息学分析。
首先，通过提取RNA样本，利用高通量测序技术获得大量的RNA序列信息。
然后，利用生物信息学分析工具对测序数据进行处理和比对，筛选出具有典型微小RNA特征的序列。
二、微小RNA的功能研究：微小RNA的功能研究是微小RNA研究的重点之一。
通过实验室内外的功能研究，可以揭示微小RNA在基因调控中的具体作用机制。
常用的研究方法有：靶标预测、基因敲除、转染和转基因动物模型等。
首先，通过生物信息学方法预测出微小RNA的靶标基因。
然后，利用基因敲除技术或转染技术使微小RNA的表达发生变化，观察靶标基因的表达水平变化。
最后，利用转基因动物模型验证微小RNA对于生物体内的调控作用。
三、微小RNA与疾病的关联研究：微小RNA在多种疾病中发挥重要的调控作用，因此，研究微小RNA与疾病的关联关系对于疾病的诊断和治疗具有重要意义。
常用的研究方法有：疾病相关基因的筛选、微小RNA表达谱的分析以及功能研究等。
首先，通过大量的临床样本和生物信息学分析，筛选出与疾病相关的基因。
然后，通过微小RNA表达谱的分析，寻找与疾病相关的微小RNA。
最后，通过功能研究，揭示微小RNA 在疾病发生发展中的作用机制。
四、微小RNA的应用前景：微小RNA的研究不仅可以增进对基因调控的理解，还具有广泛的应用前景。
微小RNA可以作为潜在的生物标志物用于疾病的早期诊断和预后评估。
此外，微小RNA还可以作为潜在的治疗靶点，通过调控微小RNA的表达来治疗相关疾病。
目前，已经有一些微小RNA药物进入了临床试验阶段。
《microRNA-128对牛骨骼肌卫星细胞增殖和成肌分化的调控机制研究》
《microRNA-128对牛骨骼肌卫星细胞增殖和成肌分化的调控机制研究》MicroRNA-128对牛骨骼肌卫星细胞增殖与成肌分化的调控机制研究一、引言随着生物学领域的研究深入，microRNA（miRNA）作为一类内源性的非编码小RNA，其在调控细胞生长、增殖以及分化等方面扮演着重要角色。
在众多miRNA中，miR-128因其对骨骼肌发育的潜在影响而备受关注。
本研究旨在探讨miR-128对牛骨骼肌卫星细胞增殖和成肌分化的调控机制，以期为骨骼肌发育和肌肉生长提供新的理论依据。
二、材料与方法2.1 材料实验所需牛骨骼肌卫星细胞购自ATCC（美国标准生物品收藏中心），并使用相关培养基进行培养。
同时，miR-128的模拟物（mimic）和抑制物（inhibitor）等试剂亦用于本实验。
2.2 方法采用实时荧光定量PCR技术（qRT-PCR）检测miR-128的表达水平；通过细胞增殖实验和流式细胞术分析miR-128对牛骨骼肌卫星细胞增殖的影响；采用Western blot技术检测相关蛋白的表达水平；并通过双荧光素酶报告实验验证miR-128的靶基因。
三、实验结果3.1 miR-128在牛骨骼肌卫星细胞中的表达情况通过qRT-PCR实验发现，miR-128在牛骨骼肌卫星细胞中呈基础表达水平，并在一定条件下表达量有所变化。
3.2 miR-128对牛骨骼肌卫星细胞增殖的影响细胞增殖实验结果显示，过表达miR-128可显著促进牛骨骼肌卫星细胞的增殖，而抑制miR-128则抑制细胞的增殖。
流式细胞术分析进一步证实了这一结果，过表达miR-128的细胞周期进程加快，而抑制miR-128的细胞周期进程减慢。
3.3 miR-128对牛骨骼肌卫星细胞成肌分化的影响Western blot结果显示，过表达miR-128可显著促进成肌相关蛋白的表达，如肌球蛋白重链蛋白等。
与此同时，细胞的成肌分化能力也得到了明显提高。
相反，抑制miR-128则导致成肌相关蛋白的表达减少，成肌分化能力降低。
microRNA预测及生物学验证的开题报告
microRNA预测及生物学验证的开题报告一、研究背景和意义microRNA（miRNA）是一类短小的非编码RNA分子，在转录后调控基因表达过程中发挥重要作用。
近年来研究发现，miRNA在肿瘤、心血管疾病等多个疾病发生、发展过程中发挥了重要作用，成为了研究疾病诊断、治疗及预后评估的重要指标。
在miRNA的研究过程中，大量的生物信息学预测方法被开发，但其准确性不尽相同。
而现有的生物学技术能够用于miRNA的生物学验证，包括PCR、Northern blot等技术。
因此，结合生物信息学预测和生物学验证技术，对miRNA预测和验证的准确性进行评估，具有重要的研究意义和应用前景。
二、研究目的本文主要研究目的为，选取已知miRNA和非miRNA序列作为训练集，通过生物信息学预测方法，比较不同预测算法的准确性，并进行生物学验证以验证预测准确性。
预测准确性包括灵敏度、特异性、准确度、阳性预测值和阴性预测值等指标。
最终确定最佳的预测方法，并将其应用于未知序列的miRNA预测中。
三、研究设计和方法1. 数据采集从公共数据库中选择已知的人类miRNA序列和非miRNA序列，例如miRBase、ncbi等数据库，用于作为训练集和测试集。
2. 预测算法选择几种已有的miRNA预测算法进行比较，例如miRanda、RNAhybrid、TargetScan等。
将训练集中的序列作为输入，预测其是否为miRNA序列，并进行性能评估。
3. 多模态预测模型结合多种预测算法，构建一个多模态预测模型，并进行评估。
4. 生物学验证使用PCR、Northern blot等技术，对预测得到的结果进行生物学验证。
对已知miRNA和非miRNA进行验证，包括灵敏度、特异性、准确度等指标的评估。
四、研究预期结果和应用价值预期本研究将对miRNA预测领域提供新的思路和方法，结合多种算法进行预测，增加了预测准确性和稳定性。
同时，对生物学验证方法的改进和优化也将提供更可靠的实验验证手段。
MicroRNA研究概况以及MicroRNA芯片技术简述MicroRNA的研究
MicroRNA 研究概况以及MicroRNA 芯片技术简述一、MicroRNA 的研究概况1.MicroRNAMicroRNA（miRNA , miR）是由约21-25个核苷酸组成的分子，microRNA 通过抑制mRNA 的翻译或者促进其降解而起到负性调控的作用。
最初miRNA 的功能在植物学、癌症、病毒性感染和发育生物学中得到了验证。
但最近的研究发现，患有心脏疾病的小鼠对照正常状态miRNAs 失调，并且在肥大的心脏中也检测到了数种miRNA 的上调或者下调，同时体外实验也证实了它们对心肌细胞形态的影响。
2.MicroRNA 的研究进展miRNA现象的最早报道是在佃80年的Genetics和Cell上。
佃93年在线虫中发现的lin-4 是第一个被确定的miRNA [31]，它的基因产物是21 个核苷酸的RNA 分子并且部分序列互补于lin-14 mRNA的3' UTR区域。
这些互补序列使lin-4间断地与lin-14 mRNA结合。
奇怪的是，lin-4没有明显地改变lin-14 mRNA的量，但是Lin-14蛋白表达却明显降低。
2000年又在线虫中发现了与lin-4相似的miRNA ―― let-7，它们参与线虫发育的时空调节。
miRNA基因首先被RNA聚合酶H转录为较长的初始转录本，该转录本含有数千个核苷酸，称其为pri-miRNA。
在pri-miRNA内，miRNA位于由大约70个核苷酸构成的环柄结构内。
在动物体内，该环柄结构在细胞核内被RNA酶川Drosha和其辅助蛋白Pasha/DGCR8 识别和切割，形成pre-miRNA 。
之后，pre-miRNA 迅速被核质/细胞质转运蛋白Exportin5转运至细胞质，被位于细胞质内的RNA酶川Dicer 进一步切割。
产生一个类似于siRNA 的miRNA ：miRNA* 复合体，随后，该双链体解旋为成熟的miRNA和miRNA*，成熟的miRNA在一种ATP-依赖的沉默复合体（RISC ）中，形成非对称的RISC 复合物。
牛miR-320a的靶基因预测及生物信息学分析
畜牧兽医学报 2015，46（11）:1952-1960A c t aV e t e r i n a r i a e tZ o o t e c h n i c aS i n i c ad o i :10.11843/j.i s s n .0366-6964.2015.11.006牛m i R -320a 的靶基因预测及生物信息学分析郭云涛，张秀秀，苗向阳*（中国农业科学院北京畜牧兽医研究所，北京100193）摘 要：旨在对b t a -m i R -320a 的靶基因进行生物信息学预测和分析，探索其影响牛脂肪沉积的作用机制。
本试验利用P r o m o t e r S c a n 、T a r g e t S c a n 、D A V I D 、C y t o s c a p e 等生物信息学软件和m i R B a s e 、E n s e m b l 、N C B I 、m i RW a l k 等数据库对b t a -m i R -320a 进行转录因子结合位点预测、保守性分析、靶基因预测、基因本体论富集分析和信号通路富集分析。
结果表明，m i R -320（a ）在各物种间非常保守，b t a -m i R -320a 启动子区域有S P 1等多个转录因子结合位点，获得的84个靶基因主要参与负调控细胞分化、细胞周期、负调控生长等多个生物学过程，涉及p 53、细胞周期和MA P K 等信号转导通路。
由此推测，b t a -m i R -320a 受到S P 1等多种转录因子调控，它可能通过对MA P K 、细胞周期和p 53信号通路中靶基因T P 53、M A P K 1等的抑制作用调控牛脂肪细胞分化，进而影响了牛的脂肪沉积。
关键词：牛；b t a -m i R -320a；靶基因；生物信息学中图分类号：S 823；S 813.3 文献标志码：A 文章编号：0366-6964（2015）11-1952-09收稿日期：2014-12-24基金项目：中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金项目（2013y w f -y b -5；2013yw f -z d -2）；中国农业科学院农业科技创新项目（A S T I P -I A S 05）；转基因生物新品种培育科技重大专项（2009Z X 08008-004B ；2008Z X 08008-003）；国家“863”计划项目（2008A A 10Z 140）；国家自然科学基金项目（30571339）；中国农业科学院创新基金项目（2004-院-1）作者简介：郭云涛（1988-），男，河南南阳人，硕士，主要从事转基因与细胞工程研究，E -m a i l :yu n t a o 008@126.c o m *通信作者：苗向阳，研究员，博士，博士生导师，主要从事基因工程与功能基因组学及转基因动物研究，E -m a i l :m x y 32@s o h u .c o m T a r g e tG e n eP r e d i c t i o na n dB i o i n f o r m a t i c sA n a l ys i s o f b t a -m i R -320a G U OY u n -t a o ，Z H A N GX i u -x i u ，M I A OX i a n g -y a n g*（I n s t i t u t e o f A n i m a l S c i e n c e ，C h i n e s e A c a d e m y o f A g r i c u l t u r a l S c i e n c e s ，B e i j i n g 100193，C h i n a ）A b s t r a c t :T h e p r e d i c t i o na n da n a l y s i so fb t a -m i R -320at a r g e t g e n e sb y bi o i n f o r m a t i c sw e r e p e r -f o r m e d t o e x p l o r e i t s e f f e c t o n t h e f a t d e p o s i t i o n i nb o v i n e .I n t h i s s t u d y，b i o i n f o r m a t i c s t o o l s s u c h a s P r o m o t e r S c a n ，T a r g e t S c a n ，D A V I D ，C y t o s c a p e a n d d a t a b a s e s f o r e x a m pl em i R B a s e ，E n s e m b l e ，N C B I ，m i RW a l k ，e t a lw e r eu s e d t o p e r f o r mt h e p r e d i c t i o no f t h e t r a n s c r i p t i o n f a c t o rb i n d i n g si t e a n d t h e a n a l y s i s o f i t s t a r g e t g e n e s ，i n v o l v e dG e n e o n t o l o g y a n dK E G G p a t h w a y.A s a r e s u l t ，m i R -320（a ）w a s v e r y c o n s e r v a t i v e a m o n g v a r i o u s s p e c i e s .T h e r ew e r em a n y d i f f e r e n t t r a n s c r i pt i o n f a c -t o r b i n d i n g s i t e s i n t h e b t a -m i R -320a p r o m o t e r a r e a .E i g h t y -f o u r t a r ge t g e n e sw e r e o b t a i n e d i n t o -t a lw h i c h i n v o l v e d i nm u l t i p l eb i o l o g i c a l p r o c e s s e s s u c ha sn e g a t i v e r e gu l a t i o no f c e l l d i f f e r e n t i a -t i o n ，r e g u l a t i o no f c e l l c y c l ea n dn e g a t i v e r e g u l a t i o no f g r o w t ha n d p a r t i c i p a t e d i n p 53，c e l l c y c l e a n d MA P Ks i g n a l p a t h w a y s .W e a s s u m e d t h a t b t a -m i R -320a i s r e g u l a t e db y d i f f e r e n t t r a n s c r i pt i o n f a c -t o r s ，a n d i t c a n a l s o r e g u l a t e t h e a d i p o c y t e d i f f e r e n t i a t i o na n d f a t d e p o s i t i o n i nb o v i n eb yp o s t t r a n s c r i p-t i o n a l i n h i b i t i n g o f i t s t a r g e t g e n e s i n v o l v e d i n p 53，c e l l c y c l e a n dM A P Ks i g n a l p a t h w a ys .K e y wo r d s :b o v i n e ；b t a -m i R -320a ；t a r g e t g e n e ；b i o i n f o r m a t i c s mi c r o R N A （m i R N A ，微R N A ）是真核生物中广泛存在的一类内源性非编码R N A ，长约21～22n t ，它可以通过特异性碱基互补的方式与靶基因m R -N A 的3′-U T R 结合，抑制靶m R N A 翻译或诱导其。
牛脂肪组织中miRNA的研究进展
牛脂肪组织中miRNA的研究进展纪会;柴志欣;王会;钟金城【摘要】微小RNA(miRNA)是一种内源性非编码小RNA,主要通过与mRNA上2～8位核苷酸碱基互补结合使目标mRNA失去稳定性来发挥作用.大量研究表明,miRNA在牛的脂肪沉积与代谢,脂肪细胞的生成、增殖与分化过程中起着至关重要的作用.为此,文章从miRNA的合成、miR-378调控脂质代谢、miR-27b等其他转录因子对脂质代谢的调控、miRNA调控脂质代谢通路和在牛其他组织中的调控作用等5方面综述了牛脂肪组织中miRNA的研究进展,并对其在牛的生长发育、肉品质改良、脂肪代谢调节和牛营养水平均衡等方面的研究应用进行了展望,以期为miRNA在牛脂肪组织中的深入研究提供一定参考.【期刊名称】《中国草食动物科学》【年(卷),期】2018(038)004【总页数】5页(P53-57)【关键词】牛;脂肪组织;miRNA【作者】纪会;柴志欣;王会;钟金城【作者单位】西南民族大学青藏高原研究院,四川成都 610041;西南民族大学青藏高原研究院,四川成都 610041;西南民族大学青藏高原研究院,四川成都 610041;西南民族大学青藏高原研究院,四川成都 610041【正文语种】中文【中图分类】S823miRNA是一类长20～25个核苷酸的非编码小RNA，一般以互补配对的方式与靶基因结合，引导RNA诱导沉默复合物（RNA-induced silencing complex，RISC）清除mRNA或抑制mRNA的翻译，从而影响编码蛋白基因的表达。
miRNA最先是在秀丽线虫中被发现，现已发现miRNA广泛存在于哺乳动物、果蝇和植物等生物中。
miRNA基因尽管不编码蛋白，但其编码的RNA在生物整个生命活动中发挥着重要作用。
近年来，科学家们在有关牛miRNA的研究方面也做了大量研究，发现miRNA在牛的脂肪沉积与代谢，脂肪细胞生成、增殖与分化过程中起关键作用。
最新疾病关联的microRNA预测综述
疾病关联的microRNA预测综述摘要microRNA(miRNA)是一类长度约为 22nt(核苷酸)的内源非编码 RNA，在动植物许多重要的生命过程中起着关键的调控作用，并且与肿瘤等多种疾病的发生发展密切相关。
生物信息学在miRNA 的研究中起到了重要作用，极大地推动了该领域的迅速发展。
本文首先对miRNA的功能， miRNA与疾病的关系进行了简要的介绍，着重阐述了目前疾病关联的microRNA预测的一些方法，并进行了简要的分析，最后总结了这个领域目前存在的一些问题，为以后的研究和学习奠定基础。
关键字：microRNA,非编码RNA，疾病AbstractMicroRNAs (miRNAs) are a set of short (about 22 nucleotides) non-coding RNAs that play significant regulatory roles in various biological processes of animals and plants. Furthermore, accumulating evidence indicates miRNAs are associated with various human diseases. The application of bioinformatics in miRNA research greatly promotes the development of this cutting-edge area of current biology. First, we briefly introduce miRNA and its functions. Then we focus on the prediction methods for disease-related miRNA .Finally,, we conclude the challenges exist in this field to lay the foundation for future study.Keywords:microRNA, no coding RNA, disease引言RNA(核糖核酸)是在动植物、微生物、病毒中普遍存在的重要分子之一，具有多种重要的生物功能。
靶向作用牛OCT-4基因的MICRORNA分子及其功能验证
上海交通大学硕士学位论文靶向作用牛Oct-4基因的microRNA分子及其功能验证姓名：***申请学位级别：硕士专业：生物化学与分子生物学指导教师：***20080501分子与牛Oct-4 mRNA 3’UTR比对，找到了5条调控Oct-4基因的候选miRNA分子。
首先使用人工合成化学修饰的miRNA分子转染表达RFP-3’UTR的转基因COS7细胞，观察荧光变化初步确定miRNA-146b和204具有调控作用；然后构建miRNA表达载体再次转染转基因COS7细胞，通过FACS检测，证明这两条miRNA分子确实对具Oct-4具有调控作用。
本实验从寻找牛新的及作用于Oct-4的miRNA分子开始，通过两个层次的实验，验证了miRNA-146b和204具有调控Oct-4的作用，这将有助于进一步研究miRNA在胚胎发育中的作用。
关键词：miRNA及功能，Oct-4，生物信息学,牛IDENTIFICATION OF FUNCTIONS OF MICRORNAS TARGETED OCT-4 GENE IN COWABSTRACTmicroRNA (miRNA) is a class of non-coding small RNA molecules with roughly 22 nucleotides in length, regulating gene expression on post-transcriptional level and playing an important role in cell proliferation, differentiation and apoptosis process. Now there are 108 miRNAs reported in cow and it has already become hot point of research that to identify more miRNAs and their targeted genes or those miRNAs which target very important genes, providing guides for studying embryo development and transgenetic cow.Because of high efficiency，it is widely used that to identify novel miRNAs by bioinformatics and homologous blast, based on the conservation of miRNAs sequence. Here we compared the known miRNAs among five mammals, i.e., human, mouse, pig, dog and sheep with the sequence of cow genome published on the NCBI, and 147 candidate miRNAs were eventually obtained, though they needed experimental identification. We can clone miRNAs directly by smallRNAs cloning and distinguish novel miRNAs after sequencing. We obtained 13 novel miRNAs by this method, 8 of which were the same with the miRNAs from homologous blast, illuminating the availability of two methods.Based on the regulation mechanism of miRNAs, we compared all cow miRNAs including published and identified newly with the sequence of Oct-4 mRNA 3’UTR in cow and obtained 5 candidates which may target Oct-4 gene. Then we transfected COS7 cell that expressed Red Fluorescence Protein-3’UTR(RFP-3’UTR) with man-made miRNAs with chemic modification and identified the regulation function of miRNA-146b and 204 primarily. After that we secondly transfected the same cells with the vector that could express miRNAs, and then identified the function again through counting the percentage of RFP cell by FACS.In total, beginning with searching novel miRNAs and miRNAs targeted Oct-4 gene, we identified the regulation function of miRNA-146b and 204 targeted cow Oct-4 gene on two levels, which is helpful for studying miRNAs function in embryo development.KEYWORDS: miRNA and function, Oct-4，bioinformatics, cow上海交通大学学位论文原创性声明本人郑重声明：所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。
《2024年MicroRNA靶基因的寻找及鉴定方法研究进展》范文
《MicroRNA靶基因的寻找及鉴定方法研究进展》篇一一、引言MicroRNA（miRNA）是一类内源性的、非编码的小RNA分子，通过与靶基因的mRNA序列进行互补配对，进而在转录后水平上调控基因的表达。
近年来，随着生物信息学和分子生物学技术的飞速发展，寻找和鉴定miRNA靶基因的方法得到了广泛的研究和应用。
本文旨在综述当前MicroRNA靶基因的寻找及鉴定方法的研究进展。
二、寻找及鉴定方法（一）生物信息学方法生物信息学方法主要依靠计算机软件和算法，对已知的miRNA序列与基因组数据进行比对，预测可能的靶基因。
常见的生物信息学软件包括TargetScan、PicTar、miRanda等。
这些软件主要通过分析miRNA与靶基因mRNA序列的互补性、碱基配对的自由能等因素，预测潜在的靶基因。
然而，这种方法存在一定的假阳性率，需要结合其他实验手段进行验证。
（二）分子生物学实验方法1. 荧光素酶报告基因实验：通过构建包含miRNA靶位点的荧光素酶报告基因载体，检测miRNA对荧光素酶活性的影响，从而确定miRNA与靶基因的结合情况。
这种方法具有较高的准确性，但操作较为复杂。
2. 芯片技术：通过将miRNA芯片与靶基因mRNA芯片进行杂交，检测miRNA与mRNA之间的相互作用。
这种方法可以大规模地筛选miRNA的靶基因，但易受实验条件影响，结果需要结合其他实验手段进行验证。
3. 实时荧光定量PCR技术：通过检测miRNA与靶基因mRNA的表达水平变化，验证miRNA对靶基因的调控作用。
这种方法具有较高的灵敏度和特异性，是鉴定miRNA靶基因的常用方法之一。
（三）其他方法除了上述两种方法外，还有基于蛋白质组学的分析方法、免疫共沉淀技术等。
这些方法可以进一步验证miRNA与靶基因之间的相互作用关系，为深入研究miRNA的生物学功能提供有力支持。
三、研究进展近年来，随着高通量测序技术和生物信息学算法的不断发展，寻找和鉴定miRNA靶基因的方法得到了极大的改进和优化。
microRNA靶基因预测算法概述
microRNA靶基因预测算法概述从《科学》杂志公布2007十大科技进展（）看,miRNA这个2002年的"明星分子"(记得92还是96年也有个明星分子"NO")仍将成为今后一段时间内生物医学领域的研究热点。
现越来越多的医务工作者、基础医学工作开始关注miRNA潜在的临床应用，但miRNA靶基因实验证实现还没有统一规范的操作方案，大多仍依赖于计算预测的方法，现就目前常用的miRNA靶基因预测算法归纳如下：1.第一代靶基因预测软件1.1 miRandamiRanda是John等[12]于2003年5月开发的第一个miRNA靶基因预测软件。
miRanda适用范围广泛（见表1），不受物种限制，同时提供了windows, linux, 和macintosh多平台版本，可以下载到本地运行。
碱基互补方面，miRanda算法和Smith-Waterman算法[13]相似，但它以碱基互补（如A=U, G≡C等）代替Smith-Waterman算法中的碱基匹配(如A-A,U-U等) 来构建打分矩阵，允许G=U错配，为了体现miRNA 3’端和5’端和靶基因作用过程中的不对称性，软件给出了scale参数（5’端11个碱基得分值乘以该值，然后和3’端11个碱基得分值相加作为碱基互补得分）。
同时强调miRNA第2到4位碱基和靶基因精确互补，第3到12位碱基和靶基因错配不得多于5个，9到L- 5（L为miRNA总长）位碱基至少一个错配，最后5个碱基错配不得多于两个。
在热力学方面，miRanda利用维也纳软件包中的RNA二级结构程序包RNAlib（Vienna 1.3 RNA secondary structure programming library）评估miRNA-靶基因二聚体的结合能，对于潜在的杂交位点，miRanda也给予打分。
靶位点的跨物种保守性，要求靶位点在多物种3’UTR比对中相同位置碱基相同。
MicroRNA治疗原理分析及应用前景评估
MicroRNA治疗原理分析及应用前景评估近年来，MicroRNA（miRNA）已成为基因治疗领域的研究热点之一。
作为一类小分子RNA，miRNA在细胞内起着调控基因表达的关键作用。
通过干扰miRNA的功能，人们发现可以有效地调控基因的表达，从而影响一系列重要的生物过程，如细胞增殖、细胞分化和细胞凋亡等。
本文将对miRNA治疗的原理进行深入分析，并对其在疾病治疗领域的应用前景进行评估。
一、MicroRNA治疗原理分析1. miRNA的功能和调控机制miRNA是一种短链非编码RNA，一般由21-23个核苷酸组成。
在细胞内，miRNA通过与靶基因的MRNA序列互相配对，从而介导了转录后基因表达的调节。
miRNA在这一过程中通过促进mRNA降解或抑制蛋白质合成来发挥作用。
2. miRNA的治疗模式miRNA治疗可以通过两种模式实现：增强miRNA的功能或抑制miRNA的功能。
增强miRNA功能主要通过miRNA模拟物来实现，这类物质能够降低特定miRNA的表达量，并恢复其功能。
而抑制miRNA的功能则是通过miRNA反义物或miRNA掩蔽物来实现，用以影响miRNA与靶基因的结合。
3. miRNA疾病相关性研究表明，许多疾病与miRNA表达的异常相关。
异常表达的miRNA在许多疾病中被发现，包括癌症、心血管疾病、神经系统疾病等。
因此，调控miRNA表达和功能，对于疾病的治疗具有重要意义。
二、MicroRNA治疗的应用前景评估1. 癌症治疗领域miRNA在癌症治疗中具有广泛的应用前景。
已有研究显示，通过调控miRNA的表达和功能，可以恢复肿瘤抑制miRNA的水平，从而抑制肿瘤细胞的增殖和侵袭。
此外，miRNA还可以作为肿瘤标记物，用于早期癌症诊断和预后评估。
2. 心血管疾病治疗领域miRNA也被广泛应用于心血管疾病的治疗。
研究发现，某些miRNA在心脏病变中表达异常，并与心肌纤维化、心肌细胞凋亡等心血管疾病相关的生理过程密切相关。
《2024年MicroRNA靶基因的寻找及鉴定方法研究进展》范文
《MicroRNA靶基因的寻找及鉴定方法研究进展》篇一一、引言MicroRNA（miRNA）是一类内源性的、非编码的小RNA分子，它们在生物体内发挥着重要的调控作用。
近年来，随着生物信息学和分子生物学技术的不断发展，对于miRNA靶基因的寻找及鉴定成为了研究热点。
本文旨在探讨MicroRNA靶基因的寻找及鉴定方法的研究进展，为相关研究提供参考。
二、miRNA靶基因的寻找方法1. 生物信息学方法生物信息学方法是通过计算机软件和算法，对已知miRNA 序列进行预测和分析，从而找出潜在的靶基因。
目前常用的软件包括miRanda、TargetScan等。
这些软件利用已知的miRNA与靶基因之间的互补配对规则，通过分析序列的保守性、序列的匹配程度等因素，预测出潜在的靶基因。
2. 实验方法实验方法主要包括基因表达谱分析、荧光素酶报告实验等。
基因表达谱分析是通过比较miRNA表达水平与靶基因表达水平之间的关系，找出潜在的靶基因。
荧光素酶报告实验则是通过构建含有特定miRNA结合位点的荧光素酶报告载体，测定其活性变化来鉴定miRNA的靶基因。
三、miRNA靶基因的鉴定方法1. 分子克隆技术分子克隆技术是通过构建含有miRNA结合位点的基因片段，将其克隆到表达载体中，通过在细胞内表达并检测其表达水平变化来鉴定miRNA的靶基因。
这种方法可以直接观察miRNA对靶基因的表达调控作用。
2. 基因敲除技术基因敲除技术是通过将特定基因敲除或沉默，观察其对细胞或生物体表型的影响，从而确定该基因是否为miRNA的靶基因。
这种方法可以直接验证miRNA与靶基因之间的相互作用关系。
四、研究进展近年来，随着生物信息学和分子生物学技术的不断发展，对于miRNA靶基因的寻找及鉴定方法也在不断进步。
目前，研究人员已经发现了大量的miRNA靶基因，并通过多种方法进行了验证。
同时，一些新的技术和方法也在不断涌现，如高通量测序技术、CRISPR/Cas9基因编辑技术等，这些技术为miRNA靶基因的研究提供了更加准确和高效的手段。
《2024年MicroRNA靶基因的寻找及鉴定方法研究进展》范文
《MicroRNA靶基因的寻找及鉴定方法研究进展》篇一一、引言随着后基因组时代的到来，MicroRNA（miRNA）作为一类重要的非编码小分子RNA，在生物体内发挥着重要的调控作用。
近年来，关于miRNA靶基因的寻找及鉴定方法研究取得了显著的进展。
本文旨在综述当前miRNA靶基因寻找及鉴定方法的研究进展，并探讨其未来的发展趋势。
二、miRNA靶基因的重要性miRNA通过与靶基因的3'非翻译区（UTR）结合，调控基因的表达，从而在多种生物学过程中发挥关键作用，包括细胞增殖、凋亡、分化以及疾病的发生发展等。
因此，寻找和鉴定miRNA 的靶基因对于理解生物体的生命活动和疾病的发生机制具有重要意义。
三、miRNA靶基因的寻找方法1. 生物信息学方法：生物信息学方法是通过计算机算法预测miRNA的靶基因。
目前，已经开发了多种在线数据库和软件工具，如TargetScan、miRanda等，这些工具基于miRNA与靶基因的结合序列、序列保守性以及其他生物信息学特征进行预测。
2. 实验方法：（1）报告基因法：通过构建含有miRNA结合位点的报告基因载体，检测miRNA对报告基因表达的影响，从而确定靶基因。
（2）突变验证法：通过突变靶基因的3'UTR区域的miRNA 结合位点，观察对miRNA功能的影响，验证其是否为真正的靶基因。
（3）免疫共沉淀法：利用免疫共沉淀技术，将与miRNA结合的mRNA富集并鉴定，从而找到miRNA的靶基因。
四、miRNA靶基因的鉴定方法1. 荧光素酶报告实验：通过构建包含miRNA结合位点的荧光素酶报告载体，检测荧光素酶活性变化，从而验证miRNA与靶基因的结合情况。
2. 蛋白质印迹法：通过蛋白质印迹技术检测靶基因表达水平的变化，验证miRNA对靶基因的调控作用。
3. 芯片技术：利用芯片技术对miRNA和靶基因的表达进行大规模的检测和分析，从而找到与特定疾病或生物学过程相关的miRNA和靶基因。
《2024年MicroRNA靶基因的寻找及鉴定方法研究进展》范文
《MicroRNA靶基因的寻找及鉴定方法研究进展》篇一一、引言MicroRNA（miRNA）是一类内源性的、非编码的小RNA分子，通过与靶基因的mRNA序列进行互补配对，进而在转录后水平上调控基因的表达。
近年来，随着生物信息学和分子生物学技术的快速发展，对miRNA及其靶基因的研究已经取得了显著进展。
寻找和鉴定miRNA靶基因，对于揭示生物体内复杂的基因调控网络和疾病的发生机制具有重大意义。
本文将综述近年来关于miRNA靶基因寻找及鉴定方法的研究进展。
二、MicroRNA靶基因寻找方法1. 生物信息学预测方法生物信息学预测方法主要依赖于计算机算法和数据库资源，通过分析miRNA与靶基因mRNA序列的互补配对情况，预测潜在的miRNA靶基因。
目前常用的预测软件包括TargetScan、miRDB、PicTar等。
这些软件利用不同的算法和模型，结合基因组学、转录组学等数据，能够预测出大量潜在的miRNA靶基因。
然而，由于存在不完全互补配对和非序列特异性的现象，因此需要通过后续实验验证确定其真正的生物学功能。
2. 分子生物学实验方法除了生物信息学预测方法外，还可以利用分子生物学实验方法来寻找miRNA靶基因。
如采用基因克隆技术，构建miRNA及其靶基因的重组载体，然后通过转染细胞等手段研究其生物学功能。
此外，还有利用免疫共沉淀、蛋白质-RNA相互作用等实验技术来验证miRNA与靶基因的相互作用关系。
这些实验方法能够直接反映miRNA与靶基因之间的相互作用情况，为后续的鉴定工作提供了可靠的依据。
三、MicroRNA靶基因鉴定方法1. 报告基因法报告基因法是一种常用的鉴定miRNA靶基因的方法。
该方法通过构建含有特定miRNA靶位点的报告基因载体，检测该载体在miRNA作用下的表达水平变化，从而确定该靶位点是否为miRNA的真实靶点。
此外，还可以利用荧光素酶报告系统等技术进一步验证结果。
2. 免疫共沉淀技术免疫共沉淀技术可以用于研究蛋白质与蛋白质或蛋白质与RNA之间的相互作用关系。
《microRNA-128对牛骨骼肌卫星细胞增殖和成肌分化的调控机制研究》
《microRNA-128对牛骨骼肌卫星细胞增殖和成肌分化的调控机制研究》MicroRNA-128对牛骨骼肌卫星细胞增殖与成肌分化的调控机制研究一、引言在肌肉生长与发育的过程中，骨骼肌卫星细胞扮演着至关重要的角色。
这些细胞不仅负责肌肉的修复与再生，还参与肌肉的生长与发育。
MicroRNA（miRNA）作为一类重要的内源性非编码RNA，通过调控基因表达在多种生物学过程中发挥关键作用。
其中，microRNA-128（miR-128）在肌肉发育与功能维护中具有重要作用。
本研究旨在探讨miR-128对牛骨骼肌卫星细胞增殖和成肌分化的调控机制。
二、材料与方法1. 实验材料本实验选用健康的成年牛骨骼肌样本，从中分离并培养骨骼肌卫星细胞。
此外，还需miR-128的模拟物（mimics）和抑制剂（inhibitors）等实验试剂。
2. 实验方法（1）细胞培养与处理：分离并培养牛骨骼肌卫星细胞，通过转染技术将miR-128的mimics和inhibitors分别转入细胞中，以研究miR-128对细胞的影响。
（2）细胞增殖检测：利用细胞计数、MTT等方法检测细胞增殖情况。
（3）成肌分化诱导与鉴定：通过特定条件诱导细胞成肌分化，并利用免疫荧光等技术鉴定分化情况。
（4）基因与蛋白质表达分析：利用qPCR、Western Blot等技术分析相关基因与蛋白质的表达情况。
三、实验结果1. miR-128对牛骨骼肌卫星细胞增殖的影响实验结果显示，过表达miR-128能显著促进牛骨骼肌卫星细胞的增殖，而抑制miR-128的表达则会导致细胞增殖速度降低。
这一结果说明miR-128在牛骨骼肌卫星细胞的增殖过程中发挥了促进作用。
2. miR-128对牛骨骼肌卫星细胞成肌分化的影响通过成肌分化诱导与鉴定实验，我们发现过表达miR-128能显著提高牛骨骼肌卫星细胞的成肌分化率，而抑制miR-128的表达则会导致成肌分化率降低。
这一结果说明miR-128在牛骨骼肌卫星细胞的成肌分化过程中发挥了关键作用。
《microRNA-128对牛骨骼肌卫星细胞增殖和成肌分化的调控机制研究》
《microRNA-128对牛骨骼肌卫星细胞增殖和成肌分化的调控机制研究》MicroRNA-128对牛骨骼肌卫星细胞增殖与成肌分化的调控机制研究一、引言随着分子生物学技术的进步，微小RNA（microRNA）在生物学中的作用越来越受到重视。
其中，microRNA-128作为一种关键的调节因子，对细胞生长、分化和多种生理过程具有重要的调控作用。
本篇论文以牛骨骼肌卫星细胞为研究对象，通过对其在增殖与成肌分化过程中的调控机制进行深入研究，旨在揭示microRNA-128在牛骨骼肌发育中的重要作用。
二、材料与方法1. 材料本实验采用牛骨骼肌卫星细胞作为研究对象，同时使用microRNA-128模拟物、抑制物及相应对照物进行干预实验。
2. 方法（1）细胞培养与转染：培养牛骨骼肌卫星细胞，进行microRNA-128的过表达与抑制实验。
（2）qRT-PCR：通过实时荧光定量PCR技术检测microRNA-128的表达水平。
（3）Western Blot：通过蛋白质印迹法检测相关蛋白的表达情况。
（4）细胞增殖与分化检测：采用流式细胞术、MTT法等检测细胞增殖与成肌分化的变化。
三、实验结果1. microRNA-128在牛骨骼肌卫星细胞中的表达及调控实验结果显示，microRNA-128在牛骨骼肌卫星细胞中具有一定的表达水平。
通过过表达和抑制实验，发现microRNA-128对牛骨骼肌卫星细胞的增殖和成肌分化具有显著的调控作用。
2. microRNA-128对牛骨骼肌卫星细胞增殖的影响过表达microRNA-128后，牛骨骼肌卫星细胞的增殖能力显著增强，而抑制microRNA-128的表达则导致细胞增殖受阻。
这表明microRNA-128在牛骨骼肌卫星细胞的增殖过程中发挥重要的促进作用。
3. microRNA-128对牛骨骼肌卫星细胞成肌分化的影响过表达microRNA-128的牛骨骼肌卫星细胞在成肌分化过程中表现出更高的分化效率和更明显的肌肉形态特征。
位于可变内含子区域MicroRNA的特征分析
位于可变内含子区域MicroRNA的特征分析MicroRNA是一类非编码小RNA分子，其长度一般为20-24个核苷酸。
MicroRNA在基因表达调控中起着重要的作用，能够通过与mRNA结合从而调控基因的转录和翻译过程。
在基因组中，MicroRNA的编码序列通常位于可变内含子区域。
可变内含子是指存在多个形态变异的内含子，这些内含子会对基因的转录和翻译产生影响。
在可变内含子区域，MicroRNA的特征可以通过以下几个方面来进行分析：1. 长度和序列特征：MicroRNA的长度通常在20-24个核苷酸之间，且具有一定的保守性。
在可变内含子中，MicroRNA的编码序列可能会有突变或插入/缺失的变异，这些变异会导致MicroRNA的长度和序列发生改变。
研究者可以通过序列比对和突变分析来确定MicroRNA的具体长度和序列特征。
2. 表达水平和组织特异性：MicroRNA的表达水平和组织特异性也是其特征分析的重要方面。
研究者可以通过高通量测序等技术来测定MicroRNA在不同组织和细胞类型中的表达水平，进而分析其具体的组织特异性。
根据已有的文献数据，可以进一步推测MicroRNA 在不同生物过程中的功能和调控机制。
3. 靶基因和功能预测：MicroRNA通过与mRNA结合来调控基因的表达，因此对于MicroRNA的特征分析也需要注重其潜在靶基因和功能的预测。
通过生物信息学工具和算法，研究者可以预测MicroRNA与mRNA的相互作用，并进一步分析这些靶基因的功能以及与MicroRNA相关的生物过程和信号通路。
位于可变内含子区域的MicroRNA具有一系列特征，包括长度和序列特征、表达水平和组织特异性、靶基因和功能预测以及进化分析和保守性。
通过对这些特征的分析，可以更好地理解MicroRNA在基因表达调控中的作用和机制。
牛肺泡巨噬细胞微小RNA的克隆与鉴定
牛肺泡巨噬细胞微小RNA的克隆与鉴定徐广贤;张艳;贾浩;周萍;王玉炯【期刊名称】《畜牧兽医学报》【年(卷),期】2009(040)009【摘要】MicroRNA(miRNA)是一类长19～26个核苷酸的内源性非编码单链小分子RNA,其异常表达将会导致生理的异常和疾病的产生.为了研究miRNAs在牛肺泡巨噬细胞抗菌机制中的作用,构建了牛肺泡巨噬细胞miRNA cDNA文库,从438个克隆中筛选出22个miRNAs,其中有19个miRNAs在牛的miRBase数据库中没有发现,但是有8个miRNAs与人和(或)鼠中的序列完全同源,因此,将它们命名为Bta-miR-141、Bta-miR-187、Bta-miR-191、Bta-miR-448、Bta-miR-589、Bta-miR-873、Bta-miR-463和Bta-miR-562;另外有11个miRNAs在所有miR-Base数据库中都没有发现,有待进一步研究.这些数据为研究miRNAs调控牛肺泡巨噬细胞抗菌机制奠定了基础.【总页数】4页(P1410-1413)【作者】徐广贤;张艳;贾浩;周萍;王玉炯【作者单位】宁夏大学生命科学学院,银川,750021;宁夏大学生命科学学院,银川,750021;宁夏大学生命科学学院,银川,750021;宁夏大学生命科学学院,银川,750021;宁夏大学生命科学学院,银川,750021【正文语种】中文【中图分类】S852.2;Q522【相关文献】1.BCG感染牛肺泡巨噬细胞的转录组测序和分析 [J], 徐金瑞;吕翠萍;杨易;周彦兵;骆佳;王玉炯2.牛抵抗素对牛肺泡巨噬细胞TLR4/MyD88非依赖信号通路基因表达的影响 [J], 阳明贤;左之才;李碧;王宇3.抵抗素通过TLR4/MyD88依赖途径促进牛肺泡巨噬细胞炎症因子产生 [J], 岳梦佳; 左之才; 阳明贤; 李碧; 岑垚; 姚彩霞4.基于RAGE-TLR4串扰的高糖影响牛肺泡巨噬细胞促炎细胞因子释放的分子机制[J], 谭天宇;才冬杰;苟丽萍;任志华;左之才5.牛分支杆菌Mce4A蛋白对牛肺泡巨噬细胞iNOS、TNF-α、IL-6和IL-12表达的影响 [J], 徐广贤;杨建民;周向梅;尹晓敏;赵德明因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
microRNA芯片相关研究及microRNA功能预测的开题报告
microRNA芯片相关研究及microRNA功能预测的开题报告题目：microRNA芯片相关研究及microRNA功能预测一、研究背景microRNA是一类长度为18-24个核苷酸的非编码RNA，可以通过靶向调节目标基因的翻译或降解从而在哺乳动物的基因调控中发挥重要作用。
在生物体内，microRNA参与调节细胞发育、分化、凋亡等生理和病理过程。
microRNA的功能和调控机制研究在近年来逐渐成为生物学和医学领域的重要研究方向。
为了加深对microRNA的理解，研究人员采用不同的技术手段，如RNA深度测序、qPCR、微阵列和芯片等，对不同物种的microRNA表达特点和功能进行了大量的研究。
其中，microRNA芯片是一种通过反转录技术，以探针与microRNA结合的方式测量microRNA表达水平的高通量技术。
microRNA芯片广泛应用于生物医学、生物信息学和生物技术领域，并为探索microRNA功能、调控机制和相关疾病等方面的研究提供了有力的工具。
二、研究目的本研究旨在探究microRNA芯片在生物体内调控机制和相关疾病方面的应用，并尝试通过microRNA芯片数据分析，预测不同microRNA的功能和调控网络等。
三、研究内容和方法（1）microRNA芯片的原理和应用：介绍microRNA芯片的构成和工作原理，并举例介绍在生物医学、生物信息学和生物技术领域等方面的应用。
（2）microRNA芯片数据分析方法：介绍microRNA芯片数据预处理、差异分析、聚类分析等常用的数据分析方法，并讨论其在预测microRNA功能和构建调控网络方面的应用。
（3）microRNA功能预测：利用microRNA芯片数据预测不同microRNA的功能和靶向基因，并对预测结果进行生物学意义的分析和验证。
（4）microRNA调控网络构建：基于microRNA芯片数据，构建不同生物过程和疾病中microRNA的调控网络，并探究不同调控网络的功能和互作关系。
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体高且可能改善绒山羊的生长发育及胴体性状,不过,这需在更多群体中检验G→C突变位点能否用于山羊相关性状等的分子标记辅助选择。
本文仅初步分析了不同H2FAB P基因型与陕北白绒山羊相关性状的关系,H2FAB P基因是否确实影响绒山羊的生长发育及胴体性状,是否与山羊肉IMF含量、嫩度、风味等肉质性状相关,还有待进一步研究。
参考文献[1]Vander Horst D J,vanDoo rn J M,Passier P C,et al.Role of fat t yaci d2bi ndi ng p ro tei n in lipi d met aboli sm of i nsect fli ght muscl e[J].Molecular and Cel lular Biochem i st ry,1993,123:1452152.[2]Fischer H,Gus taf sson T,Su ndberg C J,et al.Fat t y aci d bindi ng p ro2t ein4i n human s kelet al mu scle[J].B iochemical and Biop hysical Re2 search C o mmunicat ions,2006,346:1252130.[3]R G V,L,O R T,T y f f yf yf y2[]T f B y,1998,273(13):739727405.[4]Huang Z G,Xiong L,Liu Z S,et al.The devel opmental chan ges andeff ect o n IM F cont ent of H2F AB P and PPARγmRNA expression i n s heep m uscle[J].Acta Cenetica Si nica,2006,33(6):5072514.[5]萨姆布鲁克J,拉塞尔DW.分子克隆实验指南[M].黄培堂等译.3版.北京:科学出版社,2002:4832485.[6]S il va S R,G omes M J,Dias2da2Si l va A,et al.Es t imation in vi vo of t hebo dy and carcass chem ical com pos i tion of growing lambs by real2time ul2 t ras onograp hy[J].Journal of Ani m al S cience,2005,83:3502357.[7]张沅.家畜育种学[M].北京:中国农业出版社,2001:99.[8]Brockmann G,Ti mt chenko D,Das P,et al.Det ect ion of Q TL fo rbody wei ght and bo dy f at co nt ent i n mice usin g geneti c marker s[J].J our nal of Ani mal Breeding and Genet ics,1996,113:3732379. [9]Chmu rzynska A.The mult igene famil y of fat t y acid2binding prot ein s(FABPs):Funct ion,st r uct ure and pol ym o rp his m[J].J ou rnal of Ap2 p lied Geneti cs,2006,47(1):39248.[10]Calvo J H,Vai m an D,Sai di2Meht ar N,et al.Charact eri zatio n,ge2f f y2(F B3)[]y G R,,23牛基因组中新的micr o RNA预测及分析穆 松,钟金城,陈智华,徐利娟(西南民族大学动物遗传育种学国家民委—教育部共建重点实验室,成都 610041) 摘要:MicroRNA(mi RNA)是一类调控真核基因表达的非编码小分子RNA,目前已证实mi RNA在生物体生长、发育和疾病发生等过程中起着重要的作用。
用同源搜索的计算分析法预测新的miRNA s是当前发现和鉴定mi RNA的有效方法之一,本研究根据NCB I数据库中的牛EST、GSS信息以及猪、家犬、人、大猩猩和小家鼠5种哺乳动物的已经注册mi RNA分子信息,预测牛新的候选mi RNA,通过碱基错配、二级结构、A+U含量、自由能大小等分析候选序列特征,得到了17条牛新的候选mi RNA。
这对进一步寻找牛的mi RNA和遗传育种研究提供了新的思路,具有一定的理论和实际意义。
关键词:牛;mi RNA;预测;分析Predict ion an d A nal ysis of N ovel m iR N A in C a tt leMu Song,Zho ng Jin2cheng,Chen Zhi2hua,et al(K ey La boratory of Animal G e netic s and Breeding,State Et hnic Affair s Co mmission2Ministr yof Education,So uthwe st U nive rsity for Nationalities,Chengdu610041) 收稿日期:2009210229作者简介:穆松(19832),男,硕士。
通讯作者:钟金城(19632),男,教授,博士,研究方向为动物遗传学。
文章编号:100729726(2010)0120008204(中图分类号:S82312)Abstract:MicroRNAs(mi RNA s)i s a kind of non2codi ng small RNA which regulates t he expression of gene i n eukaryot ic or ganism.MiRNA confi rmed have played a n i mport ant rol e in t he organi sm growt h,develop ment and di sea se processed.Predicti ng new mi RNA s by com2ichieri ow P J gata et al.hermo d namics o at t acid bi nding to engi neered mut ant s o t he adipoc te and int esti nal at t acid bindi ng prot ei ns J.he Jo urnal o iolo gical Chemi st r netic variatio n and chromosomal assi gnment t o sheep chromosome 2o t he ovi ne heart at t aci d bi ndi ng prot ei n gene A P J.C t ogeneti c and eno me esearch200298:27027.put er2based homology search analysi s i s an effecti ve way to di scover and i dentif y mi RNA.In t hi s st udy,a new candi date bovi ne mi RNA was predict ed accordi ng to bovi ne ES T,G SS i nformation i n NCB I dat aba se,as well as pi gs,dogs,huma n,gorilla and M us muscul us mi RNA i nformation which was al ready regi st ered.By anal yzi ng t he ca ndidat e sequence acco rdi ng ba se mi smat ch,seco ndary st r uct ure,A+U conte nt,t he size of f ree energy and ot her met hod,17bovi ne new candidat e mi RNA were gott en.Thi s provide a new way for finding catt le mi RNA a nd cat tl e breedi ng and ge netic research i n t heoretical and pract ical significance.K eyw or ds:cat tl e;mi RNA;prediction;anal ysi s 自20世纪90年代以来,作为小分子RNA家族中的一员,MicroRNA(mi RNA)已受到广泛的关注,2006年的诺贝尔生理学或医学奖就颁发给了小分子RNA 的研究者。
许多研究表明,无论是线虫还是哺乳动物,其体内的mi RNA通过分裂或转录抑制目标mRN A达到调控基因表达以及生长发育、细胞增殖和凋亡等作用[1]。
mi RNA是长度为20～24个碱基(nt)的非编码单链RNA,广泛存在于真核生物中,其本身不具备开放阅读框(ORF:Open Read Fra me)。
成熟的mi RNA5’端为一磷酸基团,3’端为羟基,可同上游或下游的序列部分地配对形成茎环结构,mi RNA是由具有茎环二级结构的mi RNA前体(per2mi RNA)加工而成。
许多试验表明,mi RNA前体在物种间具有高度的进化保守性,其中以茎环部保守性最强。
mi RNA的表达还具有特异性和时序性特点,在生物体的不同组织中有不同类型的mi RNA,生长发育的不同阶段也存在不同种类的mi RNA。
这些性质都表明mi RNA参与了复杂的基因表达调控过程,并决定了生物的生长发育及其行为等变化[2]。
生物信息学技术是预测和发现新miRNA的有效办法[325]。
大部分的mi RNA序列在动物中高度保守,通过计算机软件和其他计算工具可以预测、鉴定出生物的mi RNA,并可以利用ES T、GSS数据库对miRNA进行大规模的生物信息学预测和分析[628]。
本研究根据N C B I数据库中的牛ES T、GSS信息以及猪、家犬、人、大猩猩和小家鼠5种哺乳动物的已经注册mi RNA分子信息,预测牛基因组中新的候选miR NA,以期为进一步寻找牛的mi RN A和遗传育种研究提供一条新的思路和方法。