蛋白质质谱样品污染及预防
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BSA酶解液 1 2 3 4 5 进样量 fmol 2 4 6 10 10-2 得分 4112 6098 8077 9946 12059 覆盖率% 61 71 73 81 81
6
7 8
14
20 40
12663
17571 24250
81
81 87
9*
40
14375
88
2 fmol ，约0.1-0.2 ng 蛋白样品就能实现较可靠鉴定 不必一味追求大进样量
4 90
100 80 60 40 20 0 371.1010 R=57703 z=1
445.1195 R=53407 z=1
相对污染较少的SDS-PAGE样品酶解后的质谱图
536.1650 R=48606 610.1840 R=45606 z=1 z=1 519.1387 R=49106 593.1575 z=1 R=46106 z=1
样品污染问题
污染较少的SDS-PAGE样品酶解后的TIC图
38.51 40.00 50.51 34.64 33.54 NL: 1.03E10 TIC MS N27 100 90 80 70 60 50 40 30 20 10 0 100 90 80 70 60 50 40 30 20 10 0 0 20.26 19.69 16.66 6.34 10.19 14.95 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 Time (min) 55 60 65 70 75 80 24.27 22.36 31.37 31.08 35.02 26.43 35.91 38.44 40.72 47.58 5.22 7.54 8.98 31.72 30.63 21.48 25.45 30.31 32.84 50.10 48.23 51.40 52.47 56.66 59.38 75.77 77.75
生物质谱室 生命科学研究中心 1062室 62731128
蛋白质组样品污染
• 污染来源 • 角蛋白：皮肤，毛发，衣服，灰尘 • PEG：塑料试剂瓶，离心管，保鲜膜和PE塑料手套（PEG是 塑料加工中的“润滑油”，国产离心管PEG残留可能较多） • 表面活性剂：蛋白提取液，清洗玻璃试剂瓶的残留 （SDS， CHAPS，Triton，Tweens，ND-40） • 影响范围 • 角蛋白：角蛋白质谱信号压制样品蛋白质谱信号，引起低丰
NL: 7.83E7 2#25440-31326 RT: 54.79-65.16 AV: 567 T: FTMS + p NSI Ful ms [300.00-1800.00]
信号
724.4497 R=39268 z=2
819.9636 R=37958 z=2
983.0391 918.5092 R=34450 R=30396 z=2 z=2 900 1000
1078.6572 R=33322 z=1
500
600
700 m/z
800
污染较少的SDS-PAGE样品蛋白鉴定结果：目标蛋白得分远高于角蛋 白污染
蛋白鉴定结果
角蛋白污染结果
角蛋白污染结果
严重角蛋白污染的SDS-PAGE样品蛋白鉴定结果：角蛋白得分远高于目标蛋白 蛋白鉴定结果
液质联用在蛋白鉴定中的灵敏度
减小进样量也能控制和减少污染
NL: 5.18E6 N27#4021 RT: 24.20 AV: 1 T: FTMS + p NSI Full ms [300.00-1800.00]
429.0885 R=53507 z=1
684.2027 R=43006 z=1 758.2214 R=40106 z=1 832.2401 884.5975 943.8900 R=34207 R=24200 R=24500 z=1 z=? z=? 1055.8705 R=24700 z=?
RT: 0.00 - 90.01
44.53
严重PEG污染的的SDS-PAGE样品酶解后的TIC图
58.80 56.98 56.02
62.89 60.55
NL: 1.52E10 TIC MS 2
48.60 53.76
63.56 64.27 64.97 66.29 67.36
78.14
PEG污染 信号78Fra bibliotek63 80.56 87.52 85
100 80 60 40 20 0 300 400 371.1009 R=54420 z=1
592.3722 R=43701 z=2 636.3982 严重PEG污染的的SDS-PAGE样品酶 548.3459 R=43536 解后的质谱图 R=45951 z=2 z=2 680.4235 R=41246 PEG污染 z=2 444.9516 488.9778 R=51138 R=48266 z=3 z=6
度蛋白信号丢失。导致色谱柱污染和超载。 • PEG和表面活性剂：抑制多肽电离，降低样品信号强度，驻 留色谱柱，降低分离效率。
蛋白质组样品污染的影响
• 角蛋白和PEG：污染SDS-PAGE胶和蛋白溶液 • 表面活性剂：污染蛋白溶液
样品污染解决方法
• 角蛋白污染无法根除，可通过如下方法缓解 • 交叉污染：专用，分开储存的优质离心管 • 环境污染：洁净的实验室空间，减少灰尘和空气流动 • 接触污染：洁净的乳胶手套和实验服 • 表面活性剂和PEG：使用超滤管（10 kDa）去除
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17571 24250
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81 87
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2 fmol ，约0.1-0.2 ng 蛋白样品就能实现较可靠鉴定 不必一味追求大进样量
4 90
100 80 60 40 20 0 371.1010 R=57703 z=1
445.1195 R=53407 z=1
相对污染较少的SDS-PAGE样品酶解后的质谱图
536.1650 R=48606 610.1840 R=45606 z=1 z=1 519.1387 R=49106 593.1575 z=1 R=46106 z=1
样品污染问题
污染较少的SDS-PAGE样品酶解后的TIC图
38.51 40.00 50.51 34.64 33.54 NL: 1.03E10 TIC MS N27 100 90 80 70 60 50 40 30 20 10 0 100 90 80 70 60 50 40 30 20 10 0 0 20.26 19.69 16.66 6.34 10.19 14.95 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 Time (min) 55 60 65 70 75 80 24.27 22.36 31.37 31.08 35.02 26.43 35.91 38.44 40.72 47.58 5.22 7.54 8.98 31.72 30.63 21.48 25.45 30.31 32.84 50.10 48.23 51.40 52.47 56.66 59.38 75.77 77.75
生物质谱室 生命科学研究中心 1062室 62731128
蛋白质组样品污染
• 污染来源 • 角蛋白：皮肤，毛发，衣服，灰尘 • PEG：塑料试剂瓶，离心管，保鲜膜和PE塑料手套（PEG是 塑料加工中的“润滑油”，国产离心管PEG残留可能较多） • 表面活性剂：蛋白提取液，清洗玻璃试剂瓶的残留 （SDS， CHAPS，Triton，Tweens，ND-40） • 影响范围 • 角蛋白：角蛋白质谱信号压制样品蛋白质谱信号，引起低丰
NL: 7.83E7 2#25440-31326 RT: 54.79-65.16 AV: 567 T: FTMS + p NSI Ful ms [300.00-1800.00]
信号
724.4497 R=39268 z=2
819.9636 R=37958 z=2
983.0391 918.5092 R=34450 R=30396 z=2 z=2 900 1000
1078.6572 R=33322 z=1
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700 m/z
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污染较少的SDS-PAGE样品蛋白鉴定结果：目标蛋白得分远高于角蛋 白污染
蛋白鉴定结果
角蛋白污染结果
角蛋白污染结果
严重角蛋白污染的SDS-PAGE样品蛋白鉴定结果：角蛋白得分远高于目标蛋白 蛋白鉴定结果
液质联用在蛋白鉴定中的灵敏度
减小进样量也能控制和减少污染
NL: 5.18E6 N27#4021 RT: 24.20 AV: 1 T: FTMS + p NSI Full ms [300.00-1800.00]
429.0885 R=53507 z=1
684.2027 R=43006 z=1 758.2214 R=40106 z=1 832.2401 884.5975 943.8900 R=34207 R=24200 R=24500 z=1 z=? z=? 1055.8705 R=24700 z=?
RT: 0.00 - 90.01
44.53
严重PEG污染的的SDS-PAGE样品酶解后的TIC图
58.80 56.98 56.02
62.89 60.55
NL: 1.52E10 TIC MS 2
48.60 53.76
63.56 64.27 64.97 66.29 67.36
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PEG污染 信号78Fra bibliotek63 80.56 87.52 85
100 80 60 40 20 0 300 400 371.1009 R=54420 z=1
592.3722 R=43701 z=2 636.3982 严重PEG污染的的SDS-PAGE样品酶 548.3459 R=43536 解后的质谱图 R=45951 z=2 z=2 680.4235 R=41246 PEG污染 z=2 444.9516 488.9778 R=51138 R=48266 z=3 z=6
度蛋白信号丢失。导致色谱柱污染和超载。 • PEG和表面活性剂：抑制多肽电离，降低样品信号强度，驻 留色谱柱，降低分离效率。
蛋白质组样品污染的影响
• 角蛋白和PEG：污染SDS-PAGE胶和蛋白溶液 • 表面活性剂：污染蛋白溶液
样品污染解决方法
• 角蛋白污染无法根除，可通过如下方法缓解 • 交叉污染：专用，分开储存的优质离心管 • 环境污染：洁净的实验室空间，减少灰尘和空气流动 • 接触污染：洁净的乳胶手套和实验服 • 表面活性剂和PEG：使用超滤管（10 kDa）去除